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本发明涉及一种以大豆胚轴和大豆异黄酮为主成分的选择性雌激素受体调节剂组合物及其制备方法。该组合物由大豆胚轴(亦可选用萌动期大豆胚轴)、大豆异黄酮和余甘子组成,各成分配比按重量比为:大豆胚轴大豆异黄酮余甘子(0.510)(0.14)(0.510)。其制备方法包括将大豆胚轴、余甘子分别经高温灭酶或干燥、粉碎、过筛,按配比单独造粒或与大豆异黄酮混合造粒,经通常制药工业颗粒冲剂或片剂生产工艺制成所需的选择。