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本发明涉及一种多功能纳米复合微球的制备方法,具体涉及一种磁性荧光复合纳米生物探针及其制备方法。本发明中复合纳米微球是以天然有机高分子为基体,通过在交联剂的交联作用将羧甲基壳聚糖修饰的磁性纳米颗粒和水溶性量子点连接得到,所述荧光量子点分布在磁性纳米颗粒的表面,其中磁性纳米颗粒的粒径大小在10-200nm,量子点的粒径在1.5-10nm;同时复合纳米颗粒经表面官能团修饰后,可与生物分子连接,形成生物探。