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本发明公开了一种猪流行性腹泻病毒M蛋白亲和肽及其筛选方法,所述M蛋白亲和肽的氨基酸序列为AGWYCTEVLCVQ或AYCTRHVCYLDN。本发明利用噬菌体展示技术获得能特异性结合PEDV及其重组蛋白M的短肽,并对该短肽人工合成,分析其抗病毒的生物学功能,结果表明本发明首次筛选合成的2种PEDV M蛋白的亲和多肽均能够有效的抑制PEDV的复制,这为今后对PEDV小分子诊断和治疗制剂的开发提供了一定。