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本发明提供用于使用多个光谱进行化合物识别的系统及方法,所述多个光谱随影响碎片离子的强度的可变仪器参数而变化。使用处理器从质谱仪接收至少一个离子的随可变仪器参数而变化的多个所获取碎片离子光谱。通过使用所述处理器将所获取碎片离子与已知碎片离子的质量强度相对于所述可变仪器参数的改变速率进行比较来识别所述至少一个离子。具体来说,将针对所获取碎片离子依据所述多个所获取碎片离子光谱计算的一或多个所获取改变速率。