CC2D2A基因突变体及其应用.pdf

本发明公开了CC2D2A基因突变体及其应用，具体涉及分离的编码CC2D2A突变体的核酸，分离的多肽，筛选易患遗传性Joubert综合征的生物样品的方法，筛选易患遗传性Joubert综合征的生物样品的系统，用于筛选易患遗传性Joubert综合征的生物样品的试剂盒。其中，该分离的编码CC2D2A基因突变体的核酸，与SEQ ID NO：1相比，具有c.2999A>T，c.3688C>T的至少一种突变。通过检测该新突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易患遗传性Joubert综合征。

1.  一种分离的编码CC2D2A基因突变体的核酸，其特征在于，与SEQ ID NO：1相比，所述核酸具有选自下列的至少一种突变：c.2999A>T，c.3688C>T。

2.  一种分离的多肽，其特征在于，与SEQ ID NO：2相比，所述分离的多肽具有选自下列的至少一种突变：p.Glu1000Val、p.Arg1230X，
任选地，所述多肽是由权利要求1所述的核酸编码的。

3.  一种筛选易患Joubert综合征的生物样品的方法，其特征在于，包括以下步骤：
从所述生物样品提取核酸样本；
确定所述核酸样本的核酸序列；
所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO：1相比，具有选自c.2999A>T，c.3688C>T的至少一种突变是所述生物样品易患Joubert综合征的指示，
任选地，所述生物样品为选自人体血液，
任选地，所述核酸样本为全基因组DNA，
任选地，所述Joubert综合征是常染色体隐性遗传疾病。

4.  根据权利要求3所述的方法，其特征在于，从所述生物样品提取核酸样本进一步包括：
从所述生物样品提取RNA样本，优选所述RNA样本为mRNA；以及
基于所述RNA样本，通过反转录反应，获得cDNA样本，所述cDNA样本构成所述核酸样本。

5.  根据权利要求3所述的方法，其特征在于，确定所述核酸样本的核酸序列进一步包括：
针对所述核酸样本，构建核酸测序文库；以及
对所述核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果，任选地，采用选自Hiseq2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种对所述核酸测序文库进行测序，
任选地，针对所述核酸样本，构建核酸测序文库进一步包括：
利用CC2D2A基因外显子特异性引物，对所述核酸样本进行PCR扩增；以及
针对所得到的扩增产物，构建所述核酸测序文库，
任选地，所述CC2D2A基因外显子特异性引物具有如SEQ ID NO：3-6所示的核苷酸序列。

6.  一种筛选易患Joubert综合征的生物样品的系统，其特征在于，包括：
核酸提取装置，所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本；
核酸序列确定装置，所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连，用于对所述核酸样本进行分析，以便确定所述核酸样本的核酸序列；
判断装置，所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连，以便基于所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO：1相比，是否具有c.2999A>T，c.3688C>T的至少一种突变，判断所述生物样品是否易患Joubert综合征；
任选地，所述Joubert综合征是常染色体隐性遗传疾病。

7.  根据权利要求6所述的系统，其特征在于，所述核酸提取装置进一步包括：
RNA提取单元，所述RNA提取单元用于从所述生物样品提取RNA样本；以及
反转录单元，所述反转录单元与所述RNA提取单元相连，用于对所述RNA样本进行反转录反应，以便获得cDNA样本，所述cDNA样本构成所述核酸样本。

8.  根据权利要求6所述的系统，其特征在于，所述核酸序列确定装置进一步包括：
文库构建单元，所述文库构建单元用于针对所述核酸样本，构建核酸测序文库；以及
测序单元，所述测序单元与所述文库构建单元相连，用于对所述核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果，
任选地，所述文库构建单元进一步包括：
PCR扩增模块，所述PCR扩增模块中设置有CC2D2A基因外显子特异性引物，以便利用所述特异性引物，对所述核酸样本进行PCR扩增，
任选地，所述特异性引物具有如SEQ ID NO：3-6所示的核苷酸序列，
任选地，所述测序单元包括选自HISEQ2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种。

9.  一种用于筛选易患Joubert综合征的生物样品的试剂盒，其特征在于，含有：
适于检测CC2D2A基因突变体的试剂，其中与SEQ ID NO：1相比，所述CC2D2A基因突变体具有选自下列的至少一种突变：c.2999A>T，c.3688C>T，
任选地，所述试剂为核酸探针或引物，
任选地，所述核酸探针或引物具有如SEQ ID NO：3-6所示的核苷酸序列，
任选地，所述Joubert综合征是常染色体隐性遗传疾病。

10.  一种构建体，其特征在于，包含权利要求1所述的分离的编码CC2D2A基因突变体的核酸。

11.  一种重组细胞，其特征在于，所述重组细胞是通过权利要求10所述的构建体转化受体细胞而获得的。

CC2D2A基因突变体及其应用
技术领域
本发明涉及技术领域。具体而言，本发明涉及CC2D2A基因突变体及其应用。
背景技术
Joubert综合征（Joubert syndrome，JS，omim num：213300）是一类与视网膜色素变性相关的遗传性综合症，在1969年由Joubert等首次报道，本病男性多见，男女比例为3:2，发病比例为1/100000，预后通常较差。5年的存活率仅达50%。
临床特点主要包括带有磨牙症的小脑蚓部发育不全，并伴随有神经系统症状，包括呼吸模式和发育迟缓的失调。本病还可伴随其他发育异常，如视网膜营养不良、肾功能异常、小头畸形、面部畸形、胼胝体发育不良、多指（趾）畸形等。其临床诊断标准为必须具备小脑蚓部发育不全、肌张力低下、发育延迟3项；异常呼吸以及眼运动异常2项中至少存在1项。
Joubert综合征与多个基因有关，目前发现的基因有20个多，这些基因所生成的蛋白是确定的或怀疑在细胞中扮演纤毛的作用。纤毛呈指状突起，在细胞表面参与化学信号传导。纤毛在多类细胞的结构和功能上有重要作用，其中包括脑细胞(神经元)，肾脏以及肝脏细胞，初级纤毛在浦肯野细胞以及原始粒细胞已经被分离出来.而且纤毛也是感官的必要组成部分(如视觉，听觉，嗅觉)。研究人员认为，纤毛缺陷会引起该疾病的大部分表型，但目前仍不清楚具体是如何导致发育异常的。
目前有两个理论来解释Joubert综合征患者的小脑蚓部发育不良。一是由于纤毛缺陷而SHH信号转导异常，从而粒细胞增殖减少导致小脑蚓部发育不良，二是中后脑边界以及菱脑节有细微变化造成小脑蚓部发育不良。
大约有25%的Joubert综合征的致病基因是AHI1基因或者CEP290/NPHP6基因。尽管Joubert综合征在遗传学研究上进展迅速，但基因缺陷是如何影响大脑功能，发育以及结构却仍不清楚。其中CC2D2A基因位于4p15.33，编码富含一个卷曲螺旋和C2区域的蛋白，功能研究发现该基因可能在钙离子依赖型信号转导中起重要作用。
因而，目前对Joubert综合征的研究仍有待深入。
发明内容
本发明旨在至少在一定程度上解决上述技术问题之一。为此，本发明的一个目的在于 提出一种能够有效筛选易患Joubert综合征的生物样品的方法。
本发明是基于发明人的下列工作完成的：发明人通过高通量外显子组测序联合候选基因突变验证的方法确定了Joubert综合征新的致病基因突变位点（CC2D2A基因的c.2999A>T，c.3688C>T至少之一突变）。
根据本发明的第一方面，本发明提出了一种分离的编码CC2D2A基因突变体的核酸。根据本发明的实施例，所述核酸与SEQ ID NO：1相比，具有选自下列的至少一种突变：c.2999A>T，c.3688C>T。即相对于野生型CC2D2A基因，本发明的CC2D2A基因具有错义突变c.2999A>T，c.3688C>T的至少一种。根据本发明的实施例，发明人确定了CC2D2A基因的新突变体，该突变体与Joubert综合征的发病密切相关，从而通过检测该新突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易患Joubert综合征。
根据本发明的第二个方面，本发明提出了一种分离的多肽，该多肽与SEQ ID NO：2相比，具有选自下列的至少一种突变：p.Glu1000Val、p.Arg1230X，通过检测生物样品中是否表达该多肽，可以有效地检测生物样品是否易Joubert综合征。根据本发明的实施例，该多肽是由上述核酸编码的。
根据本发明的地三个方面，本发明提出了一种筛选易患Joubert综合征的生物样品的方法，该方法包括以下步骤：从所述生物样品提取核酸样本；确定所述核酸样本的核酸序列；所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO：1相比，具有选自c.2999A>T或者c.3688C>T的至少一种突变是所述生物样品易患Joubert综合征的指示，任选地，所述生物样品为选自人体血液，任选地，所述核酸样本为全基因组DNA，任选地，所述Joubert综合征是常染色体隐性遗传疾病。通过根据本发明实施例的筛选易感Joubert综合征的生物样品的方法，可以有效地筛选易感Joubert综合征的生物样品。
根据本发明的第四方面，本发明提出了一种筛选易患Joubert综合征的生物样品的系统，该系统包括：核酸提取装置，所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本；核酸序列确定装置，所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连，用于对所述核酸样本进行分析，以便确定所述核酸样本的核酸序列；判断装置，所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连，以便基于所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO：1相比，是否具有c.2999A>T，c.3688C>T的至少一种突变，判断所述生物样品是否易患Joubert综合征；任选地，所述Joubert综合征是常染色体隐性遗传疾病。利用该系统，能够有效地实施前述筛选易感Joubert综合征的生物样品的方法，从而可以有效地筛选易感Joubert综合征的生物样品。
根据本发明的第五方面，本发明提出了一种用于筛选易患Joubert综合征的生物样品的试剂盒，该试剂盒含有：适于检测CC2D2A基因突变体的试剂，其中与SEQ ID NO：1相 比，所述CC2D2A基因突变体具有选自下列的至少一种突变：c.2999A>T，c.3688C>T，任选地，所述试剂为核酸探针或引物，任选地，所述核酸探针或引物具有如SEQ ID NO：3-6所示的核苷酸序列，任选地，所述Joubert综合征是常染色体隐性遗传疾病。
根据本发明的第六方面，本发明还提出了一种构建体。根据本发明的实施例，该构建体包含前面所述的分离的编码CC2D2A基因突变体的核酸。需要说明的是，“构建体包含前面所述的分离的编码ATM基因突变体的核酸”表示，本发明的构建体包含与SEQ ID NO：1相比具有c.2999A>T突变的CC2D2A基因突变体的核酸序列，或者包含与SEQ ID NO：1相比具有c.3688C>T突变的CC2D2A基因突变体的核酸序列，或者同时包含上述两种CC2D2A基因突变体的核酸序列。由此，利用本发明的构建体转化受体细胞获得的重组细胞，能够有效地用作Joubert综合征相关研究的模型。
根据本发明的第七方面，本发明还提出了一种重组细胞。根据本发明的实施例，该重组细胞是通过前面所述的构建体转化受体细胞而获得的。根据本发明的一些实施例，本发明的重组细胞，能够有效地用作Joubert综合征相关研究的模型。
对于本发明中所述核酸，本领域技术人员应当理解，实际包括互补双链的任意一条，或者两条。为了方便，在本发明的实施例中，虽然多数情况下只给出了一条链，但实际上也公开了与之互补的另一条链。例如，提及SEQ ID NO:1，实际包括其互补序列。本领域技术人员还可以理解，利用一条链可以检测另一条链，反之亦然。
本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本发明的实践了解到。
附图说明
本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解，其中：
图1：显示了根据本发明一个实施例的筛选易患Joubert综合征的生物样品的系统及其组成部分的示意图，其中，
A为根据本发明实施例的筛选易患Joubert综合征患者的生物样品的系统的示意图，
B为根据本发明实施例的核酸提取装置的示意图，
C为根据本发明实施例的核酸序列确定装置的示意图。
图2：显示了根据本发明一个实施例的Joubert综合征患者的家系图谱。
图3：显示了根据本发明一个实施例的Joubert综合征患者的头部核磁共振图片。
图4：显示了根据本发明一个实施例的CC2D2A基因突变体的Sanger法测序结果。
具体实施方式
下面详细描述本发明的实施例，所述实施例的示例在附图中示出，其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的，旨在用于解释本发明，而不能理解为对本发明的限制。
CC2D2A基因突变体
根据本发明的第一方面，本发明提出了一种分离的编码CC2D2A基因突变体的核酸。根据本发明的实施例，所述核酸与SEQ ID NO：1相比，具有选自下列的至少一种突变：c.2999A>T，c.3688C>T。即相对于野生型CC2D2A基因，本发明的CC2D2A基因具有一个错义突变c.2999A>T或者一个无义突变c.3688C>T的至少一种。根据本发明的具体实施例，CC2D2A基因的c.2999A>T突变导致编码蛋白发生p.Glu1000Val错义突变，c.3688C>T该突变导致编码蛋白发生p.Arg1230X无义突变。因此本研究丰富了CC2D2A基因的致病突变谱，对开展CC2D2A的分子诊断具有重要意义。
根据本发明的实施例，发明人确定了CC2D2A基因的新突变体，该突变体与Joubert综合征的发病密切相关，从而通过检测该新突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易患Joubert综合征。
在本文中所使用的表达方式“编码CC2D2A突变体的核酸”，是指与编码CC2D2A突变体的基因相对应的核酸物质，即核酸的类型不受特别限制，可以是任何包含与CC2D2A突变体的编码基因相对应的脱氧核糖核苷酸和/或核糖核苷酸的聚合物，包括但不限于DNA、RNA或cDNA。根据本发明的一个具体示例，前面所述的编码CC2D2A突变体的核酸为DNA。根据本发明的实施例，发明人确定了CC2D2A基因的新突变体，这些新突变体与Joubert综合征的发病密切相关，从而通过检测该新突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易患Joubert综合征，也可以通过检测这些突变体在生物体中是否存在，可以有效地预测生物体是否易患Joubert综合征。
该编码CC2D2A突变体的核酸，是本申请的发明人通过高通量外显子组测序联合候选基因突变验证的方法确定的Joubert综合征的致病基因上的新突变。该突变位点在现有技术中并未被提到。
其中，野生型CC2D2A基因的cDNA具有如下所示的核苷酸序列：
ATGAATCCCAGGGAAGAAAAAGTAAAAATAATTACAGAGGAGTTCATTGAAAATGATGAGGATGCAGACATGGGAAGACAGAATAAGAACTCAAAGGTTCGAAGACAGCCAAGAAAGAAACAGCCACCAACTGCTGTCCCCAAGGAAATGGTGTCCGAAAAATCCCACCTTGGCAACCCCCAGGAGCCTGTGCAGGAGGAGCCCAAGACCCGCCTCCTGAGTATGACAGTCCGGAGAGGCCCACGGAGCTTACCTCCAATTCCTTCAACTTCCAGAACAG GCTTTGCAGAATTTTCCATGAGGGGACGCATGAGGGAGAAATTGCAAGCAGCGAGGTCCAAAGCAGAAAGTGCATTGCTGCAGGAAATCCCCACTCCTCGGCCCAGACGCTTACGAAGTCCCAGTAAGAAAGAATTGGAGACTGAATTTGGCACAGAGCCAGGGAAAGAGGTAGAAAGGACTCAACAAGAAGTTGACTCCCAAAGTTACTCAAGAGTCAAGTTCCATGATTCTGCACGAAAAATCAAGCCTAAACCCCAGGTTCCACCTGGCTTCCCTTCTGCAGAAGAGGCCTATAACTTCTTTACTTTCAACTTTGATCCCGAACCAGAAGGATCAGAGGAAAAACCAAAAGCAAGACATAGAGCGGGAACTAATCAAGAGGAGGAGGAAGGGGAAGAAGAAGAACCACCTGCACAAGGAGGAGGAAAGGAAATGGATGAGGAAGAACTGCTTAATGGTGATGATGCCGAGGACTTCCTATTGGGCTTAGATCACGTGGCTGACGATTTTGTAGCAGTCAGACCTGCAGATTATGAAAGCATCCATGATCGGCTGCAGATGGAAAGAGAAATGCTCTTCATACCCAGTAGGCAGACAGTCCCTACATATAAAAAGCTTCCTGAGAATGTACAGCCCAGGTTCCTGGAAGATGAAGGCCTTTACACCGGGGTAAGACCAGAGGTGGCACGCACCAATCAGAACATCATGGAGAACAGATTGCTGATGCAGGACCCCGAAAGAAGATGGTTTGGAGATGACGGCAGGATCCTAGCTCTGCCAAACCCCATCAAGCCATTTCCTTCAAGGCCGCCAGTACTAACACAGGAGCAGAGCATTAAGGCAGAGCTTGAAACACTGTATAAAAAGGCTGTAAAATACGTTCACAGTAGTCAGCATGTGATCAGATCTGGAGACCCTCCTGGAAATTTCCAACTGGACATTGATATTTCAGGGTTAATCTTCACTCATCATCCCTGTTTTAGCCGAGAGCATGTTTTGGCAGCCAAGCTGGCCCAGTTATATGACCAGTACCTTGCAAGACACCAGAGAAACAAGGCGAAATTTCTTACTGATAAGCTCCAAGCTTTAAGAAATGCTGTTCAGACTGGCCTTGATCCAGAAAAACCTCATCAGTCTCTCGATACCATCCAAAAAACCATCAATGAGTATAAATCTGAAATTCGACAAACAAGAAAATTCCGTGATGCTGAACAAGAAAAAGATAGAACATTGCTTAAGACTATCATAAAAGTTTGGAAAGAGATGAAATCCCTTCGAGAGTTCCAGAGATTTACAAATACTCCCTTGAAACTTGTTTTGAGAAAGGAAAAAGCTGACCAGAAAGCAGATGAAGAAGCATATGAAGCAGAAATTCAAGCTGAAATAAGTGAACTGTTAGAAGAGCACACGGAGGAGTACGCACAGAAGATGGAAGAATACAGAACGTCGTTACAACAGTGGAAGGCCTGGAGGAAAGTGCAAAGGGCCAAGAAGAAGAAAAGGAAACAAGCAGCAGAAGAACATCCCGGTGATGAGATTGCAGAGCCGTATCCCGAGGAGGACCTTGTGAAGCCCAGCCCTCCAGAGCCCACTGATCGGGCAGTGATAGAGCAGGAGGTGAGGGAGAGAGCAGCCCAGAGCAGGAGGAGGCCTTGGGAGCCCACGCTGGTCCCGGAGCTAAGCCTGGCAGGAAGCGTAACACCCAATGACCAGTGCCCCAGAGCGGAGGTCTCGAGAAGGGAGGATGTAAAGAAGCGCTCAGTGTACTTAAAAGTGCTGTTCAACAACAAGGAGGTGTCCAGGACAGTCAGTCGGCCACTAGGAG CAGACTTCCGAGTTCACTTTGGGCAGATTTTCAATTTGCAAATAGTCAACTGGCCGGAGAGTTTAACACTTCAGGTCTATGAAACTGTCGGACACAGTAGTCCCACCTTGCTAGCAGAAGTGTTTCTGCCTATTCCTGAGACTACTGTTGTCACTGGAAGGGCTCCTACTGAAGAAGTGGAGTTTAGCAGTAATCAGCATGTGACACTGGACCACGAGGGAGTTGGAAGTGGAGTGCCCTTCTCATTTGAAGCTGATGGCAGTAACCAGCTGACTCTGATGACCTCAGGGAAAGTGTCTCATAGTGTGGCATGGGCCATTGGAGAAAACGGGATACCTTTAATTCCTCCATTGTCACAGCAGAACATCGGATTTCGGAGTGCTTTGAAGAAAGCAGATGCCATCTCATCTATTGGCACATCAGGACTGACAGACATGAAAAAATTGGCCAAGTGGGCAGCAGAGTCCAAGCTCGACCCAAATGACCCCAACAATGCCCCTTTGATGCAGCTTATCTCGGTTGCTACCAGTGGTGAATCCTATGTCCCTGATTTCTTTAGACTGGAGCAGCTGCAACAGGAGTTTAACTTTGTTTCAGATCAAGAATTAAATAGATCCAAACGATTTAGGCTTCTTCATCTTAGAAGCCAAGAGGTGCCAGAATTCCGAAATTATAAGCAAGTTCCAGTCTATGACCGAGAAATTATGGAAAAGGTATTCCAGGACTATGAGAAACGGTTACGAGACAGAAATGTAATAGAAACCAAGGAACACATAGACACCCATAGGGCCATAGTAGCCAAGTACCTCCAGCAGGTTAGAGAATCAGTGATAAATCGTTTCTTAATTGCAAAACAATATTTTCTTCTTGCTGATATGATAGTAGAAGAAGAAGTTCCCAATATCAGCATTTTGGGCCTAAGCCTTTTCAAGCTGGCAGAACAAAAGCGACCACTGCGGCCAAGGAGAAAAGGTCGGAAGAAGGTGACAGCCCAAAACCTGTCTGATGGAGACATAAAGCTGCTGGTGAACATTGTGCGAGCTTACGACATTCCAGTGAGGAAGCCGGCAGTGAGCAAATTCCAGCAGCCGTCGAGGTCTTCAAGGATGTTCAGTGAAAAGCATGCTGCTTCCCCAAGCACGTACAGCCCAACCCACAATGCTGACTACCCCCTCGGCCAGGTTTTAGTACGTCCCTTTGTAGAAGTCTCTTTTCAACGAACAGTTTGCCATACGACTACGGCTGAAGGACCAAACCCTAGCTGGAATGAAGAACTAGAACTTCCATTTAGGGCTCCTAATGGAGATTATAGCACAGCCAGTCTGCAGTCAGTGAAAGATGTTGTGTTCATTAACATTTTTGATGAAGTACTGCATGATGTCTTAGAGGATGACCGTGAAAGAGGAAGTGGAATCCATACTCGTATTGAGAGACACTGGCTGGGATGTGTGAAAATGCCATTTAGCACAATATATTTCCAAGCAAGGATTGATGGAACATTTAAAATAGATATTCCCCCAGTTCTTCTGGGCTACAGTAAGGAGCGAAATATGATTCTTGAGCGGGGTTTTGATTCTGTCCGAAGCTTAAGTGAAGGCTCCTACATTACCCTCTTTATTACCATTGAGCCCCAGCTGGTTCCTGGAGAGTCCATTCGAGAAAAGTTTGAGTCTCAGGAAGATGAGAAATTACTTCAAGCAACTGAGAAGTTTCAAGCTGAATGTGCCTTAAAGTTTCCAAATCGTCAGTGCCTTACAACAGTAATTGATATAAGCGGAAAAACTGTTTTTATCACACGTTATCTCAAACCTTTAAACCCTCCTCAGGAGCTCCTTAATGTCTACCCCAATAATCT ACAGGCAACTGCAGAACTGGTGGCTCGATATGTGTCCTTGATTCCCTTCTTGCCTGACACTGTCTCATTTGGTGGTATCTGTGACCTCTGGAGCACATCTGATCAATTTCTTGATCTCCTGGCAGGGGATGAAGAAGAACATGCAGTACTATTGTGTAATTACTTTCTGTCTCTGGGTAAGAAGGCCTGGCTGTTGATGGGCAATGCTATTCCTGAGGGTCCAACTGCCTATGTGCTAACTTGGGAGCAAGGTCGTTATTTAATATGGAATCCCTGCAGTGGACATTTTTATGGACAATTTGATACATTCTGTCCCTTGAAAAATGTGGGCTGTTTAATAGGTCCTGACAATATTTGGTTTAATATTCAACGATATGAATCTCCACTAAGGATAAATTTTGATGTCACCAGGCCCAAGCTATGGAAATCTTTCTTTTCAAGAAGCCTTCCATATCCTGGCCTTTCCAGTGTTCAGCCTGAAGAGCTAATTTACCAGCGCTCAGACAAAGCAGCTGCAGCTGAGCTACAAGACAGGATTGAAAAAATACTAAAAGAAAAAATCATGGACTGGAGGCCACGCCATCTGACTCGGTGGAATAGGTATTGTACCTCTACTCTGCGTCACTTCTTGCCTCTGTTAGAAAAAAGTCAAGGAGAAGATGTAGAAGATGACCACAGAGCAGAACTGCTAAAACAGCTGGGAGACTACAGGTTCTCTGGATTTCCTCTTCACATGCCTTATTCTGAAGTGAAGCCTTTAATTGACGCTGTGTATAGTACTGGAGTACATAATATTGATGTTCCTAATGTTGAATTTGCTTTAGCTGTATACATACACCCATACCCCAAAAATGTTTTGTCTGTTTGGATCTATGTTGCCTCTCTTATACGCAACAGGTAA（SEQ ID NO：1），
其编码的蛋白质具有如下所示的氨基酸序列：
MNPREEKVKIITEEFIENDEDADMGRQNKNSKVRRQPRKKQPPTAVPKEMVSEKSHLGNPQEPVQEEPKTRLLSMTVRRGPRSLPPIPSTSRTGFAEFSMRGRMREKLQAARSKAESALLQEIPTPRPRRLRSPSKKELETEFGTEPGKEVERTQQEVDSQSYSRVKFHDSARKIKPKPQVPPGFPSAEEAYNFFTFNFDPEPEGSEEKPKARHRAGTNQEEEEGEEEEPPAQGGGKEMDEEELLNGDDAEDFLLGLDHVADDFVAVRPADYESIHDRLQMEREMLFIPSRQTVPTYKKLPENVQPRFLEDEGLYTGVRPEVARTNQNIMENRLLMQDPERRWFGDDGRILALPNPIKPFPSRPPVLTQEQSIKAELETLYKKAVKYVHSSQHVIRSGDPPGNFQLDIDISGLIFTHHPCFSREHVLAAKLAQLYDQYLARHQRNKAKFLTDKLQALRNAVQTGLDPEKPHQSLDTIQKTINEYKSEIRQTRKFRDAEQEKDRTLLKTIIKVWKEMKSLREFQRFTNTPLKLVLRKEKADQKADEEAYEAEIQAEISELLEEHTEEYAQKMEEYRTSLQQWKAWRKVQRAKKKKRKQAAEEHPGDEIAEPYPEEDLVKPSPPEPTDRAVIEQEVRERAAQSRRRPWEPTLVPELSLAGSVTPNDQCPRAEVSRREDVKKRSVYLKVLFNNKEVSRTVSRPLGADFRVHFGQIFNLQIVNWPESLTLQVYETVGHSSPTLLAEVFLPIPETTVVTGRAPTEEVEFSSNQHVTLDHEGVGSGVPFSFEADGSNQLTLMTSGKVSHSVAWAIGENGIPLIPPLSQQNIGFRSALKKADAISSIGTSGLTDMKKLAKWAAESKLDPNDPNNAPLMQLISVATSGESYVPDFFRLEQLQQEFNFVSDQ ELNRSKRFRLLHLRSQEVPEFRNYKQVPVYDREIMEKVFQDYEKRLRDRNVIETKEHIDTHRAIVAKYLQQVRESVINRFLIAKQYFLLADMIVEEEVPNISILGLSLFKLAEQKRPLRPRRKGRKKVTAQNLSDGDIKLLVNIVRAYDIPVRKPAVSKFQQPSRSSRMFSEKHAASPSTYSPTHNADYPLGQVLVRPFVEVSFQRTVCHTTTAEGPNPSWNEELELPFRAPNGDYSTASLQSVKDVVFINIFDEVLHDVLEDDRERGSGIHTRIERHWLGCVKMPFSTIYFQARIDGTFKIDIPPVLLGYSKERNMILERGFDSVRSLSEGSYITLFITIEPQLVPGESIREKFESQEDEKLLQATEKFQAECALKFPNRQCLTTVIDISGKTVFITRYLKPLNPPQELLNVYPNNLQATAELVARYVSLIPFLPDTVSFGGICDLWSTSDQFLDLLAGDEEEHAVLLCNYFLSLGKKAWLLMGNAIPEGPTAYVLTWEQGRYLIWNPCSGHFYGQFDTFCPLKNVGCLIGPDNIWFNIQRYESPLRINFDVTRPKLWKSFFSRSLPYPGLSSVQPEELIYQRSDKAAAAELQDRIEKILKEKIMDWRPRHLTRWNRYCTSTLRHFLPLLEKSQGEDVEDDHRAELLKQLGDYRFSGFPLHMPYSEVKPLIDAVYSTGVHNIDVPNVEFALAVYIHPYPKNVLSVWIYVASLIRNR（SEQ ID NO：2）。
发明人发现的CC2D2A基因突变体与SEQ ID NO：1相比，本发明的CC2D2A基因具c.2999A>T突变(该突变导致编码蛋白发生p.Glu1000Val错义突变)或者c.3688C>T突变(该突变导致编码蛋白发生p.Arg1230X无义突变)的至少一种。具体地，c.2999A>T突变为相对于野生型CC2D2A基因，CC2D2A基因突变体的cDNA的第2999位A突变为T，由此，导致其编码的蛋白发生p.Glu1000Val错义突变。c.3688C>T突变相对于野生型CC2D2A基因，CC2D2A基因突变体的cDNA的第3688位的C突变为T。由此，导致其编码的蛋白发生p.Arg1230X无义突变。需要说明的是，“p.Arg1230X”中X表示终止翻译。
进一步，发明人发现，当在CC2D2A基因突变体中同时出现p.Glu1000Val、p.Arg1230X突变时，检测生物样品都患有的常染色体隐性遗传型Joubert综合征。通过检测具有2个突变位点的CC2D2A基因突变体在生物样品中是否存在，可以准确有效地预测生物体是否患常染色体隐性遗传型Joubert综合征。
根据本发明的第二个方面，本发明提出了一种分离的多肽。根据本发明的实施例，与SEQ ID NO：2相比，该多肽具有选自下列的至少一种突变：p.Glu1000Val、p.Arg1230X。根据本发明的具体实施例，该多肽是由前述分离的编码CC2D2A基因突变体的核酸编码的。通过检测生物样品中是否表达该多肽，可以有效地检测生物样品是否易感Joubert综合征，也可以通过检测这些多肽在生物体中是否存在，可以有效地预测生物体是否易感Joubert综合征。
筛选易患Joubert综合征的生物样品的方法
根据本发明的第三个方面，本发明提出了一种筛选易患Joubert综合征的生物样品的方法。根据本发明的实施例，该筛选易患Joubert综合征的生物样品的方法可以包括以下步骤：
首先，从所述生物样品提取核酸样本。根据本发明的实施例，生物样品的类型并不受特别限制，只要从该生物样品中能够提取到反映生物样品CC2D2A是否存在突变的核酸样本即可。根据本发明的实施例，生物样品可以为选自人体血液。由此，可以方便地进行取样和检测，从而能够进一步提高筛选易患Joubert综合征的生物样品的效率。根据本发明的实施例，这里所使用的术语“核酸样本”应做广义理解，其可以是任何能够反映生物样品中CC2D2A是否存在突变的样本，例如可以是从生物样品中直接提取的全基因组DNA，也可以是该全基因组中包含CC2D2A编码序列的一部分，可以是从生物样品中提取的总RNA，也可以是从生物样品中提取的mRNA。根据本发明的一个实施例，所述核酸样本为全基因组DNA。由此，可以扩大生物样品的来源范围，并且可以同时对生物样品的多种信息进行确定，从而能够提高筛选易患Joubert综合征的生物样品的效率。另外，根据本发明的实施例，针对采用RNA作为核酸样本，从生物样品提取核酸样本可以进一步包括：从生物样品提取RNA样本，优选RNA样本为mRNA；以及基于所得到的RNA样本，通过反转录反应，获得cDNA样本，所得到的cDNA样本构成核酸样本。由此，可以进一步提高利用RNA作为核酸样本筛选易患Joubert综合征的生物样品的效率。
接下来，在得到核酸样本之后，可以对核酸样本进行分析，从而能够确定所得到核酸样本的核酸序列。根据本发明的实施例，确定所得到核酸样本的核酸序列的方法和设备并不受特别限制。根据本发明的具体实施例，可以通过测序方法，确定核酸样本的核酸序列。根据本发明的实施例，可以用于进行测序的方法和设备并不受特别限制。根据本发明的实施例，可以采用第二代测序技术，也可以采用第三代以及第四代或者更先进的测序技术。根据本发明的具体示例，可以利用选自Hiseq2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种对核酸序列进行测序。由此，结合最新的测序技术，针对单个位点可以达到较高的测序深度，检测灵敏度和准确性大大提高，因而能够利用这些测序装置的高通量、深度测序的特点，进一步提高对核酸样本进行检测分析的效率。从而，能够提高后续对测序数据进行分析时的精确性和准确度。由此，根据本发明的实施例，确定核酸样本的核酸序列可以进一步包括：首先，针对所得到的核酸样本，构建核酸测序文库；以及对所得到的核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果。根据本发明的一些实施例，可以采用选自Hiseq2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种对所得到的核酸测序文库进行测序。另外，根据本发明的实施例，可以对核酸样本进行筛选，富集CC2D2A外显子，该筛选富集可以在构建测序文库之前，构建测序文库过程中，或者构建测序文库之后进行。根据本发明的一个实施例，针对核酸样本，构建核酸测序文库进一步包括：利用CC2D2A基因外显子特异性引物，对核酸样本进行PCR扩增；以及针对所得到的扩增产物，构建核酸测序文库。由此，可以通过PCR扩增，富集CC2D2A基因外显子，从而能够进一 步提高筛选易感Joubert综合征的生物样品的效率。根据本发明的实施例，CC2D2A基因外显子特异性引物的序列不受特别限制，根据本发明的优选实施例，这些CC2D2A基因外显子特异性引物具有如下表所示的核苷酸序列，即SEQ ID NO：3-6所示的核苷酸序列。发明人惊奇地发现，通过采用这些引物，可以在PCR反应体系中显著有效地完成对CC2D2A外显子尤其是c.2999A>T，c.3688C>T突变所在的外显子序列的扩增。需要说明的是，这些SEQ ID NO：3-6所示的核苷酸序列是本发明的发明人在付出了艰苦的劳动后，意外获得的。

根据本发明的具体实施例，上述的Joubert综合征是常染色体隐性遗传疾病。
关于针对核酸样本，构建测序文库的方法和流程，本领域技术人员可以根据不同的测序技术进行适当选择，关于流程的细节，可以参见测序仪器的厂商例如Illumina公司所提供的规程，例如参见Illumina公司Multiplexing Sample Preparation Guide（Part#1005361;Feb2010）或Paired-End SamplePrep Guide（Part#1005063；Feb2010），通过参照将其并入本文。根据本发明的实施例，从生物样品提取核酸样本的方法和设备，也不受特别限制，可以采用商品化的核酸提取试剂盒进行。
需要说明的是，在这里所使用的术语“核酸序列”应作广义理解，其可以是在对核酸样本进行测序得到的测序数据进行组装后，得到的完整的核酸序列信息，也可以是直接采用通过对核酸样本进行测序所得到的测序数据（reads）作为核酸序列，只要这些核酸序列中含有对应CC2D2A基因的编码序列即可。
最后，在确定核酸样本的核酸序列之后，将所得到的核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO：1的序列相比对。如果在所得到的核酸序列中具有c.2999A>T，c.3688C>T突变，则指示生物样品易患Joubert综合征。由此，通过根据本发明实施例的筛选易患Joubert综合征的生物样品的方法，可以有效地筛选易患Joubert综合征的生物样品。根据本发明的实施例，对核酸序列与SEQ ID NO：1进行比对的方法和设备并不受特别限制，可以采用任意常规的软件进行操作，根据本发明的具体实例，可以采用SOAP软件进行比对。
需要说明的是，根据本发明实施例的“筛选易患Joubert综合征的生物样品的方法”的用途不受特别限制，例如可以用作非诊断目的的筛选方法。
筛选易患Joubert综合征的生物样品的系统和试剂盒
根据本发明的第四个方面，本发明提出了一种筛选易患Joubert综合征的生物样品的系 统。
参考图1，根据本发明的实施例，该筛选易患Joubert综合征的生物样品的系统1000包括核酸提取装置100、核酸序列确定装置200以及判断装置300。
根据本发明的实施例，核酸提取装置100用于从生物样品提取核酸样本。如前所述，根据本发明的实施例，核酸样本的类型并不受特别限制，对于采用RNA作为核酸样本，则核酸提取装置进一步包括RNA提取单元101和反转录单元102，其中，提取单元101用于从生物样品提取RNA样本，反转录单元102与RNA提取单元101相连，用于对RNA样本进行反转录反应，以便获得cDNA样本，所得到的cDNA样本构成核酸样本。
根据本发明的实施例，核酸序列确定装置200与核酸提取装置100相连，用于对核酸样本进行分析，以便确定核酸样本的核酸序列。如前所示，可以采用测序的方法确定核酸样本的核酸序列。由此，根据本发明的一个实施例，所述核酸序列确定装置200可以进一步包括：文库构建单元201以及测序单元202。文库构建单元201用于针对核酸样本，构建核酸测序文库；测序单元202与文库构建单元201相连，用于对核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果。如前所述，可以通过PCR扩增，富集CC2D2A外显子，进一步提高筛选易患Joubert综合征的生物样品的效率。由此，文库构建单元201可以进一步包括PCR扩增模块（图中未示出），在该PCR扩增模块中设置有CC2D2A外显子特异性引物，以便利用CC2D2A外显子特异性引物，对所述核酸样本进行PCR扩增，根据本发明的具体实施例，CC2D2A基因外显子特异性引物具有如SEQ ID NO：3-6所示的核苷酸序列。根据本发明的实施例，测序单元202可以包括选自HISEQ2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种。由此，结合最新的测序技术，针对单个位点可以达到较高的测序深度，检测灵敏度和准确性大大提高，因而能够利用这些测序装置的高通量、深度测序的特点，进一步提高对核酸样本进行检测分析的效率。从而，提高后续对测序数据进行分析时的精确性和准确度。
根据本发明的实施例，判断装置300与核酸序列确定装置200相连，适于将核酸样本的核酸序列进行比对，以便基于核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO：1的区别判断生物样品是否易患Joubert综合征。具体地，基于核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO：1相比，是否具有c.2999A>T、c.3688C>T的至少一种突变，判断生物样品是否易患Joubert综合征。如前所述，根据本发明的一个实施例，核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO：1相比，具有c.2999A>T、c.3688C>T的至少一种突变，是生物样品易患Joubert综合征的指示。如前所述，根据本发明的实施例，对核酸序列与SEQ ID NO：1进行比对的设备并不受特别限制，可以采用任意常规的软件进行操作，根据本发明的具体实例，可以采用SOAP软件进行比对。
由此，利用该系统，能够有效地实施前述筛选易患Joubert综合征的生物样品的方法，从而可以有效地筛选易患Joubert综合征的生物样品。
根据本发明的第五方面，本发明提出了一种用于筛选易患Joubert综合征的生物样品的试剂盒。根据本发明的实施例，该用于筛选易患Joubert综合征的生物样品的试剂盒包括：适于检测CC2D2A基因突变体的试剂，其中与SEQ ID NO：1相比，该CC2D2A基因突变体具有c.2999A>T、c.3688C>T的至少一种突变。利用根据本发明的实施例的试剂盒，能够有效地筛选易患Joubert综合征的生物样品。在本文中，所使用的术语“适于检测CC2D2A基因突变体的试剂”应做广义理解，即可以是检测CC2D2A编码基因的试剂，也可以是检测CC2D2A突变体多肽的试剂，例如可以采用识别特异性位点的抗体。根据本发明的一个实施例，所述试剂为核酸探针，由此，可以高效地筛选易患Joubert综合征的生物样品。根据本发明的具体实施例，上述Joubert综合征为常染色体隐性遗传疾病。
需要说明的是，在本文前面筛选易患Joubert综合征的生物样品的方法部分中所描述的特征和优点，同样适用于筛选易患Joubert综合征的生物样品的系统或者试剂盒，在此不再赘述。
构建体及重组细胞
根据本发明的第六方面，本发明还提出了一种构建体。根据本发明的实施例，该构建体包含前面所述的分离的编码CC2D2A基因突变体的核酸。需要说明的是，“构建体包含前面所述的分离的编码ATM基因突变体的核酸”表示，本发明的构建体包含与SEQ ID NO：1相比具有c.2999A>T突变的CC2D2A基因突变体的核酸序列，或者包含与SEQ ID NO：1相比具有c.3688C>T突变的CC2D2A基因突变体的核酸序列，或者同时包含上述两种CC2D2A基因突变体的核酸序列。由此，利用本发明的构建体转化受体细胞获得的重组细胞，能够有效地用作Joubert综合征相关研究的模型。其中，所述受体细胞的种类不受特别限制，例如可以为大肠杆菌细胞、哺乳动物细胞，优选该受体细胞来源于哺乳动物。
在本发明中所使用的术语“构建体”是指这样的一种遗传载体，其包含特定核酸序列，并且能够将目的核酸序列转入宿主细胞中，以获得重组细胞。根据本发明的实施例，构建体的形式不受特别限制。根据本发明的实施例，其可以为质粒、噬菌体、人工染色体、粘粒（Cosmid）、病毒的至少一种，优选质粒。质粒作为遗传载体，具有操作简单，可以携带较大片段的性质，便于操作和处理。质粒的形式也不受特别限制，既可以是环形质粒，也可以是线性质粒，即可以是单链的，也可以是双链的。本领域技术人员可以根据需要进行选择。在本发明中所使用的术语“核酸”可以是任何包含脱氧核糖核苷酸或者核糖核苷酸的聚合物，包括但不限于经过修饰的或者未经修饰的DNA、RNA，其长度不受任何特别限制。对于用于构建重组细胞的构建体，优选所述核酸为DNA，因为DNA相对于RNA而言，其 更稳定，并且易于操作。
根据本发明的第七方面，本发明还提出了一种重组细胞。根据本发明的实施例，该重组细胞是通过前面所述的构建体转化受体细胞而获得的。从而，本发明的重组细胞能够有效表达构建体所携带的CC2D2A基因突变体。根据本发明的一些实施例，本发明的重组细胞，能够有效地用作Joubert综合征相关研究的模型。根据本发明的实施例，受体细胞的种类不受特别限制，例如可以为大肠杆菌细胞、哺乳动物细胞，优选所述受体细胞来源于非人哺乳动物。
对于本发明中所述核酸，本领域技术人员应当理解，实际包括互补双链的任意一条，或者两条。为了方便，在本发明的实施例中，虽然多数情况下只给出了一条链，但实际上也公开了与之互补的另一条链。例如，提及SEQ ID NO:1，实际包括其互补序列。本领域技术人员还可以理解，利用一条链可以检测另一条链，反之亦然。
下面参考具体实施例，对本发明进行说明，需要说明的是，这些实施例仅仅是说明性的，而不能理解为对本发明的限制。若未特别指明，实施例中所采用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段，可以参照《分子克隆实验指南》第三版或者相关产品进行，所采用的试剂和产品也均为可商业获得的。未详细描述的各种过程和方法是本领域中公知的常规方法，所用试剂的来源、商品名以及有必要列出其组成成分者，均在首次出现时标明，其后所用相同试剂如无特殊说明，均与首次标明的内容相同。
实施例1确定Joubert综合征的致病基因
1、样本收集：
发明人收集到一个2代的中国Joubert综合征患者家系，以及该家系外的500名正常人的基因。图2显示了该Joubert综合征患者家系的家系图谱。如图2所示，其中，□表示正常男性，○表示正常女性，■表示男性患者。由图2可知，该Joubert综合征患者家系共有3名成员，其中第二代儿子为Joubert综合征患者，第一代的父母为正常成员。
该患者是0.5岁男婴，生长发育落后，外斜视，眼距宽，右眼睑下垂，双眼球水平震颤，头部核磁共振图片发现“磨牙征”（见图3）。我们采集了该患者的外周血并提取了基因组DNA。
2、芯片设计、文库构建和高通量测序
发明人用定制的捕获芯片（NimblGen，Roche）结合Solexa Hiseq2000高通量测序技术对该患者的目标区域进行了测序，具体如下：
1）设计了一张捕获芯片（NimblGen，Roche）对10个基因的外显子、剪接位点和邻近的内含子序列进行捕获。
2）将基因组DNA随机打断成150-200bp左右的片段，随后在片段两端分别连接上接头，制备文库（参见http://www.illumina.com/提供的Illumina/Solexa标准建库说明书）。
3）文库经纯化后经过ligation-mediated PCR(LM-PCR)的线性扩增与custom capture array进行杂交富集，再经过LM-PCR的线性扩增后进行上机测序。测序平台为Illumina Hiseq2000，读取长度为90bp。
3、变异检测、注释及与数据库比较
1）测序后获得的原始数据由Illumina basecalling Software1.7进行处理。然后过滤低质量reads和包含接头污染reads。使用BWA将高质量reads比对到参考基因组，获得比对到基因组上的唯一比对reads。然后利用SOAPsnp和GATK分别进行SNP和indel的检测。
2）对于检出的SNP和indel变异，我们利用内部的流程进行注释，即确定变异所处基因组环境，以及变异的类型。我们关注非同义突变，剪接受体/供体位点突变和编码区插入和缺失突变这三类最有可能与疾病相关的突变。我们将检出的变异和dbSNP数据库、千人基因组数据库、HapMap数据库、HGMD和LSMD等公共数据库进行了比较。我们选出了HGMD和LSMD数据库中包含的变异以及位于编码区和剪接位点区的先前未报道过的变异，然后和我们的内部对照数据库进行比较。对于位于疾病已知基因上的候选致病突变，我们进行了sanger验证。
通过上述分析，在该患者的CC2D2A基因上发现一个复合突变c.2999A>T，c.3688C>T，其中患者的父亲携带杂合突变c.2999A>T，患者的母亲携带杂合突变c.3688C>T，我们的结果表明CC2D2A基因的两个杂合突变以复合杂合的形式导致了基因的功能缺失。
由此，本发明的CC2D2A基因中的两个杂合突变，可以用于Joubert综合征的检测和诊断。
实施例2 Sanger法测序验证Joubert综合征的致病基因
采集家系图2中三名成员的外周血，利用QIAmp Blood kit(Qiagen,Hilden,Germany)抽提外周血白细胞中的基因组DNA，利用Qubit Fluorometer和琼脂糖凝胶电泳测量DNA的浓度及纯度，所得的每个标本基因组DNAOD260/OD280均位于1.7-2.0之间，浓度不少于50ng/ul，总量不少于3μg。
分别对患者（图2中Ⅱ:1）、2名家系内正常人（图2中Ⅰ:1、Ⅰ:2）以及500位家系外正常人基因进行检测，针对该CC2D2A基因复合杂合突变位点所在序列设计引物，通过PCR扩增，产物纯化，测序的方法获得有关序列，根据序列测定结果属于突变型还是野生型，以及突变是否与表型在家系内呈共分离来验证相关性。具体方法步骤如下：
1）DNA提取：
分别采取家系内患者、患者的父母以及家系外500名正常人外周静脉血按照实施例1 的方法提取基因组DNA、测定DNA含量和纯度。
2）引物设计及PCR反应
引物设计参考人类基因组序列数据库hg19/build37.1，具体见下。
a）引物序列

b）反应体系：
LA Taq酶PCR反应体系