人免疫缺陷病毒疫苗 本申请是2000年2月4日提交的、现在待审中的09/497,497号申请的部分继续；通过引用将所述申请的全部内容结合到本文中。
技术领域
总的来说，本发明涉及人免疫缺陷病毒(HIV)，且尤其与一种基于HLA的HIV疫苗有关。
背景
由于HIV传染病在世界范围内继续传播，因而对有效的HIV疫苗的需要仍然是迫切的。HIV的非同寻常的突变能力、许多现在已知的一贯中和HIV原始分离物之特异性抗HIV抗体的无能为力以及缺乏关于针对HIV感染的保护性免疫的相关物的完全了解，已妨碍了开发具有所需效力的HIV疫苗的努力。
虽然大多数受HIV感染的受治疗者出现获得性免疫缺陷综合征(AIDS)，但大约10-15％的患者在感染10年后仍是无AIDS的，把他们称为AIDS的无发展者(non-progressors)(Sheppard等，AIDS 7：1159-66(1993)，Phair，AIDS Res.Human Retroviruses 10：883-885(1994))。在出现AIDS的那些患者中，大约10％受HIV感染的患者在HIV感染的最初二至三年内发展成AIDS，把他们称为AIDS的快速发展者(Sheppard等，AIDS 7：1159-66(1993)，Phair，AIDS Res.Human Retroviruses10：883-885(1994))。在AIDS的无发展者和快速发展者中的抗HIV免疫应答的初步特性鉴定已使人们了解了何种物质可能成为抗HIV保护性免疫的相关物。
通常，AIDS地快速发展者针对HIV蛋白的抗体水平较低(Sheppard等，AIDS 7：1159-66(1993)，Pantaleo等，N.Engl.J.Med.332：209-216(1995)，Cao等，N.Engl.J.Med.332：201-208(1995))；且其中和自体HIV分离物的抗体水平低或缺乏(Pantaleo等，N.Engl.J.Med.332：209-216(1995)，Cao等，N.Engl.J.Med.332：201-208(1995))。在快速发展者外周血T细胞中，存在抗HIV的CD8+CTL活性；尽管一项研究通过前体频率分析而发现，相对于无发展者而言，快速发展者的CD8+记忆CTL的水平低(Pantaleo等，Nature 370：463-467(1994)，Rinaldo，私人通信(1995))。或者是由于免疫缺陷以及选择毒力强的HIV变异株，或者是由于毒力强的HIV变异株感染快速发展者(Sullivan等，J.Virol.69：4413-4422(1995))，与无发展者相比，快速发展者血浆中的HIV病毒粒子的水平通常是较高的；且从快速发展者分离出快速复制的HIV株的频率更高(Lee等，J.AIDS 7：381-388(1994)，Mellors等，Ann.Intern.Med.122：573-579(1995)，Jurriaans等，Virology 204：223-233(1994))。连同初次HIV感染的血浆病毒血症的减弱与存在抗HIV的CD8+CTL活性有关的数据(Borrow等，J.Virol.68：6103(1994))一并考虑，则这些数据暗示：杀死受HIV感染的细胞的抗HIV CD8+CTL以及广泛中和HIV原代分离物的抗体，可能是在未受感染的且随后暴露于HIV的个体中的抗HIV的保护性免疫应答(Haynes等，Science271：324-328(1996)，Haynes，Science 260：1279-1286(1993))。
有人提出：就TCR Vβ使用而言，不太有效的抗HIV CD8+CTL应答可能是寡克隆的，且目标是几个非优势免疫HIV CTL表位；而更有效的抗HIV CTL应答可能是多克隆的，且目标是更少的优势免疫表位(Rowland-Jones等，Nature Medicine 1：59-64(1995)，Nowak等，Nature375：606-611(1995))。连同暗示某些HLA编码的基因或其它宿主基因的遗传可能或者与AIDS的快速发展或者与AIDS的无发展有关之数据(Haynes等，Science 271：324-328(1996))一并考虑，则这些数据暗示：宿主基因的表达可决定宿主抗HIV免疫应答的质量和/或数量。
Levy等描述了抑制HIV复制能力的非HLA限制的CD8+T细胞抗HIV之有效活性(Walker等，Science 234：1563-1566(1986))。这种CD8+“HIV抑制细胞”活性最初存在于快速发展者中，然后，随着AIDS的发生而下降(Walker等，Science 234：1563-1566(1986))，且可以由例如IL-16的细胞因子(Baier等，Nature 378：563(1995))，以及用趋化因子RANTES、MIP-1a和MIP-1b(Cocchi等，Science 270：1811-1815(1995))，来部分介导所述活性。Berger和同事们近来发现了宿主的一种称为融合素(fusin)的新分子，所述分子是T细胞亲嗜性HIV感染CD4+T细胞所需的，并且与一种已知的趋化因子受体即IL-8受体有着显著的同源性(Feng等，Science 272：872-877(1996))。
因此，至于用HIV免疫原诱导CD8+“HIV抑制性”细胞、CD8+CTL以及CD4+辅助T细胞，很可能需要诱导针对数目足够多的HIV变异体的这些抗HIV应答以使一个地理学地区中的大多数HIV变异体将得以识别的免疫原。
开发HIV疫苗的一个主要障碍是HIV异常的变异性以及HIV突变的迅速和程度(Win-Hobson，载于The Evolutionary biology ofRetroviruses，SSB Morse编辑，Raven Press，NY，第185-209页(1994))。在用抗反转录病毒药物治疗的患者方面的最新数据已表明：HIV变异体在开始治疗后迅速出现，且可以早在药物治疗开始的3周后，从外周血中分离出HIV变异体(Wei等，Nature 373：117-122(1995)，Ho等，Nature 373：123(1995))。此外，在一个受感染个体中每天产生多达109个新的HIV病毒粒子，且HIV准种的半寿期大约为2天(Wei等，Nature373：117-122(1995)，Ho等，Nature 373：123(1995))。
Myers、Korber及同事们分析了全世界的HIV序列，并把HIV分离物分成组或进化枝(clade)，且提供一种用于评价各个HIV分离物相互间进化关系的基础(Myers等(编辑)，Human Retroviruses and AIDS(1995)，由Theoretical Biology and Biophysics Group出版，T-10，MailStop K710，Los Alamos National Laboratory，Los Alamos，NM 87545)。Korber等近来也分析了HIV蛋白包含CTL表位与T辅助表位的区域的变异程度，且已记载了在HIV分离物中的许多CTL表位与T辅助表位中的序列变异(Korber等(编辑)，HIV Molecular ImmunologyDatabase(1995)，由Theoretical Biology and Biophysics Group出版，LosAlamos National Laboratory，Los Alamos，NM 87545)。
通过证实在进化枝之间的HIV的频繁重组，Hahn等近来报道了HIV变异复杂度的一个新标准(Robinson等，J.Mol.Evol.40：245-259(1995))。这些作者提出达10％之多的HIV分离物是重组的嵌合体，这暗示仅仅基于一个HIV进化枝的疫苗将不能保护免疫对象免受嵌合HIV分离物的感染(Robinson等，J.Mol.Evol.40：245-259(1995))。
许多适合于传播的HIV变异体以及可以成为抗HIV的保护性T细胞应答的可能的优势免疫性质已暗示：需要考虑开发基于HLA的HIV亚单位疫苗(Palker等，J.Immunol.142：3612-3619(1989)，Berzofsky，FASEB Journal 5：2412(1991)，Haynes等，Trans.Assoc.Amer.Phys.106：33-41(1993)，Haynes等，AIDS Res.Human.Retroviral.11：211(1995)，Ward等，载于Lost Alamos Database(1995)，B.Korber(编辑)，在印刷中，Cease等，Ann.Rev.Immunol.12：923-989(1994))。本发明提供这样一种疫苗。
发明概述
本发明涉及一种基于HLA的抗HIV疫苗。可以基于分析存在于待免疫群体中的HLA等位基因以及分析存在于所述群体的地理学位置中最常见的HIV变异体，来设计诱导有用的抗HIV免疫应答的本发明疫苗。本发明也涉及一种用所述基于HLA的疫苗使患者免疫而抗HIV的方法。
根据以下的描述，本发明的目的和优点将是显而易见的。
附图简述
图1A-1D：在正常的HIV-1血清反应阴性的人中，C4-V3 Th-CTL肽诱导HLA B7反应性CD8+CTL。图1A和1C显示了由于针对每种V3 B7 CTL表位变异体的体内免疫和体外再刺激所致的特异性裂解。BLCL＝无外被肽之对照的B类淋巴母细胞(BCLC)。C4＝BCLC上的C4Th决定簇肽；V3MN、V3RF、V3EV91和V3Can0A是BCLC上外被的B7 CTL表位变异肽。图1A中的数据显示对4种B7 CTL表位变异体中的一种(HTV EV91变异体)应答的患者，而图1C的数据显示对4种B7表位变异体中的三种(HIV MN、EV91和Can0A)应答的患者。图1B和1D显示了在体内免疫且在体外再刺激之后，对B7限制的CTL肽免疫原不产生CTL应答的2个HLA B7阴性个体。
发明详述
本发明涉及一种基于HLA的疫苗。另外，本发明涉及一种通过用这样的疫苗使患者免疫而抵抗HIV的方法。
可以根据可利用的HLA数据库，来设计本发明的基于HLA的疫苗。在International Histocompatibility Testing Workshops中获得的结果提供了一种这样的数据库；所述获得的结果例如最新的结果(Histocompatibility Testing 1980，Tereaki(编辑)，UCLA Tissue TypingLaboratory，Los Angeles，CA(1980)；Histocompatibility Testing 1984，Albert等(编辑)，Springer-Verlag，Berlin(1984)；Immunobiology of HLA，两册，Dupont(编辑)，Springer-Verlag，New York(1989)；HLA 1991，两册，Tsuji等(编辑)，Oxford University Press，Oxford(1992))。
补充来自所选实验室的公开数据(例如Williams等，HumanImmunol.33：39-46(1992)；Chandanayingyong等，载于Proceedings of theSecond Asia and Oceania Histocompatibility Workshop Conference；Simons等(编辑)，Immunopublishing，Toorak，第276-287页(1983))的TheInternational Histocompatibility Workshop的数据(HistocompatibilityTesting 1984，Abert等(编辑)，Springer-Verlag，Berlin(1984)；HLA 1991，两册，Tsuji等(编辑)，Oxford University Press，Oxford(1992))，提供对已显示出用作HIV CTL表位之限制元件的HLA等位基因之频率的评价(HIV Molecular Immunology Database(1995)，Korber等(编辑)，LosAlamos National Laboratory：由Theoretical Biology and Biophysics Group出版，Los Alamos National Laboratory，Los Alamos，NM 87545)。表1概括了有关这里用来举例的下述四个种群的这些频率：即美洲黑人(African Americans)、北美印第安人(Nlrth American Indians)、美国白种人(USA Caucasians)和泰国人(Thais)。Korber等的Los Alamos HIV表位数据库的第二部分(HIV Molecular Immunology Database(1995)，LosAlamos National Laboratory：由Theoretical Biology and Biophysics Group出版，Los Alamos National Laboratory，Los Alamos，NM 87545)在HLA限制元件旁边列举了CTL表位。运用这两套数据和哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)定理(Hardy，Science 28：49-50(1908))，可估计四个种群的每个种群中在一种为该种群中的特定群体特别设计的疫苗中包括数目有限的HIV表位时预期呈递肽给免疫系统的比例。已对一种设计对所有四个种群都具有免疫原性的疫苗进行了类似的计算。在表2中表示了这些结果。
在这种分析中可使用的策略是首先鉴定在考虑接种疫苗的种群中(或所述四个种群所共有的)最常见的限制元件，以确定由不止一个HLA等位基因呈递的肽；然后寻找这两列表之间的共性。其次，概率计算利用补充了所述种群中其它高频率等位基因的频率后的公共等位基因的频率。可以添加等位基因，直到所述种群中携带所述列表里的一个或更多个等位基因之个体的比例达到可接受的水平为止；例如，在所述实施例中，达到高于90％的水平。目标是使识别一种HIV免疫原中所包含的最少数目之不同HIV肽的HLA基因频率之和达到最大。下一个步骤是选择与所述限制性等位基因有关的肽。在某些情况下，只有一种肽与一个等位基因有关，而在其它情况下，在同一等位基因旁边列出多种肽。
在下面，列举了可用来选择在一种预防性HIV免疫原中包含的免疫原性表位的标准：
1.据报道在认为反映出防止反转录病毒感染或防止反转录病毒诱导的免疫缺陷性疾病(即在AIDS无发展者中)的情况下具有免疫原性的肽。
2.由据报道与AIDS无发展有关的HLA限制元件呈递给免疫系统的肽(例如Haynes等，Science 171：324-328(1996))。
3.据报道为HLA I类限制的抗HIV CTL应答的“优势免疫”刺激物的肽(Nowak等，Nature 375：606-611(1995))。
4.据报道由几种不同的HLA I类同种异型所呈递的肽。
对于在这里作为实例详细研究的四个种群群组而言，需要少至2个且多达5个的表位，以达到至少90％的理论保护水平(表2)。所需表位的不同数目反映出在不同种族组中观测到的HLA I类多态性的相对量以及由许多HLA I类分子呈递肽。迄今为止，HIV肽仅与在某些种群中不常见的HLA限制元件有关。随着积累更多其它表位的数据，可鉴定与较高频率限制元件有关的某些肽。
单个种群与混合种群之间的比较(表2)表明：靠包括与低频率等位基因有关的表位，增益相对少。被保护个体的比例渐近地逼近100％，以致于当趋近这一水平时，即使加上与高频率等位基因有关的表位，对所述比例也几乎没有增加。这可以北美印第安人来说明，在理论上的联合疫苗中包括与5个极低频率等位基因及一个中等频率等位基因有关的另外6个表位，仅增加3％的保护。
USP5,993,819(通过引用将其内容结合到本文中)也包括涉及开发基于HLA的HIV疫苗的步骤的描述。在该专利的表XXVI中，提供了同样可适用于本文的下面的疫苗配方：
Th1-X1，Th2-X2，Th3-X3，…ThN-XN
在上述式中，Th＝优势免疫T辅助细胞表位，且X＝I类MHC CTL表位。在本发明的一个优选实施方案的范围内，表3提供了可以与药学上可接受的载体以及在合适时与佐剂混合配制、且给予患者以便实现免疫的、具体的Th-X肽(参见疫苗6、疫苗8和疫苗10，尤其是疫苗6及疫苗8)。本领域技术人员可以不经过分的试验而确定所述疫苗中包含的每种肽的最适量以及最佳的给予方案。
作为使用各种Th-X肽之混合物的一种替代方法，目前优选的实施方案的疫苗也可以采用Th-X表位的线性排列形式(参见表4中的MVA 6-10的线性排列，尤其是MVA 6及MVA 8)，所述表位最好是在一种经修饰的安卡在牛痘(Vaccinia ankara)(Zentralbl.Bakterial167：375-390(1978)；Nature Med.4：397-402(1988))或其它活载体例如腺病毒载体或金丝雀痘病毒载体(Weinhold等，Proc.Natl.Acad.Sci.94：1396-1401(1997))中表达的。与HIV gagp55一起表达时，产生假病毒粒子(颗粒)(参见：例如表4中的MVA 7和9的线性排列)。可以使用标准步骤来配制该疫苗(例如，用一种载体，且在合适时，用一种佐剂)，并且本领域技术人员可以不经过分的试验而确定最佳给药方案。
在另一个实施方案中，本发明的疫苗包括来自HIV p17和p24 gag区域的、MHC I类限制的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)之表位。在“HIVMolecular Immunology Database，1999(Korber，BTM，Brander，C.，Haynes，B.F.等编辑，由the Theoretical Biology and Biophysics Group T-10出版，Mail Stop K710 Los Alamos National Laboratory，Los Alamos，New Mexico 87545)中，列举了已知的HIV CTL表位及其MHC限制元件。挑选称为CTL-J、CTL-K、CTL-L和CTL-M的CTL区用于表3中的疫苗11。已设计了在该表位的N-末端具有最佳Th决定簇即来自HIV gp120 C4区之ThA E9V的全长肽。在表3中的右边，列举了预测响应这些肽的限制性元件。因此，在表6中显示了一种实用的HIV gagCTL免疫原，A-Th/A-CTL肽和B-Th/B-CTL肽与疫苗11中的肽混合。在表6的底部，列举了预测识别表6中肽之混合物里的所述肽的25种HLA I类分子。
通过添加来自包膜、rev、nef、tat、pol和HIV基因组其它区的CTL表位的新序列到表6的序列上，可制备由例如来自Los Alamos数据库(the Los Alamos Database)(Korber，BTM，Brander，C.，Haynes，B.F.等编辑，由the Theoretical Biology and Biophysics Group T-10出版，MailStop K710 Los Alamos National Laboratory，Los Alamos，New Mexico87545)的CTL序列构成的复合免疫原。可以用表6中上述的T辅助细胞序列(类Th-X1，Th-X2，......Th-Xn)来配制这些序列；或可以用较短的X1、X2、......Xn序列来传递，由一种合适佐剂传递T细胞辅助序列。在这些类的设计中，Th表示一种辅助T细胞的表位，且X表示HLA I类限制的一种CTL表位。
在每种CTL序列方面，有许多变异体可以包括在上述疫苗设计的肽混合物中，以便提供攻击足够数量的HIV变异体的CTL，以预防感染或控制感染。在“Human Retroviruses and AIDS”中的HIV序列的Los Alamos数据库(“Human Retroviruses and AIDS”由Kuiken，C，Foley，B等编辑，由the Theoretical Biology and Biophysics Group T-10出版，Mail Stop K710 Los Alamos National Laboratory，Los Alamos，NewMexico 87545)里，列举了每个HIV进化枝中的变异体。
由于在世界各地的不同地理位置有不同的、感染患者群组的HIV进化枝，因而可以修改上述的肽设计，以适于和特定地理区域有关的一个或多个HIV进化枝。例如，HIV序列的Los Alamos数据库有按国家和进化枝列出的序列的列表。因此，要设计一种用于在撒哈拉沙漠以南非洲的赞比亚的CTL疫苗，除运用来自赞比亚的数据库中进化枝和分离物的最常见序列或共有序列之外，可使用如上描述的原理和通用的CTL表位设计。这种一般性策略适用于世界任何地理区域的CTL免疫原的设计。
在将免疫应答集中在HIV的许多优势和亚优势CTL表位上方面，肽具有最大的用途；然而可以得益于接触另一类型免疫原。因此，也可以在具有或没有T辅助细胞决定簇的CTL表位线性排列中(例如，或者在质粒DNA构成物中，或者在活载体构成物例如经修饰的安卡拉牛痘(Vaccinia Ankara)或者减毒的结核分枝杆菌菌株例如卡介苗(Jacobs等，Nature Medicine 2：334(1996))中)，构建上面描述的序列和表3及表6中给出的序列以及赞比亚序列和或来自rev、nef、tat、pol或env之表位的序列。这些具有CTL表位线性排列的DNA或活载体，可以用于肽或者相互之间的或者初次免疫或者加强免疫，从而最佳地产生CTL抗HIV的应答。
人们将意识到：本发明的这个实施方案不仅包括例如在表3和表4中所示的具体的Th-X肽及其衍生物(例如在表4的MVA7和MVA9中所示的)；而且也包括所指明肽的变异体，特别是所示CTL表位的变异体。可以单独地或作为多组分疫苗中的一种组分，使用Th-X肽的混合物或线性排列。人们也将意识到：可以用标准技术来合成本发明的肽。人们同样将意识到：本发明的疫苗可以采用DNA疫苗的形式，所述DNA疫苗的体内表达导致上述肽、或上述肽之线性排列的表达。
给予本发明疫苗的合适途径包括系统途径(例如肌内给予或皮下给予)。如果追求在一种粘膜免疫系统(例如鼻内的)中的免疫应答，则可以使用其它的途径。可以根据例如是否该疫苗为一种肽疫苗或DNA疫苗或其组合，来选择合适的途径和给予方式。
在以下实施例中，更详细地描述了本发明的某些方面。
实施例1
在HLA B7+人中的多价Th-CTL的研究
在CD4+T细胞计数＞500/mm3的HIV血清反应阳性患者中的C4-V3 Th-CTL多价免疫原的免疫原性和安全性(DATRI010)。已完成了C4-V3 PV免疫原的DATTRI010人体试验(Bartlett等，AIDS Res.Hum.Retro.12：1291-1300(1998))。所述免疫原是具有Th表位的4种Th-CTL肽，每种肽中的Th表位同样；且所述CTL肽为B7限制的一种env CTL表位的四种变异体(Haynes，Res.Human Retro.11：211-221(1995)，Beddows等，J.Gen.Virol.79：77-82(1998)，表5)。将十位HIV感染的、CD4+T细胞＞500/mm3的HLA B7阳性患者登记。八位患者在24周内肌内接受5次(IM X5)用弗氏不完全佐剂(Seppic ISA51)乳化的2mgC4-V3多价免疫原(即每种肽500μg)，而两位对照仅肌内(IM)接受ISA51。疫苗的接受者针对TCLA HIV的Th增生水平和中和抗体水平得到极好的加强(Bartlett等，AIDS Res.Hum.Retro.12：1291-1300(1998))。然而，在HIV感染的环境中，经免疫的B7+受实验者之PBMC悬浮液对包有肽所靶或牛痘感染之靶的所述免疫原中B7限制的envCTL表位具有极小的直接CTL活性(即，在HIV感染的环境中，B7gp120 CTL表位是非优势的)(Bartlett等，AIDS Res.Hum.Retro.12：1291-1300(1998))。
在血清反应阴性的受实验者中Th-CTL C4-V3肽的AVEG020试验。在Vanderbilt、Rochester和Seattle以多中心试验的形式，连同NIAID、DAIDS、DATRI和WLVP一起，进行了AVEG020“HIV血清反应阴性受实验者中C4-V3肽免疫原的1期安全性和免疫原性试验”(AVEG020的剂量：大剂量＝总剂量4mg，每剂中每种肽1mg；小剂量＝总剂量1mg，每剂中每种肽250μg)。
在用每种肽变异体250μg的两次免疫后，对13位受实验者(9位B7-和4位B7+)进行研究。在9位HLA B7-受实验者中，九位中的0位(0/9)对所述免疫原中B7限制的gp120 env CTL表位之肽变异体中的任一种具有PB CTL活性(图1B和1D)。比较起来，在仅仅两次免疫后，四位HLA B7+受实验者中的两位(2/4)对CD8+T细胞介导且MHC限制的B7表位具有高水平的CTL活性(图1A和1C)。这些数据提供了直接的证据：即如果用有效的佐剂配制，则Th-CTL免疫原能够在人体中诱导MHC I类限制的CATL。而一位受实验者对所述4种B7表位变异体中的一种有应答，另一位受实验者(图1A)对所述4种CTL变异体中的三种有应答。这些数据证实，人类宿主能够应答一种免疫原中的不止一种的CTL表位变异体，且表明可以使用基于表位的免疫来诱导针对CTL表位及其变异体的MHC I类限制的CD8+CTL应答。
* * *
通过引用，将上面引用的所有文件全部结合到本文中。
本领域技术人员通过阅读本说明书会意识到：不离开本发明实际范围的情况下，可以在形式和细节方面作出各种各样的变化。
表1 已知在四个种群中作为HIV CTL限制元件的I类HLA等位基因的频率
频率*
HLA等位基因 美洲黑人 美国白种人 北美印第安人 泰国人
A2 16.7 28.3 25.5 25.5
A3 8.9 12.2 2.9 1.5
A11 2.3 5.5 1.0 32.5
A24 4.7 9.6 19.6 14.6
A28 10.9 4.5 6.9 0.8
A30 9.5 2.6 2.0 1.1
A31 1.7 2.0 27.5 1.7
A32 1.0 5.1 2.0 0.2
A33 8.1 1.0 1.0 13.6
B7 8.3 10.0 3.9 2.7
B8 3.2 10.0 5.6 0.2
B12(44) 6.2 10.4 3.9 5.4
B13 0.9 3.0 1.0 9.3
B14 3.0 4.1 2.9 0.4
B17 10.9 4.9 1.0 8.1
B18 3.3 4.9 1.0 2.5
B27 1.6 4.1 2.9 6.0
B35 7.7 8.5 18.6 2.5
B37 0.9 2.2 0.0 1.4
B52 1.1 1.2 2.9 3.1
B53 12.8 0.8 0.0 0.0
B57 4.2 3.9 1.0 5.2
B60 1.3 4.5 2.9 8.3
B62 1.4 5.5 4.9 5.0
Cw3 9.6 12.6 22.4 15
Cw4 21.0 9.8 15.4 6
*HLA-A和HLA-B等位基因的频率取自HLA 1991(21)，美洲黑人和美国白种人的HLA-C的频率取自Histocompatibility Testing 1984(19)，北美印第安人的HLA-C的频率取自Williams和McAuley，1992(22)，而泰国人HLA-C的频率取自theProceedings of the Second Asia and Oceania Histocompatibility Workshop Conference(23)。
表2 所述四个种群的每个种群中可以预测呈递肽给免疫系统的比例
所选的HLA HIV 表位
种群 限制元件 蛋白 位置 表位
a)美洲黑人 A2，A3，A11，B35 nef 73-82 QVPLRPMTYK
A28，B14 gp41 583-592 VERYLKDQQL
A30，B8 gp41 844-863 RRIRQGLERALL
B17，B37 nef 117-128 TQGYFPQWQUYT
Cw4 gp120 576-383 (S)FNCGGEFF
(美洲黑人中预期呈递这5种表位的比率为92.3％)
b)USA白种人 A2，A3，A11，B35 nef 73-82 QVPLRPMTYK
A30，B8 gp41 844-863 RRIRQGLERALL
B7 gp120 302-312* RPNNNTRKSI
nef 126-138* NYTPGPGVRYPLT
B12 p24 169-184 IPMFSALSEGATPQDL
(USA白种人中预期呈递这4种表位的比率为90.2％)
c)北美 A2，A3，A11，B35 nef 73-82 QVPLRPMTYK
印第安人 A24 gp41 584-591* YLKDQQL
nef 120-144* YFPDWQNYTPGPGIRYPLTFGWCYK
A31 gp41 770-780 RLRDLLLIVTR
(北美印第安人中预期呈递这3种表位的比率为96.4％)
d)泰国人 A2，A3，A11，B35 nef 73-82 QVLRPMTYK
A24 gp41 584-591* YLKDQQL
nef 120-144* YFPDWQNYTPGPGIRYPLTFCGWCYK
(泰国人中预期呈递这2种表位的比率为93.6％)
表2(续表)所述四个种群的每个种群中可以预测呈递肽给免疫系统的比例
所选HLA HIV 表位
种群 限制元件 蛋白 位置 表位
d)美洲黑人 A2，A3，A11，B35 nef 73-82 QVPLRPMTYK
USA白种人 A28，B14 gp41 583-592 VERYLKDQQL
北美印第安人
泰国人 A30，B8 gp41 844-863 RRIRQGLERALL
B17，B37 nef 117-128 TQGYFPQWQNYT
Cw4 gp120 576-383 (S)FNCGGEFF
B7 gp120 302-312* RPNNNTRKSI
nef 126-138* NYTPGPGVRYPLT
B12 p24 169-184 IPMFSALSEGATPQDL
A31 gp41 770-780 RLRDLLLIVTR
A24 gp41 584-591* YLKDQQL
nef 120-144* YFPDWQNYTPGPGIRYPLTFCGWCYK
(美洲黑人、USA白种人、北美印第安人和泰国人中预期呈递这9种表位的比率分别为95.4％、97.5％、99.4％和97.2％)
*还不知道应该在肽之中进行选择所依据的标准。可能重要的是选择已报道在AIDS无发展者中具有免疫原性的肽，或者选择已报道诱导优势免疫抗HIVT细胞应答的肽。
表3
用于或者小鼠、猕猴或者人体试验的Th-CTL肽原型疫苗免疫原 疫苗编号肽名称用于研究的物种氨基酸序列 CTL表位的限制元件 1.小鼠HIV-1 Th-CTL表位 Th - CTLA-Th/A-CTL小鼠HAGPIAPGQMREPRG-KQIINMWQEVGKAMYA H-2anB-Th/B-CTL小鼠KEKVYLAWVPAHKGIG-MYAPPIGGQI H-2KdC-Th/C-CTL小鼠QLLFIHFRIGCRHSR-DRVIEVVQGAYRAIR H-2d.p.u.q(Dd)D-Th/D-CTL小鼠EQMHEDIISLWDQSL-RIHIGPGRAFYTTKN H-2Dd 3.猕猴SIV/HIV-1 Th-CTL表位 Th - CTLTh1/CTL/SIV Gag猕猴ELYKYKVVKIEPLGVAPTKA-CTPYDINQM Mamu-A*01Th2/CTL/SIV Pol猕猴VSTVQCTHGIRPVVSTQLLL-STPPLVRL Mamu-A*01Th3/CTL/HIV-1 Env猕猴STSIRGKVQKEYAFFYKLDI-YAPPISGQI Mamu-A*01 5.猕猴SIV/HIV-1 Th-CTLp11c表位变异体 Th - CTLTh1/CTL/SIV Gag猕猴ELYKYKVVKIEPLGVAPTKA-CTPYDINQM Mamu-A*01Th2/CTL/SIV Gag/p11c/I-Y猕猴VSTVQCTHGIRPVVSTQLLL-CTPYDYNQML Mamu-A*01Th3/CTL/SIV Gag/p11c/I-A猕猴STSIRGKVQKEYAFFYKLDI-CTPYDANQML Mamu-A*01Th4/CTL/SIV Gag/p11c/I-D猕猴EYAFFYKLDIIPIDNDTTSY-CTPYDDNQML Mamu-A*01Th5/CTL/SIV Gag/p11c/I-K猕猴REQFGNNKTIIFKQSSGGDPE-CTPYDKNQML Mamu-A*01
表3(续表)
用于或者小鼠、猕猴或者人体试验的Th-CTL肽原型疫苗免疫原 6. 人HIV-1 Th-CTL重叠表位 Th - CTL A-Th/A-CTL 人KQIINMWQEVGKAMYA-KAFSPEVIPMF HLA B57，B58 B-Th/B-CTL 人YKRWIILGLNKIVRMYS-NPPIPVGEIYKRWI-ILGLNKIVRMYSPTSI HLA B35，B8，B27，A33，Bw62，B52 C-Th/C-CTL 人DRVIEVVQGAYRAIR-VGFPVRPQVPLRPMTYK HLA A1，B7，B8，B35，A11，A2，A3，A31 D-Th/D-CTL 人ASLWNWFNITNWLWY-WVYHTQGFFPDWQNYTP HLA B7，B57，A1，B8，B18，B35 8. 人HIV-1 Th-优势/亚优势 CTL表位 Th - CTL A-Th/E-CTL 人KQIINMWQEVGKAMYA-SLYNTVATL HLA A2 B-Th/F-CTL 人YKRWIILGLNKIVRMYS-KIRLRPGGK HLA A3 C-Th/G-CTL 人DRVIEVVQGAYRAIR-KRWIILGLNK HLA B27 D-Th/H-CTL 人ASLWNWFNITNWLWY-GGKKKYKL HLA B8 E-Th/I-CTLMREPRGSKIAGTTST-ERYLKDQQL HLA B14 10. 人HIV-1 Th-CTL p17表位 (A2变异体) Th - CTL B-Th/E-CTL 人YKRWIILGLNKIVRMYS-SLYNTVATL HLA A2 C-Th/I-CTL 人DRVIEVVQGAYRAIR-SLFNTVATL HLA A2
表3(续表) 用于或者小鼠、猕猴或者人体试验的Th-CTL肽原型疫苗免疫原 A-Th/K-CTL 人QIINMWQEVGKAMYA-SLYNAVATLHLA A2 D-Th/L-CTL 人ASLWNWFNITNWLWY-SLYNTVAVLHLA A2 E-Th/M-CTL 人MREPRGSKIAGTTST-SLFNLLAVLHLA A2 11. 人HIV-1 Th-CTL重叠表位 Th - CTL A*-Th/I-CTL KQIINMWQVVGKAMYA-GQMVHQAISPRTLNAWVKVVA2，A202，A5，B7，B14，B57，B5701，B5801，B02， Cw3 A*-Th/K-CTL KQIINMWQVVGKAMYA-ATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWA2，A25，A26，B7，B12，B14，B1402，B27，B39，B52，B53，B57，B58，B8101，Cw8，Cw0102 A*-Th/L-CTL KQIINMWQVVGKAMYA-GPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTA2，A202，A5，A24，A2402，A25，A26，A33，B7，B8，B12，B14 B35，B39，B44，B52，B53Bw62，B27，B2705，B57，B5701，70，B71，Bw62，Cw3，Cw8，Cw0401 A*-Th/M-CTL KQIINMWQVVGKAMYA- KIRLRPGGKKKYKLKHIVWGSEELRSLYNTVATLYCVHQRIA1，A2，A3，A3.1，A03，A11，A23，A24，A0201，A2402，B8，B27，B42，B62，Bw62，Cw4
A*-Th＝C4E9V
表4
在经修饰的安卡拉牛痘中表达的Th-CTL表位的线性排列
MVA-1)在下述构建体中的HIV-1小鼠Th-CTL表位
HAGPIAPGQMREPRG--KQIINMWQEVGKAMYA----KEKVYLAWVPAHKGIG----MYAPPIGGQI-
--QLLFIHFRIGCRHSR---DRVIEVVQGAYRAIR----EQMHEDIISLWDQSL---RIHIGPGRAFYTTKN
MVA-2)p55/gag+MVA-1中的相同HIV-1小鼠Th-CTL表位
MVA-3)在下述构建体中的HIV-1/SIV Th-CTL表位
ELYKYKVVKIEPLGVAPTKA-------CTPYDINQM--------VSTVQCTHGIRPVVSTQLLL-----STPPLLVRL-
--STSIRGKVQKEYAFFYKLDI--------YAPPISGQI
MVA-4)p55/gag+MVA-3中的相同HIV-1/SIV Th-CTL表位
MVA-5)在下述构建体中的SIV Th-CTL p11c表位变异体
ELYKYKVVKIEPLGVAPTKA----CTPYDINQML-------VSTVQCTHGIRPVVSTQLLL----CTPYDYNQML-
-STSIRGKVQKEYAFFYKLDI---CTPYDANQML------EYAFFYKLDIIPIDNDTTSY-----CTPYDDNQML-
-REQFGNNKTIIFKQSSGGDPE----CTPYDKNQML
MVA-6)在下述构建体中的HIV-1人Th-CTL重叠表位
KQIINMWQEVGKAMYA----KAFSPEVIPMF----YKRWIILGLNKIVRMYS----NPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSI-
--DRVIEVVQGAYRAIR---VGFPVRPQVPLRPMTYK---ASLWNWFNITNWLWY----WVYHTQGFFPDWQNYTP
CTL表位的限制元件：
A-CTL表位＝HLA B57/B58；B-CTL表位＝HLA B35/B8/B27/A33/Bw62/B52；
C-CTL表位＝HLA A1/B7/B8/B35/A11/A2/A3/A31)；D-CTL表位＝HLA B7/B57/A1/B8/B18/B35.
表4(续表)
在经修饰的安卡拉牛痘中表达的Th-CTL表位的线性排列
MVA-7)p55/gag+MVA-6中的相同HIV-1人Th-CTL重叠表位
MVA-8)在下述构建体中的HIV-1 Th-优势/亚优势CTL表位
KQIINMWQEVGKAMYA-----SLYNTVATL-----YKRWIILGLNKIVRMYS----KIRLRPGGK------DRVIEVVQGAYRAIR-
--KRWIILGLNK-----ASLWNWFNITNWLWY------GGKKKYKL------MREPRGSKIAGTTST----ERYLKDQQLL-
MVA-9)p55/gag+MVA-8中的相同HIV-1 Th-优势/亚优势CTL表位
MVA-10)在下述构建体中的HIV-1 Th-CTL A2p17表位(A2变异体)
YKRWIILGLNKIVRMYS----SLYNTVATL------DRVIEVVQGAYRAIR----SLFNTVATL-------KQIINMWQEVGKAMYA-
--SLYNAVATL----ASLWNWFNITNWLWY-------SLYNTVAVL--------MREPRGSKIAGTTST-----SLFNLLAVL
表5 在豚鼠、灵长类动物或人类中研究的HIV多价C4-V3肽肽 gp120 C4区 gp120 V3区C4-V3MNKQIINMWQEVGKAMYATRPNYNKRKRIHIGPGRAFYTTKC4-V3RFKQIINMWQEVGKAMYATRPNNNTRKSITKGPGRVIYATGC4-V3EV91KQIINMWQEVGKAMYATRPGNNTRKSIPIGPGRAFIATSC4-V3CanOAKQIINMWQEVGKAMYATRPHNNTRKSIHMGPGKAFYTTGC4E9G-V3RFKQIINMWQGVGKAMYATRPNNNTRKSITKGPGRVIYATGC4E9V-V3RFKQIINMWQVVGKAMYATRPNNNTRKSITKGPGRVIYATGC4K12E-V3RFKQIINMWQEVGEAMYATRPNNNTRKSITKGPGRVIYATG来自the Los Alamos Database的序列。
表6
来源于HIV-1 gag的Th-CTL肽原型疫苗免疫原
疫苗
编号 肽名称 氨基酸序列 CTL表位的限制元件
人HIV-1 Th-
CTL重叠表位 Th - CTL
6 A-Th/A-CTL KQIINMWQEVGKAMYA-KAFSPEVIPMF B57，B58
6 B-Th/B-CTL YKRWIILGLNKIVRMYS-NPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSI B35，B8，B27，A33，Bw62，B52
11 A*-Th/I-CTL KQIINMWQVVGKAMYA-GQMVHQAISPRTLNAWVKVV A2，A202，A5，B7，B14，B57，B5701，B5801，B02，
Cw3
11 A*-Th/K-CTL KQIINMWQVVGKAMYA-ATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEW A2，A25，A26，B7，B12，B14，B1402，B27，B39，
B52，B53，B57，B58，B8101，Cw8，Cw0102
11 A*-Th/L-CTL KQIINMWQVVGKAMYA-GPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMT A2，A202，A5，A24，A2402，A25，A26，A33，B7，
B8，B12，B14 B35，B39，B44，B52，B53Bw62，B27，
B2705，B57，B5701，B70，B71，Bw62，Cw3，Cw8，
Cw0401
11 A*-Th/M-CTL KQIINMWQVVGKAMYA- A1，A2，A3，A31，A03，A11，A23，A24，A0201，
KIRLRPGGKKKYKLKHIVWGSEELRSLYNTVATLYCVHQRI A2402，B8，B27，B42，B62，Bw62，Cw4
A*-Th＝C4E9V
疫苗A、B、J、K、L和M中的CTL表位之限制元件的概要
A：A1，A2(02)，(01)，A3，A3.1，A5，A11，A23，A24(02)，A25，A26和A33.
B：B7，B8，B12，B14(02)，B27(05)，B35，B39，B42，B44，B52，B53，B57(01)，B58(01)B62(w62)，B70和B71.
C：Cw3，Cw4，Cw0401和Cw8.