CST1mRNA和CST4mRNA或其编码的蛋白质在制备肾癌标志物中的应用及其试剂盒.pdf

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摘要
申请专利号:

CN201410235186.9

申请日:

20140529

公开号:

CN103966351B

公开日:

20150610

当前法律状态:

有效性:

有效

法律详情:

IPC分类号:

C12Q1/68,G01N33/68,G01N33/577

主分类号:

C12Q1/68,G01N33/68,G01N33/577

申请人:

苏州工业园区为真生物医药科技有限公司

发明人:

王弢,渠香云,何林富,高鹏

地址:

215123 江苏省苏州市苏州工业园区星湖街218号纳米科技园C4楼301室

优先权:

CN201410235186A

专利代理机构:

北京同恒源知识产权代理有限公司

代理人:

赵荣之

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内容摘要

本发明公开了CST1mRNA和CST4mRNA或其编码的蛋白质在制备肾癌标志物中的应用及其试剂盒,将CST1mRNA和CST4mRNA或其所编码的蛋白质联合用于诊断和预示肾癌,其特异性和灵敏度高于使用其中一个标志物;本发明还公开了检测上述标志物的试剂盒,其试剂盒使用方便,能够直接收集尿液进行检测,不需要采集血清,减少患者的取样痛苦,并且具有特异性好和灵敏度高的特点,能够用于肾癌诊断,治疗过程中的疗效评估及其治疗后转移复发的监控,为医生提前进行干预提供了指导。

权利要求书

1.检测CST1 mRNA和CST4 mRNA的试剂在制备CST1和CST4联合诊断和预示肾癌的试剂盒中的应用,所述CST1 mRNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述CST4 mRNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。 2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于:检测CST1 mRNA和CST4 mRNA的试剂联合诊断和预示肾癌的判断公式为P=exp(-1.715+0.004a+0.001b)/[1+ exp(-1.715+0.004a+0.001b)],其中a=CST1 mRNA浓度,b=CST4 mRNA浓度。 3.根据权利要求1或2所述的应用,其特征在于:所述诊断和预示为诊断、疗效评估或转移复发监控。 4.CST1和CST4 联合诊断和预示肾癌的试剂盒,其特征在于:包括CST1 mRNA和CST4 mRNA的定量检测试剂;所述CST1 mRNA定量检测试剂包括如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示的检测引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.20所示的TaqMAN探针;所述CST4 mRNA定量检测试剂包括如SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10所示的检测引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.22所示的TaqMAN探针。 5.根据权利要求4所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括RPN1 mRNA 定量检测试剂,所述RPN1 mRNA 定量检测试剂包括如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示的检测引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.24所示的TaqMAN探针。 6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括特异捕获CST1 mRNA、CST4 mRNA和RPN1 mRNA的磁珠,所述特异捕获CST1 mRNA的磁珠上结合有如SEQ ID NO.4所示的探针,所述特异捕获CST4 mRNA的磁珠上结合有如SEQ ID NO.5所示的探针,所述特异捕获RPN1 mRNA的磁珠上结合有如SEQ ID NO.6所示的探针。 7.根据权利要求4~6任一项所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括10×Buffer,dNTP,MgCl,DMSO,DTT,Taq酶、UDG、逆转录酶和RNA酶抑制剂。 8.检测Cystatin SN和Cystatin S的试剂在制备CST1和CST4联合诊断和预示肾癌的试剂盒中的应用,其特征在于:编码Cystatin SN的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,编码Cystatin S的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。 9.根据权利要求8所述的应用,其特征在于:检测Cystatin SN和Cystatin S的试剂诊断和预示肾癌的判断公式为P=exp(-6.838+0.026a+0.023b)/[1+ exp(-6.838+0.026a+0.023b)],其中a=Cystatin SN浓度,b=Cystatin S浓度。 10.根据权利要求8或9所述的应用,其特征在于:所述诊断和预示为诊断、疗效评估或转移复发监控。

说明书

技术领域

本发明属于诊断领域,具体涉及CST1mRNA和CST4mRNA或其编码的蛋白质Cystatin  SN和Cystatin S在制备肾癌标志物中的应用,还涉及诊断肾癌的试剂盒。

背景技术

肾细胞癌(简称肾癌)在成人恶性肿瘤中约占2%-3%,是我国第二常见的泌尿系统恶性 肿瘤,仅次于膀胱癌。手术切除是局限性肾癌最有效的治疗方法,但是很多患者最终仍会复 发。绝大部分肾癌早期无临床症状,一些患者初诊断时已局部进展或远处转移,无法通过手 术根治性切除,且这部分患者预后不佳。所以,对肾癌的早期诊断变得尤为必要。

半胱氨酸蛋白酶抑制剂Cystatin SN和Cystatin S是人类Cystatin家族成员,分别由CST1 基因和CST4基因编码,在肿瘤的生长、血管生成、浸润和转移起重要作用,可作为肿瘤诊 断和预后估计的标志物。公开号为103667444A中国发明专利中,公开了CystatinSN(CST1), CystatinS(CST4)在正常组织中不表达,而在胰腺癌患者组织中高度表达,两组结果差异非 常明显,可以胰腺癌相关的肿瘤标记物,并且诊断胰腺癌方面具有非常高的特异性、准确率 和应用价值。但迄今为止,未见CystatinSN(CST1)和CystatinS(CST4)与肾癌相关性的 报道。

发明内容

有鉴于此,本发明的目的之一在于提供CST1mRNA和CST4mRNA在制备诊断和预示 肾癌标志物中的联合应用,通过CST1mRNA和CST4mRNA联合检测,提高诊断和预示肾 癌的特异性;本发明的目的之二在于提供CST1mRNA和CST4mRNA联合检测试剂盒,该 试剂盒具有特异性高,使用方便等优点;本发明的目的之三在于提供Cystatin SN和Cystatin  S在制备诊断和预示肾癌标志物中的联合应用。

为实现上述发明目的,本发明提供如下技术方案:

1.CST1mRNA和CST4mRNA在制备诊断和预示肾癌标志物中的联合应用,所述CST1 mRNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述CST4mRNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.2 所示。

优选的,CST1mRNA和CST4mRNA联合应用的判断公式为 P=exp(-1.715+0.004a+0.001b)/[1+exp(-1.715+0.004a+0.001b)],其中a=CST1mRNA浓度, b=CST4mRNA浓度。

优选的,所述诊断和预示为诊断、疗效评估或转移复发监控。

2、CST1mRNA和CST4mRNA联合检测试剂盒,包括CST1mRNA和CST4mRNA的 定量检测试剂;所述CST1mRNA定量检测试剂包括如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示的 检测引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.20所示的TaqMAN探针;所述CST4mRNA定量检测 试剂包括如SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10所示的检测引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.22 所示的TaqMAN探针。

优选的,所述试剂盒还包括RPN1mRNA定量检测试剂,所述RPN1mRNA定量检测 试剂包括如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示的检测引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.24 所示的TaqMAN探针。

优选的,所述试剂盒还包括特异捕获CST1mRNA、CST4mRNA和RPN1mRNA的磁 珠,所述特异捕获CST1mRNA的磁珠上结合有如SEQ ID NO.4所示的探针,所述特异捕获 CST4mRNA的磁珠上结合有如SEQ ID NO.5所示的探针,所述特异捕获RPN1mRNA的磁 珠上结合有如SEQ ID NO.6所示的探针。

更优选的,靶序列捕获液中磁珠的浓度为500μg/mL,特异捕获探针的浓度为2μM。

优选的,所述试剂盒还包括10×Buffer,dNTP,MgCl2,DMSO,DTT,Taq酶、UDG、 逆转录酶和RNA酶抑制剂。

3、Cystatin SN和Cystatin S在制备诊断和预示肾癌标志物中的联合应用,编码Cystatin  SN的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,编码Cystatin S的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。

优选的,Cystatin SN和Cystatin S联合应用的判断公式为 P=exp(-6.838+0..026a+0.023b)/[1+exp(-6.838+0.026a+0.023b)],其中a=Cystatin SN浓度, b=Cystatin S浓度。

优选的,所述诊断和预示为诊断、疗效评估或转移复发监控。

本发明的有益效果在于:本发明公开了诊断和预示肾癌的新标志物,即CST1mRNA 和CST4mRNA或其所编码的蛋白质,利用两个标志物联合检测的特异性和灵敏度高于使用 其中一个标志物;本发明还公开了诊断和预示肾癌标志物的试剂盒,该试剂盒使用方便,能 够直接收集尿液进行检测,不需要采集血清,减少患者的取样痛苦,并且具有特异性好和灵 敏度高的特点,其诊断结果与临床诊断结果一致,在监控过程中还可以及早发现转移复发情 况,为医生提前进行干预提供指导。

附图说明

为了使本发明的目的、技术方案和有益效果更加清楚,本发明提供如下附图:

图1为磁珠法从尿液中特异性富集mRNA原理图。

图2为特异性探针和非特异性探针富集CST1基因比较结果。

图3为特异性探针和非特异性探针富集CST4基因比较结果。

图4为特异性探针和非特异性探针富集RPN1基因比较结果。

图5为肾癌组织与癌旁组织CST1相对表达量的比值结果图(C/T表示肾癌组织/癌旁组 织)。

图6为肾癌组织与癌旁组织CST4相对表达量的比值结果图(C/T表示肾癌组织/癌旁组 织)。

图7为CST1绝对定量标准曲线。

图8为CST4绝对定量标准曲线。

图9为受试者CST1基因和CST4基因联合检测ROC曲线。

图10为ELISA检测Cystatin SN在肾癌组织及癌旁组织表达情况(1-T和2-T表示肾癌 组织,1-N和2-N表示癌旁组织)。

图11为ELISA检测Cystatin S在肾癌组织及癌旁组织表达情况(1-T和2-T表示肾癌组 织,1-N和2-N表示癌旁组织)。

图12为Cystatin SN蛋白标准曲线。

图13为Cystatin S蛋白标准曲线。

图14为Cystatin SN和Cystatin S标志物单独检测及联合检测的ROC曲线。

具体实施方式

下面将结合附图,对本发明的优选实施例进行详细的描述。实施例中未注明具体条件的 实验方法,通常按照常规条件,例如分子克隆实验指南(第三版,J.萨姆布鲁克等著)中 所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。

实施例1、磁珠法从尿液中特异性富集CST1、CST4和RPN1基因的mRNA

根据CST1、CST4和RPN1(核糖体结合蛋白1,ribophorin1)的mRNA序列设计捕获 CST1、CST4和RPN1基因的mRNA的特异探针(CST1mRNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.1 所示,CST4mRNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.2,RPN1mRNA的核苷酸序列如SEQ ID  NO.3),具体如下:捕获CST1mRNA的探针为5’-aaagagcacaactgtttcttctgca(dA)30-3’(SEQ ID  NO.4),捕获CST4mRNA的探针为5’-taccaggtctattagaagca(dA)30-3’(SEQ ID NO.5),捕获 内参基因RPN1mRNA的探针为5’-gatgagcttctcattctcaatgtacg(dA)30-3’(SEQ ID NO.6)。上 述特异探针能够与磁珠(GE,货号为3815-2103-010150)的olig(dT)互补结合,得结合特 异探针的磁珠。

富集CST1、CST4和RPN1基因的mRNA,具体步骤如下:将新鲜尿液与样本运输保 存液按照体积比为2:1的比例混合,得处理后的尿液样本,该处理后的尿液样本4℃条件下 可保存一周,-20℃条件下可保存1年;然后分别将200μL含有磁珠的靶序列捕获液加入到 200μL处理后的尿液中,于75℃条件下处理5分钟;涡旋混匀后,室温静置15分钟;然后 将样品置于磁性分离器上,5分钟后,吸弃上清,加入1mL漂洗液,涡旋混匀,上磁性分离 器,5分钟后,吸弃上清;最后室温(18~25℃)静置5分钟,加入洗脱液20μL,枪头吹打 混匀,上磁力架5分钟,将上清转移至新的EP管中,富集原理如图1所示。

富集过程中,样品运输保存液中各组分浓度如下:110mM LiDS(十二烷基硫酸锂), 10mM NaH2PO4,10mM Na2HPO4,5mM EDTA,7mM EGTA,pH7.5;靶序列捕获液中各组 分浓度如下:135mM HEPES,1.25M LiCl,110mM LiOH,10mM EDTA,pH7.0,500μg/mL 磁珠,2μM捕获探针;漂洗液中各组分浓度如下:100mM HEPES,350mM NaCl,10mM NaOH, 2mM EDTA,3%乙醇,0.2%羟基甲酯,0.1%羟基丙酯,0.1%SDS,pH7.5;洗脱液中各组 分浓度如下:20mM Tris-HCl,pH7.5,1mM EDTA。

同时以非特异性探针oligo(dT)以上述相同的方法非特异性富集mRNA。

将上述富集获得的mRNA通过定量PCR分别检测CST1mRNA、CST4mRNA和RPN1 mRNA的相对含量,检测所使用的引物如下:

CST1检测引物:上游引物:5’-agagccaggcaacagacc-3’(SEQ ID NO.7)

下游引物:5’-gttcatggaaggcacagg-3’(SEQ ID NO.8)

CST4检测引物:上游引物:5’-atgaacagccagaactgca-3’(SEQ ID NO.9)

下游引物:5’-caagaaggaaggagggag-3’(SEQ ID NO.10)

RPN1检测引物:上游引物:5’-gtgcgacagagtgagcgaaat-3’(SEQ ID NO.11)

下游引物:5’-tgagcttgccagccaccag-3’(SEQ ID NO.12)

然后构建如下检测体系:SYBR Green2×Mix10μL(购于东洋纺(上海)生物科技有限公 司),终浓度分别为250nM的上游引物和下游引物,模板2μL,加ddH2O将体积补充至20μL。

并按如下条件检测:先预变性5分钟,然后在95℃变性10秒、60℃退火15秒、72℃ 延伸20秒,进行45个循环;最后熔解:95℃,1分钟;40℃,1分钟;65℃,1秒;95℃, 1分钟,冷却50℃,30sec。

同时以oligo(dT)非特异性富集的mRNA为对照,检测引物、体系和检测条件按上述 方法进行,然后比较CST1、CST4和RPN1基因mRNA CP值(Cross Point),结果如图2-4 所示。

由图2-4可知,使用特异探针富集到的CST1mRNA、CST4mRNA和RPN1mRNA的 CP值更小,表明其富集的浓度更高,具有背景低,信噪比高的特点,优于使用非特异探针 富集的mRNA。

实施例2、检测CST1和CST4在肾癌组织中表达情况

从上海第五人民医院泌尿外科收集肾癌、癌旁配对组织样本30例,切至米粒大小,放 至RNAlater保存液中-80℃贮存,使用前平衡至室温。然后按照实施例1的方法分别富集肾 癌和癌旁配对组织的CST1mRNA、CST4mRNA和RPN1mRNA,再分别以CST1检测引物、 CST4检测引物和内参基因RPN1检测引物检测30例样本肾癌和癌旁配对组织中CST1基因 和CST4基因相对表达量,检测体系和检测条件与实施例1相同。检测结果采用2-ΔΔCP法计 算相对表达量,然后统计肾癌与癌旁配对组织相对表达量的比值(C/N),统计结果如图5 和图6所示。由图5和图6可知,CST1基因和CST4基因在肾癌组织中明显上调,明显高 于癌旁组织的表达量,上述结果预示检测CST1mRNA和CST4mRNA含量可以用于诊断肾 癌。

实施例3、构建肾癌检测试剂盒

1、构建CST1重组质粒

以肾癌细胞株A498为材料提取肾癌细胞株T24总mRNA,然后以提取的mRNA为模 板合成cDNA,并根据CST1基因序列设计构建CST1重组质粒的引物,上游引物为 5’-ctggagccccaaggagga-3’(SEQ ID NO.13),下游引物为5’-accagtccaggggtggga-3’(SEQ ID  NO.14),以SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14所示核苷酸为引物,合成的cDNA为模板进行 PCR扩增,扩增条件为:94℃预变性5分钟;94℃变性30秒、60℃退火30秒、72℃延伸1 分钟,进行45个循环;72℃延伸5分钟,4℃冷却。将扩增产物与pTZ57R载体连接,构建 CST1重组质粒,并将重组质粒送测序机构测序,测序表明扩增产物的核苷酸序列如SEQ ID  NO.15所示。该序列与理论扩增子序列相同,然后将CST1重组质粒用甘油保种,作为检测 CST1基因的标准品。

2、构建CST4重组质粒

根据CST4基因序列设计构建CST4重组质粒的引物,上游引物为5’-tctgaggagaccatggcc-3’ (SEQ ID NO.16),下游引物为5’-tgtaccaggtctattagaagcaag-3’(SEQ ID NO.17),然后以SEQ ID NO.16和SEQ ID NO.17的核苷酸为引物,合成的cDNA为模板进行PCR扩增,扩增条件为: 94℃预变性5分钟;94℃变性30秒、60℃退火30秒、72℃延伸1分钟,进行45个循环; 72℃延伸5分钟,4℃冷却。将扩增产物与pTZ57R载体连接,构建CST4重组质粒,并将重 组质粒送测序机构测序,测序表明扩增产物的核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示。该序列与 理论扩增子序列相同,然后将CST4重组质粒用甘油保种,作为CST4基因的标准品。

分别将CST1重组质粒和CST4重组质粒,通过EcoRⅠ和BamHⅠ双酶切线性化目标序 列,割胶回收得到纯的线性化片段。使用体外转录试剂盒,以线性化的序列为模板,在T7RNA 聚合酶的作用下,制备得到RNA,经RNA纯化试剂盒纯化后,得到RNA标准品贮液,测 定浓度。经Agilent2100作RNA完整性分析,电泳图谱显示除目标序列外无其他明显的杂带 及RNA降解带,则可以作为RNA标准品贮液,以备下游使用。

实施例4、绘制CST1和CST4的标准曲线

将实施例3获得的mRNA标准品作如表1和表2的梯度稀释,具体如下:

表1、CST1RNA标准品稀释梯度

标准品编号 浓度(copy/μL) STD1 100000 STD2 10000 STD3 1000 STD4 100

表2、CST4RNA标准品稀释梯度

标准品编号 浓度(copy/μL) STD1 100000 STD2 10000 STD3 1000 STD4 100

设计定量检测CST1基因和CST4基因的引物和探针,具体如下:

CST1定量检测引物如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示,扩增子序列如SEQ ID NO.19 所示,探针为:FAM-5’-tacttcttcgacgtagaggtgggcc-3’-TAMRA(SEQ ID NO.20);

CST4定量检测引物如SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10所示,扩增子序列如SEQ ID NO.21 所示,探针为FAM-5’-aacagttgtgctctttcgagatcta-3’-TAMRA(SEQ ID NO.22)。

RPN1定量检测引物如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示,扩增子序列如SEQ ID  NO.23所示,探针为FAM-5’-tggtgctgaagtcggcggtggaggct-3’-TAMRA(SEQ ID NO.24)。

然后采用一步法RT-PCR分别表1和表2中CST1mRNA和CST4mRNA的浓度,检测 体系为2μL10×Buffer,3μL2.5mM dNTP,2μL25mM MgCl2,0.75μL浓度为10μm的CST1 或CST4的上、下游引物,0.5μL浓度为10μm的SEQ ID NO.20或SEQ ID NO.22探针,DMSO 分析纯1μL;10mMDTT1μL;0.1μLRoche HS TAQ(货号12032953001),0.1μL UDG(购自 NEB公司,货号EN0362);0.1μL逆转录酶和0.1μL RNA酶抑制剂(其成分使用Thermo逆 转录试剂盒,货号K1622),灭菌纯化水8.6μL,反应条件为:37℃,5分钟;50℃,15分钟; 94℃,5分钟;94℃,10秒,60℃,30秒,45个循环,最后50℃冷却30秒,然后根据检测 结果绘制标准曲线,结果如图7和图8所示。由图7和图8可以看出,CST1和CST4定量 检测引物特异性好,在100~100000copy/μL范围内且相关性好,R2>0.99。

实施例5、CST1或/和CST4基因检测的特异性和灵敏度

从北京协和医院泌尿科收集尿液样本100例,其中肾癌患者尿液50例,肾炎症等良性 病变患者尿液50例。按照实施例1的方法分别富集CST1mRNA、CST4mRNA和RPN1 mRNA,然后按实施例4的一步扩增法对富集RPN1mRNA的样本进行检测,以RPN1扩增 曲线呈现“S”型,且CP值小于35的样本用于结果分析。分析结果显示100例样本中可用 样本97例,肾癌49例,良性病变48例。再继续用实施例4的一步扩增法检测97例可用样 本的CST1mRNA和CST4mRNA含量,其检测方法与实施例4相同。然后根据检测结果绘 制受试者工作特征曲线(ROC曲线),如图9所示。结果显示,CST1基因和CST4基因单独 检测时,曲线下面积分别为0.809和0.711,应用Logistic回归统计方法得出CST1mRNA和 CST4mRNA联合检测的判断公式:P=exp(-1.715+0.004a+0.001b)/[1+ exp(-1.715+0.004a+0.001b)],(a=CST1mRNA浓度,b=CST4mRNA浓度),当P大于或等于 0.75,为阳性;当P小于0.75,为阴性,联合诊断的曲线下面积为0.813。因此,采用CST1 与CST4联合检测肾癌的特异性更高。为了获得更高的特异性,将CST1mRNA和CST4 mRNA作为诊断肾癌的标志物,并以此构建CST1和CST4联合检测试剂盒,其包括如下组 分:

CST1mRNA定量检测引物和TaqMAN探针,其引物分别如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8 所示,TaqMAN探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示;

CST4mRNA定量检测引物和TaqMAN探针,其引物序列分别如SEQ ID NO.9和SEQ ID  NO.10所示,TaqMAN探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.19所示;

RPN1mRNA定量检测引物和TaqMAN探针,其引物序列分别如SEQ ID NO.11和SEQ ID  NO.12所示,TaqMAN探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.21所示;

还包括定量检测的其他常规试剂,包括:10×Buffer,dNTP,MgCl2,DMSO,DTT,Taq 酶、UDG、逆转录酶和RNA酶抑制剂以及磁珠法富集CST1mRNA、CST4mRNA和RPN1 mRNA的试剂。

实施例6、CST1和CST4联合检测试剂盒诊断肾癌

从上海市第五人民医院收集肾癌尿液样本30例,良性病变样本30例。将尿液采用实施 例1的方法富集CST1mRNA、CST4mRNA和RPN1mRNA,以RPN1扩增曲线呈现“S” 型,且CP值小于35的样本采用CST1与CST4联合检测试剂盒检测CST1mRNA和CST4 mRNA相对表达量,并根据CST1和CST4联合检测的判断公式判断阳性和阴性,同时根据 临床分析诊断,结果如表3所示。

表3、CST1和CST4联合检测试剂盒诊断肾癌结果

用χ2统计检测结果与临床诊断结果相关性,结果显示,P<0.05,表明CST1和CST4 联合检测肾癌与临床诊断结果有相关性,且一致性较好,Kappa值为86.7%。

实施例7、CST1和CST4联合检测试剂盒评估肾癌疗效

从江苏省肿瘤医院取10例肾癌患者治疗前尿液,用实施例1的方法富集CST1mRNA、 CST4mRNA和RPN1mRNA,以RPN1扩增曲线呈现“S”型,且CP值小于35的样本用于检 测尿液中CST1mRNA和CST4mRNA的浓度,治疗结束后再取患者尿液,用实施例1的方法 富集CST1mRNA、CST4mRNA和RPN1mRNA后检测CST1mRNA和CST4mRNA浓度。然 后利用CST1和CST4联合检测的判断公式P=exp(-1.715+0.004a+0.001b)/[1+ exp(-1.715+0.004a+0.001b)](a代表CST1浓度,b代表CST4浓度)计算P值,然后根据治疗前 和治疗后P值变化评估疗效,判断标准为:P值与治疗前相比下降小于30%,判断为治疗无效; P值与治疗前相比下降大于或等于30%,判断为病情改善;P值与治疗前相比下降大于或等于 70%,判断为治疗效果显著,其评估结果如表4所示,同时根据临床症状评估疗效,结果如表 4所示。

表4、CST1和CST4联合检测试剂盒评估肾癌疗效结果

患者编号 治疗前后浓度变化百分比 临床评价 1 下降6% 无效 2 升高5% 疗效显著 3 降低69% 改善 4 降低53% 改善 5 升高9% 无效 6 降低70% 疗效显著 7 降低48% 改善 8 降低40% 无效 9 降低18% 无效 10 降低35% 改善

由表4可知,使用CST1和CST4联合检测试剂盒对10例肾癌患者疗效评估结果是有1例疗 效显著,5例治疗后病情得到改善,其余4例无疗效。而临床诊断结果为2例疗效显著,4例治 疗后病情得到改善,其余4例无疗效。因此采用CST1和CST4联合检测的判断结果与临床判断 结果一致性达90%。

实施例8、CST1和CST4联合检测试剂盒监控肾癌转移复发

对6例疗程结束后的肾癌早期患者进行跟踪随访,治疗后6周首次取尿液,将尿液用实 施例1的方法富集CST1mRNA、CST4mRNA和RPN1mRNA,以RPN1扩增曲线呈现“S” 型,且CP值小于35的样本用于检测尿液中CST1和CST4mRNA浓度,以后每三个月检测 一次,跟踪九个月,共检测四次。根据检测结果,利用联合检测的判断公式 P=exp(-1.715+0.004a+0.001b)/[1+exp(-1.715+0.004a+0.001b)](a代表CST1浓度,b代表CST4 浓度)计算P值,当P大于或等于0.75时,为转移复发;当P小于0.75时,表明未发生转 移复发,为无进展生存,其结果如表5所示;同时根据临床症状监控肾癌转移复发情况,结 果如表5所示。

表5、CST1和CST4联合检测试剂盒监控肾癌移转复发情况

患者编号 6周 3个月 6个月 9个月 临床评价

1 0.13 0.15 0.11 0.10 无进展生存 2 0.26 0.42 0.58 0.77 转移复发 3 0.58 0.61 0.66 0.85 转移复发 4 0.39 0.45 0.50 0.55 无进展生存 5 0.41 0.33 0.55 0.65 无进展生存 6 0.24 0.26 0.29 0.27 无进展生存

由表5可知,在跟踪第9个月时6例患者中有2例出现转移复发,其余4例未发生转移复发, 为无进展生存,与临床评价结果一致,但是在监控过程中CST1和CST4联合检测能够预测肾 癌移转复发的趋势,可以为医生提前进行干预提供指导。

综上所述,CST1mRNA和CST4mRNA可以联合应用,作为诊断和预示肾癌的标志物, 并且同时检测CST1mRNA和CST4mRNA2个标志物的灵敏度和特异性高于检测单一标志 物,能够提高诊断的准确性。

实施例9、构建Cystatin SN和Cystatin S的ELISA检测试剂盒

为探究肾癌组织中Cystatin SN和Cystatin S的表达情况,构建检测Cystatin SN和Cystatin S 的ELISA检测试剂盒。试剂盒中抗Cystatin SN单克隆抗体购自美国R&D公司(货号为: MAB1285);兔抗人Cystatin SN多克隆抗购自北京义翘神州生物技术有限公司;抗Cystatin S 单克隆抗体购自美国R&D公司(货号为:MAB1296);兔抗人Cystatin S多克隆抗(货号为: 11542-RP02),购自北京义翘神州生物技术有限公司,其各组分及其浓度如表6所示。

表6、检测Cystatin SN和Cystatin S的ELISA检测试剂盒

实施例10、Cystatin SN和Cystatin S在肾癌组织中的表达情况

取2例肾癌及配对的癌旁组织样本,进行15%的SDS-PAGE。电泳完毕后,将蛋白电转移 至硝酸纤维素膜上,用含有质量分数为5%的脱脂奶粉和质量分数为0.1%Tween-20的PBS于 室温(18-25℃)下封闭2小时,分别加入抗Cystatin SN单克隆抗体和抗Cystatin S单克隆抗体 于4℃温育过夜,用含有0.15%Tween-20的PBS洗涤3次,再加入辣根过氧化物酶(HRP)标 记的山羊抗兔IgG于37℃温育1小时,用含有0.15%Tween-20的PBST洗涤4次,再用PBST洗涤 1次,之后用TMB过氧化物酶底物显色检测。同时以β-actin为内参蛋白,按照上述方法进行 检测,结果分别如图10和图11所示。结果表明,在肾癌组织中Cystatin SN和Cystatin S表达量 高于癌旁组织中的表达量。

实施例11、Cystatin SN和Cystatin S的ELISA检测试剂盒的特异性和灵敏度评价

将构建的Cystatin SN和Cystatin S的ELISA检测试剂盒分别检测浓度为0pg/mL,50 pg/mL,100pg/mL,250pg/mL,500pg/mL和1000pg/mL的Cystatin SN蛋白和Cystatin S蛋白, 并在450nm条件下检测OD值,然后根据检测结果绘制标准曲线,Cystatin SN蛋白标准曲线如 图12所示,Cystatin S蛋白标准曲线如图13所示。由图12和图13可知,Cystatin SN和Cystatin  SN的ELISA检测试剂盒的线性范围为50~1000pg,在线性范围内相关系数r≥0.990。

利用Cystatin SN和Cystatin S的ELISA检测试剂盒对北京协和医院泌尿科收集尿液样本 100例,其中肾癌患者尿液50例,肾炎症等良性病变患者尿液50例。应用Cystatin SN和Cystatin  S ELISA检测试剂盒进行检测,根据检测结果进行Logistic回归统计分析,给出联合检测的判 断公式:具体为:P=exp(-6.838+0..026a+0.023b)/[1+exp(-6.838+0..026a+0.023b)],(a=Cystatin  SN浓度,b=Cystatin S浓度),并根据P值判断是否患病,当P大于或等于0.75为阳性;当P小 于0.75为阴性。根据检测结果绘制受试者工作特征曲线(ROC曲线),结果如图14所示。结果 显示Cystatin SN和Cystatin S标志物单独检测曲线下面积分别为0.902和0.876,及联合检测的 检测曲线下面积为0.983。由此可知,利用Cystatin SN和Cystatin S为标志物联合检测的效果更 优。

实施例12、Cystatin SN和Cystatin S的ELISA检测试剂盒诊断肾癌

从上海市第五人民医院收集肾癌尿液样本30例,良性病变样本30例。应用Cystatin SN和 Cystatin S ELISA检测试剂盒检测上述60例样本,然后根据Cystatin SN和Cystatin S联合检测的 判断公式P=exp(-6.838+0..026a+0.023b)/[1+exp(-6.838+0..026a+0.023b)](a=Cystatin SN浓度, b=Cystatin S浓度)计算P值,根据P值判断阳性和阴性,同时根据临床诊断,结果如表7所示。

表7、Cystatin SN和Cystatin S联合诊断肾癌结果

利用χ2统计Cystatin SN和Cystatin S联合检测试剂盒诊断结果与临床诊断结果的相关性, 结果显示P<0.05,表明Cystatin SN和Cystatin S联合诊断肾癌与临床诊断结果有相关性,且一 致性较好,Kappa值为93.3%。

实施例13、Cystatin SN和Cystatin S联合检测试剂盒用于肾癌疗效评估

从江苏省肿瘤医院取10例肾癌患者治疗前尿液,检测尿液中Cystatin SN蛋白和Cystatin S 蛋白浓度,治疗结束后再取患者尿液检测CystatinSN蛋白和Cystatin S蛋白浓度。利用Cystatin  SN和Cystatin S联合检测的判断公式P=exp(-6.838+0..026a+0.023b)/[1+ exp(-6.838+0..026a+0.023b)](a=Cystatin SN浓度,b=Cystatin S浓度)计算P值,然后根据治 疗前和治疗后P值评估疗效,判断标准为:P值与治疗前相比下降小于30%,判断为治疗无效; P值与治疗前相比下降大于或等于30%,判断为病情改善;P值与治疗前相比下降大于或等于 70%,判断为治疗效果显著,其评估结果如表8所示;同时根据临床症状评估其疗效,结果如 表8所示。

表8、CystatinSN和Cystatin S联合评估肾癌疗效

患者编号 治疗前后浓度变化百分比 临床评价 1 下降41% 改善 2 升高3% 无效 3 升高7% 无效 4 降低70% 疗效显著 5 升高15% 无效 6 降低50% 改善 7 降低42% 改善 8 降低60% 改善 9 降低49% 无效 10 降低90% 疗效显著

由表8可知,使用Cystatin SN和Cystatin S联合检测试剂盒对肾癌疗效评估结果是10例患 者中,有2例疗效显著,5例治疗后病情得到改善,其余3例无疗效,而临床诊断结果是10例 患者中,有2例疗效显著,有4例患者病情得到改善,其余4例无治疗效果。因此,使用Cystatin  SN/Cystatin S蛋白联合检测试剂盒与临床判断结果一致。

实施例14、Cystatin SN和Cystatin S联合检测试剂盒用于肾癌转移复发监控

对6例疗程结束后的肾癌早期患者进行跟踪随访,治疗后6周首次取尿液,并检测尿液 中Cystatin SN和Cystatin S蛋白浓度,以后每三个月检测一次,跟踪九个月,共检测四次。 根据检测结果,Cystatin SN和Cystatin S联合检测的计算公式 P=exp(-6.838+0..026a+0.023b)/[1+exp(-6.838+0..026a+0.023b)](a=Cystatin SN浓度,b=Cystatin  S浓度)计算P值,当P大于或等于0.75时,为转移复发;当P小于0.75时,表明未发生 转移复发,为无进展生存,其结果如表9所示,并于9个月时根据临床症状监控其转移复发 情况,其结果如表9所示。

表9、Cystatin SN和Cystatin S联合检测试剂盒监控肾癌移转复发结果

患者编号 6周 3个月 6个月 9个月 临床评价 1 0.31 0.30 0.35 0.40 无进展生存

2 0.25 0.27 0.38 0.44 无进展生存 3 0.45 0.56 0.67 0.87 转移复发 4 0.43 0.43 0.37 0.56 无进展生存 5 0.32 0.41 0.59 0.71 转移复发 6 0.29 0.33 0.49 0.46 无进展生存

由表9可知,Cystatin SN和Cystatin S联合检测试剂盒监控结果是6例患者中有2例出现转 移复发,其余4例未发生转移复发,为无进展生存,与临床判断结果一致。但是在监控过程 中Cystatin SN和Cystatin S联合检测能够预测肾癌移转复发的趋势,可以为医生提前进行干预 提供指导。

综上所述,Cystatin SN和Cystatin S联合可以作为诊断和预示肾癌的标志物,同时检测2 个标志物的灵敏度和特异性高于检测单一标志物,能够提高诊断的准确性。

最后说明的是,以上优选实施例仅用以说明本发明的技术方案而非限制,尽管通过上述 优选实施例已经对本发明进行了详细的描述,但本领域技术人员应当理解,可以在形式上和 细节上对其作出各种各样的改变,而不偏离本发明权利要求书所限定的范围。

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本发明公开了CST1mRNA和CST4mRNA或其编码的蛋白质在制备肾癌标志物中的应用及其试剂盒,将CST1mRNA和CST4mRNA或其所编码的蛋白质联合用于诊断和预示肾癌,其特异性和灵敏度高于使用其中一个标志物;本发明还公开了检测上述标志物的试剂盒,其试剂盒使用方便,能够直接收集尿液进行检测,不需要采集血清,减少患者的取样痛苦,并且具有特异性好和灵敏度高的特点,能够用于肾癌诊断,治疗过程中的疗。

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