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本发明公开了一种复合光栅纳米光刻自动对准系统,包括光路部分、图像处理部分和电路控制部分;光路部分包括激光光源、准直成像透镜、掩模板、硅片、掩模复合光栅、硅片复合光栅、分光镜、透镜和CCD图像探测器;激光通过准直成像透镜系统形成平行光,透过两个周期类似、以一定间隙重叠且平行的硅片与掩模上的光栅发生多次衍射,来自两个光栅的同级衍射光发生干涉叠加,形成周期被放大的莫尔条纹,最后成像于CCD图像传感器上。。