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本发明提供一种自行对准接触窗结构的制造方法,先在一个半导体基底上形成至少两个栅极堆栈结构,其上覆盖一个介电层,且该栅极堆栈结构具有一个氮化层表面,将部分介电层移除以暴露出该二栅极堆栈结构间的半导体基底与氮化层表面,以形成一个自行对准接触窗。然后,对该氮化层表面进行热氧化处理来降低氮化层表面的介电常数值。而后当本发明的自行对准接触结构形成时,周围氧化的氮化层表面将使组件工作时能够具有较低的寄生电容。。