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本发明涉及一种基于微透镜阵列的CMOS传感器的显微镜成像方法及系统,该方法包括以下步骤:步骤一、在显微镜物镜与由显微镜物镜确定的初次成像面之间设置具有正光焦度的第一透镜组,从而使来自显微镜物镜的光线会聚,将这些光线的会聚面记为第一成像面;步骤二、将经过第一成像面上发射出的光线采用具有正光焦度的第二透镜组进行发散,从而使光线发散出射至CMOS传感器的微透镜凸面上。将来自显微镜物镜的光线,通过第一透镜。