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本发明公开了一种从糖铵反应液中分离提纯多羟基烷基吡嗪的方法。将糖和铵(胺或氨)反应得到的混合物从原料储罐用压力通入用纳滤膜组件(截留分子量大于200)或超滤膜组件(截留分子量大于1000以上),大分子物质被膜组件截留,部分料液透过纳滤膜、超滤膜(料液含多羟基烷基吡嗪,而大分子物质被膜组件截留而含量很低或没有),没有透过膜组件的料液则经管道送回原料储罐,然后再送入膜组件分离。在分离的后期,可往原料储。