一种从福尔马林固定组织中提取DNA地方法 【技术领域】
本发明属于生物技术,涉及DNA提取方法,具体涉及从组织中提取DNA的
背景技术
福尔马林固定组织是一种宝贵的遗传资源,它们中的遗传物质DNA可长时间地得到较好保存,我们可将其分离纯化并对其进行遗传学检测,这无疑拓展了我们研究材料的范围,也为我们进行回顾性研究提供了条件。然而从这些组织分离DNA并不能照抄从新鲜组织中分离DNA的方法。福尔马林固定处理使DNA分离变得困难。福尔马林固定液的主要成分一甲醛可使DNA与蛋白质之间产生广泛交联而形成牢固的复合物,可阻碍蛋白酶K对组织的消化,从而影响DNA提取。另外,福尔马林可能还对消化液有抑制作用,影响细胞的裂解,因而也可导致DNA分离失败。2003年,贾怡等报导用Triton-100从福尔马林固定组织提取DNA,但Triton-100昂贵且对PCR反应有抑制作用,因而有待改进。我们所发明的方法就是把去除福尔马林的方法和常规DNA分离方法结合起来,可获得高质量的基因组DNA。
【发明内容】
本发明的任务是提供一种从福尔马林固定组织中提取DNA的方法,用以从福尔马林固定组织中提取高质量的基因组DNA,并使其具有成本低廉,易于推广应用、所得到的DNA可用于PCR扩增等特点。
实现本发明的技术方案是:
本发明提供的这种从福尔马林固定组织中提取DNA的方法包括以下步骤:
1.切取约30mg固定组织,放入1.5ml EP离心管中;
2.尽量剪碎,以便步骤6中组织细胞完全裂解和消化;
3.用梯度乙醇(30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%和100%)漂洗组织碎块,每次20分钟,离心3000g X 10分钟,以逐步去除福尔马林;
4.放入硅胶干燥器内,静置过夜,以彻底去除福尔马林;
5.加入300μl细胞裂解液(500mmol/L Tris pH8.0,20mmol/L EDTA,10mmol/L NaCl,1%SDS)和20μl蛋白酶K(20mg/ml);
6.震荡混匀1分钟,然后置于55℃2天对蛋白进行消化,其间混摇2-3次以促进消化;
7.取出样品,待降至室温后轻轻混匀,然后13,000rpm离心5分钟,以去除未消化的细胞碎片;
8.吸取上清,加入等体积的酚、氯仿、异戊醇(25∶24∶1)混合液,混摇20分钟,抽提2次,以纯化DNA;
9.用2倍体积无水乙醇沉淀DNA,70%乙醇洗2次,空气干燥后加适量TE溶解DNA,4℃或-20℃保存备用。
本发明方法所得DNA的OD260/OD280比值一般在1.8-2.1之间,一些样品高于2.0是由于福尔马林固定导致一些DNA断裂(图1)。
本发明方法所得到的DNA可用于PCR扩增(图2)。
如有离心柱基因组DNA抽提试剂盒,可用其对步骤7所得上清进行DNA分离纯化;如对DNA质量要求不高,可对步骤7所得上清进行高温处理(如于沸水中放置10分钟)以灭活蛋白酶K,然后取1-2μl处理过的上清进行PCR。
附图说明:
图1:从福尔马林固定组织提取DNA。1-6为DNA样品;7为100bp分子标记。
图2:PCR扩增福尔马林固定组织DNA。1为阴性对照;2-10为9个DNA样品的扩增;11为100bp分子标记。
参考文献:
贾怡,周斌,吕梅励,等.Triton X一100快速提取甲醛固定、石蜡包埋组织内DNA的方法,刑事技术,2003,6:6-8.
【具体实施方式】
实施例1
本发明提供的这种从福尔马林固定组织中提取DNA的方法包括以下步骤:
1.切取约30mg固定组织,放入1.5ml EP离心管中;
2.尽量剪碎,以便步骤6中组织细胞完全裂解和消化;
3.用梯度乙醇(30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%和100%)漂洗组织碎块,每次20分钟,离心3000g X 10分钟,以逐步去除福尔马林;
4.放入硅胶干燥器内,静置过夜,以彻底去除福尔马林;
5.加入300μl细胞裂解液(500mmol/L Tris pH8.0,20mmol/L EDTA,10mmol/L NaCl,1%SDS)和20μl蛋白酶K(20mg/ml);
6.震荡混匀1分钟,然后置于55℃2天对蛋白进行消化,其间混摇2-3次以促进消化;
7.取出样品,待降至室温后轻轻混匀,然后13,000rpm离心5分钟,以去除未消化的细胞碎片;
8.吸取上清,加入等体积的酚、氯仿、异戊醇(25∶24∶1)混合液,混摇20分钟,抽提2次,以纯化DNA;
9.用2倍体积无水乙醇沉淀DNA,70%乙醇洗2次,空气干燥后加适量TE溶解DNA,4℃或-20℃保存备用。
上述方法所得DNA的OD260/OD280比值一般在1.8-2.1之间,一些样品高于2.0是由于福尔马林固定导致一些DNA断裂(图1)。
上述方法所得到的DNA可用于PCR扩增(图2)。