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1、(10)申请公布号 CN 102952818 A (43)申请公布日 2013.03.06 CN 102952818 A *CN102952818A* (21)申请号 201110246569.2 (22)申请日 2011.08.26 CGMCC NO. 3894 2010.06.10 CGMCC NO. 3895 2010.06.10 CGMCC NO. 3896 2010.06.10 CGMCC NO. 4890 2011.05.20 C12N 15/63(2006.01) C12N 15/52(2006.01) C12N 15/53(2006.01) C12N 1/13(2006.01)。
2、 C12P 7/02(2006.01) C12R 1/89(2006.01) (71)申请人 中国科学院青岛生物能源与过程研 究所 地址 266101 青岛市崂山区松岭路 189 号 (72)发明人 吕雪峰 高倩倩 王纬华 赵辉 (74)专利代理机构 中国国际贸易促进委员会专 利商标事务所 11038 代理人 罗菊华 (54) 发明名称 用于在蓝细菌中提高脂肪醇产量的构建体和 方法 (57) 摘要 本发明涉及构建体, 包含所述构建体的载体, 包含所述构建体或用所述载体转化的蓝细菌, 以 及在蓝细菌中提高脂肪醇产量的方法, 其中所述 蓝细菌已进行了改造从而能够产生脂肪醇。本发 明还涉及新的在蓝细。
3、菌中生产脂肪醇的方法。 (83)生物保藏信息 (51)Int.Cl. 权利要求书 3 页 说明书 21 页 序列表 9 页 附图 4 页 (19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 权利要求书 3 页 说明书 21 页 序列表 9 页 附图 4 页 1/3 页 2 1. 一种构建体, 其中, 所述构建体包含与在蓝细菌中具有活性的启动子可操作地连接 的基因, 所述基因选自 : 1) 脂肪酰辅酶 A 合成酶基因 ; 2)其核苷酸序列与1)中的基因的序列具有至少80同一性, 优选地至少85同一性, 更优选地至少 90同一性, 更优选地至少 95同一性, 例如至少 96同一性, 至少 。
4、97同 一性, 至少98同一性, 或至少99同一性, 并且编码具有脂肪酰辅酶A合成酶活性的蛋白 质的基因 ; 或 3) 其核苷酸序列在严紧杂交条件, 优选高严紧杂交条件下能够与 1) 中的基因的序列 杂交, 并且编码具有脂肪酰辅酶 A 合成酶活性的蛋白质的基因。 2. 权利要求 1 的构建体, 其中所述启动子是组成型启动子或诱导型启动子, 优选地所 述启动子选自 : psbA2 启动子, rbc 启动子, petE 启动子, cmp 启动子, sbt 启动子或 trc 启 动子, 更优选地所述启动子具有 SEQ ID NO : 6 所示的序列。 3.权利要求1或2的构建体, 其中所述基因是脂肪。
5、酰辅酶A合成酶基因, 优选来源于集 胞藻 PCC6803 的 slr1609 基因, 来源于蓝杆藻 ATCC 51142 的 cce_1133, 来源于聚球藻 7002 的 SYNPCC7002_A0675, 来源于聚球藻 PCC 6301 的 syc0624_c, 来源于聚球藻 PCC 7942 的 Synpcc7942_0918, 和来源于鱼腥藻PCC 7120的alr3602 ; 例如所述基因具有如SEQ ID NO : 1 所示的序列。 4. 权利要求 1-3 中任一项的构建体, 其中所述蓝细菌是能够产生脂肪醇的蓝细菌, 其 经基因工程改造而能够表达脂肪酰辅酶 A 还原酶 ; 优选地,。
6、 所述能够产生脂肪醇的蓝细菌 选自集胞藻 Syn-XT14, Syn-XT34 和 Syn-XT51。 5. 权利要求 1-4 中任一项的构建体, 其中所述构建体还可以包含用于筛选蓝细菌转化 体的标记基因 ; 优选地, 所述标记基因是卡那霉素抗性基因, 红霉素抗性基因或壮观霉素抗 性基因。 6. 权利要求 5 的构建体, 其中所述标记基因位于所述在蓝细菌中具有活性的启动子的 上游或下游。 7. 权利要求 1-6 中任一项的构建体, 其中所述构建体在两端分别具有 psbA2 基因的上 游片段和下游片段 ; 优选地, 所述 psbA2 基因的上游片段具有如 SEQ ID NO : 6 所示的序列 。
7、; 优选地, 所述 psbA2 基因的下游片段具有如 SEQ ID NO : 7 所示的序列。 8. 一种载体, 其包含权利要求 1-7 中任一项的构建体。 9. 包含权利要求 1-7 中任一项的构建体和 / 或权利要求 8 的载体的蓝细菌。 10. 权利要求 9 的蓝细菌, 所述蓝细菌是能够产生脂肪醇的蓝细菌。 11.权利要求9或10的蓝细菌, 其是于2011年5月20日保藏于中国微生物菌种保藏管 理委员会普通微生物中心(China GeneralMicrobiological Culture Collection Center, CGMCC) 的蓝细菌 GQ5, 其保藏号为 CGMCC 4。
8、890。 12. 一种试剂盒, 其包含 2 种构建体, 其中第 1 构建体是权利要求 1-7 中任一项的构建 体, 并且第 2 构建体包含与在蓝细菌中具有活性的启动子可操作地连接的基因, 所述基因 选自 : 1) 脂肪酰辅酶 A 还原酶基因 ; 2) 其核苷酸序列与 1) 中所列基因的序列具有至少 80同一性, 优选地至少 85同一 权 利 要 求 书 CN 102952818 A 2 2/3 页 3 性, 更优选地至少90同一性, 更优选地至少95同一性, 例如至少96同一性, 至少97 同一性, 至少98同一性, 或至少99同一性, 并且编码具有脂肪酰辅酶A还原酶活性的蛋 白质的基因 ; 。
9、或 3) 其核苷酸序列在严紧杂交条件, 优选高严紧杂交条件下能够与 1) 中所列基因的序 列杂交, 并且编码具有脂肪酰辅酶 A 还原酶活性的蛋白质的基因 ; 其中, 优选地, 第2构建体所包含的启动子是组成型启动子或诱导型启动子, 优选psbA2启动 子, rbc 启动子, petE 启动子, cmp 启动子, sbt 启动子或 trc 启动子 ; 优选地, 所述脂肪酰辅酶 A 还原酶基因选自 : 来源于荷荷芭的 far 基因 ; 来源于 拟南芥的 at3g11980 基因 ; 来源于小鼠的 far1 基因 ; 密码子经过优化的来源于小鼠的 far1 基因 ; 来源于小鼠的 far2 基因 ;。
10、 来源于拟南芥的 at3g56700 基因 ; 来自弗兰克氏菌 (Frankia sp.)CcI3 的 Francci3_2276 ; 来自嗜根库克菌 (Kocuria rhizophila)DC2201 的 KRH_18580 ; 来自海洋放线细菌(Actinobacterium)PHSC20C1的A20C1_04336 ; 来自Hahella chejuensis KCTC 2396 的 HCH_05075 ; 来自水油海杆菌 (Marinobacter aquaeolei)VT8 的 Maqu_2220 ; 和来自海洋杆菌 (Oceanobacter sp.)RED65 的 RED65_。
11、09889 ; 优选地, 所述第 2 构建体还可以包含用于筛选蓝细菌转化体的标记基因, 优选卡那霉 素抗性基因, 红霉素抗性基因和壮观霉素抗性基因 ; 优选地, 第 2 构建体包含的标记基因与 第 1 构建体包含的标记基因不同。 13. 一种试剂盒, 其包含 2 种载体, 其中第 1 载体包含权利要求 12 所定义的第 1 构建 体, 并且第 2 载体包含权利要求 12 所定义的第 2 构建体。 14.一种蓝细菌, 其包含权利要求12所定义的第1构建体和/或权利要求13所定义的 第 1 载体, 并且包含权利要求 12 所定义的第 2 构建体和 / 或权利要求 13 所定义的第 2 载 体。 1。
12、5. 权利要求 14 的蓝细菌, 其是于 2011 年 5 月 20 日保藏于中国微生物菌种保藏管理 委员会普通微生物中心 (China GeneralMicrobiological Culture Collection Center, CGMCC) 的蓝细菌 GQ5, 其保藏号为 CGMCC 4890。 16. 在能够产生脂肪醇的蓝细菌中提高脂肪醇产量的方法, 其包括将权利要求 1-7 中 任一项的构建体和 / 或权利要求 8 的载体导入所述蓝细菌中, 其中, 优选地, 所述能够产生脂肪醇的蓝细菌是这样的细菌, 其经基因工程改造而能够表达 脂肪酰辅酶 A 还原酶 ; 优选地, 所述能够产生脂。
13、肪醇的蓝细菌选自集胞藻 Syn-XT14, Syn-XT34 和 Syn-XT51 ; 优选地, 将所述构建体整合入所述蓝细菌的基因组内。 17. 在蓝细菌中生产脂肪醇的方法, 所述方法包括 : 1) 将权利要求 12 所定义的第 1 构建体和 / 或权利要求 13 所定义的第 1 载体, 以及权 利要求 12 所定义的第 2 构建体和 / 或权利要求 13 所定义的第 2 载体导入蓝细菌 ; 和 2) 培养步骤 1) 获得的蓝细菌, 并从培养物中获得脂肪醇 ; 优选地, 所述蓝细菌是集胞藻 PCC6803 ; 优选地, 将第 1 构建体和 / 或第 2 构建体整合入所述蓝细菌的基因组内 ; 。
14、优选地, 步骤 1) 获得的蓝细菌是于 2011 年 5 月 20 日保藏于中国微生物菌种保藏管理 权 利 要 求 书 CN 102952818 A 3 3/3 页 4 委员会普通微生物中心的蓝细菌 GQ5, 其保藏号为 CGMCC 4890。 18. 权利要求 1-7 中任一项的构建体和 / 或权利要求 8 的载体在能够产生脂肪醇的蓝 细菌中提高脂肪醇产量的用途。 19. 权利要求 12 或 13 的试剂盒在制备能够产生脂肪醇的蓝细菌中的用途。 权 利 要 求 书 CN 102952818 A 4 1/21 页 5 用于在蓝细菌中提高脂肪醇产量的构建体和方法 技术领域 0001 本发明涉及可。
15、再生能源领域和生物质能源领域。具体而言, 本发明涉及用于在蓝 细菌中提高脂肪醇产量的构建体, 包含所述构建体的载体, 包含所述构建体或用所述载体 转化的蓝细菌, 以及在蓝细菌中提高脂肪醇产量的方法, 其中所述蓝细菌已进行了改造从 而能够产生脂肪醇。本发明还涉及新的在蓝细菌中生产脂肪醇的方法。 背景技术 0002 当前, 能源问题和环境问题正逐步凸显成为制约经济社会可持续发展的重要因 素。可再生生物燃料的应用被认为是解决这两大问题的有效方式。已开发了制备生物乙醇 的技术路线, 且能够实现生物乙醇的大规模工业化生产 ; 但是乙醇作为燃料, 存在着一些缺 陷 : (1) 能量密度低 ; (2) 容易。
16、挥发 ; (3) 其易溶于水所导致的一些问题, 如发酵过程中对微 生物毒性的增加、 蒸馏分离过程中除去水相的成本过高以及运输过程中对管道的腐蚀。而 理想的生物燃料应具备高能量密度、 低吸湿性、 低挥发性等特点, 并且具有能与现存发动机 设备和运输设施相兼容等的性能。最近, 长链脂肪醇、 长链生物烃等优质脂肪酸类生物燃 料, 引起了学术界与企业界越来越多的重视。著名合成生物学家 Jay D Keasling 教授针对 这类生物燃料的研究现状及前景撰写过综述 (Keasling et al., 2008) ; 而且近期 Nature 杂志报道了 Jay DKeasling 教授及其合作者的最新研究。
17、成果 : 通过代谢工程手段成功实现 了在大肠杆菌中合成脂肪醇和蜡脂等脂肪酸类生物燃料(Keaslinget al., 2010)。 此外, 美 国生物燃料公司 LS9 也致力于通过基因工程 改造在大肠杆菌与酿酒酵母等微生物中生产 这类新一代的生物燃料 (Keasling, J.D.et al, 2007)。因此, 开展脂肪酸类生物燃料分子 的生物合成与代谢调控研究, 对于提高生物燃料的品质和产量、 推动生物燃料的应用以及 应对能源和环境问题日益突出的现状具有重要意义。 0003 目前用于生物燃料研究的微生物体系主要是以大肠杆菌和酿酒酵母为代表的异 养微生物。 蓝细菌, 作为新一代能源微生物系统。
18、正受到越来越多的关注(Angermayr, S.A.et al, 2009)。在 2009 年, 国内外几个研究小组相继在利用蓝细菌生产生物燃料方面取得突 破 : 中国石油大学的傅鹏程教授将来源于运动发酵单胞菌 (Zymomonasmobilis) 的丙酮酸 脱羧酶和乙醇脱氢酶基因在集胞藻 PCC6803 中共表达, 实现了太阳能到生物乙醇的转化 (产量为5.2mmol/OD730/L/d)(Fu and Dexter, 2009) ; 美国加州大学伯克利分校Anastasios Melis 教授的研究小组通过在集胞藻 PCC6803 中外源表达山葛 (Puerariamontana) 的异 。
19、戊二烯合成酶基因, 实现了在蓝细菌中生产异戊二烯 ( 产量为 50mg/g/d)(Melis et al., 2010) ; 加州大学洛杉矶分校 JamesC Liao 教授也发表了他们最新的研究成果 : 通过基因工 程手段实现了在聚球藻 PCC7942 中高效生产异丁醛 ( 最高产量为 6,230g/L/h)(Caiand Wolk, 1990), 这项成果发表在 Nature Biotechnology 杂志上。2010 年 3 月 29 日, PNAS 杂 志报道了美国亚历桑那州立大学的一项最新的研究成果, 即在集胞藻 PCC6803 中生产和分 泌游离脂肪酸 (Curtiss et a。
20、l., 2011)。 0004 蓝细菌 ( 也称为蓝藻 ) 是一类能够进行植物型产氧光合作用的原核微生物, 它作 说 明 书 CN 102952818 A 5 2/21 页 6 为新一代能源微生物系统具有如下优势 : (1) 蓝细菌能够吸收太阳能、 固定二氧化碳作为 碳源进行自养生长, 培养成本低 ; (2) 蓝细菌是一类古老的微生物, 已在地球上存在了几十 亿年, 它们对环境适应能力强, 生长迅速 ; (3) 蓝细菌遗传操作方便, 遗传背景清晰, 并且许 多种类的蓝细菌的基因组测序工作也已经陆续完成, 这使得利用基因工程手段改造蓝细菌 非常方便。其中, 集胞藻 (Synechocystis 。
21、sp.)PCC6803 是单细胞蓝细菌的代表物种, 其全 基因组测序于 1996 年完成, 是最早完成全基因组测序的光合生物, 也是目前研究最多的蓝 细菌之一, 被认为是生物燃料合成方面研究的理想的模式物种之一 (Angermayr et al., 2009)。因此, 以集胞藻 PCC6803 为研究对象开展利用蓝细菌合成脂肪酸类生物燃料方面的 基础研究, 对于开发蓝细菌作为新一代能源微生物系统和加快推进生物燃料应用具有重要 意义。 0005 本发明人之前已通过在集胞藻 PCC6803 中表达外源脂肪酰辅酶 A 还原酶, 成功地 在蓝细菌中生产出了脂肪醇 ( 参见中国发明专利申请 201010。
22、213758.5, 其通过引用以其全 文并入本文 )。然而, 仍然需要进一步提高蓝细菌中的脂肪醇产量, 以促进蓝细菌在合成脂 肪酸类生物燃料方面的应用, 应对日益突出的能源和环境问题。 发明内容 0006 相关术语 0007 在本发明中, 除非另有说明, 否则本文中使用的科学和技术名词具有本领域技术 人员所通常理解的含义。 并且, 本文中所用的细胞培养、 分子遗传学、 核酸化学、 有机化学实 验室操作步骤均为相应领域内广泛使用的常规步骤。 同时, 为了更好地理解本发明, 下面提 供相关术语的定义和解释。 0008 如本发明中所使用的,“蓝细菌 (Cyanobacterium)” 是一类光合自养。
23、的原核微生 物, 其能够利用太阳能, 固定二氧化碳。蓝细菌也称为蓝藻。在本发明中,“蓝细菌” 和 “蓝 藻” 可互换使用。单细胞蓝细菌的代表物种是集胞藻 (Synechocystis sp.)PCC6803。 0009 如本发明中所使用的,“能够产生脂肪醇的蓝细菌” 是指这样的蓝细菌, 其已被基 因工程改造而能够表达脂肪酰辅酶 A 还原酶, 从而能够产生脂肪醇。可通过本领域公知的 方法来改造蓝细菌, 使得其能够表达脂肪酰辅酶A还原酶, 例如通过将编码脂肪酰辅酶A还 原酶的 基因导入蓝细菌, 或整合入蓝细菌的基因组。 能够产生脂肪醇的蓝细菌的实例包括 但不限于, 公开于中国发明专利申请 2010。
24、10213758.5 中的集胞藻 Syn-XT14, Syn-XT34 和 Syn-XT51。 0010 如本发明中所使用的, 脂肪酰辅酶 A 合成酶 (Fatty acyl-CoAsynthetase) 是 指能够催化游离的脂肪酸与 ATP 和辅酶 A 反应生成脂肪酰辅酶 A 的酶。编码脂肪酰辅 酶 A 合成酶的基因是本领域公知的, 包括但不限于 : 来源于集胞藻 PCC6803 的 slr1609 基 因 ( 例如参见 NCBIID : NC_000911.1) ; 来源于蓝杆藻 ATCC 51142 的 cce_1133( 例如参见 NCBI ID : NC_010546.1) ; 来源。
25、于聚球藻 7002 的 SYNPCC7002_A0675( 例如参见 NCBI ID : NC_010475.1) ; 来源于聚球藻 PCC 6301 的 syc0624_c( 例如参见 NCBI ID : NC_006576.1) ; 来源于聚球藻PCC 7942的Synpcc7942_0918(例如参见NCBI ID : NC_007604.1) ; 和来源于 鱼腥藻 PCC 7120 的 alr3602( 例如参见 NCBI ID : NC_003272.1)。 0011 如本发明中所使用的, 脂肪酰辅酶 A 还原酶 (Fatty acyl-CoAreductase, Far) 说 明 。
26、书 CN 102952818 A 6 3/21 页 7 是指能够催化由脂肪酰辅酶 A 转化为脂肪醇的反应的酶。编码脂肪酰辅酶 A 还原酶的基 因是本领域公知的, 包括但不限于 : 来源于荷荷芭的 far 基因 ( 例如参见中国发明专利 申请 201010213758.5) ; 来源于拟南芥的 at3g11980 基因 ( 例如参见中国发明专利申请 201010213758.5) ; 来源于小鼠的far1基因(例如参见NCBI ID : BC007178) ; 密码子经过优 化的来源于小鼠的far1基因 ; 来源于小鼠的far2基因(例如参见NCBI ID : BC055759) ; 或 来源于。
27、拟南芥的 at3g56700 基因 ( 例如参见 NCBI ID : NC_003074.8)。其他合适的脂肪酰 辅酶A还原酶基因还包括例如 : 来自弗兰克氏菌(Frankia sp.)CcI3的Francci3_2276(例 如参见 NC_007777) ; 来自嗜根库克菌 (Kocuria rhizophila)DC2201 的 KRH_18580( 例如 参见 NC_010617) ; 来自海洋放线细菌 (Actinobacterium)PHSC20C1 的 A20C1_04336( 例如 参见 NZ_AAOB01000003) ; 来自 Hahellachejuensis KCTC 2。
28、396 的 HCH_05075( 例如参见 NC_007645) ; 来自水油海杆菌 (Marinobacter aquaeolei)VT8 的 Maqu_2220( 例如参 见 NC_008740) ; 和来自海洋杆菌 (Oceanobacter sp.)RED65 的 RED65_09889( 例如参见 NZ_ AAQH01000001)。 0012 如本发明中所使用的, 载体(vector)是指能够将DNA片段(例如, 目的基因)插入 其中从而允许将 DNA 片段 ( 例如, 目的基因 ) 转移到受者细胞中的一种核酸运载工具。当 载体能使插入的 DNA 片段所编码的蛋白获得表达时, 载体。
29、也称为表达载体。载体可以通过 转化, 转导或者转染导入宿主细胞, 使其携带的 DNA 片段在宿主细胞中获得表达。载体是本 领域技术人员公知的, 包括但不限于 : 质粒 ; 噬菌体 ; 柯斯质粒等等。 0013 如本发明中所使用的, 通常将 DNA 片段 ( 例如, 目的基因 ) 与表达控制序列可操作 地连接, 以实现DNA片段(例如, 目的基因)的组成型或诱导型表达。 如本发明中所使用的, “可操作地连接” 是指所连接的分子的连接方式使得能够实现预期的功能。例如, 表达控制 序列与基因编码序列的可操作的连接可实现表达控制序列对基因编码序列的表达的控制 作用。如本发明中所使用的,“表达控制序列”。
30、 是实现基因表达所需要的控制序列, 其是本领 域熟知的。 表达控制序列通常包括启动子, 常常也包括转录终止序列, 并且还可以包含其他 序列, 如增强子序列。 0014 如本发明中所使用的, rbc 启动子 (Prbc) 是指集胞藻 PCC6803 基因组中编码催化 光合作用中卡尔文循环的第一个反应的 1, 5- 二磷酸核酮糖羧化酶 / 加氧酶 (Ribulose-1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase, Rubisco) 的操纵子的启动子 ( 参见中国发明专 利申请 201010213758.5)。rbc 启动子在蓝细菌中具有活性, 其序列例如可参见中国。
31、发明专 利申请 201010213758.5。 0015 如本发明中所使用的, petE 启动子 (PpetE) 是指编码质体蓝素 (Plastocyanin, PC) 的基因 petE 的启动子 ( 参见中国发明专利申请 201010213758.5)。质体蓝素是光合作 用中将电子由细胞色素 b6/f 复合体传递到光系统 I 的电子载体。petE 启动子在蓝细菌中 具有活性, 其序列例如可参见中国发明专利申请 201010213758.5。 0016 如本发明中所使用的, psbA2 启动子 (PpsbA2) 是指编码光合系统 II D1 蛋白 (Photosystem II D1 prot。
32、ein) 的基因 psbA2 的启动子。光合系统 II D1 蛋白是光合系统 II中的一个重要组分, 其负责光合系统II的电子传递。 psbA2启动子在蓝细菌中具有活性, 其例如可以具有如 SEQ ID NO : 6 所示的序列。之前的研究已证明, psbA2 基因的缺失对于 集胞藻 PCC6803 细胞的生理活动没有影响 ( 即, 该基因所在的位置是集胞藻 PCC6803 基因 说 明 书 CN 102952818 A 7 4/21 页 8 组中的一个中性位点(netural site)(Salih and Jansson, 1997)。 因此, 在本发明的一个 优选实施方案中, 分别克隆 。
33、psbA2 基因的包含 psbA2 启动子在内的 1.5kb 的上游片段 (SEQ ID NO : 6) 和 600bp 的下游片段 (SEQ ID NO : 7), 用于通过同源重组将 psbA2 启动子和脂肪 酰辅酶 A 合成酶基因 ( 例如, 集胞藻 PCC6803 脂肪酰辅酶 A 合成酶基因 slr1609) 整合到该 基因位点, 从而实现在蓝细菌中过量表达脂肪酰辅酶 A 合成酶。 0017 如本发明中所使用的,“杂交” 表示这样一个过程 : 在该过程中, 于合适的条件下, 两条核酸序列以稳定且特异的氢键相互结合以致形成双链。这些氢键在互补碱基腺嘌呤 (A) 和胸腺嘧啶 (T)( 或尿。
34、嘧啶 (U) 之间 ( 则这称为 A-T 键 ) 或在互补碱基鸟嘌呤 (G) 和 胞嘧啶 (C) 之间 ( 则这称为 G-C 键 ) 形成。两条核酸序列的杂交可以是全部的 ( 则称为互 补序列 ), 即在该杂交过程中获得的双链仅包含 A-T 键和 C-G 键。这种杂交可以是部分的 ( 则称为足够互补的序列 ), 即获得的双链包含允许形成双链的 A-T 键和 C-G 键, 但还包含 未与互补碱基结合的碱基。 两条互补序列或足够互补的序列之间的杂交取决于所使用的操 作条件, 并且特别是严紧性。 严紧性特别是根据两条核酸序列的碱基组成来定义, 以及通过 这两条核酸序列之间的错配程度来定义。严紧性还可。
35、以取决于反应参数, 例如存在于杂交 溶液中的离子种类的浓度和类型, 变性剂的性质和浓度, 和 / 或杂交温度。所有这些数据是 所熟知的, 并且合适的条件可以由本领域技术人员来确定。 0018 如本领域已知的, 核酸序列彼此杂交的条件可以被描述为从低到高严紧性的范 围。在此处提及低严紧杂交条件时, 包括至少大约 0到 至少大约 15 v/v 甲酰胺, 以及 用于杂交的至少大约 1M 到至少大约 2M 的盐, 和用于洗涤条件的至少大约 1M 到至少大约 2M 的盐。一般地, 低严紧杂交条件的温度为大约 25-30到大约 42。在此处提及中等严 紧杂交条件时, 包括至少大约 16 v/v 到至少大约。
36、 30 v/v 的甲酰胺, 以及用于杂交的至 少大约 0.5M 到至少大约 0.9M 的盐, 和用于洗涤条件的至少大约 0.5M 到至少大约 0.9M 的 盐。在此处提及高严紧杂交条件时, 包括至少大约 31 v/v 到至少大约 50 v/v 的甲酰 胺, 以及用于杂交的至少大约 0.01M 到至少大约 0.15M 的盐, 和用于洗涤条件的至少大约 0.01M 到至少大约 0.15M 的盐。一般地, 洗涤在下列条件下进行 : Tm 69.3+0.41(G+C) (Marmur and Doty, 1962)。但是, 每增加 1的错配碱基对数目, 双链体 DNA 的 Tm下降 1 (Bonner。
37、, 1983)。在这些杂交条件中甲酰胺是可选的。因此, 特别优选的严紧杂交条件 如下确定 : 低严紧杂交条件是6xSSC缓冲液, 1.0w/v SDS, 在25-42下 ; 中等严紧杂交条 件是2xSSC缓冲液, 1.0w/v SDS, 在20至65的温度下 ; 高严紧杂交条件是0.1xSSC缓 冲液, 0.1 w/v SDS, 在至少 65的温度下。关于核酸的杂交的详尽指导可见于 Tijssen, (1993)Laboratory Techniques inBiochemistry and Molecular Biology-Hybridization with NucleicAcid Pr。
38、obes, 第 1 部分, 第 2 章 (Elsevier, New York) ; 和 Ausubel 等人, 编 辑 (1995)Current Protocols in Molecular Biology, 第 2 章 (Greene Publishing and Wiley-Interscience, New York)。还可参见 Sambrook 等人, (1989)Molecular Cloning : A LaboratoryManual( 第 2 版, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New York)。 0019。
39、 如本发明中所使用的, 术语 “同一性” 用于指两个多肽之间或两个核酸之间序列的 匹配情况。 当两个进行比较的序列中的某个位置都被相同的碱基或氨基酸单体亚单元占据 时(例如, 两个DNA分子的每一个中的某个位置都被腺嘌呤占据, 或两个多肽的每一个中的 说 明 书 CN 102952818 A 8 5/21 页 9 某个位置都被赖氨酸占据 ), 那么各分子在该位置上是同一的。两个序列之 间的 “百分数 同一性” 是由这两个序列共有的匹配位置数目除以进行比较的位置数目 100 的函数。例 如, 如果两个序列的 10 个位置中有 6 个匹配, 那么这两个序列具有 60的同一性。例如, DNA 序列 。
40、CTGACT 和 CAGGTT 共有 50的同一性 ( 总共 6 个位置中有 3 个位置匹配 )。通常, 在将两个序列比对以产生最大同一性时进行比较。这样的比对可通过使用, 例如, 可通过 计算机程序例如 Align 程序 (DNAstar, Inc.) 方便地进行的 Needleman 等人 (1970)J.Mol. Biol.48 : 443-453 的方法来实现。还可使用已整合入 ALIGN 程序 ( 版本 2.0) 的 E.Meyers 和 W.Miller(Comput.Appl Biosci., 4 : 11-17(1988) 的算法, 使用 PAM120 权重残基表 (weigh。
41、t residue table)、 12 的缺口长度罚分和 4 的缺口罚分来测定两个氨基酸序列之间 的百分数同一性。此外, 可使用已整合入 GCG 软件包 ( 可在 上获得 ) 的 GAP 程序中的Needleman和Wunsch(J MoI Biol.48 : 444-453(1970)算法, 使用Blossum 62矩 阵或 PAM250 矩阵以及 16、 14、 12、 10、 8、 6 或 4 的缺口权重 (gap weight) 和 1、 2、 3、 4、 5 或 6 的长度权重来测定两个氨基酸序列之间的百分数同一性。 0020 本发明的实施方案所涉及的同一性百分数包括至少大约 6。
42、0, 或至少大约 65, 或至少大约 70, 或至少大约 75, 或至少大约 80, 或至少大约 85, 或至少大约 90, 或更高, 例如大约 95, 或大约 96, 或大约 97, 或大约 98, 或大约 99, 例如至少大 约 60、 61、 62、 63、 64、 65、 66、 67、 68、 69、 70、 71、 72、 73、 74、 75、 76、 77、 78、 79、 80、 81、 82、 83、 84、 85、 86、 87、 88、 89、 90、 91、 92、 93、 94、 95、 96、 97、 98、 99、 100。 0021 本发明的详细描述 0022。
43、 本发明基于发明人的出人意料的发现 : 在能够产生脂肪醇的蓝细菌中, 通过提高 脂肪酰辅酶 A 合成酶的表达量, 可以提高脂肪醇的产量。 0023 不希望受任何理论束缚, 发明人现认为, 蓝细菌产生脂肪醇的机制如下 : 在蓝细菌 中, 游离脂肪酸经过脂肪酰辅酶 A 合成酶的活化作用生成脂肪酰辅酶 A, 并且脂肪酰辅酶 A 进一步在脂肪酰辅酶 A 还原酶的催化作用下转化为脂肪醇。野生型蓝细菌 ( 例如集胞藻 PCC6803) 天然表达脂肪酰辅酶 A 合成酶 ( 其编码基因为 slr1609 基因, 参见例如 NCBI ID : NC_000911.1), 而不表达脂肪酰辅酶 A 还原酶。因此, 。
44、通过使蓝细菌表达脂肪酰辅酶 A 还原 酶 ( 例如使用基因工程方法 ), 发明人成功地在蓝细菌细胞内构建了一条合成脂肪醇的途 径, 实现了脂肪醇在蓝细菌细胞内的合成。发明人进一步发现, 蓝细菌的内源脂肪酰辅酶 A 合成酶的表达量较低, 不能满足大规模生产脂肪醇的需要。因此, 不希望受任何理论束缚, 发明人现认为, 通过提高蓝细菌内脂肪酰辅酶A合成酶的表达量(例如, 通过使内源脂肪酰 辅酶 A 合成酶高表达, 或通过表达外源脂肪酰辅酶 A 合成酶 ), 可以提高脂肪酰辅酶 A 的产 量, 从而可以提高下游产物脂肪醇的产量。 0024 因此, 在一个方面, 本发明的实施方案涉及构建体, 其中, 所。
45、述构建体包含与在蓝 细菌中具有活性的启动子可操作地连接的基因, 所述基因选自 : 0025 1) 脂肪酰辅酶 A 合成酶基因 ; 0026 2) 其核苷酸序列与 1) 中所列基因的序列具有至少 80同一性, 优选地至少 85 同一性, 更优选地至少 90同一性, 更优选地至少 95同一性, 例如至少 96同一性, 至少 97同一性, 至少98同一性, 或至少99同一性, 并且编码具有脂肪酰辅酶A合成酶活性 说 明 书 CN 102952818 A 9 6/21 页 10 的蛋白质的基因 ; 或 0027 3) 其核苷酸序列在严紧杂交条件, 优选高严紧杂交条件下能够与 1) 中所列基因 的序列杂。
46、交, 并且编码具有脂肪酰辅酶 A 合成酶活性的蛋白质的基因。 0028 所述构建体可用于在能够产生脂肪醇的蓝细菌中提高脂肪醇的产量。 0029 在一个优选的实施方案中, 所述启动子是组成型启动子或诱导型启动子。在另一 个优选的实施方案中, 所述启动子包括但不限于, 例如psbA2启动子, rbc启动子, petE启动 子, cmp 启动子 (Liu et al., 2011), sbt 启动子 (Liu et al., 2011) 或 trc 启动子 (Atsumi et al., 2009)。 在另一个优选的实施方案中, 所述启动子具有如SEQ ID NO : 6所示的序列。 0030 在另。
47、一个优选的实施方案中, 所述基因是脂肪酰辅酶 A 合成酶基因, 例如但 不限于 : 来源于集胞藻 PCC6803 的 slr1609 基因 ( 参见例如 NCBI ID : NC_000911.1) ; 来源于蓝杆藻 ATCC 51142 的 cce_1133( 参见例如 NCBI ID : NC_010546.1) ; 来源于聚 球 藻 7002 的 SYNPCC7002_A0675( 参 见 例 如 NCBI ID : NC_010475.1) ; 来 源 于 聚 球 藻 PCC 6301 的 syc0624_c( 参 见 例 如 NCBI ID : NC_006576.1) ; 来 源 。
48、于 聚 球 藻 PCC 7942 的 Synpcc7942_0918( 参见例如 NCBI ID : NC_007604.1) ; 和来源于鱼腥藻 PCC 7120 的 alr3602( 参见例如 NCBIID : NC_003272.1)。在另一个优选的实施方案中, 所述基因具有如 SEQ ID NO : 1 所示的序列。 0031 在另一个优选的实施方案中, 所述能够产生脂肪醇的蓝细菌是这样的细菌, 其经 基因工程改造而能够表达脂肪酰辅酶 A 还原酶, 从而能够产生脂肪醇。例如, 可以通过将 编码脂肪酰辅酶 A 还原酶的基因导入蓝细菌, 或整合入蓝细菌的基因组, 从而获得能够产 生脂肪醇的。
49、蓝细菌。在另一个优选的实施方案中, 能够产生脂肪醇的蓝细菌的实例包括 但不限于, 公开于中国发明专利申请 201010213758.5 中的集胞藻 Syn-XT14, Syn-XT34 和 Syn-XT51。 0032 在另一个优选的实施方案中, 所述构建体还可以包含用于筛选蓝细菌转化体的标 记基因。所述标记基因包括但不限于, 例如卡那霉素抗性基因 (NCBI ID : NC_003239.1), 红 霉素抗性基因 (NCBI ID : NC_015291.1) 和壮观霉素抗性基因 ( 参见例如, 中国发明专利申 请 201010213758.5)。此类标记基因是本领域技术人员熟知的, 并且其选择在本领域技术 人员的能力范围之内。在一个优选的实施方案中, 所述标记基因是卡那霉素抗性基因, 其 例如具有如 SEQ ID NO : 4 所示的序列。在另一个优选的实施方案中, 所述标记基因为壮观 霉素抗性基因 Omega 片段, 其。