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本发明涉及一种高纯度水黄皮素的制备方法,其方法是:将干花豆的干燥根粉碎,用乙醇加热回流提取,合并提取液,浓缩,混悬液用石油醚萃取,静置,合并石油醚层,浓缩得石油醚萃取物。石油醚萃取物经硅胶柱层析,用石油醚:乙酸乙酯:丙酮系统梯度洗脱,用薄层色谱检测,收集含有水黄皮素的洗脱液,合并,减压浓缩,重结晶,得到水黄皮素粗结晶。再用制备高效液相法分离纯化,对所收集的每一份洗脱液利用分析型高效液相色谱检测,分。