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本发明公开了一种磁粒子分子标签、其制备方法及在多肽合成制备中的应用。在磁粒子上连接光敏感性的分子基团,将其作为新型的分子标签,对常规固相多肽合成全长目标肽链进行衍生标记、切割,通过外部磁力介导分离,光切除分子标签并最终分离,得到目标全长高纯多肽。本发明的新型分子标签可用于固相多肽合成和纯化制备中,能简单、快速、精确合成目的全长多肽,具有低成本,高效率,节省仪器和试剂投入,并可大规模制备的优点。。