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本发明涉及一种基于分子印迹的纳米结构薄膜,其具有三维有序的孔结构:大孔-介孔-印迹微孔。本发明还涉及所述纳米结构薄膜的制备方法,包括如下步骤:将胶体颗粒均匀分散到溶剂中,自组装在基片上,挥干溶剂,得到胶体晶体;将印迹分子加入到含有硅烷交联剂、染料分子和表面活性剂的乙醇水溶液中,加热回流,得到溶胶;将所述溶胶渗透到所述胶体晶体中,加热老化;除去胶体颗粒、表面活性剂和已印迹的分子。本发明的纳米结构薄膜。