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一种短沟道有机薄膜晶体管的制备方法,该有机薄膜晶体管为底栅底接触型结构,自下而上依次包括衬底、栅极、介质层、自组装单分子层、源极、漏极以及有机半导体层,该源极与漏极之间的沟道的长度不超过5微米,所述制备方法的各工艺步骤全部采用包括溶液涂布方法和印刷方法的溶液法,具体步骤如下:在衬底上制备栅极;在衬底和栅极上制备介质层;在介质层上表面生长疏水性自组装单分子层;采用紫外光垂直通过光掩膜照射疏水性自组装。