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本发明涉及一种粘膜发酵菌剂及其制备方法。该粘膜发酵菌剂包括基料、辅料和菌种,其中基料包含预先还原的厌氧细菌培养基、葡萄糖、氮化物、以及还原剂;菌种为选自于乳酸杆菌、乳酸片球菌、粪链球菌、枯草杆菌、双歧杆菌中的一种或者其多种的组合。该制备粘膜发酵菌剂方法主要包含:步骤一,从无特定性病原菌感染的动物体内取出一部分肠道并彻底清洗;步骤二,在厌氧环境中,从清洗过的肠道上切取一段肠粘膜;步骤三,将所取得的肠。