BRCA1基因突变检测特异性引物和液相芯片.pdf

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摘要
申请专利号:

CN201210545608.3

申请日:

20121214

公开号:

CN103865985B

公开日:

20160525

当前法律状态:

有效性:

有效

法律详情:

IPC分类号:

C12Q1/68,C12N15/11

主分类号:

C12Q1/68,C12N15/11

申请人:

益善生物技术股份有限公司

发明人:

吴诗扬,邹凤文

地址:

510663 广东省广州市广州科学城揽月路80号广州科技创新基地B、C区五层

优先权:

CN201210545608A

专利代理机构:

广州华进联合专利商标代理有限公司

代理人:

万志香;秦雪梅

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内容摘要

本发明公开了一种BRCA1基因突变检测液相芯片和特异性引物,该液相芯片主要包括有:每种由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成的ASPE引物,所述特异性引物序列为:针对A926G位点的SEQ ID NO.13及SEQ ID NO.14,针对C2077T位点的SEQID NO.15及SEQ ID NO.16,针对A1525G位点的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18,针对G53675A位点的SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20,针对C36048T位点的SEQ ID NO.21及SEQ ID NO.22,和/或针对C2612T位点的SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24;有不同anti-tag序列包被的微球;扩增引物。本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100%,实现多个突变位点的野生型和突变型并行检测。

权利要求书

1.一种BRCA1基因突变检测液相芯片,其特征是,包括有:(A).针对BRCA1基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对:每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成,所述ASPE引物对为:针对A926G位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.13组成的序列及由SEQIDNO.2和SEQIDNO.14组成的序列,针对C2077T位点的由SEQIDNO.3和SEQIDNO.15组成的序列及由SEQIDNO.4和SEQIDNO.16组成的序列,针对A1525G位点的由SEQIDNO.5和SEQIDNO.17组成的序列及由SEQIDNO.6和SEQIDNO.18组成的序列,针对G53675A位点的由SEQIDNO.7和SEQIDNO.19组成的序列及由SEQIDNO.8和SEQIDNO.20组成的序列,针对C36048T位点的由SEQIDNO.9和SEQIDNO.21组成的序列及由SEQIDNO.10和SEQIDNO.22组成的序列,和/或针对C2612T位点的由SEQIDNO.11和SEQIDNO.23组成的序列及由SEQIDNO.12和SEQIDNO.24组成的序列;(B).有不同anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列;所述anti-tag序列选自SEQIDNO.25~SEQIDNO.36,且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对;(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物;所述扩增引物为:针对A926G位点的SEQIDNO.37及SEQIDNO.38,针对C2077T位点的SEQIDNO.39及SEQIDNO.40,针对A1525G位点的SEQIDNO.41及SEQIDNO.42,针对G53675A位点的SEQIDNO.43及SEQIDNO.44,针对C36048T位点的SEQIDNO.45及SEQIDNO.46,和/或针对C2612T位点的SEQIDNO.47及SEQIDNO.48。 2.根据权利要求1所述的BRCA1基因突变检测液相芯片,其特征是,所述ASPE引物对为:针对A926G位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.13组成的序列及由SEQIDNO.2和SEQIDNO.14组成的序列,针对C2077T位点的由SEQIDNO.3和SEQIDNO.15组成的序列及由SEQIDNO.4和SEQIDNO.16组成的序列,针对A1525G位点的由SEQIDNO.5和SEQIDNO.17组成的序列及由SEQIDNO.6和SEQIDNO.18组成的序列,针对G53675A位点的由SEQIDNO.7和SEQIDNO.19组成的序列及由SEQIDNO.8和SEQIDNO.20组成的序列,针对C36048T位点的由SEQIDNO.9和SEQIDNO.21组成的序列及由SEQIDNO.10和SEQIDNO.22组成的序列,和针对C2612T位点的由SEQIDNO.11和SEQIDNO.23组成的序列及由SEQIDNO.12和SEQIDNO.24组成的序列。 3.根据权利要求1或2所述的BRCA1基因突变检测液相芯片,其特征是,所述间隔臂为5-10个T。

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域,涉及医学和生物技术,具体的是涉及一种BRCA1基因 突变检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

BRCA1基因称为乳腺癌1(breastcancer1,earlyonset,BRCA1),定位于17号染色 体17q21长臂上,约100个kb,内含高达41.5%的Alu重复序列和4.8%的其它重复序列。含有 24个外显子,其中22个转录出716kbmRNA,最终可编码含1863个氨基酸的蛋白质。第11个外 显子较大,长314kb,占整个编码区的61%。BRCA1编码蛋白的N末端序列含有一环状结构域 (ringdomain),能够与BRCA1相关环状蛋白(BRCA12associatedringdomainprotein, BARD1)组成环2环异二聚体,一般认为BRCA1的N末端在调节RNA合成酶功能方面起着重要作 用。BRCA1基因是肿瘤抑制基因家族中的一员。与其它肿瘤抑制基因一样,BRCA1能防止细胞 过快或者失去控制地生长和分化。通过对受损的蛋白质进行修复,BRCA1蛋白质在保持DNA 处于良好工作状态中发挥了重要的作用。野生型BRCA1编码蛋白在细胞周期调控、DNA损伤 修复以及诱导肿瘤细胞凋亡方面发挥着重要作用。但是当BRCA1发生突变时,上述功能不但 都会丧失,同时突变的BRCA1还可能通过阻断野生型BRCA1的正常生理功能而大大增加患肿 瘤的可能性。研究表明,BRCA1作为抑癌基因,其突变与高乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌的发病 率有关。

目前,BRCA1基因突变检测方法主要有:荧光定量PCR技术,PCR-RFLP技术,直接测 序法,荧光定量PCR技术具有灵敏度高、特异性强、自动化程度高的特点,但也存在样品易污 染、假阳性率高的缺点,且每次只能检测一种突变类型。PCR-RFLP法是基于基因突变造成的 限制性内切酶识别位点的改变,如位点丢失或产生新位点,通过PCR扩增某一特定片段,再 用限制性内切酶酶切扩增产物,电泳观察片段的大小,这种方法用于检测酶切位点改变的 基因突变,可直接判断基因型,但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。而直 接测序法两端靠近引物的序列容易测不准,测序方法成本高、操作复杂,对于那些突变比例 低于15%~20%的标本,如果用测序的方法进行检测,很难发现突变,因此这些检测方法都 难以满足实际应用的需要。

发明内容

本发明的目的之一是提供BRCA1基因突变检测液相芯片,该液相芯片可用于单独 或并行检测BRCA1基因六种常见基因型A926G、C2077T、A1525G、G53675A、C36048T和C2612T 的野生型和突变型。

实现上述目的的技术方案如下。

一种BRCA1基因突变检测液相芯片,包括有:

(A).针对BRCA1基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对:每 条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成,所述 特异性引物序列为:针对A926G位点的SEQIDNO.13及SEQIDNO.14,针对C2077T位点的 SEQIDNO.15及SEQIDNO.16,针对A1525G位点的SEQIDNO.17及SEQIDNO.18,针对 G53675A位点的SEQIDNO.19及SEQIDNO.20,针对C36048T位点的SEQIDNO.21及SEQID NO.22,和/或针对C2612T位点的SEQIDNO.23及SEQIDNO.24;所述tag序列选自SEQID NO.1~SEQIDNO.12;

(B).有不同anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列 与微球连接中间还设有间隔臂序列;所述anti-tag序列选自SEQIDNO.25~SEQID NO.36,且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对;

(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。

在其中一个实施例中,所述扩增引物为:针对A926G位点的SEQIDNO.37及SEQID NO.38,针对C2077T位点的SEQIDNO.39及SEQIDNO.40,针对A1525G位点的SEQIDNO.41 及SEQIDNO.42,针对G53675A位点的SEQIDNO.43及SEQIDNO.44,针对C36048T位点的 SEQIDNO.45及SEQIDNO.46,和/或针对C2612T位点的SEQIDNO.47及SEQIDNO.48。

在其中一个实施例中,所述ASPE引物对为:针对A926G位点的由SEQIDNO.1和SEQ IDNO.13组成的序列及由SEQIDNO.2和SEQIDNO.14组成的序列,针对C2077T位点的由 SEQIDNO.3和SEQIDNO.15组成的序列及由SEQIDNO.4和SEQIDNO.16组成的序列,针 对A1525G位点的由SEQIDNO.5和SEQIDNO.17组成的序列及由SEQIDNO.6和SEQID NO.18组成的序列,针对G53675A位点的由SEQIDNO.7和SEQIDNO.19组成的序列及由SEQ IDNO.8和SEQIDNO.20组成的序列,针对C36048T位点的由SEQIDNO.9和SEQIDNO.21组 成的序列及由SEQIDNO.10和SEQIDNO.22组成的序列,和/或针对C2612T位点的由SEQID NO.11和SEQIDNO.23组成的序列及由SEQIDNO.12和SEQIDNO.24组成的序列。

本发明的另一目的是提供用于BRCA1基因突变检测的特异性引物。

实现该目的的技术方案如下。

用于BRCA1基因突变检测的特异性引物,所述特异性引物为针对A926G位点的SEQ IDNO.13及SEQIDNO.14,针对C2077T位点的SEQIDNO.15及SEQIDNO.16,针对A1525G位 点的SEQIDNO.17及SEQIDNO.18,针对G53675A位点的SEQIDNO.19及SEQIDNO.20,针 对C36048T位点的SEQIDNO.21及SEQIDNO.22,和/或针对C2612T位点的SEQIDNO.23及 SEQIDNO.24。

本发明的主要优点在于:

1.本发明所提供的BRCA1基因突变检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高 达100%,且检测所需要的时间远远低于常用的测序技术,特别符合实际应用需要。所制备 的BRCA1基因突变检测液相芯片具有非常好的信号-噪声比,并且所设计的探针以及anti- tag序列之间基本上不存在交叉反应,tag标签序列、anti-tag标签序列的选取以及tag标签 序列与具体ASPE引物的结合,能够避免交叉反应,实现多个突变位点的并行检测。

2.本发明通过发明人长期积累的设计经验和大量的实验操作,从众多的特异性引 物中选取了最优的组合。本发明设计的ASPE引物特异性引物能够灵敏特异地识别目标检测 的突变位点,准确区分各种型别的基因型;在同一个反应体系中,不同的特异性引物之间、 特异性引物与非目标检测的PCR扩增产物之间基本上不存在交叉反应,检测特异性好,交叉 反应率低于3%;除了能够检测单个位点突变情况,也能够同时并行检测多个突变位点的突 变情况,检测效果一致。

3.本发明的检测方法步骤简单,6种突变位点检测可通过一步PCR即可完成6条含 有突变位点的目标序列的扩增,避免了反复多次PCR等复杂操作过程中存在的诸多不确定 因素,因而可大大提高检测准确率,体现了精确的同时定性、定量分析特征。

4.本发明不仅克服了传统固相芯片敏感性不高,检测结果的可重复性差的缺陷, 同时对现有的液相芯片技术进行改进,使得所制备微球能适用于不同的检测项目,具有很 强的拓展性。检测的荧光信号值大大提高,从而使得检测的灵敏度进一步得到提高,信噪比 增强,检测结果更加准确可靠。

具体实施方式

实施例1BRCA1基因突变检测液相芯片,主要包括有:

一、ASPE引物

针对BRCA1基因六种常见基因型A926G、C2077T、A1525G、G53675A、C36048T和 C2612T的野生型和突变型,分别设计特异性引物序列。ASPE引物由“tag序列+特异性引物序 列”组成。ASPE引物序列如下表所示:

表1BRCA1基因的ASPE引物序列(tag序列+特异性引物序列)

每条ASPE引物包括两个部分,5’端为针对相应微球上anti-tag序列的特异性tag 序列,3’端为突变型或野生型特异的引物片段(如上述表1所示)。所有ASPE引物由上海生工 生物工程技术服务有限公司合成。合成后的每条引物分别用10mmol/LTrisBuffer配制成 100pmol/mL的贮存液。

二、anti-tag序列包被的微球

根据所设计的ASPE特异性引物片段,选择tag序列,最大限度地减少各微球的 anti-tag序列之间以及tag与ASPE特异性引物片段可能形成的二级结构,选择的12种微球 编号与微球上相应的anti-tag序列如表2所示:

表2微球编号与微球上相应的anti-tag序列

选择的12种微球购自美国Luminex公司,将anti-tag序列包被于微球上。anti-tag 序列与微球之间连接有5-10个T的间隔臂序列,即在每个anti-tag序列前加上一段5-10个T 的间隔臂序列,anti-tag序列由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。将合成的anti- tag序列用灭菌ddH2O配成100nmol/ml的贮存液。所述间隔臂为用于将anti-tag与微球表面 间隔开来或是将anti-tag置于亲水性环境中的序列。通过在anti-tag序列与微球之间设置 适当长度的间隔臂序列,可减少空间位阻,提高杂交反应的效率以及杂交反应的特异性。常 见的间隔臂序列包括多聚dT,即poly(dT),寡聚四聚乙二醇以及(CH2)n间隔臂(n≥3),如 (CH2)12、(CH2)18等。另外,如果存在poly(dA)干扰,还可以用poly(TTG)作为间隔臂。本发 明间隔臂优选为5-10个T,微球包被的过程如下:

分别取5×106个上述编号的羧基化的微球(购自Luminex公司)悬浮于 50ul0.1mol/L的MES溶液中(pH4.5),加入10ul合成的anti-tag分子(100nmol/ml)。配制 10ng/ml的EDC(N-(3-Dimethylaminopropyl-N-ethylcarbodiimide)(购自Pierce Chemical公司)工作液。往微球悬液中加入2.5ul的EDC工作液,恒温孵育30分钟,再加入 2.5ul的EDC工作液,再恒温孵育30分钟。反应结束后,用0.02%的Tween-20洗涤一次,再用 0.1%的SDS液洗涤一次。将洗涤后的包被有anti-tag序列的微球重悬于100ul的Tris-EDTA 溶液[10mmol/LTris(pH8.0)],1mmol/LEDTA中,2-8℃避光保存。

三、扩增出含有突变位点的目标序列的引物

针对BRCA1基因六种常见基因型A926G、C2077T、A1525G、G53675A、C36048T和 C2612T,设计扩增引物对(见表3),扩增出6条含有6个突变位点的目标序列。

表3扩增出具有突变位点的目标序列的引物

所有引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。合成后的每条引物分别用 10mmol/LTrisBuffer配制成100pmol/mL的贮存液。

实施例2运用实施例1所述的BRCA1基因突变检测液相芯片对样本的检测

所述各种溶液的配方如下:

50mM的MES缓冲液(pH5.0)配方(250ml):

2×Tm杂交缓冲液

过滤后贮存于4℃。

ExoSAP-IT试剂盒购自美国USB公司。

生物素标记的dCTP购自上海生工生物工程技术服务有限公司。

一、样本的DNA提取:

参照《分子克隆》关于DNA提取的相关方法,得到待检测的DNA。

二、待测样品的PCR扩增

设计6对引物,多重PCR一步扩增出6条分别含BRCA1基因六种常见基因型A926G、 C2077T、A1525G、G53675A、C36048T和C2612T的目标序列,产物大小分别为238bp、271bp、 261bp、357bp、295bp、331bp,引物序列(SEQIDNO.37-48)见上述表3所示。

首先配制多重PCR引物工作液:分别各取SEQIDNO.37-48的引物贮存液100ul于 1.5ml微量离心管中,混合均匀即为多重PCR引物工作液。多重PCR反应体系如下:

PCR扩增程序为:95℃3min;94℃30s,56℃30s,72℃40s,30个循环;72℃10min4℃ 保存备用。

三、PCR产物的酶切处理

1.取7.5ulPCR反应后的产物,加入1ul10×SAP缓冲液、1ulSAP酶和0.5ulExo-I 酶;

2.37℃孵育15min,80℃孵育15min,灭活多余的酶。酶切处理后的产物直接用于后 续的

ASPE引物延伸反应。

四、位点特异的引物延伸反应(ASPE)

利用实施例1中设计的ASPE引物进行引物延伸反应,在反应过程中掺入生物素标 记的dCTP,从而使反应后的产物带上多个的生物素标记。

首先配制混合的ASPE引物工作液:分别取待检测基因相应的野生型和突变型ASPE 引物贮存液10ul于1.5ml微量离心管中,加入10mmol/LTrisBuffer补至200ul,混合均匀 即为ASPE混合引物工作液。ASPE反应的体系如下:

反应程序为:96℃2min;94℃30s,54℃1min,72℃2min,30个循环;4℃保存备用。

五、杂交反应

1.根据设计的ASPE引物,每组选择相应的12种包被的微球(如实施例1所述),每种 微球浓度均为2.5×105个/ml;

2.分别取1ul每种编号的微球于1.5ml的微量离心管中;

3.微球于≥10000g离心1-2min;

4.弃去上清,微球重悬于100ul的2×Tm杂交缓冲液中,涡旋混匀;

5.取25ul上述微球悬液于96孔滤板相应的孔中,对照孔加25ul的ddH2O;

6.取5-25ul的ASPE反应液于相应的孔中,用ddH2O补足至50ul;

7.用锡箔纸包住96孔板以避光,95℃60s,37℃15min孵育杂交;

8.杂交后的微球于≥3000g离心2-5min;

9.去上清,将微球重悬于75ul的1×Tm杂交缓冲液中;

10.微球于≥3000g离心2-5min;

11.将微球重悬于75ul的1×Tm杂交缓冲液中,加入15ul浓度为10ug/ml的链霉亲 和素-藻红

蛋白(SA-PE);

12.37℃孵育15min,于Luminex仪器上检测。

六、结果检测与数据分析

反应后产物通过Luminex系列分析仪器检测。检测结果如表4、表5和表6所示。

对荧光值(MFI)和数据处理有以下要求:

1.每个位点需至少有一个等位基因MFI大于300而且大于10×PCR阴性对照MFI;

2.NETMFI=样品MFI-PCR阴性对照MFI(NETMFI小于0的以0表示);

3.满足以上两个条件的数据,按下列公式计算突变比值:

突变比值=突变型NETMFI÷(突变型NETMFI+野生型NETMFI)

4.根据经验对每个检测位点的突变比值确定阈值(cut-off值),以划分野生型纯 合子、杂合子和突变型纯合子。

使用本方法检测20份样本的BRCA1基因SNP位点,实验数据符合上述要求,因此可 计算得它们的突变比值。阈值(cut-off值)的设置如下:突变比值范围在0%-20%视为野生 型纯合子;30%-70%视为杂合子;80%-100%视为变异型纯合子。以测序法检测与液相芯 片结果作对照,计算本发明所提供的分型方法检测结果的吻合率。本方法检测20份样本的 BRCA1基因型检测结果与测序结果吻合率达到100%。可见本发明所提供的BRCA1基因SNP检 测液相芯片能够准确地检测出BRCA1的SNP类型,且结果稳定可靠。

表4样本检测结果(MFI)之一

表5样本检测结果(MFI)之二

表6样本BRCA1基因突变比值(%)

样品号 A926G C2077T A1525G G53675A C36048T C2612T 1 2% 2% 2% 2% 2% 1% 2 2% 3% 2% 2% 2% 99% 3 2% 1% 2% 3% 1% 1% 4 2% 2% 2% 2% 2% 1% 5 2% 2% 50% 1% 1% 2% 6 2% 1% 1% 2% 1% 2% 7 2% 1% 2% 3% 2% 1% 8 1% 2% 2% 1% 1% 1% 11 --> 9 3% 1% 1% 1% 2% 1% 10 2% 3% 2% 2% 3% 2% 11 2% 2% 2% 2% 2% 2% 12 97% 2% 1% 1% 1% 3% 13 2% 1% 1% 2% 2% 1% 14 1% 2% 2% 2% 1% 1% 15 1% 1% 1% 2% 1% 2% 16 1% 2% 2% 2% 2% 2% 17 2% 98% 2% 2% 1% 2% 18 2% 2% 2% 3% 3% 1% 19 1% 2% 2% 2% 51% 2% 20 1% 2% 2% 1% 2% 2%

表7样本BRCA1基因突变类型分析结果

实施例3不同的ASPE引物的液相芯片对BRCA1基因SNP位点的检测

一、液相芯片制备的设计(Tag序列及Anti-Tag序列的选择)

以BRCA1基因A926G、C2077T、G53675A和C2612T位点突变检测液相芯片为例,分别 针对A926G、C2077T、G53675A和C2612T的野生型和突变型设计ASPE引物3’端的特异性引物 序列,而ASPE引物5’端的Tag序列则选自SEQIDNO.1-SEQIDNO.12,相应的,包被于微球 上的与对应tag序列互补配对的anti-tag序列选自SEQIDNO.25-SEQIDNO.36。具体设计 如下表(表8)所示。ASPE引物的合成、anti-tag序列包被微球、扩增引物、检测方法等如实施 例1和实施例2所述。

表8液相芯片制备的设计

一、样品检测

采用上述设计制备的液相芯片,按实施例2所述检测过程和方法对样品21-40进行 检测,检测结果如下:

表9样本BRCA1基因A926G检测结果与基因多态性分析

表10样本BRCA1基因C2077T检测结果与基因多态性分析

表11样本BRCA1基因G53675A检测结果与基因多态性分析

表12样本BRCA1基因C2612T检测结果与基因多态性分析

从上述实施例可见,其它针对不同突变位点的液相芯片,ASPE引物运用不同的tag 序列,其结果依然稳定可靠,具体数据省略。而ASPE引物选用实施例1中tag序列与特异性引 物序列搭配时,效果更佳(信噪比更好),参见本实施例试验组1、试验组5、试验组8和试验组 12。其它不同tag序列与特异性引物序列搭配,与实施例2和本实施例的结果相同,具体数据 省略。实施例4BRCA1基因突变检测特异性引物序列的选择

一、液相芯片制备的设计(野生型和突变型特异性引物序列的选择)

以BRCA1基因A1525G和C36048T的多态性位点检测液相芯片为例,以该突变位点所在目标序列的正向或反向互补序列为模板,分别针对A1525G和C36048T的野生型和突变型设计ASPE引物3’端的特异性引物序列,包括本发明实施例1中优选的特异性引物序列和2条备选的特异性引物序列,如表13所示。其中,内碱基为多态性位点。

表13特异性引物序列

以BRCA1基因A1525G和C36048T的多态性位点检测液相芯片为例,针对A1525G和 C36048T选用不同的特异性引物序列,而ASPE引物5’端的tag序列则固定为实施例1中的最 佳效果序列,并选用与之相对应的anti-tag序列,具体设计如下表(表14)所示。ASPE引物的 合成、anti-tag序列包被微球、扩增引物、检测方法等如实施例1和实施例2所述。

表14液相芯片制备的设计之二

二、样品检测

采用上述设计制备的液相芯片,按实施例2所述检测过程和方法对样品41-60进行 检测,检测结果如下:

表15样本BRCA1基因A1525G检测结果与基因多态性分析

表16样本BRCA1基因C36048T检测结果与基因多态性分析

由本实施例可见,ASPE引物选用实施例1中特异性引物序列与tag序列搭配时,效 果更佳(信噪比更好),参见本实施例试验组13和试验组16。其它来源于目标检测位点所在 序列的正向或反向互补序列的不同特异性引物序列与tag序列搭配,与实施例2和本实施例 的结果相同,即依然是实施例2中所述的特异性引物序列与不同的tag序列搭配效果更佳, 具体数据省略。

其它针对不同的SNP位点的多种特异性引物序列与tag序列搭配,与实施例2和本 实施例的结果相同,即实施例1所选择的特异性引物,具有更好的信噪比,检测效果也更好, 具体数据省略。

以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式,其描述较为具体和详细,但并 不能因此而理解为对本发明专利范围的限制。应当指出的是,对于本领域的普通技术人员 来说,在不脱离本发明构思的前提下,还可以做出若干变形和改进,这些都属于本发明的保 护范围。因此,本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。

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1、(10)授权公告号 (45)授权公告日 (21)申请号 201210545608.3 (22)申请日 2012.12.14 C12Q 1/68(2006.01) C12N 15/11(2006.01) (73)专利权人 益善生物技术股份有限公司 地址 510663 广东省广州市广州科学城揽月 路 80 号广州科技创新基地 B、 C 区五层 (72)发明人 吴诗扬 邹凤文 (74)专利代理机构 广州华进联合专利商标代理 有限公司 44224 代理人 万志香 秦雪梅 CN 102010906 A,2011.04.13, 饶南燕等 .219 例中国汉族遗传性乳腺癌患 者 BRCA1 和 BRCA2 。

2、突变的研究 .中国癌症杂 志 .2008, 第 18 卷 ( 第 5 期 ), 高志强等.晚期非小细胞肺癌组织中ERCC1、 RRM1 和 BRCA1 的表达研究 .上海交通大学学报 ( 医学版 ) .2011, 第 31 卷 ( 第 3 期 ), (54) 发明名称 BRCA1 基因突变检测特异性引物和液相芯片 (57) 摘要 本发明公开了一种 BRCA1 基因突变检测液相 芯片和特异性引物, 该液相芯片主要包括有 : 每 种由 5端的 tag 序列和 3端针对目的基因突 变位点的特异性引物序列组成的 ASPE 引物, 所 述特异性引物序列为 : 针对 A926G 位点的 SEQ ID NO。

3、.13及SEQ ID NO.14, 针对C2077T位点的SEQID NO.15 及 SEQ ID NO.16, 针对 A1525G 位点的 SEQ ID NO.17 及 SEQ ID NO.18, 针对 G53675A 位点的 SEQ ID NO.19 及 SEQ ID NO.20, 针对 C36048T 位 点的 SEQ ID NO.21 及 SEQ ID NO.22, 和 / 或针对 C2612T位点的SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24 ; 有 不同 anti-tag 序列包被的微球 ; 扩增引物。本发 明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的 吻合率高达 100, 实。

4、现多个突变位点的野生型 和突变型并行检测。 (51)Int.Cl. (56)对比文件 审查员 赵重甲 (19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利 权利要求书1页 说明书23页 序列表10页 CN 103865985 B 2016.05.25 CN 103865985 B 1.一种BRCA1基因突变检测液相芯片, 其特征是, 包括有: (A).针对BRCA1基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对: 每条 ASPE引物由5 端的tag序列和3 端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成, 所述 ASPE引物对为: 针对A926G位点的由SEQIDNO.1和SEQIDN。

5、O.13组成的序列及由SEQID NO.2和SEQIDNO.14组成的序列, 针对C2077T位点的由SEQIDNO.3和SEQIDNO.15组成 的序列及由SEQIDNO.4和SEQIDNO.16组成的序列, 针对A1525G位点的由SEQIDNO.5和 SEQIDNO.17组成的序列及由SEQIDNO.6和SEQIDNO.18组成的序列, 针对G53675A位点 的由SEQIDNO.7和SEQIDNO.19组成的序列及由SEQIDNO.8和SEQIDNO.20组成的序 列, 针对C36048T位点的由SEQIDNO.9和SEQIDNO.21组成的序列及由SEQIDNO.10和 SEQIDN。

6、O.22组成的序列, 和/或针对C2612T位点的由SEQIDNO.11和SEQIDNO.23组成 的序列及由SEQIDNO.12和SEQIDNO.24组成的序列; (B).有不同anti-tag序列包被的、 具有不同颜色编码的微球, 所述anti-tag序列与微 球连接中间还设有间隔臂序列; 所述anti-tag序列选自SEQIDNO.25SEQIDNO.36, 且 所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对; (C).用于扩增出需要检测的、 具有相应突变位点的目标序列的引物; 所述扩增引物为: 针对A926G位点的SEQIDNO.37及SEQIDNO.38, 针对C。

7、2077T位点的 SEQIDNO.39及SEQIDNO.40, 针对A1525G位点的SEQIDNO.41及SEQIDNO.42, 针对 G53675A位点的SEQIDNO.43及SEQIDNO.44, 针对C36048T位点的SEQIDNO.45及SEQID NO.46, 和/或针对C2612T位点的SEQIDNO.47及SEQIDNO.48。 2.根据权利要求1所述的BRCA1基因突变检测液相芯片, 其特征是, 所述ASPE引物对为: 针对A926G位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.13组成的序列及由SEQIDNO.2和SEQID NO.14组成的序列, 针对C2077T位点的由。

8、SEQIDNO.3和SEQIDNO.15组成的序列及由SEQ IDNO.4和SEQIDNO.16组成的序列, 针对A1525G位点的由SEQIDNO.5和SEQIDNO.17组 成的序列及由SEQIDNO.6和SEQIDNO.18组成的序列, 针对G53675A位点的由SEQID NO.7和SEQIDNO.19组成的序列及由SEQIDNO.8和SEQIDNO.20组成的序列, 针对 C36048T位点的由SEQIDNO.9和SEQIDNO.21组成的序列及由SEQIDNO.10和SEQID NO.22组成的序列, 和针对C2612T位点的由SEQIDNO.11和SEQIDNO.23组成的序列及。

9、由 SEQIDNO.12和SEQIDNO.24组成的序列。 3.根据权利要求1或2所述的BRCA1基因突变检测液相芯片, 其特征是, 所述间隔臂为 510个T。 权利要求书 1/1 页 2 CN 103865985 B 2 BRCA1基因突变检测特异性引物和液相芯片 技术领域 0001 本发明属于分子生物学领域, 涉及医学和生物技术, 具体的是涉及一种BRCA1基因 突变检测特异性引物和液相芯片。 背景技术 0002 BRCA1基因称为乳腺癌1(breastcancer1, earlyonset, BRCA1), 定位于17号染色 体17q21长臂上, 约100个kb, 内含高达41.5的Al。

10、u重复序列和4.8的其它重复序列。 含有 24个外显子, 其中22个转录出716kbmRNA, 最终可编码含1863个氨基酸的蛋白质。 第11个外 显子较大, 长314kb, 占整个编码区的61。 BRCA1编码蛋白的N末端序列含有一环状结构域 (ringdomain), 能够与BRCA1相关环状蛋白(BRCA12associatedringdomainprotein, BARD1)组成环2环异二聚体, 一般认为BRCA1的N末端在调节RNA合成酶功能方面起着重要作 用。 BRCA1基因是肿瘤抑制基因家族中的一员。 与其它肿瘤抑制基因一样, BRCA1能防止细胞 过快或者失去控制地生长和分化。。

11、 通过对受损的蛋白质进行修复, BRCA1蛋白质在保持DNA 处于良好工作状态中发挥了重要的作用。 野生型BRCA1编码蛋白在细胞周期调控、 DNA损伤 修复以及诱导肿瘤细胞凋亡方面发挥着重要作用。 但是当BRCA1发生突变时, 上述功能不但 都会丧失, 同时突变的BRCA1还可能通过阻断野生型BRCA1的正常生理功能而大大增加患肿 瘤的可能性。 研究表明, BRCA1作为抑癌基因, 其突变与高乳腺癌、 卵巢癌、 前列腺癌的发病 率有关。 0003 目前, BRCA1基因突变检测方法主要有: 荧光定量PCR技术, PCR-RFLP技术, 直接测 序法, 荧光定量PCR技术具有灵敏度高、 特异性。

12、强、 自动化程度高的特点, 但也存在样品易污 染、 假阳性率高的缺点, 且每次只能检测一种突变类型。 PCR-RFLP法是基于基因突变造成的 限制性内切酶识别位点的改变, 如位点丢失或产生新位点, 通过PCR扩增某一特定片段, 再 用限制性内切酶酶切扩增产物, 电泳观察片段的大小, 这种方法用于检测酶切位点改变的 基因突变, 可直接判断基因型, 但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。 而直 接测序法两端靠近引物的序列容易测不准, 测序方法成本高、 操作复杂, 对于那些突变比例 低于1520的标本, 如果用测序的方法进行检测, 很难发现突变, 因此这些检测方法都 难以满足实际应用的需要。

13、。 发明内容 0004 本发明的目的之一是提供BRCA1基因突变检测液相芯片, 该液相芯片可用于单独 或并行检测BRCA1基因六种常见基因型A926G、 C2077T、 A1525G、 G53675A、 C36048T和C2612T 的野生型和突变型。 0005 实现上述目的的技术方案如下。 0006 一种BRCA1基因突变检测液相芯片, 包括有: 0007 (A).针对BRCA1基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对: 每 条ASPE引物由5 端的tag序列和3 端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成, 所述 说明书 1/23 页 3 CN 103865985 B 3 。

14、特异性引物序列为: 针对A926G位点的SEQIDNO.13及SEQIDNO.14, 针对C2077T位点的 SEQIDNO.15及SEQIDNO.16, 针对A1525G位点的SEQIDNO.17及SEQIDNO.18, 针对 G53675A位点的SEQIDNO.19及SEQIDNO.20, 针对C36048T位点的SEQIDNO.21及SEQID NO.22, 和/或针对C2612T位点的SEQIDNO.23及SEQIDNO.24; 所述tag序列选自SEQID NO.1SEQIDNO.12; 0008 (B).有不同anti-tag序列包被的、 具有不同颜色编码的微球, 所述anti-t。

15、ag序列 与微球连接中间还设有间隔臂序列; 所述anti-tag序列选自SEQIDNO.25SEQID NO.36, 且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对; 0009 (C).用于扩增出需要检测的、 具有相应突变位点的目标序列的引物。 0010 在其中一个实施例中, 所述扩增引物为: 针对A926G位点的SEQIDNO.37及SEQID NO.38, 针对C2077T位点的SEQIDNO.39及SEQIDNO.40, 针对A1525G位点的SEQIDNO.41 及SEQIDNO.42, 针对G53675A位点的SEQIDNO.43及SEQIDNO.44, 针对C。

16、36048T位点的 SEQIDNO.45及SEQIDNO.46, 和/或针对C2612T位点的SEQIDNO.47及SEQIDNO.48。 0011 在其中一个实施例中, 所述ASPE引物对为: 针对A926G位点的由SEQIDNO.1和SEQ IDNO.13组成的序列及由SEQIDNO.2和SEQIDNO.14组成的序列, 针对C2077T位点的由 SEQIDNO.3和SEQIDNO.15组成的序列及由SEQIDNO.4和SEQIDNO.16组成的序列, 针 对A1525G位点的由SEQIDNO.5和SEQIDNO.17组成的序列及由SEQIDNO.6和SEQID NO.18组成的序列, 针。

17、对G53675A位点的由SEQIDNO.7和SEQIDNO.19组成的序列及由SEQ IDNO.8和SEQIDNO.20组成的序列, 针对C36048T位点的由SEQIDNO.9和SEQIDNO.21组 成的序列及由SEQIDNO.10和SEQIDNO.22组成的序列, 和/或针对C2612T位点的由SEQID NO.11和SEQIDNO.23组成的序列及由SEQIDNO.12和SEQIDNO.24组成的序列。 0012 本发明的另一目的是提供用于BRCA1基因突变检测的特异性引物。 0013 实现该目的的技术方案如下。 0014 用于BRCA1基因突变检测的特异性引物, 所述特异性引物为针对。

18、A926G位点的SEQ IDNO.13及SEQIDNO.14, 针对C2077T位点的SEQIDNO.15及SEQIDNO.16, 针对A1525G位 点的SEQIDNO.17及SEQIDNO.18, 针对G53675A位点的SEQIDNO.19及SEQIDNO.20, 针 对C36048T位点的SEQIDNO.21及SEQIDNO.22, 和/或针对C2612T位点的SEQIDNO.23及 SEQIDNO.24。 0015 本发明的主要优点在于: 0016 1.本发明所提供的BRCA1基因突变检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高 达100, 且检测所需要的时间远远低于常用的测序技术, 特。

19、别符合实际应用需要。 所制备 的BRCA1基因突变检测液相芯片具有非常好的信号-噪声比, 并且所设计的探针以及anti- tag序列之间基本上不存在交叉反应, tag标签序列、 anti-tag标签序列的选取以及tag标签 序列与具体ASPE引物的结合, 能够避免交叉反应, 实现多个突变位点的并行检测。 0017 2.本发明通过发明人长期积累的设计经验和大量的实验操作, 从众多的特异性引 物中选取了最优的组合。 本发明设计的ASPE引物特异性引物能够灵敏特异地识别目标检测 的突变位点, 准确区分各种型别的基因型; 在同一个反应体系中, 不同的特异性引物之间、 特异性引物与非目标检测的PCR扩增。

20、产物之间基本上不存在交叉反应, 检测特异性好, 交叉 反应率低于3; 除了能够检测单个位点突变情况, 也能够同时并行检测多个突变位点的突 说明书 2/23 页 4 CN 103865985 B 4 变情况, 检测效果一致。 0018 3.本发明的检测方法步骤简单, 6种突变位点检测可通过一步PCR即可完成6条含 有突变位点的目标序列的扩增, 避免了反复多次PCR等复杂操作过程中存在的诸多不确定 因素, 因而可大大提高检测准确率, 体现了精确的同时定性、 定量分析特征。 0019 4.本发明不仅克服了传统固相芯片敏感性不高, 检测结果的可重复性差的缺陷, 同时对现有的液相芯片技术进行改进, 使得。

21、所制备微球能适用于不同的检测项目, 具有很 强的拓展性。 检测的荧光信号值大大提高, 从而使得检测的灵敏度进一步得到提高, 信噪比 增强, 检测结果更加准确可靠。 具体实施方式 0020 实施例1BRCA1基因突变检测液相芯片, 主要包括有: 0021 一、 ASPE引物 0022 针对BRCA1基因六种常见基因型A926G、 C2077T、 A1525G、 G53675A、 C36048T和 C2612T的野生型和突变型, 分别设计特异性引物序列。 ASPE引物由 “tag序列+特异性引物序 列” 组成。 ASPE引物序列如下表所示: 0023 表1BRCA1基因的ASPE引物序列(tag序。

22、列+特异性引物序列) 0024 0025 说明书 3/23 页 5 CN 103865985 B 5 0026 每条ASPE引物包括两个部分, 5 端为针对相应微球上anti-tag序列的特异性tag 序列, 3 端为突变型或野生型特异的引物片段(如上述表1所示)。 所有ASPE引物由上海生工 生物工程技术服务有限公司合成。 合成后的每条引物分别用10mmol/LTrisBuffer配制成 100pmol/mL的贮存液。 0027 二、 anti-tag序列包被的微球 0028 根据所设计的ASPE特异性引物片段, 选择tag序列, 最大限度地减少各微球的 anti-tag序列之间以及tag与。

23、ASPE特异性引物片段可能形成的二级结构, 选择的12种微球 编号与微球上相应的anti-tag序列如表2所示: 说明书 4/23 页 6 CN 103865985 B 6 0029 表2微球编号与微球上相应的anti-tag序列 0030 0031 选择的12种微球购自美国Luminex公司, 将anti-tag序列包被于微球上。 anti-tag 序列与微球之间连接有5-10个T的间隔臂序列, 即在每个anti-tag序列前加上一段5-10个T 的间隔臂序列, anti-tag序列由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。 将合成的anti- tag序列用灭菌ddH2O配成100nmol/m。

24、l的贮存液。 所述间隔臂为用于将anti-tag与微球表面 间隔开来或是将anti-tag置于亲水性环境中的序列。 通过在anti-tag序列与微球之间设置 适当长度的间隔臂序列, 可减少空间位阻, 提高杂交反应的效率以及杂交反应的特异性。 常 见的间隔臂序列包括多聚dT, 即poly(dT), 寡聚四聚乙二醇以及(CH2)n间隔臂(n 3), 如 (CH2)12、 (CH2)18等。 另外, 如果存在poly(dA)干扰, 还可以用poly(TTG)作为间隔臂。 本发 明间隔臂优选为5-10个T, 微球包被的过程如下: 0032 分别取510 6个上述编号的羧基化的微球( 购自Luminex。

25、公司 )悬浮于 50ul0.1mol/L的MES溶液中(pH4.5), 加入10ul合成的anti-tag分子(100nmol/ml)。 配制 10ng/ml的EDC(N-(3-Dimethylaminopropyl-N-ethylcarbodiimide)(购自Pierce Chemical公司)工作液。 往微球悬液中加入2.5ul的EDC工作液, 恒温孵育30分钟, 再加入 2.5ul的EDC工作液, 再恒温孵育30分钟。 反应结束后, 用0.02的Tween-20洗涤一次, 再用 0.1的SDS液洗涤一次。 将洗涤后的包被有anti-tag序列的微球重悬于100ul的Tris-EDTA 。

26、溶液10mmol/LTris(pH8.0), 1mmol/LEDTA中, 2-8避光保存。 说明书 5/23 页 7 CN 103865985 B 7 0033 三、 扩增出含有突变位点的目标序列的引物 0034 针对BRCA1基因六种常见基因型A926G、 C2077T、 A1525G、 G53675A、 C36048T和 C2612T, 设计扩增引物对(见表3), 扩增出6条含有6个突变位点的目标序列。 0035 表3扩增出具有突变位点的目标序列的引物 0036 0037 所有引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。 合成后的每条引物分别用 10mmol/LTrisBuffer配制成1。

27、00pmol/mL的贮存液。 0038 实施例2运用实施例1所述的BRCA1基因突变检测液相芯片对样本的检测 0039 所述各种溶液的配方如下: 0040 50mM的MES缓冲液(pH5.0)配方(250ml): 0041 0042 说明书 6/23 页 8 CN 103865985 B 8 0043 2Tm杂交缓冲液 0044 0045 过滤后贮存于4。 0046 ExoSAP-IT试剂盒购自美国USB公司。 0047 生物素标记的dCTP购自上海生工生物工程技术服务有限公司。 0048 一、 样本的DNA提取: 0049 参照 分子克隆 关于DNA提取的相关方法, 得到待检测的DNA。 0。

28、050 二、 待测样品的PCR扩增 0051 设计6对引物, 多重PCR一步扩增出6条分别含BRCA1基因六种常见基因型A926G、 C2077T、 A1525G、 G53675A、 C36048T和C2612T的目标序列, 产物大小分别为238bp、 271bp、 261bp、 357bp、 295bp、 331bp, 引物序列(SEQIDNO.37-48)见上述表3所示。 0052 首先配制多重PCR引物工作液: 分别各取SEQIDNO.37-48的引物贮存液100ul于 1.5ml微量离心管中, 混合均匀即为多重PCR引物工作液。 多重PCR反应体系如下: 0053 0054 PCR扩增。

29、程序为: 953min; 9430s, 5630s, 7240s, 30个循环; 7210min4 保存备用。 0055 三、 PCR产物的酶切处理 0056 1.取7.5ulPCR反应后的产物, 加入1ul10SAP缓冲液、 1ulSAP酶和0.5ulExo-I 酶; 0057 2.37孵育15min, 80孵育15min, 灭活多余的酶。 酶切处理后的产物直接用于后 说明书 7/23 页 9 CN 103865985 B 9 续的 0058 ASPE引物延伸反应。 0059 四、 位点特异的引物延伸反应(ASPE) 0060 利用实施例1中设计的ASPE引物进行引物延伸反应, 在反应过程中。

30、掺入生物素标 记的dCTP, 从而使反应后的产物带上多个的生物素标记。 0061 首先配制混合的ASPE引物工作液: 分别取待检测基因相应的野生型和突变型ASPE 引物贮存液10ul于1.5ml微量离心管中, 加入10mmol/LTrisBuffer补至200ul, 混合均匀 即为ASPE混合引物工作液。 ASPE反应的体系如下: 0062 0063 反应程序为: 962min; 9430s, 541min, 722min, 30个循环; 4保存备用。 0064 五、 杂交反应 0065 1.根据设计的ASPE引物, 每组选择相应的12种包被的微球(如实施例1所述), 每种 微球浓度均为2.5。

31、105个/ml; 0066 2.分别取1ul每种编号的微球于1.5ml的微量离心管中; 0067 3.微球于 10000g离心1-2min; 0068 4.弃去上清, 微球重悬于100ul的2Tm杂交缓冲液中, 涡旋混匀; 0069 5.取25ul上述微球悬液于96孔滤板相应的孔中, 对照孔加25ul的ddH2O; 0070 6.取5-25ul的ASPE反应液于相应的孔中, 用ddH2O补足至50ul; 0071 7.用锡箔纸包住96孔板以避光, 9560s, 3715min孵育杂交; 0072 8.杂交后的微球于 3000g离心2-5min; 0073 9.去上清, 将微球重悬于75ul的1。

32、Tm杂交缓冲液中; 0074 10.微球于 3000g离心2-5min; 0075 11.将微球重悬于75ul的1Tm杂交缓冲液中, 加入15ul浓度为10ug/ml的链霉亲 和素-藻红 0076 蛋白(SA-PE); 0077 12.37孵育15min, 于Luminex仪器上检测。 0078 六、 结果检测与数据分析 0079 反应后产物通过Luminex系列分析仪器检测。 检测结果如表4、 表5和表6所示。 0080 对荧光值(MFI)和数据处理有以下要求: 说明书 8/23 页 10 CN 103865985 B 10 0081 1.每个位点需至少有一个等位基因MFI大于300而且大于。

33、10PCR阴性对照MFI; 0082 2.NETMFI样品MFI-PCR阴性对照MFI(NETMFI小于0的以0表示); 0083 3.满足以上两个条件的数据, 按下列公式计算突变比值: 0084 突变比值突变型NETMFI(突变型NETMFI+野生型NETMFI) 0085 4.根据经验对每个检测位点的突变比值确定阈值(cut-off值), 以划分野生型纯 合子、 杂合子和突变型纯合子。 0086 使用本方法检测20份样本的BRCA1基因SNP位点, 实验数据符合上述要求, 因此可 计算得它们的突变比值。 阈值(cut-off值)的设置如下: 突变比值范围在0-20视为野生 型纯合子; 30。

34、-70视为杂合子; 80-100视为变异型纯合子。 以测序法检测与液相芯 片结果作对照, 计算本发明所提供的分型方法检测结果的吻合率。 本方法检测20份样本的 BRCA1基因型检测结果与测序结果吻合率达到100。 可见本发明所提供的BRCA1基因SNP检 测液相芯片能够准确地检测出BRCA1的SNP类型, 且结果稳定可靠。 0087 表4样本检测结果(MFI)之一 0088 0089 说明书 9/23 页 11 CN 103865985 B 11 0090 表5样本检测结果(MFI)之二 说明书 10/23 页 12 CN 103865985 B 12 0091 0092 表6样本BRCA1基。

35、因突变比值() 0093 样品号A926GC2077TA1525GG53675AC36048TC2612T 1222221 22322299 3212311 4222221 52250112 6211212 7212321 8122111 说明书 11/23 页 13 CN 103865985 B 13 9311121 10232232 11222222 129721113 13211221 14122211 15111212 16122222 172982212 18222331 191222512 20122122 0094 表7样本BRCA1基因突变类型分析结果 0095 说明书 12/。

36、23 页 14 CN 103865985 B 14 0096 0097 实施例3不同的ASPE引物的液相芯片对BRCA1基因SNP位点的检测 0098 一、 液相芯片制备的设计(Tag序列及Anti-Tag序列的选择) 0099 以BRCA1基因A926G、 C2077T、 G53675A和C2612T位点突变检测液相芯片为例, 分别 针对A926G、 C2077T、 G53675A和C2612T的野生型和突变型设计ASPE引物3 端的特异性引物 序列, 而ASPE引物5 端的Tag序列则选自SEQIDNO.1-SEQIDNO.12, 相应的, 包被于微球 上的与对应tag序列互补配对的ant。

37、i-tag序列选自SEQIDNO.25-SEQIDNO.36。 具体设计 如下表(表8)所示。 ASPE引物的合成、 anti-tag序列包被微球、 扩增引物、 检测方法等如实施 例1和实施例2所述。 0100 表8液相芯片制备的设计 0101 0102 说明书 13/23 页 15 CN 103865985 B 15 0103 一、 样品检测 0104 采用上述设计制备的液相芯片, 按实施例2所述检测过程和方法对样品21-40进行 说明书 14/23 页 16 CN 103865985 B 16 检测, 检测结果如下: 0105 表9样本BRCA1基因A926G检测结果与基因多态性分析 01。

38、06 0107 表10样本BRCA1基因C2077T检测结果与基因多态性分析 0108 说明书 15/23 页 17 CN 103865985 B 17 0109 0110 表11样本BRCA1基因G53675A检测结果与基因多态性分析 0111 说明书 16/23 页 18 CN 103865985 B 18 0112 0113 表12样本BRCA1基因C2612T检测结果与基因多态性分析 0114 说明书 17/23 页 19 CN 103865985 B 19 0115 0116 从上述实施例可见, 其它针对不同突变位点的液相芯片, ASPE引物运用不同的tag 序列, 其结果依然稳定可。

39、靠, 具体数据省略。 而ASPE引物选用实施例1中tag序列与特异性引 物序列搭配时, 效果更佳(信噪比更好), 参见本实施例试验组1、 试验组5、 试验组8和试验组 12。 其它不同tag序列与特异性引物序列搭配, 与实施例2和本实施例的结果相同, 具体数据 省略。 实施例4BRCA1基因突变检测特异性引物序列的选择 0117 一、 液相芯片制备的设计(野生型和突变型特异性引物序列的选择) 0118 以BRCA1基因A1525G和C36048T的多态性位点检测液相芯片为例, 以该突变位点所 说明书 18/23 页 20 CN 103865985 B 20 在目标序列的正向或反向互补序列为模板。

40、, 分别针对A1525G和C36048T的野生型和突变型 设计ASPE引物3 端的特异性引物序列, 包括本发明实施例1中优选的特异性引物序列和2条 备选的特异性引物序列, 如表13所示。 其中, 内碱基为多态性位点。 0119 表13特异性引物序列 0120 0121 0122 以BRCA1基因A1525G和C36048T的多态性位点检测液相芯片为例, 针对A1525G和 C36048T选用不同的特异性引物序列, 而ASPE引物5 端的tag序列则固定为实施例1中的最 佳效果序列, 并选用与之相对应的anti-tag序列, 具体设计如下表(表14)所示。 ASPE引物的 合成、 anti-ta。

41、g序列包被微球、 扩增引物、 检测方法等如实施例1和实施例2所述。 0123 表14液相芯片制备的设计之二 0124 说明书 19/23 页 21 CN 103865985 B 21 0125 二、 样品检测 0126 采用上述设计制备的液相芯片, 按实施例2所述检测过程和方法对样品41-60进行 检测, 检测结果如下: 0127 表15样本BRCA1基因A1525G检测结果与基因多态性分析 0128 0129 说明书 20/23 页 22 CN 103865985 B 22 0130 表16样本BRCA1基因C36048T检测结果与基因多态性分析 0131 说明书 21/23 页 23 CN。

42、 103865985 B 23 0132 0133 由本实施例可见, ASPE引物选用实施例1中特异性引物序列与tag序列搭配时, 效 果更佳(信噪比更好), 参见本实施例试验组13和试验组16。 其它来源于目标检测位点所在 序列的正向或反向互补序列的不同特异性引物序列与tag序列搭配, 与实施例2和本实施例 的结果相同, 即依然是实施例2中所述的特异性引物序列与不同的tag序列搭配效果更佳, 具体数据省略。 0134 其它针对不同的SNP位点的多种特异性引物序列与tag序列搭配, 与实施例2和本 说明书 22/23 页 24 CN 103865985 B 24 实施例的结果相同, 即实施例1。

43、所选择的特异性引物, 具有更好的信噪比, 检测效果也更好, 具体数据省略。 0135 以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式, 其描述较为具体和详细, 但并 不能因此而理解为对本发明专利范围的限制。 应当指出的是, 对于本领域的普通技术人员 来说, 在不脱离本发明构思的前提下, 还可以做出若干变形和改进, 这些都属于本发明的保 护范围。 因此, 本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。 说明书 23/23 页 25 CN 103865985 B 25 0001 0002 序列表 1/10 页 26 CN 103865985 B 26 序列表 2/10 页 27 CN 103865985 。

44、B 27 0003 序列表 3/10 页 28 CN 103865985 B 28 0004 序列表 4/10 页 29 CN 103865985 B 29 0005 序列表 5/10 页 30 CN 103865985 B 30 0006 序列表 6/10 页 31 CN 103865985 B 31 0007 0008 序列表 7/10 页 32 CN 103865985 B 32 序列表 8/10 页 33 CN 103865985 B 33 0009 序列表 9/10 页 34 CN 103865985 B 34 0010 序列表 10/10 页 35 CN 103865985 B 35 。

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