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本发明属于非线性光纤光学领域,公开了一种双波长高功率自相似飞秒脉冲掺镱微结构光纤激光器,其主要包括:泵浦激光光源,波分复用耦合器,正色散单模光纤,掺镱微结构光纤,起偏器,偏振控制器,环形器、保偏光纤光栅,输出耦合器,色散延迟线等。输入脉冲在正色散单模光纤与掺镱微结构光纤中产生稳定性较好的自相似脉冲,通过调节偏振控制器,在具有两个反射峰的保偏光纤光栅进行输出激光的波长选择,实现双波长在常温下稳定运行。