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本发明公开了一种扩增显微切割的染色体DNA的方法，包括步骤：以显微切割的染色体DNA为模板，并且以Alu特异性引物为引物，进行扩增反应，其中所述的Alu特异性引物都特异性地结合于Alu序列的5端且延伸方向为Alu序列的35方向，或者都结合于Alu序列的3端且延伸方向为Alu序列的53方向。本发明还包括了该方法在制备荧光探针上的应用。用本发明方法可消除Alu重复序列，因此用其制备的FISH探针的非特。