多巴胺D1受体基因型检测芯片及其检测多巴胺D1受体的方法.pdf

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摘要
申请专利号:

CN201410432450.8

申请日:

2014.08.27

公开号:

CN104195248A

公开日:

2014.12.10

当前法律状态:

实审

有效性:

审中

法律详情:

实质审查的生效IPC(主分类):C12Q 1/68申请日:20140827|||公开

IPC分类号:

C12Q1/68; C40B40/06

主分类号:

C12Q1/68

申请人:

中国人民解放军第一〇二医院; 江苏大学

发明人:

瞿发林; 陈颖; 过伟; 余海鹰; 魏渊; 吴娜

地址:

213003 江苏省常州市天宁区和平北路55号

优先权:

专利代理机构:

常州市江海阳光知识产权代理有限公司 32214

代理人:

孙晓晖

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内容摘要

本发明公开了一种多巴胺D1受体基因型检测芯片及其检测多巴胺D1受体的方法,该多巴胺D1受体基因型检测芯片包括固相载体和有序固定在所述固相载体上的寡核苷酸探针;所述寡核苷酸探针的核苷酸序列如SEQIDNo.73~SEQIDNo.108所示。该多巴胺D1受体基因型检测芯片检测多巴胺D1受体的方法具有以下步骤:①制备染色体DNA;②用聚合酶链反应方法扩增所制得的染色体DNA的基因片段;③将扩增产物与多巴胺D1受体基因型检测芯片进行杂交;④检测多巴胺D1受体基因型检测芯片上的杂交信号。本发明的多巴胺D1受体基因型检测芯片检测操作简单,检测灵敏度率大于96%,检测特异度率大于98%。

权利要求书

1.  一种多巴胺D1受体基因型检测芯片,包括固相载体和有序固定在所述固相载体上的寡核苷酸探针;其特征在于:所述寡核苷酸探针的核苷酸序列为以下序列或其互补序列中突变位点在内的14~20个碱基:
DRD1_109G>A(rs10061709)、DRD1_262T>C(rs265981)、DRD1_371G>T(rs11742764)、DRD1_968G>A(rs5326)、DRD1_1014G>A(rs4532)、DRD1_1170A>C(rs5327)、DRD1_1171C>G(rs5328)、DRD1_1202C>G(rs5329)、DRD1_1211G>T(rs5330)、DRD1_1259G>A(rs1799914)、DRD1_1656T>G(rs5331)、DRD1_1746G>A(rs13306309)、DRD1_2105C>T(rs6272)、DRD1_2324A>G(rs155417)、DRD1_2413G>A(rs5332)、DRD1_2464C>T(rs686)、DRD1_2465T>C(rs1788861)、DRD1_3265A>G(rs4867798)。

2.
  根据权利要求1所述的多巴胺D1受体基因型检测芯片,其特征在于:所述突变位点位于14~20个碱基的中部。

3.
  根据权利要求1或2所述的多巴胺D1受体基因型检测芯片,其特征在于:所述寡核苷酸探针的5’端还具有一段氨基修饰的16聚脱氧胸苷酸。

4.
  根据权利要求3所述的多巴胺D1受体基因型检测芯片,其特征在于:所述寡核苷酸探针的核苷酸序列如SEQ ID No.73~SEQ ID No.108所示:
SEQ ID No.73:DRD1_109G(rs10061709)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-ccagagcCttggcga-3’;
SEQ ID No.74:DRD1_109A(rs10061709)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-ccagagcTttggcga-3’;
SEQ ID No.75:DRD1_262T(rs265981)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-cggcggcAgcccact-3’;
SEQ ID No.76:DRD1_262C(rs265981)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-cggcggcGgcccact-3’;
SEQ ID No.77:DRD1_371G(rs11742764)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-agcgcgcCtgagccc-3’;
SEQ ID No.78:DRD1_371T(rs11742764)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-agcgcgcAtgagccc-3’;
SEQ ID No.79:DRD1_968G(rs5326)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-tccccacCaggcagc-3’;
SEQ ID No.80:DRD1_968A(rs5326)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-tccccacTaggcagc-3’;
SEQ ID No.81:DRD1_1014G(rs4532)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-agatttcCaggagtc-3’;
SEQ ID No.82:DRD1_1014A(rs4532)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-agatttcTaggagtc-3’;
SEQ ID No.83:DRD1_1170A(rs4532)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-aggagcgTggacagg-3’;
SEQ ID No.84:DRD1_1170C(rs5327)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-aggagcgGggacagg-3’;
SEQ ID No.85:DRD1_1171C(rs5328)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-caggagcGtggacag-3’;
SEQ ID No.86:DRD1_1171G(rs5328)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-caggagcCtggacag-3’;
SEQ ID No.87:DRD1_1202C(rs5329)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-tgataacGgcagcac-3’;
SEQ ID No.88:DRD1_1202G(rs5329)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-tgataacCgcagcac-3’;
SEQ ID No.89:DRD1_1211G(rs5330)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-gtcggaaCctgataa-3’;
SEQ ID No.90:DRD1_1211T(rs5330)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-gtcggaaActgataa-3’;
SEQ ID No.91:DRD1_1259G(rs1799914)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-acacagcCaaggaga-3’;
SEQ ID No.92:DRD1_1259A(rs1799914)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-acacagcTaaggaga-3’;
SEQ ID No.93:DRD1_1656T(rs5331)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-attacagAggatgag-3’;
SEQ ID No.94:DRD1_1656G(rs5331)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-attacagCggatgag-3’;
SEQ ID No.95:DRD1_1746G(rs13306309)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-aaggccgCaatgcgc-3’;
SEQ ID No.96:DRD1_1746A(rs13306309)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-aaggccgTaatgcgc-3’;
SEQ ID No.97:DRD1_2105C(rs6272)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-aaagtctGtagcatc-3’;
SEQ ID No.98:DRD1_2105T(rs6272)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-aaagtctAtagcatc-3’;
SEQ ID No.99:DRD1_2324A(rs155417)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-atatgacTgataggg-3’;
SEQ ID No.100:DRD1_2324G(rs155417)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-atatgacCgataggg-3’;
SEQ ID No.101:DRD1_2413G(rs5332)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-caggattCatctgcg-3’;
SEQ ID No.102:DRD1_2413A(rs5332)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-caggattTatctgcg-3’;
SEQ ID No.103:DRD1_2464C(rs686)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-atagcaaGccccaga-3’;
SEQ ID No.104:DRD1_2464T(rs686)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-atagcaaAccccaga-3’;
SEQ ID No.105:DRD1_2465T(rs1788861)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-aatagcaAgccccag-3’;
SEQ ID No.106:DRD1_2465C(rs1788861)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-aatagcaGgccccag-3’;
SEQ ID No.107:DRD1_3265A(rs4867798)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-atactttTttaaatt-3’;
SEQ ID No.108:DRD1_3265G(rs4867798)probe:
NH2-5’-tttttttttttttttt-atactttCttaaatt-3’。

5.
  一种权利要求4所述的多巴胺D1受体基因型检测芯片检测多巴胺D1受体的方法,具有以下步骤:
①制备染色体DNA;
②用聚合酶链反应方法扩增所制得的染色体DNA的基因片段;
③将扩增产物与多巴胺D1受体基因型检测芯片进行杂交;
④检测多巴胺D1受体基因型检测芯片上的杂交信号;
步骤②中所述的染色体DNA的基因片段的核苷酸序列如SEQ ID No.1~SEQ ID No.36所示:
SEQ ID No.1:DRD1_109G(rs10061709):
tagggctgaaggccgcccgaggttcgccaaGgctctgggctctcgaaaggaagccaagaaa;
SEQ ID No.2:DRD1_109A(rs10061709):
tagggctgaaggccgcccgaggttcgccaaAgctctgggctctcgaaaggaagccaagaaa;
SEQ ID No.3:DRD1_262T(rs265981):
aacaatctccagctcttcaaggaagtgggcTgccgccgcctctcttgggacctggcctggg;
SEQ ID No.4:DRD1_262C(rs265981):
aacaatctccagctcttcaaggaagtgggcCgccgccgcctctcttgggacctggcctggg;
SEQ ID No.5:DRD1_371G(rs11742764):
acccctgctgcgcgcagctggctgggctcaGgcgcgcttcctcaacgtttcggagccgctg;
SEQ ID No.6:DRD1_371T(rs11742764):
acccctgctgcgcgcagctggctgggctcaTgcgcgcttcctcaacgtttcggagccgctg;
SEQ ID No.7:DRD1_968G(rs5326):
gaagcaatctggctgtgcaaagtgctgcctGgtggggaggactcctggaaatctgactgac;
SEQ ID No.8:DRD1_968A(rs5326):
gaagcaatctggctgtgcaaagtgctgcctAgtggggaggactcctggaaatctgactgac;
SEQ ID No.9:DRD1_1014G(rs4532):
gcaaagtgctgcctggtggggaggactcctGgaaatctgactgacccctattccctgcttg;
SEQ ID No.10:DRD1_1014A(rs4532):
gcaaagtgctgcctggtggggaggactcctAgaaatctgactgacccctattccctgcttg;
SEQ ID No.11:DRD1_1170A(rs5327):
gcctgtttcctgtcgctgctcatcctgtccAcgctcctggggaacacgctggtctgtgctg;
SEQ ID No.12:DRD1_1170C(rs5327):
gcctgtttcctgtcgctgctcatcctgtccCcgctcctggggaacacgctggtctgtgctg;
SEQ ID No.13:DRD1_1171C(rs5328):
cctgtttcctgtcgctgctcatcctgtccaCgctcctggggaacacgctggtctgtgctgc;
SEQ ID No.14:DRD1_1171G(rs5328):
cctgtttcctgtcgctgctcatcctgtccaGgctcctggggaacacgctggtctgtgctgc;
SEQ ID No.15:DRD1_1202C(rs5329):
gctcctggggaacacgctggtctgtgctgcCgttatcaggttccgacacctgcggtccaag;
SEQ ID No.16:DRD1_1202G(rs5329):
gctcctggggaacacgctggtctgtgctgcGgttatcaggttccgacacctgcggtccaag;
SEQ ID No.17:DRD1_1211G(rs5330):
gaacacgctggtctgtgctgccgttatcagGttccgacacctgcggtccaaggtgaccaac;
SEQ ID No.18:DRD1_1211T(rs5330):
gaacacgctggtctgtgctgccgttatcagTttccgacacctgcggtccaaggtgaccaac;
SEQ ID No.19:DRD1_1259G(rs1799914):
caaggtgaccaacttctttgtcatctccttGgctgtgtcagatctcttggtggccgtcctgg;
SEQ ID No.20:DRD1_1259A(rs1799914):
caaggtgaccaacttctttgtcatctccttAgctgtgtcagatctcttggtggccgtcctgg;
SEQ ID No.21:DRD1_1656T(rs5331):
agcctcagcaggacatatgccatctcatccTctgtaataagcttttacatccctgtggcca;
SEQ ID No.22:DRD1_1656G(rs5331):
agcctcagcaggacatatgccatctcatccGctgtaataagcttttacatccctgtggcca;
SEQ ID No.23:DRD1_1746G(rs13306309):
aggattgctcagaaacaaatacggcgcattGcggccttggagagggcagcagtccacgcca;
SEQ ID No.24:DRD1_1746A(rs13306309):
aggattgctcagaaacaaatacggcgcattAcggccttggagagggcagcagtccacgcca;
SEQ ID No.25:DRD1_2105C(rs6272):
gaaggcattttcaaccctcttaggatgctaCagactttgccctgcgacgaataatgccata;
SEQ ID No.26:DRD1_2105T(rs6272):
gaaggcattttcaaccctcttaggatgctaTagactttgccctgcgacgaataatgccata;
SEQ ID No.27:DRD1_2324A(rs155417):
acccttggagaagctgtccccagccctatcAgtcatattggactatgacactgacgtctct;
SEQ ID No.28:DRD1_2324G(rs155417):
acccttggagaagctgtccccagccctatcGgtcatattggactatgacactgacgtctct;
SEQ ID No.29:DRD1_2413G(rs5332):
acggtcagcacccaacctgaactcgcagatGaatcctgccacacatgctcatcccaaaagc;
SEQ ID No.30:DRD1_2413A(rs5332):
acggtcagcacccaacctgaactcgcagatAaatcctgccacacatgctcatcccaaaagc;
SEQ ID No.31:DRD1_2464C(rs686):
tcccaaaagctagaggagattgctctggggCttgctattaagaaactaaggtacggtgagact;
SEQ ID No.32:DRD1_2464T(rs686):
tcccaaaagctagaggagattgctctggggTttgctattaagaaactaaggtacggtgagact;
SEQ ID No.33:DRD1_2465T(rs1788861):
cccaaaagctagaggagattgctctggggcTtgctattaagaaactaaggtacggtgagac;
SEQ ID No.34:DRD1_2465C(rs1788861):
cccaaaagctagaggagattgctctggggcCtgctattaagaaactaaggtacggtgagac;
SEQ ID No.35:DRD1_3265A(rs4867798):
tttttctgaaaagattttgaaaaatttaaAaaagtatagctactactgtgttcaaaacgt;
SEQ ID No.36:DRD1_3265G(rs4867798):
tttttctgaaaagattttgaaaaatttaaGaaagtatagctactactgtgttcaaaacgt;
步骤②中所述的扩增采用的扩增引物的核苷酸序列如SEQ ID No.37~SEQ ID No.72所示:
SEQ ID No.37:DRD1_109G>A(rs10061709)上游引物: 
Biotin-5’- CGCAACTCTGCCTGTCAAG -3’;
SEQ ID No.38:DRD1_262T>C(rs265981)上游引物: 
Biotin-5’- CGCAACTCTGCCTGTCAAG -3’;
SEQ ID No.39:DRD1_371G>T(rs11742764)上游引物: 
Biotin-5’- CGCAACTCTGCCTGTCAAG -3’;
SEQ ID No.40:DRD1 968G>A(rs5326)上游引物: 
Biotin-5’- CGGTCCTCTCATGGAATGTT -3’;
SEQ ID No.41:DRD1_1014G>A(rs4532)上游引物: 
Biotin-5’- CGGTCCTCTCATGGAATGTT -3’;
SEQ ID No.42:DRD1_1170A>C(rs5327)上游引物:
Biotin-5’- CGGTCCTCTCATGGAATGTT -3’;
SEQ ID No.43:DRD1_1171C>G(rs5328)上游引物: 
Biotin-5’- CGGTCCTCTCATGGAATGTT -3’;
SEQ ID No.44:DRD1_1202C>G(rs5329)上游引物:
Biotin 5’- caagtgatttggctggattg -3’;
SEQ ID No.45:DRD1_1211G>T(rs5330)上游引物:
Biotin 5’- caagtgatttggctggattg -3’;
SEQ ID No.46:DRD1_1259G>A(rs1799914)上游引物:
Biotin 5’- caagtgatttggctggattg -3’;
SEQ ID No.47:DRD1_1656T>G(rs5331)上游引物:
Biotin 5’- caagtgatttggctggattg -3’;
SEQ ID No.48:DRD1_1746G>A(rs13306309)上游引物:
Biotin 5’- GCAGGACATATGCCATCTCA -3’;
SEQ ID No.49:DRD1_2105C>T(rs6272)上游引物:
Biotin 5’- GCAGGACATATGCCATCTCA -3’;
SEQ ID No.50:DRD1_2324A>G(rs155417)上游引物:
Biotin 5’- GCAGGACATATGCCATCTCA -3’;
SEQ ID No.51:DRD1_2413G>A(rs5332)上游引物:
Biotin 5’- GCAGGACATATGCCATCTCA -3’;
SEQ ID No.52:DRD1_2464C>T(rs686)上游引物:
Biotin 5’- GCAGGACATATGCCATCTCA -3’;
SEQ ID No.53:DRD1_2465T>C(rs1788861)上游引物:
Biotin 5’- GCAGGACATATGCCATCTCA -3’;
SEQ ID No.54:DRD1_3265A>G(rs4867798)上游引物:
Biotin 5’- AAGCCAATGAAGCAAACACA -3’;
SEQ ID No.55:DRD1_109G>A(rs10061709)下游引物: 
Biotin-5’- CACGTCAAGCCCAACCTAAT -3’;
SEQ ID No.56:DRD1_262T>C(rs265981)下游引物:
Biotin-5’- CACGTCAAGCCCAACCTAAT -3’;
SEQ ID No.57:DRD1_371G>T(rs11742764)下游引物: 
Biotin-5’- CACGTCAAGCCCAACCTAAT -3’;
SEQ ID No.58:DRD1_ 968G>A(rs5326)下游引物: 
Biotin-5’- GTGGTGGTCTGGCAATTCTT -3’;
SEQ ID No.59:DRD1_1014G>A(rs4532)下游引物: 
Biotin-5’- GTGGTGGTCTGGCAATTCTT -3’;
SEQ ID No.60:DRD1_1170A>C(rs5327)下游引物: 
Biotin-5’- GTGGTGGTCTGGCAATTCTT -3’;
SEQ ID No.61:DRD1_1171C>G(rs5328)下游引物: 
Biotin-5’- GTGGTGGTCTGGCAATTCTT -3’;
SEQ ID No.62:DRD1_1202C>G(rs5329)下游引物:
Biotin 5’- GTGGTGGTCTGGCAATTCTT -3’;
SEQ ID No.63:DRD1_1211G>T(rs5330)下游引物:
Biotin 5’- GTGGTGGTCTGGCAATTCTT -3’;
SEQ ID No.64:DRD1_1259G>A(rs1799914)下游引物:
Biotin 5’- GTGGTGGTCTGGCAATTCTT -3’;
SEQ ID No.65:DRD1_1656T>G(rs5331)下游引物:
Biotin 5’- GTGGTGGTCTGGCAATTCTT -3’;
SEQ ID No.66:DRD1_1746G>A(rs13306309)下游引物:
Biotin 5’- GCAGGACATATGCCATCTCA -3’;
SEQ ID No.67:DRD1_2105C>T(rs6272)下游引物:
Biotin 5’- GTGTGTTGGAAAGCAGCAGA -3’;
SEQ ID No.68:DRD1_2324A>G(rs155417)下游引物:
Biotin 5’- GTGTGTTGGAAAGCAGCAGA -3’;
SEQ ID No.69:DRD1_2413G>A(rs5332)下游引物:
Biotin 5’- GTGTGTTGGAAAGCAGCAGA -3’;
SEQ ID No.70:DRD1_2464C>T(rs686)下游引物:
Biotin 5’- GTGTGTTGGAAAGCAGCAGA -3’;
SEQ ID No.71:DRD1_2465T>C(rs1788861)下游引物:
Biotin 5’- GTGTGTTGGAAAGCAGCAGA -3’;
SEQ ID No.72:DRD1_3265A>G(rs4867798)下游引物:
Biotin 5’- AAAAGATGGAGAGGGCCAAT- 3’。

说明书

多巴胺D1受体基因型检测芯片及其检测多巴胺D1受体的方法
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域,具体涉及一种多巴胺D1受体基因型检测芯片及其检测多巴胺D1受体的方法。
背景技术
多巴胺受体在中枢神经系统中表达,控制运动功能、情绪、内分泌生理系统。多巴胺受体与某些神经精神病(如药物依赖、帕金森病、精神分裂症、狂躁、抑郁症等)、肾病、心血管疾病有关。
多巴胺作为中枢神经系统的重要神经递质,主要参与运动、情感以及神经内分泌的调节。目前已分离出五种多巴胺受体(DA2R),根据它们的生物化学和药理学性质,分为D1类受体和D2类受体两大家族。D1类受体则包括D1受体和D5受体(在大鼠中分别称为D1A受体和D1B受体)两种,它们激活后会升高细胞内cAMP水平。D2类受体则包括D2受体、D3受体以及D4受体三种,它们激活后则会降低细胞内cAMP水平。
两类受体的C端含有磷酸化和棕榈酰化位点,涉及激动剂依赖性受体的去敏感化过程和第四胞内环的形成多巴胺的配体化合物很容易将D1类受体和D2类受体两大家族区分开来,但大多数化合物不能区分同一家族的受体亚型(比如D1受体和D5受体)。
20世纪90年代以来分子生物学以及基因遗传学迅速发展,推动了脑内多巴胺受体(dopamine receptor,DR)的分子克隆、DR亚型结构与功能的关系研究。随着对多巴胺受体亚型研究的不断深入,人们发现多巴胺D1受体的遗传多态性与神经性精神病直接相关。具体来说,多巴胺D1受体在人群中存在不同的基因型(即基因多态性),而基因型不同的多巴胺D1受体对不同的精神药物作用明显不同,最终导致基因型不同的精神病患者对同一精神药物的药效存在差异。因此检测多巴胺D1受体的基因型方法的研究是学界研究热点。
但目前测定多巴胺D1受体的基因型的方法主要是采用聚合酶链式反应-限制性片断长度多态性(PCR-RFLP)、手工或自动顺序、序列特异性引物PCR等方法,这些方法不仅操作繁琐,检测周期长,而且影响检测结果的因素多,不易控制,难以满足实际应用的要求,使科研单位和临床上至今还无法广泛开展有关多巴胺D1受体的基因型的检测。
发明内容
本发明的目的之一在于解决上述问题,提供一种操作简单、结果准确、检测周期短的多巴胺D1受体基因型检测芯片。
本发明的另一目的在于提供上述多巴胺D1受体基因型检测芯片检测多巴胺D1受体的方法。
实现本发明目的之一的技术方案是:一种多巴胺D1受体基因型检测芯片,包括固相载体和有序固定在所述固相载体上的寡核苷酸探针;所述寡核苷酸探针的核苷酸序列为以下序列或其互补序列中突变位点在内的14~20个碱基:DRD1_109G>A(rs10061709)、DRD1_262T>C(rs265981)、DRD1_371G>T(rs11742764)、DRD1_968G>A(rs5326)、DRD1_1014G>A(rs4532)、DRD1_1170A>C(rs5327)、DRD1_1171C>G(rs5328)、DRD1_1202C>G(rs5329)、DRD1_1211G>T(rs5330)、DRD1_1259G>A(rs1799914)、DRD1_1656T>G(rs5331)、DRD1_1746G>A(rs13306309)、DRD1_2105C>T(rs6272)、DRD1_2324A>G(rs155417)、DRD1_2413G>A(rs5332)、DRD1_2464C>T(rs686)、DRD1_2465T>C(rs1788861)、DRD1_3265A>G(rs4867798)。
为了增强检测信号的强度,提高检测结果的准确率,所述突变位点位于14~20个碱基的中部。
所述寡核苷酸探针的5’端还具有一段氨基修饰的16聚脱氧胸苷酸。
所述固相载体包括但不限于尼龙膜、未修饰的或经活性基团修饰的玻璃片、塑料片、硅片。
所述活性基团包括但不限于醛基、氨基、异硫酸基,优选醛基。
上述基因型检测芯片的制备可按照生物芯片的常规制造方法进行。
例如,如果固相载体采用的是经修饰的载玻片或者硅片,探针的5’端含有氨基修饰的聚dT串,则可将寡核苷酸探针配置成溶液,然后用点样仪将其点在经修饰的载玻片或者硅片上,排列成预定的阵列,然后通过放置过夜来固定,就可得到本发明的基因型检测芯片。
又如,如果寡核苷酸探针不含氨基修饰的聚dT串,则可参照:王申五主编的《基因诊断技术-非放射性操作手册》或者马立人,蒋中华主编的《生物芯片》。
实现本发明另一目的的技术方案是:一种多巴胺D1受体基因型检测芯片检测多巴胺D1受体的方法,具有以下步骤:
①制备染色体DNA;
②用聚合酶链反应方法扩增所制得的染色体DNA的基因片段;
③将扩增产物与多巴胺D1受体基因型检测芯片进行杂交;
④检测多巴胺D1受体基因型检测芯片上的杂交信号。
上述步骤①制备用于PCR扩增的染色体DNA的方法有很多,可以从全血中制备、也可以从发根中制备,还可以从口腔黏膜的脱落物中制备。
上述步骤②用PCR方法扩增染色体DNA的基因片段的方法采用常规技术,其中的关键在于扩增引物的设计。
上述步骤③的杂交可按照本领域的经典方法进行,可以先将基因型检测芯片与预杂交液进行预杂交,再与扩增产物在杂交缓冲液中进行杂交。
本发明具有的积极效果:(1)本发明的多巴胺D1受体基因型检测芯片检测操作简单,检测灵敏度率大于96%,检测特异度率大于98%。(2)本发明的基因型检测芯片通过将能反映样本中大量基因信息的寡核苷酸探针有序固定在固相支持物上形成阵列,通过与实际样本或者扩增产物进行杂交反应,只需一次实验,即可高通量获得所有待检基因的信息,具有广阔的推广应用前景。
附图说明
图1为制备实施例1的多巴胺D1受体基因型检测芯片的点样阵列。
图2为应用例中检测到的多巴胺D1受体基因型检测芯片上的杂交信号。
具体实施方式
(实施例1)
本实施例的多巴胺D1受体基因型检测芯片包括固相载体和有序固定在固相载体上的寡核苷酸探针。
本实施例采用的固相载体为醛基修饰的载玻片(产品编号:BSM03011,上海百傲科技有限公司)。
寡核苷酸探针经人工合成得到(上海生工生物工程技术服务有限公司),其核苷酸序列如SEQ ID No.73~SEQ ID No.108所示。
该基因型检测芯片的制备方法为:将寡核苷酸探针用水溶解至浓度为100 mM,然后用2×点样缓冲液(产品编号:BST02010,上海百傲科技有限公司)等比例混合,接着用Affmetrix公司的GMS417点样仪按照图1所示阵列点制,最后室温(15℃~25℃,下同)放置过夜,即得。
(应用例)
本应用例为采用实施例1的多巴胺D1受体基因型检测芯片(非诊断目的)检测多巴胺D1受体的方法,具有以下步骤:
①制备染色体DNA。
用一次性无菌注射针头抽取待检者全血500mL,收集于含50mL浓度为2wt%的EDTA溶液的无菌的1.5mL离心管中,将管盖盖上,上下颠倒数次,混合均匀。
向另一支无菌的1.5mL的离心管中加入均匀的待检全血100mL和纯水300 mL,充分混合均匀,室温静置8min;将离心管置离心机中,10,000g离心1min;取出离心管,倾去上清液,离心管底部可见少量白色沉淀;向离心管中加入抽提液(产品编号:BST01010,上海百傲科技有限公司)60 mL,充分振荡使沉淀溶解;沸水浴中15min;取出离心管,置离心机中,12,000g离心15min。
离心后的上清液(即为染色体DNA)可直接用于PCR扩增。
②用聚合酶链反应(PCR)方法扩增所制得的染色体DNA的基因片段。
所述的染色体DNA的基因片段的核苷酸序列如SEQ ID No.1~SEQ ID No.36所示。
扩增过程如下:
A、设计并合成扩增引物(委托上海生工生物技术服务有限公司合成),扩增引物的核苷酸序列如SEQ ID No.37~SEQ ID No.72所示。
B、用水将扩增引物溶解并稀释至10mM。
C、将市售的10×缓冲液(产品编号:Lot00083585,Fermentas)、dNTP(产品编号:Lot00083613,Fermentas)、Taq酶(产品编号:Lot00085632,Fermentas)、上述扩增引物、纯水以及染色体DNA制备过程中获得的PCR扩增模板按表1的配方配制PCR扩增体系。
表1

反应体系体积(mL)10×缓冲液2.5dNTP(各10mM)0.5上游引物(10mM)1下游引物(10mM)1Tap酶(2.5U/mL)0.25H2O17.75模版DNA2总体积25

D、用PCR扩增仪(美国ABI公司GeneAmp 9700型)按以下程序进行扩增反应,得到扩增产物:94℃,5min;然后94℃,30s;60℃,30s;72℃,1min;执行35个循环;最后保持72℃,7min。
③将扩增产物与多巴胺D1受体基因型检测芯片进行杂交。
采用上海百傲科技有限公司的芯片杂交试剂盒与芯片显色试剂盒进行此杂交试验。
其中,芯片杂交试剂盒(产品编号:BSTO05010,上海百傲科技有限公司)包含:预杂交液、杂交缓冲液、洗液A、反应舱。芯片显色试剂盒(产品编号:BST06010,上海百傲科技有限公司)包含:抗体液、洗液B、洗液C、显色液。
杂交过程如下:
a、将实施例1制得的多巴胺D1受体基因型检测芯片用预杂交液在39℃的温度下预杂交5min,然后除去预杂交液。
b、将步骤②得到的扩增产物在98℃变性5 min,然后取其中10 mL加至190 mL杂交缓冲液中混匀,与预杂交后的基因型检测芯片在39℃的温度下进行杂交反应30min。
c、将杂交后的基因型检测芯片先用已预热至杂交温度(39℃)的洗液A洗涤2次,每次10min,再用洗液B在室温下洗涤2min。
d、将基因型检测芯片与抗体液室温反应20min,然后将基因型检测芯片用洗液B在室温下洗涤5min,再重复此步骤一次。
e、将基因型检测芯片用洗液C在室温下洗涤2min。
f、在基因型检测芯片上加显色液200 mL,39℃放置40min。
g、用水冲洗干净,晾干即可。
④检测多巴胺D1受体基因型检测芯片上的杂交信号。
将杂交并洗涤完毕的基因型检测芯片置于Baio BE3.0生物芯片识读仪(产品编号:BSE01021,上海百傲科技有限公司)上扫描即得检测结果,见图2。
结果表明,受检者的DRD1基因型为:DRD1_109G、DRD1_262T、DRD1_371T、DRD1_968G、DRD1_1014A、DRD1_1170C、DRD1_1171G、DRD1_1202C、DRD1_1211T、DRD1_1259G、DRD1_1656T、DRD1_1746A、DRD1_2105C、DRD1_2324G、DRD1_2413G、DRD1_2464C、DRD1_2465C、DRD1_3265A。 
SEQUENCE LISTING
<110>  中国人民解放军第一〇二医院;江苏大学
<120>  多巴胺D1受体基因型检测芯片及其检测多巴胺D1受体的方法
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<170>  PatentIn version 3.3
 
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<212>  DNA
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a                                                                     61
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c                                                                     61
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c
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g                                                                     61
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g                                                                     61
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g                                                                     61
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gcctgtttcc tgtcgctgct catcctgtcc ccgctcctgg ggaacacgct ggtctgtgct     60
g                                                                     61
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cctgtttcct gtcgctgctc atcctgtcca cgctcctggg gaacacgctg gtctgtgctg     60
c                                                                     61
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cctgtttcct gtcgctgctc atcctgtcca ggctcctggg gaacacgctg gtctgtgctg     60
c                                                                     61
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g                                                                     61
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g                                                                     61
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c                                                                     61
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c                                                                     61
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gg                                                                    62
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a                                                                     61
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a                                                                     61
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a                                                                     61
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t                                                                     61
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c                                                                     61
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<212>  DNA
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c                                                                     61
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<212>  DNA
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<213>  引物序列
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cgcaactctg cctgtcaag                                                  19
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<213>  引物序列
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<213>  引物序列
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tttttttttt ttttttatac tttcttaaat t                                    31
 

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1、10申请公布号CN104195248A43申请公布日20141210CN104195248A21申请号201410432450822申请日20140827C12Q1/68200601C40B40/0620060171申请人中国人民解放军第一二医院地址213003江苏省常州市天宁区和平北路55号申请人江苏大学72发明人瞿发林陈颖过伟余海鹰魏渊吴娜74专利代理机构常州市江海阳光知识产权代理有限公司32214代理人孙晓晖54发明名称多巴胺D1受体基因型检测芯片及其检测多巴胺D1受体的方法57摘要本发明公开了一种多巴胺D1受体基因型检测芯片及其检测多巴胺D1受体的方法,该多巴胺D1受体基因型检测芯片包。

2、括固相载体和有序固定在所述固相载体上的寡核苷酸探针;所述寡核苷酸探针的核苷酸序列如SEQIDNO73SEQIDNO108所示。该多巴胺D1受体基因型检测芯片检测多巴胺D1受体的方法具有以下步骤制备染色体DNA;用聚合酶链反应方法扩增所制得的染色体DNA的基因片段;将扩增产物与多巴胺D1受体基因型检测芯片进行杂交;检测多巴胺D1受体基因型检测芯片上的杂交信号。本发明的多巴胺D1受体基因型检测芯片检测操作简单,检测灵敏度率大于96,检测特异度率大于98。51INTCL权利要求书7页说明书4页序列表18页附图1页19中华人民共和国国家知识产权局12发明专利申请权利要求书7页说明书4页序列表18页附图。

3、1页10申请公布号CN104195248ACN104195248A1/7页21一种多巴胺D1受体基因型检测芯片,包括固相载体和有序固定在所述固相载体上的寡核苷酸探针;其特征在于所述寡核苷酸探针的核苷酸序列为以下序列或其互补序列中突变位点在内的1420个碱基DRD1_109GA(RS10061709)、DRD1_262TC(RS265981)、DRD1_371GT(RS11742764)、DRD1_968GA(RS5326)、DRD1_1014GA(RS4532)、DRD1_1170AC(RS5327)、DRD1_1171CG(RS5328)、DRD1_1202CG(RS5329)、DRD1_1。

4、211GT(RS5330)、DRD1_1259GA(RS1799914)、DRD1_1656TG(RS5331)、DRD1_1746GA(RS13306309)、DRD1_2105CT(RS6272)、DRD1_2324AG(RS155417)、DRD1_2413GA(RS5332)、DRD1_2464CT(RS686)、DRD1_2465TC(RS1788861)、DRD1_3265AG(RS4867798)。2根据权利要求1所述的多巴胺D1受体基因型检测芯片,其特征在于所述突变位点位于1420个碱基的中部。3根据权利要求1或2所述的多巴胺D1受体基因型检测芯片,其特征在于所述寡核苷酸探针的。

5、5端还具有一段氨基修饰的16聚脱氧胸苷酸。4根据权利要求3所述的多巴胺D1受体基因型检测芯片,其特征在于所述寡核苷酸探针的核苷酸序列如SEQIDNO73SEQIDNO108所示SEQIDNO73DRD1_109G(RS10061709)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTCCAGAGCCTTGGCGA3;SEQIDNO74DRD1_109A(RS10061709)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTCCAGAGCTTTGGCGA3;SEQIDNO75DRD1_262T(RS265981)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTCGGCGGCAGCCCACT。

6、3;SEQIDNO76DRD1_262C(RS265981)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTCGGCGGCGGCCCACT3;SEQIDNO77DRD1_371G(RS11742764)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTAGCGCGCCTGAGCCC3;SEQIDNO78DRD1_371T(RS11742764)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTAGCGCGCATGAGCCC3;SEQIDNO79DRD1_968G(RS5326)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTTCCCCACCAGGCAGC3;SEQIDNO80DRD1_96。

7、8A(RS5326)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTTCCCCACTAGGCAGC3;SEQIDNO81DRD1_1014G(RS4532)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTAGATTTCCAGGAGTC3;SEQIDNO82DRD1_1014A(RS4532)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTAGATTTCTAGGAGTC3;SEQIDNO83DRD1_1170A(RS4532)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTAGGAGCGTGGACAGG3;SEQIDNO84DRD1_1170C(RS5327)PROBENH25TTTTT。

8、TTTTTTTTTTTAGGAGCGGGGACAGG3;权利要求书CN104195248A2/7页3SEQIDNO85DRD1_1171C(RS5328)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTCAGGAGCGTGGACAG3;SEQIDNO86DRD1_1171G(RS5328)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTCAGGAGCCTGGACAG3;SEQIDNO87DRD1_1202C(RS5329)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTTGATAACGGCAGCAC3;SEQIDNO88DRD1_1202G(RS5329)PROBENH25TTTTTTT。

9、TTTTTTTTTTGATAACCGCAGCAC3;SEQIDNO89DRD1_1211G(RS5330)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTGTCGGAACCTGATAA3;SEQIDNO90DRD1_1211T(RS5330)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTGTCGGAAACTGATAA3;SEQIDNO91DRD1_1259G(RS1799914)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTACACAGCCAAGGAGA3;SEQIDNO92DRD1_1259A(RS1799914)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTACACAGCTA。

10、AGGAGA3;SEQIDNO93DRD1_1656T(RS5331)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTATTACAGAGGATGAG3;SEQIDNO94DRD1_1656G(RS5331)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTATTACAGCGGATGAG3;SEQIDNO95DRD1_1746G(RS13306309)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTAAGGCCGCAATGCGC3;SEQIDNO96DRD1_1746A(RS13306309)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTAAGGCCGTAATGCGC3;SEQIDNO9。

11、7DRD1_2105C(RS6272)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTCTGTAGCATC3;SEQIDNO98DRD1_2105T(RS6272)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTCTATAGCATC3;SEQIDNO99DRD1_2324A(RS155417)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTATATGACTGATAGGG3;SEQIDNO100DRD1_2324G(RS155417)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTATATGACCGATAGGG3;SEQIDNO101DRD1_2413G(RS5332。

12、)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTCAGGATTCATCTGCG3;SEQIDNO102DRD1_2413A(RS5332)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTCAGGATTTATCTGCG3;SEQIDNO103DRD1_2464C(RS686)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTATAGCAAGCCCCAGA3;SEQIDNO104DRD1_2464T(RS686)PROBE权利要求书CN104195248A3/7页4NH25TTTTTTTTTTTTTTTTATAGCAAACCCCAGA3;SEQIDNO105DRD1_2465T(RS1788。

13、861)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTAATAGCAAGCCCCAG3;SEQIDNO106DRD1_2465C(RS1788861)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTAATAGCAGGCCCCAG3;SEQIDNO107DRD1_3265A(RS4867798)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTATACTTTTTTAAATT3;SEQIDNO108DRD1_3265G(RS4867798)PROBENH25TTTTTTTTTTTTTTTTATACTTTCTTAAATT3。5一种权利要求4所述的多巴胺D1受体基因型检测芯片检测多巴胺D1受体的。

14、方法,具有以下步骤制备染色体DNA;用聚合酶链反应方法扩增所制得的染色体DNA的基因片段;将扩增产物与多巴胺D1受体基因型检测芯片进行杂交;检测多巴胺D1受体基因型检测芯片上的杂交信号;步骤中所述的染色体DNA的基因片段的核苷酸序列如SEQIDNO1SEQIDNO36所示SEQIDNO1DRD1_109G(RS10061709)TAGGGCTGAAGGCCGCCCGAGGTTCGCCAAGGCTCTGGGCTCTCGAAAGGAAGCCAAGAAA;SEQIDNO2DRD1_109A(RS10061709)TAGGGCTGAAGGCCGCCCGAGGTTCGCCAAAGCTCTGGGCTCTC。

15、GAAAGGAAGCCAAGAAA;SEQIDNO3DRD1_262T(RS265981)AACAATCTCCAGCTCTTCAAGGAAGTGGGCTGCCGCCGCCTCTCTTGGGACCTGGCCTGGG;SEQIDNO4DRD1_262C(RS265981)AACAATCTCCAGCTCTTCAAGGAAGTGGGCCGCCGCCGCCTCTCTTGGGACCTGGCCTGGG;SEQIDNO5DRD1_371G(RS11742764)ACCCCTGCTGCGCGCAGCTGGCTGGGCTCAGGCGCGCTTCCTCAACGTTTCGGAGCCGCTG;SEQIDNO6DRD1_。

16、371T(RS11742764)ACCCCTGCTGCGCGCAGCTGGCTGGGCTCATGCGCGCTTCCTCAACGTTTCGGAGCCGCTG;SEQIDNO7DRD1_968G(RS5326)GAAGCAATCTGGCTGTGCAAAGTGCTGCCTGGTGGGGAGGACTCCTGGAAATCTGACTGAC;SEQIDNO8DRD1_968A(RS5326)GAAGCAATCTGGCTGTGCAAAGTGCTGCCTAGTGGGGAGGACTCCTGGAAATCTGACTGAC;SEQIDNO9DRD1_1014G(RS4532)GCAAAGTGCTGCCTGGTGGGGA。

17、GGACTCCTGGAAATCTGACTGACCCCTATTCCCTGCTTG;SEQIDNO10DRD1_1014A(RS4532)GCAAAGTGCTGCCTGGTGGGGAGGACTCCTAGAAATCTGACTGACCCCTATTCCCTGCTTG;SEQIDNO11DRD1_1170A(RS5327)GCCTGTTTCCTGTCGCTGCTCATCCTGTCCACGCTCCTGGGGAACACGCTGGTCTGTGCTG;权利要求书CN104195248A4/7页5SEQIDNO12DRD1_1170C(RS5327)GCCTGTTTCCTGTCGCTGCTCATCCTGTCCCCG。

18、CTCCTGGGGAACACGCTGGTCTGTGCTG;SEQIDNO13DRD1_1171C(RS5328)CCTGTTTCCTGTCGCTGCTCATCCTGTCCACGCTCCTGGGGAACACGCTGGTCTGTGCTGC;SEQIDNO14DRD1_1171G(RS5328)CCTGTTTCCTGTCGCTGCTCATCCTGTCCAGGCTCCTGGGGAACACGCTGGTCTGTGCTGC;SEQIDNO15DRD1_1202C(RS5329)GCTCCTGGGGAACACGCTGGTCTGTGCTGCCGTTATCAGGTTCCGACACCTGCGGTCCAAG;SEQI。

19、DNO16DRD1_1202G(RS5329)GCTCCTGGGGAACACGCTGGTCTGTGCTGCGGTTATCAGGTTCCGACACCTGCGGTCCAAG;SEQIDNO17DRD1_1211G(RS5330)GAACACGCTGGTCTGTGCTGCCGTTATCAGGTTCCGACACCTGCGGTCCAAGGTGACCAAC;SEQIDNO18DRD1_1211T(RS5330)GAACACGCTGGTCTGTGCTGCCGTTATCAGTTTCCGACACCTGCGGTCCAAGGTGACCAAC;SEQIDNO19DRD1_1259G(RS1799914)CAAGGTG。

20、ACCAACTTCTTTGTCATCTCCTTGGCTGTGTCAGATCTCTTGGTGGCCGTCCTGG;SEQIDNO20DRD1_1259A(RS1799914)CAAGGTGACCAACTTCTTTGTCATCTCCTTAGCTGTGTCAGATCTCTTGGTGGCCGTCCTGG;SEQIDNO21DRD1_1656T(RS5331)AGCCTCAGCAGGACATATGCCATCTCATCCTCTGTAATAAGCTTTTACATCCCTGTGGCCA;SEQIDNO22DRD1_1656G(RS5331)AGCCTCAGCAGGACATATGCCATCTCATCCGCTGT。

21、AATAAGCTTTTACATCCCTGTGGCCA;SEQIDNO23DRD1_1746G(RS13306309)AGGATTGCTCAGAAACAAATACGGCGCATTGCGGCCTTGGAGAGGGCAGCAGTCCACGCCA;SEQIDNO24DRD1_1746A(RS13306309)AGGATTGCTCAGAAACAAATACGGCGCATTACGGCCTTGGAGAGGGCAGCAGTCCACGCCA;SEQIDNO25DRD1_2105C(RS6272)GAAGGCATTTTCAACCCTCTTAGGATGCTACAGACTTTGCCCTGCGACGAATAATGCCAT。

22、A;SEQIDNO26DRD1_2105T(RS6272)GAAGGCATTTTCAACCCTCTTAGGATGCTATAGACTTTGCCCTGCGACGAATAATGCCATA;SEQIDNO27DRD1_2324A(RS155417)ACCCTTGGAGAAGCTGTCCCCAGCCCTATCAGTCATATTGGACTATGACACTGACGTCTCT;SEQIDNO28DRD1_2324G(RS155417)ACCCTTGGAGAAGCTGTCCCCAGCCCTATCGGTCATATTGGACTATGACACTGACGTCTCT;SEQIDNO29DRD1_2413G(RS5332)。

23、ACGGTCAGCACCCAACCTGAACTCGCAGATGAATCCTGCCACACATGCTCATCCCAAAAGC;SEQIDNO30DRD1_2413A(RS5332)ACGGTCAGCACCCAACCTGAACTCGCAGATAAATCCTGCCACACATGCTCATCCCAAAAGC;SEQIDNO31DRD1_2464C(RS686)权利要求书CN104195248A5/7页6TCCCAAAAGCTAGAGGAGATTGCTCTGGGGCTTGCTATTAAGAAACTAAGGTACGGTGAGACT;SEQIDNO32DRD1_2464T(RS686)TCCCAAAAGCT。

24、AGAGGAGATTGCTCTGGGGTTTGCTATTAAGAAACTAAGGTACGGTGAGACT;SEQIDNO33DRD1_2465T(RS1788861)CCCAAAAGCTAGAGGAGATTGCTCTGGGGCTTGCTATTAAGAAACTAAGGTACGGTGAGAC;SEQIDNO34DRD1_2465C(RS1788861)CCCAAAAGCTAGAGGAGATTGCTCTGGGGCCTGCTATTAAGAAACTAAGGTACGGTGAGAC;SEQIDNO35DRD1_3265A(RS4867798)TTTTTCTGAAAAGATTTTGAAAAATTTAAAAAA。

25、GTATAGCTACTACTGTGTTCAAAACGT;SEQIDNO36DRD1_3265G(RS4867798)TTTTTCTGAAAAGATTTTGAAAAATTTAAGAAAGTATAGCTACTACTGTGTTCAAAACGT;步骤中所述的扩增采用的扩增引物的核苷酸序列如SEQIDNO37SEQIDNO72所示SEQIDNO37DRD1_109GA(RS10061709)上游引物BIOTIN5CGCAACTCTGCCTGTCAAG3;SEQIDNO38DRD1_262TC(RS265981)上游引物BIOTIN5CGCAACTCTGCCTGTCAAG3;SEQIDNO39DRD1_3。

26、71GT(RS11742764)上游引物BIOTIN5CGCAACTCTGCCTGTCAAG3;SEQIDNO40DRD1968GA(RS5326)上游引物BIOTIN5CGGTCCTCTCATGGAATGTT3;SEQIDNO41DRD1_1014GA(RS4532)上游引物BIOTIN5CGGTCCTCTCATGGAATGTT3;SEQIDNO42DRD1_1170AC(RS5327)上游引物BIOTIN5CGGTCCTCTCATGGAATGTT3;SEQIDNO43DRD1_1171CG(RS5328)上游引物BIOTIN5CGGTCCTCTCATGGAATGTT3;SEQIDNO44D。

27、RD1_1202CG(RS5329)上游引物BIOTIN5CAAGTGATTTGGCTGGATTG3;SEQIDNO45DRD1_1211GT(RS5330)上游引物BIOTIN5CAAGTGATTTGGCTGGATTG3;SEQIDNO46DRD1_1259GA(RS1799914)上游引物BIOTIN5CAAGTGATTTGGCTGGATTG3;SEQIDNO47DRD1_1656TG(RS5331)上游引物BIOTIN5CAAGTGATTTGGCTGGATTG3;SEQIDNO48DRD1_1746GA(RS13306309)上游引物BIOTIN5GCAGGACATATGCCATCTCA。

28、3;SEQIDNO49DRD1_2105CT(RS6272)上游引物BIOTIN5GCAGGACATATGCCATCTCA3;权利要求书CN104195248A6/7页7SEQIDNO50DRD1_2324AG(RS155417)上游引物BIOTIN5GCAGGACATATGCCATCTCA3;SEQIDNO51DRD1_2413GA(RS5332)上游引物BIOTIN5GCAGGACATATGCCATCTCA3;SEQIDNO52DRD1_2464CT(RS686)上游引物BIOTIN5GCAGGACATATGCCATCTCA3;SEQIDNO53DRD1_2465TC(RS1788861)。

29、上游引物BIOTIN5GCAGGACATATGCCATCTCA3;SEQIDNO54DRD1_3265AG(RS4867798)上游引物BIOTIN5AAGCCAATGAAGCAAACACA3;SEQIDNO55DRD1_109GA(RS10061709)下游引物BIOTIN5CACGTCAAGCCCAACCTAAT3;SEQIDNO56DRD1_262TC(RS265981)下游引物BIOTIN5CACGTCAAGCCCAACCTAAT3;SEQIDNO57DRD1_371GT(RS11742764)下游引物BIOTIN5CACGTCAAGCCCAACCTAAT3;SEQIDNO58DRD1。

30、_968GA(RS5326)下游引物BIOTIN5GTGGTGGTCTGGCAATTCTT3;SEQIDNO59DRD1_1014GA(RS4532)下游引物BIOTIN5GTGGTGGTCTGGCAATTCTT3;SEQIDNO60DRD1_1170AC(RS5327)下游引物BIOTIN5GTGGTGGTCTGGCAATTCTT3;SEQIDNO61DRD1_1171CG(RS5328)下游引物BIOTIN5GTGGTGGTCTGGCAATTCTT3;SEQIDNO62DRD1_1202CG(RS5329)下游引物BIOTIN5GTGGTGGTCTGGCAATTCTT3;SEQIDNO63。

31、DRD1_1211GT(RS5330)下游引物BIOTIN5GTGGTGGTCTGGCAATTCTT3;SEQIDNO64DRD1_1259GA(RS1799914)下游引物BIOTIN5GTGGTGGTCTGGCAATTCTT3;SEQIDNO65DRD1_1656TG(RS5331)下游引物BIOTIN5GTGGTGGTCTGGCAATTCTT3;SEQIDNO66DRD1_1746GA(RS13306309)下游引物BIOTIN5GCAGGACATATGCCATCTCA3;SEQIDNO67DRD1_2105CT(RS6272)下游引物BIOTIN5GTGTGTTGGAAAGCAGCAG。

32、A3;SEQIDNO68DRD1_2324AG(RS155417)下游引物BIOTIN5GTGTGTTGGAAAGCAGCAGA3;SEQIDNO69DRD1_2413GA(RS5332)下游引物权利要求书CN104195248A7/7页8BIOTIN5GTGTGTTGGAAAGCAGCAGA3;SEQIDNO70DRD1_2464CT(RS686)下游引物BIOTIN5GTGTGTTGGAAAGCAGCAGA3;SEQIDNO71DRD1_2465TC(RS1788861)下游引物BIOTIN5GTGTGTTGGAAAGCAGCAGA3;SEQIDNO72DRD1_3265AG(RS4867。

33、798)下游引物BIOTIN5AAAAGATGGAGAGGGCCAAT3。权利要求书CN104195248A1/4页9多巴胺D1受体基因型检测芯片及其检测多巴胺D1受体的方法技术领域0001本发明属于分子生物学技术领域,具体涉及一种多巴胺D1受体基因型检测芯片及其检测多巴胺D1受体的方法。背景技术0002多巴胺受体在中枢神经系统中表达,控制运动功能、情绪、内分泌生理系统。多巴胺受体与某些神经精神病(如药物依赖、帕金森病、精神分裂症、狂躁、抑郁症等)、肾病、心血管疾病有关。0003多巴胺作为中枢神经系统的重要神经递质,主要参与运动、情感以及神经内分泌的调节。目前已分离出五种多巴胺受体(DA2R)。

34、,根据它们的生物化学和药理学性质,分为D1类受体和D2类受体两大家族。D1类受体则包括D1受体和D5受体(在大鼠中分别称为D1A受体和D1B受体)两种,它们激活后会升高细胞内CAMP水平。D2类受体则包括D2受体、D3受体以及D4受体三种,它们激活后则会降低细胞内CAMP水平。0004两类受体的C端含有磷酸化和棕榈酰化位点,涉及激动剂依赖性受体的去敏感化过程和第四胞内环的形成多巴胺的配体化合物很容易将D1类受体和D2类受体两大家族区分开来,但大多数化合物不能区分同一家族的受体亚型(比如D1受体和D5受体)。000520世纪90年代以来分子生物学以及基因遗传学迅速发展,推动了脑内多巴胺受体(DO。

35、PAMINERECEPTOR,DR)的分子克隆、DR亚型结构与功能的关系研究。随着对多巴胺受体亚型研究的不断深入,人们发现多巴胺D1受体的遗传多态性与神经性精神病直接相关。具体来说,多巴胺D1受体在人群中存在不同的基因型(即基因多态性),而基因型不同的多巴胺D1受体对不同的精神药物作用明显不同,最终导致基因型不同的精神病患者对同一精神药物的药效存在差异。因此检测多巴胺D1受体的基因型方法的研究是学界研究热点。0006但目前测定多巴胺D1受体的基因型的方法主要是采用聚合酶链式反应限制性片断长度多态性(PCRRFLP)、手工或自动顺序、序列特异性引物PCR等方法,这些方法不仅操作繁琐,检测周期长,。

36、而且影响检测结果的因素多,不易控制,难以满足实际应用的要求,使科研单位和临床上至今还无法广泛开展有关多巴胺D1受体的基因型的检测。发明内容0007本发明的目的之一在于解决上述问题,提供一种操作简单、结果准确、检测周期短的多巴胺D1受体基因型检测芯片。0008本发明的另一目的在于提供上述多巴胺D1受体基因型检测芯片检测多巴胺D1受体的方法。0009实现本发明目的之一的技术方案是一种多巴胺D1受体基因型检测芯片,包括固相载体和有序固定在所述固相载体上的寡核苷酸探针;所述寡核苷酸探针的核苷酸序列为以下序列或其互补序列中突变位点在内的1420个碱基DRD1_109GA(RS10061709)、说明书C。

37、N104195248A2/4页10DRD1_262TC(RS265981)、DRD1_371GT(RS11742764)、DRD1_968GA(RS5326)、DRD1_1014GA(RS4532)、DRD1_1170AC(RS5327)、DRD1_1171CG(RS5328)、DRD1_1202CG(RS5329)、DRD1_1211GT(RS5330)、DRD1_1259GA(RS1799914)、DRD1_1656TG(RS5331)、DRD1_1746GA(RS13306309)、DRD1_2105CT(RS6272)、DRD1_2324AG(RS155417)、DRD1_2413GA。

38、(RS5332)、DRD1_2464CT(RS686)、DRD1_2465TC(RS1788861)、DRD1_3265AG(RS4867798)。0010为了增强检测信号的强度,提高检测结果的准确率,所述突变位点位于1420个碱基的中部。0011所述寡核苷酸探针的5端还具有一段氨基修饰的16聚脱氧胸苷酸。0012所述固相载体包括但不限于尼龙膜、未修饰的或经活性基团修饰的玻璃片、塑料片、硅片。0013所述活性基团包括但不限于醛基、氨基、异硫酸基,优选醛基。0014上述基因型检测芯片的制备可按照生物芯片的常规制造方法进行。0015例如,如果固相载体采用的是经修饰的载玻片或者硅片,探针的5端含有氨。

39、基修饰的聚DT串,则可将寡核苷酸探针配置成溶液,然后用点样仪将其点在经修饰的载玻片或者硅片上,排列成预定的阵列,然后通过放置过夜来固定,就可得到本发明的基因型检测芯片。0016又如,如果寡核苷酸探针不含氨基修饰的聚DT串,则可参照王申五主编的基因诊断技术非放射性操作手册或者马立人,蒋中华主编的生物芯片。0017实现本发明另一目的的技术方案是一种多巴胺D1受体基因型检测芯片检测多巴胺D1受体的方法,具有以下步骤制备染色体DNA;用聚合酶链反应方法扩增所制得的染色体DNA的基因片段;将扩增产物与多巴胺D1受体基因型检测芯片进行杂交;检测多巴胺D1受体基因型检测芯片上的杂交信号。0018上述步骤制备。

40、用于PCR扩增的染色体DNA的方法有很多,可以从全血中制备、也可以从发根中制备,还可以从口腔黏膜的脱落物中制备。0019上述步骤用PCR方法扩增染色体DNA的基因片段的方法采用常规技术,其中的关键在于扩增引物的设计。0020上述步骤的杂交可按照本领域的经典方法进行,可以先将基因型检测芯片与预杂交液进行预杂交,再与扩增产物在杂交缓冲液中进行杂交。0021本发明具有的积极效果(1)本发明的多巴胺D1受体基因型检测芯片检测操作简单,检测灵敏度率大于96,检测特异度率大于98。(2)本发明的基因型检测芯片通过将能反映样本中大量基因信息的寡核苷酸探针有序固定在固相支持物上形成阵列,通过与实际样本或者扩增。

41、产物进行杂交反应,只需一次实验,即可高通量获得所有待检基因的信息,具有广阔的推广应用前景。附图说明0022图1为制备实施例1的多巴胺D1受体基因型检测芯片的点样阵列。说明书CN104195248A103/4页110023图2为应用例中检测到的多巴胺D1受体基因型检测芯片上的杂交信号。具体实施方式0024(实施例1)本实施例的多巴胺D1受体基因型检测芯片包括固相载体和有序固定在固相载体上的寡核苷酸探针。0025本实施例采用的固相载体为醛基修饰的载玻片(产品编号BSM03011,上海百傲科技有限公司)。0026寡核苷酸探针经人工合成得到(上海生工生物工程技术服务有限公司),其核苷酸序列如SEQID。

42、NO73SEQIDNO108所示。0027该基因型检测芯片的制备方法为将寡核苷酸探针用水溶解至浓度为100MM,然后用2点样缓冲液(产品编号BST02010,上海百傲科技有限公司)等比例混合,接着用AFFMETRIX公司的GMS417点样仪按照图1所示阵列点制,最后室温(1525,下同)放置过夜,即得。0028(应用例)本应用例为采用实施例1的多巴胺D1受体基因型检测芯片(非诊断目的)检测多巴胺D1受体的方法,具有以下步骤制备染色体DNA。0029用一次性无菌注射针头抽取待检者全血500ML,收集于含50ML浓度为2WT的EDTA溶液的无菌的15ML离心管中,将管盖盖上,上下颠倒数次,混合均匀。

43、。0030向另一支无菌的15ML的离心管中加入均匀的待检全血100ML和纯水300ML,充分混合均匀,室温静置8MIN;将离心管置离心机中,10,000G离心1MIN;取出离心管,倾去上清液,离心管底部可见少量白色沉淀;向离心管中加入抽提液(产品编号BST01010,上海百傲科技有限公司)60ML,充分振荡使沉淀溶解;沸水浴中15MIN;取出离心管,置离心机中,12,000G离心15MIN。0031离心后的上清液(即为染色体DNA)可直接用于PCR扩增。0032用聚合酶链反应(PCR)方法扩增所制得的染色体DNA的基因片段。0033所述的染色体DNA的基因片段的核苷酸序列如SEQIDNO1SE。

44、QIDNO36所示。0034扩增过程如下A、设计并合成扩增引物(委托上海生工生物技术服务有限公司合成),扩增引物的核苷酸序列如SEQIDNO37SEQIDNO72所示。0035B、用水将扩增引物溶解并稀释至10MM。0036C、将市售的10缓冲液(产品编号LOT00083585,FERMENTAS)、DNTP(产品编号LOT00083613,FERMENTAS)、TAQ酶(产品编号LOT00085632,FERMENTAS)、上述扩增引物、纯水以及染色体DNA制备过程中获得的PCR扩增模板按表1的配方配制PCR扩增体系。0037表1反应体系体积(ML)10缓冲液25DNTP(各10MM)05说。

45、明书CN104195248A114/4页12上游引物(10MM)1下游引物(10MM)1TAP酶(25U/ML)025H2O1775模版DNA2总体积250038D、用PCR扩增仪(美国ABI公司GENEAMP9700型)按以下程序进行扩增反应,得到扩增产物94,5MIN;然后94,30S;60,30S;72,1MIN;执行35个循环;最后保持72,7MIN。0039将扩增产物与多巴胺D1受体基因型检测芯片进行杂交。0040采用上海百傲科技有限公司的芯片杂交试剂盒与芯片显色试剂盒进行此杂交试验。0041其中,芯片杂交试剂盒(产品编号BSTO05010,上海百傲科技有限公司)包含预杂交液、杂交缓。

46、冲液、洗液A、反应舱。芯片显色试剂盒(产品编号BST06010,上海百傲科技有限公司)包含抗体液、洗液B、洗液C、显色液。0042杂交过程如下A、将实施例1制得的多巴胺D1受体基因型检测芯片用预杂交液在39的温度下预杂交5MIN,然后除去预杂交液。0043B、将步骤得到的扩增产物在98变性5MIN,然后取其中10ML加至190ML杂交缓冲液中混匀,与预杂交后的基因型检测芯片在39的温度下进行杂交反应30MIN。0044C、将杂交后的基因型检测芯片先用已预热至杂交温度(39)的洗液A洗涤2次,每次10MIN,再用洗液B在室温下洗涤2MIN。0045D、将基因型检测芯片与抗体液室温反应20MIN,。

47、然后将基因型检测芯片用洗液B在室温下洗涤5MIN,再重复此步骤一次。0046E、将基因型检测芯片用洗液C在室温下洗涤2MIN。0047F、在基因型检测芯片上加显色液200ML,39放置40MIN。0048G、用水冲洗干净,晾干即可。0049检测多巴胺D1受体基因型检测芯片上的杂交信号。0050将杂交并洗涤完毕的基因型检测芯片置于BAIOBE30生物芯片识读仪(产品编号BSE01021,上海百傲科技有限公司)上扫描即得检测结果,见图2。0051结果表明,受检者的DRD1基因型为DRD1_109G、DRD1_262T、DRD1_371T、DRD1_968G、DRD1_1014A、DRD1_1170。

48、C、DRD1_1171G、DRD1_1202C、DRD1_1211T、DRD1_1259G、DRD1_1656T、DRD1_1746A、DRD1_2105C、DRD1_2324G、DRD1_2413G、DRD1_2464C、DRD1_2465C、DRD1_3265A。说明书CN104195248A121/18页13SEQUENCELISTING中国人民解放军第一二医院;江苏大学多巴胺D1受体基因型检测芯片及其检测多巴胺D1受体的方法108PATENTINVERSION33161DNA基因序列1TAGGGCTGAAGGCCGCCCGAGGTTCGCCAAGGCTCTGGGCTCTCGAAAGGA。

49、AGCCAAGAA60A61261DNA基因序列2TAGGGCTGAAGGCCGCCCGAGGTTCGCCAAAGCTCTGGGCTCTCGAAAGGAAGCCAAGAA60A61361DNA基因序列3AACAATCTCCAGCTCTTCAAGGAAGTGGGCTGCCGCCGCCTCTCTTGGGACCTGGCCTGG60G61461DNA基因序列4AACAATCTCCAGCTCTTCAAGGAAGTGGGCCGCCGCCGCCTCTCTTGGGACCTGGCCTGG60G61561DNA基因序列序列表CN104195248A132/18页145ACCCCTGCTGCGCGCAGCTGGCTGGGCTCAGGCGCGCTTCCTCAACGTTTCGGAGCCGCT60G61661DNA基因序列6ACCCCTGCTGCGCGCA。

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