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本发明公开了一种萃取法分离肝素钠中的多硫酸软骨素的方法,攻克了国内外专家关于肝素钠中的多硫酸软骨素不能分离的定论,技术方案是采用丙酮萃取法将肝素钠中的多硫酸软骨素去除,通过粗品溶解、酶解、急升温、杂质离心以及多次沉淀、氧化的精制步骤来实现肝素钠与多硫酸软骨素彻底分离,肝素钠精品收率达到83以上,活性效价在180usp/mg以上,折合WHO国际标准在200iu/mg以上,其质量标准符合中国药典、美国。