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本发明公开了一种多孔生态混凝土系统在重金属和/或氮磷污染底泥修复中的应用。所述多孔生态混凝土包括以下重量比的组分:活性粗骨料:水泥:水=4.025.69:1:0.250.30;所述活性粗骨料为沸石、火山石或活性碳中的一种或多种。具体应用时,利用活性多孔生态混凝土在底泥-水界面形成多孔生态混凝土覆盖层,并在覆盖层上种植沉水植物,这样通过活性覆盖层与沉水植物的协同作用,能持久有效稳定的控制底泥中重金属。