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本发明涉及一种应用原生动物纤毛虫降解石油的方法,其特征包括如下步骤:A.从环境中分离纯化纤毛虫种群;B.纤毛虫种群的驯化;C.驯化后纤毛虫种群对原油的降解;D.绘制纤毛虫种群生长曲线;F.培养7天后测定对照组和实验组原油含量的变化,计算原油降解率。本发明首次发现原生动物四膜虫(Tetrahymena)属、肾形虫(Colpoda)属,对于石油具有很强的降解能力,降解率最高分别可达68.08和83.0。