一种产氢相关蛋白及其编码基因与应用.pdf

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摘要
申请专利号:

CN200810116975.5

申请日:

20080722

公开号:

CN101633691B

公开日:

20110914

当前法律状态:

有效性:

失效

法律详情:

IPC分类号:

C07K14/195,C12N15/31,C12N15/63,C12N5/10,C12N1/15,C12N1/19,C12N1/21,C12P3/00,C12R1/01

主分类号:

C07K14/195,C12N15/31,C12N15/63,C12N5/10,C12N1/15,C12N1/19,C12N1/21,C12P3/00,C12R1/01

申请人:

清华大学

发明人:

邢新会,赵洪新,卢元,张翀,马堃,蒋培霞,苏涛,杨程,王立言

地址:

100084 北京市海淀区清华园1号清华大学化工系生物化工研究所工物馆450房间

优先权:

CN200810116975A

专利代理机构:

北京纪凯知识产权代理有限公司

代理人:

关畅;任凤华

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内容摘要

本发明公开了一种产氢相关蛋白及其编码基因与应用。本发明公开的蛋白,是(a)或(b)的蛋白质:(a)由序列表中序列1所示的氨基酸序列组成的蛋白质;(b)将序列1的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且与产氢相关的由序列1衍生的蛋白质。将本发明提供的产氢相关蛋白命名为LdhD,灭活E.aerogenes?IAM1183中所述蛋白的编码基因1dhd得到了一株工程菌。本发明获得的工程菌对环境适应性强、底物范围广、利用底物能力强、产氢效率高,可应用于生物制氢,对利用产气肠杆菌制氢具有巨大的指导意义。

权利要求书

1.一种蛋白,是由序列表中序列1所示的氨基酸序列组成的蛋白质。 2.权利要求1所述蛋白的编码基因。 3.根据权利要求2所述的基因,其特征在于:所述蛋白的编码基因序列是序列表中序列2所示的DNA分子。 4.含有权利要求2或3所述基因的表达盒。 5.含有权利要求2或3所述基因的重组表达载体。 6.含有权利要求2或3所述基因的转基因细胞系。 7.含有权利要求2或3所述基因的重组菌。 8.一株产氢工程菌,是灭活E.aerogenes IAM1183中权利要求2所述基因得到的工程菌。 9.如权利要求8所述的工程菌,其特征在于:所述灭活是通过同源重组实现的。 10.如权利要求9所述的工程菌,其特征在于:所述同源重组是将自杀性载体pGP704-ldhd导入E.aerogenes IAM1183实现的;所述自杀性载体pGP704-ldhd是在pGP704的多克隆位点插入序列表中序列2自5′末端第363至898位脱氧核糖核苷酸得到的重组载体。 11.自杀性载体pGP704-ldhd,是在pGP704的多克隆位点插入序列表中序列2自5′末端第363至898位脱氧核糖核苷酸得到的重组载体。 12.含有权利要求11所述自杀性载体的转基因细胞系。 13.含有权利要求11所述自杀性载体的重组菌。 14.权利要求8至10中任一所述工程菌在产氢中的应用。

说明书



技术领域

本发明涉及一种产氢相关蛋白及其编码基因与应用。

背景技术

十八世纪世界工业革命以来建立的化石能源体系如今正面临着两大挑战:1)化石能源储量日益减小,面临着枯竭的危险;2)化石燃料的燃烧产生了大量污染物质,特别是CO2等温室气体的排放引起的温室效应,给人类赖以生存的环境带来巨大的威胁。因此,开发可持续发展的可再生清洁能源,逐步替代化石能源是关系国家能源安全、环境安全及社会稳定和平发展的重要战略课题。

氢能作为极具潜力的未来替代清洁能源之一,是高效的能源载体,具有能量密度高、清洁、可再生、燃烧产物为水和无污染等特点,是十分理想的可再生能源。目前,氢气主要来自化石燃料的重整转化(占氢气来源的96%)和电解水制氢(占4%),未能摆脱对原有的化石能源的依赖。因此,如何利用可再生资源持续地获取氢气受到人们的广泛的关注。生物制氢是解决这一问题的重要途径之一。生物制氢具有常温常压反应、条件温和、对环境友好、可利用废弃生物物质为底物等优点,可以和环境污染治理、减少污染排放相联系,是十分理想的制氢方法。

现代生物制氢的研究始于20世纪70年代的能源危机,90年代以来,随着人们对温室效应的进一步认识,生物制氢作为可持续发展的制氢方法更加引起了人们的广泛重视。生物制氢技术包括光驱动过程和厌氧发酵两种路线。前者利用光合细菌或藻类直接将太阳能转化为氢气,是一个非常理想的过程,但是由于光利用效率很低,光反应器设计困难等因素,近期内很难推向应用。后者采用的是产氢菌厌氧发酵,它的优点是产氢速度快、反应器设计简单、且能够和废弃生物的利用相结合,相对于前者更容易在近期内实现工业应用。

发酵法制氢始于六十年代中期,九十年代受到重视,但进展并不大。九十年代末到本世纪初,人们意识到发酵制氢更容易在近期内实现产业化,大大增加了暗发酵制氢方面的科研投入,产生了一批有关培养工艺的基础性研究结果。近年来与废弃生物质处理相结合的制氢过程的研究大为增加,其中一些达到了中试水平,但主要集中在反应器类型设计、工艺研究上,且混合培养产氢效率低于纯培养,总的转化率都不高,这也正是发酵制氢的瓶颈所在。解决发酵制氢瓶颈的关键,是实现技术突破,提高氢气得率。研究表明,仅从工艺的角度,无法从根本上突破产氢效率低的问题,必须注重高效产氢菌种的研究与开发。

多年以来,暗发酵制氢中应用的产氢菌种主要包括肠杆菌属(Enterobacter)、梭菌属(Clostridium)、埃希氏菌属(Escherichia)和芽孢杆菌属(Bacillus),其中尤以肠杆菌属和梭菌属的相关研究最多。梭菌属产氢率最高可达到2.36mol/mol葡萄糖,产气肠杆菌属产氢率最高可达3mol/mol葡萄糖(即6mol/mol蔗糖)[Kumar,N.and Das,D.Bioprocess Engineering 23,205-208(2000)],[Kumar,N.andDas,D.Process Biochemistry 35,589-593(2000)]。以梭菌(Clostridium sp)为代表的专性厌氧菌发酵产氢的机理为:葡萄糖酵解后生成丙酮酸,在形成醋酸过程中,一部分电子通过铁氧还蛋白在氢酶作用下形成氢气。一摩尔的葡萄糖可形成4摩尔氢气和2分子醋酸。因此,专性厌氧菌发酵产氢的同时,必然伴随醋酸等有机酸的形成。兼性厌氧产氢菌E.aerogenes通过糖解途径和三羧酸循环(TCA)途径产生NADH和ATP,氢酶通过NADH将质子转换为氢气,产氢理论转换率为1摩尔葡萄糖形成12mol氢气,远远大于专性厌氧菌的氢得率。因此,E.aerogenes是开发高效发酵制氢工艺的重要菌种。

随着生物技术的飞速发展,单纯的菌种筛选和培养工艺的优化已不能满足提高产氢效率的需求。发酵制氢的研究需要进入细胞内部,通过对氢酶及其代谢网络的改造来强化产氢过程。目前在基因库上已经可以获得超过100种氢酶的基因序列[Paulette M.Vignais,Bernard Billoud,Jacques Meyer.FEMS MicrobiologyReviews 25,455-501(2001)],但仍有大量已知产氢菌株的氢酶基因尚未被克隆,寻找更多的氢酶基因是生物制氢研究的重要方向[Kalia,V.C.,Lal,S.,Ghai,R.,Mandal,M.and Chauhan,A.Trends in Biotechnology 21,152-156(2003)]。不同的氢酶具有不同的功能,和其它酶系相比,人们对氢酶的认识还十分有限。

目前,研究的比较清楚的是大肠杆菌的氢酶I、II、III和IV的基因,它们都属于Ni-Fe氢酶,其中氢酶III和IV和产氢有关[Andrews,S.C.,Berks,B.C.,Mcclay,J.,Ambler,A.,Quail,M.A.,Golby,P.and Guest,J.R.Microbiology143,3633-3647(1997)],而I、II和吸氢过程相关。梭菌属的氢酶都属于铁氢酶,三梭菌的铁氢酶已有测序结果,但是关于其附属基因、调控机制还不清楚。已经克隆到梭菌的铁氢酶基因,并在光合细菌内获得了异源表达,强化了光合菌的产氢过程。梭菌的铁氢酶基因在大肠杆菌中的表达却没有成功,可能是由于梭菌和大肠杆菌对于铁氢酶表达的附属基因系统不相同造成的[Yasuo Asada,Yoji Koike,JorgSchnackenberg,Masato Miyake,Ieaki Uemura,Jun Miyake.Biochimica etBiophysica Acta 1490,269-278(2000)]。最近,Mishra J.等通过铁氢酶保守序列设计的方法从E.cloacae IIT-BT08中克隆出450bp左右的铁氢酶,并在不产氢的大肠杆菌中异源表达,验证了其功能,结果显示这个氢酶位于细胞质内[Mishra,J.,Kumar,N.,Ghosh,A.K.and Das,D.International Journal of Hydrogen Energy27,1475-1479(2002)],[Mishra,J.,Khurana,S.,Kumar,N.,Ghosh,A.K.andDas,D.Biochemical and Biophysical Research Communications 324,679-685(2004)]。产气肠杆菌E.aerogenes的前期研究表明,在其细胞膜上,氢酶与细胞内产生的NADH作用生成氢气[Nakashimada,Y.,Rachman,M.A.,Kakizono,T.andNishio,N.International Journal of Hydrogen Energy 27,1399-1405(2002)]。因此研究该菌属的氢酶特性、基因及其功能解析,对于实现提高产气肠杆菌产氢得率的技术突破具有重要意义。

对大肠杆菌产氢过程的研究表明,大肠杆菌可直接利用甲酸,也可以在同化糖类物质代谢过程中产生的甲酸为底物,在甲酸裂解酶系的作用下,分解甲酸生成CO2和H2。[Akihito Yoshida,Taku Nishimura,Hideo Kawaguchi,1 Masayuki Inui,andHideaki Yukawa*.Appl Environ Microbiol.71:6762-6768(2005)]。甲酸产氢途径是产氢速度最快的途径。

产气肠杆菌是兼性厌氧菌,生长速度快,在厌氧条件下可以产生氢气,且具有利用底物范围广,生长适应性强等优点,是具有优良工业性状的菌株。已有许多关于产气肠杆菌产氢的报道,但多是在工艺及培养方面[E.Palazzi,B.Fabiano,P.Perego.Bioproeess Eng.22:205-213(2000).],有关产氢相关的基因还没有任何报道。研究表明,产气肠杆菌具有和大肠杆菌相似的利用甲酸产氢的能力[Tatsuo,K.,Shigeharu,T.Mar Biotechnol.7:112-118(2005).],而且其具有吸氢过程,即有吸氢酶的存在[Y.L Ren.,X.H.Xing.,C.Zhang.,and Z.X.Gou.Biotechnol Lett.27(14):1029-1033(2005).]。代谢分析表明,在以葡萄糖为底物进行发酵制氢时,其代谢终产物中,乳酸的浓度接近70%,这也是引起发酵过程中培养基pH下降过快,从而抑制菌体生长及降低了发酵时对底物更有效利用的主要原因。

发明内容

本发明的目的是提供一种产氢相关蛋白及其编码基因与应用。

本发明提供的产氢相关蛋白,名称为LdhD,来源于产气肠杆菌E.aerogenesIAM1183,是如下(a)或(b)的蛋白质:

(a)由序列表中序列1所示的氨基酸序列组成的蛋白质;

(b)将序列1的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且与产氢相关的由序列1衍生的蛋白质。

为了使(a)中的蛋白便于纯化,可在由序列表中序列1所示的氨基酸序列组成的蛋白质的氨基末端或羧基末端连接上如表1所示的标签。

表1标签的序列

  标签  残基  序列  Poly-Arg  5-6(通常为5个)  RRRRR  Poly-His  2-10(通常为6个)  HHHHHH  FLAG  8  DYKDDDDK  Strep-tag II  8  WSHPQFEK  c-myc  10  EQKLISEEDL

上述(b)中的蛋白可人工合成,也可先合成其编码基因,再进行生物表达得到。上述(b)中的蛋白的编码基因可通过将序列表中序列2所示的DNA序列中缺失一个或几个氨基酸残基的密码子,和/或进行一个或几个碱基对的错义突变,和/或在其5′端和/或3′端连上表1所示的标签的编码序列得到。

所述蛋白的编码基因(ldhd)也属于本发明的保护范围。

所述蛋白的编码基因具体可为如下1)或2)或3)的DNA分子:

1)其编码序列是序列表中序列2所示的DNA分子;

2)在严格条件下与1)限定的DNA序列杂交且编码所述蛋白的DNA分子;

3)与1)或2)限定的DNA序列具有90%以上同源性,且编码相同功能蛋白质的DNA分子。

上述严格条件可为在6×SSC,0.5%SDS的溶液中,在65℃下杂交,然后用2×SSC,0.1%SDS和1×SSC,0.1%SDS各洗膜一次。

含有所述蛋白的编码基因的表达盒、重组表达载体、转基因细胞系或重组菌均属于本发明的保护范围。

本发明还保护一株产氢工程菌,是灭活E.aerogenes IAM1183中所述ldhd基因得到的。

所述灭活是通过同源重组实现的,具体是通过双亲本亲和的单交换实现的。

所述同源重组具体可将自杀性载体pGP704-ldhd导入E.aerogenes IAM1183实现;所述自杀性载体pGP704-ldhd是在pGP704的多克隆位点插入序列表中序列2自5′末端第363至898位脱氧核糖核苷酸得到的重组载体。

本发明还保护自杀性载体pGP704-ldhd,是在pGP704的多克隆位点插入序列表中序列2自5′末端第363至898位脱氧核糖核苷酸得到的重组载体。

含有所述自杀性载体pGP704-ldhd的转基因细胞系或重组菌均属于本发明的保护范围。

所述的工程菌可应用于生物制氢。

本发明以具有高效产氢潜力的产气肠杆菌(E.aerogenes)为出发菌株,通过对产气肠杆菌(E.aerogenes)中的ldhd基因进行灭活,获得了一株产氢能力提高、利用葡萄糖能力强的工程菌,可应用于生物制氢,对利用产气肠杆菌制氢,具有巨大的指导意义。

本发明获得的工程菌具有以下优点:

1)出发菌株E.aerogenes IAM1183是兼性厌氧菌,在好氧、厌氧条件下均能快速生长,对环境适应性强;利用其进行生物制氢具有利用底物范围广、利用底物能力强和产氢较高的优点,是具有潜在应用于工业化生物制氢的优良菌株。

2)本发明获得的工程菌,除了具有原始菌1)的优点外,还具有底物利用能力更强,产氢能力进一步提高的特点。

以下的实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。

附图说明

图1为ldhd基因的PCR电泳图

图2为自杀载体pGP704-ldhd的PCR鉴定图

图3为工程菌E.aerogenes IAM1183-Δldhd的单抗和双抗筛选图

图4为工程菌E.aerogenes IAM1183-Δldhd的PCR鉴定图

图5为工程菌E.aerogenes IAM1183-Δldhd的生长曲线

图6为工程菌E.aerogenes IAM1183-Δldhd生长过程中的pH变化曲线

图7为工程菌E.aerogenes IAM1183-Δldhd的产氢情况

具体实施方式

下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。

本发明中所用到的引物如下:

Ldh-fw:ATGAAAATCGCSGTTTATAG;

Ldh-rw:TTAGACGATGGCGTTCGGAC;

Ldh-E-fw:cgGAATTCCCGCGCTTACCAGCGTACC;

Ldh-E-rw:cgGAATTCGTCAGGAAAGCCTGATGCCC;

Primer-Pgp-1-fw:CATGCGCTCCATCAAGAAGA;

Primer-Pgp-2-rw:GTGGGTCTCGCGGTATCATT。

以下实施例中所涉及的培养基配方及用途如下:

(1)LB培养基(L-1):蛋白胨10g、酵母浸粉5g、NaCl 10g、琼脂粉15g(固体培养基时添加);用于菌种短期保藏和活化培养。

(2)葡萄糖培养基(L-1):葡萄糖15g、蛋白胨5g、K2HPO4·3H2O 14g、KH2PO4 6g、(NH4)2SO4 2g、MgSO4·7H2O 0.2g;用于发酵制氢。

实施例1、产气肠杆菌ldhd基因的获得

根据已经发表的D-乳酸脱氢酶(D-lactate dehydrogenase)基因序列,设计一对兼并引物Ldh-fw和Ldh-rw。以产气肠杆菌(E.aerogenes IAM1183)(购自日本东京大学应用微生物研究所(IAM)菌种库)的基因组DNA为模板进行PCR扩增。

对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳检测,电泳图见图1。图1中,1:PCR产物;2:Marker。

结果表明,得到了分子量约为900bp的条带。将该PCR产物4℃保存,送上海Invitrogen Corporation测序,测序结果表明,扩增到的核苷酸序列见序列表的序列2,编码氨基酸序列是序列表的序列1的蛋白质。

经网上比对,序列2和Klebsiella pneumoniae subsp的D-lactatedehydrogenase基因具有84%的最高同源性,序列1和Klebsiella oxytoca和Klebsiella pneumoniae subsp的D-lactate dehydrogenase蛋白具有最高同源性。将核苷酸序列如序列2所示的DNA命名为ldhd基因,将氨基酸序列如序列1所示的蛋白质命名为LdhD蛋白。

实施例2、产气肠杆菌E.aerogenes IAM1183-Δldhd的获得

一、自杀载体pGP704-ldhd的构建

设计一对带有EcoR I酶切位点的引物Ldh-E-fw、Ldh-E-rw。以产气肠杆菌(E.aerogenes IAM1183)的基因组DNA为模板进行PCR扩增,得到540多bp的片段。EcoRI酶切PCR产物,与EcoR I酶切的pGP704[Kolter,R.Inuzuka,M.and Helinski,D.(1978).Cell 15:1199-1208,Miller,V.and Mekalanos,J.(1988).J.Bact.170:2575-2583]连接。连接产物转化E.coli DH5α(大连宝生物公司),在LB氯霉素(24mg/mL)抗性平板筛选,挑取正确的转化子,提取质粒进行PCR鉴定,具体如下:

根据pGP704上的序列设计一对引物Primer-Pgp-1-fw和Primer-Pgp-2-rw。用引物Ldh-E-fw和Primer-Pgp-2-rw对重组质粒进行PCR鉴定,见图2的泳道1。同样,用引物Primer-Pgp-1-fw和Ldh-E-rw对重组质粒进行PCR鉴定,见图2的泳道2。图2中,泳道3为pGP704质粒,泳道4为Marker。结果表明,得到了预期的重组质粒,将其命名为pGP704-ldhd自杀载体。

二、产气肠杆菌E.aerogenes IAM1183-Δldhd的获得

1、将pGP704-ldhD自杀载体,通过电转化的方式,导入原始菌E.aerogenesIAM1183。

2、将转化后的E.aerogenes IAM1183,37℃复壮45分钟,涂布在含有氯霉素(24mg/mL)的LB固体平板上进行筛选。

3、挑取在含有氯霉素抗性平板上生长的菌落,转接到含有氨苄青霉素(100mg/mL)和氯霉素(24mg/mL)的双抗性LB平板上,培养12h。将在双抗性平板上生长的菌落,挑取到新的双抗性LB平板。

单抗筛选和双抗筛选的结果见图3。图3中,左图为双抗筛选的结果,右图为单抗筛选的结果。观察发现2#菌和5#菌的生长良好。

提取2#菌和5#的基因组DNA,分别用引物Ldh-E-fw和Primer-Pgp-2-rw(A);Primer-Pgp-2-fw和Ldh-E-rw(B);Ldh-E-fw和Ldh-E-rw(C)作为引物对2#和5#的DNA进行PCR进行鉴定,结果如图4所示。图4中,1:2#转化子用引物A进行PCR的产物;2:2#转化子用引物B进行PCR的产物;3:2#转化子用引物C进行PCR的产物;4:5#转化子用引物A进行PCR的产物;5:5#转化子用引物B进行PCR的产物;6:5#转化子用引物C进行PCR的产物。

结果表明:2#转化子与预期的结果相一致,是正确的转化子;5#转化子没有得到预期的特征带,为假阳性菌体。将2#菌命名为工程菌E.aerogenes IAM1183-Δldhd。

实施例3、工程菌的生长特性、产氢性能及代谢流

一、摇瓶培养条件下工程菌的生长特性、产氢性能及代谢流

分别将工程菌E.aerogenes IAM1183-Δldhd和野生菌E.aerogenes IAM1183进行摇瓶培养,检测它们的生长特性、产氢性能和代谢流,具体步骤如下:

在70mL血清瓶中装20mL葡萄糖培养基,将活化后的工程菌接入培养基,进行摇瓶培养;同时将活化后的野生菌进行同样条件的摇瓶培养,作为对照。

(1)种子培养:将活化的工程菌(或野生菌)接种至含5ml LB培养基的15ml离心管,37℃、170rpm、空气浴培养过夜,得到种子菌。

(2)厌氧摇瓶培养:将种子菌接种至含20ml葡萄糖培养基的70ml血清瓶(预先用氮气置换培养瓶顶部及培养基中的空气),接种量为2.5%(v/v)。37℃、170rpm、空气浴培养24小时。

利用分光光度计(UV-1206,SHIMADZU公司(日本))测定菌体的生长情况;利用pH计(CHN060(828),ORION公司(美国))测定pH的变化情况。培养16小时后对代谢产物进行检测。将发酵物离心取上清后,过滤。利用高压液相色谱测定代谢物的产量和组成。高压液相气谱为(HPLC-10A,SHIMADZU公司(日本)。试验设三次重复,所有结果均为三次重复的平均值,用平均值±标准差表示。

工程菌和野生菌的OD600的变化见图5,工程菌和野生菌的培养液的pH变化见图6。工程菌和野生菌的产氢情况变化见图7;工程菌的代谢流分析结果见表2。

表2E.aerogenes IAM1183-Δldhd工程菌的代谢流分析(n=3)

结果表明:1)工程菌的OD600明显提高。2)工程菌的pH值下降速度小于野生菌,且在pH=5.5时,不再下降。3)工程菌葡萄糖的利用率达到100%,高于野生菌的利用率57.7%,说明Δldhd的灭活能有效增加产氢代谢途径的通量,从而提高细胞产氢得率。3)工程菌乳酸的生成量远小于野生菌。5)工程菌的2,3-丁二醇、琥珀酸和乙醇的得率均比野生菌有所增加,而上述物质都是依赖胞内NADH而产生的代谢产物,显示出胞内可利用的还原力的增加,而这是有利于产氢的一个重要条件。6)工程菌的乙酸和乙醇产量之和比野生型菌株有一定幅度的提高,表明甲酸产氢途径在产氢过程中被强化,达到了预期的产氢的效果。

二、罐发酵

为了检测工程菌E.aerogenes IAM1183-Δldhd的产氢能力和底物利用能力及代谢流向,进行如下操作:

将活化好的E.aerogenes IAM1183-Δldhd工程菌,接种到30mL的LB培养基中,过夜培养,得到种子液。将60mL种子液接种到含有3L葡萄糖培养基的5L发酵罐中,37℃进行厌氧发酵。检测生产的氢气量和代谢产物,方法同步骤一。野生菌的操作同上,作为对照。结果见表3。

表3 E.aerogenes IAM1183-Δldhd工程菌的产氢量及代谢流分析

结果表明:1)工程菌氢气的产量是野生菌的1.9倍。2)工程菌的生长情况好于原始菌,终OD600是原始菌的1.5倍。3)工程菌pH下降速度远小于野生菌,且当下降到5.5时,则不再下降,随着培养时间的延长,pH值略有回升,说明产生的有机酸被部分消耗。4)工程菌葡萄糖的利用率可达98.9%,远大于野生菌的85.8%。5)工程菌乳酸的生成量远远小于野生菌。6)工程菌琥珀酸、甲酸、乙酸、2,3-丁二醇、乙醇的产量大于野生菌。

试验表明,对靶基因的灭活会引起胞内相应酶活性的变化,进而改变代谢通量,增加目标产物的产量。工程菌株E.aerogenes IAM1183-Δldhd的发酵制取氢气的生物性状远远好于野生菌,是极具潜力制氢菌种。

序列表

<110>清华大学

<120>一种产氢相关蛋白及其编码基因与应用

<130>CGGNARY81498

<160>2

<210>1

<211>329

<212>PRT

<213>产气肠杆菌(E.aerogenes)

<400>1

Met Lys Ile Ala Val Tyr Ser Thr Lys Gln Tyr Asp Lys Lys Tyr Leu

1               5                   10                  15

Gln His Val Asn Asp Thr Tyr Gly Phe Glu Leu Glu Phe Phe Asp Phe

            20                  25                  30

Leu Leu Thr Glu Lys Thr Ala Lys Thr Ala Asn Gly Cys Glu Ala Val

        35                  40                  45

Cys Ile Phe Val Asn Asp Asp Gly Ser Arg Pro Val Leu Glu Glu Leu

    50                  55                  60

Lys Ala Tyr Gly Val Lys Tyr Ile Ala Leu Arg Cys Ala Gly Phe Asn

65                  70                  75                  80

Asn Val Asp Leu Asp Ala Ala Lys Glu Leu Gly Leu Arg Val Val Arg

                85                  90                  95

Val Pro Ala Tyr Ser Pro Glu Ala Val Ala Glu His Ala Val Gly Met

            100                 105                 110

Met Met Ser Leu Asn Arg Arg Ile His Arg Ala Tyr Gln Arg Thr Arg

        115                 120                 125

Asp Ala Asn Phe Ser Leu Glu Gly Leu Thr Gly Phe Thr Met His Gly

    130                 135                 140

Lys Thr Ala Gly Val Ile Gly Thr Gly Lys Ile Gly Val Ala Thr Leu

145                 150                 155                 160

Arg Ile Leu Lys Gly Phe Gly Met Arg Leu Leu Ala Phe Asp Pro Tyr

                165                 170                 175

Pro Ser Ala Ala Ala Leu Asp Leu Gly Val Glu Tyr Val Asp Leu Pro

            180                 185                 190

Thr Leu Tyr Ala Gln Ser Asp Val Ile Ser Leu His Cys Pro Leu Thr

        195                 200                 205

Glu Glu Asn Tyr His Leu Leu Asn His Ala Ala Phe Glu Gln Met Lys

    210                 215                 220

Asp Gly Val Met Val Ile Asn Thr Ser Arg Gly Ala Leu Ile Asp Ser

225                 230                 235                 240

Gln Ala Ala Ile Asp Ala Leu Lys His Gln Lys Ile Gly Ala Leu Gly

                245                 250                 255

Met Asp Val Tyr Glu Asn Glu Arg Asp Leu Phe Phe Glu Asp Lys Ser

            260                 265                 270

Asn Asp Val Ile Gln Asp Asp Val Phe Arg Arg Leu Ser Ala Cys His

        275                 280                 285

Asn Val Leu Phe Thr Gly His Gln Ala Phe Leu Thr Ala Glu Ala Leu

    290                 295                 300

Ile Ser Ile Ser Gln Thr Thr Leu Asp Asn Leu Arg Gln Val Asp Ala

305                 310                 315                 320

Gly Glu Thr Cys Pro Asn Ala Ile Val

                325

<210>2

<211>990

<212>DNA

<213>产气肠杆菌(E.aerogenes)

<400>2

atgaaaatcg ccgtttatag tacgaagcag tacgataaaa agtaccttca gcatgttaat     60

gatacatatg gctttgaact cgaatttttc gacttcctgt taaccgaaaa aaccgcgaaa    120

acggccaacg gctgtgaagc cgtgtgcata tttgtcaacg atgacggcag ccgtccggtg    180

ctggaagagc tgaaagcata cggggtgaag tacatcgccc tgcgctgcgc cgggtttaac    240

aacgtcgatc tggatgcggc aaaagagctg ggtctgcgcg ttgtccgcgt tcccgcctat    300

tcgccggaag ccgtggctga acatgccgtc ggcatgatga tgtcgttgaa ccgccgcatc    360

caccgcgctt accagcgtac ccgcgatgct aacttctcgc tggaaggctt aaccggcttt    420

accatgcacg gtaaaaccgc cggggtgatc gggaccggca aaatcggcgt cgccacgctg    480

cgtattctga aagggtttgg catgcgcctg ctggcgttcg atccctatcc aagcgccgca    540

gcgctggatc tcggcgtcga gtatgttgat ttgccgacgc tgtatgcaca gtccgatgtg    600

atctccctgc actgtccgct gacggaagag aactaccatc tgctgaatca tgcggcgttt    660

gagcaaatga aagacggcgt gatggtgatc aacaccagcc gcggggcgct gattgattct    720

caggcggcga tcgatgcgct gaaacaccag aaaatcgggg cgctgggcat ggacgtgtat    780

gagaacgaac gcgacctgtt cttcgaagat aagtccaatg acgtgattca ggatgacgtc    840

ttccgtcgcc tgtctgcctg tcataacgtg ttgttcaccg ggcatcaggc tttcctgacc    900

gccgaagcgc tgatcagcat ttcacaaacg accctggata acctgcgcca ggtcgatgct    960

ggcgaaacct gtccgaacgc catcgtctaa                                     990

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1、(10)授权公告号 CN 101633691 B (45)授权公告日 2011.09.14 CN 101633691 B *CN101633691B* (21)申请号 200810116975.5 (22)申请日 2008.07.22 C07K 14/195(2006.01) C12N 15/31(2006.01) C12N 15/63(2006.01) C12N 5/10(2006.01) C12N 1/15(2006.01) C12N 1/19(2006.01) C12N 1/21(2006.01) C12P 3/00(2006.01) C12R 1/01(2006.01) (73)专利权。

2、人 清华大学 地址 100084 北京市海淀区清华园 1 号清 华大学化工系生物化工研究所工物馆 450 房间 (72)发明人 邢新会 赵洪新 卢元 张翀 马堃 蒋培霞 苏涛 杨程 王立言 (74)专利代理机构 北京纪凯知识产权代理有限 公司 11245 代理人 关畅 任凤华 CN 1856577 A,2006.11.01, CN 1795270 A,2006.06.28, US 2007202585 A1,2007.08.30, 林海龙 . 高效产氢菌 B49 菌株 adh 和 L-ldh 基因克隆及序列分析 . 微生物学通报 .2008, 第 35 卷 ( 第 5 期 ), 第 788-7。

3、97 页 . (54) 发明名称 一种产氢相关蛋白及其编码基因与应用 (57) 摘要 本发明公开了一种产氢相关蛋白及其编码基 因与应用。本发明公开的蛋白, 是 (a) 或 (b) 的 蛋白质 : (a) 由序列表中序列 1 所示的氨基酸序 列组成的蛋白质 ; (b) 将序列 1 的氨基酸序列经 过一个或几个氨基酸残基的取代和 / 或缺失和 / 或添加且与产氢相关的由序列 1 衍生的蛋白质。 将本发明提供的产氢相关蛋白命名为 LdhD, 灭 活 E.aerogenes IAM1183 中所述蛋白的编码基因 1dhd 得到了一株工程菌。本发明获得的工程菌对 环境适应性强、 底物范围广、 利用底物能。

4、力强、 产 氢效率高, 可应用于生物制氢, 对利用产气肠杆菌 制氢具有巨大的指导意义。 (51)Int.Cl. (56)对比文件 审查员 曹扣 (19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利 权利要求书 1 页 说明书 10 页 附图 4 页 CN 101633691 B1/1 页 2 1. 一种蛋白, 是由序列表中序列 1 所示的氨基酸序列组成的蛋白质。 2. 权利要求 1 所述蛋白的编码基因。 3. 根据权利要求 2 所述的基因, 其特征在于 : 所述蛋白的编码基因序列是序列表中序 列 2 所示的 DNA 分子。 4. 含有权利要求 2 或 3 所述基因的表达盒。 5. 含有权利要。

5、求 2 或 3 所述基因的重组表达载体。 6. 含有权利要求 2 或 3 所述基因的转基因细胞系。 7. 含有权利要求 2 或 3 所述基因的重组菌。 8. 一株产氢工程菌, 是灭活 E.aerogenes IAM1183 中权利要求 2 所述基因得到的工程 菌。 9. 如权利要求 8 所述的工程菌, 其特征在于 : 所述灭活是通过同源重组实现的。 10. 如权利要求 9 所述的工程菌, 其特征在于 : 所述同源重组是将自杀性载体 pGP704-ldhd 导入 E.aerogenes IAM1183 实现的 ; 所述自杀性载体 pGP704-ldhd 是在 pGP704 的多克隆位点插入序列表。

6、中序列 2 自 5末端第 363 至 898 位脱氧核糖核苷酸得到 的重组载体。 11.自杀性载体pGP704-ldhd, 是在pGP704的多克隆位点插入序列表中序列2自5末 端第 363 至 898 位脱氧核糖核苷酸得到的重组载体。 12. 含有权利要求 11 所述自杀性载体的转基因细胞系。 13. 含有权利要求 11 所述自杀性载体的重组菌。 14. 权利要求 8 至 10 中任一所述工程菌在产氢中的应用。 权 利 要 求 书 CN 101633691 B1/10 页 3 一种产氢相关蛋白及其编码基因与应用 技术领域 0001 本发明涉及一种产氢相关蛋白及其编码基因与应用。 背景技术 0。

7、002 十八世纪世界工业革命以来建立的化石能源体系如今正面临着两大挑战 : 1) 化 石能源储量日益减小, 面临着枯竭的危险 ; 2) 化石燃料的燃烧产生了大量污染物质, 特别 是 CO2等温室气体的排放引起的温室效应, 给人类赖以生存的环境带来巨大的威胁。因此, 开发可持续发展的可再生清洁能源, 逐步替代化石能源是关系国家能源安全、 环境安全及 社会稳定和平发展的重要战略课题。 0003 氢能作为极具潜力的未来替代清洁能源之一, 是高效的能源载体, 具有能量密度 高、 清洁、 可再生、 燃烧产物为水和无污染等特点, 是十分理想的可再生能源。目前, 氢气主 要来自化石燃料的重整转化(占氢气来源。

8、的96)和电解水制氢(占4), 未能摆脱对原 有的化石能源的依赖。 因此, 如何利用可再生资源持续地获取氢气受到人们的广泛的关注。 生物制氢是解决这一问题的重要途径之一。 生物制氢具有常温常压反应、 条件温和、 对环境 友好、 可利用废弃生物物质为底物等优点, 可以和环境污染治理、 减少污染排放相联系, 是 十分理想的制氢方法。 0004 现代生物制氢的研究始于20世纪70年代的能源危机, 90年代以来, 随着人们对温 室效应的进一步认识, 生物制氢作为可持续发展的制氢方法更加引起了人们的广泛重视。 生物制氢技术包括光驱动过程和厌氧发酵两种路线。 前者利用光合细菌或藻类直接将太阳 能转化为氢气。

9、, 是一个非常理想的过程, 但是由于光利用效率很低, 光反应器设计困难等因 素, 近期内很难推向应用。后者采用的是产氢菌厌氧发酵, 它的优点是产氢速度快、 反应器 设计简单、 且能够和废弃生物的利用相结合, 相对于前者更容易在近期内实现工业应用。 0005 发酵法制氢始于六十年代中期, 九十年代受到重视, 但进展并不大。 九十年代末到 本世纪初, 人们意识到发酵制氢更容易在近期内实现产业化, 大大增加了暗发酵制氢方面 的科研投入, 产生了一批有关培养工艺的基础性研究结果。近年来与废弃生物质处理相结 合的制氢过程的研究大为增加, 其中一些达到了中试水平, 但主要集中在反应器类型设计、 工艺研究上。

10、, 且混合培养产氢效率低于纯培养, 总的转化率都不高, 这也正是发酵制氢的瓶 颈所在。解决发酵制氢瓶颈的关键, 是实现技术突破, 提高氢气得率。研究表明, 仅从工艺 的角度, 无法从根本上突破产氢效率低的问题, 必须注重高效产氢菌种的研究与开发。 0006 多年以来, 暗发酵制氢中应用的产氢菌种主要包括肠杆菌属 (Enterobacter)、 梭菌属 (Clostridium)、 埃希氏菌属 (Escherichia) 和芽孢杆菌属 (Bacillus), 其中尤 以肠杆菌属和梭菌属的相关研究最多。梭菌属产氢率最高可达到 2.36mol/mol 葡萄 糖, 产气肠杆菌属产氢率最高可达 3mol。

11、/mol 葡萄糖 ( 即 6mol/mol 蔗糖 )Kumar, N.and Das, D.Bioprocess Engineering 23, 205-208(2000), Kumar, N.andDas, D.Process Biochemistry 35, 589-593(2000)。以梭菌 (Clostridium sp) 为代表的专性厌氧菌发酵 产氢的机理为 : 葡萄糖酵解后生成丙酮酸, 在形成醋酸过程中, 一部分电子通过铁氧还蛋白 说 明 书 CN 101633691 B2/10 页 4 在氢酶作用下形成氢气。一摩尔的葡萄糖可形成 4 摩尔氢气和 2 分子醋酸。因此, 专性厌 氧菌。

12、发酵产氢的同时, 必然伴随醋酸等有机酸的形成。兼性厌氧产氢菌 E.aerogenes 通过 糖解途径和三羧酸循环 (TCA) 途径产生 NADH 和 ATP, 氢酶通过 NADH 将质子转换为氢气, 产氢理论转换率为 1 摩尔葡萄糖形成 12mol 氢气, 远远大于专性厌氧菌的氢得率。因此, E.aerogenes 是开发高效发酵制氢工艺的重要菌种。 0007 随着生物技术的飞速发展, 单纯的菌种筛选和培养工艺的优化已不能满足提 高产氢效率的需求。发酵制氢的研究需要进入细胞内部, 通过对氢酶及其代谢网络 的改造来强化产氢过程。目前在基因库上已经可以获得超过 100 种氢酶的基因序列 Paule。

13、tte M.Vignais, Bernard Billoud, Jacques Meyer.FEMS MicrobiologyReviews 25, 455-501(2001), 但仍有大量已知产氢菌株的氢酶基因尚未被克隆, 寻找更多的氢酶基 因是生物制氢研究的重要方向 Kalia, V.C., Lal, S., Ghai, R., Mandal, M.and Chauhan, A.Trends in Biotechnology 21, 152-156(2003)。 不同的氢酶具有不同的功能, 和其它酶 系相比, 人们对氢酶的认识还十分有限。 0008 目前, 研究的比较清楚的是大肠杆菌的氢酶。

14、 I、 II、 III 和 IV 的基因, 它们都属 于 Ni-Fe 氢酶, 其中氢酶 III 和 IV 和产氢有关 Andrews, S.C., Berks, B.C., Mcclay, J., Ambler, A., Quail, M.A., Golby, P.and Guest, J.R.Microbiology143, 3633-3647(1997), 而 I、 II 和吸氢过程相关。梭菌属的氢酶都属于铁氢酶, 三梭菌的铁氢酶已有测序结果, 但是关于其附属基因、 调控机制还不清楚。已经克隆到梭菌的铁氢酶基因, 并在光合细 菌内获得了异源表达, 强化了光合菌的产氢过程。梭菌的铁氢酶基因在。

15、大肠杆菌中的表 达却没有成功, 可能是由于梭菌和大肠杆菌对于铁氢酶表达的附属基因系统不相同造成 的 Yasuo Asada, Yoji Koike, JorgSchnackenberg, Masato Miyake, Ieaki Uemura, Jun Miyake.Biochimica etBiophysica Acta 1490, 269-278(2000)。 最 近, Mishra J. 等 通过铁氢酶保守序列设计的方法从 E.cloacae IIT-BT08 中克隆出 450bp 左右的铁氢 酶, 并在不产氢的大肠杆菌中异源表达, 验证了其功能, 结果显示这个氢酶位于细胞质内 Mish。

16、ra, J., Kumar, N., Ghosh, A.K.and Das, D.International Journal of Hydrogen Energy27, 1475-1479(2002), Mishra, J., Khurana, S., Kumar, N., Ghosh, A.K.andDas, D.Biochemical and Biophysical Research Communications 324, 679-685(2004)。 产气 肠杆菌 E.aerogenes 的前期研究表明, 在其细胞膜上, 氢酶与细胞内产生的 NADH 作用生成 氢气 Nakashimad。

17、a, Y., Rachman, M.A., Kakizono, T.andNishio, N.International Journal of Hydrogen Energy 27, 1399-1405(2002)。因此研究该菌属的氢酶特性、 基因及其功能 解析, 对于实现提高产气肠杆菌产氢得率的技术突破具有重要意义。 0009 对大肠杆菌产氢过程的研究表明, 大肠杆菌可直接利用甲酸, 也可以在同化糖类 物质代谢过程中产生的甲酸为底物, 在甲酸裂解酶系的作用下, 分解甲酸生成 CO2和 H2。 Akihito Yoshida, Taku Nishimura, Hideo Kawaguchi, 。

18、1 Masayuki Inui, andHideaki Yukawa*.Appl Environ Microbiol.71 : 6762-6768(2005)。 甲酸产氢途径是产氢速度最快 的途径。 0010 产气肠杆菌是兼性厌氧菌, 生长速度快, 在厌氧条件下可以产生氢气, 且具有利用 底物范围广, 生长适应性强等优点, 是具有优良工业性状的菌株。已有许多关于产气肠杆 菌产氢的报道, 但多是在工艺及培养方面 E.Palazzi, B.Fabiano, P.Perego.Bioproeess 说 明 书 CN 101633691 B3/10 页 5 Eng.22 : 205-213(2000)。

19、., 有关产氢相关的基因还没有任何报道。 研究表明, 产气肠杆菌具 有和大肠杆菌相似的利用甲酸产氢的能力 Tatsuo, K., Shigeharu, T.Mar Biotechnol.7 : 112-118(2005)., 而且其具有吸氢过程, 即有吸氢酶的存在 Y.L Ren., X.H.Xing., C.Zhang., and Z.X.Gou.Biotechnol Lett.27(14) : 1029-1033(2005).。 代谢分析表明, 在 以葡萄糖为底物进行发酵制氢时, 其代谢终产物中, 乳酸的浓度接近 70, 这也是引起发酵 过程中培养基 pH 下降过快, 从而抑制菌体生长及降。

20、低了发酵时对底物更有效利用的主要 原因。 发明内容 0011 本发明的目的是提供一种产氢相关蛋白及其编码基因与应用。 0012 本 发 明 提 供 的 产 氢 相 关 蛋 白,名 称 为 LdhD,来 源 于 产 气 肠 杆 菌 E.aerogenesIAM1183, 是如下 (a) 或 (b) 的蛋白质 : 0013 (a) 由序列表中序列 1 所示的氨基酸序列组成的蛋白质 ; 0014 (b) 将序列 1 的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和 / 或缺失和 / 或 添加且与产氢相关的由序列 1 衍生的蛋白质。 0015 为了使 (a) 中的蛋白便于纯化, 可在由序列表中序列 1 所。

21、示的氨基酸序列组成的 蛋白质的氨基末端或羧基末端连接上如表 1 所示的标签。 0016 表 1 标签的序列 0017 标签 残基 序列 Poly-Arg 5-6( 通常为 5 个 ) RRRRR Poly-His 2-10( 通常为 6 个 ) HHHHHH FLAG 8 DYKDDDDK Strep-tag II 8 WSHPQFEK c-myc 10 EQKLISEEDL 0018 上述 (b) 中的蛋白可人工合成, 也可先合成其编码基因, 再进行生物表达得到。上 述 (b) 中的蛋白的编码基因可通过将序列表中序列 2 所示的 DNA 序列中缺失一个或几个氨 基酸残基的密码子, 和/或进行。

22、一个或几个碱基对的错义突变, 和/或在其5端和/或3 端连上表 1 所示的标签的编码序列得到。 0019 所述蛋白的编码基因 (ldhd) 也属于本发明的保护范围。 0020 所述蛋白的编码基因具体可为如下 1) 或 2) 或 3) 的 DNA 分子 : 0021 1) 其编码序列是序列表中序列 2 所示的 DNA 分子 ; 0022 2) 在严格条件下与 1) 限定的 DNA 序列杂交且编码所述蛋白的 DNA 分子 ; 0023 3) 与 1) 或 2) 限定的 DNA 序列具有 90以上同源性, 且编码相同功能蛋白质的 DNA 分子。 说 明 书 CN 101633691 B4/10 页 。

23、6 0024 上述严格条件可为在6SSC, 0.5SDS的溶液中, 在65下杂交, 然后用2SSC, 0.1 SDS 和 1SSC, 0.1 SDS 各洗膜一次。 0025 含有所述蛋白的编码基因的表达盒、 重组表达载体、 转基因细胞系或重组菌均属 于本发明的保护范围。 0026 本发明还保护一株产氢工程菌, 是灭活E.aerogenes IAM1183中所述ldhd基因得 到的。 0027 所述灭活是通过同源重组实现的, 具体是通过双亲本亲和的单交换实现的。 0028 所述同源重组具体可将自杀性载体 pGP704-ldhd 导入 E.aerogenes IAM1183 实 现 ; 所述自杀性。

24、载体 pGP704-ldhd 是在 pGP704 的多克隆位点插入序列表中序列 2 自 5末 端第 363 至 898 位脱氧核糖核苷酸得到的重组载体。 0029 本发明还保护自杀性载体 pGP704-ldhd, 是在 pGP704 的多克隆位点插入序列表中 序列 2 自 5末端第 363 至 898 位脱氧核糖核苷酸得到的重组载体。 0030 含有所述自杀性载体 pGP704-ldhd 的转基因细胞系或重组菌均属于本发明的保 护范围。 0031 所述的工程菌可应用于生物制氢。 0032 本发明以具有高效产氢潜力的产气肠杆菌 (E.aerogenes) 为出发菌株, 通过对产 气肠杆菌 (E.。

25、aerogenes) 中的 ldhd 基因进行灭活, 获得了一株产氢能力提高、 利用葡萄糖 能力强的工程菌, 可应用于生物制氢, 对利用产气肠杆菌制氢, 具有巨大的指导意义。 0033 本发明获得的工程菌具有以下优点 : 0034 1) 出发菌株 E.aerogenes IAM1183 是兼性厌氧菌, 在好氧、 厌氧条件下均能快速 生长, 对环境适应性强 ; 利用其进行生物制氢具有利用底物范围广、 利用底物能力强和产氢 较高的优点, 是具有潜在应用于工业化生物制氢的优良菌株。 0035 2) 本发明获得的工程菌, 除了具有原始菌 1) 的优点外, 还具有底物利用能力更 强, 产氢能力进一步提高。

26、的特点。 0036 以下的实施例便于更好地理解本发明, 但并不限定本发明。 附图说明 0037 图 1 为 ldhd 基因的 PCR 电泳图 0038 图 2 为自杀载体 pGP704-ldhd 的 PCR 鉴定图 0039 图 3 为工程菌 E.aerogenes IAM1183-ldhd 的单抗和双抗筛选图 0040 图 4 为工程菌 E.aerogenes IAM1183-ldhd 的 PCR 鉴定图 0041 图 5 为工程菌 E.aerogenes IAM1183-ldhd 的生长曲线 0042 图 6 为工程菌 E.aerogenes IAM1183-ldhd 生长过程中的 pH 。

27、变化曲线 0043 图 7 为工程菌 E.aerogenes IAM1183-ldhd 的产氢情况 具体实施方式 0044 下述实施例中的实验方法, 如无特殊说明, 均为常规方法。 0045 本发明中所用到的引物如下 : 0046 Ldh-fw : ATGAAAATCGCSGTTTATAG ; 说 明 书 CN 101633691 B5/10 页 7 0047 Ldh-rw : TTAGACGATGGCGTTCGGAC ; 0048 Ldh-E-fw : cgGAATTCCCGCGCTTACCAGCGTACC ; 0049 Ldh-E-rw : cgGAATTCGTCAGGAAAGCCTGAT。

28、GCCC ; 0050 Primer-Pgp-1-fw : CATGCGCTCCATCAAGAAGA ; 0051 Primer-Pgp-2-rw : GTGGGTCTCGCGGTATCATT。 0052 以下实施例中所涉及的培养基配方及用途如下 : 0053 (1)LB 培养基 (L-1) : 蛋白胨 10g、 酵母浸粉 5g、 NaCl 10g、 琼脂粉 15g( 固体培养基 时添加 ) ; 用于菌种短期保藏和活化培养。 0054 (2) 葡萄糖培养基 (L-1) : 葡萄糖 15g、 蛋白胨 5g、 K2HPO43H2O 14g、 KH2PO4 6g、 (NH4)2SO4 2g、 MgS。

29、O47H2O 0.2g ; 用于发酵制氢。 0055 实施例 1、 产气肠杆菌 ldhd 基因的获得 0056 根据已经发表的D-乳酸脱氢酶(D-lactate dehydrogenase)基因序列, 设计一对 兼并引物Ldh-fw和Ldh-rw。 以产气肠杆菌(E.aerogenes IAM1183)(购自日本东京大学应 用微生物研究所 (IAM) 菌种库 ) 的基因组 DNA 为模板进行 PCR 扩增。 0057 对 PCR 产物进行琼脂糖凝胶电泳检测, 电泳图见图 1。图 1 中, 1 : PCR 产物 ; 2 : Marker。 0058 结果表明, 得到了分子量约为 900bp 的条。

30、带。将该 PCR 产物 4保存, 送上海 Invitrogen Corporation 测序, 测序结果表明, 扩增到的核苷酸序列见序列表的序列 2, 编 码氨基酸序列是序列表的序列 1 的蛋白质。 0059 经网上比对, 序列 2 和 Klebsiella pneumoniae subsp 的 D-lactatedehydrogenase 基因具有 84的最高同源性, 序列 1 和 Klebsiella oxytoca 和 Klebsiella pneumoniae subsp 的 D-lactate dehydrogenase 蛋白具有最高同源性。将核 苷酸序列如序列 2 所示的 DNA 。

31、命名为 ldhd 基因, 将氨基酸序列如序列 1 所示的蛋白质命名 为 LdhD 蛋白。 0060 实施例 2、 产气肠杆菌 E.aerogenes IAM1183-ldhd 的获得 0061 一、 自杀载体 pGP704-ldhd 的构建 0062 设计一对带有 EcoR I 酶切位点的引物 Ldh-E-fw、 Ldh-E-rw。以产气肠杆菌 (E.aerogenes IAM1183) 的基因组 DNA 为模板进行 PCR 扩增, 得到 540 多 bp 的片段。EcoRI 酶切 PCR 产物, 与 EcoR I 酶切的 pGP704Kolter, R.Inuzuka, M.and Heli。

32、nski, D.(1978). Cell 15 : 1199-1208, Miller, V.and Mekalanos, J.(1988).J.Bact.170 : 2575-2583 连接。 连接产物转化E.coli DH5(大连宝生物公司), 在LB氯霉素(24mg/mL)抗性平板筛选, 挑 取正确的转化子, 提取质粒进行 PCR 鉴定, 具体如下 : 0063 根据 pGP704 上的序列设计一对引物 Primer-Pgp-1-fw 和 Primer-Pgp-2-rw。用 引物 Ldh-E-fw 和 Primer-Pgp-2-rw 对重组质粒进行 PCR 鉴定, 见图 2 的泳道 1。。

33、同样, 用 引物 Primer-Pgp-1-fw 和 Ldh-E-rw 对重组质粒进行 PCR 鉴定, 见图 2 的泳道 2。图 2 中, 泳道 3 为 pGP704 质粒, 泳道 4 为 Marker。结果表明, 得到了预期的重组质粒, 将其命名为 pGP704-ldhd 自杀载体。 0064 二、 产气肠杆菌 E.aerogenes IAM1183-ldhd 的获得 0065 1、将 pGP704-ldhD 自 杀 载 体,通 过 电 转 化 的 方 式,导 入 原 始 菌 说 明 书 CN 101633691 B6/10 页 8 E.aerogenesIAM1183。 0066 2、 将。

34、转化后的 E.aerogenes IAM1183, 37复壮 45 分钟, 涂布在含有氯霉素 (24mg/mL) 的 LB 固体平板上进行筛选。 0067 3、 挑取在含有氯霉素抗性平板上生长的菌落, 转接到含有氨苄青霉素 (100mg/mL) 和氯霉素(24mg/mL)的双抗性LB平板上, 培养12h。 将在双抗性平板上生长的菌落, 挑取到 新的双抗性 LB 平板。 0068 单抗筛选和双抗筛选的结果见图 3。图 3 中, 左图为双抗筛选的结果, 右图为单抗 筛选的结果。观察发现 2# 菌和 5# 菌的生长良好。 0069 提取 2# 菌和 5# 的基因组 DNA, 分别用引物 Ldh-E-。

35、fw 和 Primer-Pgp-2-rw(A) ; Primer-Pgp-2-fw和Ldh-E-rw(B) ; Ldh-E-fw和Ldh-E-rw(C)作为引物对2#和5#的DNA进 行 PCR 进行鉴定, 结果如图 4 所示。图 4 中, 1 : 2# 转化子用引物 A 进行 PCR 的产物 ; 2 : 2# 转 化子用引物 B 进行 PCR 的产物 ; 3 : 2# 转化子用引物 C 进行 PCR 的产物 ; 4 : 5# 转化子用引物 A 进行 PCR 的产物 ; 5 : 5# 转化子用引物 B 进行 PCR 的产物 ; 6 : 5# 转化子用引物 C 进行 PCR 的产物。 0070 。

36、结果表明 : 2# 转化子与预期的结果相一致, 是正确的转化子 ; 5# 转化子没有得到 预期的特征带, 为假阳性菌体。将 2# 菌命名为工程菌 E.aerogenes IAM1183-ldhd。 0071 实施例 3、 工程菌的生长特性、 产氢性能及代谢流 0072 一、 摇瓶培养条件下工程菌的生长特性、 产氢性能及代谢流 0073 分别将工程菌 E.aerogenes IAM1183-ldhd 和野生菌 E.aerogenes IAM1183 进 行摇瓶培养, 检测它们的生长特性、 产氢性能和代谢流, 具体步骤如下 : 0074 在70mL血清瓶中装20mL葡萄糖培养基, 将活化后的工程菌。

37、接入培养基, 进行摇瓶 培养 ; 同时将活化后的野生菌进行同样条件的摇瓶培养, 作为对照。 0075 (1) 种子培养 : 将活化的工程菌 ( 或野生菌 ) 接种至含 5ml LB 培养基的 15ml 离 心管, 37、 170rpm、 空气浴培养过夜, 得到种子菌。 0076 (2) 厌氧摇瓶培养 : 将种子菌接种至含 20ml 葡萄糖培养基的 70ml 血清瓶 ( 预先 用氮气置换培养瓶顶部及培养基中的空气 ), 接种量为 2.5 (v/v)。37、 170rpm、 空气浴 培养 24 小时。 0077 利用分光光度计 (UV-1206, SHIMADZU 公司 ( 日本 ) 测定菌体的生。

38、长情况 ; 利用 pH 计 (CHN060(828), ORION 公司 ( 美国 ) 测定 pH 的变化情况。培养 16 小时后对代谢产 物进行检测。将发酵物离心取上清后, 过滤。利用高压液相色谱测定代谢物的产量和组成。 高压液相气谱为 (HPLC-10A, SHIMADZU 公司 ( 日本 )。试验设三次重复, 所有结果均为三次 重复的平均值, 用平均值 标准差表示。 0078 工程菌和野生菌的OD600的变化见图5, 工程菌和野生菌的培养液的pH变化见图6。 工程菌和野生菌的产氢情况变化见图 7 ; 工程菌的代谢流分析结果见表 2。 0079 表 2E.aerogenes IAM1183。

39、-ldhd 工程菌的代谢流分析 (n 3) 0080 说 明 书 CN 101633691 B7/10 页 9 0081 结果表明 : 1) 工程菌的 OD600明显提高。2) 工程菌的 pH 值下降速度小于野生菌, 且在 pH 5.5 时, 不再下降。3) 工程菌葡萄糖的利用率达到 100, 高于野生菌的利用率 57.7, 说明 ldhd 的灭活能有效增加产氢代谢途径的通量, 从而提高细胞产氢得率。3) 工程菌乳酸的生成量远小于野生菌。 5)工程菌的2, 3-丁二醇、 琥珀酸和乙醇的得率均比野 生菌有所增加, 而上述物质都是依赖胞内 NADH 而产生的代谢产物, 显示出胞内可利用的还 原力的。

40、增加, 而这是有利于产氢的一个重要条件。6) 工程菌的乙酸和乙醇产量之和比野生 型菌株有一定幅度的提高, 表明甲酸产氢途径在产氢过程中被强化, 达到了预期的产氢的 效果。 0082 二、 罐发酵 0083 为了检测工程菌 E.aerogenes IAM1183-ldhd 的产氢能力和底物利用能力及代 谢流向, 进行如下操作 : 0084 将活化好的 E.aerogenes IAM1183-ldhd 工程菌, 接种到 30mL 的 LB 培养基中, 过夜培养, 得到种子液。将 60mL 种子液接种到含有 3L 葡萄糖培养基的 5L 发酵罐中, 37 进行厌氧发酵。检测生产的氢气量和代谢产物, 方。

41、法同步骤一。野生菌的操作同上, 作为对 照。结果见表 3。 0085 表 3 E.aerogenes IAM1183-ldhd 工程菌的产氢量及代谢流分析 0086 说 明 书 CN 101633691 B8/10 页 10 0087 结果表明 : 1) 工程菌氢气的产量是野生菌的 1.9 倍。2) 工程菌的生长情况好于 原始菌, 终 OD600是原始菌的 1.5 倍。3) 工程菌 pH 下降速度远小于野生菌, 且当下降到 5.5 时, 则不再下降, 随着培养时间的延长, pH 值略有回升, 说明产生的有机酸被部分消耗。4) 工程菌葡萄糖的利用率可达98.9, 远大于野生菌的85.8。 5)工。

42、程菌乳酸的生成量远远 小于野生菌。6) 工程菌琥珀酸、 甲酸、 乙酸、 2, 3- 丁二醇、 乙醇的产量大于野生菌。 0088 试验表明, 对靶基因的灭活会引起胞内相应酶活性的变化, 进而改变代谢通量, 增 加目标产物的产量。工程菌株 E.aerogenes IAM1183-ldhd 的发酵制取氢气的生物性状 远远好于野生菌, 是极具潜力制氢菌种。 0089 序列表 0090 清华大学 0091 一种产氢相关蛋白及其编码基因与应用 0092 CGGNARY81498 0093 2 0094 1 0095 329 0096 PRT 0097 产气肠杆菌 (E.aerogenes) 0098 1 。

43、0099 Met Lys Ile Ala Val Tyr Ser Thr Lys Gln Tyr Asp Lys Lys Tyr Leu 0100 1 5 10 15 0101 Gln His Val Asn Asp Thr Tyr Gly Phe Glu Leu Glu Phe Phe Asp Phe 0102 20 25 30 0103 Leu Leu Thr Glu Lys Thr Ala Lys Thr Ala Asn Gly Cys Glu Ala Val 0104 35 40 45 0105 Cys Ile Phe Val Asn Asp Asp Gly Ser Arg Pro V。

44、al Leu Glu Glu Leu 说 明 书 CN 101633691 B9/10 页 11 0106 50 55 60 0107 Lys Ala Tyr Gly Val Lys Tyr Ile Ala Leu Arg Cys Ala Gly Phe Asn 0108 65 70 75 80 0109 Asn Val Asp Leu Asp Ala Ala Lys Glu Leu Gly Leu Arg Val Val Arg 0110 85 90 95 0111 Val Pro Ala Tyr Ser Pro Glu Ala Val Ala Glu His Ala Val Gly Met。

45、 0112 100 105 110 0113 Met Met Ser Leu Asn Arg Arg Ile His Arg Ala Tyr Gln Arg Thr Arg 0114 115 120 125 0115 Asp Ala Asn Phe Ser Leu Glu Gly Leu Thr Gly Phe Thr Met His Gly 0116 130 135 140 0117 Lys Thr Ala Gly Val Ile Gly Thr Gly Lys Ile Gly Val Ala Thr Leu 0118 145 150 155 160 0119 Arg Ile Leu Lys。

46、 Gly Phe Gly Met Arg Leu Leu Ala Phe Asp Pro Tyr 0120 165 170 175 0121 Pro Ser Ala Ala Ala Leu Asp Leu Gly Val Glu Tyr Val Asp Leu Pro 0122 180 185 190 0123 Thr Leu Tyr Ala Gln Ser Asp Val Ile Ser Leu His Cys Pro Leu Thr 0124 195 200 205 0125 Glu Glu Asn Tyr His Leu Leu Asn His Ala Ala Phe Glu Gln M。

47、et Lys 0126 210 215 220 0127 Asp Gly Val Met Val Ile Asn Thr Ser Arg Gly Ala Leu Ile Asp Ser 0128 225 230 235 240 0129 Gln Ala Ala Ile Asp Ala Leu Lys His Gln Lys Ile Gly Ala Leu Gly 0130 245 250 255 0131 Met Asp Val Tyr Glu Asn Glu Arg Asp Leu Phe Phe Glu Asp Lys Ser 0132 260 265 270 0133 Asn Asp V。

48、al Ile Gln Asp Asp Val Phe Arg Arg Leu Ser Ala Cys His 0134 275 280 285 0135 Asn Val Leu Phe Thr Gly His Gln Ala Phe Leu Thr Ala Glu Ala Leu 0136 290 295 300 0137 Ile Ser Ile Ser Gln Thr Thr Leu Asp Asn Leu Arg Gln Val Asp Ala 0138 305 310 315 320 0139 Gly Glu Thr Cys Pro Asn Ala Ile Val 0140 325 0141 2 0142 990 0143 DNA 0144 产气肠杆菌 (E.aerogenes) 说 明 书 CN 101633691 B10/10 页 12 0145 2 0146 atgaaaatcg ccgtttatag tacgaagcag tacgataaa。

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