一种隶属于R型水合酶的基因片段及其编码蛋白与应用.pdf

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摘要
申请专利号:

CN201310091588.1

申请日:

20130320

公开号:

CN103589708A

公开日:

20140219

当前法律状态:

有效性:

有效

法律详情:

IPC分类号:

C12N9/88,C12N15/60,C12N15/63,C12N5/10,C12N1/21,C12N7/01,C12P7/62

主分类号:

C12N9/88,C12N15/60,C12N15/63,C12N5/10,C12N1/21,C12N7/01,C12P7/62

申请人:

山东农业大学

发明人:

张修国,王会征

地址:

271018 山东省泰安市岱宗大街61号

优先权:

CN201310091588A

专利代理机构:

北京纪凯知识产权代理有限公司

代理人:

关畅

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内容摘要

本发明公开了一种隶属于R型水合酶的基因片段及其编码蛋白与应用。本发明所提供的隶属于R型水合酶的基因片段编码的蛋白是如下(a)或(b):(a)由序列表中序列2所示的氨基酸序列组成的蛋白质;(b)将序列2的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加,且具有水解巴豆酰辅酶A活性的由序列2衍生的蛋白质。实验证明,本发明所提供的MaoC-Del63-88蛋白对于底物巴豆酰辅酶A(Crotonyl-CoA)具乙酰辅酶A水合酶活性,其酶活达126.7U/mg,显著高于原始MaoC蛋白的酶活(58.1U/mg)。本发明所提供的MaoC-Del63-88蛋白及其编码基因可用于有效合成聚羟基脂肪酸酯(PHA),为进一步应用绿色塑料聚羟基脂肪酸酯(PHA)提供了一定的技术储备。

权利要求书

1.蛋白质,是如下(a)或(b):(a)由序列表中序列2所示的氨基酸序列组成的蛋白质;(b)将序列2的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加,且具有水解巴豆酰辅酶A活性的由序列2衍生的蛋白质。 2.编码权利要求1所述蛋白质的核酸分子。 3.根据权利要求2所述的核酸分子,其特征在于:所述核酸分子为编码权利要求1所述蛋白质的基因;所述基因是如下1)-4)中任一所述的DNA分子:1)编码序列为序列表中序列1的DNA分子;2)序列表中序列1所示的DNA分子;3)在严格条件下与1)或2)限定的DNA分子杂交且编码权利要求1所述蛋白质的DNA分子;4)与1)或2)或3)限定的DNA分子具有90%以上同源性且编码权利要求1所述蛋白质的DNA分子。 4.含有权利要求2或3所述核酸分子的重组载体、表达盒、重组细胞、重组菌或重组病毒。 5.根据权利要求4所述的重组载体,其特征在于:所述重组载体为重组表达载体或重组克隆载体。 6.根据权利要求5所述的重组载体,其特征在于:所述重组表达载体中启动所述基因转录的启动子为T7启动子。 7.根据权利要求6所述的重组载体,其特征在于:所述重组表达载体为在pET28a(+)载体的多克隆位点处插入权利要求2或3所述核酸分子后得到的重组质粒。 8.权利要求1所述蛋白质,或权利要求2或3所述核酸分子,或权利要求4-7中任一所述的重组载体、表达盒、重组细胞、重组菌或重组病毒在如下任一中应用:(1)水解巴豆酰辅酶A;(2)制备水解巴豆酰辅酶A的产品;(3)作为乙酰辅酶A水合酶;(4)制备具有乙酰辅酶A水合酶活性的产品;(5)合成聚羟基脂肪酸酯;(6)制备合成聚羟基脂肪酸酯的产品。 9.活性成分为权利要求1所述蛋白质,或权利要求2或3所述核酸分子,或权利要求4-7中任一所述的重组载体、表达盒、重组细胞、重组菌或重组病毒的如下任一产品:(1)水解巴豆酰辅酶A的产品;(2)具有乙酰辅酶A水合酶活性的产品。 10.权利要求1所述蛋白质的制备方法,包括如下步骤:将权利要求1所述的蛋白质的编码基因在生物细胞中进行表达,得到权利要求1所述蛋白质;所述生物细胞为微生物细胞、非人动物细胞或植物细胞;所述蛋白质的编码基因的核苷酸序列具体如序列表中序列1所示。

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域,涉及一种隶属于R型水合酶的基因片段及其编码蛋白 与应用,特别涉及一种隶属于R型水合酶的基因片段MaoC-Del63-88及其编码蛋白与 应用。

背景技术

在过去的50年内,石油化工塑料已是应用最多的材料,主要是因为这类塑料具有 多种结构、多种性能,且原材料价格低廉。目前这类塑料产量年增长速度为9.9%,但 给人类带来了严峻的“能源问题”和“环境问题”。

生物降解塑料是近些年发展起来的被全球公认的一种真正绿色环保塑料,易于被 环境中的有机物质降解,从根本上解决“白色污染”问题。目前全球研发的生物降解 塑料品种已有几十种,其中聚羟基脂肪酸酯(PHA)是其中最为活跃的研究热点。PHA 作为一种“生物可降解塑料”除用于环境友好型包装之外,还可用于热敏胶、压敏胶 和水溶胶及拉成纤维等。此外,基于PHA具生物可降解和生物相容性,PHA可作为 医用植入材料和可控药物缓释载体,PHA的寡聚物可作为酮体供体的营养添加剂, PHA的手性单体作为药物或手性合成的中间体,PHA膜蛋白可用于某些微量蛋白的分 离;PHA合成基因还可用于调节微生物的新陈代谢,调节微生物于逆境条件下的生存 能力,由此可用于改造工业微生物菌株,提高微生物发酵的效率等。

PHA的生物合成是一个受多种酶参与催化、由不同的代谢途径控制的复杂过程。 PHA合成需要β-酮基硫解酶、乙酰乙酰辅酶A还原酶和PHA聚合酶等。此外,(R)- 专一的烯酰辅酶A水合酶(PhaJ)能通过脂肪酸的β-氧化提供合成PHA的前体物,它 的使用为脂肪酸在重组菌株中合成PHA提供了有力的工具。

隶属于R型水合酶((R)-hydratase)的一种新酶类单胺氧化酶C类水合酶 (MaoC-like hydratase,MaoC)是最近发现的一种新乙酰辅酶A水合酶(Enoyl-CoA  hydratase),该酶在脂肪酸β-氧化至PHA的合成过程中提供(R)-专一的羟烷基辅酶A (R-3-hydroxyacyl-CoA)。MaoC已经被证明对底物巴豆酰辅酶A(Crotonyl-CoA)具 乙酰辅酶A水合酶(Enoyl-CoA hydratase)的活性。MaoC因具乙酰辅酶A水合酶 (Enoyl-CoA hydratase)活性而成为与PHA合成相关的众多酶类成员之一。

作为生态环境友好型塑料,PHA是最具环保和最具发展前景的绿色塑料之一,该 类塑料的不断开发和应用领域的不断拓宽将会给人类生活带来极其深远的影响。

发明内容

本发明的目的是提供一种隶属于R型水合酶的基因片段及其编码蛋白与应用。

本发明所提供的隶属于R型水合酶的基因片段的编码蛋白,名称为 MaoC-Del63-88,是由类单胺氧化酶C类水合酶(MaoC-like hydratase,MaoC)蛋白 (GenBank:GU190361)进行部分氨基酸缺失后所得的蛋白,具体是如下(a)或(b):

(a)由序列表中序列2所示的氨基酸序列组成的蛋白质,即删除了MaoC蛋白 (GenBank:GU190361)的第63-88位氨基酸后所得的蛋白;

(b)将序列2的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添 加且具有水解巴豆酰辅酶A活性的由序列2衍生的蛋白质。

序列表中序列2由272个氨基酸残基组成。

为了便于MaoC-Del63-88蛋白的纯化,可在由序列表中序列2的氨基酸残基序 列组成的蛋白质的氨基末端或羧基末端连接上如下表所示的标签。

表:标签的序列

标签 残基 序列 Poly-Arg 5-6(通常为5个) RRRRR Poly-His 2-10(通常为6个) HHHHHH FLAG 8 DYKDDDDK Strep-tag II 8 WSHPQFEK c-myc 10 EQKLISEEDL

上述(a)中的MaoC-Del63-88蛋白可人工合成,也可先合成其编码基因,再进行 生物表达得到。上述(b)中的MaoC-Del63-88蛋白可通过如下方法得到:将序列表 中序列1所示的DNA序列中缺失一个或几个氨基酸残基的密码子,和/或进行一个或 几个碱基对的错义突变,和/或在其5′端和/或3′端连上上表所示的标签的编码序列得 到编码基因,再进行生物表达得到MaoC-Del63-88蛋白。

编码所述MaoC-Del63-88蛋白的核酸分子也属于本发明的保护范围。

所述核酸分子可以是DNA,如cDNA、基因组DNA或重组DNA;所述核酸分子 也可以是RNA,如mRNA、hnRNA或tRNA等。

在本发明的一个实施例中,所述核酸分子具体为编码所述蛋白质的基因(命名为 MaoC-Del63-88);所述MaoC-Del63-88基因是如下1)-4)中任一所述的DNA分子:

1)编码序列为序列表中序列1的DNA分子;

2)序列表中序列1所示的DNA分子;

3)在严格条件下与1)或2)限定的DNA分子杂交且编码所述MaoC-Del63-88 蛋白的DNA分子;

4)与1)或2)或3)限定的DNA分子具有90%以上同源性且编码所述 MaoC-Del63-88蛋白的DNA分子。

上述严格条件可为用6×SSC,0.5%SDS的溶液,在65°C下杂交,然后用2×SSC, 0.1%SDS和1×SSC,0.1%SDS各洗膜一次。

其中,序列1由819个核苷酸组成,整个序列即为其编码序列,编码序列表中序 列2所示的蛋白质。

含有所述核酸分子(MaoC-Del63-88基因)的重组载体、表达盒、转基因细胞系 或重组菌也属于本发明的保护范围。

所述重组载体可为重组表达载体,也可为重组克隆载体。

所述重组表达载体可用现有的表达载体构建。所述表达载体还可包含外源基因的 3’端非翻译区域,即包含聚腺苷酸信号和任何其它参与mRNA加工或基因表达的DNA 片段。所述聚腺苷酸信号可引导聚腺苷酸加入到mRNA前体的3’端。使用所述基因构 建重组表达载体时,在其转录起始核苷酸前可加上任何一种增强型、组成型、组织特 异型或诱导型启动子,它们可单独使用或与其它的启动子结合使用;此外,使用本发 明的基因构建重组表达载体时,还可使用增强子,包括翻译增强子或转录增强子。为 了便于对转基因细胞进行鉴定及筛选,可对所用表达载体进行加工,如加入可发光化 合物的基因(GFP基因、萤光素酶基因等)、具有抗性的抗生素标记物(庆大霉素标 记物、卡那霉素标记物等)等。

在本发明中,所述重组表达载体中启动所述基因转录的启动子为T7启动子。

在本发明的一个实施例中,所述重组表达载体具体为在pET28a(+)载体的多克隆 位点(如BamH I和EcoR I)处插入所述MaoC-Del63-88基因后所得的重组质粒。

所述表达盒由能够启动所述MaoC-Del63-88基因表达的启动子,所述 MaoC-Del63-88基因,以及转录终止序列组成。

所述MaoC-Del63-88蛋白,或所述MaoC-Del63-88基因,或所述重组载体、表达 盒、重组细胞、重组菌或重组病毒在如下任一中应用也属于本发明的保护范围:

(1)水解巴豆酰辅酶A(Crotonyl-CoA);

(2)制备水解巴豆酰辅酶A(Crotonyl-CoA)的产品;

(3)作为乙酰辅酶A水合酶(Enoyl-CoA hydratase);

(4)制备具有乙酰辅酶A水合酶(Enoyl-CoA hydratase)活性的产品;

(5)合成聚羟基脂肪酸酯(Polyhydroxyalkanoate,PHA);

(6)制备合成聚羟基脂肪酸酯(Polyhydroxyalkanoate,PHA)的产品。

活性成分为所述MaoC-Del63-88蛋白,或所述MaoC-Del63-88基因,或所述重组 载体、表达盒、重组细胞、重组菌或重组病毒的如下任一产品也属于本发明的保护范 围:

(1)水解巴豆酰辅酶A(Crotonyl-CoA)的产品;

(2)具有乙酰辅酶A水合酶(Enoyl-CoA hydratase)活性的产品。

本发明的再一个目的是提供一种所述MaoC-Del63-88蛋白的制备方法。

本发明所提供的所述MaoC-Del63-88蛋白的制备方法,具体可包括如下步骤:将 所述MaoC-Del63-88蛋白的编码基因在生物细胞中进行表达,得到所述 MaoC-Del63-88蛋白;所述生物细胞可为微生物细胞、非人动物细胞或植物细胞;在 本发明的一个实施例中,所述生物细胞具体为大肠杆菌,如大肠杆菌BL21(DE3)。

在上述方法中,所述MaoC-Del63-88蛋白的编码基因MaoC-Del63-88的核苷酸序 列具体如序列表中序列1所示。

在本发明的一个实施例中,所述MaoC-Del63-88基因是通过重组表达载体的形式 导入目的大肠杆菌中;所述重组表达载体具体为在pET28a(+)载体的多克隆位点(如 BamH I和EcoR I)处插入所述MaoC-Del63-88基因后所得的重组质粒。

在所述MaoC-Del63-88蛋白的制备方法中,所述“将所述MaoC-Del63-88蛋白的 编码基因在生物细胞中进行表达”包括用异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷(IPTG)对导 入所述MaoC-Del63-88基因的所述生物细胞(大肠杆菌BL21(DE3))进行诱导的步骤; 所述诱导的最佳温度为16℃,所述IPTG的最佳终浓度为1mM,所述诱导的最佳时间 为16h。

本发明敲除了MaoC蛋白(GenBank:GU190361)的第63-88位氨基酸后得到了 MaoC-Del63-88蛋白。实验证明,本发明所提供的MaoC-Del63-88蛋白对于底物巴豆 酰辅酶A(Crotonyl-CoA)具乙酰辅酶A水合酶(Enoyl-CoA hydratase)活性,且与 原始的MaoC蛋白相比具有更高的活性。MaoC-Del63-88蛋白的酶活力达到 126.7U/mg,而原始的MaoC蛋白的酶活力为58.1U/mg,两者差异显著,具有统计学 意义。因此,本发明所提供的MaoC-Del63-88蛋白及其编码基因可用于有效合成聚羟 基脂肪酸酯(PHA),本发明为进一步应用绿色塑料聚羟基脂肪酸酯(PHA)提供了一 定的技术储备。

附图说明

图1为MaoC-Del63-88蛋白的原核表达的SDS-PAGE图谱。其中,泳道1为IPTG 诱导前;泳道2-4为IPTG诱导后;泳道M为标准蛋白Marker。

图2为MaoC蛋白的原核表达的SDS-PAGE图谱。其中,泳道1为IPTG诱导前; 泳道2-5为IPTG诱导后;泳道M为标准蛋白Marker。

图3为MaoC-Del63-88蛋白的原核表达产物纯化后的SDS-PAGE图谱。其中,泳 道M为标准蛋白Marker;泳道1为亲和层析纯化后的MaoC-Del63-88蛋白。

图4为MaoC蛋白的原核表达产物、超声裂解产物及亲和层析产物的SDS-PAGE 图谱。其中,泳道1为重组菌IPTG诱导前;泳道2为表达产物超声裂解后上清液; 泳道3为表达产物超声裂解后沉淀物;泳道4为表达产物超声裂解后上清液挂亲和层 析Ni柱后的流穿液;泳道5为亲和层析洗脱液(即纯化后MaoC蛋白);泳道M为标 准蛋白Marker。

图5为纯化后的MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白的乙酰辅酶A水合酶活性测定 结果。其中,1表示MaoC蛋白;2表示MaoC-Del63-88蛋白。

具体实施方式

下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法,如Sambrook等 分子克隆实验手册(New York:Gold Spring Harbor Laboratory Press,1989),或Draper,J 等(Blackwell,1988)所述的操作技术规程,或按试剂盒建议的实验方法。

下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。

辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici Leonian):记载在“Feng BZ,Li P,Wang H,Zhang  XG(2010)Functional analysis of Pcpme6from oomycete plant pathogen Phytophthora  capsici.Microbial Pathogenesis49:23-31”一文中,公众可从山东农业大学获得。

pET28a(+)载体:购于Novagen公司,其产品目录号为69864-3。

大肠杆菌DH5α:购于北京全式金生物技术有限公司,TransGen目录号:CD201。

大肠杆菌BL21(DE3):购于北京全式金生物技术有限公司,TransGen目录号: CD701。

巴豆酰辅酶A(Crotonyl-CoA):购于上海西格玛Sigma公司,其产品目录号为 28007-5MG。

实施例1、MaoC-Del63-88基因的获得

一、单胺氧化酶C类水合酶基因MaoC的获得

根据2008年由美国能源部基因研究所(U.S.Department of Energy Joint Genome  Institute--DOE JGI)公布的辣椒疫霉全基因组草图序列,经生物信息学分析获得目的 基—类单胺氧化酶C类水合酶(MaoC-like hydratase,MaoC)的基因序列(GenBank: GU190361),设计两端分别带有酶切位点BamH I和EcoR I的特异引物MaoC-F和 MaoC-R,以辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici Leonian)的基因组DNA为模板进行 PCR扩增。

MaoC-F:5’-CGCGGATCCATGAGTGTGAACGTGGACAAG-3’(下划线部分为酶 切位点BamH I的识别序列,其后的序列为GenBank:GU190361的第1-21位,也为 序列1的第1-21位)

MaoC-R:5’-CCGGAATTCTTACAAACGCGCACTGGCGTC-3’(下划线部分为酶 切位点EcoR I的识别序列,其后的序列为GenBank:GU190361的第877-897位的反 向互补序列,为序列1的第799-819位的反向互补序列)

反应体系(50μL):ddH2O(32.5μL),10×buffer(5μL),MgCL2(4μL),dNTP (4μL),MaoC-F(1μL),MaoC-R(1μL),DNA模板(2μL),Taq酶(0.5μL)。

PCR反应程序:95℃10min;94℃1min,55℃1min,72℃1min,共35个循 环;最后72℃延伸10min。

反应结束后,取10μL反应产物电泳,确定含有目基因MaoC(大小约为900bp), 送上海博亚生物有限公司测序。测序结果显示,PCR产物的核苷酸序列为 “CGCGGATCC+GenBank:GU190361+GAATTCCGG”,即得到两端分别带有酶切位 点BamH I和EcoR I的类单胺氧化酶C类水合酶基因—MaoC基因。

二、MaoC-Del63-88基因的获得

根据MaoC基因全长序列推测获得相应的氨基酸序列(GenBank:GU190361)。 基于MaoC蛋白结构(PDB code:3KH8)分析,发现第63-88位氨基酸反应在蛋白结 构上可能盖在了MaoC蛋白的活性氨基酸位点(Asp-194,His-199和Gly-217)上,因 此设计引物,对该段序列进行敲除,敲除第63-88位的氨基酸残基,以期得到活性更 高的突变体。引物序列如下:

MaoC-Del63-88-F:5’-ATCCTGCACGGAGAGCAGTCG-3(序列1的第187-207 位,为GenBank:GU190361的第265-285位);

MaoC-Del63-88-R:5’-CTGTCCTTTGAAGGGCAGGCA-3’(序列1的第166-186 位的反向互补序列,也为GenBank:GU190361的第166-186位的反向互补序列)。

以步骤1所得的两端分别带有酶切位点BamH I和EcoR I的MaoC基因为模板, 用引物MaoC-F(序列同步骤一中)加引物MaoC-Del63-88-R进行PCR反应,同时用 引物MaoC-Del63-88-F加引物MaoC-R(序列同步骤一中)进行PCR反应,以以上两 次PCR反应的产物为模板用引物MaoC-F加引物MaoC-R(序列同步骤一中)进行PCR 反应扩增并回收产物获得目的基因。

反应体系(50μL):ddH2O(32.5μL),10×buffer(5μL),MgCL2(4μL),dNTP (4μL),MaoC-Del63-88-F(1μL),MaoC-Del63-88-R(1μL),DNA模板(2μL), Taq酶(0.5μL)。

PCR反应程序:95℃10min;94℃1min,55℃1min,72℃1min,共35个循 环;最后72℃延伸10min。

反应结束后,取10μL反应产物电泳,确定含有目的基因—敲除了第63-88位氨基 酸残基的MaoC蛋白的编码基因(大小约为820bp),送上海博亚生物有限公司测序。 测序结果显示,PCR产物的核苷酸序列为“CGCGGATCC+序列1+GAATTCCGG”, 即得到两端分别带有酶切位点BamH I和EcoR I的目的基因,将该基因命名为 MaoC-Del63-88基因。所述MaoC-Del63-88基因(序列1)与MaoC基因(GenBank: GU190361)相比,缺失了MaoC基因的第187-264位核苷酸。MaoC-Del63-88基因编 码序列表中序列2所示的蛋白,将该蛋白命名为MaoC-Del63-88蛋白。

实施例2、MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白的原核表达及纯化

一、重组表达载体pET28a-MaoC-Del63-88和pET28a-MaoC的构建

用限制性内切酶BamH I和EcoR I分别双酶切(37℃水浴反应4小时以上)实施 例1步骤一得到的两端分别带有酶切位点BamH I和EcoR I的MaoC基因,以及实施 例1步骤二得到的两端分别带有酶切位点BamH I和EcoR I的MaoC-Del63-88基因; 回收酶切产物,分别与经过同样双酶切的pET28a(+)载体骨架片段相连(16℃水浴反 应4小时),取两种连接产物各10μL,分别加入到100μL的大肠杆菌DH5α感受态 细胞中,放入42℃水浴中热激90s,快速放入冰水中2min;加入800μL不含抗生素 的LB培养基,37℃水浴1h以上;12000rpm离心2min,吸弃大部分上清培养基,剩 余约100μL吹打悬浮沉淀;涂布含有卡那抗生素的LB琼脂平板,倒置平板37℃培养 过夜。

对于两种连接产物,分别挑取若干单菌落,接入5ml的LB培养基中,培养过夜, 提取质粒进行PCR和酶切鉴定。PCR扩增所用引物为MaoC-F和MaoC-R,酶切鉴定 所用内切酶为BamH I和EcoR I。

对于MaoC基因与pET28a(+)载体骨架片段的连接产物,将经PCR检测和酶切鉴 定均得到大小约为900bp目的条带的重组质粒送样测序。将测序表明在pET28a(+)载 体的多克隆位点BamH I和EcoR I之间插入GenBank:GU190361所示DNA片段的重 组质粒命名为pET28a-MaoC。在重组表达载体pET28a-MaoC中,启动所述MaoC基 因转录的启动子为T7启动子。

对于MaoC-Del63-88基因与pET28a(+)载体骨架片段的连接产物,将经PCR检测 和酶切鉴定均得到大小约为820bp目的条带的重组质粒送样测序。将测序表明在 pET28a(+)载体的多克隆位点BamH I和EcoR I之间插入序列表中序列1所示DNA片 段的重组质粒命名为pET28a-MaoC-Del63-88。在重组表达载体pET28a-MaoC-Del63-88 中,启动所述MaoC-Del63-88基因转录的启动子为T7启动子。

二、MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白的原核表达

1、预实验

(1)将步骤一构建的重组表达载体pET28a-MaoC和pET28a-MaoC-Del63-88分 别转化大肠杆菌BL21(DE3),涂于含有卡那霉素的抗性LB平板上,37℃倒置培养过 夜。

(2)从LB平板上挑取5个单克隆菌落,分别接入5ml LB(含有50mg/L的Kan) 的15ml离心管中,于37℃震荡培养至OD值0.6-0.8之间。

(3)每一个试管各取500μL菌液和15%(体积分数)的甘油(溶剂为LB)按 照体积比1:1的比例混合后装至灭菌冻存管中,-80℃保存。

(4)每一个试管中取500μL菌液,做为诱导前对照。

(5)每一个试管中加入5μL终浓度为1mM的异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷 (IPTG),37℃200rpm诱导表达4个小时。

(6)诱导结束后,分别取500μL的菌液,与步骤(4)中所取的诱导前菌液分别 离心,12000rpm,2分钟。

(7)弃掉上清,分别加入10μL5×样品缓冲液,于100℃加热5分钟变性,上样 前离心,12000rpm,5分钟。

(8)15%SDS-PAGE电泳分析表达结果。

结果显示,转入重组表达载体pET28a-MaoC-Del63-88的大肠杆菌BL21(DE3)在 经IPTG诱导后,与诱导前相比,有大量的大小为33KDa的MaoC-Del63-88目的蛋白 表达(图1)。另外,转入重组表达载体pET28a-MaoC的大肠杆菌BL21(DE3)在经IPTG 诱导后,与诱导前相比,有大量的大小为36KDa左右的MaoC目的蛋白表达(图2)。

2、MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白表达条件的优化

根据步骤1的结果可确定MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白能够正常重组表达。 由于目的蛋白在重组菌中的可溶性越高,越利于纯化和后续研究,所以为了优化高效 表达条件,本发明的发明人在诱导温度、诱导剂IPTG的剂量、诱导时间等参数上进 行了优化筛选,确定最佳表达条件。具体操作如下:

(a)分别取5个含100ml LB(100mg/ml Kan)的250ml锥形瓶,编号1-5,然 后分别加入1ml重组菌(转入重组表达载体pET28a-MaoC或pET28a-MaoC-Del63-88 的大肠杆菌BL21(DE3)),37℃,200rpm振荡培养。

(b)至菌液OD600约为0.6-0.8,对1-5号锥形瓶分别进行如下任一条件筛选:

I.IPTG浓度(1.0mM)和诱导时间(4h)不变,筛选适宜的诱导表达温度,依次 为37℃、30℃、25℃、20℃、16℃;

II.诱导温度(37℃)和时间(4h)不变,筛选适宜的诱导剂浓度,IPTG浓度依 次为0.2mM、0.4mM、0.6mM、0.8mM、1.0mM;

III.诱导温度(16℃)和IPTG浓度(1.0mM)不变,筛选适宜的诱导时间,依 次为1h,2h,4h,8h,16h;

(c)诱导后4℃5000rpm离心6min,弃上清。

(d)每100ml重组菌菌悬液离心所得沉淀,悬于10ml预冷的重悬液(20mM Tris, 150mM NaCl,pH8.5)中,4℃下超声波破碎细胞(300W条件下超声30分钟,超声 3s间歇3s),超声后,4℃15000rpm离心30min。

(e)1-5号样品分别取上清、沉淀,各加入10μL的5×样品缓冲液,于100℃加 热5分钟变性,上样前12000rpm离心5min。

(f)15%SDS-PAGE电泳分析,确定可溶性目的蛋白表达的最佳条件。

结果显示,于16℃,IPTG终浓度1mM的条件下诱导16h,破菌后的上清液中可 溶性MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白的表达量较高,后续大量蛋白诱导均采用此条 件进行。

3、MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白的大量表达

挑取阳性重组菌克隆(转入重组表达载体pET28a-MaoC或pET28a-MaoC-Del63-88 的大肠杆菌BL21(DE3)),接种至含50mg/L卡那霉素的10ml LB培养基中,37℃震荡 培养过夜至OD600=0.6-0.8,然后按体积比1:100接种至含50mg/L卡那霉素的1L LB 培养基中,37℃震荡培养至OD600=0.6-0.8。按照步骤2所得的优化表达条件进行, 即冷却至16℃后,添加IPTG至终浓度为1mM,诱导培养16h,然后5000rpm,离心 6分钟收集菌体沉淀,待用。

按照每100ml重组菌菌悬液离心所得沉淀悬于10ml预冷的重悬液(20mM Tris, 150mM NaCl,pH8.5)的量,对所得菌体沉淀进行重悬,再于超声波破碎仪冰水浴下 于300W条件下超声30分钟(超声3s间歇3s)后,超声后,15000rpm离心20分钟, 吸取上清液,即得到待纯化的目的蛋白(MaoC-Del63-88蛋白或MaoC蛋白)粗制品。 其间,可对上清液及沉淀分别进行SDS-PAGE分析,确定目的蛋白以可溶的方式存在 于上清液中。

三、MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白的纯化

由于目的蛋白(MaoC-Del63-88蛋白或MaoC蛋白)中带有由6个His组成的标 签,故而可用Ni柱对其进行纯化。具体如下:

重悬液:20mM Tris,150mM NaCl,pH8.5;各浓度为相应组分的终浓度。

基本洗杂液WBⅠ:20mM Tris,150mM NaCl,20mM咪唑,pH8.5;各浓度为 相应组分的终浓度。

洗杂液WBⅡ:20mM Tris,150mM NaCl,20mM咪唑,1%(v/v)Tween-20,pH8.5; 各浓度为相应组分的终浓度。

洗杂液WBⅢ:20mM Tris,150mM NaCl,20mM咪唑,1M尿素,pH8.5;各 浓度为相应组分的终浓度。

洗杂液WBⅣ:20mM Tris,150mM NaCl,40mM咪唑,pH8.5;各浓度为相应 组分的终浓度。

洗脱液:20mM Tris,150mM NaCl,200mM咪唑,pH8.5;各浓度为相应组分 的终浓度。

取3ml Ni-NTA凝胶树脂(GE公司,目录号:17-5268-01)加至纯化柱中,用重 悬液冲洗2-5个柱体积,将步骤二所得的待纯化的目的蛋白(MaoC-Del63-88蛋白或 MaoC蛋白)粗制品过纯化柱3次以上,再进行洗杂。先用基本洗杂液WBⅠ洗杂200 ml左右,然后依次用洗杂液WBⅡ、洗杂液WBⅢ、洗杂液WBⅣ分别洗杂100ml左 右,最后用洗脱液洗脱10ml左右,收集洗脱液,即获得纯化后的目的蛋白 (MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白)。

SDS-PAGE分析所收集的洗脱液,结果显示两个目的蛋白(MaoC-Del63-88蛋白 和MaoC蛋白)的纯度均达95%以上。其中,MaoC-Del63-88蛋白的纯化后SDS-PAGE 结果如图3所示,MaoC蛋白纯化前后SDS-PAGE结果如图4所示。进一步用Bradford 方法测定两个目的蛋白(MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白)的浓度(天根TianGen 公司,目录号:PA102),结果显示MaoC-Del63-88蛋白的浓度为2.9mg/ml,MaoC蛋 白的浓度为3.2mg/ml。

实施列3、MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白的乙酰辅酶A水合酶活性测定

本实施例通过测定对MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白底物巴豆酰辅酶A (Crotonyl-CoA)的水解程度(底物消耗量),来测定其乙酰辅酶A水合酶的活性高 低。乙酰辅酶A水合酶活力单位(U)定义为每分钟消耗1μmol巴豆酰辅酶A所需目 的蛋白(MaoC-Del63-88蛋白或MaoC蛋白)的量(mg)。由于巴豆酰辅酶A在263nm 下具有吸收峰,且其吸收值(OD263)与试样中巴豆酰辅酶A的含量成正比,故而通 过酶反应前后反应液的OD263nm值,计算底物巴豆酰辅酶A的消耗量,即按照如下 公式计算底物巴豆酰辅酶A的消耗量:

底物消耗量=反应前底物含量-(反应前底物含量×反应后OD263)/反应前OD263

具体步骤为:

取10μL浓度调整为1mg/ml的实施例2得到的纯化后的目的蛋白(MaoC-Del63-88 蛋白或MaoC蛋白)溶液,加入90μL巴豆酰辅酶A溶液(50mM Tris、0.25mM巴 豆酰辅酶A,pH8.0;各浓度为相应组分的终浓度),于30℃反应5分钟,反应前后分 别测定反应体系的OD263nm值。同时以煮沸灭活的目的蛋白溶液做阴性对照,以不 加目的蛋白溶液做阳性对照,测吸光值所用的比色皿厚度为1cm。实验重复3次,结 果取平均值。

结果如表1和图5所示,最终计算出的MaoC蛋白的乙酰辅酶A水合酶的酶活为 58.1U/mg,而MaoC-Del63-88蛋白的乙酰辅酶A水合酶的酶活为126.7U/mg,且两者 差异显著,具有统计学意义。可见,本发明所提供的MaoC-Del63-88蛋白与原始MaoC 蛋白相比,对底物巴豆酰辅酶A具有更高的乙酰辅酶A水合酶活性,为聚羟基脂肪酸 酯(Polyhydroxyalkanoate,PHA)的生物合成提供了重要的基因乃至酶类技术储备。

表1MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白的乙酰辅酶A水合酶活性测定结果 单位(U/mg)

酶活 重复1 重复2 重复3 平均值±标准差 MaoC蛋白 59.6 57.2 57.5 58.1±1.71 MaoC-Del63-88蛋白 128.3 126.2 125.7 126.7±1.90

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1、(10)申请公布号 CN 103589708 A (43)申请公布日 2014.02.19 CN 103589708 A (21)申请号 201310091588.1 (22)申请日 2013.03.20 C12N 9/88(2006.01) C12N 15/60(2006.01) C12N 15/63(2006.01) C12N 5/10(2006.01) C12N 1/21(2006.01) C12N 7/01(2006.01) C12P 7/62(2006.01) (71)申请人 山东农业大学 地址 271018 山东省泰安市岱宗大街 61 号 (72)发明人 张修国 王会征 (74)专。

2、利代理机构 北京纪凯知识产权代理有限 公司 11245 代理人 关畅 (54) 发明名称 一种隶属于 R 型水合酶的基因片段及其编码 蛋白与应用 (57) 摘要 本发明公开了一种隶属于 R 型水合酶的基 因片段及其编码蛋白与应用。本发明所提供的 隶属于 R 型水合酶的基因片段编码的蛋白是如 下 (a) 或 (b) :(a) 由序列表中序列 2 所示的氨基 酸序列组成的蛋白质 ;(b) 将序列 2 的氨基酸序 列经过一个或几个氨基酸残基的取代和 / 或缺 失和 / 或添加, 且具有水解巴豆酰辅酶 A 活性的 由序列 2 衍生的蛋白质。实验证明, 本发明所提 供的 MaoC-Del63-88 蛋白。

3、对于底物巴豆酰辅酶 A (Crotonyl-CoA) 具乙酰辅酶 A 水合酶活性, 其酶 活达 126.7U/mg, 显著高于原始 MaoC 蛋白的酶活 (58.1U/mg) 。本发明所提供的 MaoC-Del63-88 蛋 白及其编码基因可用于有效合成聚羟基脂肪酸酯 (PHA) , 为进一步应用绿色塑料聚羟基脂肪酸酯 (PHA) 提供了一定的技术储备。 (51)Int.Cl. 权利要求书 1 页 说明书 9 页 序列表 3 页 附图 3 页 (19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 权利要求书1页 说明书9页 序列表3页 附图3页 (10)申请公布号 CN 10358970。

4、8 A CN 103589708 A 1/1 页 2 1. 蛋白质, 是如下 (a) 或 (b) : (a) 由序列表中序列 2 所示的氨基酸序列组成的蛋白质 ; (b) 将序列 2 的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和 / 或缺失和 / 或添加, 且具有水解巴豆酰辅酶 A 活性的由序列 2 衍生的蛋白质。 2. 编码权利要求 1 所述蛋白质的核酸分子。 3. 根据权利要求 2 所述的核酸分子, 其特征在于 : 所述核酸分子为编码权利要求 1 所 述蛋白质的基因 ; 所述基因是如下 1) -4) 中任一所述的 DNA 分子 : 1) 编码序列为序列表中序列 1 的 DNA 分子 ; 2。

5、) 序列表中序列 1 所示的 DNA 分子 ; 3) 在严格条件下与 1) 或 2) 限定的 DNA 分子杂交且编码权利要求 1 所述蛋白质的 DNA 分子 ; 4) 与 1) 或 2) 或 3) 限定的 DNA 分子具有 90% 以上同源性且编码权利要求 1 所述蛋白 质的 DNA 分子。 4. 含有权利要求 2 或 3 所述核酸分子的重组载体、 表达盒、 重组细胞、 重组菌或重组病 毒。 5. 根据权利要求 4 所述的重组载体, 其特征在于 : 所述重组载体为重组表达载体或重 组克隆载体。 6. 根据权利要求 5 所述的重组载体, 其特征在于 : 所述重组表达载体中启动所述基因 转录的启动。

6、子为 T7 启动子。 7. 根据权利要求 6 所述的重组载体, 其特征在于 : 所述重组表达载体为在 pET28a(+) 载体的多克隆位点处插入权利要求 2 或 3 所述核酸分子后得到的重组质粒。 8.权利要求1所述蛋白质, 或权利要求2或3所述核酸分子, 或权利要求4-7中任一所 述的重组载体、 表达盒、 重组细胞、 重组菌或重组病毒在如下任一中应用 : (1) 水解巴豆酰辅酶 A ; (2) 制备水解巴豆酰辅酶 A 的产品 ; (3) 作为乙酰辅酶 A 水合酶 ; (4) 制备具有乙酰辅酶 A 水合酶活性的产品 ; (5) 合成聚羟基脂肪酸酯 ; (6) 制备合成聚羟基脂肪酸酯的产品。 9。

7、. 活性成分为权利要求 1 所述蛋白质, 或权利要求 2 或 3 所述核酸分子, 或权利要求 4-7 中任一所述的重组载体、 表达盒、 重组细胞、 重组菌或重组病毒的如下任一产品 : (1) 水解巴豆酰辅酶 A 的产品 ; (2) 具有乙酰辅酶 A 水合酶活性的产品。 10. 权利要求 1 所述蛋白质的制备方法, 包括如下步骤 : 将权利要求 1 所述的蛋白质的 编码基因在生物细胞中进行表达, 得到权利要求 1 所述蛋白质 ; 所述生物细胞为微生物细 胞、 非人动物细胞或植物细胞 ; 所述蛋白质的编码基因的核苷酸序列具体如序列表中序列 1 所示。 权 利 要 求 书 CN 103589708 。

8、A 2 1/9 页 3 一种隶属于 R 型水合酶的基因片段及其编码蛋白与应用 技术领域 0001 本发明属于生物技术领域, 涉及一种隶属于 R 型水合酶的基因片段及其编码蛋白 与应用, 特别涉及一种隶属于R型水合酶的基因片段MaoC-Del63-88及其编码蛋白与应用。 背景技术 0002 在过去的 50 年内, 石油化工塑料已是应用最多的材料, 主要是因为这类塑料具有 多种结构、 多种性能, 且原材料价格低廉。目前这类塑料产量年增长速度为 9.9%, 但给人类 带来了严峻的 “能源问题” 和 “环境问题” 。 0003 生物降解塑料是近些年发展起来的被全球公认的一种真正绿色环保塑料, 易于被。

9、 环境中的有机物质降解, 从根本上解决 “白色污染” 问题。目前全球研发的生物降解塑料品 种已有几十种, 其中聚羟基脂肪酸酯 (PHA) 是其中最为活跃的研究热点。PHA 作为一种 “生 物可降解塑料” 除用于环境友好型包装之外, 还可用于热敏胶、 压敏胶和水溶胶及拉成纤维 等。此外, 基于 PHA 具生物可降解和生物相容性, PHA 可作为医用植入材料和可控药物缓释 载体, PHA 的寡聚物可作为酮体供体的营养添加剂, PHA 的手性单体作为药物或手性合成的 中间体, PHA 膜蛋白可用于某些微量蛋白的分离 ; PHA 合成基因还可用于调节微生物的新陈 代谢, 调节微生物于逆境条件下的生存能。

10、力, 由此可用于改造工业微生物菌株, 提高微生物 发酵的效率等。 0004 PHA 的生物合成是一个受多种酶参与催化、 由不同的代谢途径控制的复杂过程。 PHA 合成需要 - 酮基硫解酶、 乙酰乙酰辅酶 A 还原酶和 PHA 聚合酶等。此外, (R)- 专一的 烯酰辅酶 A 水合酶 (PhaJ) 能通过脂肪酸的 - 氧化提供合成 PHA 的前体物, 它的使用为脂 肪酸在重组菌株中合成 PHA 提供了有力的工具。 0005 隶属于 R 型水合酶 ((R)-hydratase)的一种新酶类单胺氧化酶 C 类水合酶 (MaoC-like hydratase, MaoC)是最近发现的一种新乙酰辅酶 A。

11、 水合酶 (Enoyl-CoA hydratase) , 该酶在脂肪酸 - 氧化至 PHA 的合成过程中提供 (R)- 专一的羟烷基辅酶 A (R-3-hydroxyacyl-CoA) 。MaoC 已经被证明对底物巴豆酰辅酶 A(Crotonyl-CoA) 具乙酰 辅酶 A 水合酶 (Enoyl-CoA hydratase) 的活性。MaoC 因具乙酰辅酶 A 水合酶 (Enoyl-CoA hydratase) 活性而成为与 PHA 合成相关的众多酶类成员之一。 0006 作为生态环境友好型塑料, PHA 是最具环保和最具发展前景的绿色塑料之一, 该类 塑料的不断开发和应用领域的不断拓宽将会给。

12、人类生活带来极其深远的影响。 发明内容 0007 本发明的目的是提供一种隶属于 R 型水合酶的基因片段及其编码蛋白与应用。 0008 本 发 明 所 提 供 的 隶 属 于 R 型 水 合 酶 的 基 因 片 段 的 编 码 蛋 白, 名 称 为 MaoC-Del63-88, 是 由 类 单 胺 氧 化 酶 C 类 水 合 酶 (MaoC-like hydratase, MaoC)蛋 白 (GenBank : GU190361) 进行部分氨基酸缺失后所得的蛋白, 具体是如下 (a) 或 (b) : 0009 (a)由序列表中序列 2 所示的氨基酸序列组成的蛋白质, 即删除了 MaoC 蛋白 说。

13、 明 书 CN 103589708 A 3 2/9 页 4 (GenBank : GU190361) 的第 63-88 位氨基酸后所得的蛋白 ; 0010 (b) 将序列 2 的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和 / 或缺失和 / 或 添加且具有水解巴豆酰辅酶 A 活性的由序列 2 衍生的蛋白质。 0011 序列表中序列 2 由 272 个氨基酸残基组成。 0012 为了便于 MaoC-Del63-88 蛋白的纯化, 可在由序列表中序列 2 的氨基酸残基序列 组成的蛋白质的氨基末端或羧基末端连接上如下表所示的标签。 0013 表 : 标签的序列 0014 标签残基序列 Poly-Arg。

14、5-6(通常为 5 个)RRRRR Poly-His2-10(通常为 6 个)HHHHHH FLAG8DYKDDDDK Strep-tag II8WSHPQFEK c-myc10EQKLISEEDL 0015 上述 (a) 中的 MaoC-Del63-88 蛋白可人工合成, 也可先合成其编码基因, 再进行生 物表达得到。上述 (b) 中的 MaoC-Del63-88 蛋白可通过如下方法得到 : 将序列表中序列 1 所示的 DNA 序列中缺失一个或几个氨基酸残基的密码子, 和 / 或进行一个或几个碱基对的 错义突变, 和 / 或在其 5端和 / 或 3端连上上表所示的标签的编码序列得到编码基因,。

15、 再进行生物表达得到 MaoC-Del63-88 蛋白。 0016 编码所述 MaoC-Del63-88 蛋白的核酸分子也属于本发明的保护范围。 0017 所述核酸分子可以是 DNA, 如 cDNA、 基因组 DNA 或重组 DNA ; 所述核酸分子也可以 是 RNA, 如 mRNA、 hnRNA 或 tRNA 等。 0018 在本发明的一个实施例中, 所述核酸分子具体为编码所述蛋白质的基因 (命名为 MaoC-Del63-88) ; 所述 MaoC-Del63-88 基因是如下 1) -4) 中任一所述的 DNA 分子 : 0019 1) 编码序列为序列表中序列 1 的 DNA 分子 ; 0。

16、020 2) 序列表中序列 1 所示的 DNA 分子 ; 0021 3) 在严格条件下与 1) 或 2) 限定的 DNA 分子杂交且编码所述 MaoC-Del63-88 蛋白 的 DNA 分子 ; 0022 4) 与1) 或2) 或3) 限定的DNA分子具有90%以上同源性且编码所述MaoC-Del63-88 蛋白的 DNA 分子。 0023 上述严格条件可为用 6SSC, 0.5%SDS 的溶液, 在 65 C 下杂交, 然后用 2SSC, 0.1%SDS 和 1SSC, 0.1%SDS 各洗膜一次。 0024 其中, 序列 1 由 819 个核苷酸组成, 整个序列即为其编码序列, 编码序列。

17、表中序列 2 所示的蛋白质。 0025 含有所述核酸分子 (MaoC-Del63-88基因) 的重组载体、 表达盒、 转基因细胞系或重 说 明 书 CN 103589708 A 4 3/9 页 5 组菌也属于本发明的保护范围。 0026 所述重组载体可为重组表达载体, 也可为重组克隆载体。 0027 所述重组表达载体可用现有的表达载体构建。 所述表达载体还可包含外源基因的 3 端非翻译区域, 即包含聚腺苷酸信号和任何其它参与 mRNA 加工或基因表达的 DNA 片段。 所述聚腺苷酸信号可引导聚腺苷酸加入到 mRNA 前体的 3 端。使用所述基因构建重组表达 载体时, 在其转录起始核苷酸前可加上。

18、任何一种增强型、 组成型、 组织特异型或诱导型启动 子, 它们可单独使用或与其它的启动子结合使用 ; 此外, 使用本发明的基因构建重组表达载 体时, 还可使用增强子, 包括翻译增强子或转录增强子。 为了便于对转基因细胞进行鉴定及 筛选, 可对所用表达载体进行加工, 如加入可发光化合物的基因 (GFP 基因、 萤光素酶基因 等) 、 具有抗性的抗生素标记物 (庆大霉素标记物、 卡那霉素标记物等) 等。 0028 在本发明中, 所述重组表达载体中启动所述基因转录的启动子为 T7 启动子。 0029 在本发明的一个实施例中, 所述重组表达载体具体为在 pET28a(+) 载体的多克隆 位点 (如 B。

19、amH I 和 EcoR I) 处插入所述 MaoC-Del63-88 基因后所得的重组质粒。 0030 所 述 表 达 盒 由 能 够 启 动 所 述 MaoC-Del63-88 基 因 表 达 的 启 动 子, 所 述 MaoC-Del63-88 基因, 以及转录终止序列组成。 0031 所述MaoC-Del63-88蛋白, 或所述MaoC-Del63-88基因, 或所述重组载体、 表达盒、 重组细胞、 重组菌或重组病毒在如下任一中应用也属于本发明的保护范围 : 0032 (1) 水解巴豆酰辅酶 A(Crotonyl-CoA) ; 0033 (2) 制备水解巴豆酰辅酶 A(Crotonyl。

20、-CoA) 的产品 ; 0034 (3) 作为乙酰辅酶 A 水合酶 (Enoyl-CoA hydratase) ; 0035 (4) 制备具有乙酰辅酶 A 水合酶 (Enoyl-CoA hydratase) 活性的产品 ; 0036 (5) 合成聚羟基脂肪酸酯 (Polyhydroxyalkanoate, PHA) ; 0037 (6) 制备合成聚羟基脂肪酸酯 (Polyhydroxyalkanoate, PHA) 的产品。 0038 活性成分为所述MaoC-Del63-88蛋白, 或所述MaoC-Del63-88基因, 或所述重组载 体、 表达盒、 重组细胞、 重组菌或重组病毒的如下任一产品。

21、也属于本发明的保护范围 : 0039 (1) 水解巴豆酰辅酶 A(Crotonyl-CoA) 的产品 ; 0040 (2) 具有乙酰辅酶 A 水合酶 (Enoyl-CoA hydratase) 活性的产品。 0041 本发明的再一个目的是提供一种所述 MaoC-Del63-88 蛋白的制备方法。 0042 本发明所提供的所述 MaoC-Del63-88 蛋白的制备方法, 具体可包括如下步骤 : 将 所述 MaoC-Del63-88 蛋白的编码基因在生物细胞中进行表达, 得到所述 MaoC-Del63-88 蛋 白 ; 所述生物细胞可为微生物细胞、 非人动物细胞或植物细胞 ; 在本发明的一个实施。

22、例中, 所述生物细胞具体为大肠杆菌, 如大肠杆菌 BL21(DE3)。 0043 在上述方法中, 所述 MaoC-Del63-88 蛋白的编码基因 MaoC-Del63-88 的核苷酸序 列具体如序列表中序列 1 所示。 0044 在本发明的一个实施例中, 所述 MaoC-Del63-88 基因是通过重组表达载体的形式 导入目的大肠杆菌中 ; 所述重组表达载体具体为在 pET28a(+) 载体的多克隆位点 (如 BamH I 和 EcoR I) 处插入所述 MaoC-Del63-88 基因后所得的重组质粒。 0045 在所述MaoC-Del63-88蛋白的制备方法中, 所述 “将所述MaoC-。

23、Del63-88蛋白的编 码基因在生物细胞中进行表达” 包括用异丙基 -D- 硫代吡喃半乳糖苷 (IPTG) 对导入所 说 明 书 CN 103589708 A 5 4/9 页 6 述 MaoC-Del63-88 基因的所述生物细胞 (大肠杆菌 BL21(DE3)) 进行诱导的步骤 ; 所述诱导 的最佳温度为 16, 所述 IPTG 的最佳终浓度为 1mM, 所述诱导的最佳时间为 16h。 0046 本发明敲除了 MaoC 蛋白 (GenBank : GU190361)的第 63-88 位氨基酸后得到了 MaoC-Del63-88 蛋白。实验证明, 本发明所提供的 MaoC-Del63-88 。

24、蛋白对于底物巴豆酰 辅酶 A(Crotonyl-CoA) 具乙酰辅酶 A 水合酶 (Enoyl-CoA hydratase) 活性, 且与原始的 MaoC 蛋白相比具有更高的活性。MaoC-Del63-88 蛋白的酶活力达到 126.7U/mg, 而原始的 MaoC 蛋白的酶活力为 58.1U/mg, 两者差异显著, 具有统计学意义。因此, 本发明所提供的 MaoC-Del63-88 蛋白及其编码基因可用于有效合成聚羟基脂肪酸酯 (PHA) , 本发明为进一 步应用绿色塑料聚羟基脂肪酸酯 (PHA) 提供了一定的技术储备。 附图说明 0047 图 1 为 MaoC-Del63-88 蛋白的原核。

25、表达的 SDS-PAGE 图谱。其中, 泳道 1 为 IPTG 诱导前 ; 泳道 2-4 为 IPTG 诱导后 ; 泳道 M 为标准蛋白 Marker。 0048 图 2 为 MaoC 蛋白的原核表达的 SDS-PAGE 图谱。其中, 泳道 1 为 IPTG 诱导前 ; 泳 道 2-5 为 IPTG 诱导后 ; 泳道 M 为标准蛋白 Marker。 0049 图 3 为 MaoC-Del63-88 蛋白的原核表达产物纯化后的 SDS-PAGE 图谱。其中, 泳道 M 为标准蛋白 Marker ; 泳道 1 为亲和层析纯化后的 MaoC-Del63-88 蛋白。 0050 图 4 为 MaoC 。

26、蛋白的原核表达产物、 超声裂解产物及亲和层析产物的 SDS-PAGE 图 谱。其中, 泳道 1 为重组菌 IPTG 诱导前 ; 泳道 2 为表达产物超声裂解后上清液 ; 泳道 3 为表 达产物超声裂解后沉淀物 ; 泳道4为表达产物超声裂解后上清液挂亲和层析Ni柱后的流穿 液 ; 泳道 5 为亲和层析洗脱液 (即纯化后 MaoC 蛋白) ; 泳道 M 为标准蛋白 Marker。 0051 图 5 为纯化后的 MaoC-Del63-88 蛋白和 MaoC 蛋白的乙酰辅酶 A 水合酶活性测定 结果。其中, 1 表示 MaoC 蛋白 ; 2 表示 MaoC-Del63-88 蛋白。 具体实施方式 00。

27、52 下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明, 均为常规方法, 如 Sambrook 等分 子克隆实验手册 (New York:Gold Spring Harbor Laboratory Press,1989) , 或 Draper,J 等 (Blackwell, 1988) 所述的操作技术规程, 或按试剂盒建议的实验方法。 0053 下述实施例中所用的材料、 试剂等, 如无特殊说明, 均可从商业途径得到。 0054 辣椒疫霉菌 (Phytophthora capsici Leonian) : 记载在 “Feng BZ,Li P,Wang H,Zhang XG(2010)Functional。

28、 analysis of Pcpme6from oomycete plant pathogen Phytophthora capsici.Microbial Pathogenesis49:23-31” 一文中, 公众可从山东农业大 学获得。 0055 pET28a(+) 载体 : 购于 Novagen 公司, 其产品目录号为 69864-3。 0056 大肠杆菌 DH5 : 购于北京全式金生物技术有限公司, TransGen 目录号 : CD201。 0057 大肠杆菌 BL21(DE3) : 购于北京全式金生物技术有限公司, TransGen 目录号 : CD701。 0058 巴豆酰辅酶 。

29、A(Crotonyl-CoA) : 购于上海西格玛 Sigma 公司, 其产品目录号为 28007-5MG。 说 明 书 CN 103589708 A 6 5/9 页 7 0059 实施例 1、 MaoC-Del63-88 基因的获得 0060 一、 单胺氧化酶 C 类水合酶基因 MaoC 的获得 0061 根据 2008 年由美国能源部基因研究所 (U.S.Department of Energy Joint Genome Institute-DOE JGI) 公布的辣椒疫霉全基因组草图序列, 经生物信息学分析获得 目的基类单胺氧化酶 C 类水合酶 (MaoC-like hydratase,。

30、 MaoC) 的基因序列 (GenBank : GU190361) , 设计两端分别带有酶切位点BamH I和EcoR I的特异引物MaoC-F和MaoC-R, 以 辣椒疫霉菌 (Phytophthora capsici Leonian) 的基因组 DNA 为模板进行 PCR 扩增。 0062 MaoC-F : 5 -CGCGGATCCATGAGTGTGAACGTGGACAAG-3 (下划线部分为酶切位点 BamH I 的识别序列, 其后的序列为 GenBank : GU190361 的第 1-21 位, 也为序列 1 的第 1-21 位) 0063 MaoC-R : 5 -CCGGAATTC。

31、TTACAAACGCGCACTGGCGTC-3 (下划线部分为酶切位点 EcoR I的识别序列, 其后的序列为GenBank : GU190361的第877-897位的反向互补序列, 为序列1 的第 799-819 位的反向互补序列) 0064 反 应 体 系 (50L) : ddH2O(32.5L) , 10buffer(5L) , MgCL2(4L) , dNTP (4L) , MaoC-F(1L) , MaoC-R(1L), DNA 模板 (2L) , Taq 酶 (0.5L) 。 0065 PCR 反应程序 : 95 10min ; 94 1min, 55 1min, 72 1min,。

32、 共 35 个循环 ; 最后 72延伸 10min。 0066 反 应 结 束 后, 取 10L 反 应 产 物 电 泳, 确 定 含 有 目 基 因 MaoC(大 小 约 为 900bp) , 送上海博亚生物有限公司测序。测序结果显示, PCR 产物的核苷酸序列为 “CGCGGATCC+GenBank : GU190361+GAATTCCGG” , 即得到两端分别带有酶切位点 BamH I 和 EcoR I 的类单胺氧化酶 C 类水合酶基因MaoC 基因。 0067 二、 MaoC-Del63-88 基因的获得 0068 根据 MaoC 基因全长序列推测获得相应的氨基酸序列 (GenBank。

33、 : GU190361) 。基于 MaoC 蛋白结构 (PDB code : 3KH8) 分析, 发现第 63-88 位氨基酸反应在蛋白结构上可能盖在 了MaoC蛋白的活性氨基酸位点 (Asp-194, His-199和Gly-217) 上, 因此设计引物, 对该段序 列进行敲除, 敲除第 63-88 位的氨基酸残基, 以期得到活性更高的突变体。引物序列如下 : 0069 MaoC-Del63-88-F : 5 -ATCCTGCACGGAGAGCAGTCG-3(序 列 1 的 第 187-207 位, 为 GenBank : GU190361 的第 265-285 位) ; 0070 MaoC。

34、-Del63-88-R : 5 -CTGTCCTTTGAAGGGCAGGCA-3 (序列 1 的第 166-186 位的反 向互补序列, 也为 GenBank : GU190361 的第 166-186 位的反向互补序列) 。 0071 以步骤 1 所得的两端分别带有酶切位点 BamH I 和 EcoR I 的 MaoC 基因为模板, 用引物 MaoC-F(序列同步骤一中)加引物 MaoC-Del63-88-R 进行 PCR 反应, 同时用引物 MaoC-Del63-88-F 加引物 MaoC-R(序列同步骤一中) 进行 PCR 反应, 以以上两次 PCR 反应的 产物为模板用引物 MaoC-。

35、F 加引物 MaoC-R(序列同步骤一中) 进行 PCR 反应扩增并回收产 物获得目的基因。 0072 反 应 体 系 (50L) : ddH2O(32.5L) , 10buffer(5L) , MgCL2(4L) , dNTP (4L) , MaoC-Del63-88-F(1L) , MaoC-Del63-88-R(1L), DNA 模板 (2L) , Taq 酶 (0.5L) 。 0073 PCR 反应程序 : 95 10min ; 94 1min, 55 1min, 72 1min, 共 35 个循环 ; 最后 72延伸 10min。 说 明 书 CN 103589708 A 7 6/9。

36、 页 8 0074 反应结束后, 取 10L 反应产物电泳, 确定含有目的基因敲除了第 63-88 位氨 基酸残基的 MaoC 蛋白的编码基因 (大小约为 820bp) , 送上海博亚生物有限公司测序。测 序结果显示, PCR 产物的核苷酸序列为 “CGCGGATCC+ 序列 1+GAATTCCGG” , 即得到两端分别 带有酶切位点 BamH I 和 EcoR I 的目的基因, 将该基因命名为 MaoC-Del63-88 基因。所述 MaoC-Del63-88 基因 (序列 1) 与 MaoC 基因 (GenBank : GU190361) 相比, 缺失了 MaoC 基因的 第187-264。

37、位核苷酸。 MaoC-Del63-88基因编码序列表中序列2所示的蛋白, 将该蛋白命名 为 MaoC-Del63-88 蛋白。 0075 实施例 2、 MaoC-Del63-88 蛋白和 MaoC 蛋白的原核表达及纯化 0076 一、 重组表达载体 pET28a-MaoC-Del63-88 和 pET28a-MaoC 的构建 0077 用限制性内切酶 BamH I 和 EcoR I 分别双酶切 (37水浴反应 4 小时以上) 实施 例 1 步骤一得到的两端分别带有酶切位点 BamH I 和 EcoR I 的 MaoC 基因, 以及实施例 1 步 骤二得到的两端分别带有酶切位点 BamH I 和。

38、 EcoR I 的 MaoC-Del63-88 基因 ; 回收酶切产 物, 分别与经过同样双酶切的pET28a(+)载体骨架片段相连 (16水浴反应4小时) , 取两种 连接产物各 10L, 分别加入到 100L 的大肠杆菌 DH5 感受态细胞中, 放入 42水浴中 热激 90s, 快速放入冰水中 2min ; 加入 800L 不含抗生素的 LB 培养基, 37水浴 1h 以上 ; 12000rpm 离心 2min, 吸弃大部分上清培养基, 剩余约 100L 吹打悬浮沉淀 ; 涂布含有卡那 抗生素的 LB 琼脂平板, 倒置平板 37培养过夜。 0078 对于两种连接产物, 分别挑取若干单菌落,。

39、 接入 5ml 的 LB 培养基中, 培养过夜, 提 取质粒进行 PCR 和酶切鉴定。PCR 扩增所用引物为 MaoC-F 和 MaoC-R, 酶切鉴定所用内切酶 为 BamH I 和 EcoR I。 0079 对于 MaoC 基因与 pET28a(+) 载体骨架片段的连接产物, 将经 PCR 检测和酶切鉴定 均得到大小约为 900bp 目的条带的重组质粒送样测序。将测序表明在 pET28a(+) 载体的多 克隆位点 BamH I 和 EcoR I 之间插入 GenBank : GU190361 所示 DNA 片段的重组质粒命名为 pET28a-MaoC。在重组表达载体 pET28a-MaoC。

40、 中, 启动所述 MaoC 基因转录的启动子为 T7 启 动子。 0080 对于 MaoC-Del63-88 基因与 pET28a(+) 载体骨架片段的连接产物, 将经 PCR 检 测和酶切鉴定均得到大小约为 820bp 目的条带的重组质粒送样测序。将测序表明在 pET28a(+) 载体的多克隆位点 BamH I 和 EcoR I 之间插入序列表中序列 1 所示 DNA 片段的 重组质粒命名为pET28a-MaoC-Del63-88。 在重组表达载体pET28a-MaoC-Del63-88中, 启动 所述 MaoC-Del63-88 基因转录的启动子为 T7 启动子。 0081 二、 MaoC。

41、-Del63-88 蛋白和 MaoC 蛋白的原核表达 0082 1、 预实验 0083 (1) 将步骤一构建的重组表达载体pET28a-MaoC和pET28a-MaoC-Del63-88分别转 化大肠杆菌 BL21(DE3), 涂于含有卡那霉素的抗性 LB 平板上, 37倒置培养过夜。 0084 (2) 从 LB 平板上挑取 5 个单克隆菌落, 分别接入 5ml LB(含有 50mg/L 的 Kan) 的 15ml 离心管中, 于 37震荡培养至 OD 值 0.6-0.8 之间。 0085 (3) 每一个试管各取 500L 菌液和 15(体积分数) 的甘油 (溶剂为 LB) 按照体 积比 1:。

42、1 的比例混合后装至灭菌冻存管中, -80保存。 0086 (4) 每一个试管中取 500L 菌液, 做为诱导前对照。 说 明 书 CN 103589708 A 8 7/9 页 9 0087 (5) 每一个试管中加入 5L 终浓度为 1mM 的异丙基 -D- 硫代吡喃半乳糖苷 (IPTG) , 37 200rpm 诱导表达 4 个小时。 0088 (6) 诱导结束后, 分别取 500L 的菌液, 与步骤 (4) 中所取的诱导前菌液分别离 心, 12000rpm, 2 分钟。 0089 (7) 弃掉上清, 分别加入 10L5 样品缓冲液, 于 100加热 5 分钟变性, 上样前 离心, 1200。

43、0rpm, 5 分钟。 0090 (8) 15 SDS-PAGE 电泳分析表达结果。 0091 结果显示, 转入重组表达载体 pET28a-MaoC-Del63-88 的大肠杆菌 BL21(DE3) 在 经 IPTG 诱导后, 与诱导前相比, 有大量的大小为 33KDa 的 MaoC-Del63-88 目的蛋白表达 (图 1) 。另外, 转入重组表达载体 pET28a-MaoC 的大肠杆菌 BL21(DE3) 在经 IPTG 诱导后, 与诱 导前相比, 有大量的大小为 36KDa 左右的 MaoC 目的蛋白表达 (图 2) 。 0092 2、 MaoC-Del63-88 蛋白和 MaoC 蛋白。

44、表达条件的优化 0093 根据步骤1的结果可确定MaoC-Del63-88蛋白和MaoC蛋白能够正常重组表达。 由 于目的蛋白在重组菌中的可溶性越高, 越利于纯化和后续研究, 所以为了优化高效表达条 件, 本发明的发明人在诱导温度、 诱导剂 IPTG 的剂量、 诱导时间等参数上进行了优化筛选, 确定最佳表达条件。具体操作如下 : 0094 (a) 分别取 5 个含 100ml LB(100mg/ml Kan) 的 250ml 锥形瓶, 编号 1-5, 然后分 别加入 1ml 重组菌 (转入重组表达载体 pET28a-MaoC 或 pET28a-MaoC-Del63-88 的大肠杆菌 BL21(。

45、DE3)) , 37, 200rpm 振荡培养。 0095 (b) 至菌液 OD600 约为 0.6-0.8, 对 1-5 号锥形瓶分别进行如下任一条件筛选 : 0096 I.IPTG 浓度 (1.0mM)和诱导时间 (4h)不变, 筛选适宜的诱导表达温度, 依次为 37、 30、 25、 20、 16 ; 0097 II. 诱导温度 (37) 和时间 (4h) 不变, 筛选适宜的诱导剂浓度, IPTG 浓度依次为 0.2mM、 0.4mM、 0.6mM、 0.8mM、 1.0mM ; 0098 III. 诱导温度 (16) 和 IPTG 浓度 (1.0mM) 不变, 筛选适宜的诱导时间, 依。

46、次为 1h, 2h, 4h, 8h, 16h ; 0099 (c) 诱导后 4 5000rpm 离心 6min, 弃上清。 0100 (d) 每 100ml 重组菌菌悬液离心所得沉淀, 悬于 10ml 预冷的重悬液 (20mM Tris, 150mM NaCl, pH8.5) 中, 4下超声波破碎细胞 (300W条件下超声30分钟, 超声3s间歇3s) , 超声后, 4 15000rpm 离心 30min。 0101 (e) 1-5 号样品分别取上清、 沉淀, 各加入 10L 的 5 样品缓冲液, 于 100加热 5 分钟变性, 上样前 12000rpm 离心 5min。 0102 (f) 1。

47、5 SDS-PAGE 电泳分析, 确定可溶性目的蛋白表达的最佳条件。 0103 结果显示, 于 16, IPTG 终浓度 1mM 的条件下诱导 16h, 破菌后的上清液中可溶性 MaoC-Del63-88 蛋白和 MaoC 蛋白的表达量较高, 后续大量蛋白诱导均采用此条件进行。 0104 3、 MaoC-Del63-88 蛋白和 MaoC 蛋白的大量表达 0105 挑取阳性重组菌克隆 (转入重组表达载体 pET28a-MaoC 或 pET28a-MaoC-Del63-88 的大肠杆菌 BL21(DE3)) , 接种至含 50mg/L 卡那霉素的 10ml LB 培养基中, 37震荡培养过 夜至。

48、 OD600=0.6-0.8, 然后按体积比 1 : 100 接种至含 50mg/L 卡那霉素的 1L LB 培养基中, 说 明 书 CN 103589708 A 9 8/9 页 10 37震荡培养至 OD600=0.6-0.8。按照步骤 2 所得的优化表达条件进行, 即冷却至 16后, 添加 IPTG 至终浓度为 1mM, 诱导培养 16h, 然后 5000rpm, 离心 6 分钟收集菌体沉淀, 待用。 0106 按照每 100ml 重组菌菌悬液离心所得沉淀悬于 10ml 预冷的重悬液 (20mM Tris, 150mM NaCl, pH8.5) 的量, 对所得菌体沉淀进行重悬, 再于超声波。

49、破碎仪冰水浴下于300W条 件下超声 30 分钟 (超声 3s 间歇 3s) 后, 超声后, 15000rpm 离心 20 分钟, 吸取上清液, 即得到 待纯化的目的蛋白 (MaoC-Del63-88 蛋白或 MaoC 蛋白) 粗制品。其间, 可对上清液及沉淀分 别进行 SDS-PAGE 分析, 确定目的蛋白以可溶的方式存在于上清液中。 0107 三、 MaoC-Del63-88 蛋白和 MaoC 蛋白的纯化 0108 由于目的蛋白 (MaoC-Del63-88 蛋白或 MaoC 蛋白) 中带有由 6 个 His 组成的标签, 故而可用 Ni 柱对其进行纯化。具体如下 : 0109 重悬液 : 20mM Tris, 150mM NaCl, pH8.5 ; 各浓度为相应组分的终浓度。 0110 基本洗杂液 WB : 20mM Tris, 150mM NaCl, 20mM 咪唑, pH8.5 ; 各浓度为相应组分 的终浓度。 0111 洗杂液 WB : 20mM Tris, 150mM NaCl, 20mM 咪唑, 1%(v/v)Tween-20, pH8.5 ; 各浓 度为相应组分的终浓度。 0112 洗杂液 WB : 20mM Tris, 150mM NaCl, 20mM 咪唑, 1M 尿素, pH8.5 ; 各浓度为相应 组分的终浓度。 0。

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