通过发酵生产L-丝氨酸的方法 本发明涉及用于制备药物、化学药品和化妆品领域中所用氨基酸混合物的L-丝氨酸的生产方法、构成本方法的棒杆菌、D-3-磷酸甘油酸脱氢酶(下文有时称为“3-PGDH”)和编码该3-PGDH的DNA。
作为通过发酵制各L-丝氨酸的常规方法，已报导这样一种方法，即其中能够将甘氨酸和糖转化成L-丝氨酸的细菌菌株在含有30g/L甘氨酸的培养基中用于生产至多14g/L的L-丝氨酸。通过该方法将甘氨酸转化成L-丝氨酸的产量达到46％(KubotaK.农业生物化学，49,7-12(1985))。用能够将甘氨酸和甲醇转换成L-丝氨酸的细菌菌株，可从100g/L的甘氨酸中生产出53g/L的L-丝氨酸(T.Yoshida等，发酵和生物工程杂志，79卷，第2期，181-183,1995)。在使用诺卡氏菌属细菌地方法中，已知可通过培养那些对氧肟酸盐、重氮丝氨酸等具有抗性的菌株而提高该细菌L-丝氨酸的生产力(日本专利公开No.57-1235)。然而，这些方法包括使用作为L-丝氨酸前体的甘氨酸并且包括复杂的操作且从费用的角度也是不利的。
作为可直接从糖发酵L-丝氨酸并且无需在培养基中添加L-丝氨酸前体的菌株，已知有谷氨酸棒杆菌，该菌对D-丝氨酸、α-甲基丝氨酸、O-甲基丝氨酸、异丝氨酸(isoserine)、丝氨酸氧肟酸盐和3-氯丙氨酸具有抗性但是L-丝氨酸的积累低达0.8g/L(Nogei Kagakukaishi,48卷第3期，p201-208,1974)。因此，有必要进一步改进菌株以用于工业规模L-丝氨酸的直接发酵。
另一方面，关于棒杆菌，已经公开了能够在细胞中自主复制并且具有药物抗性标记基因的质粒(参考美国专利4,514,502)和将基因导入该细胞中的方法(公开的日本专利申请No.2-207791)和培养产生L-苏氨酸或L-异亮氨酸细菌的可能性(美国专利4,452,890和4,442,208)。同样，有关产生L-赖氨酸细菌的培养，已知一种包括掺入参与L-赖氨酸生物合成的基因至质粒载体中并在细胞中扩增该质粒的技术(公开的日本专利申请No.56-160997)。
在大肠杆菌的情况中，参与L-丝氨酸生物合成的酶包括相对于野生型中L-丝氨酸生产而言对反馈抑制敏感的酶并且已知有这样一种实例，即其中导入突变基因从而可对反馈抑制脱敏而导致L-丝氨酸的增加(日本专利No.2584409)。作为这种基因，具体地已知有3-PGDH基因(下文，编码3-PGDH蛋白的基因也将称为“SerA”)。
此外，在棒杆菌的情况中，已知有这样的实例，即其中3-PGDH基因的扩增影响了L-色氨酸的生产力(公开的日本专利申请No.3-7591)。
本发明的目的是提供将糖转变为L-丝氨酸的微生物并且提供了利用微生物将糖转变为L-丝氨酸的能力在培养基中积累L-丝氨酸的方法，即在工业规模的实践中优越的生产L-丝氨酸的方法。
由于为了达到上述目的而对L-丝氨酸生产方法进行了深入的研究，结果，本发明者现已发现筛选具有L-丝氨酸生产力的棒杆菌，特别优选的是来自棒杆菌菌株，显示出对重氮丝氨酸或β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸具有抗性但L-丝氨酸分解活性具有缺陷的突变菌株作为亲本菌株并且用此筛选出的菌株进行L-丝氨酸发酵将大幅度增加L-丝氨酸的积累。根据此发现完成了本发明。
即，本发明涉及对重氮丝氨酸或β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸具有抗性并且具有L-丝氨酸生产力的棒杆菌。
此外，本发明涉及来自其中对L-丝氨酸的反馈抑制被脱敏的棒杆菌的D-3-磷酸甘油酸脱氢酶；可以从对重氮丝氨酸或β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸具有抗性并且具有L-丝氨酸生产力的棒杆菌获得的上述D-3-磷酸甘油酸脱氢酶；具有序列表中SEQ ID:12中列出氨基酸序列或包括一个或更多个氨基酸替代、添加或缺失并且其中的相应于SEQ ID:12氨基酸序列中第325个谷氨酸残基的氨基酸被非谷氨酸的氨基酸替代的氨基酸序列的D-3-磷酸甘油酸脱氢酶；和具有在序列表SEQ ID NO:11中列出序列的上述D-3-磷酸甘油酸脱氢酶。
更进一步，本发明涉及编码上述D-3-磷酸甘油酸脱氢酶的DNA和具有在序列表中SEQ ID NO:13中列出碱基序列的上述DNA。
更进一步，本发明涉及带有含上述DNA的重组DNA的棒杆菌。
此外，本发明涉及生产L-丝氨酸的方法，包括在培养基中培养上述细菌从而使L-丝氨酸在培养基中积累并且从该培养基中收集L-丝氨酸的步骤。
对重氮丝氨酸或β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸具有抗性并且具有L-丝氨酸生产力的棒杆菌的具体实例包括黄色短杆菌AJ13324和AJ13327或黄色短杆菌AJ13325。
本发明提供从糖生产L-丝氨酸的棒杆菌。该棒杆菌可用于具有工业优势的L-丝氨酸生产方法中。
图1显示L-丝氨酸对各种菌株3-PGDH的反馈抑制方式。水平轴表示在该酶溶液中L-丝氨酸的浓度。纵轴表示L-丝氨酸存在时3-PGDH活性对L-丝氨酸不存在时的百分比。符号◆显示L-丝氨酸对ATCC14067菌株3-PGDH的反馈抑制方式。符号■显示L-丝氨酸对AJ13377菌株3-PGDH的反馈抑制方式。符号▲显示L-丝氨酸对AJ13324菌株3-PGDH的反馈抑制方式。符号×显示L-丝氨酸对AJ13325菌株3-PGDH的反馈抑制方式。符号*显示L-丝氨酸对AJ13327菌株3-PGDH的反馈抑制方式。
图2显示质粒pVK7和pVK6的构建。
本发明中提及的棒杆菌为伯杰氏细菌鉴定手册，第8版，第599页(1974)中定义的一组微生物，它们是不具有酸抗性并且无孢子形成能力的需氧格兰氏阳性杆菌。这些棒杆菌包括棒杆菌属的细菌、属于迄今分类进短杆菌属但目前统一到棒杆菌属中的短杆菌属细菌以及与棒杆菌属和微杆菌属细菌密切相关的短杆菌属的细菌。
本发明对重氮丝氨酸或β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸具有抗性并且具有L-丝氨酸生产力的棒杆菌，优选L-丝氨酸分解活性缺陷型的那些棒杆菌菌株从野生型或产L-丝氨酸的棒杆菌作为亲本菌株进行人工突变或诱导。
例如，可通过下面的方法获得对重氮丝氨酸或β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸具有抗性并且具有L-丝氨酸分解活性缺陷型且具有L-丝氨酸生产力的棒杆菌。即，通过常规方法(与N-甲基-N’-硝基-N-亚硝基-胍等接触)对黄色短杆菌ATCC14067进行突变处理以获得L-丝氨酸分解活性缺陷型突变菌株并且用该菌株作为亲本菌株，获得对重氮丝氨酸或β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸具有抗性的菌株。从上述方法获得的突变菌株中可获得以高浓度积累L-丝氨酸的菌株。
也可以通过导入下述突变体serA至亲本菌株或L-丝氨酸分解活性缺陷型突变菌株获得对重氮丝氨酸或β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸具有抗性的菌株。
术语“重氮丝氨酸抗性”指细菌在含有重氮丝氨酸的培养基中较野生型细菌生长更快的特性。例如，在含有0.25g/L重氮丝氨酸的固体培养基上30℃在4-5天内形成菌落的菌株称为具有重氮丝氨酸抗性。
类似地，术语“β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸抗性”指细菌在含有β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸的培养基中较野生型细菌生长更快的特性。例如，在含有0.25g/Lβ-(2-噻吩)-DL-丙氨酸的固体培养基上30℃在4-5天内形成菌落的菌株称为具有β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸抗性。
3-PGDH催化这样的反应，即在烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)作为辅酶存在时将3-磷酸甘油酸氧化成3-磷酸羟基丙酮酸。
例如，可通过340nm处的吸光率测定逆反应中辅酶NADH2的下降(E.Sugimoto和L.I.Pizer,JBC,243,2081,1968)或正反应中辅酶NADH2的合成(Salach H.J.酶学方法，9卷，216-220,1996)测定3-PGDH的活性。
通过从棒杆菌的培养基中收集细胞、超声粉碎收集的细胞并且随后进行超速离心且通过常规方法从上清中分离目的酶可以纯化3-PGDH。更具体地说，可以通过硫酸铵沉淀、凝胶过滤、阳离子交换树脂层析、阴离子交换树脂层析、反相层析等对具有3-PGDH活性的馏份进行系列浓缩来纯化3-PGDH。
来自野生型棒杆菌的3-PGDH对L-丝氨酸的反馈抑制敏感并且其活性几乎完全受10mML-丝氨酸存在的抑制。术语“其中L-丝氨酸的反馈抑制被脱敏的3-PGDH”意为即使在10mML-丝氨酸存在下3-PGDH具有无L-丝氨酸存在时活性的20％或更多，优选40％或更多，更为优选地是90％或更多。来自下面实施例中描述的黄色短杆菌AJ13327的3-PGDH在80mML-丝氨酸存在下基本上保留100％的活性且因此为最优选的3-PGDHs之一。
来自野生型棒杆菌的3-PGDH(下面，编码该酶的DNA也称为“野生型serA”)具有序列表中的SEQ ID NO:12中列出的氨基酸序列。其中L-丝氨酸的反馈抑制被脱敏的3-PGDH的具体实例(下面，编码该酶的DNA也称为“突变型serA”)包括这样的D-3-磷酸甘油酸脱氢酶，其特征在于该D-3-磷酸甘油酸脱氢酶具有序列表中的SEQ ID NO:12中列出的氨基酸序列或与上述相同但具有一个或更多个氨基酸替代、添加或缺失且相应于SEO ID NO:12中氨基酸序列的第325个谷氨酸残基的氨基酸残基被其它氨基酸所替代的氨基酸序列。最为优选的是该其它氨基酸为赖氨酸残基。
例如，可根据Saito和Miura的方法(H.Saito和K.Miura，生化.生物物理学报，72,619(1963))等制备染色体DNA并且然后通过聚合酶链式反应方法(PCR：聚合酶链式反应；参考White,T.J.等,遗传学进展.5,185(1989))扩增serA基因从棒杆菌中分离含有serA基因的DNA片段。例如，为了扩增含有序列表中的SEQ ID NO:11ORF(172至1705)的DNA片段，从SEQ IN NO:11中第一个碱基至紧邻ATG前面的碱基之间的区域选择任意20至30个碱基以获得一条引物。此外，从紧邻终止密码子后面的碱基至SEQ IN NO:11中最后一个碱基之间的区域选择任意20至30个碱基以获得另一条引物。
当从3-PGDH的野生型菌株分离serA时，获得野生型serA并且从带有其中L-丝氨酸的反馈抑制被脱敏的3-PGDH的突变体中(3-PGDH突变体)分离serA得到突变的serA。具体地说，野生型serA具有序列表中的SEQ ID NO:11中列出的序列，并且突变体serA具有序列表中的SEQ ID NO:13中列出的序列。
优选的是将通过PCR方法扩增的serA与能够在大肠杆菌和/或棒杆菌细胞中自主复制的载体DNA连接以制备重组DNA，并且将此重组DNA导入前述的大肠杆菌细胞中。这种前提使下面的操作变得容易。能够在大肠杆菌细胞中自主复制的载体优选为能够在包括，例如pUC19,pUC18,pBR322,pHSG299,pHSG399,pHSG398和RSF1010的宿主细胞中自主复制的质粒载体。
可利用转座子(国际公开号WO02/02627，国际公开号WO93/18151，公开的欧洲专利申请No.0445385，公开的日本专利申请No.646867,Vertes,AA分子微生物学.,11,739-746(1994),Bonamy,C.,等，分子微生物学.,14,571-581(1994)Vertes,AA等，分子普通遗传学.,245,397405(1994)Jagar,W.等.,FEMS微生物学通讯，126,1-6(1995)，公开的日本专利申请No.7-107976，公开的日本专利申请No.7-327680，等)、噬菌体载体、染色体重组(分子遗传学实验，冷泉港实验室出版社(1972)；Matsuyama,S.和Mizushima,S.细菌学杂志.,162,1196(1985))等制备重组DNA。
当将具有使质粒可在棒杆菌中自主复制的能力的DNA片段插入到这些载体中时，它们可用作在大肠杆菌和棒杆菌中均能自主复制的所谓的穿梭载体。这样的穿梭载体包括以下载体。带有各载体的微生物和国际保藏机构的保藏号显示于括弧中。
pHC4：大肠杆菌AJ12617(FERMBP-3532)
pAJ655：大肠杆菌AJ11882(FERMBP-136)
谷氨酸棒杆菌SR8201(ATCC39135)
pAJ1844：大肠杆菌AJ11883(FERMBP-137)
谷氨酸棒杆菌SR8202(ATCC39136)
pAJ611：大肠杆菌AJ11884(FERMBP-138)
pAJ3148：谷氨酸棒杆菌SR8203(ATCC39137)
pAJ440：枯草芽孢杆菌AJ11901(FERMBP-140)
这些载体可按如下方法从保藏的微生物中得到。于对数生长期收集的细胞用溶菌酶和SDS加以裂解，然后于30,000×g离心对裂解液进行分离以获得上清并向其中加入聚乙二醇，然后通过氯化铯-溴化乙锭平衡密度梯度离心方法对其进行分级分离和纯化。
可根据，例如D.M.Morrison方法(酶学方法，68,326(1979))或其中的受体细胞以氯化钙处理以增加DNA通透性的方法(Mandel,M和Higa,A，分子生物学杂志，53,159(1970))导入质粒而转化大肠杆菌。
质粒向棒杆菌中的导入以引起转化可通过电脉冲方法(Sugimoto等.，公开的日本专利申请No.2-207791)进行。
用于导入上述DNA的棒杆菌的实例包括，例如，下面的野生型菌株：
嗜乙酰乙酸棒杆菌ATCC13870；
醋谷棒杆菌ATCC15806；
美棒杆菌ATCC15991；
谷氨酸棒杆菌ATCC13032；
(扩展短杆菌)ATCC14020；
(乳发酵短杆菌)ATCC13869；
(百合棒状杆菌)ATCC15990；
(黄色短杆菌)ATCC14067；
Corynebacterium melassecola ATCC17965；
解糖短杆菌ATCC14066；
Brevibacterium immariophilum ATCC14068；
玫瑰色短杆菌ATCC13825
生硫短杆菌ATCC19240；
嗜氨微杆菌ATCC15354；
Corynebacterium thermoaminogenes AJ12340(FERMBP-1539)。
通过导入含有突变serA的重组DNA至上述的棒杆菌中而获得的转化菌株产生其中的L-丝氨酸反馈抑制被脱敏的3-PGDH。此转化的菌株具有对β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸的抗性。
对于用本发明的菌株进行L-丝氨酸的生产，可使用下面的方法。作为待用的培养基，可使用含有碳源、氮源、无机盐和如果必要的话，任选的诸如氨基酸、维生素等有机痕量营养成分的常规液体培养基。
作为碳源，可使用如葡萄糖、蔗糖、果糖、半乳糖；糖化的淀粉溶液、甜土豆糖浆、糖甜菜糖浆和包括上述糖的最高糖浆；有机酸如乙酸；醇如乙醇；甘油等。
作为氮源，可使用氨气、水溶性氨、铵盐、尿素、硝酸盐等。此外，可使用有机氮源用于补充使用，例如，油性蛋糕、大豆水解液、分解的酪蛋白、其它氨基酸、玉米浆、酵母或酵母提取物、肽如蛋白胨等。
作为无机离子，可任选加入磷酸离子、镁离子、钙离子、铁离子和锰离子等。
当使用需要营养物如氨基酸用于其生长的本发明微生物时，应该补充所需的营养物。
通常在pH5到8并且25到40℃的温度范围的有氧条件下孵育微生物。根据无机或有机酸、碱性物质、尿素、碳酸钙、氨气等的存在与否将培养基的pH控制在上述预定的范围内。
例如，可通过分离和去除细胞、进行离子交换树脂处理、浓缩冷却结晶、膜分离和其它已知的方法以任何适当的组合从发酵液中收集L-丝氨酸。为了去除杂质，可以用活性碳吸附和重结晶进行纯化。
优选实施方案的描述
(实施例1)新的产L-丝氨酸黄色短杆菌AJ13324和AJ13327的构建从L-丝氨酸分解活性缺陷的获自野生型黄色短杆菌ATCC14067的黄色短杆菌AJ13377构建黄色短杆菌AJ13324和AJ13327。
为了获得突变体，将在肉汤培养基(在1升水中含有1g鱼肉提取物，1g聚胨，0.5g酵母提取物，和0.5g氯化钠，调至pH7.0的培养基)中扩增24小时的细胞悬浮于100mM的磷酸缓冲液(pH7.0)(含有109至1010是个细胞/ml)中。将NG(N-甲基-N’-硝基-N-亚硝基胍)加入到悬液中至200μg/ml的浓度并且于30℃放置30分钟。将这样处理的细胞用上述缓冲液充分洗涤。
为了从NG处理的细胞中筛选具有无L-丝氨酸分解活性的菌株，将洗涤后以NG处理的黄色短杆菌ATCC14067细胞涂布在肉汤琼脂培养基上并且于30℃培养24小时以使菌落形成。然后，将肉汤琼脂培养基上的菌落用作阴性菌落并且于基本培养基和用于筛选的基本培养基上进行复制子形成。然后，筛选生长于基本培养基上但不生长于用于筛选的基本培养基上的菌株。该基本培养基为每升蒸馏水中含有以下成份的培养基，包括20g葡萄糖，1g硫酸铵，1g磷酸二氢钾，2.5g尿素，0.4g7水硫酸镁，0.01g7水硫酸铁(Ⅱ)，0.01g4-至5水硫酸锰，50μg生物素，200μg盐酸硫胺素，200ug烟酰胺和2.0g琼脂。用于筛选的基本培养基为每升蒸馏水中含有以下成份的培养基，包括1g硫酸铵，lg磷酸二氢钾，2.5g尿素，0.4g7水硫酸镁，0.01g7水硫酸铁(Ⅱ)，0.01g4-至5水硫酸锰，50μg生物素，200μg盐酸硫胺素，200μg烟酰胺，0.5gL-丝氨酸和2.0g琼脂。通过此方法获得的突变体中发现许多具有无L-丝氨酸分解活性的菌株并且获得黄色短杆菌AJ13377作为一个这样的菌株。
为了用黄色短杆菌AJ13377作为亲本菌株从NG处理的菌株中筛选重氮丝氨酸抗性的菌株，将洗涤后的NG处理的黄色短杆菌AJ13377细胞接种于用于筛选的基本培养基上。该用于筛选的基本培养基上为每升蒸馏水中含有以下成份的培养基包括20g葡萄糖，1g硫酸铵，1g磷酸二氢钾，2.5g尿素，0.4g7水硫酸镁，0.01g7水硫酸铁(Ⅱ)，0.01g4-至5水硫酸锰，50μg生物素，200μg盐酸硫胺素，200μg烟酰胺和250mg重氮丝氨酸。将NG处理的突变体于30℃在上述培养基中培养5至10天。将这样获得的细胞培养物涂布在肉汤琼脂培养基上并且于30℃培养24小时用于菌落形成。从形成菌落的菌株中获得重氮丝氨酸抗性菌株。这样获得的突变体包括许多以高产量大量积累L-丝氨酸的菌株。从这些菌株中获得2个菌株，即，黄色短杆菌AJ13324和AJ13327。已证实这些菌株能够在0.25g/L重氮丝氨酸存在下生长。
(实施例2)新的产L-丝氨酸黄色短杆菌AJ13325的构建从L-丝氨酸分解活性缺陷的获自野生型黄色短杆菌ATCC14067的黄色短杆菌AJ13377构建黄色短杆菌AJ13325。
为了从用黄色短杆菌AJ13377作为亲本菌株的NG处理的菌株中筛选对β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸具有抗性的菌株，将黄色短杆菌AJ13377细胞在接种于用于筛选的基本培养基上之前以NG处理并且洗涤。该用于筛选的基本培养基上为每升蒸馏水中含有以下成份的培养基，包括20g葡萄糖，1g硫酸铵，1g磷酸二氢钾，2.5g尿素，0.4g7水硫酸镁，0.01g7水硫酸铁(Ⅱ)，0.01g4-至5水硫酸锰，50μg生物素，200μg盐酸硫胺素，200μg烟酰胺和250mgβ-(2-噻吩)-DL-丙氨酸。将NG处理的突变体于30℃在上述培养基中培养5至10天。将这样获得的细胞培养物涂布在肉汤琼脂培养基上并且于30℃培养24小时用于菌落形成。从形成菌落的这些菌株中获得对β-(2-噻吩)-DL-丙氨酸具有抗性的菌株。这样获得的突变体包括许多以高产量大量积累L-丝氨酸的菌株。作为一个这样的菌株获得了黄色短杆菌AJ13325。已证实这些菌株能够在0.25g/Lβ-(2-噻吩)-DL-丙氨酸存在下生长。
(实施例3)通过新的产L-丝氨酸的黄色短杆菌AJ13324,AJ13325和AJ13327生产L-丝氨酸
将黄色短杆菌AJ13324,AJ13325和AJ13327分别于30℃在肉汤培养基上培养24小时并且将1菌环量的每种微生物接种于500ml的摇瓶中，其中该摇瓶含有20ml具有表1所示组分的发酵培养基。作为对照按上述相同的方式接种亲本菌株黄色短杆菌ATCC14067和AJ13377。以氢氧化钾调节培养基至pH7.0并且于115℃高压灭菌15分钟。灭菌和冷却后，加入5g/L量的于180℃干热灭菌的碳酸钙。
表1
成份 含量/升
葡萄糖 110.0g
磷酸二氢钾 0.4g
7水硫酸镁 0.4g
7水硫酸铁(Ⅱ) 0.01g
4-至5水硫酸锰 0.01g
硫酸铵 25.0g
盐酸硫胺素 100μg
生物素 100μg
大豆蛋白盐酸裂解物(“Mieki”(注册商标))40ml
pH 7.0
用高效液相色谱(日立L-8500氨基酸分析仪)对L-丝氨酸的测定显示黄色短杆菌AJ13324,AJ13325和AJ13327分别以15.2g/L、14.3g/L和15.4g/L的量在培养基中积累L-丝氨酸。另一方面，作为对照培养的黄色短杆菌菌株ATCC1406和AJ13377分别以0g/L和5.0g/L的量积累L-丝氨酸。
离心黄色短杆菌AJ13324的培养基并且用阳离子交换树脂对此上清进行脱盐处理，随后用阴离子交换树脂和阴离子交换树脂进行色谱分离以去除副产品并且通过结晶纯化以从55％的培养基产量中获得至少99％纯度的L-丝氨酸结晶。
(实施例4)3-PGDH活性的测定
将黄色短杆菌AJ13324，AJ13325和AJ13327分别于30℃在肉汤琼脂培养基上培养24小时并且将1菌环量的每种微生物接种于500ml的摇瓶中，其中该摇瓶含有50ml具有表2所示组分的发酵培养基。作为对照，按上述相同的方式接种亲本菌株黄色短杆菌ATCC14067和AJ13377。以氢氧化钠调节用于接种的培养基至pH5.5并且于115℃高压灭菌15分钟。
表2
成份 含量/升
葡萄糖 30.0g
磷酸二氢钾 1.0g
7水硫酸镁 0.4g
7水硫酸铁(Ⅱ) 0.01g
4-至5水硫酸锰 0.01g
硫酸铵 3.0g
大豆蛋白盐酸裂解物(“Mieki”(注册商标))3.0ml
盐酸硫胺素 200μg
生物素 50μg
尿素 3.0g
酵母提取物 2.0g
pH 5.5
从每种菌株的培养基中收集细胞以后，用生理盐水洗涤细胞2次并且悬浮于含有2mM二硫苏糖醇的50mM的磷酸钠缓冲液(pH7.0)中。冰冷以后，将悬液用超声仪破碎细胞并且超速离心所得的液体。超速离心在45,000rpm进行1小时以获得粗酶溶液。
用SalachH.J.等的方法(酶学方法，9卷，216-220(1966))测定3-PGDH的酶活性。
更具体地说，加入0.4ml0.015MNAD,0.12ml0.25MEDTA(pH9,NaOH),0.1ml0.05M谷光甘肽(pH6,KOH),0.5ml1M肼(pH9，乙酸盐),0.6ml1MTris(pH9,Hcl)，适当浓度的L-丝氨酸(0-40mM)和水以制成2.3ml，预先加热至25℃。然后，加入0.2ml的粗酶溶液并且维持恒温5分钟。之后，加入0.5ml0.1M3-PGA(3-磷酸甘油酸二钠盐，pH7,NaOH)。搅拌后，于340nm处测定反应混合物的吸光率30秒。反应于25℃进行。
为了进行活性测定，使用日立U-2000A分光光度计。
图1显示得到的结果。与野生型菌株ATCC14067相比AJ13377菌株的L-丝氨酸敏感性降低。AJ13324菌株的L-丝氨酸敏感性降低得更多并且AJ13325菌株与AJ13324菌株在这方面的水平相同。AJ13327菌株大大地降低了L-丝氨酸的敏感性。并且甚至在80mM L-丝氨酸的存在下抑制被完全脱敏。
尽管已报导大肠杆菌中L-丝氨酸对3-PGDH抑制脱敏的一些实例(Tosa和Pizer，细菌学杂志.106:972-982(1971)或公开的日本专利申请No.6-510911)，但是已知还没有在如此高浓度L-丝氨酸存在下对此抑制完全脱敏的实例。
(实施例5)来自棒杆菌野生型和突变型serA的克隆
如实施例4中所示，在AJ13327菌株中L-丝氨酸的反馈抑制被完全脱敏。因此，为了弄清什么样的变异并且证实3-PGDH的扩增效果，试图克隆编码来自ATCC14067菌株野生型3-PGDH和来自AJ13327菌株突变型3-PGDH的serA基因。
为了用PCR方法从黄色短杆菌染色体中扩增serA，生产相应的引物是必要的。由于没有有关黄色短杆菌serA克隆和核苷酸序列的报导，使用了来自棒杆菌的serA序列。从谷氨酸棒杆菌K82(参考FERMBP-2444和公开的日本专利申请No.3-7591)中提取质粒，其中的来自棒杆菌的serA片段用WizardMiniprepsDNA纯化系统(Promega生产)克隆并且以限制酶BamHI(TakaraShuzo有限公司生产)切割含有serA的约1.4kb的DNA片段。
作为用于克隆基因片段的载体，用新近构建的克隆载体pVK7用于棒杆菌。
通过以下述方式连接(大肠杆菌克隆载体)pHSG299(Kmr；Takeshita,S.等.，基因，61,63-74(1987)，公开的日本专利申请No.10-215883)至pAM330，一种乳酸发酵短杆菌的隐蔽性质粒而构建pVK7。以单特异性限制酶AvaⅡ(TakaraShuzo有限公司生产)切割pHSG299并且以T4 DNA聚合酶末端补平。将它与已经用HindⅢ(TakaraShuzo有限公司生产)切割并且以T4 DNA聚合酶补平末端的pAM330连接。根据pAM330相对于pHSG299的插入方向将得到的这2种质粒命名为pVK6和pVK7。pVK7用于下面的实验。pVK7可以在大肠杆菌和乳酸发酵短杆菌中自主复制并且保留来自pHSG299的多克隆位点和lacZ’。图2显示pVK6和pVK7的构建过程。
向这样构建的穿梭载体pVK7上连接一个含有serA的约1.4kb的DNA片段。pDTS9901以限制酶BamHⅠ(Takara Shuzo有限公司生产)切割并且连接至同样以限制酶BamHⅠ切割的pVK7上。根据前述方法用DNA连接试剂盒(Takara Shuzo有限公司生产)进行DNA的连接。
对于测序反应，使用PCR热循环仪MP型(Takara Shuzo有限公司生产)和染色终止循环测序FS即用反应试剂盒(珀金-埃尔默公司生产)。作为DNA引物，使用M13(-21)，RV引物(Takara Shuzo有限公司生产)。序列表中的SEQ ID NO:1显示了这样得到的序列。SEQ ID NO:2显示了可由该序列编码的氨基酸序列。
根据这样测定的碱基序列合成引物并且用突变型黄色短杆菌AJ13327的染色体DNA作为模板通过PCR方法扩增serA。序列表中的SEQ ID NO:3和4分别显示合成用于基因扩增的DNA引物的N-末端和C-末端序列。
在黄色短杆菌染色体DNA制备中，使用了基因组DNA纯化试剂盒(细菌性的)(先驱遗传学技术公司生产)并且制备方法根据其所附的方案进行。
对于PCR反应，使用了PCR热循环仪MP型(Takara Shuzo有限公司生产)和TaKaRaTaq(Takara Shuzo有限公司生产)。
PCR产物用Onginal TA克隆试剂盒(Invitrogen生产)直接连接至质粒pCR2.1载体上并且用INVαF’的感受态细胞进行转化。将转化的细胞涂布在进一步含有40μg/ml X-Gal(5-溴4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷)和25μg/ml卡那霉素的L培养基(10g/L细菌用胰蛋白胨，5g/L细菌用酵母提取物，15g/LNaCl，和15g/L琼脂)并且培养过夜。收集出现的白色菌落并且分离至单菌落以获得转化的菌株。
从转化的菌株中提取质粒并且以限制酶EcoRⅠ处理经PCR方法证实有serA片段插入的那些质粒并且连接至穿梭载体pVK中。对此产物的碱基序列测定表明C-末端不含有全长序列。这样得到的序列相应于序列表中SEQ ID NO:13中5’端上游277碱基至SEQ ID NO:13中3’端1134碱基之间的区域。
为了获得含有全长serA基因的片段，黄色短杆菌AJ13327菌株染色体DNA缺失部分的克隆用TaKaRaLAPCR体外克隆试剂盒(TakaraShuzo有限公司生产)根据所附的方案进行。
首先，将这样制备的染色体DNA以各种限制酶完全消化并且与其中具有相应限制酶位点的连接盒连接。用盒式引物(C1)(序列表中的SEQ ID NO:5)和与已知的DNA(S1)区域(序列表中的SEQ ID NO:6)互补的引物进行第1轮PCR。用该反应混合物的一部分，用内部引物C2(序列表中的SEQ ID NO:7)和S2(序列表中的SEQ ID NO:8)进行第2轮PCR以仅仅扩增目的DNA。
当EcoRⅠ(Takara Shuzo有限公司生产)用作限制酶时，证实该目的DNA的扩增并且直接测定该PCR产物的碱基序列。根据这样获得的碱基序列，生产编码C-末端一侧的引物并且从作为野生型菌株的黄色短杆菌ATCC14067和作为突变菌株的黄色短杆菌AJ13327中收集含有全长serA的片段。序列表中的SEQ ID NOS:9和10分别显示N-末端和C-末端侧链DNA引物的序列。
用OriginalTA克隆试剂盒(Invitrogen生产)将分别含有全长野生型serA和突变型serA的基因片段连接至EcoRⅠ-切割的穿梭载体pVK7中。分别生产带有相应基因片段的质粒并且测定其碱基序列。SEQIDNOS:11和13分别表示野生型和突变型的序列。SEQ ID NOS:12和14分别表示这些序列可编码的氨基酸序列。比较这样测定的碱基序列，证实在突变型serA中，第1087个碱基G突变成A并且因此第325个氨基酸，谷氨酸变成赖氨酸。
(实施例6)将含有3-PGDH基因的质粒导入黄色短杆菌中将带有野生型serA或突变型serA的质粒分别导入黄色短杆菌AJ13377中。这些质粒通过电脉冲方法(Sugimoto等，公开的日本质粒申请No.2-207791)导入。在含有25μg/ml卡那霉素的完全培养基中筛选转化的细胞。
(实施例7)通过转化的细胞生产L-丝氨酸其中分别导入了具有含全长野生型serA或突变型serA基因片段的质粒的转化细胞在根据实施例3的500ml摇瓶中培养，并且测定产生的L-丝氨酸。作为对照，类似地培养作为宿主的AJ13377菌株。
观察到其中导入野生型serA的转化细胞其L-丝氨酸生产力没有影响而证实其中导入了突变型serA的转化细胞L-丝氨酸生产力增加(表3)
表3
菌株 扩增的基因 积累的L-丝氨酸的量(g/L)
AJ13377 -- 5.0
serA 5.0
serA* 12.0
serA*：突变型serA基因
黄色短杆菌AJ13377已于1997年10月15日保藏于通商产业省工业科学和技术院生物科学和人类技术研究所(邮政编码：305-8566，日本茨城县筑波市东1丁目1番3号)，保藏号为FERMP-16471，并且根据布达佩斯条约于1998年11月20日由原始保藏转化为国际保藏。且保藏号为FERM BP-6567。
此外，含有突变型serA的质粒包含在黄色短杆菌ATCC14067中。带有此质粒的菌株命名为黄色短杆菌AJ1338并且已于1997年10月15日保藏于通商产业省工业科学和技术院生物科学和人类技术研究所(邮政编码：305-8566，日本茨城县筑波市东1丁目1番3号)，保藏号为FERMP-16472，并且根据布达佩斯条约于1998年11月20日由原始保藏转化为国际保藏且保藏号为FERMBP-6577。
序列表<110>Ajinomoto有限公司<120>通过发酵生产L-丝氨酸的方法<130>OP812<150>JP10-3751<151>1998-01-12<150>JP10-353513<151>1998-12-11<160>14<170>专利2.0版<210>1<211>1432<212>DNA<213>谷氨酸棒杆菌<220><221>CDS<222>(398)..(1432)<400>1ggatccggac acacgtgaca aaattgtaga aaattggatg attttgtcac gcctgtctgg 60tttagctctg gttcgggacg ggcgtggaat ggaggtagcg caccgagacc ttgacccgcg 120gcccgacaag ccaaaagtcc ccaaaacaaa cccacctcgc cggagacgtg aataaaattc 180gcagctcatt ccatcagcgt aaacgcagct ttttgcatgg tgagacacct ttgggggtaa 240atctcacagc atgaatctct gggttagatg actttctggg tgggggaggg tttagaatgt 300ttctagtcgc acgccaaaac ccggcgtgga cacgtctgca gccgacgcgg tcgtgcctgt 360tgtaggcgga cattcctagt ttttccagga gtaactt gtg agc cag aat ggc cgt 415
Val Ser Glu Asn Gly Arg
1 5ccg gta gtc ctc atc gcc gat aag ctt gcg cag tcc act gtt gac gcg 463Pro Val Val Leu Ile Ala Asp Lys Leu Ala Gln Ser Thr Val Asp Ala
10 15 20ctt gga gat gca gta gaa gtc cgt tgg gtt gac gga cct aac cgc cca 511Leu Gly Asp Ala Val Glu Val Arg Trp Val Asp Gly Pro Asn Arg Pro
25 30 35gaa ctg ctt gat gca gtt aag gaa gcg gac gca ctg ctc gtg cgt tct 559Glu Leu Leu Asp Ala Val Lys Glu Ala Asp Ala Leu Leu Val Arg Ser
40 45 50gct acc act gtc gat gct gaa gtc atc gcc gct gcc cct aac ttg aag 607Ala Thr Thr Val Asp Ala Glu Val Ile Ala Ala Ala Pro Asn Leu Lys 55 60 65 70atc gtc ggt cgt gcc ggc gtg ggc ttg gac aac gtt gac atc cct gct 655Ile Val Gly Arg Ala Gly Val Gly Leu Asp Asn Val Asp Ile Pro Ala
75 80 85gcc act gaa gct ggc gtc atg gtt gct aac gca ccg acc tct aac att 703Ala Thr Glu Ala Gly Val Met Val Ala Asn Ala Pro Thr Ser Asn Ile
90 95 100cac tct gct tgt gag cac gca att tct ttg ctg ctg tct act gct cgc 751His Ser Ala Cys Glu His Ala Ile Ser Leu Leu Leu Ser Thr Ala Arg
105 110 115cag atc cct gct gct gat gcg acg ctg cgt gag ggc gag tgg aag cgg 799Gln Ile Pro Ala Ala Asp Ala Thr Leu Arg Glu Gly Glu Trp Lys Arg
120 125 130tct tct ttc aac ggt gtg gaa att ttc gga aaa act gtc ggt atc gtc 847Ser Ser Phe Asn Gly Val Glu Ile Phe Gly Lys Thr Val Gly Ile Val135 140 145 150ggt ttt ggc cac att ggt cag ttg ttt gct cag cgt ctt gct gcg ttt 895Gly Phe Gly His Ile Gly Gln Leu Phe Ala Gln Arg Leu Ala Ala Phe
155 160 165gag acc acc att gtt gct tac gat cct tac gcc aac cct gct cgt gca 943Glu Thr Thr Ile Val Ala Tyr Asp Pro Tyr Ala Asn Pro Ala Arg Ala
170 175 180gct cag ctg aac gtt gag ttg gtt gag ttg gat gag ctg atg agc cgt 991Ala Gln Leu Asn Val Glu Leu Val Glu Leu Asp Glu Leu Met Ser Arg
185 190 195tct gac ttt gtc acc att cac ctt cct aag acc aag gaa act gct ggc 1039Ser Asp Phe Val Thr Ile His Leu Pro Lys Thr Lys Glu Thr Ala Gly
200 205 210atg ttt gat gcg cag ctc ctt gct aag tcc aag aag ggc cag atc atc 1087Met Phe Asp Ala Gln Leu Leu Ala Lys Ser Lys Lys Gly Gln Ile Ile215 220 225 230atc aac gct gct cgt ggt ggc ctt gtt gat gag cag gct ttg gct gat 1135Ile Asn Ala Ala Arg Gly Gly Leu Val Asp Glu Gln Ala Leu Ala Asp
235 240 245gcg att gag tcc ggt cac att cgt ggc gct ggt ttc gat gtg tac tcc 1183Ala Ile Glu Ser Gly His Ile Arg Gly Ala Gly Phe Asp Val Tyr Ser
250 255 260acc gag cct tgc act gat tct cct ttg ttc aag ttg cct cag gtt gtt 1231Thr Glu Pro Cys Thr Asp Ser Pro Leu Phe Lys Leu Pro Gln Val Val
265 270 275gtg act cct cac ttg ggt gct tct act gaa gag gct cag gat cgt gcg 1279Val Thr Pro His Leu Gly Ala Ser Thr Glu Glu Ala Gln Asp Arg Ala
280 285 290ggt act gac gtt gct gat tct gtg ctc aag gcg ctg gct ggc gag ttc 1327Gly Thr Asp Val Ala Asp Ser Val Leu Lys Ala Leu Ala Gly Glu Phe295 300 305 310gtg gcg gat gct gtg aac gtt tcc ggt ggt cgc gtg ggc gaa gag gtt 1375Val Ala Asp Ala Val Asn Val Ser Gly Gly Arg Val Gly Glu Glu Val
315 320 325gct gtg tgg atg gat ctg gct cgc aag ctt ggt ctt ctt gct ggc aag 1423Ala Val Trp Met Asp Leu Ala Arg Lys Leu Gly Leu Leu Ala Gly Lys
330 335 340ctt gtc gacLeu Val Asp 1432
345<210>2<211>345<212>PRT<213>谷氨酸棒杆菌<400>2Val Ser Gln Asn Gly Arg Pro Val Val Leu Ile Ala Asp Lys Leu Ala 1 5 10 15Gln Ser Thr Val Asp Ala Leu Gly Asp Ala Val Gln Val Arg Trp Val
20 25 30Asp Gly Pro Asn Arg Pro Glu Leu Leu Asp Ala Val Lys Glu Ala Asp
35 40 45Ala Leu Leu Val Arg Ser Ala Thr Thr Val Asp Ala Glu Val Ile Ala
50 55 60Ala Ala Pro Asn Leu Lys Ile Val Gly Arg Ala Gly Val Gly Leu Asp 65 70 75 80Asn Val Asp Ile Pro Ala Ala Thr Glu Ala Gly Val Met Val Ala Asn
85 90 95Ala Pro Thr Ser Asn Ile His Ser Ala Cys Glu His Ala Ile Ser Leu
100 105 110Leu Leu Ser Thr Ala Arg Gln Ile Pro Ala Ala Asp Ala Thr Leu Arg
115 120 125Glu Gly Glu Trp Lys Arg Ser Ser Phe Asn Gly Val Glu Ile Phe Gly
130 135 140Lys Thr Val Gly Ile Val Gly Phe Gly His Ile Gly Gln Leu Phe Ala145 150 155 160Gln Arg Leu Ala Ala Phe Glu Thr Thr Ile Val Ala Tyr Asp Pro Tyr
165 170 175Ala Asn Pro Ala Arg Ala Ala Gln Leu Asn Val Glu Leu Val Glu Leu
180 185 190Asp Glu Leu Met Ser Arg Ser Asp Phe Val Thr Ile His Leu Pro Lys
195 200 205Thr Lys Glu Thr Ala Gly Met Phe Asp Ala Gln Leu Leu Ala Lys Ser
210 215 220Lys Lys Gly Gln Ile Ile Ile Asn Ale Ala Arg Gly Gly Leu Val Asp225 230 235 240Glu Gln Ala Leu Ala Asp Ala Ile Glu Ser Gly His Ile Arg Gly Ala
245 250 255Gly Phe Asp Val Tyr Ser Thr Glu Pro Cys Thr Asp Ser Pro Leu Phe
260 265 270Lys Leu Pro Gln Val Val Val Thr Pro His Leu Gly Ala Ser Thr Glu
275 280 285Glu Ala Gln Asp Arg Ala Gly Thr Asp Val Ala Asp Ser Val Leu Lys
290 295 300Ala Leu Ala Gly Glu Phe Val Ala Asp Ala Val Asn Val Ser Gly Gly305 310 315 320Arg Val Gly Glu Glu Val Ala Val Trp Met Asp Leu Ala Arg Lys Leu
325 330 335Gly Leu Leu Ala Gly Lys Leu Val Asp
340 345<210>3<211>23<212>DNA<213>人工序列<220><223>人工序列描述：引物<400>3ggacacacgt gacaaaattg tag<210>4<211>23<212>DNA<213>人工序列<220><223>人工序列描述：引物<400>4gccagcaaga agaccaagct tgc 23<210>5<211>35<212>DNA<213>人工序列<220><223>人工序列描述：引物<400>5gtacatattg tcgttagaac gcgtaatacg actca 35<210>6<211>23<212>DNA<213>人工序列<220><223>人工序列描述引物<400>6tcatcaacgc tgctcgtggt ggc 23<210>7<211>35<212>DNA<213>人工序列<220><223>人工序列描述：引物<400>7cgttagaacg cgtaatacga ctcatatag ggaga 35<210>8<211>23<212>DNA<213>人工序列<220><223>人工序列描述：引物<400>8gacgttgctg attctgtgct caa 23<210>9<211>23<212>DNA<213>人工序列<220><223>人工序列描述：引物<400>9gggagggttt agaatgtttc tag 23<210>10<211>23<212>DNA<213>人工序列<220><223>人工序列描述：引物<400>10ggttcaagca aatggatctc taa 23<210>11<211>1730<212>DNA<213>黄色短杆菌<220><221>CDS<222>(115)..(1704)<400>11gggagggttt agaatgtttc tagtcgcacg ccaaaacccg gcgtggacac gtctgcagcc 60gacgcggtcg tgcctgttgt aggcggacat tcctagtttt tccaggagta actt gtg 117
Val
1agc cag aat ggc cgt ccg gta gtc ctc atc gcc gat aag ctt gcg cag 165Ser Gln Asn Gly Arg Pro Val Val Leu Ile Ala Asp Lys Leu Ala Gln
5 10 15tcc act gtt gac gcg ctt gga gat gca gta gaa gtc cgt tgg gtt gac 213Ser Thr Val Asp Ala Leu Gly Asp Ala Val Glu Val Arg Trp Val Asp
20 25 30gga cct aac cgc cca gaa ctg ctt gat aca gtt aag gaa gcg gac gca 261Gly Pro Asn Arg Pro Glu Leu Leu Asp Thr Val Lys Glu Ala Asp Ala
35 40 45ctg ctc gtg cgt tct gct acc act gtc gat gct gaa gtc atc gcc gct 309Leu Leu Val Arg Ser Ala Thr Thr Val Asp Ala Glu Val Ile Ala Ala 50 55 60 65gcc cct aac ttg aag atc gtc ggt cgt gcc ggc gtg ggc ttg gac aac 357Ala Pro Asn Leu Lys Ile Val Gly Arg Ala Gly Val Gly Leu Asp Asn
70 75 80gtt gac atc cct gct gcc act gaa gct ggc gtc atg gtt gct aac gca 405Val Asp Ile Pro Ala Ala Thr Glu Ala Gly Val Met Val Ala Asn Ala
85 90 95ccg acc tct aac att cac tct gct tgt gag cac gca att tct ttg ctg 453Pro Thr Ser Asn Ile His Ser Ala Cys Glu His Ala Ile Ser Leu Leu
100 105 110ctg tct act gct cgc cag atc cct gct gct gat gcg acg ctg cgt gag 501Leu Ser Thr Ala Arg Gln Ile Pro Ala Ala Asp Ala Thr Leu Arg Glu
115 120 125ggc gag tgg aag cgg tct tct ttc aac ggt gtg gaa att ttc gga aaa 549Gly Glu Trp Lys Arg Ser Ser Phe Asn Gly Val Glu Ile Phe Gly Lys130 135 140 145act gtc ggt atc gtc ggt ttt ggc cac att ggt cag ttg ttt gct cag 597Thr Val Gly Ile Val Gly Phe Gly His Ile Gly Gln Leu Phe Ala Gln
150 155 160cgt ctt gct gcg ttt gag acc acc att gtt gct tac gat cct tac gct 645Arg Leu Ala Ala Phe Glu Thr Thr Ile Val Ala Tyr Asp Pro Tyr Ala
165 170 175aac cct gct cgt gcg gct cag ctg aac gtt gag ttg gtt gag ttg gat 693Asn Pro Ala Arg Ala Ala Gln Leu Asn Val Glu Leu Val Glu Leu Asp
180 185 190gag ctg atg agc cgt tct gac ttt gtc acc att cac ctt cct aag acc 741Glu Leu Met Ser Arg Ser Asp Phe Val Thr Ile His Leu Pro Lys Thr
195 200 205aag gaa act gct ggc atg ttt gat gcg cag ctc ctt gct aag tcc aag 789Lys Glu Thr Ala Gly Met Phe Asp Ala Gln Leu Leu Ala Lys Ser Lys210 215 220 225aag ggc cag atc atc atc aac gct gct cgt ggt ggc ctt gtt gat gaa 837Lys Gly Gln Ile Ile Ile Asn Ala Ala Arg Gly Gly Leu Val Asp Glu
230 235 240cag gct ttg gct gat gcg att gag tcc ggt cac att cgt ggc gct ggt 885Gln Ala Leu Ala Asp Ala Ile Glu Ser Gly His Ile Arg Gly Ala Gly
245 250 255ttc gat gtg tac tcc acc gag cct tgc act gat tct cct ttg ttc aag 933Phe Asp Val Tyr Ser Thr Glu Pro Cys Thr Asp Ser Pro Leu Phe Lys
260 265 270ttg cct cag gtt gtt gtg act cct cac ttg ggt got tct act gaa gag 981Leu Pro Gln Val Val Val Thr Pro His Leu Gly Ala Ser Thr Glu Glu
275 280 285gct cag gat cgt gcg ggt act gac gtt gct gat tct gtg ctc aag gcg 1029Ala Gln Asp Arg Ala Gly Thr Asp Val Ala Asp Ser Val Leu Lys Ala290 295 300 305ctg gct ggc gag ttc gtg gcg gat gct gtg aac gtt tcc ggt ggt cgc 1077Leu Ala Gly Glu Phe Val Ala Asp Ala Val Asn Val Ser Gly Gly Arg
310 315 320gtg ggc gaa gag gtt gct gtg tgg atg gat ctg gct cgc aag ctt ggt 1125Val Gly Glu Glu Val Ala Val Trp Met Asp Leu Ala Arg Lys Leu Gly
325 330 335ctt ctt gct ggc aag ctt gtc gac gcc gcc cca gtc tcc att gag gtt 1173Leu Leu Ala Gly Lys Leu Val Asp Ala Ala Pro Val Ser Ile Glu Val
340 345 350gag gct cga ggc gag ctt tct tcc gag cag gtc gat gca ctt ggt ttg 1221Glu Ala Arg Gly Glu Leu Ser Ser Glu Gln Val Asp Ala Leu Gly Leu
355 360 365tcc gct gtt cgt ggt ttg ttc tcc gga att atc gaa gag tcc gtt act 1269Ser Ala Val Arg Gly Leu Phe Ser Gly Ile Ile Glu Glu Ser Val Thr370 375 380 385ttc gtc aac gct cct cgc att gct gaa gag cgt ggc ctg gac atc tcc 1317Phe Val Asn Ala Pro Arg Ile Ala Glu Glu Arg Gly Leu Asp Ile Ser
390 395 400gtg aag acc aac tct gag tct gtt act cac cgt tcc gtc ctg cag gtc 1365Val Lys Thr Asn Ser Glu Ser Val Thr His Arg Ser Val Leu Gln Val
405 410 415aag gtc att act ggc agc ggc gcg agc gca act gtt gtt ggt gcc ctg 1413Lys Val Ile Thr Gly Ser Gly Ala Ser Ala Thr Val Val Gly Ala Leu
420 425 430act ggt ctt gag cgc gtt gag aag atc acc cgc atc aat ggc cgt ggc 1461Thr Gly Leu Glu Arg Val Glu Lys Ile Thr Arg Ile Asn Gly Arg Gly
435 440 445ctg gat ctg cgc gca gag ggt ctg aac ctc ttc ctg cag tac act gac 1509Leu Asp Leu Arg Ala Glu Gly Leu Asn Leu Phe Leu Gln Tyr Thr Asp450 455 460 465gct cct ggt gca ctg ggt acc gtt ggt acc aag ctg ggt gct gct ggc 1557Ala Pro Gly Ala Leu Gly Thr Val Gly Thr Lys Leu Gly Ala Ala Gly
470 475 480atc aac atc gag gct gct gcg ttg act cag gct gag aag ggt gac ggc 1605Ile Asn Ile Glu Ala Ala Ala Leu Thr Gln Ala Glu Lys Gly Asp Gly
485 490 495gct gtc ctg atc ctg cgt gtt gag tcc gct gtc tcc gaa gag ctg gaa 1653Ala Val Leu Ile Leu Arg Val Glu Ser Ala Val Ser Glu Glu Leu Glu
500 505 510gct gaa atc aac gct gag ttg ggt gct act tcc ttc cag gtt gat ctt 1701Ala Glu Ile Asn Ala Glu Leu Gly Ala Thr Ser Phe Gln Val Asp Leu
515 520 525gac taattagaga tccattttct agaacc 1730Asp530<210>12<211>530<212>PRT<213>黄色短杆菌<400>12Val Ser Gln Asn Gly Arg Pro Val Val Leu Ile Ala Asp Lys Leu Ala 1 5 10 15Gln Ser Thr Val Asp Ala Leu Gly Asp Ala Val Glu Val Arg Trp Val
20 25 30Asp Gly Pro Asn Arg Pro Glu Leu Leu Asp Thr Val Lys Glu Ala Asp
35 40 45Ala Leu Leu Val Arg Ser Ala Thr Thr Val Asp Ala Glu Val Ile Ala
50 55 60Ala Ala Pro Asn Leu Lys Ile Val Gly Arg Ala Gly Val Gly Leu Asp 65 70 75 80Asn Val Asp Ile Pro Ala Ala Thr Glu Ala Gly Val Met Val Ala Asn
85 90 95Ala Pro Thr Ser Asn Ile His Ser Ala Cys Glu His Ala Ile Ser Leu
100 105 110Leu Leu Ser Thr Ala Arg Gln Ile Pro Ala Ala Asp Ala Thr Leu Arg
115 120 125Glu Gly Glu Trp Lys Arg Ser Ser Phe Asn Gly Val Glu Ile Phe Gly
130 135 140Lys Thr Val Gly Ile Val Gly Phe Gly His Ile Gly Gln Leu Phe Ala145 150 155 160Gln Arg Leu Ala Ala Phe Glu Thr Thr Ile Val Ala Tyr Asp Pro Tyr
165 170 175Ala Asn Pro Ala Arg Ala Ala Gln Leu Asn Val Glu Leu Val Glu Leu
180 185 190Asp Glu Leu Met Ser Arg Ser Asp Phe Val Thr Ile His Leu Pro Lys
195 200 205Thr Lys Glu Thr Ala Gly Met Phe Asp Ala Gln Leu Leu Ala Lys Ser
210 215 220Lys Lys Gly Gln Ile Ile Ile Asn Ala Ala Arg Gly Gly Leu Val Asp225 230 235 240Glu Gln Ala Leu Ala Asp Ala Ile Glu Ser Gly His Ile Arg Gly Ala
245 250 255Gly Phe Asp Val Tyr Ser Thr Glu Pro Cys Thr Asp Ser Pro Leu Phe
260 265 270Lys Leu Pro Gln Val Val Val Thr Pro His Leu Gly Ala Ser Thr Glu
275 280 285Glu Ala Gln Asp Arg Ala Gly Thr Asp Val Ala Asp Ser Val Leu Lys
290 295 300Ala Leu Ala Gly Glu Phe Val Ala Asp Ala Val Asn Val Ser Gly Gly305 310 315 320Arg Val Gly Glu Glu Val Ala Val Trp Met Asp Leu Ala Arg Lys Leu
325 330 335Gly Leu Leu Ala Gly Lys Leu Val Asp Ala Ala Pro Val Ser Ile Glu
340 345 350Val Glu Ala Arg Gly Glu Leu Ser Ser Glu Gln Val Asp Ala Leu Gly
355 360 365Leu Ser Ala Val Arg Gly Leu Phe Ser Gly Ile Ile Glu Glu Ser Val
370 375 380Thr Phe Val Asn Ala Pro Arg Ile Aln Glu Glu Arg Gly Leu Asp Ile385 390 395 400Ser Val Lys Thr Asn Ser Glu Ser Val Thr His Arg Ser Val Leu Gln
405 410 415Val Lys Val Ile Thr Gly Ser Gly Ala Ser Ala Thr Val Val Gly Ala
420 425 430Leu Thr Gly Leu Glu Arg Val Glu Lys Ile Thr Arg Ile Asn Gly Arg
435 440 445Gly Leu Asp Leu Arg Ala Glu Gly Leu Asn Leu Phe Leu Gln Tyr Thr
450 455 460Asp Ala Pro Gly Ala Leu Gly Thr Val Gly Thr Lys Leu Gly Ala Ala465 470 475 480Gly Ile Asn Ile Glu Ala Ala Ala Leu Thr Gln Ala Glu Lys Gly Asp
485 490 495Gly Ala Val Leu Ile Leu Arg Val Glu Ser Ala Val Ser Glu Glu Leu
500 505 510Glu Ala Glu Ile Asn Ala Glu Leu Gly Ala Thr Ser Phe Gln Val Asp
515 520 525Leu Asp
530<210>13<211>1730<212>DNA<213>黄色短杆菌<220><221>CDS<222>(115)..(1704)<400>13gggagggttt agaatgtttc tagtcgcacg ccaaaacccg gcgtggacac gtctgcagcc 60gacgcggtcg tgcctgttgt aggcggacat tcctagtttt tccaggagta actt gtg 117
Val
1agc cag aat ggc cgt ccg gta gtc ctc atc gcc gat aag ctt gcg cag 165Ser Gln Asn Gly Arg Pro Val Val Leu Ile Ala Asp Lys Leu Ala Gln
5 10 15tcc act gtt gac gcg ctt gga gat gca gta gaa gtc cgt tgg gtt gac 213Ser Thr Val Asp Ala Leu Gly Asp Ala Val Glu Val Arg Trp Val Asp
20 25 30gga cct aac cgc cca gaa ctg ctt gat aca gtt aag gaa gcg gac gca 261Gly Pro Asn Arg Pro Glu Leu Leu Asp Thr Val Lys Glu Ala Asp Ala
35 40 45ctg ctc gtg cgt tct gct acc act gtc gat gct gaa gtc atc gcc gct 309Leu Leu Val Arg Ser Ala Thr Thr Val Asp Ala Glu Val Ile Ala Ala 50 55 60 65gcc cct aac ttg aag atc gtc ggt cgt gcc ggc gtg ggc ttg gac aac 357Ala Pro Asn Leu Lys Ile Val Gly Arg Ala Gly Val Gly Leu Asp Asn
70 75 80gtt gac atc cct gct gcc act gaa gct ggc gtc atg gtt gct aac gca 405Val Asp Ile Pro Ala Ala Thr Glu Ala Gly Val Met Val Ala Asn Ala
85 90 95ccg acc tct aac att cac tct gct tgt gag cac gca att tct ttg ctg 453Pro Thr Ser Asn Ile His Ser Ala Cys Glu His Ala Ile Ser Leu Leu
100 105 110ctg tct act gct cgc cag atc cct gct gct gat gcg acg ctg cgt gag 501Leu Ser Thr Ala Arg Gln Ile Pro Ala Ala Asp Ala Thr Leu Arg Glu
115 120 125ggc gag tgg aag cgg tct tct ttc aac ggt gtg gaa att ttc gga aaa 549Gly Glu Trp Lys Arg Ser Ser Phe Asn Gly Val Glu Ile Phe Gly Lys130 135 140 145act gtc ggt atc gtc ggt ttt ggc cac att ggt cag ttg ttt gct cag 597Thr Val Gly Ile Val Gly Phe Gly His Ile Gly Gln Leu Phe Ala Gln
150 155 160cgt ctt gct gcg ttt gag acc acc att gtt gct tac gat cct tec gct 645Arg Leu Ala Ala Phe Glu Thr Thr Ile Val Ala Tyr Asp Pro Tyr Ala
165 170 175aac cct gct cgt gcg gct cag ctg aac gtt gag ttg gtt gag ttg gat 693Asn Pro Ala Arg Ala Ala Gln Leu Asn Val Glu Leu Val Glu Leu Asp
180 185 190gag ctg atg agc cgt tct gac ttt gtc acc att cac ctt cct aag acc 741Glu Leu Met Ser Arg Ser Asp Phe Val Thr Ile His Leu Pro Lys Thr
195 200 205aag gaa act gct ggc atg ttt gat gcg cag ctc ctt gct aag tcc aag 789Lys Glu Thr Ala Gly Met Phe Asp Ala Gln Leu Leu Ala Lys Ser Lys210 215 220 225aag ggc cag atc atc atc aac gct gct cgt ggt ggc ctt gtt gat gaa 837Lys Gly Gln Ile Ile Ile Asn Ala Ala Arg Gly Gly Leu Val Asp Glu
230 235 240cag gct ttg gct gat gcg att gag tcc ggt cac att cgt ggc gct ggt 885Gln Ala Leu Ala Asp Ala Ile Glu Ser Gly His Ile Arg Gly Ala Gly
245 250 255ttc gat gtg tac tcc acc gag cct tgc act gat tct cct ctg ttc aag 933Phe Asp Val Tyr Ser Thr Glu Pro Cys Thr Asp Ser Pro Leu Phe Lys
260 265 270ttg cct cag gtt gtt gtg act cct cac ttg ggt gct tct act gaa gag 981Leu Pro Gln Val Val Val Thr Pro His Leu Gly Ala Ser Thr Glu Glu
275 280 285gct cag gat cgt gcg ggt act gac gtt gct gat tct gtg ctc aag gcg 1029Ala Gln Asp Arg Ala Gly Thr Asp Val Ala Asp Ser Val Leu Lys Ala290 295 300 305ctg gct ggc gag ttc gtg gcg gat gct gtg aac gtt tcc ggt ggt cgc 1077Leu Ala Gly Glu Phe Val Ala Asp Ala Val Asn Val Ser Gly Gly Arg
310 315 320gtg ggc gaa aag gtt gct gtg tgg atg gat ctg gcc cgc aag ctt ggt 1125Val Gly Glu Lys Val Ala Val Trp Met Asp Leu Ala Arg Lys Leu Gly
325 330 335ctt ctt gct ggc aag ctt gtc gac gcc gcc cca gtc tcc att gag gtt 1173Leu Leu Ala Gly Lys Leu Val Asp Ala Ala Pro Val Ser Ile Glu Val
340 345 350gag gct cga ggc gag ctt tct tcc gag cag gtc gat gca ctt ggt ttg 1221Glu Ala Arg Gly Glu Leu Ser Ser Glu Gln Val Asp Ala Leu Gly Leu
355 360 365tcc gct gtt cgt ggt ttg ttc tcc gga att atc gaa gag tcc gtt act 1269Ser Ala Val Arg Gly Leu Phe Ser Gly Ile Ile Glu Glu Ser Val Thr370 375 380 385ttc gtc aac gct cct cgc att gct gaa gag cgt ggc ctg gac atc tcc 1317Phe Val Asn Ala Pro Arg Ile Ala Glu Glu Arg Gly Leu Asp Ile Ser
390 395 400gtg aag acc aac tct gag tct gtt act cac cgt tcc gtc ctg cag gtc 1365Val Lys Thr Asn Ser Glu Ser Val Thr His Arg Ser Val Leu Gln Val
405 410 415aag gtc att act ggc agc ggc gcg agc gca act gtt gtt ggt gcc ctg 1413Lys Val Ile Thr Gly Ser Gly Ala Ser Ala Thr Val Val Gly Ala Leu
420 425 430act ggt ctt gag cgc gtt gag aag atc acc cgc atc aat ggc cgt ggc 1461Thr Gly Leu Glu Arg Val Glu Lys Ile Thr Arg Ile Asn Gly Arg Gly
435 440 445ctg gat ctg cgc gca gag ggt ctg aac ctc ttc ctg cag tac act gac 1509Leu Asp Leu Arg Ala Glu Gly Leu Asn Leu Phe Leu Gln Tyr Thr Asp450 455 460 465gct cct ggt gca ctg ggt acc gtt ggt acc aag ctg ggt gct gct ggc 1557Ala Pro Gly Ala Leu Gly Thr Val Gly Thr Lys Leu Gly Ala Ala Gly
470 475 480atc aac atc gag gct gct gcg ttg act cag gct gag aag ggt gac ggc 1605Ile Asn Ile Glu Ala Ala Ala Leu Thr Gln Ala Glu Lys Gly Asp Gly
485 490 495gct gtc ctg atc ctg cgt gtt gag tcc gct gtc tcc gaa gag ctg gaa 1653Ala Val Leu Ile Leu Arg Val Glu Ser Ala Val Ser Glu Glu Leu Glu
500 505 510gct gaa atc aac gct gag ttg ggt gct act tcc ttc cag gtt gat ctt 1701Ala Glu Ile Asn Ala Glu Leu Gly Ala Thr Ser Phe Gln Val Asp Leu
515 520 525gac taattagaga tccattttct agaacc 1730Asp530<210>14<211>530<212>PRT<213>黄色短杆菌<400>14Val Ser Gln Asn Gly Arg Pro Val Val Leu Ile Ala Asp Lys Leu Ala 1 5 10 15Gln Ser Thr Val Asp Ala Leu Gly Asp Ala Val Glu Val Arg Trp Val
20 25 30Asp Gly Pro Asn Arg Pro Glu Leu Leu Asp Thr Val Lys Glu Ala Asp
35 40 45Ala Leu Leu Val Arg Ser Ala Thr Thr Val Aap Ala Glu Val Ile Ala
50 55 60Ala Ala Pro Asn Leu Lys Ile Val Gly Arg Ala Gly Val Gly Leu Asp 65 70 75 80Asn Val Asp Ile Pro Ala Ala Thr Glu Ala Gly Val Met Val Ala Asn
85 90 95Ala Pro Thr Ser Asn Ile His Ser Ala Cys Glu His Ala Ile Ser Leu
100 105 1l0Leu Leu Ser Thr Ala Arg Gln Ile Pro Ala Ala Asp Ala Thr Leu Arg
115 120 125Glu Gly Glu Trp Lys Arg Ser Ser Phe Asn Gly Val Glu lle Phe Gly
130 135 140Lys Thr Val Gly Ile Val Gly Phe Gly His Ile Gly Gln Leu Phe Ala145 150 155 160Gln Arg Leu Ala Ala Phe Glu Thr Thr Ile Val Ala Tyr Asp Pro Tyr
165 170 175Ala Asn Pro Ala Arg Ala Ala Gln Leu Asn Val Glu Leu Val Glu Leu
180 185 190Asp Glu Leu Met Ser Arg Ser Asp Phe Val Thr Ile His Leu Pro Lys
195 200 205Thr Lys Glu Thr Ala Gly Met Phe Asp Ala Gln Leu Leu Ala Lys Ser
210 215 220Lys Lys Gly Gln Ile Ile Ile Asn Ala Ala Arg Gly Gly Leu Val Asp225 230 235 240Glu Gln Ala Leu Ala Asp Ala Ile Glu Ser Gly His Ile Arg Gly Ala
245 250 255Gly Phe Asp Val Tyr Ser Thr Glu Pro Cys Thr Asp Ser Pro Leu Phe
260 265 270Lys Leu Pro Gln Val Val Val Thr Pro His Leu Gly Ala Ser Thr Glu
275 280 285Glu Ala Gln Asp Arg Ala Gly Thr Asp Val Ala Asp Ser Val Leu Lys
290 295 300Ala Leu Ala Gly Glu Phe Val Ala Asp Ala Val Asn Val Ser Gly Gly305 310 315 320Arg Val Gly Glu Lys Val Ala Val Trp Met Asp Leu Ala Arg Lys Leu
325 330 335Gly Leu Leu Ala Gly Lys Leu Val Asp Ala Ala Pro Val Ser Ile Glu
340 345 350Val Glu Ala Arg Gly Glu Leu Ser Ser Glu Gln Val Asp Ala Leu Gly
355 360 365Leu Ser Ala Val Arg Gly Leu Phe Ser Gly Ile Ile Glu Glu Ser Val
370 375 380Thr Phe Val Asn Ala Pro Arg Ile Ala Glu Glu Arg Gly Leu Asp Ile385 390 395 400Ser Val Lys Thr Asn Ser Glu Ser Val Thr His Arg Ser Val Leu Gln
405 410 415Val Lys Val Ile Thr Gly Ser Gly Ala Ser Ala Thr Val Val Gly Ala
420 425 430Leu Thr Gly Leu Glu Arg Val Glu Lys Ile Thr Arg Ile Asn Gly Arg
435 440 445Gly Leu Asp Leu Arg Ala Glu Gly Leu Asn Leu Phe Leu Gln Tyr Thr
450 455 460Asp Ala Pro Gly Ala Leu Gly Thr Val Gly Thr Lys Leu Gly Ala Ala465 470 475 480Gly Ile Asn Ile Glu Ala Ala Ala Leu Thr Gln Ala Glu Lys Gly Asp
485 490 495Gly Ala Val Leu Ile Leu Arg Val Glu Ser Ala Val Ser Glu Glu Leu
500 505 510Glu Ala Glu Ile Asn Ala Glu Leu Gly Ala Thr Ser Phe Gln Val Asp
515 520 525Leu Asp
530