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本发明涉及水产遗传育种领域,具体说是一种中华绒螯蟹多元高通量遗传标记系统及遗传分析方法。多元高通量遗传标记系统为线粒体序列信息系统和微卫星分子标记系统,其中微卫星分子标记系统为由7个EST-SSR标记的系统1和6个EST-SSR标记的系统2组成;方法:运用线粒体的三对引物扩增COI,Cytb和CR的序列的信息作为分子标记,将混养家系中同一母本和不同母本所产的后代根据遗传结构和遗传多样性分开,再运用。