一对扩增铁原体属16S rRNA基因的引物以及实时PCR定量检测铁原体属的方法 【技术领域】
本发明涉及一对扩增铁原体菌属16S rRNA基因的引物以及实时PCR定量检测铁原体菌属(Ferroplasma)的方法
背景技术
生物冶金技术是利用微生物、空气和水等天然物质从矿石中直接提取有价金属，而无需选矿及火法炼制的短流程清洁生产工艺，通过微生物氧化矿石产生硫酸高铁和硫酸等浸出剂，浸出过程基本不消耗除矿石、水、空气以外的其它资源，没有二氧化硫排放，资源消耗低，对环境友好。生物冶金新技术使浮选-火法冶炼工艺不能利用的低品位及偏远地区铜资源得以大规模开发，并使过去长年堆存的表外矿即使含铜0.1％以下亦有经济利用价值。生物冶金技术被认为是二十一世纪矿产资源加工的战略性技术。
生物冶金过程是一个化学过程，微生物的作用主要是氧化铁和还原态硫，以及提供溶解反应发生的空间(胞外聚合层)，但是细菌的作用是不能忽视的。浸矿环境中的细菌可以分为两种：一种就是可以氧化铁或(和)硫的细菌，如At.ferrooxidans，氧化Fe2+的速度是溶解氧氧化速度的5×105～1×106倍，产生的Fe3+通过化学作用氧化硫化矿，氧化硫产生的硫酸也可溶解一部分硫化矿；还有一种菌就是异养菌，它们通过代谢自养菌产生的有机物获得能量，一方面可以消除有机物对自养菌的毒害作用，另一方面可以在低氧压条件下异养生长，以Fe3+为电子受体，可以产生Fe2+供铁氧化菌利用，如Acidiphilium acidophilum。
生物浸矿过程是一个复杂的过程，其中涉及多种因素(生物、化学、物理)的相互作用，微生物群落会随着浸矿环境中温度、pH、溶解氧浓度、CO2浓度、Fe3+/Fe2+、硫酸盐浓度和金属离子浓度等的变化而变化，而微生物群落的变化就会影响到浸矿的效率。现有的浸矿微生物检测的方法多是基于PCR扩增后，再对所扩增的PCR产物进行检测，这种终点法的检测往往不能真实的反应浸矿环境中的微生物组成。在PCR基础上发展起来的real-time PCR技术，实现了环境中微生物组成的起点检测，省去了电泳检测的时间，使得检测的时间大大缩短，同时提高了检测的准确性，并能够检测低至几个拷贝的分子。
【发明内容】
本发明提供一对扩增铁原体属(Ferroplasma)16S rRNA基因的引物以及实时PCR定量检测铁原体属的方法，该方法实现了环境中微生物组成的起点检测，省去了电泳检测的时间，使得检测的时间大大缩短，同时提高了检测的准确性，并能够检测低至几个拷贝的分子。
为实现上述目的，本发明采取以下技术方案：
本发明的real-time PCR包括用于特异性扩增环境中铁原体属(Ferroplasma)的引物对以及检测这些微生物的方法。
本发明提供的用于检测铁原体属(Ferroplasma)的引物对包括：正向引物(F)(5’-AGCCATGCGAGTCAAGGTAT-3’)和反向引物(R)(5’-CCCGTCTTACCCAGCACTTA-3’)(引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成)。
这种利用权利要求1所述引物对的实时PCR的快速定量铁原体属的方法，其特征在于：它包括以下步骤：
(1)、选择阳性克隆，提取该克隆的16S rDNA，以该DNA为模板用上述引物进行PCR扩增，切胶纯化，以纯化后的基因组DNA为模板用上述引物进行PCR扩增，测定产物的吸光度值，并将吸光度值转化成DNA浓度，再将DNA产物的质量转化为拷贝数；纯化的PCR产物定量后，进行梯度稀释，并以PCR产物为模板，数据构建标准曲线。
(2)、在实时定量PCR仪中扩增环境中铁原体属属的16S rDNA基因，通过仪器检测扩增过程中相应的荧光信号，然后利用(1)中已建好的标准曲线将荧光信号转换到起始反应的核酸分子拷贝数。
由于细菌在进化过程中基因存在一定的突变，因此在引物设计时在Genbank中选取某种细菌及相似细菌的16S rDNA序列进行比对，挑取该种细菌不同于别的细菌地序列作为设计引物的基础(用Promega 3)。
本发明提供的用于检测铁原体属(Ferroplasma)的方法为：以上面提供的引物对在实时定量PCR仪中扩增环境中铁原体属(Ferroplasma)的16S rDNA基因。通过仪器检测扩增过程中相应的荧光信号，然后利用已建好的标准曲线将荧光信号转换到起始反应的核酸分子拷贝数，从而达到定量检测环境样品中铁原体属(Ferroplasma)的数量。
【附图说明】
图1为铁原体属(Ferroplasma)的标准曲线
图2为3种样品的荧光变化曲线图
【具体实施方式】
实施例1
挑取本实验室保存的与Ferroplasma sp.(该标准菌株Ferroplasma sp.可从中国典型培氧物保藏中心购买(武汉))具有99％相似性的阳性克隆，提取该克隆的16S rDNA，以该DNA为模板用上述引物进行PCR扩增，采用Applied Biosystems的GeneAmp PCR System 2700型基因扩增仪。50μl的反应体系组成为：5×buffer 10μl，25mM Mg2+3μl，10mM dNTP 1μl，正向引物(F)0.5μl，反向引物(R)0.5μl，模板1μl，GoTaq DNA聚合酶0.25μl，无菌去离子水33.75μl，每个样品做3个重复。反应条件为：95℃预变性2min，然后为30个循环的95℃变性45s，54℃退火45s，72℃延伸1min，最后72℃延伸10min。反应结束后将所得PCR产物按照Promega的WizardSV Gel and PCR Clean-Up System操作说明进行切胶纯化。纯化后的PCR产物采用Optizen 2120紫外分光光度计(Mecasys Co.，Ltd.)在260nm测定产物的吸光度值。然后根据公式(浓度＝OD260×50μg/ml×稀释倍数)将吸光度值转化成DNA浓度。再根据下面的公式将DNA产物的质量转化为拷贝数：
对于双链DNA，采用660g/摩尔/碱基。10-9g的400bp的PCR产物相当于2.51×109个拷贝。
纯化的PCR产物定量后，进行梯度稀释，使得PCR产物的拷贝数为107-101。以此PCR产物为模板，利用Corbett Research的Rotor-Gene 6000实时定量PCR仪进行扩增。25μl的反应体系组成为：12.5μl的含有SYBRGreen I染色剂、AmpliTaqDNA聚合酶、dNTPs和缓冲溶液的SYBRGreen PCR Master Mix(Applied Biosystems)，正向引物(F)6.25pmol，反向引物(R)6.25pmol，模板1μl，无菌去离子水6.5μl，每个样品做3个重复。反应条件为：95℃预变性5min，然后为45个循环的95℃变性15s，60℃延伸1min。反应结束后，将温度由65℃缓慢升至95℃进行溶解曲线分析，检测反应的特异性。
反应结束后，将温度缓慢升高，此时双链DNA解链成为单链，内参的荧光染料会被释放出来，荧光信号逐渐减弱。基于产物长度和G/C含量的不同，扩增产物会在不同的温度点解链。随着产物的解链就可以看到荧光值的降低并被仪器所测量。对溶解曲线进行微分可以计算出溶解峰。溶解峰可以反映反应中扩增到的产物，因此用溶解曲线就可以对反应的特异性进行监督了。如果溶解曲线只有一个峰，说明反应的特异性很好，如果出现多个峰，说明有非特异性产物生成，结果就不可信。
反应结束后，利用软件(软件为Rotor-Gene 6000 series software version1.7(Build 3))将反应中的数据构建标准曲线(如图1)。R表示所构建标准曲线的相关系数，R^2表示标准曲线相关系数的平方，M表示标准曲线的斜率，B表示标准曲线的截距，Efficiency表示反应的扩增效率。通常好的标准曲线R＞0.99，R^2＞0.97。
实施例2
分别提取3种环境样品(摇瓶浸出、柱浸和生物堆浸)中的微生物基因组DNA，用Promega的基因组DNA纯化试剂盒(Promega，USA)，按照操作说明将DNA粗提液纯化。以纯化后的基因组DNA作为模板，利用Corbett Research的Rotor-Gene 6000实时定量PCR仪，采用特异性扩增铁原体属(Ferroplasma)、引物对进行扩增。25μl的反应体系组成为：12.5μl的含有SYBR Green I染色剂、AmpliTaqDNA聚合酶、dNTPs和缓冲溶液的SYBR Green PCR Master Mix(Applied Biosystems)，正向引物(F)6.25pmol，反向引物(R)6.25pmol，模板1μl，无菌去离子水6.5μl，每个样品做3个重复。反应条件为：95℃预变性5min，然后为45个循环的95℃变性15s，60℃延伸1min。反应结束后，将温度由65℃缓慢升值95℃进行溶解曲线分析，检测反应的特异性。然后导入已建立的标准曲线利用荧光定量PCR仪自带的软件计算Ct值，之后将Ct值转化为核酸分子的拷贝数。然后根据转化系数(Ferroplasma sp.为6)将拷贝数转化为细胞数。(由于细菌通常存在多个拷贝的16S rRNA基因，因此需要一个转化系数将拷贝数转化为细菌数，这个转化系数在Zammit，C.M.，Mutch，L.A.，Watling，H.R.andWatkin，E.L.J.，2008.Evaluation of quantitative real-time polymerase chain reaction for enumeration ofbiomining microorganisms in culture Hydrometallurgy 94(1-4)：185-189.中可以查阅。)
经计算铁原体属(Ferroplasma)在3种样品中的数量分别为11.04/mL、29.5/mL、1.7×104/g。
申请人采用本方法检测过多种其他菌种(包括大肠杆菌、假单胞菌，以及四种待检测细菌互相进行引物验证)，结果发现反应特异性很好，非待测菌株曲线不起飞，没有信号。
本发明的检测限为10个拷贝，检测在10-10^7(10-107)个拷贝间。
【序列表】
<110>北京有色金属研究总院
<120>一对扩增铁原体属16S rRNA基因的引物以及实时PCR定量检测铁原体属的方法
<130>
<160>2
<170>PatentIn version 3.1
<210>1
<211>20
<212>DNA
<213>人工合成
<400>1
agccatgcga gtcaaggtat 20
<210>2
<211>20
<212>DNA
<213>人工合成
<400>2
cccgtcttac ccagcactta 20