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本发明提供了一种河流底泥的处理方法,包括如下步骤:(1)检测河流底泥的污染指标,(2)调配菌剂种类与数量,(3)将得到的复合菌剂按150-300ppm投放到水体中,(4)复合菌剂转移、转化和降解河流底泥中的污染物,(5)检测河流底泥的污染指标;(6)重复步骤(2)(5)直到河流符合要求;所述的复合菌剂的重量份组成为光合细菌6080、硝化细菌6080、乳酸菌3040和酵母菌3040。本发明河流底泥的。