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用于管理生物燃料生产过程中的分批发酵的系统和方法。提供了一种针对在生物燃料生产过程的分批发酵过程(纯粹和/或补料分批发酵)中的生物燃料(例如,燃料乙醇)生产的酵母生长和可发酵糖浓度的非线性控制模型。接收针对分批发酵过程的过程信息,并且使用过程信息作为输入来执行非线性控制模型,以确定针对分批发酵过程的一个或者多个发酵过程变量的值,例如,发酵温度和/或酶流,用于基本上使酵母生长最大化并且实现目标可发酵。