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本发明提供了半导体器件和制造半导体器件的方法。半导体器件包括:具有通过浅沟槽隔离(STI)区划分的第一有源区和第二有源区的衬底;位于STI区上的保护结构;位于第一有源区上的第一半导体结构;以及位于衬底的第二有源区上的第二半导体结构,第二半导体结构包括高k介电层和位于高k介电层上方的金属栅极层。用于制造半导体器件的方法是在形成第一半导体结构和第二半导体结构之前沉积高k介电层的工艺。本发明涉及半导体器。