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本发明公开一种晶体管失配的校准方法及其校准系统,该方法包括:S1:将需要校准的第一主晶体管和第二主晶体管分别拆分为n个子晶体管,每个子晶体管的连接端具有两种接入方式;S2:按照每个子晶体管接入不同的主晶体管进行组合;S3:测试每种组合形式下产生的失调值的大小得到最佳校准组合。该系统包括:放大器,用于对主晶体管对的失调值放大;采样保持电路,用于对放大后的失调值进行采样;比较器,与所述采样保持电路相连。