与膀胱癌相关的piRNA生物标志物及其应用.pdf

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摘要
申请专利号:

CN201310516529.4

申请日:

20131028

公开号:

CN103627705A

公开日:

20140312

当前法律状态:

有效性:

有效

法律详情:

IPC分类号:

C12N15/113,C12Q1/68

主分类号:

C12N15/113,C12Q1/68

申请人:

南京医科大学

发明人:

张正东,王美林,储海燕,殷长军,仝娜,袁琳

地址:

211166 江苏省南京市江宁区天元东路818号

优先权:

CN201310516529A

专利代理机构:

南京经纬专利商标代理有限公司

代理人:

李纪昌;唐循文

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内容摘要

膀胱癌相关的piRNA生物标志物及其应用。所述生物标志物:piRNA共197个,其中,上调的106个,如SEQIDNo.1~106所示;下调的91个,如SEQIDNo.107~197所示。本发明首次发现piRNA在膀胱癌临床早期鉴别诊断中,可作为一种重要的生物学检测指标,为今后膀胱癌piRNA的研究提供了理论依据,并为分子水平诊断膀胱癌提供了新的思路,具有重大的理论意义和潜在的使用价值。

权利要求书

1.一种与膀胱癌相关的piRNA生物标志物,其特征在于,所述生物标志物:piRNA共197个,其中,上调的106个,如SEQ ID No.1~106所示:piR-52681、piR-48765、piR-36984、piR-52373、piR-31112、piR-36360、piR-61291、piR-54826、piR-51747、piR-43148、piR-45726、piR-48368、piR-58119、piR-57089、piR-39017、piR-43887、piR-37525、piR-39614、piR-39018、piR-35831、piR-39592、piR-33050、piR-34998、piR-38355、piR-56914、piR-34920、piR-37523、piR-45582、piR-51256、piR-37524、piR-52680、piR-31111、piR-56252、piR-58255、piR-31101、piR-30597、piR-32079、piR-54098、piR-34984、piR-31108、piR-34000、piR-31961、piR-33650、piR-57293、piR-33470、piR-36475、piR-47132、piR-45029、piR-58050、piR-36707、piR-60668、piR-34756、piR-47161、piR-55637、piR-44190、piR-31013、piR-50437、piR-33543、piR-43217、piR-38376、piR-50657、piR-61404、piR-51364、piR-48118、piR-30327、piR-54136、piR-45459、piR-44085、piR-52697、piR-49813、piR-57447、piR-39232、piR-57132、piR-39763、piR-45051、piR-33043、piR-53177、piR-43105、piR-57140、piR-40110、piR-37972、piR-40982、piR-42947、piR-43876、piR-38354、piR-57141、piR-57567、piR-44956、piR-33368、piR-56037、piR-57143、piR-43107、piR-33733、piR-57142、piR-57139、piR-34534、piR-56276、piR-32683、piR-55475、piR-34532、piR-33730、piR-59160、piR-61324、piR-49600、piR-52323、piR-38240;下调的91个,如SEQ ID No.107~197所示:piR-60152、piR-34373、piR-30504、piR-34374、piR-55023、piR-34375、piR-43452、piR-52155、piR-34380、piR-34379、piR-44265、piR-40154、piR-34420、piR-48578、piR-35688、piR-56066、piR-37243、piR-47995、piR-49208、piR-34377、piR-56061、piR-34376、piR-38145、piR-58986、piR-30506、piR-37988、piR-33851、piR-39786、piR-56470、piR-43801、piR-45852、piR-58572、piR-49842、piR-49039、piR-51517、piR-35536、piR-35924、piR-33814、piR-47258、piR-32538、piR-30436、piR-52398、piR-36439、piR-34177、piR-52399、piR-35359、piR-31167、piR-56951、piR-42797、piR-40163、piR-31440、piR-32499、piR-34422、piR-31133、piR-36614、piR-45571、piR-32406、piR-46447、piR-34348、piR-31252、piR-45112、piR-54110、piR-58451、piR-49939、piR-49552、piR-39004、piR-30769、piR-40571、piR-50830、piR-45655、piR-42221、piR-35166、piR-35167、piR-39572、piR-39516、piR-38856、piR-35717、piR-33417、piR-38060、piR-55800、piR-33401、piR-39593、piR-35762、piR-53013、piR-35899、piR-34726、piR-33466、piR-34194、piR-54213、piR-58463、piR-34366。 2.一种与膀胱癌相关的piRNA生物标志物,其特征在于,所述生物标志物为上调的piR-52681和下调的piR-60152。 3.权利要求1或2中所述的piRNA生物标志物在制备膀胱癌检测试剂盒中的应用。 4.一种如权利要求1或2所述的与膀胱癌相关的piRNA生物标志物的检测及表达谱建立方法,其特征在于包括以下步骤:(1)使用Trizol试剂(Invitrogen)从膀胱癌患者的癌组织及其对应的癌旁组织中提取总RNA,通过Array Star的piRNA芯片筛选出候选差异表达的piRNA;(2)RNA逆转,采用miScript逆转录试剂盒(Qiagen)对RNA提取液进行逆转录反应,获得cDNA溶液;(3) PCR检测,运用miScript SYBR Green PCR检测试剂盒对步骤(2)中的cDNA溶液进行PCR扩增反应,进而完成对候选piRNA的验证,建立膀胱癌piRNA表达谱。 5.如权利要求2所述的与膀胱癌相关的piRNA生物标志物表达量的检测方法,其特征在于采用SYBR qRT-PCR的方法检测膀胱组织中piRNA的表达量:(1)逆转录:采用miScript逆转录试剂盒(Qiagen)对提取出的总RNA进行逆转录反应,具体操作依据该试剂盒的说明书进行,首先在0.5mL离心管中加入5μL DEPC双蒸水、继而加入1μL逆转录混合试剂和4μL RT缓冲液,最后加入10μL 0.1μg/μL的总RNA,总反应体系20μL,该方法的反应条件为:37℃ 反应1小时,95℃ 反应5分钟,得到cDNA溶液;(2)piR-52681实时荧光定量PCR检测:采用miScript SYBR Green PCR检测试剂盒对步骤(1)中获得的cDNA溶液进行PCR扩增反应,扩增引物为piR-52681扩增上游引物和PCR检测的小RNA通用的下游引物,再用ABI 7900HT Real-Time PCR仪检测,具体操作依据该试剂盒与荧光定量PCR仪说明书进行,反应体系包括:1μL piR-52681扩增上游引物和1μL PCR检测的小RNA通用的下游引物,5μL SYBR Green PCR反应缓冲液,2μL DEPC双蒸水以及1μL 0.1μg/μL cDNA稀释液,该方法的反应条件:95℃预变性15分钟,94℃变性15秒,60℃退火30秒,70℃延伸30秒,94℃-70℃的阶段共40个循环;(3)piR-60152实时荧光定量PCR检测:与步骤(2)中的方法相同,所不同的只是扩增的上游引物由piR-52681特异性扩增上游引物代替piR-60152,检测得到膀胱癌组织及癌旁组织中piR-60152的表达水平;(4)U6实时荧光定量PCR检测:与步骤(2)中的方法相同,所不同的只是扩增的上游引物有piR-52681特异性扩增上游引物代替U6,检测得到膀胱癌组织及癌旁组织中U6的表达水平;在本方案中U6作为piR-52681与piR-60152的内参。

说明书

技术领域

本发明属于生物技术和肿瘤学领域,尤其是涉及膀胱癌组织中piRNA生物标志物及其表 达量的检测方法。

背景技术:

膀胱癌是泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一,全球,膀胱癌在男性肿瘤中位列第七,在女 性中位列第十七。在我国泌尿系统肿瘤中,膀胱癌无论是发病率还是死亡率均居首位并且发 病率呈逐年升高趋势,大部分患者年龄介于50-60岁之间。膀胱癌90%以上为移行上皮细胞 癌,按病理分期可分为浅表性膀胱癌(早期)和肌层浸润性膀胱癌(进展期)。膀胱癌的发生 发展,可严重影响患者的生存及生活质量,因此寻找敏感特异的可用于早期诊断的生物学标 志物,以期达到利用其开展预防、筛检及诊断,从而改善膀胱癌患者的生存及生活质量。

RNA的研究近年来备受科学界的广泛关注,尤其是一些非编码的小RNA(non-coding  RNA,ncRNA)分子,这些ncRNA分子可以调节细胞生长和发育的重要生理过程。ncRNA 调控细胞的生命过程包括转录水平和转录后水平的基因沉默。一般小ncRNA可以分为三类: siRNAs,microRNAs(miRNAs)和PIWI-interacting RNAs(PIWI蛋白相关非编码RNAs, 简称piRNAs)[2]。其中piRNA的研究比较少,piRNA潜在的功能和生物起源与miRNA和 siRNA存在明显不同。piRNA长度约26nt–31nt,可与PIWI蛋白结合形成piRNA复合物(piRC) 而发挥其生物学功能。不同于miRNA,piRNA不是由含茎环结构的前体剪切产生。piRNA 序列的基因组分布表明,piRNA通常成簇出现,并且有很强的正义链或反义链专一性。

对于piRNA的产生机制,目前尚无直接的生物化学证据。但是一个基于生物信息学分析 提出了“乒乓模型”假说。该模型认为:反义链的piRNA前体经过某些未知核酸酶的加工,生 成了5’端具有U(尿嘧啶)偏爱性的初级piRNA,这些piRNA与Aub或Piwi蛋白结合形成 piRC,piRC在piRNA的引导下,通过碱基互补配对的方式识别并结合正义链的piRNA前体, 然后将正义链piRNA前体进行剪切切割,产生次级piRNA的5’端,而后该次级piRNA被某 种核酸酶切割形成3’端,最后生成成熟的正义链piRNA。正义链piRNA与Ago3(PIWI)结 合形成piRC,通过类似的方式识别并切割反义链的piRNA前体。这样就形成了一个piRNA 生物发生循环,正义链与反义链的相互识别,通过piRC的剪切切割,循环产生piRNA。目 前该“乒乓模型”假说,得到了许多学者的广泛认同。

值得注意的是,在2006年7月的Nature杂志上面,两个独立的课题组同期发表了关于 piRNA的文章,Aravin等运用Northern blot的方法证实只有生殖细胞中才存在piRNA,同时 Girard等也证明了这种存在形式。近来,也有不少研究报道了piRNA与人类肿瘤之间的相关 性,但是机制方面的研究较少。如Lu等采用Solexa测序的方法,发现piRNA在人宫颈癌 HeLa细胞中存在,Chen等也发现piRNA存在于人的多种肿瘤细胞中。另外Chen等在piRNA 的研究中发现,piRNA-651与胃癌的临床分期显著相关,同时观察到其在胃癌、结肠癌、肺 癌以及乳腺癌组织中的表达水平显著高于其对应的癌旁组织,提示该piRNA可以作为肿瘤诊 断潜在的生物标志物。

目前对于膀胱组织中piRNA的提取及检测尚缺乏,另现有技术中均没有涉及到膀胱癌组 织及其对应癌旁正常组织中与哪些piRNA相关。

发明内容

解决的技术问题:本发明的目的在于克服现有技术中的不足,提供一种用于诊断膀胱癌 的piRNA生物标志物及其应用,建立膀胱癌患者组织piRNA的表达谱,揭示组织中piRNA 对膀胱癌诊断的价值,为临床上膀胱癌早期发现提供基础。

技术方案:一种与膀胱癌相关的piRNA生物标志物,所述生物标志物:piRNA共197 个,其中:

上调的106个,如SEQ ID No.1~106所示:piR-52681、piR-48765、piR-36984、piR-52373、 piR-31112、piR-36360、piR-61291、piR-54826、piR-51747、piR-43148、piR-45726、piR-48368、 piR-58119、piR-57089、piR-39017、piR-43887、piR-37525、piR-39614、piR-39018、piR-35831、 piR-39592、piR-33050、piR-34998、piR-38355、piR-56914、piR-34920、piR-37523、piR-45582、 piR-51256、piR-37524、piR-52680、piR-31111、piR-56252、piR-58255、piR-31101、piR-30597、 piR-32079、piR-54098、piR-34984、piR-31108、piR-34000、piR-31961、piR-33650、piR-57293、 piR-33470、piR-36475、piR-47132、piR-45029、piR-58050、piR-36707、piR-60668、piR-34756、 piR-47161、piR-55637、piR-44190、piR-31013、piR-50437、piR-33543、piR-43217、piR-38376、 piR-50657、piR-61404、piR-51364、piR-48118、piR-30327、piR-54136、piR-45459、piR-44085、 piR-52697、piR-49813、piR-57447、piR-39232、piR-57132、piR-39763、piR-45051、piR-33043、 piR-53177、piR-43105、piR-57140、piR-40110、piR-37972、piR-40982、piR-42947、piR-43876、 piR-38354、piR-57141、piR-57567、piR-44956、piR-33368、piR-56037、piR-57143、piR-43107、 piR-33733、piR-57142、piR-57139、piR-34534、piR-56276、piR-32683、piR-55475、piR-34532、 piR-33730、piR-59160、piR-61324、piR-49600、piR-52323、piR-38240;

下调的91个,如SEQ ID No.107~197所示,:piR-60152、piR-34373、piR-30504、piR-34374、 piR-55023、piR-34375、piR-43452、piR-52155、piR-34380、piR-34379、piR-44265、piR-40154、 piR-34420、piR-48578、piR-35688、piR-56066、piR-37243、piR-47995、piR-49208、piR-34377、 piR-56061、piR-34376、piR-38145、piR-58986、piR-30506、piR-37988、piR-33851、piR-39786、 piR-56470、piR-43801、piR-45852、piR-58572、piR-49842、piR-49039、piR-51517、piR-35536、 piR-35924、piR-33814、piR-47258、piR-32538、piR-30436、piR-52398、piR-36439、piR-34177、 piR-52399、piR-35359、piR-31167、piR-56951、piR-42797、piR-40163、piR-31440、piR-32499、 piR-34422、piR-31133、piR-36614、piR-45571、piR-32406、piR-46447、piR-34348、piR-31252、 piR-45112、piR-54110、piR-58451、piR-49939、piR-49552、piR-39004、piR-30769、piR-40571、 piR-50830、piR-45655、piR-42221、piR-35166、piR-35167、piR-39572、piR-39516、piR-38856、 piR-35717、piR-33417、piR-38060、piR-55800、piR-33401、piR-39593、piR-35762、piR-53013、 piR-35899、piR-34726、piR-33466、piR-34194、piR-54213、piR-58463、piR-34366。

一种与膀胱癌相关的piRNA生物标志物,所述生物标志物为上调的piR-52681和下调的 piR-60152。

所述的piRNA生物标志物在制备膀胱癌检测试剂盒中的应用。

与膀胱癌相关的piRNA生物标志物的检测及表达谱建立方法,包括以下步骤:

(1)使用Trizol试剂(Invitrogen)从膀胱癌患者的癌组织及其对应的癌旁组织中提取总 RNA,通过Array Star的piRNA芯片筛选出候选差异表达的piRNA;

(2)RNA逆转,采用miScript逆转录试剂盒(Qiagen)对RNA提取液进行逆转录反应, 获得cDNA溶液;

(3)PCR检测,运用miScript SYBR Green PCR检测试剂盒对步骤(2)中的cDNA溶 液进行PCR扩增反应,进而完成对候选piRNA的验证,建立膀胱癌piRNA表达谱。

与膀胱癌相关的piRNA生物标志物表达量的检测方法,采用SYBR qRT-PCR的方法检测 膀胱组织中piRNA的表达量:

(1)逆转录:采用miScript逆转录试剂盒(Qiagen)对提取出的总RNA进行逆转录反 应,具体操作依据该试剂盒的说明书进行,首先在0.5mL离心管中加入5μL DEPC双蒸水、 继而加入1μL逆转录混合试剂和4μL RT缓冲液,最后加入10μL0.1μg/μL的总RNA,总反 应体系20μL,该方法的反应条件为:37℃反应1小时,95℃反应5分钟,得到cDNA溶液;

(2)piR-52681实时荧光定量PCR检测:采用miScript SYBR Green PCR检测试剂盒对 步骤(1)中获得的cDNA溶液进行PCR扩增反应,扩增引物为piR-52681扩增上游引物和 PCR检测的小RNA通用的下游引物,再用ABI7900HT Real-Time PCR仪检测,具体操作依 据该试剂盒与荧光定量PCR仪说明书进行,反应体系包括:1μL piR-52681扩增上游引物和1μL PCR检测的小RNA通用的下游引物,5μL SYBR Green PCR反应缓冲液,2μL DEPC双蒸水 以及1μL0.1μg/μL cDNA稀释液,该方法的反应条件:95℃预变性15分钟,94℃变性15秒, 60℃退火30秒,70℃延伸30秒,94℃-70℃的阶段共40个循环;

(3)piR-60152实时荧光定量PCR检测:与步骤(2)中的方法相同,所不同的只是扩 增的上游引物由piR-52681特异性扩增上游引物代替piR-60152,检测得到膀胱癌组织及癌旁 组织中piR-60152的表达水平;

(4)U6实时荧光定量PCR检测:与步骤(2)中的方法相同,所不同的只是扩增的上 游引物有piR-52681特异性扩增上游引物代替U6,检测得到膀胱癌组织及癌旁组织中U6的 表达水平;在本方案中U6作为piR-52681与piR-60152的内参。

有益效果:本发明首次发现piRNA在膀胱癌临床早期鉴别诊断中,可作为一种重要的生 物学检测指标,为今后膀胱癌piRNA的研究提供了理论依据,并为分子水平诊断膀胱癌提供 了新的思路,具有重大的理论意义和潜在的使用价值。

附图说明

图1为实时荧光定量PCR检测piR-52681在膀胱癌组织及癌旁组织中的表达;

图2为实时荧光定量PCR检测piR-60152在膀胱癌组织及癌旁组织中的表达。

具体实施方式

以下结合实施例对本发明进行详细的说明:本实施例在以本发明技术方案的前提下进行 实施,给出了详细的实施方式和过程,但本发明的包含范围不限于下述实施例。下面的实施 例中未注明的条件和方法等均按照常规进行。

实施例1:样本的收集及组织中RNA的提取

收集到19对新发的膀胱癌及其对应癌旁正常组织。组织来源于2010年1月至2012年6 月,且经过医院病理诊断确认,所有研究对象均签署知情同意书。

使用Trizol法提取组织中的总RNA:称取100mg的膀胱癌组织或者癌旁正常组织放于玻 璃研磨器中,继而加入液氮研磨至组织变成干粉状,而后将干粉用刮子转移至1.5mL去RNA 酶的离心管中(管中提前加好1mL Trizol溶液),颠倒混匀10下,室温静置5分钟;每1mL Trizol 中加入0.2mL氯仿,盖紧样品管盖,用手用力摇晃试管15秒,使其充分混匀,室温静置5 分钟后12000g离心15分钟;将上层水相转入新的1.5mL去RNA酶的离心管中(上清量约 0.4-0.5mL),加入0.5mL异丙醇,混匀后放于-20℃中1小时,然后12000g离心10分钟;小 心倒掉上清液,留取离心管底部的沉淀,加1mL现配的75%wt的乙醇(预冷)振荡洗涤RNA 沉淀一次,最后7500g离心5分钟;小心倒掉上清,而后将带有沉淀的离心管置于超净工作 台开风机吹干(约30分钟,此时RNA沉淀变透明);在离心管中加20μL的DEPC水溶解, 可在55-60℃下孵育10分钟助溶。提取好的总RNA保存于-70℃的超低温冰箱中,或立即用 于逆转录。总RNA质量分析:通过对RNA A230、A260及A280的检测(A260/A280=1.8-2.1, A260/A230>1.80;),以及对总RNA采用琼脂糖凝胶电泳,根据28S rRNA与18S rRNA的比 值分析总RNA的质量。

样本流行病学及临床资料的调查

所有患者的膀胱组织都经过两名病理医生的病理诊断,纳入本研究前未患其它肿瘤,且 未经放射或化学药物治疗。调查内容包括一般人口学特征、临床资料、吸烟史、饮酒史、饮 食、个人史和家族史等。吸烟者定义为每天吸烟超过1支并持续一年以上,累计吸烟量“包年” 按(每日吸烟量/20)×吸烟年数来计算。饮酒者定义为每周至少3次,持续一年以上。

piRNA表达谱用于筛选膀胱癌及其对应癌旁正常组织中差异表达的候选piRNA

随机抽取3对癌及癌旁正常组织,采用人piRNA芯片检测了23677个piRNAs。统计学 分析结果显示:差异表达2倍以上且P值小于0.05的piRNA基因数为197个,其中上调的 106个,下调的91个(表1)。我们列出了差异表达上调、下调最显著的前十个piRNAs(表 2)。

膀胱癌组织及其癌旁正常组织中piRNA表达量的检测方法

采用SYBR qRT-PCR的方法检测膀胱组织中piRNA的表达量

(1)逆转录:采用miScript逆转录试剂盒(Qiagen)对提取出的总RNA进行逆转录反 应,具体操作依据该试剂盒的说明书进行。首先在0.5mL离心管中加入5μL DEPC双蒸水、 继而加入1μL逆转录混合试剂和4μL RT缓冲液,最后加入10μL0.1μg/μL的总RNA,总反 应体系20μL。该方法的反应条件为:37℃反应1小时,95℃反应5分钟,得到cDNA溶液。

(2)piR-52681实时荧光定量PCR检测:采用miScript SYBR Green PCR检测试剂盒对 (1)中获得的cDNA溶液进行PCR扩增反应,扩增引物为piR-52681扩增上游引物和PCR 检测的小RNA通用的下游引物,再用ABI7900HT Real-Time PCR仪检测,具体操作依据该 试剂盒与荧光定量PCR仪说明书进行。反应体系包括:1μL piR-52681扩增上游引物和1μL PCR检测的小RNA通用的下游引物,5μL SYBR Green PCR反应缓冲液,2μL DEPC双蒸水 以及1μL cDNA稀释液(0.1μg/μL)。该方法的反应条件:95℃预变性15分钟,94℃变性15 秒,60℃退火30秒,70℃延伸30秒,94℃-70℃的阶段共40个循环。

(3)piR-60152实时荧光定量PCR检测:与(2)中的方法基本相同,所不同的只是扩 增的上游引物由piR-52681特异性扩增上游引物代替piR-60152,检测得到膀胱癌组织及癌旁 组织中piR-60152的表达水平。

(4)U6实时荧光定量PCR检测:与(2)中的方法基本相同,所不同的只是扩增的上 游引物有piR-52681特异性扩增上游引物代替U6,检测得到膀胱癌组织及癌旁组织中U6的 表达水平。在本实验中U6作为piR-52681与piR-60152的内参。

分析piR-52681(DQ585569)和piR-60152(DQ594040)对膀胱癌的诊断价值

实例中piRNA的表达是以CT值来表示。CT值代表一种目的piRNA分子达到实验设计 阈值所需要的PCR循环的次数。在目的piR-52681、piR-60152和内参U6扩增效率相同的情 况下,可以直接得到目的piR-52681、piR-60152相当于内参的定量ΔCT=CT目的-CT内参。采用 2-ΔCT表示目的piRNA表达相对于内参U6表达变化的倍数。所有的统计检验均为双侧概率检 验,P<0.05为差异有统计学意义。采用SPSS13.0软件做进一步的统计分析。

统计分析结果发现,piR-52681在膀胱癌组织中的表达显著高于其对应的癌旁正常组织 (癌组织与癌旁正常组织相比:7.58±7.49versus2.91±1.33,P=0.026)(图1)。piR-60152在 膀胱癌组织中的表达显著低于其对应的癌旁正常组织(癌组织与癌旁正常组织相比:3.95±2.05 versus8.82±7.81,P=0.027)(图2)。

表1.膀胱癌及癌旁正常组织中差异piRNA表达谱

续上表

续上表

续上表

续上表

aNCBI数据库

表2.差异表达上调、下调最显著的前十个piRNAs

aNCBI数据库

上述实例只为说明本发明的技术构思及特点,其目的在于让熟悉此项技术的人是能够了 解本发明的内容并据以实施,并不能以此限制本发明的保护范围。凡根据本发明精神实质所 做的等效变换或修饰,都应涵盖在本发明的保护范围之内。

序列表

 

<110>  南京医科大学

<120>  与膀胱癌相关的piRNA生物标志物及其应用

<130> 

<160>  197  

<170>  PatentIn version 3.3

 

<210>  1

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  1

tgctagcctc acgaaactgg aataagcctt                                      30

 

 <210>  2

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  2

tgagcccatt gatgagtact gtgtcca                                         27

 

 <210>  3

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  3

taaagtgctg acagtgcaga tagtggtcct c                                    31

  

<210>  4

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  4

tgcgagtact caacaccaac atcgatg                                         27

  

<210>  5

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  5

agcctcacga aactggaata agcctt                                          26

  

<210>  6

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  6

ggtgctgatg acacccactg gctgaac                                         27

  

<210>  7

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  7

ttgctggcaa gatggccgaa taggaacagc                                      30

  

<210>  8

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  8

tggcatctca tccaaggcca tgggcatc                                        28

  

<210>  9

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  9

tgcccagaaa gcagttaaca gtgccac                                         27

  

<210>  10

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  10

tcccaagcga aattgtgggc aagagaatc                                       29

 

<210>  11

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  11

tctctgatgg ccagtgatga tgaacgtttt                                      30

  

<210>  12

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  12

tgagaccaat gaaatcgcca atgccaac                                        28

  

<210>  13

<211>  32

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  13

tgtcatgcgg ccggagcaga tcatgaagtc ca                                   32

  

<210>  14

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  14

tggtcattga caatggctcc ggcatgtgc                                       29

  

<210>  15

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  15

tagagcatga gactcttaat ctcagggtcg t                                    31

  

<210>  16

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  16

tccgcaacga cgaggagtta aacaagctgc                                      30

  

<210>  17

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  17

taaggtgcat ctagtgcaga tagtgaagta                                      30

  

<210>  18

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  18

taggatgtcg tgatgggacc gagctc                                          26

  

<210>  19

<211>  32

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  19

tagagcatga gactcttaat ctcagggtcg tg                                   32

  

<210>  20

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  20

ggagagccac acttgatggt ggaatataaa c                                    31

  

<210>  21

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  21

taggatctgc taggaccctg cagctgtgc                                       29

  

<210>  22

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  22

ccccctttta aaagcactca atgggcc                                         27

  

<210>  23

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  23

gattatgatg atgccttaac actgact                                         27

  

<210>  24

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  24

tacctcatga agatcctcac tgagcgaggc                                      30

  

<210>  25

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  25

tggtagacaa tgaggccatc tatgac                                          26

  

<210>  26

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  26

gatcatagct cactgcagcc tcgacttcc                                       29

  

<210>  27

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  27

taaggtgcat ctagtgcaga tagtgaa                                         27

  

<210>  28

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  28

tctccaacaa gagaatagta ggctgcatc                                       29

  

<210>  29

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  29

tgccaagaac atgatggctg cctgtgaccc                                      30

  

<210>  30

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  30

taaggtgcat ctagtgcaga tagtgaagt                                       29

  

<210>  31

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  31

tgctagcaat cagcgagatt ccgtgggc                                        28

  

<210>  32

<211>  32

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  32

agcctatgat ggttagttat ccctgtctga aa                                   32

  

<210>  33

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  33

tgggctccaa tttcctgtag gacgagtgc                                       29

  

<210>  34

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  34

tgtcgcactc ggacgagaag ccctaccagt                                      30

  

<210>  35

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  35

agcccatgta aggagctgag tccttaaga                                       29

 

 <210>  36

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  36

accccttgtg aagcccaaga tcgtcaaaa                                       29

  

<210>  37

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  37

cacaaagatg agtggtgaaa atctgatc                                        28

  

<210>  38

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  38

tggagaagag atcctgatca cggtgctgtc                                      30

  

<210>  39

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  39

gatgtctgtg tggaaagcgg ctgtgca                                         27

  

<210>  40

<211>  32

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  40

agccgagata gcttcctgaa acgtgtgaag ga                                   32

  

<210>  41

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  41

ctgtggagaa gagatcctga tcacggtgct                                      30

  

<210>  42

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  42

caaagatgag tggtgaaaat ctgatc                                          26

  

<210>  43

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  43

ctcacaaaga tgagtggtga aaatctgatc                                      30

  

<210>  44

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  44

tggtgagctg cgacaactgg atgaac                                          26

  

<210>  45

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  45

cggctgttaa ccgaaaggtt ggtggt                                          26

  

<210>  46

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  46

gtcagggaca tttctgaagc gagcgt                                          26

  

<210>  47

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  47

tgaagcagag gcaatgaatt acgaag                                          26

  

<210>  48

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  48

tcgctggttc gaatccggct cggaggac                                        28

  

<210>  49

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  49

tgtcacgtgt gtggcaagat gctgagctc                                       29

  

<210>  50

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  50

gttaagatgg cagagcccgg taatcgcata a                                    31

  

<210>  51

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  51

ttcgatgaag agatgatgac gagtctgact                                      30

  

<210>  52

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  52

gaggagccac tgtggcgaca gaatgctagc                                      30

  

<210>  53

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  53

tgaagctgca gaaccaacga ggtggcc                                         27

  

<210>  54

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  54

tgggaagtac gtcctggggt acaagca                                         27

  

<210>  55

<211>  32

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  55

tcctaggact gaatcaccac cccagaagag ca                                   32

  

<210>  56

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  56

agcacatgat gattccagcg tgcgtctgaa                                      30

  

<210>  57

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  57

tgcaatggca tgatctcggc tcactgc                                         27

  

<210>  58

<211>  32

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  58

cgtgctgggc ccataaccca gaggtcgatg ga                                   32

  

<210>  59

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  59

tcccacgtgg ctgagactac aggtgcttgc                                      30

 

 <210>  60

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  60

tacctgaaga tgaaagggga ctactaccgc                                      30

  

<210>  61

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  61

tgcagaaagc tctgggtgtg cggcagta                                        28

  

<210>  62

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  62

ttggaggatg aaacaaagga atctgact                                        28

  

<210>  63

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  63

tgccaccaat gtcgagcagg cgttcatgac                                      30

  

<210>  64

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  64

tgactgtgct gtcctgattg ttgctgc                                         27

  

<210>  65

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  65

acaaaaaatt acccgggcgt ggtggcagg                                       29

  

<210>  66

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  66

tggagatcct ggagctgtac tgtgac                                          26

  

<210>  67

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  67

tctcaaagtg ctgggattac aggcgtgagc                                      30

  

<210>  68

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  68

tcctaaagtg ctggggttac aggcatgagc                                      30

  

<210>  69

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  69

tgctagggtc acctgtaccc caggctggag c                                    31

  

<210>  70

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  70

tgatgagacg aagttgacgc tgcatgga                                        28

 

 <210>  71

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  71

tggtggatgc gcacactgcc gaagtc                                          26

  

<210>  72

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  72

tagcagctgt atcgggcttc ctcatcctgc                                      30

  

<210>  73

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  73

tggtctcaaa ctcctgacct caggtgatct                                      30

  

<210>  74

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  74

tagggtcacc tgtaccccag gctggagctg c                                    31

  

<210>  75

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  75

tcggaacctg cagacacttg tggagga                                         27

  

<210>  76

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  76

ccccccactg ctaaatttga ctggcta                                         27

  

<210>  77

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  77

tgctgggatg acaggcatga gccactgcgc                                      30

  

<210>  78

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  78

tcccaaagtg ctggaattac aggcgtga                                        28

  

<210>  79

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  79

tggtctcgaa ctcctgacct caggtgatc                                       29

  

<210>  80

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  80

tagtttcaga aggaatggta ccagctcc                                        28

  

<210>  81

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  81

tacagcacac tgatgggtct tgactc                                          26

  

<210>  82

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  82

tcacaaagat gagtggtgaa aatctgatc                                       29

  

<210>  83

<211>  32

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  83

tccatcgtta caatggcctc tttagaccca gc                                   32

  

<210>  84

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  84

tccgagtgca gaccacgccg gactacagcc c                                    31

  

<210>  85

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  85

tacctcatga agatcctcac cgagcgcggc                                      30

 

 <210>  86

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  86

tggtctcgaa ctcctgacct caggtgatcc                                      30

  

<210>  87

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  87

tggtgtgatc tcggctcact gcaacctcct                                      30

  

<210>  88

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  88

tcgcaatcca actggtacac tggcatgagt                                      30

  

<210>  89

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  89

cgatcaagca gccgtgcaga gatgtgcctc                                      30

  

<210>  90

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  90

tgggattaca ggcatgagcc accgcgcct                                       29

 

 <210>  91

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  91

tggtctcgaa ctcctgacct caggtgatct                                      30

 

 <210>  92

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  92

tcccaaagtg ctgggaatac aggcatgagc                                      30

  

<210>  93

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  93

ctcgaactcc tgacctcagg tgatctgcct                                      30

  

<210>  94

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  94

tggtctcgaa ctcctgacct caggtgatcc a                                    31

  

<210>  95

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  95

tggtctcgaa ctcctgacct caggta                                          26

 

 <210>  96

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  96

gagaaagctc acaagaactg ctaactcat                                       29

 

 <210>  97

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  97

tgggctgcgg tggccagggc cgtgagtc                                        28

 

 

<210>  98

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  98

catttgcggc cggcgccagg gtggag                                          26

  

<210>  99

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  99

tgggaacctg cagacacttg tggaggag                                        28

  

<210>  100

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  100

gagaaagctc acaagaactg ctaactcaca                                      30

  

<210>  101

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  101

ctcctgaagt cagcgagacc acgaaccc                                        28

  

<210>  102

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  102

tgtgtgctaa atgtgttcgt gacagg                                          26

  

<210>  103

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  103

ttggaacaac cactgagcta cggaga                                          26

  

<210>  104

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  104

tgatcaagca gccgtgcaga gatgtgcctc                                      30

  

<210>  105

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  105

tgcctttgct gatctgacag gaggcagagc                                      30

 

 <210>  106

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  106

taccatcttg gctcactgca acctccgcct                                      30

  

<210>  107

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  107

ttcaagccag gaaagcactg tagctccccc a                                    31

  

<210>  108

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  108

gaccaatgat gagacagtgt ttatgaa                                         27

  

<210>  109

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

 <400>  109

accaatgatg agacagtgtt tatgaa                                          26

  

<210>  110

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  110

gaccaatgat gagacagtgt ttatgaaa                                        28

 

<210>  111

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  111

tggcccctta cccttccaga gatgaagccc                                      30

 

<210>  112

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  112

gaccaatgat gagacagtgt ttatgaac                                        28

 

<210>  113

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  113

tccccaaaac aagcacagta gcctgcacag t                                    31

 

<210>  114

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  114

tgcctgatga tctgagatgg aacggt                                          26

 

<210>  115

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  115

gaccaatgat gagtattctg gggtgtctga a                                    31

 

<210>  116

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  116

gaccaatgat gagtattctg gggtgtctga                                      30

 

<210>  117

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  117

tcctcacacc gcacggcagg cacaga                                          26

 

<210>  118

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  118

tataccgaga cattccattg cccagggac                                       29

 

<210>  119

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  119

gacctatgat gatgactggt ggcgtatgag t                                    31

 

<210>  120

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  120

tgagatgctg atggggatct atgaacggat c                                    31

 

<210>  121

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  121

gctgttatgc atctaccggc gcccaccctc                                      30

 

<210>  122

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  122

tgggcaaggc agccagacag gcagtga                                         27

 

<210>  123

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  123

taactgaact taaaagaaaa gccaggga                                        28

 

<210>  124

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  124

tgactaatta gactgggaaa caagggc                                         27

 

<210>  125

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  125

tgaggtgtaa gcactgtatc aagacaggt                                       29

 

<210>  126

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  126

gaccaatgat gagattggag ggtgtctgaa t                                    31

 

 

<210>  127

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  127

tgggcaagaa gcactgtctg caaggcc                                         27

 

<210>  128

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  128

gaccaatgat gagattggag ggtgtctgaa                                      30

 

<210>  129

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  129

taccaatgat gagattggag ggtgtctgaa t                                    31

 

<210>  130

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  130

tgtggcctgc aaaggaaggt aagtaggtgg                                      30

 

<210>  131

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  131

accaatgatg agattggagg gtgtctgaat                                      30

 

<210>  132

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  132

tacagctccc gtgtctggga agaagc                                          26

 

<210>  133

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  133

ctgcactgta gcctgggtga ccagagtga                                       29

 

<210>  134

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  134

taggtacaac ggattccggc gggcagagc                                       29

 

<210>  135

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  135

tggggtcctg cacagatggg acgtggctt                                       29

 

<210>  136

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  136

tcccttcccg acttgatgaa ggcagagtag c                                    31

 

<210>  137

<211>  32

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  137

tctgagaagc cacaccaacc tcgttccggg ga                                   32

 

<210>  138

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  138

tgtgagatgg agcaagatga aggccacatg t                                    31

 

<210>  139

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  139

tgatgatcct gagatgagac caaactg                                         27

 

<210>  140

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  140

tgaggccccg ggttcgatcc ccggca                                          26

 

<210>  141

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  141

tgccagggaa acagtctcaa ttttacactt                                      30

 

<210>  142

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  142

gcggtgtgac gagactcgcg tgggaagaa                                       29

 

<210>  143

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  143

ggcacagagc aggctaggtc tgccgcga                                        28

 

<210>  144

<211>  32

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  144

ctgagaagcc acaccaacct cgttccgggg at                                   32

 

<210>  145

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  145

tgaagttggg gccgagcaag aaagtgcga                                       29

 

<210>  146

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  146

caggctaatg ggaaacggag caaccacatg                                      30

 

<210>  147

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  147

acagcagcca gggatagcga aggtgg                                          26

 

<210>  148

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  148

tgcgcaggaa gactgagatg aggacc                                          26

 

<210>  149

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  149

gtaggatgaa aacactgggg ctgaaatgc                                       29

 

<210>  150

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  150

gaagatggag cagttgctag agacgatggt                                      30

 

<210>  151

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  151

tgcgcaggaa gactgagatg aggacccta                                       29

 

<210>  152

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  152

gccatctgag gtgtcgacag agaaagaga                                       29

 

<210>  153

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  153

agctgaaaaa ggagaaaggg tcactgag                                        28

 

<210>  154

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  154

tggtaggaat ggatgatgat gctgcagagg                                      30

 

<210>  155

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  155

tccagggaga aaaataaaag gaagccatag a                                    31

 

<210>  156

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  156

tatagagaaa gaaataaggg gacccggg                                        28

 

<210>  157

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  157

aggggaaaca caggaagtgt ttaaggcatg c                                    31

 

<210>  158

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  158

caggagagta ggatgaaaac actggggctt t                                    31

 

<210>  159

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  159

gacctcaagg gaatgtagag aagcctcagg                                      30

 

<210>  160

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  160

agcgcaggaa gactgagatg aggaccc                                         27

 

<210>  161

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  161

gtggaaagct gagtaactgc tgagtaggtg t                                    31

 

<210>  162

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  162

tctcatggga gtgcttacca atgtgtggcc                                      30

 

<210>  163

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  163

cagcagagca ggcacagcgg tgtgacgaga                                      30

 

<210>  164

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  164

tcttgaggga cgctagaggt agtagatgtg t                                    31

 

<210>  165

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  165

gacatgcata gagggaagac caggtgaaga                                      30

 

<210>  166

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  166

aggagaagta gaaggggctg cacatgc                                         27

 

<210>  167

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  167

tcggcagagc aggcacagag gtgtgacga                                       29

 

<210>  168

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  168

tggagacaca ggacgttctg agatgg                                          26

 

<210>  169

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  169

tgtgaaggaa agtcaccaca gggcaa                                          26

 

<210>  170

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  170

tgatggagag ccctgtgctg agatgaaat                                       29

 

<210>  171

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  171

tgatagtgga actaaaatcg ggggca                                          26

 

<210>  172

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  172

tagagagtca gaagctctat atgcgtagtg                                      30

 

<210>  173

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  173

actgaatgaa aagaggtggc tgaggaaagc                                      30

 

<210>  174

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  174

tattgagtgg aagtagctag ggtctcaggg g                                    31

 

<210>  175

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  175

tgcaggacaa agacaatctg gctaggga                                        28

 

<210>  176

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  176

tctcctgatg ccttgttatg aacagggag                                       29

 

<210>  177

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  177

tccaagaaat actgggagtg ctggaccc                                        28

 

<210>  178

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  178

gcagagcaag aaaagcagag atgtgg                                          26

 

<210>  179

<211>  31

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  179

gcagagcagg cacagcggtg cgacgagatg t                                    31

 

<210>  180

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  180

taggagtacg gtctaggcaa aggcatggt                                       29

 

<210>  181

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  181

taggaccaga gatggagaat gacagc                                          26

 

<210>  182

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  182

tagaaggtga gatctggagt taaacatgtc                                      30

 

<210>  183

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  183

ggaaaaaaag caagatgcct caatgc                                          26

 

<210>  184

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  184

cgcgtgggaa cgagaagaca ctcgtgga                                        28

 

<210>  185

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

 

<400>  185

tacatcatgg accaaaggac agacaggc                                        28

 

<210>  186

<211>  28

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  186

tgggagaaaa gccaagcaag tgctgaac                                        28

 

<210>  187

<211>  27

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  187

cgccaaagga tagaaccgtc aggggcc                                         27

 

<210>  188

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<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  188

taggatgaaa acactggggc tgaaatgc                                        28

 

<210>  189

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  189

ggaactcggc caggtgctga tcggtgaggt                                      30

 

<210>  190

<211>  26

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  190

tgctgagatg gagaagaccg ggggca                                          26

 

<210>  191

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  191

ggcaaactgg tggagatgtg aactgaggc                                       29

 

<210>  192

<211>  29

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  192

gaggaaggca gaacaaagga aataagaag                                       29

 

<210>  193

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<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  193

cggcggtggc ggcggcggcg gcgggacc                                        28

 

<210>  194

<211>  30

<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  194

gaagctatgg gagataagat ggacttcctt                                      30

 

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<213>  人工序列

<400>  195

tggaggaact caccttccag ggtgtcaatg                                      30

 

<210>  196

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<212>  DNA

<213>  人工序列

<400>  196

tgtgaagttg cccaccccca tgcagagcct t                                    31

 

<210>  197

<211>  29

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<213>  人工序列

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gaccaaggag ttcatcttct cagagctgc                                       29

 

 

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资源描述

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1、(10)申请公布号 CN 103627705 A (43)申请公布日 2014.03.12 CN 103627705 A (21)申请号 201310516529.4 (22)申请日 2013.10.28 C12N 15/113(2010.01) C12Q 1/68(2006.01) (71)申请人 南京医科大学 地址 211166 江苏省南京市江宁区天元东路 818 号 (72)发明人 张正东 王美林 储海燕 殷长军 仝娜 袁琳 (74)专利代理机构 南京经纬专利商标代理有限 公司 32200 代理人 李纪昌 唐循文 (54) 发明名称 与膀胱癌相关的 piRNA 生物标志物及其应用 (57。

2、) 摘要 与膀胱癌相关的 piRNA 生物标志物及其应 用。所述生物标志物 : piRNA 共 197 个, 其中, 上调 的106个, 如 SEQIDNo.1106所示 ; 下调的91 个, 如SEQIDNo.107197所示。 本发明首次发现piRNA 在膀胱癌临床早期鉴别诊断中, 可作为一种重要 的生物学检测指标, 为今后膀胱癌 piRNA 的研究 提供了理论依据, 并为分子水平诊断膀胱癌提供 了新的思路, 具有重大的理论意义和潜在的使用 价值。 (51)Int.Cl. 权利要求书 2 页 说明书 11 页 序列表 36 页 附图 1 页 (19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发。

3、明专利申请 权利要求书2页 说明书11页 序列表36页 附图1页 (10)申请公布号 CN 103627705 A CN 103627705 A 1/2 页 2 1. 一种与膀胱癌相关的 piRNA 生物标志物, 其特征在于, 所述生物标志物 : piRNA 共 197 个, 其中, 上 调 的 106 个,如 SEQ ID No.1106 所 示 : piR-52681、 piR-48765、 piR-36984、 piR-52373、 piR-31112、 piR-36360、 piR-61291、 piR-54826、 piR-51747、 piR-43148、 piR-45726、 p。

4、iR-48368、 piR-58119、 piR-57089、 piR-39017、 piR-43887、 piR-37525、 piR-39614、 piR-39018、 piR-35831、 piR-39592、 piR-33050、 piR-34998、 piR-38355、 piR-56914、 piR-34920、 piR-37523、 piR-45582、 piR-51256、 piR-37524、 piR-52680、 piR-31111、 piR-56252、 piR-58255、 piR-31101、 piR-30597、 piR-32079、 piR-54098、 piR-。

5、34984、 piR-31108、 piR-34000、 piR-31961、 piR-33650、 piR-57293、 piR-33470、 piR-36475、 piR-47132、 piR-45029、 piR-58050、 piR-36707、 piR-60668、 piR-34756、 piR-47161、 piR-55637、 piR-44190、 piR-31013、 piR-50437、 piR-33543、 piR-43217、 piR-38376、 piR-50657、 piR-61404、 piR-51364、 piR-48118、 piR-30327、 piR-541。

6、36、 piR-45459、 piR-44085、 piR-52697、 piR-49813、 piR-57447、 piR-3923 2、 piR-57132、 piR-39763、 piR-45051、 piR-33043、 piR-53177、 piR-43105、 piR-57140、 piR-40110、 piR-37972、 piR-40982、 piR-42947、 piR-43876、 piR-38354、 piR-57141、 piR-57567、 piR-44956、 piR-33368、 piR-56037、 piR-57143、 piR-43107、 piR-33733。

7、、 piR-57142、 piR-57139、 piR-34534、 piR-56276、 piR-32683、 piR-55475、 piR-34532、 piR-33730、 piR-59160、 piR-61324、 piR-49600、 piR-52323、 piR-38240 ; 下 调 的 91 个,如 SEQ ID No.107197 所 示 : piR-60152、 piR-34373、 piR-30504、 piR-34374、 piR-55023、 piR-34375、 piR-43452、 piR-52155、 piR-34380、 piR-34379、 piR-4426。

8、5、 piR-40154、 piR-34420、 piR-48578、 piR-35688、 piR-56066、 piR-37243、 piR-47995、 piR-49208、 piR-34377、 piR-56061、 piR-34376、 piR-38145、 piR-58986、 piR-30506、 piR-37988、 piR-33851、 piR-39786、 piR-56470、 piR-43801、 piR-45852、 piR-58572、 piR-49842、 piR-49039、 piR-51517、 piR-35536、 piR-35924、 piR-33814、 。

9、piR-47258、 piR-32538、 piR-30436、 piR-52398、 piR-36439、piR-34177、 piR-52399、 piR-35359、 piR-31167、 piR-56951、 piR-42797、 piR-40163、 piR-31440、 piR-32499、 piR-34422、 piR-31133、 piR-36614、 piR-45571、 piR-32406、 piR-46447、 piR-34348、 piR-31252、 piR-45112、 piR-54110、 piR-58451、 piR-49939、 piR-49552、 piR-。

10、39004、 piR-30769、 piR-40571、 piR-50830、 piR-45655、 piR-42221、 piR-35166、 piR-35167、 piR-39572、 piR-39516、 piR-38856、 piR-35717、 piR-33417、 piR-38060、 piR-55800、 piR-33401、 piR-39593、 piR-35762、piR-53013、 piR-35899、 piR-34726、 piR-33466、 piR-34194、 piR-54213、 piR-58463、 piR-34366。 2. 一种与膀胱癌相关的 piRNA 。

11、生物标志物, 其特征在于, 所述生物标志物为上调的 piR-52681 和下调的 piR-60152。 3. 权利要求 1 或 2 中所述的 piRNA 生物标志物在制备膀胱癌检测试剂盒中的应用。 4.一种如权利要求1或2所述的与膀胱癌相关的piRNA生物标志物的检测及表达谱建 立方法, 其特征在于包括以下步骤 : (1) 使用 Trizol 试剂 (Invitrogen) 从膀胱癌患者的癌组织及其对应的癌旁组织中提 取总 RNA, 通过 Array Star 的 piRNA 芯片筛选出候选差异表达的 piRNA ; 权 利 要 求 书 CN 103627705 A 2 2/2 页 3 (2)。

12、 RNA 逆转, 采用 miScript 逆转录试剂盒 (Qiagen) 对 RNA 提取液进行逆转录反应, 获得 cDNA 溶液 ; (3) PCR 检测, 运用 miScript SYBR Green PCR 检测试剂盒对步骤 (2) 中的 cDNA 溶液 进行 PCR 扩增反应, 进而完成对候选 piRNA 的验证, 建立膀胱癌 piRNA 表达谱。 5. 如权利要求 2 所述的与膀胱癌相关的 piRNA 生物标志物表达量的检测方法, 其特征 在于采用 SYBR qRT-PCR 的方法检测膀胱组织中 piRNA 的表达量 : (1) 逆转录 : 采用 miScript 逆转录试剂盒 (Q。

13、iagen) 对提取出的总 RNA 进行逆转录反 应, 具体操作依据该试剂盒的说明书进行, 首先在 0.5mL 离心管中加入 5L DEPC 双蒸水、 继而加入 1L 逆转录混合试剂和 4L RT 缓冲液, 最后加入 10L 0.1g/L 的总 RNA, 总反应体系20L, 该方法的反应条件为 : 37 反应1小时, 95 反应5分钟, 得到cDNA溶 液 ; (2) piR-52681 实时荧光定量 PCR 检测 : 采用 miScript SYBR Green PCR 检测试剂盒 对步骤 (1) 中获得的 cDNA 溶液进行 PCR 扩增反应, 扩增引物为 piR-52681 扩增上游引物。

14、和 PCR检测的小RNA通用的下游引物, 再用ABI 7900HT Real-Time PCR仪检测, 具体操作依据 该试剂盒与荧光定量 PCR 仪说明书进行, 反应体系包括 : 1L piR-52681 扩增上游引物和 1L PCR 检测的小 RNA 通用的下游引物, 5L SYBR Green PCR 反应缓冲液, 2L DEPC 双 蒸水以及 1L 0.1g/L cDNA 稀释液, 该方法的反应条件 : 95预变性 15 分钟, 94变 性 15 秒, 60退火 30 秒, 70延伸 30 秒, 94 -70的阶段共 40 个循环 ; (3) piR-60152 实时荧光定量 PCR 检。

15、测 : 与步骤 (2) 中的方法相同, 所不同的只是扩增 的上游引物由 piR-52681 特异性扩增上游引物代替 piR-60152, 检测得到膀胱癌组织及癌 旁组织中 piR-60152 的表达水平 ; (4) U6 实时荧光定量 PCR 检测 : 与步骤 (2) 中的方法相同, 所不同的只是扩增的上游引 物有piR-52681特异性扩增上游引物代替U6, 检测得到膀胱癌组织及癌旁组织中U6的表达 水平 ; 在本方案中 U6 作为 piR-52681 与 piR-60152 的内参。 权 利 要 求 书 CN 103627705 A 3 1/11 页 4 与膀胱癌相关的 piRNA 生物标。

16、志物及其应用 技术领域 0001 本发明属于生物技术和肿瘤学领域, 尤其是涉及膀胱癌组织中 piRNA 生物标志物 及其表达量的检测方法。 背景技术 : 0002 膀胱癌是泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一, 全球, 膀胱癌在男性肿瘤中位列第七, 在女性中位列第十七。在我国泌尿系统肿瘤中, 膀胱癌无论是发病率还是死亡率均居首位 并且发病率呈逐年升高趋势, 大部分患者年龄介于 50-60 岁之间。膀胱癌 90% 以上为移行 上皮细胞癌, 按病理分期可分为浅表性膀胱癌 ( 早期) 和肌层浸润性膀胱癌 (进展期) 。膀胱 癌的发生发展, 可严重影响患者的生存及生活质量, 因此寻找敏感特异的可用于早期诊断 。

17、的生物学标志物, 以期达到利用其开展预防、 筛检及诊断, 从而改善膀胱癌患者的生存及生 活质量。 0003 RNA 的研究近年来备受科学界的广泛关注, 尤其是一些非编码的小 RNA (non-coding RNA, ncRNA) 分子, 这些 ncRNA 分子可以调节细胞生长和发育的重要生理过 程。ncRNA 调控细胞的生命过程包括转录水平和转录后水平的基因沉默。一般小 ncRNA 可 以分为三类 : siRNAs, microRNAs(miRNAs) 和 PIWI-interacting RNAs(PIWI 蛋白相关非 编码 RNAs, 简称 piRNAs) 2。其中 piRNA 的研究比较。

18、少, piRNA 潜在的功能和生物起源与 miRNA 和 siRNA 存在明显不同。piRNA 长度约 26nt31nt, 可与 PIWI 蛋白结合形成 piRNA 复合物 (piRC) 而发挥其生物学功能。不同于 miRNA, piRNA 不是由含茎环结构的前体剪切 产生。piRNA 序列的基因组分布表明, piRNA 通常成簇出现, 并且有很强的正义链或反义链 专一性。 0004 对于 piRNA 的产生机制, 目前尚无直接的生物化学证据。但是一个基于生物信息 学分析提出了 “乒乓模型” 假说。该模型认为 : 反义链的 piRNA 前体经过某些未知核酸酶的 加工, 生成了 5 端具有 U(。

19、尿嘧啶) 偏爱性的初级 piRNA, 这些 piRNA 与 Aub 或 Piwi 蛋白结 合形成piRC, piRC在piRNA的引导下, 通过碱基互补配对的方式识别并结合正义链的piRNA 前体, 然后将正义链 piRNA 前体进行剪切切割, 产生次级 piRNA 的 5 端, 而后该次级 piRNA 被某种核酸酶切割形成 3 端, 最后生成成熟的正义链 piRNA。正义链 piRNA 与 Ago3 (PIWI) 结合形成piRC, 通过类似的方式识别并切割反义链的piRNA前体。 这样就形成了一个piRNA 生物发生循环, 正义链与反义链的相互识别, 通过 piRC 的剪切切割, 循环产生。

20、 piRNA。目前 该 “乒乓模型” 假说, 得到了许多学者的广泛认同。 0005 值得注意的是, 在 2006 年 7 月的 Nature 杂志上面, 两个独立的课题组同期发表 了关于 piRNA 的文章, Aravin 等运用 Northern blot 的方法证实只有生殖细胞中才存在 piRNA, 同时 Girard 等也证明了这种存在形式。近来, 也有不少研究报道了 piRNA 与人类肿 瘤之间的相关性, 但是机制方面的研究较少。如 Lu 等采用 Solexa 测序的方法, 发现 piRNA 在人宫颈癌HeLa细胞中存在, Chen等也发现piRNA存在于人的多种肿瘤细胞中。 另外Ch。

21、en 等在 piRNA 的研究中发现, piRNA-651 与胃癌的临床分期显著相关, 同时观察到其在胃癌、 说 明 书 CN 103627705 A 4 2/11 页 5 结肠癌、 肺癌以及乳腺癌组织中的表达水平显著高于其对应的癌旁组织, 提示该 piRNA 可 以作为肿瘤诊断潜在的生物标志物。 0006 目前对于膀胱组织中 piRNA 的提取及检测尚缺乏, 另现有技术中均没有涉及到膀 胱癌组织及其对应癌旁正常组织中与哪些 piRNA 相关。 发明内容 0007 解决的技术问题 : 本发明的目的在于克服现有技术中的不足, 提供一种用于诊断 膀胱癌的 piRNA 生物标志物及其应用, 建立膀胱。

22、癌患者组织 piRNA 的表达谱, 揭示组织中 piRNA 对膀胱癌诊断的价值, 为临床上膀胱癌早期发现提供基础。 0008 技术方案 : 一种与膀胱癌相关的 piRNA 生物标志物, 所述生物标志物 : piRNA 共 197 个, 其中 : 0009 上调的 106 个, 如 SEQ ID No.1 106 所示 : piR-52681、 piR-48765、 piR-36984、 piR-52373、 piR-31112、 piR-36360、 piR-61291、 piR-54826、 piR-51747、 piR-43148、 piR-45726、 piR-48368、 piR-58。

23、119、 piR-57089、 piR-39017、 piR-43887、 piR-37525、 piR-39614、 piR-39018、 piR-35831、 piR-39592、 piR-33050、 piR-34998、 piR-38355、 piR-56914、 piR-34920、 piR-37523、 piR-45582、 piR-51256、 piR-37524、 piR-52680、 piR-31111、 piR-56252、 piR-58255、 piR-31101、 piR-30597、 piR-32079、 piR-54098、 piR-34984、 piR-31108。

24、、 piR-34000、 piR-31961、 piR-33650、 piR-57293、 piR-33470、 piR-36475 、 piR-47132、 piR-45029、 piR-58050、 piR-36707、 piR-60668、 piR-34756、 piR-47161、 piR-55637、 piR-44190、 piR-31013、 piR-50437、 piR-33543、 piR-43217、 piR-38376、 piR-50657、 piR-61404、 piR-51364、 piR-48118、 piR-30327、 piR-54136、 piR-45459、 。

25、piR-44085、 piR-52697、 piR-49813、 piR-57447、 piR-39232、 piR-57132、 piR-39763、 piR-45051、 piR-33043、 piR-53177、 piR-43105、 piR-57140、 piR-40110、 piR-37972、 piR-40982、 piR-42947、 piR-43876、 piR-38354、 piR-57141 、 piR-57567、 piR-44956、 piR-33368、 piR-56037、 piR-57143、 piR-43107、 piR-33733、 piR-57142、 pi。

26、R-57139、 piR-34534、 piR-56276、 piR-32683、 piR-55475、 piR-34532、 piR-33730、 piR-59160、 piR-61324、 piR-49600、 piR-52323、 piR-38240 ; 0010 下调的 91 个, 如 SEQ ID No.107 197 所示, : piR-60152、 piR-34373、 piR-30504、 piR-34374、 piR-55023、 piR-34375、 piR-43452、 piR-52155、 piR-34380、 piR-34379、 piR-44265、 piR-401。

27、54、 piR-34420、 piR-48578、 piR-35688、 piR-56066、 piR-37243、 piR-47995、 piR-49208、 piR-34377、 piR-56061、 piR-34376、 piR-38145、 piR-58986、 piR-30506、 piR-37988、 piR-33851、 piR-39786、 piR-56470、 piR-43801、 piR-45852、 piR-58572、 piR-49842、 piR-49039、 piR-51517、 piR-35536、 piR-35924、 piR-33814、 piR-47258、。

28、 piR-32538、 piR-30436、 piR-52398、 piR-36439、 piR-34177、 piR-52399、 piR-35359、 piR-31167、 piR-56951、 piR-42797、 piR-40163、 piR-31440、 piR-32499、 piR-34422、 piR-31133、 piR-36614、 piR-45571、 piR -32406、 piR-46447、 piR-34348、 piR-31252、 piR-45112、 piR-54110、 piR-58451、 piR-49939、 piR-49552、 piR-39004、 p。

29、iR-30769、 piR-40571、 piR-50830、 piR-45655、 piR-42221、 piR-35166、 piR-35167、 piR-39572、 piR-39516、 piR-38856、 piR-35717、 piR-33417、 piR-38060、 piR-55800、 说 明 书 CN 103627705 A 5 3/11 页 6 piR-33401、 piR-39593、 piR-35762、 piR-53013、 piR-35899、 piR-34726、 piR-33466、 piR-34194、 piR-54213、 piR-58463、 piR-3。

30、4366。 0011 一种与膀胱癌相关的 piRNA 生物标志物, 所述生物标志物为上调的 piR-52681 和 下调的 piR-60152。 0012 所述的 piRNA 生物标志物在制备膀胱癌检测试剂盒中的应用。 0013 与膀胱癌相关的 piRNA 生物标志物的检测及表达谱建立方法, 包括以下步骤 : 0014 (1) 使用 Trizol 试剂 (Invitrogen) 从膀胱癌患者的癌组织及其对应的癌旁组织 中提取总 RNA, 通过 Array Star 的 piRNA 芯片筛选出候选差异表达的 piRNA ; 0015 (2) RNA 逆转, 采用 miScript 逆转录试剂盒 。

31、(Qiagen) 对 RNA 提取液进行逆转录反 应, 获得 cDNA 溶液 ; 0016 (3) PCR 检测, 运用 miScript SYBR Green PCR 检测试剂盒对步骤 (2) 中的 cDNA 溶 液进行 PCR 扩增反应, 进而完成对候选 piRNA 的验证, 建立膀胱癌 piRNA 表达谱。 0017 与膀胱癌相关的piRNA生物标志物表达量的检测方法, 采用SYBR qRT-PCR的方法 检测膀胱组织中 piRNA 的表达量 : 0018 (1) 逆转录 : 采用 miScript 逆转录试剂盒 (Qiagen) 对提取出的总 RNA 进行逆转 录反应, 具体操作依据该。

32、试剂盒的说明书进行, 首先在 0.5mL 离心管中加入 5L DEPC 双 蒸水、 继而加入 1L 逆转录混合试剂和 4L RT 缓冲液, 最后加入 10L0.1g/L 的总 RNA, 总反应体系20L, 该方法的反应条件为 : 37反应1小时, 95反应5分钟, 得到cDNA 溶液 ; 0019 (2) piR-52681 实时荧光定量 PCR 检测 : 采用 miScript SYBR Green PCR 检测试剂 盒对步骤 (1) 中获得的 cDNA 溶液进行 PCR 扩增反应, 扩增引物为 piR-52681 扩增上游引物 和 PCR 检测的小 RNA 通用的下游引物, 再用 ABI7。

33、900HT Real-Time PCR 仪检测, 具体操作依 据该试剂盒与荧光定量 PCR 仪说明书进行, 反应体系包括 : 1L piR-52681 扩增上游引物 和 1LPCR 检测的小 RNA 通用的下游引物, 5L SYBR Green PCR 反应缓冲液, 2L DEPC 双蒸水以及1L0.1g/L cDNA稀释液, 该方法的反应条件 : 95预变性15分钟, 94变 性 15 秒, 60退火 30 秒, 70延伸 30 秒, 94 -70的阶段共 40 个循环 ; 0020 (3) piR-60152 实时荧光定量 PCR 检测 : 与步骤 (2) 中的方法相同, 所不同的只是 扩。

34、增的上游引物由 piR-52681 特异性扩增上游引物代替 piR-60152, 检测得到膀胱癌组织 及癌旁组织中 piR-60152 的表达水平 ; 0021 (4) U6 实时荧光定量 PCR 检测 : 与步骤 (2) 中的方法相同, 所不同的只是扩增的上 游引物有piR-52681特异性扩增上游引物代替U6, 检测得到膀胱癌组织及癌旁组织中U6的 表达水平 ; 在本方案中 U6 作为 piR-52681 与 piR-60152 的内参。 0022 有益效果 : 本发明首次发现 piRNA 在膀胱癌临床早期鉴别诊断中, 可作为一种重 要的生物学检测指标, 为今后膀胱癌 piRNA 的研究提。

35、供了理论依据, 并为分子水平诊断膀 胱癌提供了新的思路, 具有重大的理论意义和潜在的使用价值。 附图说明 0023 图 1 为实时荧光定量 PCR 检测 piR-52681 在膀胱癌组织及癌旁组织中的表达 ; 0024 图 2 为实时荧光定量 PCR 检测 piR-60152 在膀胱癌组织及癌旁组织中的表达。 说 明 书 CN 103627705 A 6 4/11 页 7 具体实施方式 0025 以下结合实施例对本发明进行详细的说明 : 本实施例在以本发明技术方案的前提 下进行实施, 给出了详细的实施方式和过程, 但本发明的包含范围不限于下述实施例。 下面 的实施例中未注明的条件和方法等均按照。

36、常规进行。 0026 实施例 1 : 样本的收集及组织中 RNA 的提取 0027 收集到 19 对新发的膀胱癌及其对应癌旁正常组织。组织来源于 2010 年 1 月至 2012 年 6 月, 且经过医院病理诊断确认, 所有研究对象均签署知情同意书。 0028 使用 Trizol 法提取组织中的总 RNA : 称取 100mg 的膀胱癌组织或者癌旁正常组织 放于玻璃研磨器中, 继而加入液氮研磨至组织变成干粉状, 而后将干粉用刮子转移至 1.5mL 去 RNA 酶的离心管中 (管中提前加好 1mL Trizol 溶液) , 颠倒混匀 10 下, 室温静置 5 分钟 ; 每 1mL Trizol 。

37、中加入 0.2mL 氯仿, 盖紧样品管盖, 用手用力摇晃试管 15 秒, 使其充分混匀, 室温静置 5 分钟后 12000g 离心 15 分钟 ; 将上层水相转入新的 1.5mL 去 RNA 酶的离心管中 (上清量约 0.4-0.5mL) , 加入 0.5mL 异丙醇, 混匀后放于 -20中 1 小时, 然后 12000g 离心 10 分钟 ; 小心倒掉上清液, 留取离心管底部的沉淀, 加 1mL 现配的 75%wt 的乙醇 (预冷) 振 荡洗涤 RNA 沉淀一次, 最后 7500g 离心 5 分钟 ; 小心倒掉上清, 而后将带有沉淀的离心管置 于超净工作台开风机吹干 (约 30 分钟, 此时。

38、 RNA 沉淀变透明) ; 在离心管中加 20L 的 DEPC 水溶解, 可在 55-60下孵育 10 分钟助溶。提取好的总 RNA 保存于 -70的超低温冰箱 中, 或立即用于逆转录。总 RNA 质量分析 : 通过对 RNA A230、 A260 及 A280 的检测 (A260/ A280=1.8-2.1,A260/A2301.80;) , 以及对总 RNA 采用琼脂糖凝胶电泳, 根据 28S rRNA 与 18S rRNA 的比值分析总 RNA 的质量。 0029 样本流行病学及临床资料的调查 0030 所有患者的膀胱组织都经过两名病理医生的病理诊断, 纳入本研究前未患其它肿 瘤, 且未。

39、经放射或化学药物治疗。调查内容包括一般人口学特征、 临床资料、 吸烟史、 饮酒 史、 饮食、 个人史和家族史等。吸烟者定义为每天吸烟超过 1 支并持续一年以上, 累计吸烟 量 “包年” 按 ( 每日吸烟量 /20) 吸烟年数来计算。饮酒者定义为每周至少 3 次, 持续一 年以上。 0031 piRNA 表达谱用于筛选膀胱癌及其对应癌旁正常组织中差异表达的候选 piRNA 0032 随机抽取 3 对癌及癌旁正常组织, 采用人 piRNA 芯片检测了 23677 个 piRNAs。统 计学分析结果显示 : 差异表达 2 倍以上且 P 值小于 0.05 的 piRNA 基因数为 197 个, 其中上。

40、 调的 106 个, 下调的 91 个 (表 1) 。我们列出了差异表达上调、 下调最显著的前十个 piRNAs (表 2) 。 0033 膀胱癌组织及其癌旁正常组织中 piRNA 表达量的检测方法 0034 采用 SYBR qRT-PCR 的方法检测膀胱组织中 piRNA 的表达量 0035 (1) 逆转录 : 采用 miScript 逆转录试剂盒 (Qiagen) 对提取出的总 RNA 进行逆转 录反应, 具体操作依据该试剂盒的说明书进行。首先在 0.5mL 离心管中加入 5L DEPC 双 蒸水、 继而加入 1L 逆转录混合试剂和 4L RT 缓冲液, 最后加入 10L0.1g/L 的总。

41、 RNA, 总反应体系20L。 该方法的反应条件为 : 37反应1小时, 95反应5分钟, 得到cDNA 溶液。 说 明 书 CN 103627705 A 7 5/11 页 8 0036 (2) piR-52681 实时荧光定量 PCR 检测 : 采用 miScript SYBR Green PCR 检测试 剂盒对 (1) 中获得的 cDNA 溶液进行 PCR 扩增反应, 扩增引物为 piR-52681 扩增上游引物和 PCR 检测的小 RNA 通用的下游引物, 再用 ABI7900HT Real-Time PCR 仪检测, 具体操作依据 该试剂盒与荧光定量 PCR 仪说明书进行。反应体系包括。

42、 : 1L piR-52681 扩增上游引物和 1LPCR检测的小RNA通用的下游引物, 5L SYBR Green PCR反应缓冲液, 2L DEPC双蒸 水以及 1L cDNA 稀释液 (0.1g/L) 。该方法的反应条件 : 95预变性 15 分钟, 94变 性 15 秒, 60退火 30 秒, 70延伸 30 秒, 94 -70的阶段共 40 个循环。 0037 (3) piR-60152 实时荧光定量 PCR 检测 : 与 (2) 中的方法基本相同, 所不同的只是 扩增的上游引物由 piR-52681 特异性扩增上游引物代替 piR-60152, 检测得到膀胱癌组织 及癌旁组织中 p。

43、iR-60152 的表达水平。 0038 (4) U6 实时荧光定量 PCR 检测 : 与 (2) 中的方法基本相同, 所不同的只是扩增的上 游引物有piR-52681特异性扩增上游引物代替U6, 检测得到膀胱癌组织及癌旁组织中U6的 表达水平。在本实验中 U6 作为 piR-52681 与 piR-60152 的内参。 0039 分析 piR-52681(DQ585569) 和 piR-60152(DQ594040) 对膀胱癌的诊断价值 0040 实例中 piRNA 的表达是以 CT 值来表示。CT 值代表一种目的 piRNA 分子达到实验 设计阈值所需要的 PCR 循环的次数。在目的 pi。

44、R-52681、 piR-60152 和内参 U6 扩增效率相 同的情况下, 可以直接得到目的 piR-52681、 piR-60152 相当于内参的定量 CT=CT目的-CT内 参。采用 2 -CT 表示目的 piRNA 表达相对于内参 U6 表达变化的倍数。所有的统计检验均为 双侧概率检验, P0.05 为差异有统计学意义。采用 SPSS13.0 软件做进一步的统计分析。 0041 统计分析结果发现, piR-52681 在膀胱癌组织中的表达显著高于其对应的癌旁 正常组织 (癌组织与癌旁正常组织相比 : 7.587.49versus2.911.33,P=0.026) (图 1) 。 piR。

45、-60152 在膀胱癌组织中的表达显著低于其对应的癌旁正常组织 (癌组织与癌旁正常组 织相比 : 3.952.05versus8.827.81,P=0.027) (图 2) 。 0042 表 1. 膀胱癌及癌旁正常组织中差异 piRNA 表达谱 0043 说 明 书 CN 103627705 A 8 6/11 页 9 0044 续上表 0045 说 明 书 CN 103627705 A 9 7/11 页 10 0046 续上表 0047 说 明 书 CN 103627705 A 10 8/11 页 11 0048 续上表 0049 说 明 书 CN 103627705 A 11 9/11 页 。

46、12 0050 续上表 0051 说 明 书 CN 103627705 A 12 10/11 页 13 0052 aNCBI 数据库 0053 表 2. 差异表达上调、 下调最显著的前十个 piRNAs 说 明 书 CN 103627705 A 13 11/11 页 14 0054 0055 aNCBI 数据库 0056 上述实例只为说明本发明的技术构思及特点, 其目的在于让熟悉此项技术的人是 能够了解本发明的内容并据以实施, 并不能以此限制本发明的保护范围。凡根据本发明精 神实质所做的等效变换或修饰, 都应涵盖在本发明的保护范围之内。 说 明 书 CN 103627705 A 14 1/36。

47、 页 15 序列表 南京医科大学 与膀胱癌相关的 piRNA 生物标志物及其应用 197 PatentIn version 3.3 1 30 DNA 人工序列 1 tgctagcctc acgaaactgg aataagcctt 30 2 27 DNA 人工序列 2 tgagcccatt gatgagtact gtgtcca 27 3 31 DNA 人工序列 3 taaagtgctg acagtgcaga tagtggtcct c 31 4 27 DNA 人工序列 4 tgcgagtact caacaccaac atcgatg 27 5 26 序 列 表 CN 103627705 A 15 2。

48、/36 页 16 DNA 人工序列 5 agcctcacga aactggaata agcctt 26 6 27 DNA 人工序列 6 ggtgctgatg acacccactg gctgaac 27 7 30 DNA 人工序列 7 ttgctggcaa gatggccgaa taggaacagc 30 8 28 DNA 人工序列 8 tggcatctca tccaaggcca tgggcatc 28 9 27 DNA 人工序列 9 tgcccagaaa gcagttaaca gtgccac 27 10 29 DNA 人工序列 10 tcccaagcga aattgtgggc aagagaatc 29 序 列 表 CN 103627705 A 16 3/36 页 17 11 30 DNA 人工序列 11 tctctgatgg ccagtgatga tgaacgtttt 30 12 28 DNA 人工序列 12 tgagaccaat gaaatcgcca atgccaac 28 13 32 DNA 人工序列 13 tgtcatgcgg ccggagcaga tcatgaagtc ca 32 14 29 DNA 人工序列 14 tggtcattga caatg。

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