尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记及遗传性别鉴定方法.pdf

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摘要
申请专利号:

CN201010501061.8

申请日:

2010.10.09

公开号:

CN101962641A

公开日:

2011.02.02

当前法律状态:

授权

有效性:

有权

法律详情:

授权|||实质审查的生效IPC(主分类):C12N 15/11申请日:20101009|||公开

IPC分类号:

C12N15/11; C12Q1/68

主分类号:

C12N15/11

申请人:

西南大学

发明人:

王德寿; 孙运侣; 曾圣; 叶凯; 黄宝锋

地址:

400715 重庆市北碚区天生路2号

优先权:

专利代理机构:

北京同恒源知识产权代理有限公司 11275

代理人:

赵荣之

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内容摘要

本发明属于基因工程技术领域,特别涉及尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记,其中Y染色体特异分子标记NtY1和NtY2的核苷酸序列分别如SEQIDNo.1和SEQIDNo.2所示,X染色体特异分子标记NtX1的核苷酸序列如SEQIDNo.3所示;本发明还利用上述性染色体特异分子标记建立了尼罗罗非鱼的遗传性别鉴定方法,通过PCR扩增上述性染色体特异分子标记中的任一个或多个,能够经济、快捷、准确地区分YY超雄鱼、XY雄鱼以及XX雌鱼,有助于通过YY超雄鱼培育路线实现全雄罗非鱼鱼苗的规模化生产,显著提高罗非鱼的养殖产量,降低养殖成本,提高经济效益。

权利要求书

1: 尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记, 其特征在于 : Y 染色体特异分子标记 NtY1 的核 苷酸序列如 SEQ ID No.1 所示, Y 染色体特异分子标记 NtY2 的核苷酸序列如 SEQ ID No.2 所示, X 染色体特异分子标记 NtX1 的核苷酸序列如 SEQ ID No.3 所示。
2: 利用权利要求 1 所述的尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记进行尼罗罗非鱼遗传性 别鉴定的方法, 其特征在于 : 包括以下步骤 : a、 PCR 克隆 : 剪取待测尼罗罗非鱼的鳍条, 提取基因组 DNA ; 以所得基因组 DNA 为模板, PCR 扩增下述尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记中的任一个或多个 : Y 染色体特异分子标 记 NtY1、 Y 染色体特异分子标记 NtY2 和 X 染色体特异分子标记 NtX1 ; b、 结果判断 : 当从待测尼罗罗非鱼的基因组 DNA 中扩增出 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 / 或 NtY2 时, 则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雄鱼, 性染色体基因型为 XY 或 YY ; 当 从待测尼罗罗非鱼的基因组 DNA 中扩增出 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 / 或 NtY2 以及 X 染色体特异分子标记 NtX1 时, 则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雄鱼, 性染色体基因型 为 XY ; 当从待测尼罗罗非鱼的基因组 DNA 中扩增出 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 / 或 NtY2 而未扩增出 X 染色体特异分子标记 NtX1 时, 则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的超雄鱼, 性染色体基因型为 YY ; 当从待测尼罗罗非鱼的基因组 DNA 中未扩增出 Y 染色体特异分子标 记 NtY1 和 / 或 NtY2 而扩增出 X 染色体特异分子标记 NtX1 时, 则判断该待测尼罗罗非鱼为 遗传上的雌鱼, 性染色体基因型为 XX。
3: 根据权利要求 2 所述的利用尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记进行尼罗罗非鱼遗 传性别鉴定的方法, 其特征在于 : 步骤 a 中所述 Y 染色体特异分子标记 NtY1 的 PCR 扩增引 物为 NtYF1 与 NtYR, Y 染色体特异分子标记 NtY2 的 PCR 扩增引物为 NtYF1 与 NtYMR8, X染 色体特异分子标记 NtX1 的 PCR 扩增引物为 NtYF1 与 NtXFR8 ; 所述引物 NtYF1 的核苷酸序 列如 SEQ ID No.4 所示, 引物 NtYR 的核苷酸序列如 SEQ ID No.5 所示, 引物 NtYMR8 的核苷 酸序列如 SEQ ID No.6 所示, 引物 NtXFR8 的核苷酸序列如 SEQ ID No.7 所示。

说明书


尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记及遗传性别鉴定方法

    技术领域 本发明属于基因工程技术领域, 涉及鱼类性染色体特异分子标记及遗传性别鉴定 方法, 特别涉及罗非鱼性染色体特异分子标记及遗传性别鉴定方法。
     背景技术 我国有着丰富的鱼类资源, 其中许多鱼类品种在生长速率上存在着性别差异, 有 的品种雌性个体比雄性个体生长快 (40~100%), 如牙鲆、 半滑舌鳎、 圆斑星鲽、 南方鲇等 ; 有 的品种雄性个体比雌性个体生长快 (40% 以上 ), 如黄颡鱼、 罗非鱼等。 开展这些鱼类品种遗 传性别鉴定和性别控制技术研究既有重要的科学意义, 又有广阔的应用前景。
     罗非鱼具有食性杂、 生长快、 繁殖强、 味道鲜美且肌间刺少等优良特征, 是世界水 产业重点科研培养的淡水养殖鱼类, 目前养殖品种主要有莫桑比克罗非鱼、 尼罗罗非鱼、 奥 利亚罗非鱼和吉富罗非鱼等。其中, 尼罗罗非鱼 (Oreochromis Niloticus) 体型较大、 生长 较快, 是联合国推荐养殖的优质水产养殖品种, 现已成为世界性的主要养殖鱼类品种之一, 产量逐年递增。 由于罗非鱼雄鱼比雌鱼生长快约 50%, 且罗非鱼的销售价格与其个体大小有 很大关系, 体重 400~500g 的罗非鱼售价要比体重 800g 以上的罗非鱼低 40% 左右, 因此, 如 果能够在育种中人工控制罗非鱼的性别, 培育出全雄罗非鱼, 将大大提高罗非鱼的养殖产 量, 降低养殖成本, 提高经济效益。
     传统生产全雄鱼主要通过人工选育、 雄性激素直接诱导性逆转等, 但这些方法都 存在缺陷, 如人工选育工作量大, 准确性差 ; 雄性激素直接诱导性逆转存在食品安全性问题 等。目前, 国内普遍采用种间杂交 ( 主要是尼罗罗非鱼♀ × 奥利亚罗非鱼♂ ) 的方法培育 全雄罗非鱼, 雄性率为 90~95%, 仍有相当数量的雌鱼。
     最近有研究者先利用鱼类性逆转技术获得 XY 生理雌鱼, 再通过 XY 生理雌鱼雌核 发育产生了 YY 超雄鱼, 由此建立起两个成熟的繁育体系 : YY 超雄鱼繁育体系 (YY 超雄鱼与 XY 生理雌鱼交配, 生产 YY 超雄鱼 ) 和全雄鱼繁育体系 (YY 超雄鱼与 XX 雌鱼交配, 生产全雄 鱼 ), 从而可利用 YY 超雄鱼持续生产全雄鱼。但由于 YY 超雄鱼繁育体系在产生 YY 超雄鱼 的同时也产生数量相当的 XY 雄鱼, 而区分 YY 超雄鱼和 XY 雄鱼的传统方法是在测交实验后 根据测交子代性别比例来判断其父本为 YY 超雄鱼或 XY 雄鱼, 测交子代需要养殖 3 个月以 上才能解剖根据组织学判断其性别, 存在实验周期长、 养殖成本高、 不利于规模化生产等缺 陷。因此, 如何经济、 快捷、 准确地区分 YY 超雄鱼和 XY 雄鱼, 成为利用该技术规模化生产全 雄鱼的关键问题。
     随着 DNA 分子标记技术的发展和成熟, 利用 DNA 分子标记进行遗传性别鉴定成为 可能, 但前提是要筛选到性别特异的 DNA 分子标记。此外, 鱼类的性别特异分子标记通常具 在一 有物种或者品系特异性, 一种鱼类的性别特异分子标记通常不能跨物种使用。目前, 些经济鱼类中, 通过各种 DNA 分子标记技术如随机扩增产物多态性 DNA(Random Amplified Polymorphic DNA, RAPD)、 简单重复序列 (Simple Sequence Repeat, SSR)、 扩增的限制性 片断长度多态性 (Amplified Fragment Length Polymorphism, AFLP) 等筛选性别特异分
     子标记已有文献报道, 如: Kovacs 等利用 RAPD 扫描非洲鲶鱼 (Clarias gariepinus) 雌、 雄 基因池, 找到两个与雄性性别相关的 RAPD 标记 ; Sakamoto 等发现两个 SSR 标记 (OmyFGT19 TUF 和 OmyRGT28 TUF) 与雄性虹鳟 (Oncorhynchus mykiss) 的性别决定位点相连锁。 此外, 还有以下研究报道 : Lee 等用集团分离分析法找到 10 个与罗非鱼表型性别连锁的 SSR 标 记, 这些标记可直接用于不同 Y 染色体等位基因功能的研究和具有一个或几个 Y 染色体拷 贝的亲鱼的鉴定 ; Ezaz 等用 AFLP 扫描尼罗罗非鱼基因组, 找到 3 个 Y 染色体连锁 AFLP 标 记 (OniY425、 OniY382 和 OniY227) 和 1 个 X 染色体连锁 AFLP 标记 (OniX420), 但这些标记 的性别特异性不强, 不适用于尼罗罗非鱼的遗传性别鉴定。因此, 迄今为止, 全世界尚未发 现可用于尼罗罗非鱼遗传性别鉴定的性染色体特异分子标记。 发明内容
     有鉴于此, 本发明的目的之一在于提供尼罗罗非鱼的性染色体特异分子标记, 特 异性强, 适用于尼罗罗非鱼的遗传性别鉴定。
     为达到此目的, 本发明提供如下技术方案 : 尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记, Y 染色体特异分子标记 NtY1 的核苷酸序列如 SEQ ID No.1 所示, Y 染色体特异分子标记 NtY2 的核苷酸序列如 SEQ ID No.2 所示, X 染色体特异分子标记 NtX1 的核苷酸序列如 SEQ ID No.3 所示。 在此基础上, 本发明的目的之二在于提供利用所述尼罗罗非鱼性染色体特异分子 标记进行尼罗罗非鱼遗传性别鉴定的方法, 操作简便、 省时、 成本低, 能够经济、 快捷、 准确 地区分 YY 超雄鱼和 XY 雄鱼, 有助于通过 YY 超雄鱼培育路线实现全雄罗非鱼鱼苗的规模化 生产, 显著提高罗非鱼的养殖产量, 降低养殖成本, 提高经济效益, 在满足日益增长的市场 需求的同时加快农村发展。
     为达到此目的, 本发明提供如下技术方案 : 利用所述尼罗罗非鱼性染色体特异分 子标记进行尼罗罗非鱼遗传性别鉴定的方法, 包括以下步骤 : a、 PCR 克隆 : 剪取待测尼罗罗非鱼的鳍条, 提取基因组 DNA ; 以所得基因组 DNA 为模板, PCR 扩增下述尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记中的任一个或多个 : Y 染色体特异分子标 记 NtY1、 Y 染色体特异分子标记 NtY2 和 X 染色体特异分子标记 NtX1 ; b、 结果判断 : 当从待测尼罗罗非鱼的基因组 DNA 中扩增出 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 / 或 NtY2 时, 则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雄鱼, 性染色体基因型为 XY 或 YY ; 当 从待测尼罗罗非鱼的基因组 DNA 中扩增出 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 / 或 NtY2 以及 X 染色体特异分子标记 NtX1 时, 则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雄鱼, 性染色体基因型 为 XY ; 当从待测尼罗罗非鱼的基因组 DNA 中扩增出 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 / 或 NtY2 而未扩增出 X 染色体特异分子标记 NtX1 时, 则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的超雄鱼, 性染色体基因型为 YY ; 当从待测尼罗罗非鱼的基因组 DNA 中未扩增出 Y 染色体特异分子标 记 NtY1 和 / 或 NtY2 而扩增出 X 染色体特异分子标记 NtX1 时, 则判断该待测尼罗罗非鱼为 遗传上的雌鱼, 性染色体基因型为 XX。
     进一步, 步骤 a 中所述 Y 染色体特异分子标记 NtY1 的 PCR 扩增引物为 NtYF1 与 NtYR, Y 染色体特异分子标记 NtY2 的 PCR 扩增引物为 NtYF1 与 NtYMR8, X 染色体特异分子标 记 NtX1 的 PCR 扩增引物为 NtYF1 与 NtXFR8 ; 所述引物 NtYF1 的核苷酸序列如 SEQ ID No.4
     所示, 引物 NtYR 的核苷酸序列如 SEQ ID No.5 所示, 引物 NtYMR8 的核苷酸序列如 SEQ ID No.6 所示, 引物 NtXFR8 的核苷酸序列如 SEQ ID No.7 所示。
     本发明的有益效果在于 : 本发明先采用 AFLP 分子标记技术筛选出尼罗罗非鱼 Y 染 色体特异 AFLP 标记并将其转化成方便使用的序列特异性扩增区 (SCAR) 标记, 再采用基因 组扫描技术筛选出尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记, 并据此建立了尼罗罗非鱼的遗传性 别鉴定方法, 该方法具有特异性强、 操作简便、 省时、 成本低等优点, 能够经济、 快捷、 准确地 区分 YY 超雄鱼和 XY 雄鱼, 有助于通过 YY 超雄鱼培育路线实现全雄罗非鱼鱼苗的规模化生 产, 显著提高罗非鱼的养殖产量, 降低养殖成本, 提高经济效益, 在满足日益增长的市场需 求的同时加快农村发展。 附图说明 为了使本发明的目的、 技术方案和优点更加清楚, 下面将结合附图对本发明作进 一步的详细描述。
     图 1 为应用尼罗罗非鱼 X 染色体特异分子标记 NtX1 以及 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 NtY2 对 12 尾尼罗罗非鱼雌鱼 (12XX)、 12 尾尼罗罗非鱼雄鱼 (12XY) 和 7 尾尼罗罗非 鱼超雄鱼 (7YY) 进行遗传性别鉴定, 其中 XX、 XY、 YY 为对照, M 表示 DNA 分子量标准 DL2000。
     图 2 为应用尼罗罗非鱼 X 染色体特异分子标记 NtX1 以及 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 NtY2 对 19 尾 XX 尼罗罗非鱼杂交后代进行遗传性别鉴定, 其中 XX、 XY、 YY 为对照, M 表示 DNA 分子量标准 DL2000。
     图 3 为应用尼罗罗非鱼 X 染色体特异分子标记 NtX1 以及 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 NtY2 对 20 尾 XY 尼罗罗非鱼杂交后代进行遗传性别鉴定, 其中 XX、 XY、 YY 为对照, M 表示 DNA 分子量标准 DL2000。
     图 4 为应用尼罗罗非鱼 X 染色体特异分子标记 NtX1 以及 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 NtY2 对 20 尾尼罗罗非鱼测交后代 ( 父本性染色体基因型未知 ) 进行遗传性别鉴 定, 其中 XX、 XY、 YY 为对照, M 表示 DNA 分子量标准 DL2000。
     图 5 为 3 尾尼罗罗非鱼雌鱼 (XX1-1~XX1-3)、 3 尾尼罗罗非鱼雄鱼 (XY1-1~ XY1-3) 和 3 尾尼罗罗非鱼超雄鱼 (YY1-1~YY1-3) 基因组的性别特异多态位点序列比对分析, 其中 方框处为性别特异多态位点。
     具体实施方式
     下面将参照附图, 对本发明的优选实施例进行详细的描述。优选实施例中未注明 具体条件的实验方法, 通常按照常规条件, 例如分子克隆实验指南 (第三版, J. 萨姆布鲁克 等著, 黄培堂等译, 科学出版社, 2002 年) 中所述的条件, 或按照制造厂商所建议的条件。
     一、 尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记的获得 1、 尼罗罗非鱼性染色体特异 AFLP 标记的筛选和克隆 (1) 基因组 DNA 的提取 剪取尼罗罗非鱼鳍条 10mg, 置裂解液 [10mM Tris-HCl (pH8.0)+100mM EDTA (pH8.0) +100mM NaCl+5mg/ml SDS] 600μl 中匀浆, 加入终浓度为 20mg/ml 的蛋白酶 K 和终浓度为 100μg/ml 的核糖核酸酶 A (RNaseA), 55℃水浴消化至澄清, 再加入苯酚 - 氯仿 - 异戊醇混合液 ( 体积比为 25:24:1) 600μl 抽提 DNA, 充分混匀后于 12000rpm 离心 10 分钟, 吸取上 清液, 再次加入苯酚 - 氯仿 - 异戊醇混合液 ( 体积比为 25:24:1) 抽提 DNA, 离心, 吸取上清 液, 加入冰乙醇 1000μl 沉淀 DNA, 离心, 弃上清液, DNA 沉淀经体积分数为 70% 的乙醇洗涤、 自然干燥后, 用 TE 缓冲液溶解制成浓度为 20ng/μ1 的溶液 (OD260/OD280=1.76~1.80), -20℃ 保存备用。
     (2) 基因组 DNA 的 AFLP 分析和性染色体特异 AFLP 标记的筛选 用终浓度为 1.25U/μ1 的 XbaI 和 Msel 限制性内切酶混合物对 80~110ng 所得基因组 DNA 进行双酶切, 37℃反应 6 小时后, 70℃保温 15 分钟灭活限制性内切酶。 向所得酶切产物 中加入 XbaI 和 MseI 接头混合物 12μ1 和 T4 DNA 连接酶 0.5μ1, 20℃孵育 20 小时使特异 接头连接到酶切片段上。将所得连接产物稀释 10 倍后作为预扩增模板, 采用 3' 末端带有 一个选择性碱基 (A 或 C) 的 XbaI 预扩增引物和 MseI 预扩增引物进行 PCR 预扩增。将所得 预扩增产物稀释 20 倍后作为选择性扩增模板, 分别采用由 3' 末端带有三个选择性碱基的 16 个 XbaI 选择性扩增引物和 16 个 MseI 选择性扩增引物两两组合而成的 256 个引物组合 进行 PCR 选择性扩增。向所得选择性扩增产物中加入适量上样缓冲液, 94℃变性 5 分钟后, 用 6% 的变性聚丙烯酰胺凝胶进行电泳分离, 电泳条件为 : 电压 1500V, 功率 40W, 电流 40mA, 温度 45℃, 时间 3.5 小时, 对电泳后产生的 DNA 条带进行观察, 照相和分析。 采用上述方法分别对 12 尾尼罗罗非鱼 XX 雌鱼、 12 尾尼罗罗非鱼 XY 雄鱼和 7 尾尼 罗罗非鱼 YY 超雄鱼的基因组 DNA 进行 AFLP 分析。结果发现, 256 个引物组合中有 1 个引物 组合在所有 XY 个体和 YY 个体的基因组 DNA 中均扩增出一条特异片段, 而在所有 XX 个体的 基因组 DNA 中均没有扩增出该片段, 因此, 该特异片段即为筛选出的 Y 染色体特异 AFLP 片 段。
     (3) 性染色体特异 AFLP 标记的克隆和序列分析 用刀片切下含有上述 Y 染色体特异 AFLP 片段的聚丙烯酰胺凝胶, 回收目的片段, 将其 克隆入 pMD-19T 载体, 再转化大肠杆菌感受态细胞, 用蓝白斑筛选法筛选阳性克隆, 挑取白 斑单菌落, 用 PCR 法鉴定阳性克隆, 并用 ABI3730 测序仪进行测序。将来自 5 个阳性克隆的 相同长度的核苷酸序列用 DNAMAN 4.0 软件进行多重比对, 结果发现, 这 5 个序列的同源性 分别为 99.38% 和 99.56%。
     2、 将尼罗罗非鱼性染色体特异 AFLP 标记转化为 SCAR 标记 根 据 上 述 Y 染 色 体 特 异 AFLP 片 段 的 核 苷 酸 序 列 设 计 如 下 特 异 引 物 : NtYF1 : 5’ -tgaggtcgtccatctgcc-3’ (SEQ ID No.4) 和 NtYR : 5’ -acaaacttcacacaaaacaaa-3’ (SEQ ID No.5)。采用引物组合 NtYF1+NtYR 分别对 12 尾尼罗罗非鱼 XX 雌鱼、 12 尾尼罗罗非鱼 XY 雄鱼和 7 尾尼罗罗非鱼 YY 超雄鱼的基因组 DNA 进行 PCR 扩增, 所得 PCR 扩增产物进行 琼脂糖凝胶电泳。结果如图 1 所示, 引物组合 NtYF1+NtYR 能够在所有 XY 个体和 YY 个体的 基因组 DNA 中均扩增出一条长约 529bp 的特异片段, 而在所有 XX 个体的基因组 DNA 中均没 有扩增出该片段, 说明该特异片段 (SEQ ID No.1) 是 Y 染色体特异 SCAR 标记, 将其命名为 NtY1。
     3、 应用基因组扫描技术筛选尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记 根据上述获得的 Y 染色体特异 SCAR 标记, 结合基因组扫描技术, 对大量尼罗罗非鱼 XX、 XY 和 YY 个体进行基因组扩增, 结果成功筛选到两个性别特异多态位点, 如图 5 所示, 在
     XX1、 XX2 和 XX3 个体中全部为 CT, 在 XY1、 XY2 和 XY3 个体中既有 TC 也有 CT, 而在 YY1、 YY2 和 YY3 个体中全部为 TC。
     根据上述两个性别特异多态位点设计如下特异引物 : NtYMR8 : 5’ -aatttttttacat act-gcacaatga-3’ (SEQ ID No.6), NtXFR8 : 5’ -aatttttttacatactgcacaatag-3’ (SEQ ID No.7)。分别采用引物组合 NtYF1+NtYMR8、 NtYF1+NtXFR8 对 12 尾尼罗罗非鱼 XX 雌鱼、 12 尾 尼罗罗非鱼 XY 雄鱼和 7 尾尼罗罗非鱼 YY 超雄鱼的基因组 DNA 进行 PCR 扩增, 所得 PCR 扩 增产物进行琼脂糖凝胶电泳。结果如图 1 所示, 引物组合 NtYF1+NtYMR8 能够在所有 XY 个 体和 YY 个体的基因组 DNA 中均扩增出一条长约 577bp 的特异片段, 而在所有 XX 个体的基 因组 DNA 中均没有扩增出该片段, 说明该特异片段 (SEQ ID No.2) 是 Y 染色体特异分子标 记, 将其命名为 NtY2 ; 引物组合 NtYF1+NtXFR8 能够在所有 XX 个体和 XY 个体的基因组 DNA 中均扩增出一条长约 585bp 的特异片段, 而在所有 YY 个体的基因组 DNA 中却没有扩增出该 片段, 说明该特异片段 (SEQ ID No.3) 是 X 染色体特异分子标记, 将其命名为 NtX1。
     二、 尼罗罗非鱼的遗传性别鉴定 剪取待测尼罗罗非鱼的鳍条, 按照前述方法提取基因组 DNA ; 以所得基因组 DNA 为 模板, PCR 扩增下述尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记中的任一个或多个 : Y 染色体特 异分子标记 NtY1( 引物组合为 NtYF1+NtYR)、 Y 染色体特异分子标记 NtY2( 引物组合为 NtYF1+NtYMR8) 和 X 染色体特异分子标记 NtX1( 引物组合为 NtYF1+NtXFR8) ; PCR 条件为 : 94℃预变性 3 分钟, 然后 94℃变性 30 秒、 58℃退火 30 秒、 72℃延伸 30 秒, 共 38 个循环, 最 后 72℃延伸 10 分钟 ; 所得 PCR 产物进行 1.5% 的琼脂糖凝胶电泳。当从待测尼罗罗非鱼的 基因组 DNA 中扩增出 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 / 或 NtY2 时, 则判断该待测尼罗罗非 鱼为遗传上的雄鱼, 性染色体基因型为 XY 或 YY ; 当从待测尼罗罗非鱼的基因组 DNA 中扩增 出 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 / 或 NtY2 以及 X 染色体特异分子标记 NtX1 时, 则判断 该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雄鱼, 性染色体基因型为 XY ; 当从待测尼罗罗非鱼的基因组 DNA 中扩增出 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 / 或 NtY2 而未扩增出 X 染色体特异分子标记 NtX1 时, 则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的超雄鱼, 性染色体基因型为 YY ; 当从待测尼 罗罗非鱼的基因组 DNA 中未扩增出 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 / 或 NtY2 而扩增出 X 染 色体特异分子标记 NtX1 时, 则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雌鱼, 性染色体基因型为 XX。
     图 2 示出了应用尼罗罗非鱼 X 染色体特异分子标记 NtX1 以及 Y 染色体特异分子 标记 NtY1 和 NtY2 对 19 尾尼罗罗非鱼 XX( ♀ )×XX( ♂ ) 杂交后代进行遗传性别鉴定的结 果。由图可知, 在所有待测尼罗罗非鱼和对照 XX 个体中都没有扩增出 Y 染色体特异分子标 记 NtY1 和 NtY2, 而在对照 XY 和 YY 个体中都扩增出了 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 NtY2 ; 在所有待测尼罗罗非鱼以及对照 XX 和 XY 个体中都扩增出了 X 染色体特异分子标记 NtX1, 而在对照 YY 个体中没有扩增出 X 染色体特异分子标记 NtX1 ; 说明 19 尾待测尼罗罗非鱼均 为遗传上的 XX 雌鱼, 与理论结果一致。
     图 3 示出了应用尼罗罗非鱼 X 染色体特异分子标记 NtX1 以及 Y 染色体特异分子 标记 NtY1 和 NtY2 对 20 尾尼罗罗非鱼 XX( ♀ )×YY( ♂ ) 杂交后代进行遗传性别鉴定的结 果。 由图可知, 在所有待测尼罗罗非鱼以及对照 XY 和 YY 个体中都扩增出了 Y 染色体特异分 子标记 NtY1 和 NtY2, 而在对照 XX 个体中没有扩增出 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 NtY2 ;在所有待测尼罗罗非鱼以及对照 XX 和 XY 个体中都扩增出了 X 染色体特异分子标记 NtX1, 而在对照 YY 个体中没有扩增出 X 染色体特异分子标记 NtX1 ; 说明 20 尾待测尼罗罗非鱼均 为遗传上的 XY 雄鱼, 与理论结果一致。
     图 4 示出了应用尼罗罗非鱼 X 染色体特异分子标记 NtX1 以及 Y 染色体特异分子 标记 NtY1 和 NtY2 对 20 尾尼罗罗非鱼测交后代 ( 父本性染色体基因型未知 ) 进行遗传性 别鉴定的结果。由图可知, 在 1~5、 7~10、 12、 15、 17、 18、 19 号待测尼罗罗非鱼以及对照 XY 和 YY 个体中都扩增出了 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 NtY2, 而在对照 XX 个体中没有扩增出 Y 染色体特异分子标记 NtY1 和 NtY2 ; 在所有待测尼罗罗非鱼以及对照 XX 和 XY 个体中都扩 增出了 X 染色体特异分子标记 NtX1, 而在对照 YY 个体中没有扩增出 X 染色体特异分子标记 NtX1 ; 说明 1~5、 7~10、 12、 15、 17、 18、 19 号待测尼罗罗非鱼均为遗传上的 XY 雄鱼, 而 6、 11、 13、 14、 16、 20 号待测尼罗罗非鱼均为遗传上的 XX 雌鱼。 同时, 发明人对这 20 尾尼罗罗非鱼 测交后代的性腺进行了组织学切片及 HE 染色观察, 证实本发明方法的鉴定结果与组织学 切片鉴定结果完全吻合。由此可以推知, 用于测交实验的未知父本性染色体基因型为 XY。
     最后说明的是, 以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非限制, 尽管通过参 照本发明的优选实施例已经对本发明进行了描述, 但本领域的普通技术人员应当理解, 可 以在形式上和细节上对其作出各种各样的改变, 而不偏离所附权利要求书所限定的本发明 的精神和范围。

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1、10申请公布号CN101962641A43申请公布日20110202CN101962641ACN101962641A21申请号201010501061822申请日20101009C12N15/11200601C12Q1/6820060171申请人西南大学地址400715重庆市北碚区天生路2号72发明人王德寿孙运侣曾圣叶凯黄宝锋74专利代理机构北京同恒源知识产权代理有限公司11275代理人赵荣之54发明名称尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记及遗传性别鉴定方法57摘要本发明属于基因工程技术领域,特别涉及尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记,其中Y染色体特异分子标记NTY1和NTY2的核苷酸序列分别如SEQI。

2、DNO1和SEQIDNO2所示,X染色体特异分子标记NTX1的核苷酸序列如SEQIDNO3所示;本发明还利用上述性染色体特异分子标记建立了尼罗罗非鱼的遗传性别鉴定方法,通过PCR扩增上述性染色体特异分子标记中的任一个或多个,能够经济、快捷、准确地区分YY超雄鱼、XY雄鱼以及XX雌鱼,有助于通过YY超雄鱼培育路线实现全雄罗非鱼鱼苗的规模化生产,显著提高罗非鱼的养殖产量,降低养殖成本,提高经济效益。51INTCL19中华人民共和国国家知识产权局12发明专利申请权利要求书1页说明书6页附图3页CN101962642A1/1页21尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记,其特征在于Y染色体特异分子标记NTY1的。

3、核苷酸序列如SEQIDNO1所示,Y染色体特异分子标记NTY2的核苷酸序列如SEQIDNO2所示,X染色体特异分子标记NTX1的核苷酸序列如SEQIDNO3所示。2利用权利要求1所述的尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记进行尼罗罗非鱼遗传性别鉴定的方法,其特征在于包括以下步骤A、PCR克隆剪取待测尼罗罗非鱼的鳍条,提取基因组DNA;以所得基因组DNA为模板,PCR扩增下述尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记中的任一个或多个Y染色体特异分子标记NTY1、Y染色体特异分子标记NTY2和X染色体特异分子标记NTX1;B、结果判断当从待测尼罗罗非鱼的基因组DNA中扩增出Y染色体特异分子标记NTY1和/或NTY2时。

4、,则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雄鱼,性染色体基因型为XY或YY;当从待测尼罗罗非鱼的基因组DNA中扩增出Y染色体特异分子标记NTY1和/或NTY2以及X染色体特异分子标记NTX1时,则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雄鱼,性染色体基因型为XY;当从待测尼罗罗非鱼的基因组DNA中扩增出Y染色体特异分子标记NTY1和/或NTY2而未扩增出X染色体特异分子标记NTX1时,则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的超雄鱼,性染色体基因型为YY;当从待测尼罗罗非鱼的基因组DNA中未扩增出Y染色体特异分子标记NTY1和/或NTY2而扩增出X染色体特异分子标记NTX1时,则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雌鱼,性染色。

5、体基因型为XX。3根据权利要求2所述的利用尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记进行尼罗罗非鱼遗传性别鉴定的方法,其特征在于步骤A中所述Y染色体特异分子标记NTY1的PCR扩增引物为NTYF1与NTYR,Y染色体特异分子标记NTY2的PCR扩增引物为NTYF1与NTYMR8,X染色体特异分子标记NTX1的PCR扩增引物为NTYF1与NTXFR8;所述引物NTYF1的核苷酸序列如SEQIDNO4所示,引物NTYR的核苷酸序列如SEQIDNO5所示,引物NTYMR8的核苷酸序列如SEQIDNO6所示,引物NTXFR8的核苷酸序列如SEQIDNO7所示。权利要求书CN101962641ACN10196264。

6、2A1/6页3尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记及遗传性别鉴定方法技术领域0001本发明属于基因工程技术领域,涉及鱼类性染色体特异分子标记及遗传性别鉴定方法,特别涉及罗非鱼性染色体特异分子标记及遗传性别鉴定方法。背景技术0002我国有着丰富的鱼类资源,其中许多鱼类品种在生长速率上存在着性别差异,有的品种雌性个体比雄性个体生长快40100,如牙鲆、半滑舌鳎、圆斑星鲽、南方鲇等;有的品种雄性个体比雌性个体生长快40以上,如黄颡鱼、罗非鱼等。开展这些鱼类品种遗传性别鉴定和性别控制技术研究既有重要的科学意义,又有广阔的应用前景。0003罗非鱼具有食性杂、生长快、繁殖强、味道鲜美且肌间刺少等优良特征,是世界。

7、水产业重点科研培养的淡水养殖鱼类,目前养殖品种主要有莫桑比克罗非鱼、尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼和吉富罗非鱼等。其中,尼罗罗非鱼OREOCHROMISNILOTICUS体型较大、生长较快,是联合国推荐养殖的优质水产养殖品种,现已成为世界性的主要养殖鱼类品种之一,产量逐年递增。由于罗非鱼雄鱼比雌鱼生长快约50,且罗非鱼的销售价格与其个体大小有很大关系,体重400500G的罗非鱼售价要比体重800G以上的罗非鱼低40左右,因此,如果能够在育种中人工控制罗非鱼的性别,培育出全雄罗非鱼,将大大提高罗非鱼的养殖产量,降低养殖成本,提高经济效益。0004传统生产全雄鱼主要通过人工选育、雄性激素直接诱导性逆转等。

8、,但这些方法都存在缺陷,如人工选育工作量大,准确性差;雄性激素直接诱导性逆转存在食品安全性问题等。目前,国内普遍采用种间杂交主要是尼罗罗非鱼奥利亚罗非鱼的方法培育全雄罗非鱼,雄性率为9095,仍有相当数量的雌鱼。0005最近有研究者先利用鱼类性逆转技术获得XY生理雌鱼,再通过XY生理雌鱼雌核发育产生了YY超雄鱼,由此建立起两个成熟的繁育体系YY超雄鱼繁育体系YY超雄鱼与XY生理雌鱼交配,生产YY超雄鱼和全雄鱼繁育体系YY超雄鱼与XX雌鱼交配,生产全雄鱼,从而可利用YY超雄鱼持续生产全雄鱼。但由于YY超雄鱼繁育体系在产生YY超雄鱼的同时也产生数量相当的XY雄鱼,而区分YY超雄鱼和XY雄鱼的传统方。

9、法是在测交实验后根据测交子代性别比例来判断其父本为YY超雄鱼或XY雄鱼,测交子代需要养殖3个月以上才能解剖根据组织学判断其性别,存在实验周期长、养殖成本高、不利于规模化生产等缺陷。因此,如何经济、快捷、准确地区分YY超雄鱼和XY雄鱼,成为利用该技术规模化生产全雄鱼的关键问题。0006随着DNA分子标记技术的发展和成熟,利用DNA分子标记进行遗传性别鉴定成为可能,但前提是要筛选到性别特异的DNA分子标记。此外,鱼类的性别特异分子标记通常具有物种或者品系特异性,一种鱼类的性别特异分子标记通常不能跨物种使用。目前,在一些经济鱼类中,通过各种DNA分子标记技术如随机扩增产物多态性DNARANDOMAM。

10、PLIFIEDPOLYMORPHICDNA,RAPD、简单重复序列SIMPLESEQUENCEREPEAT,SSR、扩增的限制性片断长度多态性AMPLIFIEDFRAGMENTLENGTHPOLYMORPHISM,AFLP等筛选性别特异分说明书CN101962641ACN101962642A2/6页4子标记已有文献报道,如KOVACS等利用RAPD扫描非洲鲶鱼CLARIASGARIEPINUS雌、雄基因池,找到两个与雄性性别相关的RAPD标记;SAKAMOTO等发现两个SSR标记OMYFGT19TUF和OMYRGT28TUF与雄性虹鳟ONCORHYNCHUSMYKISS的性别决定位点相连锁。此。

11、外,还有以下研究报道LEE等用集团分离分析法找到10个与罗非鱼表型性别连锁的SSR标记,这些标记可直接用于不同Y染色体等位基因功能的研究和具有一个或几个Y染色体拷贝的亲鱼的鉴定;EZAZ等用AFLP扫描尼罗罗非鱼基因组,找到3个Y染色体连锁AFLP标记ONIY425、ONIY382和ONIY227和1个X染色体连锁AFLP标记ONIX420,但这些标记的性别特异性不强,不适用于尼罗罗非鱼的遗传性别鉴定。因此,迄今为止,全世界尚未发现可用于尼罗罗非鱼遗传性别鉴定的性染色体特异分子标记。发明内容0007有鉴于此,本发明的目的之一在于提供尼罗罗非鱼的性染色体特异分子标记,特异性强,适用于尼罗罗非鱼的。

12、遗传性别鉴定。0008为达到此目的,本发明提供如下技术方案尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记,Y染色体特异分子标记NTY1的核苷酸序列如SEQIDNO1所示,Y染色体特异分子标记NTY2的核苷酸序列如SEQIDNO2所示,X染色体特异分子标记NTX1的核苷酸序列如SEQIDNO3所示。0009在此基础上,本发明的目的之二在于提供利用所述尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记进行尼罗罗非鱼遗传性别鉴定的方法,操作简便、省时、成本低,能够经济、快捷、准确地区分YY超雄鱼和XY雄鱼,有助于通过YY超雄鱼培育路线实现全雄罗非鱼鱼苗的规模化生产,显著提高罗非鱼的养殖产量,降低养殖成本,提高经济效益,在满足日益增长的。

13、市场需求的同时加快农村发展。0010为达到此目的,本发明提供如下技术方案利用所述尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记进行尼罗罗非鱼遗传性别鉴定的方法,包括以下步骤A、PCR克隆剪取待测尼罗罗非鱼的鳍条,提取基因组DNA;以所得基因组DNA为模板,PCR扩增下述尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记中的任一个或多个Y染色体特异分子标记NTY1、Y染色体特异分子标记NTY2和X染色体特异分子标记NTX1;B、结果判断当从待测尼罗罗非鱼的基因组DNA中扩增出Y染色体特异分子标记NTY1和/或NTY2时,则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雄鱼,性染色体基因型为XY或YY;当从待测尼罗罗非鱼的基因组DNA中扩增出Y染色。

14、体特异分子标记NTY1和/或NTY2以及X染色体特异分子标记NTX1时,则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雄鱼,性染色体基因型为XY;当从待测尼罗罗非鱼的基因组DNA中扩增出Y染色体特异分子标记NTY1和/或NTY2而未扩增出X染色体特异分子标记NTX1时,则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的超雄鱼,性染色体基因型为YY;当从待测尼罗罗非鱼的基因组DNA中未扩增出Y染色体特异分子标记NTY1和/或NTY2而扩增出X染色体特异分子标记NTX1时,则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雌鱼,性染色体基因型为XX。0011进一步,步骤A中所述Y染色体特异分子标记NTY1的PCR扩增引物为NTYF1与NTYR,Y。

15、染色体特异分子标记NTY2的PCR扩增引物为NTYF1与NTYMR8,X染色体特异分子标记NTX1的PCR扩增引物为NTYF1与NTXFR8;所述引物NTYF1的核苷酸序列如SEQIDNO4说明书CN101962641ACN101962642A3/6页5所示,引物NTYR的核苷酸序列如SEQIDNO5所示,引物NTYMR8的核苷酸序列如SEQIDNO6所示,引物NTXFR8的核苷酸序列如SEQIDNO7所示。0012本发明的有益效果在于本发明先采用AFLP分子标记技术筛选出尼罗罗非鱼Y染色体特异AFLP标记并将其转化成方便使用的序列特异性扩增区SCAR标记,再采用基因组扫描技术筛选出尼罗罗非鱼。

16、性染色体特异分子标记,并据此建立了尼罗罗非鱼的遗传性别鉴定方法,该方法具有特异性强、操作简便、省时、成本低等优点,能够经济、快捷、准确地区分YY超雄鱼和XY雄鱼,有助于通过YY超雄鱼培育路线实现全雄罗非鱼鱼苗的规模化生产,显著提高罗非鱼的养殖产量,降低养殖成本,提高经济效益,在满足日益增长的市场需求的同时加快农村发展。附图说明0013为了使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚,下面将结合附图对本发明作进一步的详细描述。0014图1为应用尼罗罗非鱼X染色体特异分子标记NTX1以及Y染色体特异分子标记NTY1和NTY2对12尾尼罗罗非鱼雌鱼12XX、12尾尼罗罗非鱼雄鱼12XY和7尾尼罗罗非鱼超雄。

17、鱼7YY进行遗传性别鉴定,其中XX、XY、YY为对照,M表示DNA分子量标准DL2000。0015图2为应用尼罗罗非鱼X染色体特异分子标记NTX1以及Y染色体特异分子标记NTY1和NTY2对19尾XX尼罗罗非鱼杂交后代进行遗传性别鉴定,其中XX、XY、YY为对照,M表示DNA分子量标准DL2000。0016图3为应用尼罗罗非鱼X染色体特异分子标记NTX1以及Y染色体特异分子标记NTY1和NTY2对20尾XY尼罗罗非鱼杂交后代进行遗传性别鉴定,其中XX、XY、YY为对照,M表示DNA分子量标准DL2000。0017图4为应用尼罗罗非鱼X染色体特异分子标记NTX1以及Y染色体特异分子标记NTY1和。

18、NTY2对20尾尼罗罗非鱼测交后代父本性染色体基因型未知进行遗传性别鉴定,其中XX、XY、YY为对照,M表示DNA分子量标准DL2000。0018图5为3尾尼罗罗非鱼雌鱼XX11XX13、3尾尼罗罗非鱼雄鱼XY11XY13和3尾尼罗罗非鱼超雄鱼YY11YY13基因组的性别特异多态位点序列比对分析,其中方框处为性别特异多态位点。具体实施方式0019下面将参照附图,对本发明的优选实施例进行详细的描述。优选实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件,例如分子克隆实验指南(第三版,J萨姆布鲁克等著,黄培堂等译,科学出版社,2002年)中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。0020一、尼罗罗。

19、非鱼性染色体特异分子标记的获得1、尼罗罗非鱼性染色体特异AFLP标记的筛选和克隆1基因组DNA的提取剪取尼罗罗非鱼鳍条10MG,置裂解液10MMTRISHCLPH80100MMEDTAPH80100MMNACL5MG/MLSDS600L中匀浆,加入终浓度为20MG/ML的蛋白酶K和终浓度为100G/ML的核糖核酸酶ARNASEA,55水浴消化至澄清,再加入苯酚氯仿异戊醇混说明书CN101962641ACN101962642A4/6页6合液体积比为25241600L抽提DNA,充分混匀后于12000RPM离心10分钟,吸取上清液,再次加入苯酚氯仿异戊醇混合液体积比为25241抽提DNA,离心,吸。

20、取上清液,加入冰乙醇1000L沉淀DNA,离心,弃上清液,DNA沉淀经体积分数为70的乙醇洗涤、自然干燥后,用TE缓冲液溶解制成浓度为20NG/1的溶液OD260/OD280176180,20保存备用。00212基因组DNA的AFLP分析和性染色体特异AFLP标记的筛选用终浓度为125U/1的XBAI和MSEL限制性内切酶混合物对80110NG所得基因组DNA进行双酶切,37反应6小时后,70保温15分钟灭活限制性内切酶。向所得酶切产物中加入XBAI和MSEI接头混合物121和T4DNA连接酶051,20孵育20小时使特异接头连接到酶切片段上。将所得连接产物稀释10倍后作为预扩增模板,采用3末。

21、端带有一个选择性碱基A或C的XBAI预扩增引物和MSEI预扩增引物进行PCR预扩增。将所得预扩增产物稀释20倍后作为选择性扩增模板,分别采用由3末端带有三个选择性碱基的16个XBAI选择性扩增引物和16个MSEI选择性扩增引物两两组合而成的256个引物组合进行PCR选择性扩增。向所得选择性扩增产物中加入适量上样缓冲液,94变性5分钟后,用6的变性聚丙烯酰胺凝胶进行电泳分离,电泳条件为电压1500V,功率40W,电流40MA,温度45,时间35小时,对电泳后产生的DNA条带进行观察,照相和分析。0022采用上述方法分别对12尾尼罗罗非鱼XX雌鱼、12尾尼罗罗非鱼XY雄鱼和7尾尼罗罗非鱼YY超雄鱼。

22、的基因组DNA进行AFLP分析。结果发现,256个引物组合中有1个引物组合在所有XY个体和YY个体的基因组DNA中均扩增出一条特异片段,而在所有XX个体的基因组DNA中均没有扩增出该片段,因此,该特异片段即为筛选出的Y染色体特异AFLP片段。00233性染色体特异AFLP标记的克隆和序列分析用刀片切下含有上述Y染色体特异AFLP片段的聚丙烯酰胺凝胶,回收目的片段,将其克隆入PMD19T载体,再转化大肠杆菌感受态细胞,用蓝白斑筛选法筛选阳性克隆,挑取白斑单菌落,用PCR法鉴定阳性克隆,并用ABI3730测序仪进行测序。将来自5个阳性克隆的相同长度的核苷酸序列用DNAMAN40软件进行多重比对,结。

23、果发现,这5个序列的同源性分别为9938和9956。00242、将尼罗罗非鱼性染色体特异AFLP标记转化为SCAR标记根据上述Y染色体特异AFLP片段的核苷酸序列设计如下特异引物NTYF15TGAGGTCGTCCATCTGCC3SEQIDNO4和NTYR5ACAAACTTCACACAAAACAAA3SEQIDNO5。采用引物组合NTYF1NTYR分别对12尾尼罗罗非鱼XX雌鱼、12尾尼罗罗非鱼XY雄鱼和7尾尼罗罗非鱼YY超雄鱼的基因组DNA进行PCR扩增,所得PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳。结果如图1所示,引物组合NTYF1NTYR能够在所有XY个体和YY个体的基因组DNA中均扩增出一条长约。

24、529BP的特异片段,而在所有XX个体的基因组DNA中均没有扩增出该片段,说明该特异片段SEQIDNO1是Y染色体特异SCAR标记,将其命名为NTY1。00253、应用基因组扫描技术筛选尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记根据上述获得的Y染色体特异SCAR标记,结合基因组扫描技术,对大量尼罗罗非鱼XX、XY和YY个体进行基因组扩增,结果成功筛选到两个性别特异多态位点,如图5所示,在说明书CN101962641ACN101962642A5/6页7XX1、XX2和XX3个体中全部为CT,在XY1、XY2和XY3个体中既有TC也有CT,而在YY1、YY2和YY3个体中全部为TC。0026根据上述两个性别特。

25、异多态位点设计如下特异引物NTYMR85AATTTTTTTACATACTGCACAATGA3SEQIDNO6,NTXFR85AATTTTTTTACATACTGCACAATAG3SEQIDNO7。分别采用引物组合NTYF1NTYMR8、NTYF1NTXFR8对12尾尼罗罗非鱼XX雌鱼、12尾尼罗罗非鱼XY雄鱼和7尾尼罗罗非鱼YY超雄鱼的基因组DNA进行PCR扩增,所得PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳。结果如图1所示,引物组合NTYF1NTYMR8能够在所有XY个体和YY个体的基因组DNA中均扩增出一条长约577BP的特异片段,而在所有XX个体的基因组DNA中均没有扩增出该片段,说明该特异片段SE。

26、QIDNO2是Y染色体特异分子标记,将其命名为NTY2;引物组合NTYF1NTXFR8能够在所有XX个体和XY个体的基因组DNA中均扩增出一条长约585BP的特异片段,而在所有YY个体的基因组DNA中却没有扩增出该片段,说明该特异片段SEQIDNO3是X染色体特异分子标记,将其命名为NTX1。0027二、尼罗罗非鱼的遗传性别鉴定剪取待测尼罗罗非鱼的鳍条,按照前述方法提取基因组DNA;以所得基因组DNA为模板,PCR扩增下述尼罗罗非鱼性染色体特异分子标记中的任一个或多个Y染色体特异分子标记NTY1引物组合为NTYF1NTYR、Y染色体特异分子标记NTY2引物组合为NTYF1NTYMR8和X染色体。

27、特异分子标记NTX1引物组合为NTYF1NTXFR8;PCR条件为94预变性3分钟,然后94变性30秒、58退火30秒、72延伸30秒,共38个循环,最后72延伸10分钟;所得PCR产物进行15的琼脂糖凝胶电泳。当从待测尼罗罗非鱼的基因组DNA中扩增出Y染色体特异分子标记NTY1和/或NTY2时,则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雄鱼,性染色体基因型为XY或YY;当从待测尼罗罗非鱼的基因组DNA中扩增出Y染色体特异分子标记NTY1和/或NTY2以及X染色体特异分子标记NTX1时,则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雄鱼,性染色体基因型为XY;当从待测尼罗罗非鱼的基因组DNA中扩增出Y染色体特异分子标。

28、记NTY1和/或NTY2而未扩增出X染色体特异分子标记NTX1时,则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的超雄鱼,性染色体基因型为YY;当从待测尼罗罗非鱼的基因组DNA中未扩增出Y染色体特异分子标记NTY1和/或NTY2而扩增出X染色体特异分子标记NTX1时,则判断该待测尼罗罗非鱼为遗传上的雌鱼,性染色体基因型为XX。0028图2示出了应用尼罗罗非鱼X染色体特异分子标记NTX1以及Y染色体特异分子标记NTY1和NTY2对19尾尼罗罗非鱼XXXX杂交后代进行遗传性别鉴定的结果。由图可知,在所有待测尼罗罗非鱼和对照XX个体中都没有扩增出Y染色体特异分子标记NTY1和NTY2,而在对照XY和YY个体中都扩增。

29、出了Y染色体特异分子标记NTY1和NTY2;在所有待测尼罗罗非鱼以及对照XX和XY个体中都扩增出了X染色体特异分子标记NTX1,而在对照YY个体中没有扩增出X染色体特异分子标记NTX1;说明19尾待测尼罗罗非鱼均为遗传上的XX雌鱼,与理论结果一致。0029图3示出了应用尼罗罗非鱼X染色体特异分子标记NTX1以及Y染色体特异分子标记NTY1和NTY2对20尾尼罗罗非鱼XXYY杂交后代进行遗传性别鉴定的结果。由图可知,在所有待测尼罗罗非鱼以及对照XY和YY个体中都扩增出了Y染色体特异分子标记NTY1和NTY2,而在对照XX个体中没有扩增出Y染色体特异分子标记NTY1和NTY2;说明书CN10196。

30、2641ACN101962642A6/6页8在所有待测尼罗罗非鱼以及对照XX和XY个体中都扩增出了X染色体特异分子标记NTX1,而在对照YY个体中没有扩增出X染色体特异分子标记NTX1;说明20尾待测尼罗罗非鱼均为遗传上的XY雄鱼,与理论结果一致。0030图4示出了应用尼罗罗非鱼X染色体特异分子标记NTX1以及Y染色体特异分子标记NTY1和NTY2对20尾尼罗罗非鱼测交后代父本性染色体基因型未知进行遗传性别鉴定的结果。由图可知,在15、710、12、15、17、18、19号待测尼罗罗非鱼以及对照XY和YY个体中都扩增出了Y染色体特异分子标记NTY1和NTY2,而在对照XX个体中没有扩增出Y染色。

31、体特异分子标记NTY1和NTY2;在所有待测尼罗罗非鱼以及对照XX和XY个体中都扩增出了X染色体特异分子标记NTX1,而在对照YY个体中没有扩增出X染色体特异分子标记NTX1;说明15、710、12、15、17、18、19号待测尼罗罗非鱼均为遗传上的XY雄鱼,而6、11、13、14、16、20号待测尼罗罗非鱼均为遗传上的XX雌鱼。同时,发明人对这20尾尼罗罗非鱼测交后代的性腺进行了组织学切片及HE染色观察,证实本发明方法的鉴定结果与组织学切片鉴定结果完全吻合。由此可以推知,用于测交实验的未知父本性染色体基因型为XY。0031最后说明的是,以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非限制,尽管通过参照本发明的优选实施例已经对本发明进行了描述,但本领域的普通技术人员应当理解,可以在形式上和细节上对其作出各种各样的改变,而不偏离所附权利要求书所限定的本发明的精神和范围。说明书CN101962641ACN101962642A1/3页9图1图2说明书附图CN101962641ACN101962642A2/3页10图3图4说明书附图CN101962641ACN101962642A3/3页11图5说明书附图CN101962641A。

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