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1、10申请公布号CN101984446A43申请公布日20110309CN101984446ACN101984446A21申请号201010516544522申请日20101022G06F19/00200601C12Q1/6820060171申请人云南省烟草农业科学研究院地址653100云南省玉溪市高新技术开发区南祥路14号申请人浙江大学72发明人李永平胡晋黄歆贤马文广郑昀晔关亚静祝水金74专利代理机构杭州求是专利事务所有限公司33200代理人张法高54发明名称基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数估计方法57摘要本发明公开了一种基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数计算方法。其技术。
2、方案是采用现行的某种共显性分子标记方法，获得植物各品种或品系的电泳图谱；根据植物品种或品系的扩增条带信息，进行成对比较，按照遗传相似指数的计算公式，分别计算各品种或品系两两间遗传相似指数，作为相应个体间亲缘程度的估计。本发明的遗传相似指数计算方法适用于共显性分子标记。所得的遗传相似指数计算方法基于亲缘相关系数，能有效地反映群体间的亲缘关系远近。51INTCL19中华人民共和国国家知识产权局12发明专利申请权利要求书1页说明书5页附图1页CN101984449A1/1页21一种基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数估计方法，其特征在于它的步骤如下1采用共显性分子标记方法，获得植物品种或植物。
3、品系的电泳图谱，对植物品种或植物品系的电泳图谱，按照扩增产物条带的有或无，分别用1或0进行读取记录；2根据植物品种或植物品系的扩增谱带信息，进行成对比较，分别获得植物品种或植物品系间的A、B、C值；3根据植物品种或植物品系间的A、B、C值分别计算植物品种或植物品系两两间遗传相似指数，作为相应植物品种间或植物品系间亲缘程度的估计。2根据权利要求1所述的方法，其特征在于所述的根据植物品种或植物品系的扩增谱带信息，进行成对比较，分别获得植物品种或植物品系间的A、B、C值步骤为成对比较植物品种或植物品系的扩增谱带信息，获得植物品种或植物品系间的A、B、C值，A值为植物品种或植物品系X、Y共有的1型谱带。
4、数目；B值为植物品种或植物品系X所含1型谱带数目；C值为植物品种或植物品系Y所含1型谱带数目；其中X、Y分别表示成对比较的两个植物品种或植物品系。3根据权利要求1所述的方法，其特征在于所述的分别计算植物品种或植物品系两两间遗传相似指数，作为相应植物品种间或植物品系间亲缘程度的估计步骤为利用基于亲缘相关系数的遗传相似指数计算公式分别计算植物品种或植物品系两两间遗传相似指数RXY，其中A值为植物品种或植物品系X、Y共有的1型谱带数目；B值为植物品种或植物品系X所含1型谱带数目；C值为植物品种或植物品系Y所含1型谱带数目；X、Y分别表示成对比较的两个植物品种或植物品系。权利要求书CN10198444。
5、6ACN101984449A1/5页3基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数估计方法技术领域0001本发明涉及分子生物学领域，尤其涉及一种基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数估计方法。背景技术0002随着生物技术的发展，遗传多样性的检测从形态学、生理生化水平逐渐发展到染色体及DNA水平，经历了从简单到复杂、从宏观到微观、从定性到定量的发展过程。0003DNA水平上检测遗传多样性主要是通过RFLP限制片断长度多态性、RAPD随机扩增多态性DNA、SSR微卫星多态性等技术分析一些特定基因或DNA片断的核苷酸序列，度量其变异性，检测基因组的一批识别位点，从而估计基因组的变异性张德全和杨。
6、永平，2008。研究证明，DNA水平的检测方法都能够根据经过电泳分离而获得的个体DNA指纹图谱，选择适当的统计方法，可以有效地判定品种或品系内的遗传纯度和品种或品系间的遗传差异。0004选择合适的遗传相似指数计算方法是进行群体遗传多样性分析的基础DALIRSEFAT，2009。KOSMAN和LEONARD2005报道遗传相似系数计算方法的选择主要取决于试验采用的分子标记类型。RFLP、SSR、SCAR分子标记等均属于共显性分子标记，能区分二倍体植物的显性纯合子与杂合子。共显性分子标记中，显性纯合子、隐形纯合子均只有一条带，而显性杂合子个体则会出现两条扩增条带。因此，共显性分子标记相似系数计算过。
7、程中一般不会出现两个体片段均不存在的位点，即共有的0型条带值一般为0。0005目前，根据不同研究人员及一些应用分析软件如PHYHP，PAUP及NTSYS等引用或采用的频率来看，共显性分子标记样本间的遗传相似指数的分析通常有以下两种计算方法SORENSENDICE相似指数BARTH等，2002；BELAJ等，2003；CORDEIRO等，2003；DEARBORN等，2003、JACCARD相似指数TEULAT等，2000；ANTHONY等，2002；CORDEIRO等，2003；等，2003。以上两种相似指数值位于0和1之间，可转化为相似百分率王成树和李增智，2002，常被用于衡量个体间遗传相。
8、似程度，依此作为判断个体间亲缘远近的依据。0006但是上述两种相似指数仅用来描述两个二进制变量差异或相似程度的一种距离指数或相似指数，其本质上与个体间亲缘程度没有必然联系。鉴于此，本发明人根据亲缘相关系数RELATIONSHIPCOEFFICIENT的定义，提出一种新的遗传相似指数估计方法，用以估计共显性分子标记品种或品系间的遗传相似指数。发明内容0007本发明的目的是克服现有遗传相似指数与个体间亲缘程度没有必然联系的缺陷，提供一种基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数估计方法。0008基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数估计方法的步骤如下说明书CN101984446ACN101。
9、984449A2/5页400091采用共显性分子标记方法，获得植物品种或植物品系的电泳图谱，对植物品种或植物品系的电泳图谱，按照扩增产物条带的有或无，分别用1或0进行读取记录；00102根据植物品种或植物品系的扩增谱带信息，进行成对比较，分别获得植物品种或植物品系间的A、B、C值；00113根据植物品种或植物品系间的A、B、C值分别计算植物品种或植物品系两两间遗传相似指数，作为相应植物品种间或植物品系间亲缘程度的估计。0012所述的根据植物品种或植物品系的扩增谱带信息，进行成对比较，分别获得植物品种或植物品系间的A、B、C值步骤为成对比较植物品种或植物品系的扩增谱带信息，获得植物品种或植物品系。
10、间的A、B、C值，A值为植物品种或植物品系X、Y共有的1型谱带数目；B值为植物品种或植物品系X所含1型谱带数目；C值为植物品种或植物品系Y所含1型谱带数目；其中X、Y分别表示成对比较的两个植物品种或植物品系。0013所述的分别计算植物品种或植物品系两两间遗传相似指数，作为相应植物品种间或植物品系间亲缘程度的估计步骤为利用基于亲缘相关系数的遗传相似指数计算公式分别计算植物品种或植物品系两两间遗传相似指数RXY，其中A值为植物品种或植物品系X、Y共有的1型谱带数目；B值为植物品种或植物品系X所含1型谱带数目；C值为植物品种或植物品系Y所含1型谱带数目；X、Y分别表示成对比较的两个植物品种或植物品系。
11、。0014本发明的遗传相似指数计算方法适用于共显性分子标记。所得的遗传相似指数计算方法基于亲缘相关系数，能有效地反映群体间的亲缘关系远近。附图说明0015图1是P068引物对15个油菜品种的SSR扩增图谱，图中MMARKERDL2000；115表1中所列的15个油菜品种。具体实施方式0016基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数估计方法的步骤如下00171采用共显性分子标记方法，获得植物品种或植物品系的电泳图谱，对植物品种或植物品系的电泳图谱，按照扩增产物条带的有或无，分别用1或0进行读取记录；00182根据植物品种或植物品系的扩增谱带信息，进行成对比较，分别获得植物品种或植物品系间的A。
12、、B、C值；00193根据植物品种或植物品系间的A、B、C值分别计算植物品种或植物品系两两间遗传相似指数，作为相应植物品种间或植物品系间亲缘程度的估计。0020所述的根据植物品种或植物品系的扩增谱带信息，进行成对比较，分别获得植物品种或植物品系间的A、B、C值步骤为成对比较植物品种或植物品系的扩增谱带信息，获得植物品种或植物品系间的A、B、C值，A值为植物品种或植物品系X、Y共有的1型谱带数目；B值为植物品种或植物品系X所含1型谱带数目；C值为植物品种或植物品系Y所含1型谱带数目；其中X、Y分别表示成对比较的两个植物品种或植物品系。0021所述的分别计算植物品种或植物品系两两间遗传相似指数，作。
13、为相应植物品种间说明书CN101984446ACN101984449A3/5页5或植物品系间亲缘程度的估计步骤为利用基于亲缘相关系数的遗传相似指数计算公式分别计算植物品种或植物品系两两间遗传相似指数RXY，其中A值为植物品种或植物品系X、Y共有的1型谱带数目；B值为植物品种或植物品系X所含1型谱带数目；C值为植物品种或植物品系Y所含1型谱带数目；X、Y分别表示成对比较的两个植物品种或植物品系。0022遗传相似指数计算公式推导过程如下0023已知植物品种或植物品系X、Y共有的1型谱带数目即植物品种或植物品系X、Y的共同基因组数为A；植物品种或植物品系X所含1型谱带数目即植物品种或植物品系X的基因。
14、组数为B；植物品种或植物品系Y所含1型谱带数目即植物品种或植物品系Y的基因组数为C。那么X植物品种或植物品系含共有基因的频率为A/B，Y植物品种或植物品系含共有基因的频率为A/C，以此估计X、Y植物品种或植物品系后代的近交系数为00240025设X和Y植物品种或植物品系的近交系数分别为FX和FY，则X与Y植物品种或植物品系间的亲缘相关系数为00260027由于X、Y植物品种或植物品系为非近交个体，故FXFY0，则2式变为00280029但在A值较大的情况下，利用3式估计个体间的亲缘程度可能会出现大于1的情况，因此为保证0RXY1，并考虑到个体间遗传相似度的可比性，可进一步将3式简化为00300。
15、031实施例0032本发明对共显性分子标记在遗传多样性分析研究中普遍适用，以SSR分子标记在油菜品种遗传多样性分析上的应用为例。00331应用8对多态性SSR引物对15个油菜品种表1进行分析，获得15个油菜品种的电泳图谱图1，按照扩增产物条带的有或无，分别用1或0进行读取记录，得到包括22个扩增片段的SSR指纹图谱数据表2；0034表1试验选用的15个油菜品种0035说明书CN101984446ACN101984449A4/5页60036表215个油菜品种的SSR指纹图谱数据003700382根据15个油菜品种的SSR指纹图谱数据，进行成对比较，分别获得A、B、C值。以浙双758和华油杂4号两个油菜品种为例两品种SSR指纹图谱成对比较，获得A8，B10，C10；00393根据公式分别统计15个油菜品种中任意两个品种间的遗传相似指数说明书CN101984446ACN101984449A5/5页7表3，作为相应品种间亲缘程度的估计；以浙双758和华油杂4号两个油菜品种为例两品种间A8，B10，C10，按照公式求得0040表315个油菜品种间的遗传相似指数0041说明书CN101984446ACN101984449A1/1页8图1说明书附图CN101984446A。