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本发明提供了一种用黄芩苷制备黄芩素的方法,是以低共熔溶剂为水解媒介,酶法水解黄芩苷制备黄芩素的新方法。本发明的优点在于采用挥发性低、安全无毒的绿色溶剂-低共熔溶剂的水溶液为水解媒介,克服了现有技术所存在的对黄芩苷的破坏作用大,转化率低,污染严重,分离纯化工艺复杂等缺点。该制备方法简单易行、安全环保,利用黄芩苷含量为80的原料制备黄芩素,黄芩苷的转化率可达90以上、黄芩素的纯度可达75以上。。