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本发明公开了一种XYZ-四维扫描探针微形貌测量系统,涉及微结构加工及微结构面形质量检测技术领域,主要包括:XYZ-四维扫描模块、微探针模块、信号分析处理模块等;所述的XYZ-四维扫描模块由基座、XYZ微位移平台、旋转轴承组成,与所述的微探针模块配合工作,能够检测样品在三维空间内的表面形貌变化;扫描信号经过信号分析处理模块处理后,可重构样品表面形貌。本发明在形貌测量过程中能够实时修正样品和微探针模块。