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本发明涉及一种制备脱镁叶绿酸A甲酯的方法,其特征在于使用水华蓝藻作为原料,所述方法包括以下四个步骤:(i)将水华蓝藻进行组织破坏,(ii)用有机溶剂提取,(iii)将上述步骤中得到的有机溶剂提取物甲酯化,得到粗品,以及(iv)纯化。本发明通过简便的方法从淡水的水华蓝藻即可制备获得脱镁叶绿酸A甲酯,不但可以解决蓝藻水华的治理中资源利用的问题,而且为癌症患者带来了福音。。