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本发明公开了一种制备能有效抑制杀灭沙棘病理真菌的生物肥的方法,包括:将枯草芽孢杆菌制成1091010cfu/mL的高密度菌悬液;将沙棘健康枝条剪成小段进行堆肥,堆肥过程中喷施枯草芽孢杆菌菌悬液,经堆肥固态发酵后得到能有效抑制杀灭沙棘病理真菌的生物肥。本发明所制备生物肥中,枯草芽孢杆菌即是沙棘益生菌,对沙棘病理真菌有显著生物防治作用。而其中的菌群来源于健康沙棘植株本身天然菌群,此菌群与沙棘植株协同进。