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本发明公开了一种采用组合抑菌剂从天然水域中快速分离纯化异养微藻的方法。其特点是该方法包括以下步骤:a)配制微藻自养液体培养基;b)配制微藻固体异养培养基(在微藻自养液体培养基中加入1葡萄糖及1.5-2琼脂);c)制备含组合抑菌剂(20-60g/mL氨苄青霉素,200-600g/mL纳他霉素)的培养基平板;d)将天然水样或经过增殖培养的水样涂布于含组合抑菌剂的培养基平板,于温度25-35的恒温培养箱。