PRKCBP2基因第一号外显子多态性 【技术领域】
本发明涉及PRKCBP2基因第一号外显子的单核苷酸多态性。本发明还涉及分析PRKCBP2基因第一号外显子的等位基因突变的方法。
背景技术
PRKCBP2，即蛋白激酶C结合蛋白2(Protein Kinase C Binding Protein 2)，又名少突细胞系转录因子2(Oligodendrocyte lineage transcription factor 2，Olig2 or Oligo2)，是一种基本的“螺旋-环形-螺旋”(Helix-Loop-Helix，HLH)转录因子。已经有研究者指出，该转录因子在神经上皮中少突细胞前体形成的区域特异性表达，以及在少突细胞前体内也有特异性表达。从而，解决了先前神经胶质细胞肿瘤无法用细胞形态学或者其它传统标记方法标记的问题，这种转录因子可能被用作少突细胞肿瘤的理想标记，用于检测或者诊断脑部肿瘤。(Proc.Nat.Acad.Sci.98：10851-10856，2001)。
在本申请之前，还没有PRKCBP2基因第一号外显子多态性的相关报道。
【发明内容】
本发明的目的就是提供PRKCBP2基因第一号外显子的多态性及其检测方法。
在本发明的第一方面，提供了一种检测人PRKCBP2基因第一号外显子的单核苷酸多态性的方法，它包括步骤：
(a)确定在人PRKCBP2基因第一号外显子的SEQ ID NO：1所示序列的第356位的核苷酸；
(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。
在一优选例中，所述的单核苷酸多态性是在第356位存在G。
在本发明的第二方面，提供了一种分离核酸，它具有SEQ ID NO：1所示的序列，且第356位为G。
在本发明的第三方面，提供了一种等位基因特异性的核酸引物，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人PRKCBP2基因第一号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第356位单核苷酸多态性的扩增产物。
在本发明的第四方面，提供了一种等位基因特异性的寡核苷酸探针，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并检测含人PRKCBP2基因第一号外显子地SEQ IDNO：1所示序列中第356位单核苷酸多态性。
一种试剂盒包括：
(1)特异性扩增人PRKCBP2基因第一号外显子的引物对，
(2)检测扩增产物与正常的PRKCBP2基因第一号外显子相比是否存在变化所需的试剂，所述的SEQ ID NO：1所示序列中第356位单核苷酸多态性。
另一种诊断试剂盒包括：本发明上述的引物和/或本发明上述的寡核苷酸探针。
【具体实施方式】
本发明人通过广泛而深入的研究，已经发现了PRKCBP2基因第一号外显子所编码的蛋白序列中第119位Thr(T)->Ala(A)多态(即mRNA上356位A->G多态性)，在此基础上完成了本发明。
根据对正常人PRKCBP2基因测序结果，发现了该SNP。经分析发现，该SNP导致第119位氨基酸由Thr(T)->Ala(A)。由于这是不同性质氨基酸的置换，因此，会导致PRKCBP2基因第一号外显子所编码的蛋白活性发生改变。
PRKCBP2基因第一号外显子的cDNA序列列于SEQ ID NO：1，其中开放阅读框为第2-517位，其所编码的氨基酸序列列于SEQ ID NO：2。PRKCBP2基因第一号外显子的基因组序列可以从GenBank中获得。
本领域的技术人员知道，有大量的分析技术可用于检测PRKCBP2基因第一号外显子中所述位点是否存在单核苷酸多态性。这些技术包括(但并不限于)：DNA测序、杂交测序；酶促错配切割、异源双链分析、点杂交、寡核苷酸阵列(DNA芯片)、Mini-sequencing、Taqman技术、分子信标等，变性高效液相色谱法(DHPLC)。
另一方面，本发明的检测方法被用于评估个体患PRKCBP2基因第一号外显子相关疾病的易感性。
用于本发明的测试样品没有特别限制，对于检测SNP而言，可以是从血液、组织等样品中抽提出的DNA或mRNA。对于检测PRKCBP2基因第一号外显子活性而言，可以任何含有PRKCBP2基因第一号外显子的样品，如血液等。
用于本发明方法或检测试剂盒的引物和探针，根据PRKCBP2基因第一号外显子的cDNA序列(SEQ ID NO：1的序列)或基因组序列进行设计，并可用常规的合成技术进行合成即可。
下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等人，分子克隆：实验室手册(New York：ColdSpring Harbor Laboratory Press，1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。
实施例1
基因的抽提和测序
用常规酚氯仿法从人的血液中提取DNA，浓度校正至20ng/ul后，用于常规PCR扩增。引物是：
有义引物：5’-caccaagaag gacaagaagc a-3’(SEQ ID NO：3)
反义引物：5’-cagacggaga cttgagtagg c-3’(SEQ ID NO：4)
扩增出的518bp的产物，纯化后进行DNA测序。
实施例2
SNP的获得
对PRKCBP2基因进行直接测序。将测定的各样本序列进行比较，从而得出序列的差异，获得SNP。
实施例3
检测试剂盒
制备一检测PRKCBP2基因相关疾病易感性的检测试剂盒，其中，含有下列可扩增出356位SNP的引物对：
有义引物：5’-caccaagaag gacaagaagc a-3’(SEQ ID NO：3)
反义引物：5’-cagacggaga cttgagtagg c-3’(SEQ ID NO：4)
对扩增产物与正常对照用变性高效液相色谱仪(DHPLC)进行色谱分析，可轻易地检测出356位的A->G型SNP。
在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考，就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解，在阅读了本发明的上述讲授内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。
SEQUENCE LISTING
<110>上海人类基因组研究中心
<120>PRKCBP2基因第一号外显子多态性
<130>030115
<160>4
<170>PatentIn version 3.1
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<211>518
<212>DNA
<213>Homo sapiens
<220>
<221>CDS
<222>(2)..(517)
<223>
<400>1
c acc aag aag gac aag aag caa atg aca gag ccg gag ctg cag cag ctg 49
Thr Lys Lys Asp Lys Lys Gln Met Thr Glu Pro Glu Leu Gln Gln Leu
1 5 10 15
cgt ctc aag atc aac agc cgc gag cgc aag cgc atg cac gac ctc aac 97
Arg Leu Lys Ile Asn Ser Arg Glu Arg Lys Arg Met His Asp Leu Asn
20 25 30
atc gcc atg gat ggc ctc cgc gag gtc atg ccg tac gca cac ggc cct 145
Ile Ala Met Asp Gly Leu Arg Glu Val Met Pro Tyr Ala His Gly Pro
35 40 45
tcg gtg cgc aag ctt tcc aag atc gcc acg ctg ctg ctg gcg cgc aac 193
Ser Val Arg Lys Leu Ser Lys Ile Ala Thr Leu Leu Leu Ala Arg Asn
50 55 60
tac atc ctc atg ctc acc aac tcg ctg gag gag atg aag cga ctg gtg 241
Tyr Ile Leu Met Leu Thr Asn Ser Leu Glu Glu Met Lys Arg Leu Val
65 70 75 80
agc gag atc tac ggg ggc cac cac gct ggc ttc cac ccg tcg gcc tgc 289
Ser Glu Ile Tyr Gly Gly His His Ala Gly Phe His Pro Ser Ala Cys
85 90 95
ggc ggc ctg gcg cac tcc gcg ccc ctg ccc gcc gcc acc gcg cac ccg 337
Gly Gly Leu Ala His Ser Ala Pro Leu Pro Ala Ala Thr Ala His Pro
100 105 110
gca gca gca gcg cac acc aca cat cac ccc gcg gtg cac cac ccc atc 385
Ala Ala Ala Ala His Thr Thr His His Pro Ala Val His His Pro Ile
115 120 125
ctg ccg ccc gcc gcc gca gcg gct gct gcc gcc gct gca gcc gcg gct 433
Leu Pro Pro Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala
130 135 140
gtg tcc agc gcc tct ctg ccc gga tcc ggg ctg ccg tcg gtc ggc tcc 481
Val Ser Ser Ala Ser Leu Pro Gly Ser Gly Leu Pro Ser Val Gly Ser
145 150 155 160
atc cgt cca ccg cac ggc cta ctc aag tct ccg tct g 518
Ile Arg Pro Pro His Gly Leu Leu Lys Ser Pro Ser
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<212>PRT
<213>Homo sapiens
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<221>misc_feature
<223>引物
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<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<221>misc_feature
<223>引物
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