PUFA聚酮化合物合酶系统及其用途.pdf

摘要
申请专利号：	CN02811749.2	申请日：	2002.04.16
公开号：	CN1535312A	公开日：	2004.10.06
当前法律状态：	驳回	有效性：	无权
法律详情：	发明专利申请公布后的驳回IPC(主分类):C12N 1/20公开日:20041006\|\|\|实质审查的生效\|\|\|公开
IPC分类号：	C12N1/20; C12N5/10; C12N15/00; C12N15/09; C12N15/63; C12N15/70; C12N15/74; C12P19/62; C07H21/02; C07H21/04	主分类号：	C12N1/20; C12N5/10; C12N15/00; C12N15/09; C12N15/63; C12N15/70; C12N15/74; C12P19/62; C07H21/02; C07H21/04
申请人：	马泰克生物科学公司;
发明人：	詹姆斯·G·梅茨; 威廉·R·巴克利; 詹姆斯·H·弗拉特; 杰里·M·库纳
地址：	美国马里兰州
优先权：	2001.04.16 US 60/284,066; 2001.06.15 US 60/298,796; 2001.09.18 US 60/323,269
专利代理机构：	北京市柳沈律师事务所	代理人：	巫肖南;封新琴
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内容摘要

本发明一般涉及从非细菌生物分离或衍生的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统，涉及其同源物，涉及编码该PUFA PKS系统的生物学活性结构域的分离的核酸分子和重组核酸分子，涉及制备和使用该系统用于生产所需生物活性分子的方法，且涉及鉴定具有该PUFA PKS系统的新细菌和非细菌微生物的新方法。

权利要求书

1：一种分离的核酸分子，它含有选自下组的核酸序列： a.编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； b.编码选自SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ I8，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； c.编码与(a)所述氨基酸序列中至少500个连续氨基酸有至少约60％相同的氨基酸序列的核酸序列，其中所述氨基酸序列具有多不饱和脂肪酸(PUFA) 聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的生物学活性； d.编码与(b)所述氨基酸序列有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列，其中所述氨基酸序列具有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶 (PKS)系统的至少一个结构域的生物学活性；和 e.与(a)，(b)，(c)，或(d)的核酸序列完全互补的核酸序列。
2：权利要求1的分离的核酸分子，其中所述核酸序列选自： a.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约70％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFAPKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和 b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列有至少约70％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
3：权利要求1的分离的核酸分子，其中所述核酸序列选自： a.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约80％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFAPKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列有至少约80％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
4：权利要求1的分离的核酸分子，其中所述核酸序列选自： a.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约90％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列有至少约90％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
5：权利要求1的分离的核酸分子，其中所述核酸序列编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO： 24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32或其生物活性片段的氨基酸序列。
6：权利要求1的分离的核酸分子，其中所述核酸分子包含选自：SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：17，SEQ ID NO：19，SEQ ID NO：21，SEQ ID NO： 23，SEQ ID NO：25，SEQ ID NO：27，SEQ ID NO：29，或SEQ ID NO：31的核酸序列。
7：一种重组核酸分子，它包含与至少一个转录调控序列可操作地相连的权利要求1的核酸分子。
8：用权利要求7的重组核酸分子转染的重组细胞。
9：一种遗传修饰的微生物，其中所述微生物表达含有多不饱和脂肪酸 (PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个生物学活性结构域的PKS系统，其中所述PUFA PKS系统的至少一个结构域由选自下组的核酸序列编码： a.编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列； b.编码来自以下述方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列： (i)选择产生至少一种PUFA的微生物；和， (ii)从(i)中鉴定与发酵培养基中在大于约5％饱和度的溶氧条件下所述微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不超过约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物； c.编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； d.编码选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； e.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， f.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；其中所述微生物被遗传修饰成影响所述PKS系统的活性。
10：权利要求9的遗传修饰的微生物，其中所述微生物内源性表达含有所述PUFA PKS系统的至少一个结构域的PKS系统，且其中在编码所述 PUFA PKS系统的所述至少一个结构域的核酸序列中存在所述遗传修饰。
11：权利要求10的遗传修饰的微生物，其中在编码具有下列至少一种蛋白质的生物学活性的结构域的核酸序列中存在所述遗传修饰：丙二酰-CoA： ACP酰基转移酶(MAT)，β-酮脂酰-ACP合酶(KS)，酮还原酶(KR)，酰基转移酶(AT)，FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)，磷酸泛酰巯基乙胺转移酶，链长因子(CLF)，酰基载体蛋白(ACP)，烯酰ACP-还原酶(ER)，催化反式-2-癸烯酰-ACP合成的酶，催化反式-2-癸烯酰-ACP向顺式-3-癸烯酰-ACP可逆异构化的酶，和催化顺式-3-癸烯酰-ACP延长成顺式-11-十八碳烯酸的酶。
12：权利要求10的遗传修饰的微生物，其中在编码选自下组的氨基酸序列的核酸序列中存在所述遗传修饰： a.与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约70％相同性的氨基酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO： 18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约70％相同性的氨基酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
13：权利要求10的遗传修饰的微生物，其中在编码选自下组的氨基酸序列的核酸序列中存在所述遗传修饰： a.与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约80％相同性的氨基酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO： 18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约80％相同性的氨基酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
14：权利要求10的遗传修饰的微生物，其中在编码选自下组的氨基酸序列的核酸序列中存在所述遗传修饰： a.与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约90％相同性的氨基酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO： 18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约90％相同性的氨基酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
15：权利要求10的遗传修饰的微生物，其中在编码选自：SEQ ID NO：2， SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO： 13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32或其生物活性片段的氨基酸序列的核酸序列中存在所述遗传修饰。
16：权利要求10的遗传修饰的微生物，其中所述微生物是 Thraustochytrid。
17：权利要求16的遗传修饰的微生物，其中所述Thraustochytrid来自于 Schizochytrium属或破囊壶菌属。
18：权利要求10的遗传修饰的微生物，其中所述微生物进一步被遗传修饰成重组表达编码来自细菌PUFA PKS系统的至少一个生物学活性结构域的至少一个核酸分子。
19：权利要求10的遗传修饰的微生物，其中所述微生物进一步被遗传修饰成重组表达来自I型PKS系统的一个PKS系统的至少一个生物学活性结构域。
20：权利要求10的遗传修饰的微生物，其中所述微生物进一步被遗传修饰成重组表达来自II型PKS系统的一个PKS系统的至少一个生物学活性结构域。
21：权利要求10的遗传修饰的微生物，其中所述微生物进一步被遗传修饰成重组表达来自模块PKS系统的一个PKS系统的至少一个生物学活性结构域。
22：权利要求9的遗传修饰的微生物，其中所述微生物内源性表达含有 PUFA PKS系统的所述至少一个生物学活性结构域的PUFA PKS系统，且其中所述遗传修饰包含表达选自由编码来自第二种PKS系统的至少一个生物学活性结构域的重组核酸分子和编码影响所述PUFA PKS系统活性的蛋白质的重组核酸分子组成的组中的一个重组核酸分子。
23：权利要求22的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含选自下组的核酸序列： a.编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列； b.编码来自以下述方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列： (i)选择产生至少一种PUFA的微生物；和， (ii)从(i)中鉴定与发酵培养基中在大于约5％饱和度的溶氧条件下所述微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不足约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物； c.编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； d.编码选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； e.编码与(a)中所述氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有多不饱和脂肪酸 (PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的生物学活性；和 f.编码与(b)中所述氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶 (PKS)系统的至少一个结构域的生物学活性。
24：权利要求23的遗传修饰的微生物，其中(a)中所述Thraustochytrid 微生物来自于Schizochytrium属或破囊壶菌属。
25：权利要求23的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含选自下组的核酸序列： a.编码与选自氨基酸序列SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO： 6的至少500个连续氨基酸具有至少约70％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约70％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
26：权利要求23的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含选自下组的核酸序列： a.编码与选自SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约80％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约80％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
27：权利要求23的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含选自下组的核酸序列： a.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约90％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约90％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
28：权利要求23的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22， SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32或其生物活性片段的氨基酸序列的核酸序列。
29：权利要求22的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子编码磷酸泛酰巯基乙胺转移酶。
30：权利要求22的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含编码来自细菌PUFA PKS系统的至少一个生物学活性结构域的核酸序列。
31：权利要求22的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含编码来自I型PKS系统的至少一个生物学活性结构域的核酸序列。
32：权利要求22的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含编码来自II型PKS系统的至少一个生物学活性结构域的核酸序列。
33：权利要求22的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含编码来自模块型PKS系统的至少一个生物学活性结构域的核酸序列。
34：权利要求9的遗传修饰的微生物，其中所述微生物通过用编码多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的所述至少一个结构域的重组核酸分子转染进行遗传修饰。
35：权利要求34的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含选自下组的核酸序列： a.编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列； b.编码来自以下述方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列： (i)选择产生至少一种PUFA的微生物；和， (ii)从(i)中鉴定与发酵培养基中在大于约5％饱和度的溶氧条件下所述微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不足约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物； c.编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； d.编码选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； e.编码与(a)中所述氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有多不饱和脂肪酸 (PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的生物学活性；和 f.编码与(b)中所述氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶 (PKS)系统的至少一个结构域的生物学活性。
36：权利要求35的遗传修饰的微生物，其中(a)中所述Thraustochytrid 来自于Schizochytrium属或破囊壶菌属。
37：权利要求35的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含选自下组的核酸序列： a.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约70％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约70％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
38：权利要求35的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含选自下组的核酸序列： a.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约80％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约80％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
39：权利要求35的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含选自下组的核酸序列： a.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约90％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约90％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
40：权利要求35的遗传修饰的微生物，其中所述重组核酸分子包含编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22， SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32或其生物活性片段的氨基酸序列的核酸序列。
41：权利要求34的遗传修饰的微生物，其中所述微生物被进一步遗传修饰成重组表达编码来自细菌PUFA PKS系统的至少一个生物学活性结构域的至少一种核酸分子。
42：权利要求34的遗传修饰的微生物，其中所述微生物被进一步遗传修饰成重组表达来自I型PKS系统的一种PKS系统的至少一个生物学活性结构域。
43：权利要求34的遗传修饰的微生物，其中所述微生物被进一步遗传修饰成重组表达来自II型PKS系统的一种PKS系统的至少一个生物学活性结构域。
44：权利要求34的遗传修饰的微生物，其中所述微生物被进一步遗传修饰成重组表达来自模块型PKS系统的一种PKS系统的至少一个生物学活性结构域。
45：一种遗传修饰的植物，其中所述植物被遗传修饰成重组表达包含多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个生物学活性结构域的PKS系统，其中所述结构域由选自下组的核酸序列编码： a.编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列； b.编码来自以下述方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列： (i)选择产生至少一种PUFA的微生物；和， (ii)从(i)中鉴定与发酵培养基中在大于约5％饱和度的溶氧条件下所述微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不足约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物； c.编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； d.编码选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； e.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， f.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
46：权利要求45的遗传修饰的植物，其中所述核酸序列选自： a.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约70％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约70％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFAPKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
47：权利要求45的遗传修饰的植物，其中所述核酸序列选自： a.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约80％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约80％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
48：权利要求45的遗传修饰的植物，其中所述核酸序列选自： a.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约90％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约90％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
49：权利要求45的遗传修饰的植物，其中所述核酸序列编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10， SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32 或其生物活性片段的氨基酸序列。
50：权利要求45的遗传修饰的植物，其中(a)中所述Thraustochytrid来自于Schizochytrium属或破囊壶菌属。
51：权利要求45的遗传修饰的植物，其中所述植物被进一步遗传修饰成重组表达编码来自细菌PUFA PKS系统的至少一个生物学活性结构域的至少一个核酸分子。
52：权利要求45的遗传修饰的植物，其中所述植物被进一步遗传修饰成重组表达来自I型PKS系统的一种PKS系统的至少一个生物学活性结构域。
53：权利要求45的遗传修饰的植物，其中所述植物被进一步遗传修饰成重组表达来自II型PKS系统的一种PKS系统的至少一个生物学活性结构域。
54：权利要求45的遗传修饰的植物，其中所述植物被进一步遗传修饰成重组表达来自模块型PKS系统的一种PKS系统的至少一个生物学活性结构域。
55：一种鉴定具有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的微生物的方法，包括： a.选择产生至少一种PUFA的微生物；和， b.从(a)中鉴定与发酵培养基中在大于约5％饱和度的溶氧条件下所述微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不足约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物；其中将产生至少一种PUFA且在不足约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物鉴定为含有PUFA PKS系统的候选微生物。
56：权利要求55的方法，其中步骤(b)包括从(a)中鉴定在不足约2％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物。
57：权利要求55的方法，其中步骤(b)包括从(a)中鉴定在不足约1％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物。
58：权利要求55的方法，其中步骤(b)包括从(a)中鉴定在约0％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物。
59：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物具有通过吞噬作用消费细菌的能力。
60：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物具有简单的脂肪酸分布特征。
61：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物是非细菌微生物。
62：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物是真核生物。
63：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物是Thraustochytriales目的一个成员。
64：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物在高于约15℃的温度下具有生产PUFA的能力。
65：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物在高于约20℃的温度下具有生产PUFA的能力。
66：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物在高于约25℃的温度下具有生产PUFA的能力。
67：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物在高于约30℃的温度中具有生产PUFA的能力。
68：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物具有产生生物体干重的约5％以上的所需生物活性化合物的能力。
69：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物具有产生生物体干重的约10％以上的所需生物活性化合物的能力。
70：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物的总脂肪酸约30％以上是C14:0，C16:0和C16:1，同时也产生至少一种具有3个或更多个不饱和键的长链脂肪酸。
71：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物的总脂肪酸约40％以上是C14:0，C16:0和C16:1，同时也产生至少一种具有3个或更多个不饱和键的长链脂肪酸。
72：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物的总脂肪酸约30％以上是C14:0，C16:0和C16:1，同时也产生至少一种具有4个或更多个不饱和键的长链脂肪酸。
73：权利要求55的方法，其中在(a)中所选微生物的总脂肪酸约30％以上是C14:0，C16:0和C16:1，同时也产生至少一种具有5个或更多个不饱和键的长链脂肪酸。
74：权利要求55的方法，还包含： a.检测所述生物体是否含有PUFA PKS系统。
75：权利要求74的方法，其中所述检测步骤包括检测在所述微生物中与编码来自Thraustochytrid PUFA PKS系统的氨基酸序列的核酸序列在严格条件下杂交的核酸序列。
76：权利要求74的方法，其中所述检测步骤包括检测在所述生物体中用来自Thaustochytrid PUFA PKS系统的核酸序列的寡核苷酸引物扩增的核酸序列。
77：由权利要求55的方法鉴定的且被遗传修饰成调节所述PUFA PKS 系统产生的分子的微生物。
78：一种生产由聚酮化合物合酶系统产生的生物活性分子的方法，包括在有效产生所述生物活性分子的条件下培养表达PKS系统的遗传修饰的生物体，所述PKS系统含有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个生物学活性结构域，其中所述PUFA PKS系统的所述至少一个结构域由选自下组的核酸序列编码： a.编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列； b.编码来自以下述方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列： (i)选择产生至少一种PUFA的微生物；和， (ii)从(i)中鉴定与发酵培养基中在大于约5％饱和度的溶氧条件下所述微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不足约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物； c.编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； d.编码选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； e.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， f.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；其中所述生物体被遗传修饰成影响所述PKS系统的活性。
79：权利要求78的方法，其中(a)中所述Thraustochytrid来自于破囊壶菌属或Schizochytrium属。
80：权利要求78的方法，其中(a)中所述Thraustochytrid是破囊壶菌23B (ATCC 20892)。
81：权利要求78的方法，其中(a)中所述Thraustochytrid是 Schizochytrium sp.SR21。
82：权利要求78的方法，其中(a)中所述Thraustochytrid是 Schizochytrium菌株ATCC 20888。
83：权利要求78的方法，其中(a)中所述Thraustochytrid是 Schizochytrium limacium(IFO 32693)。
84：权利要求78的方法，其中(a)中所述Thraustochytrid是Ulkenia (BP-5601)。
85：权利要求78的方法，其中所述核酸序列选自： a.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约70％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约70％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
86：权利要求78的方法，其中所述核酸序列选自： a.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约80％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约80％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
87：权利要求78的方法，其中所述核酸序列选自： a.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约90％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， b.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约90％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
88：权利要求78的方法，其中所述核酸序列编码选自：SEQ ID NO：2， SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO： 13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32或其生物活性片段的氨基酸序列。
89：权利要求78的方法，其中所述生物体内源性表达含有所述PUFA PKS系统的所述至少一个结构域的PKS系统，且其中所述遗传修饰处在编码所述PUFA PKS系统的所述至少一个结构域的核酸序列上。
90：权利要求89的方法，其中所述遗传修饰与野生型生物体相比改变了由所述内源性PKS系统产生的至少一种产物。
91：权利要求78的方法，其中所述生物体内源性表达含有所述PUFA PKS系统的所述至少一个生物活性结构域的PKS系统，且其中所述遗传修饰包括用选自由：编码来自第二种PKS系统的至少一个生物学活性结构域的重组核酸分子和编码影响所述PUFA PKS系统活性的蛋白质的重组核酸分子组成的组中的一种重组核酸分子转染所述生物体。
92：权利要求91的方法，其中所述遗传修饰使得与野生型生物体相比改变了由所述内源性PKS系统产生的至少一种产物。
93：权利要求78的方法，其中所述生物体通过用编码所述多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的所述至少一个结构域的重组核酸分子转染而被遗传修饰。
94：权利要求78的方法，其中所述生物体产生一种多不饱和脂肪酸 (PUFA)的分布特征，该分布特征不同于没有遗传修饰的天然生物体。
95：权利要求78的方法，其中所述生物体内源性表达非细菌PUFA PKS 系统，且其中所述遗传修饰包括来自不同PKS系统的结构域取代编码所述非细菌PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列。
96：权利要求78的方法，其中所述生物体内源性表达非细菌PUFA PKS 系统，该系统通过用重组核酸分子转染所述生物体而被修饰，该重组核酸分子编码能对所述PUFA PKS系统产生的脂肪酸的链长进行调节的蛋白质。
97：权利要求96的方法，其中编码调节脂肪酸链长的蛋白质的所述重组核酸分子取代了所述非细菌PUFA PKS系统中编码链长因子的核酸序列。
98：权利要求96的方法，其中调节所述PUFA PKS系统产生的脂肪酸的链长的所述蛋白质是链长因子。
99：权利要求96的方法，其中调节所述PUFA PKS系统产生的脂肪酸的链长的所述蛋白质是指导合成C20单位的链长因子。
100：权利要求96的方法，其中所述生物体表达非细菌PUFA PKS系统，该在编码FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域的区域或编码β-酮脂酰 -ACP合酶(KS)的区域中含有遗传修饰，其中所述修饰与没有所述修饰相比改变了所述PUFA PKS系统产生的长链脂肪酸的比率。
101：权利要求100的方法，其中所述修饰包含用不具有异构化活性的 DH结构域取代所述非细菌PUFA PKS系统中的FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶 (DH)。
102：权利要求100的方法，其中所述修饰选自缺失所述区域的全部或部分，用来自不同生物的同源区域取代所述区域，或突变所述区域。
103：权利要求96的方法，其中所述生物体表达非-PUFA PKS系统且其中所述遗传修饰包含用来自PUFA PKS系统的FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶 (DH)区域取代不具有异构化活性的DH区域。
104：权利要求78的方法，其中所述生物体表达在烯酰-ACP还原酶(ER) 区域中含有修饰的非细菌PUFA PKS系统，其中所述修饰导致与没有所述修饰相比产生不同的化合物。
105：权利要求104的方法，其中所述修饰选自缺失所述ER区域的全部或部分，用来自不同生物的ER区域取代所述ER区域，或突变所述ER区域。
106：权利要求78的方法，其中所述生物活性分子选自：抗炎症配制品，化疗剂，有效赋形剂，骨质疏松症药物，抗抑郁剂，抗惊厥剂，抗幽门螺杆菌(Heliobactor pylori)药物，治疗神经变性疾病的药物，治疗变性肝脏疾病的药物，抗生素，或降胆固醇配制品。
107：权利要求78的方法，其中所述生物活性分子是抗生素。
108：权利要求78的方法，其中所述生物活性分子是多不饱和脂肪酸 (PUFA)。
109：权利要求78的方法，其中所述生物活性分子是包含顺式构型的碳- 碳双键的分子。
110：权利要求78的方法，其中所述生物活性分子是在每第三个碳包含一个双键的分子。
111：权利要求78的方法，其中所述生物体是微生物。
112：权利要求78的方法，其中所述生物体是植物。
113：产生具有不同于天然植物的多不饱和脂肪酸(PUFA)分布特征的植物的方法，包括对所述植物的细胞进行遗传修饰，以表达含有至少一种重组核酸分子的PKS系统，该重组核酸分子含有编码PUFA PKS系统的至少一个生物活性结构域的核酸序列，其中所述PUFA PKS系统的所述至少一个结构域由选自下组的核酸序列编码： a.编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列； b.编码来自以下述方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列： (i)选择产生至少一种PUFA的微生物；和， (ii)从(i)中鉴定与发酵培养基中在大于约5％饱和度的溶氧条件下所述微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不足约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物； c.编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； d.编码选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； e.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， f.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
114：一种修饰含有至少一种脂肪酸的终产物的方法，包括向所述终产物中添加一种由重组宿主细胞产生的油类，该重组宿主细胞表达含有编码 PUFA PKS系统的至少一个生物活性结构域的核酸序列的至少一个重组核酸分子，其中所述PUFA PKS系统的至少一个结构域由选自下组的核酸序列编码： a.编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列； b.编码来自以下述方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列： (i)选择产生至少一种PUFA的微生物；和， (ii)从(i)中鉴定与发酵培养基中在大于约5％饱和度的溶氧条件下所述微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不足约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物； c.编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； d.编码选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； e.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， f.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
115：权利要求114的方法，其中所述终产物选自饮食添加剂，食品，药物配制品，人源化动物乳汁，或婴儿配制品。
116：权利要求115的方法，其中所述药物配制品选自由抗炎症配制品，化疗剂，有效赋形剂，骨质疏松症药物，抗抑郁剂，抗惊厥剂，抗幽门螺杆菌药物，治疗神经变性疾病的药物，治疗变性肝脏疾病的药物，抗生素，和降胆固醇配制品组成的组中。
117：权利要求114的方法，其中所述终产物用于治疗下述疾病：慢性炎症，急性炎症，胃肠疾病，癌症，恶病质，心脏再狭窄，神经变性疾病，肝脏变性疾病，血脂疾病，骨质疏松症，骨关节炎，自身免疫疾病，先兆子痫，早产，年老相关性黄斑病，肺病，或过氧化物酶体疾病。
118：一种生产人源化动物乳汁的方法，包括用含有编码PUFA PKS系统的至少一个生物活性结构域的核酸序列的至少一种重组核酸分子对产奶动物的产奶细胞进行遗传修饰，其中所述PUFA PKS系统的所述至少一个结构域由选自下组的核酸序列编码： a.编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列； b.编码来自以下述方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列： (i)选择产生至少一种PUFA的微生物；和， (ii)从(i)中鉴定与发酵培养基中在大于约5％饱和度的溶氧条件下所述微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不足约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物； c.编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； d.编码选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； e.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， f.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
119：一种产生重组微生物的方法，包括对微生物细胞进行遗传修饰，以表达含有编码PUFA PKS系统的至少一个生物活性结构域的核酸序列的至少一种重组核酸分子，其中所述PUFA PKS系统的所述至少一个结构域由选自下组的核酸序列编码： a.编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列； b.编码来自以下述方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列： (i)选择产生至少一种PUFA的微生物；和， (ii)从(i)中鉴定与发酵培养基中在大于约5％饱和度的溶氧条件下所述微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不足约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物； c.编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； d.编码选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26， SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列； e.编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和， f.编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO： 26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中所述氨基酸序列具有 PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。
120：一种被修饰成表达多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS) 系统的重组宿主细胞，其中所述PKS催化重复的和非重复的酶反应，且其中所述PUFA PKS系统包含： a.至少两个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域； b.至少6个酰基载体蛋白(ACP)结构域； c.至少两个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域； d.至少一个酰基转移酶(AT)结构域； e.至少一个酮还原酶(KR)结构域； f.至少两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域； g.至少一个链长因子(CLF)结构域；和 h.至少一个丙二酰-CoA：ACP酰基转移酶(MAT)结构域。
121：权利要求120的重组宿主细胞，其中所述PUFA PKS系统是真核 PUFA PKS系统。
122：权利要求120的重组宿主细胞，其中所述PUFA PKS系统是藻类 PUFA PKS系统。
123：权利要求120的重组宿主细胞，其中所述PUFA PKS系统是 Thraustochytriales PUFA PKS系统。
124：权利要求120的重组宿主细胞，其中所述PUFA PKS系统是 Schizochytrium PUFA PKS系统。
125：权利要求120的重组宿主细胞，其中所述PUFA PKS系统是破囊壶菌属PUFA PKS系统。
126：权利要求120的重组宿主细胞，其中所述PUFA PKS系统可在原核宿主细胞中表达。
127：权利要求120的重组宿主细胞，其中所述PUFA PKS系统可在真核宿主细胞中表达。
128：权利要求120的重组宿主细胞，其中所述宿主细胞是植物细胞。
129：一种生产含有至少一种PUFA的产物的方法，包括在有效产生该产物的条件下生长含有权利要求128的植物细胞的植物。
130：权利要求120的重组宿主细胞，其中所述宿主细胞是微生物细胞。
131：一种生产含有至少一种PUFA的产物的方法，包括在有效产生所述产物的条件下培养含有权利要求130的所述微生物细胞的培养物。
132：权利要求120的重组宿主细胞，其中所述PUFA PKS系统催化甘油三酯的直接产生。
133：一种含有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的遗传修饰的微生物，其中所述PKS催化重复的和非重复的酶反应，且其中所述PUFA PKS系统包含： a.至少两个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域； b.至少6个酰基载体蛋白(ACP)结构域； c.至少两个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域； d.至少一个酰基转移酶(AT)结构域； e.至少一个酮还原酶(KR)结构域； f.至少两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域； g.至少一个链长因子(CLF)结构域；和 h.至少一个丙二酰-CoA：ACP酰基转移酶(MAT)结构域；其中该遗传修饰影响所述PUFA PKS系统的活性。
134：权利要求133的遗传修饰的微生物，其中所述微生物是真核微生物。
135：一种被修饰成表达非细菌多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶 (PKS)系统的重组宿主细胞，其中所述非细菌PUFA PKS催化重复的和非重复的酶反应，且其中所述非细菌PUFA PKS系统包含： a.至少一个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域； b.多个酰基载体蛋白(ACP)结构域； c.至少两个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域； d.至少一个酰基转移酶(AT)结构域； e.至少一个酮还原酶(KR)结构域； f.至少两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域； g.至少一个链长因子(CLF)结构域；和 h.至少一个丙二酰-CoA：ACP酰基转移酶(MAT)结构域。

说明书

PUFA聚酮化合物合酶系统及其用途
    【技术领域】

    本发明涉及来自微生物，包括诸如Thraustochytrid微生物的真核生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统。更具体地说，本发明涉及编码非细菌PUFAPKS系统的核酸，涉及非细菌PUFAPKS系统，涉及含有非细菌PUFAPKS系统的遗传修饰的生物体，且涉及制备和使用本文公开的非细菌PUFAPKS系统的方法。本发明还涉及鉴定含有PUFAPKS系统的细菌和非细菌微生物的方法。

    背景技术

    聚酮化合物合酶(PKS)系统是本领域普遍已知的脂肪酸合酶(FAS)系统衍生的酶复合物，但它通常被高度修饰以产生一般与脂肪酸有很小相似性的特异性产物。研究人员尝试了开发在文献中描述过的聚酮化合物合酶(PKS)系统，它们属于一般称为II型，I型和模块的三种基本类型之一。II型系统的特征是可分离的蛋白质，各蛋白质完成不同的酶促反应。酶协调作用以产生最终产物且该系统中地每个酶在最终产物的生产中一般参与几次。这类系统以类似于在植物和细菌中发现的脂肪酸合酶(FAS)系统的方式操作。I型PKS系统与II型系统的相似之处在于酶以反复的方式用于生产最终产物。I型与II型的区别在于酶活性发生在更大的蛋白质结构域中，而不是与可分离的蛋白质相关。该系统类似于在动物和真菌中发现的I型FAS系统。

    与I型和II型系统相反，在模块PKS系统中，各酶结构域在最终产物的生产中只使用一次。该结构域在极大型蛋白质中发现且各反应的产物传递到PKS蛋白质的另一结构域上。另外，在上述所有PKS系统中，如果在最终产物中引入碳-碳双键，通常为反式构型。

    在上述I型和II型PKS系统中，每次循环进行同一组反应直到获得最终产物。在生物合成过程期间不允许导入特有反应。模块PKS系统需要的巨大蛋白质在反复的反应中不能节约利用(即，每次反应需要不同的结构域)。另外，如上所述，在所有以前所述PKS系统中以反式构型导入碳-碳双键。

    多不饱和脂肪酸(PUFA)是大多数真核生物中膜脂类的关键成份(Lauritzen等，Prog.Lipid Res.40 1(2001)；McConn等，Plant J.15，521(1998))且是某些激素和信号分子的前体(Heller等，Drugs 55，487(1998)；Creelman等，Annu.Rev.PlantPhysiol.PlantMol Biol.48，355(1997))。已知的PUFA合成途径包含通过延长和需氧去饱和反应加工脂肪酸合酶(FAS)产生的饱和16:0或18:0脂肪酸(缩写X:Y表示含有X个碳原子和Y个顺式双键的酰基基团；PUFA的双键位置相对于脂肪酸链的甲基碳(ω3或ω6)用双键的系统亚甲基中断表示)(Sprecher，Curr.Opin.Clin.Nutr.Metab.Care 2，135(1999)；Parker-Barnes等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97，8284(2000)；Shanklin等，Annu.Rev.Plant Physiol.Plant Nol.Biol.49，611(1998))。从乙酰-CoA开始，DHA的合成需要约30个不同的酶活性和几乎70个反应，包括4个脂肪酸合成循环的重复步骤。聚酮化合物合酶(PKSs)完成一些与FAS相同的反应(Hopwood等，Annu.Rev.Genet.24，37(1990)；Bentley等，Annu.Rev.Microbiol.53，411(1999))且使用相同的小蛋白(或结构域)，即酰基载体蛋白(ACP)，作为生长碳链的共价连接位点。然而，在这些酶系统中，通常省去了FAS中所见的还原，脱水和还原的整个循环，从而产生高度衍生化的碳链，一般含有许多酮基和羟基以及反式构型的碳-碳双键。PKSs的线型产物通常环化以形成复杂的生化试剂，包括抗生素和许多其它次级产物(Hopwood等，(1990)出处同上；Bentley等，(1999)，出处同上；Keating等，Curr.Opin.Chem.Biol.3，598(1999))。

    从包括希瓦氏菌属(Shewanella)种类的海洋细菌的一些物种中已经报导了诸如二十二碳六烯酸(DHA；22:6ω3)和二十碳五烯酸(EPA；20:5ω3)的极长链PUFA(Nichols等，Curr.Op.Biotechnol.10，240(1999)；Yazawa，Lipids 31，S(1996)；DeLong等，Appl.Environ.Microbiol.51，730(1986))。对来自希瓦氏菌属种类菌株SCRC2738的基因组片段(克隆为质粒pEPA)的分析导致鉴定了5个可读框(Orfs)，总计20Kb，它们是大肠杆菌中生产EPA的必要和充分条件(Yazawa，(1996)，出处同上)。一些预测的蛋白结构域是FAS酶的同源物，而其它区域与已知功能的蛋白质无同源性。根据这些观察和生化研究，表明希瓦氏菌属中的PUFA合成包含FAS产生的16-或18-碳脂肪酸的延长和通过不明确的需氧去饱和酶插入双键(Watanabe等，J.Biochem.122，467(1997))。对5个希瓦氏菌属Orfs编码的蛋白质序列的再检查得出了该假设并不正确的认识。5个Orfs内的至少11个区域可鉴定为推定的酶结构域(参见Metz等，Science 293：290-293(2001))。与基因数据库中的序列比较时，其中7个与PKS蛋白比与FAS蛋白相关性更强。该组中包含的结构域推定为编码丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)，3-酮脂酰-ACP合酶(KS)，3-酮脂酰-ACP还原酶(KR)，酰基转移酶(AT)，磷酸泛酰巯基乙胺转移酶，链长(或链起始)因子(CLF)和非常罕见的6个ACP结构域簇(即，存在两个以上聚集的ACP结构域在PKS或FAS序列中以前未见报导)。然而，三个区域与细菌FAS蛋白同源性更高。其中一个类似于最近描述的来自肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)的三氯苯氧氯酚抗性烯酰还原酶(ER)(Heath等，Nature 406，145(2000)；使用LALIGN程序(模型，BLOSUM50；间隔缺口罚分，-10；延长罚分，-1)比较ORF8肽与肺炎链球菌烯酰还原酶在386aa的重叠区内显示出49％的相似性)。两个区域是fabA编码的大肠杆菌FAS蛋白的同源物，它催化反式-2-癸烯酰-ACP的合成和该产物向顺式-3-癸烯酰-ACP的可逆异构化(Heath等，J.Biol Chem.，271，27795(1996))。因此，很可能希瓦氏菌属的EPA中的至少一些双键由Orf7中的FabA-样结构域催化的脱水酶-异构酶机制引入。

    厌氧生长的含有pEPA质粒的大肠杆菌细胞与需氧培养物积累相同水平的EPA(Metz等，2001，出处同上)，表明在EPA合成中不涉及氧依赖型去饱和酶。当pEPA导入不能合成单不饱和脂肪酸且生长需要不饱和脂肪酸的大肠杆菌fabB-突变体时，所得的细胞丧失其脂肪酸辅源营养。它们也比其它含有pEPA的菌株积累更高水平的EPA，表明EPA与内源性产生的单不饱和脂肪酸竞争转移到甘油脂上。当含有pEPA的大肠杆菌细胞在[13C]-乙酸盐存在下生长时，对从细胞纯化的EPA进行13C-NMR分析的数据证实了EPA的身份且提供了该脂肪酸从乙酰-CoA和丙二酰-CoA合成的证据(参见Metz等，2001，出处同上)。来自含有pEPA的fabB-细胞的无细胞匀浆从[14C]-丙二酰-CoA合成EPA和饱和脂肪酸。当匀浆分离成200,000xg高速沉淀和无膜的上清部分时，饱和脂肪酸合成局限于上清，与II型FAS酶的可溶性质一致(Magnuson等，Microbiol.Rev.57，522(1993))。仅在高速沉淀部分中发现EPA的合成，表明EPA合成的发生可不依赖于大肠杆菌FAS酶或细胞质成份的可溶性中间物(例如16：0-ACP)。由于希瓦氏菌属EPA基因编码的蛋白质不特别疏水，因此EPA合成活性局限于该成分中反映了膜相联性酰基受体分子的要求。另外，与大肠杆菌FAS相反，EPA合成是特异性的NADPH-依赖型且不需要NADH。所有这些结果与编码多功能PKS的pEPA基因一致，该多功能PKS独立于FAS，延长酶，和去饱和酶活性起作用以直接合成EPA。很可能在希瓦氏菌属中鉴定的PUFA合成的PKS途径在海洋细菌中是普遍的。在Photobacterium profundum(Allen等，Appli.Environ.Microbiol.65：1710(1999))和Moritella marina(Vibrio marinus)(Tanaka等，Biotechnol.Lett.21：939(1999))中已经鉴定了与希瓦氏菌属基因簇高度同源的基因。

    对希瓦氏菌属进行的生化和分子遗传分析提供了聚酮化合物合酶能够从丙二酰-CoA合成PUFA的确凿证据。由希瓦氏菌属PKS合成EPA的完整方案已经提出。与大肠杆菌FabA蛋白同源的蛋白质结构域的鉴定，和细菌EPA合成在厌氧条件下发生的观察结果提供了顺式双键的插入通过双功能脱水酶/2-反式，3-顺式异构酶(DH/2，3I)的作用发生这一机制的证据。在大肠杆菌中，3-顺式酰基中间物与丙二酰-ACP的缩合需要特定的酮脂酰-ACP合酶且这支持在希瓦氏菌属基因簇中存在两个KS(在Orf5和Orf7中)的理论。然而，PKS循环以两个碳的增量延长碳链，而在EPA产物中双键在每第三个碳处出现。如果通过2-反式，2-顺式异构化(DH/2，2I)接着在延长的脂肪酸链中掺入顺式双键在EPA的C-14和C-8处产生双键就可解决这一差异。在例如，视黄素类(retinoid)循环的11-顺式-视黄醛合成中已知会发生反式双键酶促转化成顺式构型而不发生键迁移(Jang等，J.Biol.Chem.275，28128(2000))。尽管在希瓦氏菌属PKS中尚未鉴定这样的酶功能，但是它可能属于一个未鉴定的蛋白质结构域。

    希瓦氏菌属和另一海洋细菌Vibrio marinus中PUFA合成的PKS途径在美国专利号6,140,486(从1998年6月4日申请的，发明名称为“通过在植物中表达聚酮化合物类合成基因生产多不饱和脂肪酸”的美国申请系列号09/090,793出版，在此引用以其整体作为参考)中进行了详细描述。

    多不饱和脂肪酸(PUFA)据认为可用于营养，制药，工业，和其它目的。来自天然来源和化学合成的PUFA的昂贵供应不足以满足商业需要。由于许多分离的去饱和酶和延长酶是从大多数植物物种中共有的亚油酸(LA，18:2Δ9，12)到更饱和且更长链PUFA的脂肪酸合成中所必需的，因此改造植物宿主细胞以表达诸如EPA和DHA的PUFA可能需要表达5种或6种分离的酶活性以实现至少EPA和DHA的表达。另外，为了生产可用量的该PUFA，可能需要其它的改造努力，例如，下调竞争底物的酶，通过例如诱变改造成具有更高的酶活性或者将酶定向到质体细胞器上。因此有利的是从天然产生这些脂肪酸的物种获得包含PUFA生物合成的遗传材料并单独或与异源系统结合表达可改造成允许生产商品量的PUFA的该分离材料。

    在诸如希瓦氏菌属和Vibrio marinus的海洋细菌中发现的PUFA PKS系统(参见美国专利号6,140,486，出处同上)为商品PUFA生产的新方法提供了资源。然而，这些海洋细菌具有的缺陷最终将限制其在商业水平上的利用。首先，尽管美国专利号6,140,486公开了海洋细菌PUFA PKS系统可用于遗传修饰植物，但是海洋细菌在寒冷的海洋环境中自然生活和生长且这些细菌的酶系统在30℃以上不能很好地发挥功能。相反，许多农作物植物作为使用PUFA PKS系统进行遗传改造的有吸引力的目标在30℃以上和变动到高于40℃的温度下为正常的生长条件。因此，海洋细菌PUFA PKS系统预期不容易适应正常生长条件下的植物表达。而且海洋细菌PUFA PKS基因由于是细菌来源，可能与真核宿主细胞的基因组不相容，或者至少需要大量的修改以便在真核宿主中起作用。另外，已知的海洋细菌PUFA PKS系统不能直接产生甘油三酯，而直接产生甘油三酯是所期望的，因为甘油三酯是微生物中的脂类储存产物且因此可在微生物/植物细胞中以极高的水平(例如，高达80-85％的细胞重量)积累(与一般仅以低水平(例如最大值不超过细胞重量的10-15％)积累的“结构”脂产物(例如磷脂)相反)。

    因此，本领域需要具有更大适应性的其它PUFA PKS系统用于商业用途。

    发明简述

    本发明的一个实施方案涉及含有选自如下的核酸序列的分离核酸分子：(a)编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列；(b)编码选自SEQ ID NO：8，SEQ IDNO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ I8，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列；(c)编码与(a)的氨基酸序列中至少500个连续氨基酸有至少约60％相同的氨基酸序列的核酸序列，其中该氨基酸序列具有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的生物学活性；(d)编码与(b)的氨基酸序列至少约60％相同的氨基酸序列的核酸序列，其中该氨基酸序列具有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的生物学活性；和(e)与(a)，(b)，(c)，或(d)的核酸序列完全互补的核酸序列。在另一方面，该核酸序列编码与(1)选自由SEQ ID NO：2，SEQ IDNO：4，和SEQ ID NO：6组成的组中的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸至少约70％相同，或至少约80％相同，或至少约90％相同，或相同的氨基酸序列；和/或(2)编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列至少约70％相同的氨基酸序列的核酸序列。在一个优选的实施方案中，该核酸序列编码选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ IDNO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32和/或其生物学活性片段的氨基酸序列。在一个方面，该核酸序列选自：SEQ：ID NO：1，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：17，SEQID NO：19，SEQ ID NO：21，SEQ ID NO：23，SEQ ID NO：25，SEQ ID NO：27，SEQ ID NO：29，和SEQ ID NO：31。

    本发明的另一实施方案涉及含有与至少一个转录调控序列可操作地相连的上述核酸分子的重组核酸分子。在另一实施方案中，本发明涉及直接用上述重组核酸分子转染的重组细胞。

    本发明的另一实施方案还涉及遗传修饰的微生物，其中该微生物表达含有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个生物学活性结构域的PKS系统。PUFAPKS系统的至少一个结构域由选自如下的核酸序列编码：(a)编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列；(b)编码来自本发明的筛选方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列；(c)编码选自由：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，和其生物学活性片段组成的组中的氨基酸序列的核酸序列；(d)编码选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列；(e)编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFAPKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和，(f)编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFAPKS系统的至少一个结构域的生物学活性。在该实施方案中，遗传修饰该微生物以影响PKS系统的活性。在上文(b)中提到的本发明的筛选方法包括：(i)选择产生至少一种PUFA的微生物；和，(ii)从(i)中鉴定与发酵培养基中在大于5％饱和度，且更优选10％的饱和度，且更优选大于15％的饱和度，且更优选大于20％的饱和度的溶氧条件下微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不足约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物。

    在一个方面，该微生物内源性表达含有PUFA PKS系统的至少一个结构域的PKS系统，且其中在编码PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列中存在遗传修饰。例如，在编码具有至少一种下列蛋白质的生物学活性的结构域的核酸序列中存在遗传修饰：丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)，β-酮脂酰-ACP合酶(KS)，酮还原酶(KR)，酰基转移酶(AT)，FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)，磷酸泛酰巯基乙胺转移酶，链长因子(CLF)，酰基载体蛋白(ACP)，烯酰ACP-还原酶(ER)，催化反式-2-癸烯酰-ACP合成的酶，催化反式-2-癸烯酰-ACP向顺式-3-癸烯酰-ACP可逆异构化的酶，和催化顺式-3-癸烯酰-ACP延长成顺式-11-十八碳烯酸的酶。在一个方面，在编码选自下组的氨基酸序列的核酸序列中存在遗传修饰：(a)与选自：SEQ ID NO：2，SEQ IDNO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸具有至少约70％的相同性，且优选至少约80％的相同性，且更优选至少约90％的相同性且更优选相同的氨基酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和，(b)与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQID NO：32的氨基酸序列具有至少约70％相同性，且优选至少约80％相同性，且更优选至少约90％相同性且更优选相同的氨基酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。

    在一个方面，该遗传修饰的微生物是Thraustochytrid，它包括，但不限于，选自Schizochytrium和破囊壶菌属(Thraustochytrium)中的Thraustochytrid。在另一方面，该微生物进一步被遗传修饰成重组表达编码来自细菌PUFAPKS系统，I型PKS系统，II型PKS系统，和/或模块PKS系统的至少一个生物学活性结构域的至少一个核酸分子。

    在该实施方案的另一方面，该微生物内源性表达含有PUFA PKS系统的至少一个生物学活性结构域的PUFA PKS系统，且其中该遗传修饰包含表达选自由编码来自第二种PKS系统的至少一个生物学活性结构域的重组核酸分子和编码影响PUFA PKS系统活性的蛋白质的重组核酸分子组成的组中的重组核酸分子。优选的是，该重组核酸分子包含任一上述核酸序列。

    在该实施方案的一个方面中，该重组核酸分子编码磷酸泛酰巯基乙胺转移酶。在另一方面，该重组核酸分子包含编码来自细菌PUFA PKS系统，I型PKS系统，II型PKS系统，和/或模块PKS系统的至少一个生物学活性结构域的核酸序列。

    在该实施方案的另一方面，通过用编码多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的重组核酸分子转染遗传修饰该微生物。该重组核酸分子可包括含有任一上述核酸序列的任意重组核酸分子。在一个方面，该微生物进一步被遗传修饰成重组表达编码来自细菌PUFA PKS系统，I型PKS系统，II型PKS系统，或模块PKS系统的至少一个生物学活性结构域的至少一个核酸分子。

    本发明的另一实施方案还涉及遗传修饰的植物，其中该植物被遗传修饰成重组表达含有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个生物学活性结构域的PKS系统。该结构域可由任一上述核酸序列编码。在一个方面，该植物进一步被遗传修饰成重组表达编码来自细菌PUFA PKS系统，I型PKS系统，II型PKS系统，和/或模块PKS系统的至少一个生物学活性结构域的至少一个核酸分子。

    本发明的另一实施方案涉及鉴定具有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的微生物的方法。该方法包括如下步骤：(a)选择产生至少一种PUFA的微生物；和，(b)从(a)中鉴定与发酵培养基中在大于5％饱和度的溶氧条件下，更优选10％的饱和度，更优选大于15％的饱和度，且更优选大于20％的饱和度时微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不超过约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物。产生至少一种PUFA且在不超过约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物鉴定为含有PUFA PKS系统的候选微生物。

    在该实施方案的一个方面，步骤(b)包含从(a)中鉴定在不超过约2％饱和度的溶氧条件下，且更优选在不超过约1％饱和度的溶氧条件下，甚至更优选在约0％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物。

    在该实施方案的另一方面，在(a)中选择的微生物具有通过吞噬作用消费细菌的能力。在另一方面，在(a)中选择的微生物具有简单的脂肪酸分布特征(profile)。在另一方面，在(a)中选择的微生物是非细菌微生物。在另一方面，在(a)中选择的微生物是真核生物。在另一方面，在(a)中选择的微生物是Thraustochytriales目的一个成员。在另一方面，在(a)中选择的微生物在高于约15℃，且优选高于约20℃，且更优选高于约25℃，且甚至更优选高于约30℃的温度下具有生产PUFA的能力。在另一方面，在(a)中选择的微生物具有以高于5％的生物体干重，且更优选高于10％的生物体干重生产所需生物活性化合物(例如，脂类)的能力。在还有另一方面，在(a)中选择的微生物其总脂肪酸高于30％是C14:0，C16:0和C16:1，同时也产生至少一种具有3个或更多个不饱和键的长链脂肪酸，且优选的是，在(a)中选择的微生物其总脂肪酸高于40％是C14:0，C16:0和C16:1，同时也产生至少一种具有3个或更多个不饱和键的长链脂肪酸。在另一方面，在(a)中选择的微生物其总脂肪酸高于30％是C14:0，C16:0和C16:1，同时也产生至少一种具有4个或更多个不饱和键的长链脂肪酸，且更优选同时也产生至少一种具有5个或更多个不饱和键的长链脂肪酸。

    在该实施方案的另一方面，该方法还包含检测生物体是否含有PUFAPKS系统的步骤(c)。在该方面，该检测步骤可包括检测该微生物中与编码来自Thraustochytrid PUFA PKS系统的氨基酸序列的核酸序列在严格条件下杂交的核酸序列。另外，该检测步骤可包括检测生物体中用来自ThaustochytridPUFA PKS系统的核酸序列的寡核苷酸引物扩增的核酸序列。

    本发明的另一实施方案涉及由上述筛选方法鉴定的微生物，其中该微生物被遗传修饰成通过PUFAPKS系统调节分子的生产。

    本发明还有另一实施方案涉及生产生物活性分子的方法，该生物活性分子由聚酮化合物合酶系统产生。该方法包括在有效生产生物活性分子的条件下培养遗传修饰的生物体的步骤，该生物体表达含有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个生物活性结构域的PKS系统。PUFA PKS系统的结构域由任一上述核酸序列编码。

    在该实施方案的一个方面，该生物体内源性表达含有PUFAPKS系统的至少一个结构域的PKS系统，且该遗传修饰在编码PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列上。例如，该遗传修饰与野生型生物体相比可改变至少一种由内源性PKS系统产生的产物。

    在该实施方案的另一方面，该生物体内源性表达含有PUF APKS系统的至少一个生物活性结构域的PKS系统，且该遗传修饰包括用选自由：编码来自第二种PKS系统的至少一个生物学活性结构域的重组核酸分子和编码影响PUFA PKS系统活性的蛋白质的重组核酸分子组成的组中的重组核酸分子转染该生物体。例如，该遗传修饰与野生型生物体相比可改变由内源性PKS系统产生的至少一种产物。

    在该实施方案的还有另一方面中，通过用编码多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的重组核酸分子转染遗传修饰该生物体。在另一方面，该生物体产生的多不饱和脂肪酸(PUFA)分布特征不同于没有遗传修饰的天然生物体。在另一方面，该生物体内源性表达非细菌PUFA PKS系统，且其中该遗传修饰包括来自不同PKS系统的结构域取代编码非细菌PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列。

    在还有另一方面，该生物体内源性表达非细菌PUFA PKS系统，该系统通过用重组核酸分子转染该生物体而被修饰，该重组核酸分子编码的蛋白质调节PUFA PKS系统产生的脂肪酸的链长。例如，编码调节脂肪酸链长的蛋白质的该重组核酸分子可取代非细菌PUFA PKS系统中编码链长因子的核酸序列。在另一方面，调节PUFA PKS系统产生的脂肪酸链长的蛋白质是链长因子。在另一方面，调节PUFA PKS系统产生的脂肪酸链长的蛋白质是指导合成C20单位的链长因子。

    在一个方面，该生物体表达在选自编码FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域的区域和编码β-酮脂酰-ACP合酶(KS)的区域中含有遗传修饰的非细菌PUFA PKS系统，其中该修饰与没有该修饰相比改变了PUFA PKS系统产生的长链脂肪酸的比率。在一个方面，该修饰包含用不具有异构化活性的DH结构域取代非细菌PUFA PKS系统中的FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)。在另一方面，该修饰选自由缺失全部或部分该区域，用来自不同生物的同源区域取代该区域，和突变该区域组成的组中。

    在另一方面，该生物体表达PKS系统且该遗传修饰包含用来自PUFAPKS系统的FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)区域取代不具有异构化活性的DH区域。

    在另一方面，该生物体表达在烯酰-ACP还原酶(ER)区域中含有修饰的非细菌PUFA PKS系统，其中该修饰导致与没有修饰相比产生不同的化合物。例如，该修饰可选自由缺失全部或部分ER区域，用来自不同生物的ER区域取代该ER区域，和突变该ER区域组成的组中。

    在一个方面，由本方法产生的生物活性分子可包括，但不限于抗炎症配制品，化疗剂，有效赋形剂，骨质疏松症药物，抗抑郁剂，抗惊厥剂，抗幽门螺杆菌(Heliobactor pylori)药物，治疗神经变性疾病的药物，治疗变性肝脏疾病的药物，抗生素，和降胆固醇配制品。在一个方面，该生物活性分子是多不饱和脂肪酸(PUFA)。在另一方面，该生物活性分子是包含顺式构型的碳-碳双键的分子。在另一方面，该生物活性分子是在每第三个碳包含一个双键的分子。

    在该实施方案的一个方面，该生物体是微生物，在另一方面，该生物体是植物。

    本发明的另一实施方案涉及产生一种植物的方法，该植物的多不饱和脂肪酸(PUFA)分布特征不同于天然植物，该方法包括遗传修饰该植物的细胞以表达含有至少一种重组核酸分子的PKS系统，该重组核酸分子含有编码PUFA PKS系统的至少一个生物活性结构域的核酸序列。该PUFA PKS系统的结构域由任一上述核酸序列编码。

    本发明还有另一实施方案涉及修饰含有至少一种脂肪酸的终产物的方法，包括向终产物中加入由重组宿主细胞产生的油脂，该重组宿主细胞表达至少一种重组核酸分子，该重组核酸分子含有编码PUFA PKS系统的至少一个生物活性结构域的核酸序列。PUFA PKS系统的结构域由任一上述核酸序列编码。在一个方面，该终产物选自由饮食添加剂，食品，药物配制品，人源化动物乳汁，和婴儿配制品组成的组中。药物配制品可包括，但不限于：抗炎症配制品，化疗剂，有效赋形剂，骨质疏松症药物，抗抑郁剂，抗惊厥剂，抗幽门螺杆菌药物，治疗神经变性疾病的药物，治疗变性肝脏疾病的药物，抗生素，和降胆固醇配制品。在一个方面，该终产物可用于治疗选自由：慢性炎症，急性炎症，胃肠疾病，癌症，恶病质，心脏再狭窄，神经变性疾病，肝脏变性疾病，血脂疾病，骨质疏松症，骨关节炎，自身免疫疾病，先兆子痫，早产(preterm birth)，年老相关性黄斑病，肺病，和过氧化物酶体疾病组成的组中的一种症状。

    本发明还有另一实施方案涉及生产人源化动物乳汁的方法，包括用含有编码PUFA PKS系统的至少一个生物活性结构域的核酸序列的至少一个重组核酸分子遗传修饰产奶动物的产奶细胞。该PUFA PKS系统的结构域由任一上述核酸序列编码。

    本发明还有另一实施方案涉及产生重组微生物的方法，包括遗传修饰微生物细胞以表达含有编码PUFA PKS系统的至少一个生物活性结构域的核酸序列的至少一种重组核酸分子。该PUFA PKS系统的结构域由任一上述核酸序列编码。

    本发明还有另一实施方案涉及被修饰成表达多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的重组宿主细胞，其中该PKS催化重复的和非重复的酶反应。PUFA PKS系统包含：(a)至少两个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域；(b)至少6个酰基载体蛋白(ACP)结构域；(c)至少两个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域；(d)至少一个酰基转移酶(AT)结构域；(e)至少一个酮还原酶(KR)结构域；(f)至少两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域；(g)至少一个链长因子(CLF)结构域；和(h)至少一个丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)结构域。在一个实施方案中，PUFA PKS系统是真核PUFA PKS系统。在另一方面，PUFA PKS系统是藻类PUFA PKS系统，且优选Thraustochytriales PUFAPKS系统，它包括，但不限于Schizochytrium PUFA PKS系统或破囊壶菌属PUFA PKS系统。

    在该实施方案中，PUFA PKS系统可在原核宿主细胞或在真核宿主细胞中表达。在一个方面，该宿主细胞是植物细胞。因此，本发明的一个实施方案是生产含有至少一种PUFA的产物的方法，包括在有效产生该产物的条件下生长含有该植物细胞的植物。宿主细胞可以是微生物且在这种情况下，本发明的一个实施方案是生产含有至少一种PUFA的产物的方法，包括在有效产生该产物的条件下培养含有该微生物细胞的培养物。在一个方面，PKS系统催化甘油三酯的直接生产。

    本发明还有另一实施方案涉及遗传修饰的微生物，它含有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统，其中该PKS催化重复的和非重复的酶反应。PUFA PKS系统包含：(a)至少两个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域；(b)至少6个酰基载体蛋白(ACP)结构域；(c)至少两个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域；(d)至少一个酰基转移酶(AT)结构域；(e)至少一个酮还原酶(KR)结构域；(f)至少两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域；(g)至少一个链长因子(CLF)结构域；和(h)至少一个丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)结构域。该遗传修饰影响PUFA PKS系统的活性。在该实施方案的一个方面，该微生物是真核微生物。

    本发明还有另一实施方案涉及被修饰成表达非细菌多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的重组宿主细胞，其中该非细菌PUFA PKS催化重复的和非重复的酶反应。该非细菌PUFA PKS系统包含：(a)至少一个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域；(b)多个酰基载体蛋白(ACP)结构域；(c)至少两个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域；(d)至少一个酰基转移酶(AT)结构域；(e)至少一个酮还原酶(KR)结构域；(f)至少两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域；(g)至少一个链长因子(CLF)结构域；和(h)至少一个丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)结构域。

    【附图说明】

    图1是Schizochytrium PUFA PKS系统的结构域结构示意图。

    图2显示了来自Schizochytrium和希瓦氏菌属的PKS结构域的比较。

    图3显示了来自Schizochytrium的PKS结构域和来自念珠藻属(Nostoc)的其产物是不含任何双键的长链脂肪酸的相关PKS系统的比较。

    发明详述

    本发明一般涉及非细菌衍生的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统，一般涉及含有非细菌PUFA PKS系统的遗传修饰的生物体，涉及制备和使用该系统用于生产包括生物活性分子的目的产物的方法，涉及鉴定具有该PUFA PKS系统的新真核微生物的新方法。本文所用的PUFA PKS系统一般具有下列鉴定特征：(1)作为该系统的天然产物产生PUFA；和(2)它含有组装进复合物的几个多功能蛋白质，该复合物同时进行脂肪酸链的反复加工和非反复加工，包括在选定循环中的反式-顺式异构化和烯酰还原反应(例如，参见图1)。

    更具体地说，首先，构成本发明基础的PUFA PKS系统产生多不饱和脂肪酸(PUFA)作为产物(即，内源性(天然)含有该PKS系统的生物体使用该系统制备PUFA)。本文提及的PUFA优选是具有至少16碳的碳链长度的多不饱和脂肪酸，且更优选至少18碳，且更优选至少20碳，且更优选22或更多个碳，且具有至少3个或更多个双键，优选4个或更多个，且更优选5个或更多个，且甚至更优选6个或更多个双键，其中所有双键是顺式构型。本发明的一个目的是通过遗传操作或终产物的改造发现或创造产生具有所需链长和所需数目双键的多不饱和脂肪酸的PKS系统。PUFA的例子包括，但不限于，DHA(二十二碳六烯酸(22:6，ω-3))，DPA(鲱油酸(C22:5，ω-6))，和EPA(二十碳五烯酸(C20:5，ω-3))。

    其次，本文所述PUFA PKS系统同时参与反复和非反复的反应，使得该系统不同于以前所述PKS系统(例如，I型，II型或模块型系统)。更具体地说，本文所述PUFA PKS系统含有在每次循环期间显示功能的结构域以及仅在某些循环中显示功能的结构域。该系统的一个关键方面涉及与细菌Fab A酶表现出同源性的结构域。例如，大肠杆菌的FabA酶表现出具有两种酶活性。它具有从含有羟基的碳链减去一个水分子(H2O)，在该碳链中留下一个反式双键的脱水活性。另外，它具有将反式双键转变成顺式构型的异构酶活性。该异构化与双键位置迁移到相邻碳结合完成。在PKS(和FAS)系统中，主碳链以2个碳的增量延长。因此可预知这些PKS系统产生PUFA产物所需的延长反应的次数。例如，产生DHA(C22:6，均为顺式)需要10次延长反应。由于在终产物中仅有6个双键，这意味着在某些反应循环期间，双键被保留(作为顺式异构体)，而在其它循环期间，双键在下一步延长前被还原。

    在发现海洋细菌的PUFA PKS系统(参见美国专利号6,140,486)前，还不了解PKS系统具有这种反复性和选择性酶反应的组合，且认为它们不能以顺式构型产生碳-碳双键。然而，本发明所述PUFA PKS系统具有导入顺式双键的能力和改变循环中反应顺序的能力。

    因此，本发明人提出使用PUFA PKS系统的这些特征生产以前所述(II型，I型和模块型)PKS系统不能产生的各种生物活性分子。这些生物活性分子包括，但不限于，多不饱和脂肪酸(PUFA)，抗生素或其它生物活性化合物，其中许多分子将在下文讨论。例如，使用本文所述PUFA PKS基因结构的知识，可使用许多方法中的任一种改变PUFA PKS基因，或者将这些基因的部分与包括其它PKS系统的其它合成系统结合以便产生新产物。该系统的特定类型同时进行反复性和选择性反应的内在能力使得该系统能够产生对PKS系统的其它类型采用相似方法不能发现的产物。

    在一个方面，根据本发明的PUFA PKS系统包含至少下列生物活性结构域：(a)至少两个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域；(b)至少6个酰基载体蛋白(ACP)结构域；(c)至少两个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域；(d)至少一个酰基转移酶(AT)结构域；(e)至少一个酮还原酶(KR)结构域；(f)至少两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域；(g)至少一个链长因子(CLF)结构域；和(h)至少一个丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)结构域。这些结构域的功能分别是本领域公知的且在下文关于本发明的PUFAPKS系统中将进行详细描述。

    在另一实施方案中，PUFA PKS系统包含至少下列生物活性结构域：(a)至少一个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域；(b)多个酰基载体蛋白(ACP)结构域(至少4个，且优选至少5个，且更优选至少6个，甚至更优选7，8，9，或9个以上)；(c)至少两个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域；(d)至少一个酰基转移酶(AT)结构域；(e)至少一个酮还原酶(KR)结构域；(f)至少两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域；(g)至少一个链长因子(CLF)结构域；和(h)至少一个丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)结构域。优选的是，该PUFA PKS系统是非细菌PUFA-PKS系统。

    在一个实施方案中，本发明的PUFA PKS系统是非细菌PUFA PKS系统。换句话说，在一个实施方案中，本发明的PUFA PKS系统从不是细菌的生物体中分离，或者是来自不是细菌的诸如真核生物或古细菌的生物体的PUFAPKS系统的同源物或衍生物。真核生物根据细胞的分化程度与原核生物区分开来。具有更多分化的高等群体称为真核生物。具有较少分化的细胞的低等其它称为原核生物。一般来说，原核生物不具有核膜，细胞分裂期间不表现为有丝分裂，仅有一个染色体，其细胞质含有70S核糖体，它们不具有任何线粒体，内质网，叶绿体，溶酶体，或高尔基体，其鞭毛(如果存在)由单一原纤维组成。相反真核生物具有核膜，它们在细胞分裂期间表现为有丝分裂，它们具有许多染色体，其细胞质含有80S核糖体，它们具有线粒体，内质网，叶绿体(在藻类中)，溶酶体和高尔基体，且其鞭毛(如果存在)由许多原纤维组成。一般来说，细菌是原核生物，而藻类，真菌，原生生物，原生动物和高等植物是真核生物。海洋细菌(例如，希瓦氏菌属和Vibrio marinus)的PUFAPKS系统不是本发明的基础，尽管本发明确实包含使用来自这些细菌PUFAPKS系统的结构域与本发明的非细菌PUFA PKS系统的结构域相结合。例如，根据本发明，可产生遗传修饰的生物体，它掺入了非细菌PUFA PKS功能域与细菌PUFA PKS功能域，以及来自其它PKS系统(I型，II型，模块型)或FAS系统的PKS功能域或蛋白质。

    Schizochytrium是以DHA和鲱油酸(DPA；22:5ω-6)积累大量三酰甘油，例如，占干重30％的DHA+DPA的Thraustochytrid海洋微生物(Barclay等，J.Appl.Phycol.6，123(1994))。在通过延长/去饱和途径合成20-和22-碳PUFA的真核生物中，18-，20-和22-碳中间体的分子库相当大，因此使用[14C]-乙酸盐的体内标记实验揭示了预期中间体的清楚前体-产物动力学(Gellerman等，Biochim.Biophys.Acta 573：23(1979))。另外，给该生物体提供的外源性放射标记的中间体转变成最终的PUFA产物。本发明人显示了[1-14C]-乙酸盐迅速被Schizochytrium细胞吸收且掺入脂肪酸，但在最短标记时间(1分钟)时，在脂肪酸中回收到含有31％标记的DHA，且该百分数在10-15分钟的[14C]-乙酸盐掺入和随后24小时的培养物生长期间基本上保持不变(参见实施例3)。同样，DPA通过实验表现出10％的标记。没有证据表明在16-或18-碳脂肪酸与22-碳多不饱和脂肪酸之间存在前体-产物关系。这些结果与从包含极小(很可能与酶结合的)中间体库的[14C]-乙酸盐迅速合成DHA一致。来自Schizochytrium培养物的无细胞匀浆将[1-14C]-丙二酰-CoA掺入DHA，DPA，和饱和脂肪酸中。相同的生物合成活性在100,000xg的上清成分中保留但在膜沉淀中不存在。因此，Schizochytrium中的DHA和DPA合成不涉及类似于其它真核生物所述膜结合的去饱和酶或脂肪酸延长酶(Parker-Barnes等，2000，出处同上；Shanklin等，1998，出处同上)。这些分级分离数据与从希瓦氏菌属酶获得的数据相反(参见Metz等，2001，出处同上)且表明Schizochytrium酶使用不同的(可溶性)酰基受体分子，例如CoA。

    在共同未决的美国申请系列号09/231,899中，从Schizochytrium构建了cDNA文库且测序了约8,000个随机克隆(ESTs)。在这些资料组中，仅鉴定了一个中度表达的基因(全部序列的0.3％)是脂肪酸去饱和酶，尽管一个单一克隆(0.01％)代表第二个推定的去饱和酶。相反，图2中所示的与希瓦氏菌属PKS基因的11个结构域中的8个表现出同源性的序列均以0.2-0.5％的频率被鉴定。在美国申请系列号09/231,899中，测序了与希瓦氏菌属PKS基因表现出同源性的几个cDNA克隆，且各种克隆装配成代表两个部分可读框和一个完整可读框的核酸序列。含有美国申请系列号09/231,899所述第一个部分可读框的cDNA序列的核苷酸390-4443(其中称为SEQ ID NO：69)与本文称为OrfA的序列(SEQ ID NO：1)的核苷酸4677-8730(加上终止密码子)匹配。含有美国申请系列号09/231,899所述第二个部分可读框的cDNA序列的核苷酸1-4876(其中称为SEQ ID NO：71)与本文称为OrfB的序列(SEQ IDNO：3)的核苷酸1311-6177(加上终止密码子)匹配。含有美国申请系列号09/231,899所述完全可读框的cDNA序列的核苷酸145-4653(其中称为SEQID NO：76且错误地称为部分可读框)与本文称为OrfC的序列(SEQ ID NO：5)的整个序列(加上终止密码子)匹配。

    本发明人对cDNA和基因组克隆的进一步测序得以鉴定OrfA，OrfB和OrfC各自的全长基因组序列并完全鉴定了与希瓦氏菌属中的那些结构域同源的结构域(参见图2)。应注意在Schizochytrium中，基因组DNA与cDNA相同，因为根据本发明人的了解，在该生物体基因组中没有内含子。因此，提及来自Schizochytrium的核苷酸序列时可以是指基因组DNA或cDNA。根据Schizochytrium PKS结构域与希瓦氏菌属的比较，很明显Schizochytrium基因组编码与希瓦氏菌属中能够催化EPA合成的蛋白质高度相似的蛋白质。Schizochytrium中的该蛋白质构成催化DHA和DPA合成的PUFAPKS系统。正如本文进行的详细讨论，对希瓦氏菌属鉴定的反应程序的简单修饰将允许在Schizochytrium中合成DHA。原核希瓦氏菌属和真核Schizochytrium基因之间的同源性表明PUFAPKS进行横向(1ateral)基因转移。

    图1是来自Schizochytrium PUFA PKS系统的三个可读框的示意图，且包括该PUFA PKS系统的结构域结构。正如下面实施例1所述，各可读框的结构域结构如下：

    可读框A(OrfA)：

    OrfA的完整核苷酸序列在本文中表示为SEQ ID NO：1。SEQ ID NO：1的核苷酸4677-8730相应于美国申请系列号09/231,899中称为SEQ ID NO：69的序列的核苷酸390-4443。因此，SEQ ID NO：1的核苷酸1-4676代表在美国申请系列号09/231,899中未公开的另一序列。SEQ ID NO：1的这一新区域编码OrfA中的下列结构域：(1)ORFA-KS结构域；(2)ORFA-MAT结构域；和(3)至少部分ACP结构域的区域(例如，至少ACP结构域1-4)。应注意美国申请系列号09/231,899中的SEQ ID NO：69的核苷酸1-389与本文公开的SEQ ID NO：1中位置4677上游的389个核苷酸不匹配。因此，美国申请系列号09/231,899中SEQ ID NO：69的位置1-389似乎错误地放在该序列的核苷酸390-4443之后。这些前389个核苷酸中大多数(约位置60-389)与本发明的OrfA(SEQ ID NO：1)上游部分匹配，因此据信在美国申请系列号09/231,899中在制备连续的cDNA构建体的工作中出现了错误。在美国申请系列号09/231,899中出现排序错误的区域在高度重复序列的区域内(即，下面讨论的ACP区域)，很可能在从各种cDNA克隆装配该序列时产生了某种混淆。

    OrfA是一个8730个核苷酸的序列(不包括终止密码子)，它编码本文表示为SEQ ID NO：2的2910个氨基酸的序列。OrfA内有12个结构域：(a)一个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域；(b)一个丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)结构域；(c)9个酰基载体蛋白(ACP)结构域；和(d)一个酮还原酶(KR)结构域。

    OrfA的核苷酸序列以登录号AF378327(氨基酸序列登录号AAK728879)保存在GenBank中。在标准BLAST检索(在所有6个可读框中用标准默认参数进行BLAST 2.0 Basic BLAST同源性检索，使用blastp进行氨基酸检索，blastn用于核酸检索，且blastX用于核酸检索和翻译的氨基酸序列检索，其中，通过默认筛选查询序列的低复杂性区域(在Altschul，S.F.，Madden，T.L.，Schaaffer，A.A.，Zhang，J.，Zhang，Z.，Miller，W.& Lipman，D.J.(1997)，“间隔的BLAST和PSI-BLAST：新产生的蛋白质数据库检索程序”。Nucleic AcidsRes.25：3389-3402中描述，本文引用以其整体作为参考))中比较了OrfA与已知的序列。在核酸水平上，OrfA与任何已知的核苷酸序列没有明显的同源性。在氨基酸水平上，与ORFA同源性程度最高的序列是：念珠藻属种类7120异型囊胞糖脂合酶(登录号NC_003272)，它与ORFA在1001个氨基酸残基上有42％相同；和Moritella marinus(Vibrio marinus)ORF8(登录号AB025342)，它与ORFA在993个氨基酸残基上有40％相同。

    OrfA的第一个结构域是KS结构域，本文也称为ORFA-KS。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：1(OrfA)的约位置1和40之间的起始位点到SEQID NO：1的约位置1428和1500之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFA-KS结构域的序列的核苷酸序列在本文中表示为SEQ ID NO：7(SEQID NO：1的位置1-1500)。含有KS结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：2(ORFA)的约位置1和14之间的起始位点到SEQ ID NO：2的约位置476和500之间的终止位点。含有ORFA-KS结构域的氨基酸序列本文表示为SEQID NO：8(SEQ ID NO：2的位置1-500)。应注意ORFA-KS结构域含有一个活性位点基序：DXAC*(*酰基结合位点C215)。

    根据本发明，具有3-酮脂酰-ACP合酶(KS)生物学活性(功能)的结构域或蛋白质鉴定为完成FAS(和PKS)延长反应循环起始步骤的酶。用于延长的酰基基团通过硫酯键连接到酶活性位点的半胱氨酸残基上。在多步反应中，酰基酶进行与丙二酰-ACP的缩合形成酮脂酰-ACP，CO2和游离酶。KS在延长循环中起关键作用且在许多系统中表现出比该反应循环中的其它酶具有更大的底物特异性。例如，大肠杆菌具有三个不同的KS酶，它们在该生物体的生理学中分别具有各自特定的作用(Magnuson等，Microbiol.Rev.57，522(1993))。PUFA-PKS系统的这两个KS结构域在PUFA生物合成反应程序中具有不同的作用。

    作为一类酶，KS已被充分鉴定。许多证实的KS基因的序列是已知的，已经鉴定了活性位点基序且测定了一些的晶体结构。由于属于KS酶家族，通过与已知KS序列的同源性可容易地鉴定该蛋白质。

    OrfA的第二个结构域是MAT结构域，本文也称为ORFA MAT。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：1(OrfA)的约位置1723和1798之间的起始位点到SEQ ID NO：1的约位置2805和3000之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFA-MAT结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：9(SEQ ID NO：1的位置1723-3000)。含有MAT结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：2(ORFA)的约位置575和600之间的起始位点到SEQ ID NO：2的约位置935和1000之间的终止位点。含有ORFA-MAT结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：10(SEQ ID NO：2的位置575-1000)。应注意该ORFA-MAT结构域含有一个活性位点基序：GHS*XG(*酰基结合位点S706)，本文表示为SEQ ID NO：11。

    根据本发明，具有丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)生物学活性(功能)的结构域或蛋白质鉴定为从丙二酰-CoA转移丙二酰半分子到ACP的结构域或蛋白质。除了该活性位点基序(GxSxG)外，这些酶具有一个延长的基序和关键位置的Q氨基酸，因此将它们鉴定为MAT酶(与Schizochytrium Orf B的AT结构域相反)。在一些PKS系统(但不是PUFA PKS结构域)中，MAT结构域优先将甲基-或乙基-丙二酰装载到ACP基团上(从相应的CoA酯)，从而在线型碳链中导入分支。MAT结构域可通过其与已知MAT序列的同源性和其延长的基序结构被识别。

    OrfA的结构域3-11是9个串连的ACP结构域，本文也称为ORFA-ACP(该序列的第一个结构域是ORFA-ACP1，第二个结构域是ORFA-ACP2，第三个结构域是ORFA-ACP3，等)。第一个ACP结构域，即ORFA-ACP1包含在覆盖从SEQ ID NO：1(OrfA)的约位置3343到约位置3600的核苷酸序列内。含有编码ORFA-ACP1结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：12(SEQ ID NO：1的位置3343-3600)。含有第一个ACP结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：2的约位置1115到约位置1200。含有ORFA-ACP1结构域的氨基酸序列在本文中表示为SEQ ID NO：13(SEQ ID NO：2的位置1115-1200)。应注意该ORFA-ACP1结构域含有一个活性位点基序：LGIDS*(*泛酰巯基乙胺结合基序S1157)，本文以SEQ IDNO：14表示。

    所有9个ACP结构域的核苷酸和氨基酸序列高度保守且，因此各结构域的序列在本文中没有用单独的序列标识符表示。然而，根据本文公开的信息，本领域的技术人员可容易地测定含有其它8个ACP结构域中每一个的序列(参见下面的讨论)。

    所有9个ACP结构域一起覆盖从SEQ ID NO：1的约位置3283到约位置6288的OrfA区域，它相应于SEQ ID NO：2从约1095到约2096的氨基酸位置。含有所有9个结构域的全部ACP区域的核苷酸序列在本文中表示为SEQ ID NO：16。以SEQ ID NO：16表示的区域包括各个ACP结构域之间的接头片段。9个结构域的重复间隔为SEQ ID NO：16中约每隔330个核苷酸(相邻活性位点丝氨酸之间测定的实际氨基酸数目范围从104到116个氨基酸)。9个ACP结构域中每个含有一个泛酰巯基乙胺结合基序LGIDS*(本文中以SEQ ID NO：14表示)，其中S*是泛酰巯基乙胺结合位点丝氨酸(S)。泛酰巯基乙胺结合位点丝氨酸(S)位于各ACP结构域序列的中心。ACP结构域区域的每个末端和各ACP结构域之间是高度富含脯氨酸(P)和丙氨酸(A)的区域，据信它是接头区域。例如，ACP结构域1和2之间是序列：APAPVKAAAPAAPVASAPAPA，本文表示为SEQ ID NO：15。9个ACP结构域中每一个的活性位点丝氨酸残基(即，泛酰巯基乙胺结合位点)的位置，相对于SEQ ID NO：2的氨基酸序列如下：ACP1＝S1157；ACP2＝S1266；ACP3＝S1377；ACP4＝S1488；ACP5＝S1604；ACP6＝S1715；ACP7＝S1819；ACP8＝S1930；和ACP9＝S2034。由于ACP结构域的平均大小是约85个氨基酸，不包括接头，且包括接头为约110个氨基酸，且活性位点丝氨酸约位于该结构域的中心，因此本领域的技术人员可容易地测定OrfA中9个ACP结构域中每一个的位置。

    根据本发明，具有酰基载体蛋白(ACP)生物学活性(功能)的结构域或蛋白质鉴定为小多肽(一般80到100个氨基酸长)，它通过与该蛋白质的共价结合的辅因子的硫酯键连接用作延长脂肪酸链的载体。它们作为分离的单位或者作为更大蛋白质内的结构域存在。ACPs通过将CoA的磷酸泛酰巯基乙胺基(phosphopantetheinyl)半分子转移到ACP高度保守的丝氨酸残基上从失活的无活性形式转变成有功能的有活性形式。酰基基团通过在磷酸泛酰巯基乙胺基半分子游离末端的硫酯键附着到ACP上。通过用放射性泛酰巯基乙胺标记和通过与已知ACPs的序列同源性可鉴定ACPs。存在上述基序(LGIDS*)的变异体也是ACP的一个标记。

    OrfA中的结构域12是KR结构域，本文也称为ORFA-KR。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：1的约位置6598的起始位点到SEQ ID NO：1的约位置8730的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFA-KR结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：17(SEQ ID NO：1的位置6598-8730)。含有KR结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：2(ORFA)的约位置2200的起始位点到SEQ ID NO：2的约位置2910的终止位点。含有ORFA-KR结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：18(SEQ ID NO：2的位置2200-2910)。KR结构域内具有与短链乙醛脱氢酶(KR是该家族的一个成员)同源的核心区。该核心区跨越从SEQ ID NO：1的约位置7198至约位置7500，它相应于SEQ ID NO：2的氨基酸位置2400-2500。

    根据本发明，具有酮还原酶活性，也称为3-酮脂酰-ACP还原酶(KR)生物学活性(功能)的结构域或蛋白质鉴定为催化ACP的3-酮脂酰形式的吡啶-核苷-依赖型还原的结构域或蛋白质。它是脂肪酸从头生物合成延长循环中的第一个还原步骤和通常在聚酮化合物生物合成中进行的反应。观察到与烯酰ACP还原酶(ER)的一个家族，FAS的另一还原酶(但不是在PUFA PKS系统中存在的ER家族)，和短链乙醇脱氢酶家族有明显的序列相似性。对上述PUFA PKS区域的Pfam分析揭示了在核心区与短链乙醇脱氢酶家族的同源性。对相同区域的Blast分析揭示了核心区与已知的KR酶匹配且延长区与其它已鉴定的PUFA PKS系统的结构域同源。

    可读框B(OrfB)：

    OrfB的完整核苷酸序列在本文中表示为SEQ ID NO：3。SEQ ID NO：3的核苷酸1311-6177相应于美国申请系列号09/231,899中称为SEQ ID NO：71的序列的核苷酸1-4867(在美国申请系列号09/231,899中该cDNA序列在终止密码子之外含有约345个另外的核苷酸，包括polyA尾)。因此，SEQ IDNO：1的核苷酸1-1310代表在美国申请系列号09/231,899中未公开的另一序列。SEQ ID NO：3的这一新区域含有由OrfB编码的KS结构域的大部分。

    OrfB是一个6177个核苷酸的序列(不包括终止密码子)，它编码一个2059个氨基酸的序列，本文表示为SEQ ID NO：4。OrfB内有4个结构域：(a)一个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域；(b)一个链长因子(CLF)结构域；(c)一个酰基转移酶(AT)结构域；和，(d)一个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域。

    OrfB的核苷酸序列以登录号AF378328(氨基酸序列登录号AAK728880)保存在GenBank中。按上述标准BLAST检索比较了OrfB与已知序列。在核酸水平上，OrfB与任何已知的核苷酸序列没有明显的同源性。在氨基酸水平上，与ORFB同源性程度最大的序列是：与ORFB在458个氨基酸残基上有53％相同性的希瓦氏菌属种类假定蛋白(登录号U73935)；与ORFB在460个氨基酸残基上有53％相同性的Moritella marinus(Vibrio marinus)ORF11(登录号AB025342)；与ORFB在457个氨基酸残基上有52％相同性的Photobacterium profundumω-3多不饱和脂肪酸合酶PfaD(登录号AF409100)；和与ORFB在430个氨基酸残基上有53％相同性的念珠藻属种类7120假定蛋白(登录号NC_003272)。

    OrfB中的第一个结构域是KS结构域，本文也称为ORFB-KS。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：3(OrfB)的约位置1和43之间的起始位点到SEQ ID NO：3的约位置1332和1350之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFB-KS结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：19(SEQ ID NO：3的位置1-1350)。含有KS结构域的氨基酸序列覆盖从SEQID NO：4(ORFB)的约位置1和15之间的起始位点到SEQ ID NO：4的约位置444和450之间的终止位点。含有ORFB-KS结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：20(SEQ ID NO：4的位置1-450)。应注意ORFB-KS结构域含有一个活性位点基序：DXAC*(*酰基结合位点C196)。KS的生物学活性和鉴定具有该活性的蛋白质或结构域的方法在上文中描述。

    OrfB中的第二个结构域是CLF结构域，本文也称为ORFB-CLF。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：3(OrfB)的约位置1378和1402之间的起始位点到SEQ ID NO：3的约位置2682和2700之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFB-CLF结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：21(SEQ ID NO：3的位置1378-2700)。含有CLF结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：4(ORFB)的约位置460和468之间的起始位点到SEQ ID NO：4的约位置894和900之间的终止位点。含有ORFB-CLF结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：22(SEQ ID NO：4的位置460-900)。应注意ORFB-CLF结构域含有KS活性位点基序但没有结合酰基的半胱氨酸。

    根据本发明，一个结构域或蛋白质根据下面的理论称为链长因子(CLF)。CLF最初描述为具有II型(分离的酶)PKS系统的特征且假定在确定延长循环的次数，从而确定终产物的链长中起作用。CLF的氨基酸序列与KS结构域具有同源性(且认为与KS蛋白质形成异二聚体)，但是它们没有活性位点半胱氨酸。CLF在PKS系统中的作用目前尚有争议。新证据(C.Bisang等，Nature401,502(1999))表明在PKS系统的引发中起作用(提供需要延长的起始酰基基团)。在该作用中，据认为CLF结构域使丙二酸盐(以丙二酰-ACP)去羧基，从而形成可转移到KS活性位点的乙酸基团。因此该乙酸盐充当可进行起始延长(缩合)反应的“引发”分子。已经鉴定了II型CLF的同源物在一些模块型PKS系统中是“装载”结构域。具有CLF序列特征的结构域在所有目前鉴定的PUFA PKS系统中均被发现且在各种情况下均发现它是多结构域蛋白的一部分。

    在OrfB中的第三个结构域是AT结构域，本文也称为ORFB-AT。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：3(OrfB)的约位置2701和3598之间的起始位点到SEQ ID NO：3的约位置3975和4200之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFB-AT结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：23(SEQ ID NO：3的位置2701-4200)。含有AT结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：4(ORFB)的约位置901和1200之间的起始位点到SEQ ID NO：4的约位置1325和1400之间的终止位点。含有ORFB-AT结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ IDNO：24(SEQ IDNO：4的位置901-1400)。应注意该ORFB-AT结构域含有活性位点基序GxS*xG(*酰基结合位S1140)，它是酰基转移酶(AT)蛋白的特征。

    “酰基转移酶”或“AT”是指能进行许多不同酰基转移反应的一大类酶。Schizochytrium结构域与目前检查的所有其它PUFA PKS系统中存在的结构域具有较好的同源性且与鉴定为具有特异性功能的一些酰基转移酶(例如，与丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶，MAT)具有极弱的同源性。尽管与MAT的同源性弱，据信该AT结构域不起MAT的作用，因为它不具有该酶的延长基序结构特征(参见上文的MAT结构域描述)。为了本说明书的目的，PUFAPKS系统中的AT结构域的功能包括，但不限于：将脂肪酰基从ORFA ACP结构域转移到水上(即，硫酯酶-以游离脂肪酸释放脂肪酰基)，将脂肪酰基基团转移到诸如CoA的受体上，在各种ACP结构域之间转移酰基，或者将脂肪酰基转移到亲脂受体分子(例如，溶血磷脂酸)上。

    OrfB中的第四个结构域是ER结构域，本文也称为ORFB-ER。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：3(OrfB)的约位置4648的起始位点到SEQ IDNO：3的约位置6177的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFB-ER结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：25(SEQ ID NO：3的位置4648-6177)。含有ER结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：4(ORFB)的约位置1550的起始位点到SEQ ID NO：4的约位置2059的终止位点。含有ORFB-ER结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：26(SEQ ID NO：4的位置1550-2059)。

    根据本发明，该结构域具有烯酰还原酶(ER)的生物学活性。ER酶还原脂酰-ACP中的反式双键(由DH活性导入)，导致这些碳完全饱和。PUFA PKS中的ER结构域与新鉴定的ER酶家族(Heath等，Nature 406，145(2000))具有同源性。Heath和Rock通过从肺炎链球菌克隆目的基因，纯化从该基因表达的蛋白质，并表明它在体外试验中具有ER活性鉴定了ER酶的这一新类型。OrfB的Schizochytrium ER结构域的序列与肺炎链球菌ER蛋白质具有同源性。目前检查的所有PUFA PKS系统均含有至少一个具有与SchizochytriumER结构域同源性极高的序列的结构域。Schizochytrium PUFA PKS系统含有两个ER结构域(一个在OrfB上，一个在OrfC上)。

    可读框C(OrfC)：

    OrfC的完整核苷酸序列在本文中表示为SEQ ID NO：5。SEQ ID NO：5的核苷酸1-4509(即，完整可读框序列，不包括终止密码子)相应于美国申请系列号09/231,899中称为SEQ ID NO：76的序列的核苷酸145-4653(美国申请系列号09/231,899中的cDNA序列在OrfC起始密码子的上游含有约144个核苷酸且在终止密码子之后含有约110个核苷酸，包括polyA尾)。OrfC是一个4509个核苷酸的序列(不包括终止密码子)，它编码1503个氨基酸的序列，本文表示为SEQ ID NO：6。OrfC内含有3个结构域：(a)两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域；和(b)一个烯酰ACP还原酶(ER)结构域。

    OrfC的核苷酸序列以登录号AF378329(氨基酸序列登录号AAK728881)保存在GenBank中。按上述标准BLAST检索比较了OrfC与已知序列。在核酸水平上，OrfC与任何已知的核苷酸序列没有明显的同源性。在氨基酸水平(Blastp)上，与ORFC同源性程度最大的序列是：与ORFC在514个氨基酸残基上有45％相同性的Moritella marinus(Vibrio marinus)ORF11(登录号AB025342)；与ORFC在447个氨基酸残基上有49％相同性的希瓦氏菌属种类假定蛋白8(登录号U73935)；与ORFC在430个氨基酸残基上有49％相同性的念珠藻属种类假定蛋白(登录号NC_003272)；和与ORFC在930个氨基酸残基上有37％相同性的希瓦氏菌属种类假定蛋白7(登录号U73935)。

    OrfC中的第一个结构域是DH结构域，本文也称为ORFC-DH1。它是OrfC中的两个DH结构域之一，因此命名为DH1。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：5(OrfC)的约位置1和778之间的起始位点到SEQ ID NO：5的约位置1233和1350之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFC-DH1结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：27(SEQ ID NO：5的位置1-1350)。含有DH1结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：6(ORFC)的约位置1和260之间的起始位点到SEQ ID NO：6的约位置411和450之间的终止位点。含有ORFC-DH1结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：28(SEQ ID NO：6的位置1-450)。

    PUFA PKS系统中两个DH结构域(见下文DH2)的特征已经在前面部分中描述。这类酶从β-酮脂酰-ACP去掉HOH并在碳链中留下反式双键。PUFAPKS系统的DH结构域与细菌的FAS系统相关性DH酶(而不是其它PKS系统的DH结构域)具有同源性。细菌DH的一个亚型，即FabA-样DH，具有顺反异构酶活性(Heath等，J.Biol.Chem.，271，27795(1996))。它与FabA-样DH具有同源性表明DH结构域之一或者两个同时负责在PUFA PKS产物中插入顺式双键。

    OrfC中的第二个结构域是DH结构域，本文也称为ORFC-DH2。它是OrfC中两个DH结构域的第二个，因此命名为DH2。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：5(OrfC)的约位置1351和2437之间的起始位点到SEQ ID NO：5的约位置2607和2850之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFC-DH2结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：29(SEQ IDNO：5的位置1351-2850)。含有DH2结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：6(ORFC)的约位置451和813之间的起始位点到SEQ ID NO：6的约位置869和950之间的终止位点。含有ORFC-DH2结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：30(SEQ ID NO：6的位置451-950)。DH的生物学活性已在上文中描述。

    OrfC中的第三个结构域是ER结构域，本文也称为ORFC-ER。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：5(OrfC)的约位置2998的起始位点到SEQ IDNO：5的约位置4509的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFC-ER结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：31(SEQ ID NO：5的位置2998-4509)。含有ER结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：6(ORFC)的约位置1000的起始位点到SEQ ID NO：6的约位置1502的终止位点。含有ORFC-ER结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：32(SEQ ID NO：6的位置1000-1502)。ER的生物学活性已在上文中描述。

    本发明的一个实施方案涉及含有来自非细菌PUFA PKS系统的核酸序列，其同源物，其片段，和/或与任一该核酸序列互补的核酸序列的分离的核酸分子。在一个方面，本发明涉及含有选自下组的核酸序列的分离核酸分子：(a)编码选自由SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6及其生物学活性片段组成的组中的氨基酸序列的核酸序列；(b)编码选自SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ IDNO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ I8，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列；(c)编码与(a)所述氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列，其中所述氨基酸序列具有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的生物学活性；(d)编码与(b)所述氨基酸序列有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列，其中所述氨基酸序列具有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的生物学活性；或(e)与(a)，(b)，(c)，或(d)的核酸序列完全互补的核酸序列。在另一实施方案中，本发明涉及包含编码几个PUFA PKS结构域的活性位点结构域或上述其它功能基序的序列的核酸序列。

    根据本发明，具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性的氨基酸序列是具有以Schizochytrium PUFA PKS系统例证的，本文详细描述的PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性的氨基酸序列。Schizochytrium PUFA PKS系统内的各结构域的生物学活性已在上文中详细描述。因此，本发明的分离的核酸分子可编码任一PUFA PKS可读框的翻译产物，PUFA PKS结构域，其生物学活性片段，或天然PUFA PKS可读框或具有生物学活性的结构域的任一同源物。给定蛋白质或结构域的同源物是具有与天然对照氨基酸序列(即，对照蛋白质或结构域)区别在于有一个或几个，但不限于一个或几个的氨基酸缺失(例如，蛋白质的截短形式，如肽或片段)，插入，颠倒，取代和/或衍生化(例如，通过糖基化，磷酸化，乙酰化，豆蔻酰化，异戊二烯化，棕榈酸化，酰胺化和/或添加糖基磷脂酰肌醇)的氨基酸序列的蛋白质或多肽。PUFA PKS蛋白质或结构域的优选同源物在下文详细描述。应注意同源物可包括合成产生的同源物，给定蛋白质或结构域的天然等位变异体，或来自不同于产生对照序列的生物的生物体的同源序列。

    一般来说，蛋白质或结构域的生物学活性或生物学作用是指体内(即，在该蛋白质的天然生理学环境中)或体外(即，在实验室条件下)测量或观察时由该蛋白质或结构域表现或完成的归因于该蛋白质或结构域的天然存在形式的任何功能。PUFA PKS系统和组成PUFA PKS系统的单个蛋白质/结构域的生物学活性本文在别处有详细描述。蛋白质或结构域的修饰，例如在同源物或模拟物(在下面讨论)中的修饰可产生与天然蛋白质或结构域具有相同生物学活性的蛋白质或结构域，或者产生与天然蛋白质或结构域相比具有降低或增加的生物学活性的蛋白质或结构域。导致蛋白质或结构域表达降低或活性降低的修饰可称为蛋白质或结构域的失活(完全或部分)，下调，或作用减小。同样，导致蛋白质或结构域的表达增加或活性增加的修饰可称为蛋白质或结构域的放大，超产，活化，增强，上调或作用增加。PUFA PKS系统的功能域是能够完成生物学功能(即，具有生物学活性)的结构域(即，结构域可以是蛋白质的一部分)。

    根据本发明，分离的核酸分子是从其天然环境中取出(即，对其进行了人工操作)的核酸分子，其天然环境是天然状态下发现该核酸分子的基因组或染色体。因此，“分离的”不必反映该核酸分子被纯化的程度，但是表明该核酸分子不包括天然状况下发现该核酸分子的完整基因组或完整染色体。分离的核酸分子可包括基因。包括基因的分离的核酸分子不是包括该基因的染色体的一个片段，而是包括编码区和与该基因相关的调控区，但是没有在同一染色体中天然发现的其它基因。分离的核酸分子也可包括一种特定的核酸序列，其侧翼(即，在该序列的5’和/或3’端)为天然状况下一般不是该特定核酸序列侧翼的其它核酸(即，异源序列)。分离的核酸分子可包括DNA，RNA(即，mRNA)，或DNA或RNA之一的衍生物(例如，cDNA)。尽管短语“核酸分子”主要是指物理学核酸分子且短语“核酸序列”主要是指核酸分子上的核苷酸序列，但是两个短语可交换使用，特别是对于能编码蛋白质或蛋白质的结构域的核酸分子或核酸序列。

    优选的是，使用重组DNA技术(即，聚合酶链式反应(PCR)扩增，克隆)或化学合成产生本发明的分离的核酸分子。分离的核酸分子包括天然的核酸分子及其同源物，包括，但不限于，天然等位基因变异体和修饰的核酸分子，其中的核苷酸以这样的方式插入，缺失，取代，和/或颠倒，即该修饰对本文所述PUFA PKS系统的生物学活性产生了所需的影响。蛋白质同源物(例如，由核酸同源物编码的蛋白质)在上文中已有详细讨论。

    可使用本领域的技术人员已知的许多方法来产生核酸分子同源物(参见，例如，Sambrook等，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，Cold SpringHarbor Labs Press，1989)。例如，可使用各种技术修饰核酸分子，该技术包括，但不限于，传统诱变技术和重组DNA技术，例如定点诱变，化学处理核酸分子以诱导突变，限制性酶裂解核酸片段，连接核酸片段，核酸序列选定区域的PCR扩增和/或诱变，合成寡核苷酸混合物并连接混合物组以“构建”核酸分子的混合体及其组合。通过筛选核酸编码的蛋白质的功能和/或通过与野生型基因杂交可从修饰的核酸混合物中选择核酸分子同源物。

    本发明的核酸分子大小的最小值是足以形成探针或寡核苷酸引物的大小，该探针或寡核苷酸引物与本发明中有用的核酸分子的互补序列能够形成稳定的杂交体(例如，在中等，高度或极高严格条件下)，或者其大小足以编码具有根据本发明的PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性的氨基酸序列。因此，编码这一蛋白质的核酸分子的大小取决于核酸组成和核酸分子与互补序列之间的同源性或相同性百分数以及杂交条件本身(例如，温度，盐浓度，和甲酰胺浓度)。用作寡核苷酸引物或探针的核酸分子大小的最小值一般是如果该核酸分子富含GC则为至少约12个到约15个核苷酸的长度且如果它们富含AT则为至少约15到约18个碱基的长度。对本发明的核酸分子大小的最大值没有限制，实际的限制是该核酸分子可包含足以编码PUPA PKS系统的结构域的生物活性片段，PUFA PKS系统的完整结构域，PUFA PKS系统的可读框(Orf)内的几个结构域，PUFA PKS系统的一个完整的Orf，或PUFA PKS系统的一个以上的Orf。

    在本发明的一个实施方案中，分离的核酸分子含有选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物活性片段的组中的核酸序列或基本上由其组成。在一个方面，该核酸序列选自：SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：17，SEQ ID NO：19，SEQ ID NO：21，SEQ IDNO：23，SEQ ID NO：25，SEQ ID NO：27，SEQ ID NO：29，和SEQ ID NO：31的组中。在本发明的一个实施方案中，可产生在给定氨基酸序列的C-和/或N-末端各侧带有从至少一个，到多达约20个添加的异源氨基酸的任一上述PUFA PKS的氨基酸序列，以及该序列的同源物。所得的蛋白质或多肽可称为“基本上由给定的氨基酸序列组成”。根据本发明，异源性氨基酸是天然状况下不是在给定氨基酸序列侧翼发现(即，体内天然状况下未发现)的或在该基因中存在时如果使用产生该给定氨基酸序列的生物的标准密码子用法翻译天然序列中的该核苷酸时，不由编码给定氨基酸序列的天然核酸序列侧翼的核苷酸编码的氨基酸序列。同样，短语“基本上由其组成”在本文中当用于指核酸序列时，是指编码给定氨基酸序列的核酸序列在编码给定氨基酸序列的核酸序列5’和/或3’末端各侧带有从至少一个到多达约60个添加的异源核苷酸。异源性核苷酸是在天然基因中存在时不是在编码给定氨基酸序列的核酸序列侧翼天然发现(即，体内天然状况下未发现)的。

    本发明还包括分离的核酸分子，它含有编码具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性的氨基酸序列的核酸序列。在一个方面，该核酸序列编码包括：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ IDNO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的任一Schizochytrium PUFA PKS ORFs或结构域的同源物，其中该同源物具有本文前面所述PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。

    在本发明的一个方面，本发明包含的Schizochytrium PUFA PKS蛋白质或结构域的同源物含有与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，和SEQ IDNO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列；其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。在另一方面，该同源物的氨基酸序列与SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4和SEQ ID NO：6中任一个的至少约600个连续氨基酸，且更优选至少约700个连续氨基酸，且更优选至少约800个连续氨基酸，且更优选至少约900个连续氨基酸，且更优选至少约1000个连续氨基酸，且更优选至少约1100个连续氨基酸，且更优选至少约1200个连续氨基酸，且更优选至少约1300个连续氨基酸，且更优选至少约1400个连续氨基酸，且更优选至少约1500个连续氨基酸，或与SEQ ID NO：6的全长有至少约60％的相同性。在另一方面，该同源物的氨基酸序列与SEQ ID NO：2或SEQ ID NO：4中任一个的至少约1600个连续氨基酸，且更优选至少约1700个连续氨基酸，且更优选至少约1800个连续氨基酸，且更优选至少约1900个连续氨基酸，且更优选至少约2000个连续氨基酸，或与SEQ ID NO：4的全长有至少约60％的相同性。在另一方面，该同源物的氨基酸序列与SEQ ID NO：2的至少约2100个连续氨基酸，且更优选至少约2200个连续氨基酸，且更优选至少约2300个连续氨基酸，且更优选至少约2400个连续氨基酸，且更优选至少约2500个连续氨基酸，且更优选至少约2600个连续氨基酸，且更优选至少约2700个连续氨基酸，且更优选至少约2800个连续氨基酸，且甚至更优选与SEQ IDNO：2的全长有至少约60％的相同性。

    在另一方面，本发明包含的Schizochytrium PUFA PKS蛋白质或结构域的同源物含有与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列在上段所述任一连续氨基酸长度上有至少约65％的相同性，且更优选至少约70％的相同性，且更优选至少约75％的相同性，且更优选至少约80％的相同性，且更优选至少约85％的相同性，且更优选至少约90％的相同性，且更优选至少约95％的相同性，且更优选至少约96％的相同性，且更优选至少约97％的相同性，且更优选至少约98％的相同性，且更优选至少约99％的相同性的氨基酸序列，其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。

    在本发明的一个方面，本发明包含的Schizochytrium PUFA PKS蛋白质或结构域的同源物含有与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列有至少约60％的相同性的氨基酸序列，其中所述氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。在另一方面，该同源物的氨基酸序列与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列有至少约65％的相同性，且更优选至少约70％的相同性，且更优选至少约75％的相同性，且更优选至少约80％的相同性，且更优选至少约85％的相同性，且更优选至少约90％的相同性，且更优选至少约95％的相同性，且更优选至少约96％的相同性，且更优选至少约97％的相同性，且更优选至少约98％的相同性，且更优选至少约99％的相同性，其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。

    根据本发明，术语“邻近的”或“连续的”对于本文所述核酸或氨基酸序列是指以不中断的序列相连。例如，对于第一个序列含有第二个序列的30个相邻(或连续)的氨基酸，是指第一个序列包含与第二个序列中30个氨基酸残基的不中断的序列具有100％相同性的30个氨基酸残基的不中断的序列。同样，对于第一个序列与第二个序列具有“100％相同性”是指第一个序列与第二个序列完全匹配，在核苷酸或氨基酸之间没有间隔。

    如本文所用，除非另有说明，对于相同性百分数(％)是指使用：(1)在所有6个可读框中用标准默认参数进行BLAST 2.0 Basic BLAST同源性检索，使用blastp进行氨基酸检索，blastn用于核酸检索，且blastX用于核酸检索和翻译的氨基酸检索，其中，通过默认筛选查询序列的低复杂性区域(在Altschul，S.F.，Madden，T.L.，Schaaffer，A.A.，Zhang，J.，Zhang，Z.，Miller，W.&Lipman，D.J.(1997)，“间隔的BLAST和PSI-BLAST：新产生的蛋白质数据库检索程序”。Nucleic Acids Res.25：3389-3402中描述，本文引用以其整体作为参考)；(2)BLAST 2序列对比(使用下述参数)；(3)和/或使用标准默认参数的PSI-BLAST(位置特异性重复BLAST)进行的同源性评估。应注意由于BLAST 2.0 Basic BLAST和BLAST 2之间在标准参数上的一些区别，两个特定序列使用BLAST 2程序可能认为具有明显的同源性，而使用一个序列作为查询序列以BLAST 2.0 Basic BLAST进行检索时在最匹配的序列中可能没有鉴定出第二个序列。另外，PSI-BLAST提供了一个“提问档(profile)”检索的自动的，容易使用的版本，它是寻找序列同源性的一个敏感途径。该程序首先进行有间隔的BLAST数据库检索。PSI-BLAST程序使用来自任何有效序列对比的信息返回构建位置特异性记分矩阵，它代替查询序列用于下一轮数据库检索。因此，应明白可使用这些程序中的任一种测定相同性百分数。

    使用Tatusova和Madden，(1999)，“Blast 2序列-用于比较蛋白质和核苷酸序列的一种新工具”，FEMS Microbiol Lett.174：247-250所述BLAST 2序列可互相对比两个具体序列，本文引用该文献以其整体作为参考。使用BLAST 2.0算法以blastp或blastn进行BLAST 2序列对比，在两个序列之间进行有间隔的BLAST检索(BLAST 2.0)允许在所得的序列对比中引入间隔(缺失和插入)。为了本文清楚的目的，使用如下标准默认参数进行BLAST 2序列对比。

    对于blasrn，使用0 BLOSUM62矩阵：

    匹配得分＝1

    错配罚分＝-2

    空出间隔(5)和延伸间隔(2)罚分

    间隔_x下降(dropoff)(50)期望(expect)(10)序列大小(word size)(11)筛选(上)

    对于blastp，使用0 BLOSUM62矩阵：

    空出间隔(11)和延伸间隔(1)罚分

    间隔_x下降(50)期望(10)序列大小(3)筛选(上)。

    在本发明的另一实施方案中，具有本发明的PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性的氨基酸序列包括与天然PUFA PKS蛋白质或多肽足够相似以致于编码该氨基酸序列的核酸序列在中等，高度，或极高严格条件(下文描述)下能够杂交到(即，与其杂交)编码天然PUFA PKS蛋白质或多肽的核酸分子(即，编码天然PUFA PKS蛋白质或多肽的核酸链的互补链)上的氨基酸序列。优选的是，具有本发明的PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性的氨基酸序列由这样一种核酸序列编码，即该核酸序列在中等，高度或极高严格条件下杂交到编码含有由SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ IDNO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ IDNO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32中任一个代表的氨基酸序列的蛋白质的核酸序列的互补链上。推定互补序列的方法对于本领域的技术人员是已知的。应注意由于氨基酸测序和核酸测序技术不是完全无误差的，因此本文提供的序列最多代表本发明的PUFA PKS结构域和蛋白质的表观序列。

    本文使用的杂交条件是指标准杂交条件，在该条件下使用核酸分子鉴定相似的核酸分子。该标准条件在例如，Sambrook等，Molecular Cloning：ALaboratory Manual，Cold Spring Harbor Labs Press，1989中公开。Sambrook等，出处同上，在本文中引用以其整体作为参考(具体参见，第9.31-9.62页)。另外，计算合适的杂交和洗涤条件以完成允许各种程度的核苷酸错配的杂交的公式在例如，Meinkoth等，1984，Ahal.Biochem.138，267-284中公开；Meinkoth等，出处同上，在本文中引用以其整体作为参考。

    更具体地说，本文提及的中等严格的杂交和洗涤条件是指在杂交反应中允许分离与用于探测的核酸分子具有至少约70％的核酸序列相同性的核酸分子的条件(即，允许约30％或更少的核苷酸错配的条件)。本文提及的高度严格的杂交和洗涤条件是指在杂交反应中允许分离与用于探测的核酸分子具有至少约80％的核酸序列相同性的核酸分子的条件(即，允许约20％或更少的核苷酸错配的条件)。本文提及的极高严格的杂交和洗涤条件是指在杂交反应中允许分离与用于探测的核酸分子具有至少约90％的核酸序列相同性的核酸分子的条件(即，允许约10％或更少的核苷酸错配的条件)。如上所述，本领域技术人员可使用Meinkoth等，出处同上中的公式计算合适的杂交和洗涤条件以达到这些特定的核苷酸错配水平。该条件可依赖于形成的是DNA∶RNA还是DNA∶DNA杂交体而变化。计算的DNA∶DNA杂交体的解链温度比DNA∶RNA杂交体低10℃。在具体实施方案中，DNA∶DNA杂交体的严格杂交条件包括在6X SSC(0.9M Na+)的离子强度下在约20℃和约35℃之间(低度严格)，更优选的是，在约28℃和约40℃之间(更严格)，且甚至更优选的是，在约35℃和约45℃之间(甚至更严格)的温度下，在合适的洗涤条件下的杂交。在具体实施方案中，DNA∶RNA杂交体的严格杂交条件包括在6X SSC(0.9M Na+)的离子强度下在约30℃和约45℃之间，更优选的是，在约38℃和约50℃之间，且甚至更优选的是，在约45℃和约55℃之间的温度下，以同样严格的洗涤条件的杂交。这些值根据大于约100个核苷酸，0％甲酰胺和约40％的G+C含量的分子的解链温度计算。另外，可按Sambrook等，出处同上，第9.31至9.62页提供的经验计算Tm值。一般来说，洗涤条件应当尽可能严格，且对于选定的杂交条件应是合适的。例如，杂交条件可包括盐和温度条件的组合，该温度比计算的特定杂交体的Tm低约20-25℃，且洗涤条件一般包括盐和温度条件的组合，该温度比计算的特定杂交体的Tm低约12-20℃。适用于DNA∶DNA杂交体的杂交条件的一个例子包括在6X SSC(50％甲酰胺)中在约42℃下杂交2-24小时，接着进行洗涤步骤，包括在室温下在约2X SSC中的一次或多次洗涤，接着在更高温度和更低离子强度下进一步洗涤(例如，在约37℃下在约0.1X-0.5X SSC中洗涤至少一次，接着在约68℃下在约0.1X-0.5X SSC中洗涤至少一次)。

    本发明的另一实施方案包括含有重组载体和核酸分子的重组核酸分子，其中的核酸分子含有的核酸序列编码具有本文所述PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性的氨基酸序列。该核酸序列在上文中有详细描述。根据本发明，重组载体是一种改造的(即，人工产生的)核酸分子，它用作处理选定核酸序列并将该核酸序列导入宿主细胞的工具。因此重组载体适用于克隆，测序，和/或处理选定的核酸序列，例如通过表达和/或传递选定的核酸序列到宿主细胞中以形成重组细胞。该载体一般含有异源核酸序列，异源核酸序列是天然状况下未发现与需要克隆或传递的核酸序列相连的核酸序列，尽管该载体也可含有天然状况下发现与本发明的核酸分子相连的或者用于表达本发明的核酸分子的调控核酸序列(例如，启动子，非翻译区)(下面详细讨论)。该载体可以是RNA或者是DNA，是原核的或者真核的，且一般是一种质粒。该载体可作为染色体外因子(例如，质粒)维持或者可整合进重组生物(例如，微生物或植物)的染色体中。该完整载体可在宿主细胞内适当保留，或者在某些情况下，可删除质粒DNA，留下本发明的核酸分子。整合的核酸分子可在染色体启动子控制下，在自身的或质粒的启动子控制下，或者在一些启动子的结合控制下。可整合单个或多个拷贝的核酸分子进入染色体中。本发明的重组载体可含有至少一个选择标记。

    在一个实施方案中，用于本发明的重组核酸分子的重组载体是一种表达载体。本文所用的短语“表达载体”用于指适合于产生编码产物(例如，目的蛋白)的载体。在该实施方案中，将编码需要产生的产物(例如，PUFA PKS结构域)的核酸序列插入重组载体中以产生重组核酸分子。编码需要产生的蛋白质的核酸序列以这样的方式插入载体中，即将该核酸序列与载体中的调控序列可操作地连接使得能够在重组宿主细胞内转录和翻译该核酸序列。

    在另一实施方案中，用于本发明的重组核酸分子的重组载体是一种定向载体。本文所用的短语“定向载体”用于指这样一种载体，即它用于将特定核酸分子传递进重组宿主细胞，其中该核酸分子用于删除或灭活宿主细胞或微生物内的内源性基因(即，用于定向基因破坏或敲除技术)。该载体本领域也称为“敲除”载体。在该实施方案的一个方面，该载体的一部分，但更典型的是插入载体中的核酸分子(即，插入片段)具有与宿主细胞中靶基因(即，删除或失活针对的基因)的核酸序列同源的核酸序列。载体插入片段的核酸序列设计成与靶基因结合以便靶基因与插入片段进行同源重组，从而删除，灭活或减弱该内源性靶基因(即，通过突变或删除至少一部分内源性靶基因)。

    一般来说，重组核酸分子包括与一个或多个转录调控序列可操作地相连的至少一个本发明的核酸分子。本文所用的短语“重组分子”或“重组核酸分子”主要是指与转录调控序列可操作地相连的核酸分子或核酸序列，但是当核酸分子是本文讨论的重组分子时，上述短语可与短语“核酸分子”交换使用。根据本发明，短语“可操作地相连”是指核酸分子与转录调控序列以这样的方式相连，即该连接使得该分子转染(即，转化，转导，转染，接合或导入)进宿主细胞时能够表达。转录调控序列是控制转录开始，延长，或终止的序列。特别重要的转录调控序列是那些控制转录开始的序列，例如启动子，增强子，操纵子和阻抑序列。合适的转录调控序列包括在该重组核酸分子导入的宿主细胞或生物体中能起作用的任何转录调控序列。

    本发明的重组核酸分子也可含有其它调控序列，例如翻译调控序列，复制起点，和与该重组细胞相适应的其它调控序列。在一个实施方案中，包括整合进宿主细胞染色体中的那些分子的本发明的重组分子还含有分泌信号(即，信号片段核酸序列)以便使得表达的蛋白质从产生该蛋白质的细胞中分泌出来。合适的信号片段包括天然状况下与表达该蛋白质相关的信号片段或者能够指导根据本发明的蛋白质分泌的任何异源性信号片段。在另一实施方案中，本发明的重组分子包含使得表达蛋白能够传递到宿主细胞膜上并插入膜中的前导序列。合适的前导序列包括天然状况下与该蛋白质相关的前导序列，或者能够指导该蛋白质传递并插入细胞膜中的任何异源性前导序列。

    本发明人发现Schizochytrium PUFA PKS Orfs A和B在基因组中紧密相连并测序了Orfs之间的区域。Orfs以相反的方向排列且有4244个碱基对分开起始(ATG)密码子(即，它们排列如下：3’OrfA5’-4244bp-5’OrfB3’)。检查4244bp的基因间区域没有揭示出任何明显的Orfs(在BlastX检索中没有发现明显的匹配)。OrfsA和B两者在Schizochytrium中至少在产油期间都高度表达，意味着在该基因间区域包含有效启动子元件。据信这些遗传因子在转基因应用中作为双向启动子序列具有实用性。例如，在优选的实施方案中，可克隆该区域，在其各端放置任意目的基因并将该构建体导入Schizochytrium(或者表明该启动子可发挥功能的一些其它宿主)中。预期该调控元件在合适条件下可为两个导入的基因提供同等的高水平表达。含有Schizochytrium PUFA PKS调控元件(例如，启动子)的该调控区的完整核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：36。

    同样，OrfC在产油期间在Schizochytrium中高度表达且预期在其起始密码子的上游区域存在调控元件。已克隆并测序了OrfC的基因组DNA的上游区域并在本文中表示为(SEQ ID NO：37)。该序列含有3886nt，紧靠OrfC起始密码子的上游。检查该区域没有发现任何明显的Orfs(即，在BlastX检索中没有发现明显的匹配)。据信在该区域包含的调控元件在合适的条件下可为放在其后的基因提供高水平的表达。另外，在合适条件下，该表达水平与在A-B基因间区域(SEQ ID NO：36)控制下的基因等同。

    因此，在一个实施方案中，按本文所述用于本发明的重组核酸分子可包括SEQ ID NO：36和/或SEQ ID NO：37内包含的PUFA PKS调控区。该调控区可包括至少具有基本PUFA PKS转录活性的SEQ ID NO：36和/或SEQID NO：37的任一部分(片段)。

    可使用本发明的一种或多种重组分子产生本发明的编码产物(例如，PUFA PKS结构域，蛋白质，或系统)。在一个实施方案中，通过在有效产生蛋白质的条件下表达本文所述核酸分子来生产编码产物。产生编码蛋白的优选方法是通过用一种或多种重组分子转染宿主细胞以形成重组细胞。用于转染的合适宿主细胞包括，但不限于，可被转染的任何细菌，真菌(例如，酵母)，昆虫，植物或动物细胞。宿主细胞可以是未转染的细胞或者是已被至少一个其它重组核酸分子转染的细胞。

    根据本发明，术语“转染”用于指可将外源性核酸分子(即，重组核酸分子)插入细胞中的任一方法。术语“转化”当用于指将核酸分子导入微生物细胞，例如藻类，细菌和酵母时，可与术语“转染”交换使用。在微生物系统中，术语“转化”用于描述由于该微生物获得外源性核酸的遗传改变且与术语“转染”基本上同义。然而，在动物细胞中，转化被赋予了第二种含义，例如，它可指细胞变成癌细胞后在培养中生长特性的改变。因此，为了避免混淆，术语“转染”优选用于将外源核酸导入动物细胞的情况，且本文使用的术语“转染”一般包含动物细胞，植物细胞的转染和微生物细胞的转化，该术语适用的范围是将外源性核酸导入细胞。因此，转染技术包括，但不限于，转化，粒子轰击，电穿孔，显微注射，脂转染，吸附，感染和原生质体融合。

    本领域的技术人员将预料到使用重组DNA技术通过操纵例如，宿主细胞内核酸分子的拷贝数，转录这些核酸分子的效率，翻译所得转录子的效率，和翻译后修饰的效率可改进转染的核酸分子的表达调控。另外，可遗传改造启动子序列以便与天然启动子相比表达水平提高。用于控制核酸分子表达的重组技术包括，但不限于，将该核酸分子整合进一个或多个宿主细胞染色体中，给质粒添加载体稳定性序列，取代或修饰转录控制信号(例如，启动子，操纵子，增强子)，取代或修饰翻译控制信号(例如，核糖体结合位点，Shine-Dalgarno序列)，修饰核酸分子以符合该宿主细胞的密码子用法，和缺失使转录子不稳定的序列。

    上文对于重组核酸分子和宿主细胞的转染方面的一般性讨论试图应用于本文讨论的任一重组核酸分子，包括编码具有PUFA PKS的至少一个结构域的生物学活性的任一氨基酸序列的那些核酸分子，编码其它PKS系统的氨基酸序列的那些核酸分子，和编码其它蛋白质或结构域的那些核酸分子。

    本发明还涉及使用一种新方法鉴定具有在结构，结构域组成和/或功能上与Schizochytrium PUFA PKS系统同源的PUFA PKS系统的微生物。在一个实施方案中，该微生物是非细菌微生物，且优选的是，以该方法鉴定的微生物是真核微生物。另外，本发明涉及以该方法鉴定的微生物和这些微生物及来自这些微生物的PUFA PKS系统在用于根据本发明的PUFA PKS系统的各种应用(例如，遗传修饰的生物体和产生生物活性分子的方法)中的用途。本文所述并证实的独特筛选方法使得能够迅速鉴定含有与本发明的Schizochytrium PUFA PKS系统同源的PUFA PKS系统的新微生物菌株。申请人使用该方法发现并在本文中公开了破囊壶菌属微生物含有与Schizochytrium中的发现同源的PUFA PKS系统。该发现在下面实施例2中详细描述。

    通过单独使用下列方法或者以这些方法的任意组合可容易地鉴定/分离/筛选具有与Schizochytrium中的发现相似的PUFA PKS系统的微生物，例如本发明人发现并在实施例2中描述的破囊壶菌属微生物。

    一般来说，鉴定具有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的非细菌微生物的方法包括第一步(a)选择产生至少一种PUFA的微生物；和第二步(b)从(a)鉴定与发酵培养基中在大于5％饱和度，更优选10％的饱和度，更优选大于15％的饱和度，且更优选大于20％的饱和度的溶氧条件下所述微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不超过约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物。产生至少一种PUFA且在不超过约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物鉴定为含有PUFA PKS系统的候选微生物。鉴定含有PUFA PKS系统的优良候选微生物后，该方法可包括附加步骤(c)检测在步骤(b)中鉴定的生物是否含有PUFA PKS系统。

    在本发明的一个实施方案中，通过在低氧/缺氧条件下和有氧条件下培养筛选过程中选择的该微生物，并进一步测量该生物体中PUFA的含量进行步骤(b)，测定脂肪酸的分布特征，以及脂肪含量。通过比较在低氧/缺氧条件下的结果与在有氧条件下的结果，该方法提供了试验微生物是否含有本发明的PUFA PKS系统的有力征兆。这一优选的实施方案在下面详细描述。

    首先，在有氧条件下培养需要检查是否存在PUFA PKS系统的微生物菌株以诱导产生大量的细胞(微生物生物量)。作为该鉴定方法的一部分，随后将这些细胞放在低氧或缺氧培养条件下(例如不超过约5％饱和度的溶氧，更优选不超过约2％，甚至更优选不超过约1％，且最优选在培养基中约0％饱和度的溶氧)并使其再生长约24-72小时。在该方法中，微生物应在高于约15℃，且更优选高于约20℃，且甚至更优选高于约25℃，且甚至更优选高于约30℃的温度下培养。在能在培养箱中(且因此在培养物中)诱导这类大气环境的培养箱中或者通过以在培养瓶/管本身中直接诱导该低氧环境的方式培养该细胞可容易地维持低氧或缺氧培养环境。

    在优选的培养方法中，微生物可在摇瓶中培养，它不同于一般含有少量培养基(不超过约50％的总容积且通常不超过约25％的总容积)以便在摇床上摇动时保持培养基有氧，该摇瓶反而超过其容积的约50％，且更优选超过约60％，且最优选超过其容积的约75％装满培养基。用培养基高装载该摇瓶防止它放在摇床上时在瓶中充分混合，从而防止氧扩散进培养基。因此随着微生物的生长，它们用尽培养基中已有的氧并自然在摇瓶中产生一个低氧或无氧的环境。

    培养期后，收获细胞并分析目的生物活性化合物(例如，脂类)的含量，但最具体的是含有两个或多个不饱和键，且更优选3个或更多双键，且甚至更优选4个或更多双键的化合物。对于脂类，将具有高于该微生物干重的约5％，且更优选高于约10％，且更优选高于约15％，且甚至更优选高于约20％的该化合物的那些菌株鉴定为预期含有上述类型的新PKS系统。对于其它生物活性化合物，例如抗生素或以更少量合成的化合物，将具有高于该微生物干重的约0.5％，且更优选高于约0.1％，且更优选高于约0.25％，且更优选高于约0.5％，且更优选高于约0.75％，且更优选高于约1％，且更优选高于约2.5％，且更优选高于约5％的该化合物的那些菌株鉴定为预期含有上述类型的新PKS系统。

    作为另一选择，或者与该方法相结合，通过检查该菌株的脂肪酸分布特征(通过培养该生物体或者通过公开的或其它容易获得的来源获得)可鉴定预期含有本文所述新PUFA PKS系统的微生物菌株。如果该微生物含有高于约30％，且更优选高于约40％，且更优选高于约45％，且甚至更优选高于约50％的其总脂肪酸是C14:0，C16:0和/或C16:1，尽管也产生至少一种具有三个或更多个不饱和键，且更优选4个或更多个双键，且更优选5个或更多个双键，且甚至更优选6个或更多个双键的长链脂肪酸，那么将该微生物菌株鉴定为具有本发明所述类型的新PUFA PKS系统的可能候选菌株。在上述低氧条件下筛选该生物体，并证实产生了含有两个或更多个不饱和键的生物活性分子，这表明该生物体中存在新的PUFA PKS系统，通过分析该微生物的基因组可进一步证实这一点。

    通过筛选已知含有C17:0和/或C17:1脂肪酸(与上述高百分比的C14:0，C16:0和C16:1脂肪酸相结合)的真核菌株也可提高该方法的成功率，因为C17:0和C17:1脂肪酸是细菌(原核)为基础的或作用的脂肪酸生产系统的有效标记。鉴定含有新PUFA PKS系统的菌株的另一标记是该生物体产生简单的脂肪酸分布特征。根据本发明，“简单的脂肪酸分布特征”定义为该菌株以高于总脂肪酸10％的水平产生8种或更少的脂肪酸。

    使用这些方法或标记的任一种(单独或者优选相结合)使得本领域的技术人员能够容易地鉴定可信地预期含有本发明所述类型的新PUFA PKS系统的微生物菌株。

    在结合上述众多方法和标记的一个优选的实施方案，建立了一个新的生物学合理的筛选系统(使用摇瓶培养物)用于检测含有产生PUFA的PKS系统的微生物。该筛选系统按如下进行：

    将待测菌株/微生物的一部分培养物放在含有50mL培养基的250mL带挡板的摇瓶中(有氧处理)，并将相同菌株的另一部分培养物放在含有200mL培养基的250mL无挡板的摇瓶中(缺氧/低氧处理)。根据被评估的微生物的类型和菌株采用不同的培养基。将两种摇瓶放在200rpm的摇床上。培养48-72小时后，离心收获培养基并通过气相色谱法分析细胞的脂肪酸甲基酯含量以测定各培养物的下列数据：(1)脂肪酸分布特征；(2)PUFA含量；和(3)脂肪含量(约计为脂肪酸总量/细胞干重)。

    然后分析这些数据并回答下列5个问题(是/否)：

    比较低氧/缺氧瓶的数据与有氧瓶的数据：

    (1)与有氧培养物相比低氧培养物中的DHA(或其它PUFA含量)(以％FAME(脂肪酸甲酯))是否保持约相同或优选提高？

    (2)缺氧培养物中的C14:0+C16:0+C16:1是否超过约40％的TFA？

    (3)在缺氧培养物中对于常规氧依赖型延长酶/去饱和酶途径是否有极少(FAME＜1％)或者没有前体(C18:3n-3+C18:2n-6+C18:3n-6)？

    (4)与有氧培养相比低氧培养中的脂肪含量(以脂酸总量/细胞干重表示)是否提高？

    (5)与有氧培养相比低氧培养中以占细胞干重百分数表示的DHA(或其它PUFA含量)是否增加？

    如果前3个问题的答案为是，则它是该菌株含有形成长链PUFA的PKS遗传系统的良好征兆。答案为是的问题越多(优选前三个问题的答案必须为是)，该菌株含有这种PKS遗传系统的征兆就越强。如果5个问题的答案都为是，那么就是该菌株含有形成长链PUFA的PKS遗传系统的极强征兆。缺少18:3n-3/18:2n-6/18:3n-6表明低氧条件关闭或者抑制了常规的PUFA合成途径。高14:0/16:0/16:1脂肪是细菌作用的脂肪酸合成分布特征(存在C17:0和17:1也是它的指标)和简单的脂肪酸分布特征的初步指标。在低氧条件下PUFA合成和含有PUFA的脂肪合成增加是PUFA PKS系统的直接征兆，因为该系统不需要氧形成高度不饱和脂肪酸。

    最后，在本发明的鉴定方法中，一旦鉴定了优良的候选菌株，优选筛选该微生物以检测该微生物是否含有PUFA PKS系统。例如，可筛选该微生物的基因组以检测是否存在编码本文所述PUFA PKS系统的结构域的一种或多种核酸序列。优选的是，该检测步骤包括合适的核酸检测方法，例如，对目的微生物中的一种或多种核酸序列的杂交，扩增和测序。用于该检测方法的探针和/或引物可来源于任何已知的PUFA PKS系统，包括美国专利号6,140,486所述海洋细菌PUFA PKS系统，或美国申请系列号09/231,899和本文所述Thraustochytrid PUFA PKS系统。一旦鉴定了新的PUFA PKS系统，来自这些系统的遗传物质也可用于检测其它新的PUFA PKS系统。以鉴定和检测序列为目的核酸杂交，扩增和测序方法是本领域熟知的。使用这些检测方法，可评估序列同源性和结构域的结构(例如，各种PUFA PKS功能域的存在，数目和/或排列)并与本文所述已知PUFA PKS系统进行比较。

    在一些实施方案中，可使用生物学试验鉴定PUFA PKS系统。例如，在美国申请系列号09/231,899的实施例7中，描述了使用一些类型的脂肪酸合成系统的熟知抑制剂，即，硫乳霉素的关键实验的结果。本发明人表明在Schizochytrium的所有细胞中可特异性抑制PUFA的合成而不抑制短链饱和脂肪酸的合成。该结果具有如下意义：本发明人从Schizochytrium的cDNA序列分析中了解到在Schizochytrium中存在I型脂肪酸合酶系统。已知硫乳霉素不能抑制I型FAS系统，这与本发明人的数据一致，即，用硫乳霉素处理没有抑制饱和脂肪酸(在Schizochytrium中主要是C14:0和C16:0)的生产。在文献和本发明人自己的数据中没有硫乳霉素对C14:0或C16:0脂肪酸的延长或其去饱和化(即，短链饱和脂肪酸通过传统途径转变成PUFA)具有任何抑制作用的征兆。因此，硫乳霉素强烈抑制Schizochytrium中的PUFA生产的事实表明传统PUFA合成途径在Schizochytrium中不能产生PUFA，而是涉及一个不同的合成途径。另外，以前已经确定硫乳霉素抑制希瓦氏菌属PUFA PKS系统(注意本发明的PUFA PKS系统同时具有I型和II型系统的因子)，且已知硫乳霉素是II型FAS系统(例如在大肠杆菌中发现的系统)的抑制剂。因此，该实验表明Schizochytrium以不涉及I型FAS的途径产生PUFA。使用相似的理论和检测步骤可检测使用本文公开的新筛选方法鉴定的微生物中的PUFA PKS系统。

    另外，实施例3显示了其它的生化数据，该数据提供了Schizochytrium中的PUFA不通过传统途径产生的证据(即，在所有细胞中没有观察到C16:0与DHA之间的前体产物动力学，且体外PUFA合成可从膜成份分离——除了插入一系列双键中的第一个双键的δ9去饱和酶外，传统PUFA合成途径的所有脂肪酸去饱和酶都与细胞膜相联)。这类生化数据可用于在以上述新筛选方法中鉴定的微生物中检测PUFA PKS活性。

    需要使用本发明的筛选/鉴定方法筛选的优选微生物菌株选自由：细菌，藻类，真菌，原生动物或原生生物组成的组中，但最优选从由藻类，真菌，原生动物和原生生物组成的真核微生物中选择。这些微生物优选在高于约15℃，更优选高于约20℃，甚至更优选高于约25℃且最优选高于约30℃的温度下能够生长并产生含有两个或多个不饱和键的生物活性化合物。

    在本发明该方法的一些实施方案中，可在超过约20℃，优选超过约25℃且甚至更优选超过约30℃的温度下产生PUFA的细菌中鉴定新的细菌PUFAPKS系统。如本文前面所述，美国专利6,140,486中所述海洋细菌，希瓦氏菌属和Vibrio marinus在较高温度下不产生PUFA，这限制了来自这些细菌的PUFA PKS系统的有用性，特别是在野外条件下的植物应用中的有用性。因此，在一个实施方案中，本发明的筛选方法可用于鉴定具有PUFA PKS系统且能在较高温度(例如，超过约20，25，或30℃)下生长并产生PUFA的细菌。在该实施方案中，可将诸如制霉菌素(抗真菌剂)或放线菌酮(真核蛋白合成抑制剂)的真核生物生长抑制剂加入琼脂板中用于从下文所述生境/生态位类型收集的水样品/土壤样品培养/选择起始菌株。该方法可帮助选择没有(或有最小的)真核菌株污染的细菌菌株富集物。该选择方法与在高温(例如，30℃)下培养平板，然后选择产生至少一种PUFA的菌株相结合可初步鉴定具有在高温下有效的PUFA PKS系统的候选细菌菌株(与现有技术中仅在不超过约20℃且更优选低于约5℃的温度下表现出PUFA生产的那些细菌菌株相反)。

    收集优选的微生物类型用于筛选根据本发明的PUFA PKS系统的地点包括下列任一处：低氧环境(或靠近这些类型的低氧环境的地点，包括在动物的肠道中，该动物包括消耗微生物或含有微生物的食物的无脊椎动物(包括滤食性生物类型))，含有低氧或无氧的水中生境(包括淡水，盐湖和海洋)，且特别是处于或者靠近海洋中的低氧环境(区域)。该微生物菌株优选不是专性厌氧菌，而是可适应在有氧及低氧或无氧环境中均可存活。同时含有有氧及低氧或无氧环境的土壤环境也是发现这些生物体的优良环境，特别是在含水生境或暂时含水生境的这些土壤类型中。

    特别优选的微生物菌株可以是在其部分生活周期期间它能通过诸如吞噬作用，吞噬营养或内吞能力的机制消耗整个细菌细胞(食细菌生物)和/或在其生活周期中具有以变形虫状阶段或裸露原生质体存在的一个时期的一种菌株(选自由藻类，真菌(包括酵母)，原生动物或原生生物组成的组中)。该营养方法如果发生错误且该细菌细胞(或其DNA)不能被消化反而有效掺入真核细胞中将极大地增加将细菌PKS系统转移进真核细胞的可能性。

    能够食细菌(特别是通过吞噬作用或内吞)的微生物菌株(不是Thraustochytrids的成员)可在下列微生物纲(包括但不限于举例的属)中找到：

    在藻类和藻类样微生物(包括stramenopiles)中：裸藻纲(例如眼虫属(Euglena)，和Peranerna)，金藻纲(例如赭单胞菌属(Ochromonas))，Dinobryaceae纲(例如Dirzobryon，Platychrysis，和Chrysochromulina属)，甲藻纲(包括Crypthecodinium，Gymnodinium，Peridinium，Ceratium，Gyrodinium，和Oxyrrhis属)，隐藻纲(例如隐藻属(Cryptomonas)，和Rhodomonas)，黄藻纲(例如Olisthodiscus属)(且包括存在变形虫状阶段的藻类形式，如鞭毛虫Rhizochloridaceae，和Aphanochaete pascheri，Bumilleria stigeoclonium和Vaucheria geminata的游动孢子/配子)，Eustigmatophyceae纲，和Prymnesiopyceae纲(包括Prymnesium和Diacronema属)。

    在Stramenopiles中包括：Proteromonads，Opalines，Developayella，Diplophorys，Larbrinthulids，Thraustochytrids，Bicosecids，卵菌纲，Hypochytridiomycetes，Commation，Reticulosphaera，Pelagomonas，Pelapococcus，Ollicola，Aureococcus，Parmales，Raphidiophytes，Synurids，Rhizochromulinaales，Pedinellales，Dictyochales，Chrysomeridales，Sarcinochrysidales，Hydrurales，Hibberdiales，和Chromulinales。

    在真菌中有：粘菌纲(形成粘变形体)-粘液霉菌，聚粘菌亚纲，包括Acrasiceae目(例如Sappinia属)，Guttulinaceae纲(例如Guttulinopsis，和Guttulina属)，Dictysteliaceae纲(例如宿曲滴菌属(Acrasis)，盘基网柄菌属(Dictyostelium)，Polysphondylium，和Coenonia)，和Phycomyceae纲，包括壶菌目，Ancylistales，Blastocladiales，Monoblepharidales，水霉目，霜霉目，毛霉菌目，和虫霉目。

    在原生动物中有：具有能够食细菌(包括通过吞噬作用)的生活阶段的原生动物株可选自分类为纤毛虫，鞭毛虫或变形虫的类型。原生动物纤毛虫包括的种类：漏斗虫，肾形虫，管口虫，Haptorids，核残迹虫，寡膜虫，Polyhymenophora(旋毛虫)，Prostomes和吸管纲。原生动物鞭毛虫包括Biosoecids，Bodonids，单鞭滴虫，Chrysophytes(例如Anthophysa属，Chrysamoemba，金球藻虫属，树滴虫属，锥囊藻虫属，鱼鳞藻虫属，赭滴虫属，Paraphysomonas，Poterioochromonas，Spumella，Syncrypta，黄群藻虫属，和Uroglena)，领鞭毛虫，Cryptophytes(例如唇滴虫属，隐滴虫属，Cyanomonas，和Goniomonas)，Dinoflagellates，Diplomonads，Euglenoids，Heterolobosea，Pedinellids，Pelobionts，胶领鞭虫，Pseudodendromonads，Spongomonads和Volvocales(和其它鞭毛虫，包括未分类的鞭毛虫Artodiscus属，Clautriavia，曳鞭毛虫属，Kathablepharis和Multicilia)。变形虫状原生动物包括的种类有：太阳虫，Centrohelids，Desmothoricids，Diplophryids，Eumamoebae，Heterolobosea，Leptomyxids，Nucleariid filose变形虫，Pelebionts，Testate变形虫和Vampyrellids(且包括未分类的变形虫属Gymnophrys，Biomyxa，Microcometes，Reticulomyxa，Belonocystis，Elaeorhanis，Allelogromia，Gromia或Liebeduhnia)。原生动物包括如下的目：Percolomonadeae，Heterolobosea，Lyromonadea，Pseudociliata，Trichomonadea，Hypermastigea，Heteromiteae，Telonemea，Cyathobodonea，Ebridea，Pyytomyxea，Opalinea，Kinetomonadea，Hemimastigea，Protostelea，Myxagastrea，Dictyostelea，Choanomonadea，Apicomonadea，Eogregarinea，Neogregarinea，Coelotrolphea，Eucoccidea，血孢子虫亚目，Piroplasmea，Spirotrichea，Prostomatea，Litostomatea，Phyllopharyngea，Nassophorea，Oligohymenophorea，Colpodea，Karyorelicta，Nucleohelea，Centrohelea，Acantharea，Sticholonchea，Polycystinea，Phaeodarea，Lobosea，Filosea，Athalamea，Monothalamea，Polythalamea，Xenophyophorea，Schizocladea，Holosea，Entamoebea，粘盘孢目，纺线孢子目，Halosporea，Paramyxea，Rhombozoa和Orthonectea。

    本发明的一个优选的实施方案包括从上述一种优选的生境中收集的上述微生物的菌株。

    本发明的一个实施方案涉及使用上述新PUFA PKS筛选方法鉴定的任何微生物，涉及PUFA PKS基因及其编码的蛋白质，且涉及该微生物和/或PUFAPKS基因和蛋白质(包括其同源物和片段)在本文所述任一方法中的用途。具体地说，本发明包含以本发明的筛选方法鉴定的生物体，该生物体随后被遗传修饰成通过所述PUFA PKS系统调节生物活性分子的生产。

    本发明的另一实施方案还涉及一种分离的核酸分子，该分子含有编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一种生物学活性结构域或其生物学活性片段的核酸序列。如上所述，本发明人成功使用该方法鉴定了一种具有PUFA PKS系统的非细菌微生物，该系统用于鉴定含有PUFA PKS系统的Thraustochytriales目的其它成员。实施例2描述了三种该微生物的鉴定。具体地说，本发明人使用本发明的筛选方法鉴定了认为极有可能含有PUFA PKS系统的破囊壶菌23B(ATCC20892)，接着检测了破囊壶菌属种类23B基因组中与本文公开的Schizochytrium PUFA PKS基因杂交的序列。还将Schizochytrium lirnacium(IFO 32693)和Ulkenia(BP5601)鉴定为含有PUFA PKS系统的良好候选菌株。根据这些数据和Thraustochytriales目的成员之间的相似性，据信现在使用本发明提供的方法和工具可容易地鉴定许多其它Thraustochytriales的PUFAPKS系统。因此，本发明包括Thraustochytriales的PUFA PKS系统和其部分和/或其同源物(例如，蛋白质，结构域及其片段)，含有该系统和其部分和/或其同源物的遗传修饰的生物体，使用该微生物和PUFA PKS系统的方法。

    开发导致对Thraustochytrids的分类学进行了修正。分类学家将Thraustochytrids放在藻类或藻类状原生生物中。然而，由于分类不确定，对于本发明最好认为本发明所述该菌株是Thraustochytrids(目：Thraustochytriales；科：Thraustochytriaceae；属：破囊壶菌属，Schizochytrium，Labyrinthuloides，或Japonochytrium)。对于本发明，labrinthulids的许多成员被认为包含在Thraustochytrids中。分类学改变在下文中概括。本文公开的某些单细胞微生物菌株是Thraustochytriales目的成员。Thraustochytrids是分类史进化的海洋真核生物。Moss(1986)，Bahnweb和Jackle(1986)，以及Chamberlain和Moss(1988)对Thraustochytrids的分类地位问题进行了综述。根据本发明，短语“Thraustochytrid”，“Thraustochytriales微生物”和“Thraustochytriales目的微生物”可互换使用。

    为了方便，分类学家首先将Thraustochytrids与藻菌目(藻类状真菌)的其它无色游动孢子真核生物放在一起。然而，藻菌目这一名称最后从分类学地位中去掉，并将Thraustochytrids保留在卵菌纲(双鞭毛游动孢子真菌)中。最初假定卵菌纲与异鞭毛藻类有亲缘关系，且由Barr(Barr，1981，Biosystems 14：359-370)总结的，广泛的超微结构和生化研究最终支持了这一假定。事实上卵菌纲被Leedale(Leedale，1974，Taxon 23：261-270)和其他藻类学家作为异鞭毛藻类的一部分接受。然而，事实上由于其异氧特性的方便性，卵菌纲和Thraustochytrids被真菌学家(研究真菌的科学家)而不是藻类学家(研究藻类的科学家)大量研究。

    从另一分类学角度来看，进化生物学家对于真核生物如何进化形成了两个系统学派。一个学说认为膜结合细胞器通过一系列的内共生的外生起源(Margulis，1970，Origin of Eukaryotic Cells.Yale University Press，New Haven)；例如线粒体起源于细菌的细胞内共生生物，叶绿体起源于蓝藻类，鞭毛起源于螺旋体。另一学说提出膜结合的细胞器从原核祖先的无膜结合的系统通过自生加工逐渐进化(Cavalier-Smith，1975，Nature(Lond.)256：462-468)。然而两组进化生物学家都将卵菌纲和Thraustochytrids从真菌中取出并与chromophyte藻类一起放在Chromophyta界中(Cavalier-Smith，1981，BioSystems 14：461-481)(该界最近扩展到包括其它原生生物且该界的成员现在称为Stramenopiles)或与所有藻类一起放在Protoctista界中(Margulis和Sagen，1985，Biosystems 18：141-147)。

    随着电子显微镜的发展，对Thraustochytrids的两个属，即，破囊壶菌属和Schizochytrium的游动孢子超微结构的研究(Perkins，1976，第279-312页，见“Recent Advances in Aquatic Mycology”(ed.E.B.G Jones)，John Wiley &Sons，New York；Kazama，1980，Can.J.Bot.58：2434-2446；Barr，1981，Biosystems 14：359-370)提供了Thraustochytriaceae与卵菌纲仅具有较远的亲缘关系的良好证据。另外，对5S核糖体RNA序列的对应分析(多元统计形式)得到的遗传数据表明Thraustochytriales明显是一个独特的真核类型，完全独立于真菌，且与红藻和褐藻，以及与卵菌纲的成员有最近的亲缘关系(Mannella，等，1987，Mol.Evol.24：228-235)。大多数分类学家同意将Thraustochytrids从卵菌纲中取出(Bartnicki-Garcia，1987，第389-403页，见“Evolutionary Biology of the Fungi”(eds.Rayner，A.D.M.，Brasier，C.M.&Moore，D.)，Cambridge University Press，Cambridge)。

    总之，采用Cavalier-Smith的分类系统(Cavalier-Smith，1981，BioSystems14：461-481，1983；Cavalier-Smith，1993，Microbiol Rev.57：953-994)，将Thraustochytrids与chromophyte藻类一起分类进Chromophyta(Stramenopiles)界中。最近Cavalier Smith等使用Heterokonta的18s rRNA标记证实Thraustochytrids是chromists而不是真菌再次确认了该分类地位(Cavalier-Smith等，1994，Phil.Tran.Roy.Soc.London Series BioSciences 346：387-397)。该分类将它们放在与真菌完全不同的一个界中，而真菌都放在Eufungi界中。因此Thraustochytrids的分类地位总结如下：

    界：Chromophyta(Stramenopiles)

    门：Heterokonta

    目：Thraustochytriales

    科：Thraustochytriaceae

    属：破囊壶菌属，Schizochytrium，Labyrinthuloides，或Japonochytrium

    一些早期的分类学家将破囊壶菌属的一些原始的成员(具有变形虫状生活阶段的成员)分入一个称为Ulkenia的独立属中。然而，现在知道大多数(如果不是全部的话)Thraustochytrids(包括破囊壶菌属和Schizochytrium)表现出变形虫状阶段且有人认为Ulkenia本身不是一个正确的属。本文使用的破囊壶菌属将包括Ulkenia。

    尽管门和界的高级分类中的分类学地位不确定，但是Thraustochytrids保持特有的和特征性的分类，其成员可分类在Thraustochytriales目内。

    多不饱和脂肪酸(PUFA)是高等真核生物中的基本膜成份和许多脂类衍生的信号分子的前体。本发明的PUFA PKS系统使用不需要饱和脂肪酸去饱和并延长的PUFA合成途径。该途径由结构和机制上均不同于以前认识的PKSs的PUFA PKSs催化。顺式双键的产生表明包含位置特异性异构酶，据信这些酶用于产生新家族的抗生素。

    为了使用本发明的PUFA PKS系统产生明显高产的各种生物活性分子，可对一种生物体，优选微生物或植物，进行遗传修饰以影响PUFA PKS系统的活性。在一个方面，该生物体内源性含有并表达PUFA PKS系统，且该遗传修饰可以是对内源性PUFA PKS系统的一种或多种功能域的遗传修饰，因此该修饰对PUFA PKS系统的活性具有某种影响。在另一方面，该生物体可内源性含有并表达PUFA PKS系统，且该遗传修饰可以是导入至少一种外源性核酸序列(例如，重组核酸分子)，其中该外源性核酸序列编码第二种PKS系统的至少一个生物学活性结构域或蛋白质和/或影响所述PUFA PKS系统的活性的蛋白质(例如，磷酸泛酰巯基乙胺转移酶(PPTase)，下文讨论)。在还有另一实施方案中，该生物体不必内源性(天然)含有PUFA PKS系统，而是经遗传修饰导入编码具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性的氨基酸序列的至少一个重组核酸分子。在该方面，通过在生物体中导入或提高PUFA PKS活性影响PUFA PKS的活性。与这些方面中任一种相关的各种实施方案在下面更详细地讨论。

    因此，根据本发明，一个实施方案涉及遗传修饰的微生物，其中该微生物表达含有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个生物学活性结构域的PKS系统。PUFA PKS系统的至少一个结构域由选自如下的核酸序列编码：(a)编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列；(b)编码来自以本发明的筛选方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列；(c)编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和，(d)编码与选自由：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ IDNO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，和SEQ ID NO：32组成的组中的氨基酸序列有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。该遗传修饰影响生物体中PKS系统的活性。(b)部分中提及的筛选方法已在上文中详细描述且包括如下步骤：(a)选择产生至少一种PUFA的微生物；和，(b)从(a)中鉴定与发酵培养基中在大于约5％饱和度，且优选约10％，且更优选约15％，且更优选约20％的饱和度的溶氧条件下微生物产生的PUFA相比，在发酵培养基中不超过约5％饱和度的溶氧条件下具有产生增加的PUFA的能力的微生物。该遗传修饰的微生物可包括任意一种或多种上文鉴定的核酸序列，和/或任一上文详细描述的Schizochytrium PUFA PKS ORFs或结构域的任一其它同源物。

    本文所用的遗传修饰的微生物包括遗传修饰的细菌，原生生物，显微藻类，真菌，或其它微生物，且特别是本文所述Thraustochytriales目(例如，Thraustochytrid)的任一属(例如，Schizochytrium，破囊壶菌属，Japonochytrium，Labyrinthuloides)。该遗传修饰的微生物具有从其正常(即野生型或天然)形式进行了修饰(即，突变或改变)以便达到所需结果(即，增加或修饰的PUFA PKS活性和/或使用PKS系统产生所需产物)的基因组。使用传统的菌株开发和/或分子遗传技术可完成对微生物的遗传修饰。该技术是本领域已知的且一般公开用于微生物，例如，参见Sambrook等，1989，Molecular Cloning：ALaboratory Manual，冷泉港实验室出版。该参考文献Sambrook等，出处同上在本文中引用以其整体作为参考。遗传修饰的微生物包括这样的微生物，其中的核酸分子以该修饰提供微生物内的所需效果的方式被插入，缺失或修饰(即，突变；例如，通过插入，缺失，取代，和/或核苷酸倒置)。

    根据本发明修饰的优选微生物宿主细胞包括，但不限于，任一细菌，原生生物，显微藻类，真菌，或原生动物。在一个方面，遗传修饰的优选微生物包括，但不限于，Thraustochytriales目的任一微生物。用于本发明的特别优选的宿主细胞可包括来自如下属的微生物，该属包括，但不限于：破囊壶菌属，Labyrinthuloides，Japonochytrium，和Schizochytrium。这些属内优选的种类包括，但不限于：任一Schizochytrium种类，包括Schizochytriumaggregatum，Schizochytrium limacinum，Schizochytrium minutum；任一破囊壶菌属种类(包括以前的Ulkenia种类，例如U.Visurgensis，U.Amoeboida，U.Sarkariana，U.Profunda，U.radiata，U.Minuta和Ulkeniasp.BP-5601)，且包括Thraustochytrium stratum，Thraustochytrium aureum，Thraustochytriumroseum；和任一Japonochytrium种类。特别优选的Thraustochytriales菌株包括，但不限于：Schizochytrium sp.(S31)(ATCC 20888)；Schizochytriumsp.(S8)(ATCC 20889)；Schizochytrium sp.(LC-RM)(ATCC 18915)；Schizochytrium sp.(SR21)；Schizochytrium aggregatum(Goldstein etBelsky)(ATCC 28209)；Schizochytrium limacinum(Honda et Yokochi)(IFO32693)；破囊壶菌属种类(23B)(ATCC 20891)；Thraustochytrium striatum(Schneider)(ATCC 24473)；Thraustochytrium aureum(Goldstein)(ATCC34304)；Thraustochytrium roseum(Goldstein)(ATCC 28210)；和Japonochytrium sp.(L1)(ATCC 28207)。用于遗传修饰的合适宿主微生物的其它例子包括，但不限于，酵母，包括啤酒糖酵母(Saccharomyces cerevisiae)，卡尔斯伯糖酵母(Saccharomyces carlsbergensis)，或诸如念珠菌属(Candida)，克鲁维氏酵母属(Kluyveromyces)的其它酵母，或其它真菌，例如，诸如曲霉属(Aspergillus)，链孢霉属(Neurospora)，青霉属(Penicillium)的丝状真菌，等。细菌细胞也可用作宿主。它包括可用于发酵方法的大肠杆菌。另外，诸如乳酸杆菌属(Lactobacillus)种类或杆菌属(Bacillus)种类的宿主也可用作宿主。

    本发明的另一实施方案涉及遗传修饰的植物，其中该植物被遗传修饰成重组表达含有多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个生物活性结构域的PKS系统。该结构域由选自如下的一种核酸序列编码：(a)编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列；(b)编码来自本文所述筛选和选择方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列(参见上文在遗传修饰的微生物的讨论中的方法的简要小结)；(c)编码选自由：SEQID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，和其生物学活性片段组成的组中的氨基酸序列的核酸序列；(d)编码选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ IDNO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列；(e)编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和/或(f)编码与选自：SEQID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。该遗传修饰的植物可包括任意一种或多种上文鉴定的核酸序列，和/或任一上文详细描述的Schizochytrium PUFA PKS ORFs或结构域的任一其它同源物。

    本文所用的遗传修饰的植物可包括任一遗传修饰的植物，包括高等植物且特别是任何可消费的植物或用于产生本发明的所需生物活性分子的植物。该遗传修饰的植物具有从其正常(即野生型或天然)形式进行了修饰(即，突变或改变)以便实现所需结果(即，增加或修饰的PUFA PKS活性和/或使用该PKS系统产生所需产物)的基因组。使用传统的品系开发和/或分子遗传技术可完成对植物的遗传修饰。产生将编码所需氨基酸序列的重组核酸分子插入植物基因组的转基因植物的方法是本领域已知的。根据本发明用于遗传修饰的优选植物优选是适合于被包括人类的动物消费的植物。

    根据本发明被遗传修饰的优选植物(即，植物宿主细胞)包括，但不限于任何高等植物，且特别是可消费的植物，包括农作物植物且特别是使用其油类的植物。该植物可包括，例如：canola，大豆，油菜，亚麻，玉米，红花，向日葵和烟草。其它优选的植物包括已知产生用作药物试剂，调味剂，neutraceutical试剂，功能食品成份或美容活性剂的那些植物或遗传修饰成产生这些化合物/试剂的植物。

    根据本发明，遗传修饰的微生物或植物包括使用重组技术修饰的微生物或植物。本文使用的导致基因表达，基因功能，或基因产物(即，由该基因编码的蛋白)功能降低的遗传修饰可指基因的失活(完全或部分)，缺失，中断，阻断或下调。例如，导致该基因编码的蛋白质的功能下降的基因遗传修饰可由该基因的完全缺失(即，该基因不存在，且因此该蛋白质不存在)，导致蛋白质不完全翻译或不翻译(例如，蛋白质不表达)的基因突变，或降低或消除该蛋白的天然功能(即表达降低或无酶活性或作用的蛋白质)的基因突变引起。导致基因表达或功能增强的遗传修饰可指基因的扩增，过度表达，激活，增强，增加，或上调。

    根据本发明的微生物或植物的遗传修饰优选影响植物表达的PKS系统的活性，无论该PKS系统是内源性且进行了遗传修饰的系统，即向生物体中导入了重组核酸分子的内源性系统，还是完全通过重组技术提供的系统。根据本发明，“影响PKS系统的活性”包括与不存在该遗传修饰相比引起由该生物体表达的PKS系统中任何可检测的或可测量的改变或修饰的任一遗传修饰。PKS系统中可检测的改变或修饰可包括，但不限于：将PKS系统活性导入生物体中使得该生物体目前具有可测量的/可检测的PKS系统活性(即，遗传修饰前该生物体不含有PKS系统)，将来自与该生物体内源性表达的PKS系统不同的PKS系统的功能域导入该生物体中使得PKS系统的活性得到修饰(例如，将细菌PUFA PKS结构域或I型PKS结构域导入内源性表达非细菌PUFA PKS系统的生物体中)，PKS系统产生的生物活性分子的量改变(例如，与不存在遗传修饰相比该系统产生更多(量增大)或更少(量减少)的给定产物)，PKS系统产生的生物活性分子的类型改变(例如，该系统产生新的或不同的产物，或由该系统天然产物的变异体)，和/或PKS系统产生的多个生物活性分子的比率改变(例如，与不存在该遗传修饰相比该系统产生不同比率的一种PUFA与另一PUFA的比率，产生完全不同的脂类分布特性，或者与天然构型相比将各种PUFA放在三酰甘油的不同位置)。该遗传修饰包括任一类型的遗传修饰且特别包括通过重组技术和通过传统诱变作出的修饰。

    应注意提及PUFA PKS系统中功能域或蛋白质的活性增加是指在含有该结构域或蛋白质(或导入了该结构域或蛋白质)的生物体中导致该结构域或蛋白质系统的功能增强的任何遗传修饰且可包括结构域或蛋白质的活性更高(例如，比活或体内酶活性)，结构域或蛋白质系统的抑制或降解减少，和该结构域或蛋白质的过度表达。例如，基因拷贝数增加，通过使用与天然启动子相比产生更高表达水平的启动子来增加表达水平，或通过遗传改造或传统诱变改变基因以增加该基因编码的结构域或蛋白质的活性。

    同样，提及PUFA PKS系统中功能域或蛋白质的活性降低是指在含有该结构域或蛋白质(或导入了该结构域或蛋白质)的生物体中导致该结构域或蛋白质功能降低的任何遗传修饰且包括该结构域或蛋白质的活性降低，该结构域或蛋白质的抑制或降解增加，和该结构域或蛋白质的表达减少或消除。例如，通过抑制或减少该结构域或蛋白质的生产，“敲除”编码该结构域或蛋白质的基因或其部分，降低结构域或蛋白质活性，或抑制该结构域或蛋白质的活性可减小本发明的结构域或蛋白质的作用。抑制或减少结构域或蛋白质的生产可包括将编码该结构域或蛋白质的基因放在需要在生长培养基中存在诱导化合物的启动子的控制下。通过形成耗尽培养基中的该诱导剂的条件，编码该结构域或蛋白质的基因表达(且因此蛋白质的合成)可被关闭。抑制或减小结构域或蛋白质的活性也可包括使用相似于在美国专利号4,743,546中所述切除技术方案，本文引用以供参考。使用该方法，可将编码目的蛋白的基因克隆到特定遗传序列之间，允许从基因组中特异性，受控制地切除该基因。通过，例如，按美国专利号4,743,546转换培养物的培养温度，或者通过一些其它的物理或营养信号可促进切除。

    在本发明的一个实施方案中，遗传修饰包括修饰编码具有本文所述非细菌PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性的氨基酸序列的核酸序列。该修饰可针对内源性(天然)表达的非细菌PUFA PKS系统内的氨基酸序列，因此通过，例如，传统诱变和选择技术和/或分子遗传技术，包括遗传工程技术可对天然含有该系统的微生物进行遗传修饰。遗传工程技术可包括，例如，使用定向重组载体缺失内源性基因的一部分，或者用异源性序列取代内源性基因的一部分。可导入宿主基因组的异源性序列的例子包括编码来自诸如不同的非细菌PUF APKS系统，细菌PUFA PKS系统，I型PKS系统，II型PKS系统，或模块PKS系统的另一PKS系统的至少一个功能域的序列。导入宿主基因组的其它异源性序列包括编码不是PKS系统的结构域的蛋白质或功能域，但是将影响内源性PKS系统活性的序列。例如，可将编码磷酸泛酰巯基乙胺转移酶的核酸分子导入宿主基因组中(下文讨论)。可对内源性PUFA PKS系统作出的特异性修饰在下文中详细讨论。

    在本发明的该实施方案的另一方面，该遗传修饰可包括：向宿主中导入：(1)编码具有非细菌PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性的氨基酸序列的重组核酸分子；和/或(2)编码影响PUFA PKS系统的活性的蛋白质或功能域的重组核酸分子。该宿主可包括：(1)不表达任一PKS系统的宿主细胞，其中将PKS系统的所有功能域导入该宿主细胞中，且其中至少一种功能域来自于非细菌PUFA PKS系统；(2)表达具有非细菌PUFA PKS系统的至少一个功能域的PKS系统(内源性或重组)的宿主细胞，其中导入的重组核酸分子可编码至少一种其它非细菌PUFA PKS结构域功能或者影响宿主PKS系统的活性的另一蛋白质或结构域；和(3)表达不必包括来自非细菌PUFAPKS的结构域功能的PKS系统(内源性或重组)的宿主细胞，且其中导入的重组核酸分子包括编码非细菌PUFA PKS系统的至少一个功能域的核酸序列。换句话说，本发明试图包括任何遗传修饰的生物体(例如，微生物或植物)，其中该生物体包含至少一种非细菌PUFA PKS结构域功能(内源性或者通过重组修饰)，且其中当该生物体包含功能性PKS系统时该遗传修饰对非细菌PUFA PKS结构域功能或PKS系统具有可测量的影响。

    因此，使用本发明的非细菌PUFA PKS系统，例如，利用来自Thraustochytrid PUFA PKS系统的基因，可使用基因混合将PUFA产物的范围扩展到包括EPA，DHA，ARA，GLA，SDA及其它产物，以及产生广泛的生物活性分子，包括抗生素，其它药用化合物，和其它所需产物。获得这些生物活性分子的方法不仅包括混合来自各种生物的基因，而且还包括遗传修饰本文公开的非细菌PUFA PKS基因的方法。对本发明的非细菌PUFAPKS系统的遗传基础和结构域结构的了解提供了设计产生各种生物活性分子的遗传修饰的新生物体的基础。尽管本发明人预期可混合和修饰任一PKS结构域和有关基因，但是以举例的方式，下面讨论了在遗传修饰和生物活性分子的生产中对PUFA-PKS系统的各种可能的操作。

    例如，在一个实施方案中，通过修饰CLF(链长因子)结构域改变非细菌PUFA-PKS系统的产物，例如由Thraustochytrids产生的那些产物。该结构域是II型(分离的酶)PKS系统的特征。其氨基酸序列与KS(酮合酶对)结构域具有同源性，但它缺乏活性位点半胱氨酸。CLF可发挥确定延长循环次数，且因此确定最终产物的链长的功能。在本发明的该实施方案中，使用目前对FAS和PKS合成的了解情况，提供了通过定点修饰非细菌PUFA-PKS系统产生ARA的合理策略。在文献中关于CLF在PKS系统中的功能存在争论(C.Bisang等，Nature 401，502(1999))且认识到其它结构域可能与最终产物的链长确定相关。然而，有意义的是Schizochytrium同时产生DHA(C22:6，ω-3)和DPA(C22:5，ω-6)。在PUFA-PKS系统中，在碳链生长的合成期间导入顺式双键。由于在该分子合成的早期出现ω-3和ω-6双键的放置，因此预期它们不会影响随后的最终产物链长确定。因此，不受理论的约束，本发明人相信将指导C20单元(代替C22单元)合成的因子(例如，CLF)导入Schizochytrium PUFA-PKS系统中将导致产生EPA(C20:5，ω-3)和ARA(C20:4，ω-6)。例如，在异源性系统中，通过将来自产生EPA的系统的CLF(例如，来自发光菌属(Photobacterium)的CLF)直接取代进Schizochytrium基因组可利用该CLF。然后分析所得的转化子的脂肪酸分布特征的变化以鉴定产生EPA和/或ARA的转化子。

    除了依赖于异源性系统(重组系统，例如可导入植物中的系统)的开发外，CLF的概念可在Schizochytrium中利用(即，通过修饰Schizochytrium基因组)。转化和异源性重组已经在Schizochytrium中得到证实。通过构建带有OrfB的CLF被来自C20 PUFA-PKS系统的CLF取代的克隆可利用它。编码区的下游可插入标记基因。然后可转化野生型细胞，选择标记表型，然后筛选插入了该新的CLF的细胞。接着可分析它们对脂肪酸分布特征的任何影响以鉴定产生EPA和/或ARA的转化子。如果发现不同于与CLF相关的一些因子影响终产物的链长，则可采用相似的策略改变这些因子。

    涉及改变PUFA-PKS产物的另一优选的实施方案包括修饰或取代β-羟酰-ACP脱水酶/酮合酶对。在大肠杆菌的顺式-11-十八碳烯酸(C18:1，Δ11)合成期间，据信顺式双键的产生依赖于特异性DH酶，β-羟酰-ACP脱水酶，即FabA基因的产物。该酶从β-羟酰-ACP去掉HOH并在碳链中留下一个反式双键。DH的一个亚型，即FabA-样DH具有顺反异构酶活性(Heath等，1996，出处同上)。细菌和非细菌PUFA-PKS系统的一个新方面是存在两个FabA-样DH结构域。不受理论的约束，本发明人相信这些DH结构域中的一个或两者都具有顺反异构酶活性(DH结构域的操作在下面进行更详细地讨论)。

    大肠杆菌中不饱和脂肪酸合成的另一方面是需要特定的KS酶，β-酮脂酰-ACP合酶，FabB基因的产物。它是完成对连接到活性位点的半胱氨酸残基(通过硫酯键)上的脂肪酸与丙二酰-ACP进行缩合的酶。在多步反应中，释放CO2且以两个碳延长线型链。据信只有该KS延长含有双键的碳链。只有当双键为顺式构型时发生该延长，如果为反式构型，在延长前双键被烯酰-ACP还原酶(ER)还原(Heath等，1996，出处同上)。至今鉴定的所有PUFA-PKS系统都具有两个KS结构域，一个与大肠杆菌的FabB-样KS比与其它KS具有更高的同源性。同样，不受理论的约束，本发明人相信在PUFA-PKS系统中，DH(FabA-样)和KS(FabB-样)酶结构域的特异性和相互作用确定了终产物中顺式双键的数目和位置。由于2-碳延长反应的次数比PUFA PKS终产物中存在的双键数目更大，因此可确定在一些延长循环中发生了完全还原。因此DH和KS结构域可用作改变DHA/DPA比率或其它长链脂肪酸比率的靶。通过导入来自其它系统的同源性结构域或者通过对这些基因片段的诱变可修饰和/或评估它们。

    在另一实施方案中，可修饰或取代ER(烯酰-ACP还原酶，一种还原脂肪酸-ACP中的反式双键产生完全饱和碳的酶)结构域以改变PKS系统制备的产物类型。例如，本发明人已知Schizochytrium PUFA-PKS系统与以前描述的细菌系统的区别在于它具有两个(而不是一个)ER结构域。不受理论的约束，本发明人相信这些ER结构域可有效影响所得的PKS生产产物。通过分别敲除单个结构域或者通过修饰其核苷酸序列或者通过用来自其它生物的ER结构域的取代可改变所得的PKS产物。

    在另一实施方案中，可将编码不是PKS系统的一部分，但影响PKS系统的蛋白质或结构域的核酸分子导入生物体中。例如，上文所述所有PUFAPKS系统含有多个，串连的，ACP结构域。ACP(作为独立的蛋白质或者作为更大蛋白质的一个结构域)需要附着到磷酸泛酰巯基乙胺辅因子上以产生有活性的，完整(holo)-ACP。磷酸泛酰巯基乙胺与apo-ACP的附着通过酶超家族成员，即磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(PPTase)完成(Lambalot R.H.，等，Chemistry and Biology，3，923(1996))。

    与其它PKS和FAS系统相比，本发明人推定通过特异性，内源性，PPTase可完成对Schizochytriurn ORFA蛋白质中存在的多个ACP结构域的激活。在Schizochytrium中尚未鉴定编码该推定的PPTase的基因。如果在Schizochytrium中存在该基因，可预料到用于尝试鉴定和克隆它的一些方法。这些方法包括(但不限于)：从活跃生长的Schizochytrium细胞制备的cDNA文库的产生和部分测序(注意，在目前获得的Schizochytrium cDNA文库组中鉴定了与PPTase的序列具有同源性的一个序列；然而，它似乎是多结构域的FAS蛋白质的一部分，且本身不编码所需的OrfA特异性PPTase)；使用在许多PPTase中存在的氨基酸基序设计的简并寡核苷酸引物用于PCR反应(以获得用于筛选基因组或cDNA文库的核酸探针分子)；基于蛋白质-蛋白质相互作用的遗传方法(例如，酵母双杂交系统)，其中ORFA-ACP结构域可用作“钓饵”以发现“靶”(即，PPTase)；以及纯化和部分测序酶本身作为产生用于筛选基因组或cDNA文库的核酸探针的工具。

    异源性PPTase也许能够激活Schizochytrium ORFA ACP结构域也是可预料到的。已经表明一些PPTases，例如枯草杆菌(Bacillus subtilis)的sfp酶(Lambalot等，出处同上)和Streptomyces verticillus的svp酶(Sanchez等，2001，Chemistry & Biology 8：725-738)，具有广泛的底物耐受性。可试验这些酶以观察它们是否激活Schizochytrium ACP结构域。另外，最近的一篇文献描述了真菌PKS蛋白质在烟草中的表达(Yalpani等，2001，The Plant Cell 13：1401-1409)。在该转基因植物中检测到导入的PKS系统(由展青霉，enicilliumpatulum)的6-甲基水杨酸(6-methylsalicyclic acid)合酶基因编码)的产物，尽管在这些植物中不存在相应的真菌PPTase。这表明内源性植物PPTase(s)识别并激活真菌PKS ACP结构域。与该观察结果相关联，本发明人在拟南芥整体基因组数据库中鉴定了很可能编码PPTases的两个序列(基因)。这些序列(GenBank登录号：AAG5 1443和AAC05345)目前列为编码“未知蛋白”。根据在翻译的蛋白质序列中存在包括：G(I/V)D和WxxKE(A/S)xxK(SEQ IDNO：33)的一些标记基序(在Lambalot等，1996中作为所有PPTases的特征列出)将它们鉴定为推定的PPTases。另外，这两个推定的蛋白质含有一般在PPTases中发现的另外两个基序，这两个基序一般与PKS和非核糖体肽合成系统相关；即FN(I/L/V)SHS(SEQ ID NO：34)和(I/V/L)G(I/L/V)D(I/L/V)(SEQID NO：35)。而且，这些基序在该蛋白质序列的预期相关位置出现。很可能在诸如烟草的其它植物中存在该拟南芥基因的同源物。同样，可克隆并表达这些基因以观察它们编码的酶是否可激活Schizochytrium ORFA ACP结构域，或者作为选择，可在该转基因植物中直接表达OrfA(靶向质体或细胞质)。

    可识别ORFA ACP结构域作为底物的另一异源性PPTase是念珠藻属(Nostoc)种类的PCC 7120(以前称为鱼腥藻属(Anabaena)种类的PCC 7120)的HetI蛋白质。正如美国专利号6,140,486中所述，希瓦氏菌属的一些PUFA-PKS基因与在念珠藻属中发现的PKS基因簇中存在的蛋白质结构域具有高度同源性(该专利的图2)。该念珠藻属PKS系统与长链(C26或C28)羟基脂肪酸的合成相关，该脂肪酸与糖类半分子酯化形成异形囊胞细胞壁的一部分。这些念珠藻属PKS结构域也与Schizochytrium PKS蛋白质的Orfs B和C中发现的结构域(即，相应于在希瓦氏菌属PKS蛋白质中发现的那些结构域的相同结构域)具有高度同源性。直到最近，在GenBank数据库中没有一个念珠藻属PKS结构域与Schizochytrium OrfA的任一结构域(或同源性希瓦氏菌属Orf5蛋白质)具有高度同源性。然而，最近已经测序了念珠藻属的全部基因组，因此，现在可得到紧靠该PKS基因簇上游区域的序列。在该区域中有三个Orfs与OrfA的该结构域(KS，MAT，ACP和KR)具有同源性(见图3)。在这组中包含两个ACP结构域，都与ORFAACP结构域表现出高度同源性。在念珠藻属PKS基因簇的末端是编码Het I PPTase的基因。以前，不清楚Het I酶的底物是什么，然而在该基因簇中新鉴定的Orf(Hgl E)中存在串连的ACP结构域强烈地启发了本发明人该底物是那些ACPs。Schizochytrium与念珠藻属的ACP结构域的同源性，以及在两种蛋白质中该结构域的串连排列使得Het I很可能是Schizochytrium ORFA ACPs的异源性激活的候选物。本发明人相信首次认识到并推测了念珠藻属Het I PPTase的该用途。

    正如在Metz等，2001，出处同上中所述，PUFA PKS系统的一个新特征是存在两个脱水酶结构域，两者都与大肠杆菌的FabA蛋白质具有同源性。利用上述新的念珠藻属PKS基因序列，现在可比较两个系统及其产物。念珠藻属基因簇(从HglE到Het I)中结构域的顺序本发明人将它们确定为(参见图3)：

    KS-MAT-2xACP，KR，KS，CLF-AT，ER(HetM，HetN)HetI

    在Schizochytrium PUFA-PKS的Orfs A，B和C中，该顺序(OrfA-B-C)是：

    KS-MAT-9xACP-KR KS-CLF-AT-ER DH-DH-ER

    可见结构域顺序相对应(也具有较高的氨基酸序列同源性)。念珠藻属PKS系统的产物是不含双键(顺式或反式)的长链羟基脂肪酸(具有一个或两个羟基的C26或C28)。Schizochytrium PKS系统的产物是长链多不饱和脂肪酸(C22，具有5个或6个双键，均为顺式)。两个结构域组之间的明显差异是在Schizochytrium蛋白质中存在两个DH结构域，正好该结构域涉及DHA和DPA中顺式双键的形成(推测念珠藻属系统中的HetM和HetN涉及包含羟基且也含有DH结构域，其起源不同于在PUFA中发现的DH)。另外，在Schizochytrium Orfs B和C中两份ER结构域的作用尚不清楚(在其它鉴定的PUFA PKS系统中不存在第二个ER结构域)。两组结构域之间的氨基酸序列同源性隐含着一种进化关系。可认为该PUFA PKS基因组起源于(在进化意义上)一种插入了DH(FabA样)结构域的祖先念珠藻属样PKS基因组。DH结构域的加入导致在新的PKS终产物结构中导入了顺式双键。

    Schizochytrium和念珠藻属PKS结构域结构的比较以及Schizochytrium与希瓦氏菌属PUFA-PKS蛋白质之间的结构域组织的比较证实了改变结构域顺序以及插入新的结构域产生新终产物的天然能力。另外，现在可在实验室改造该基因以产生新产物。这些观察结果的含义是以定向或随机的方式继续改造该系统可影响终产物。例如，在优选的实施方案中，可设想用PUFA-PKS系统的一个DH(FabA-样)结构域取代不具有异构化活性的DH结构域，可能产生具有顺式和反式双键混合体的分子。Schizochytrium PUFAPKS系统的普遍产物是DHA和DPA(C22:5ω6)。如果改造产生C20脂肪酸的系统，可预期该产物是EPA和ARA(C20:4ω6)。这可为ARA提供一种新来源。也可使用产生不同的DHA与DPA比率的有关PUFA-PKS系统的结构域取代，例如，使用来自破囊壶菌属23B的基因(本文首次鉴定了其PUFAPKS系统)。

    另外，可设想特异性改变Schizochytrium PUFA PKS系统(至今描述的其它PUFA PKS系统没有两个ER结构域)中的一个ER结构域(例如，去掉，或失活)以测定其对终产物分布特征的影响。可使用复杂性更高或更低的方案对PUFA-PKS蛋白质的各个不同的结构域以定向的方式尝试相似的策略。当然可不限于改造单个结构域。最后，通过混合来自PUFA-PKS系统和其它PKS或FAS系统(例如，I型，II型，模块型)的结构域可扩展该研究以产生全部范围的新终产物。例如，可将PUFA-PKS DH结构域导入正常情况下在其终产物中不掺入顺式双键的系统中。

    因此，本发明包含通过遗传修饰生物体中编码具有根据本发明的非细菌PUFA PKS系统的至少一个功能域的生物学活性的氨基酸序列的至少核酸序列，和/或表达含有编码该氨基酸序列的核酸序列的至少一个重组核酸分子来遗传修饰微生物或植物细胞的方法。上文已经详细描述了该序列，用于遗传修饰生物体的方法，和具体修饰的各种实施方案。一般来说，该方法用于产生可生产一种或多种特定的生物活性分子的特定遗传修饰的生物体。

    本发明的一个实施方案涉及被修饰成表达多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的重组宿主细胞，其中该PKS催化重复的和非重复的酶反应，且其中该PUFA PKS系统包括：(a)至少两个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域；(b)至少6个酰基载体蛋白(ACP)结构域；(c)至少两个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域；(d)至少一个酰基转移酶(AT)结构域；(e)至少一个酮还原酶(KR)结构域；(f)至少两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域；(g)至少一个链长因子(CLF)结构域；和(h)至少一个丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)结构域。在一个实施方案中，PUFA PKS系统是真核PUFA PKS系统。在一个优选的实施方案中，PUFA PKS系统是藻类PUFA PKS系统。在一个更优选的实施方案中，该PUFA PKS系统是Thraustochytriales PUFA PKS系统。该PUFA PKS系统可包括，但不限于Schizochytrium PUFA PKS系统，和破囊壶菌属PUFA PKS系统。在一个实施方案中，该PUFA PKS系统可在原核宿主细胞中表达。在另一实施方案中，该PUFA PKS系统可在真核宿主细胞中表达。

    本发明的另一实施方案涉及被修饰成表达非细菌PUFA PKS系统的重组宿主细胞，其中该PKS系统催化重复的和非重复的酶反应，且其中该非细菌PUFA PKS系统包括至少下列生物学活性结构域：(a)至少一个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域；(b)多个酰基载体蛋白(ACP)结构域(至少4个)；(c)至少两个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域；(d)至少一个酰基转移酶(AT)结构域；(e)至少一个酮还原酶(KR)结构域；(f)至少两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域；(g)至少一个链长因子(CLF)结构域；和(h)至少一个丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)结构域。

    本发明的该实施方案的一个方面涉及产生含有至少一种PUFA的产物的方法，包括在有效产生该产物的条件下生长含有上述任一重组宿主细胞的植物，其中该重组宿主细胞是植物细胞。本发明的该实施方案的另一方面涉及生产含有至少一种PUFA的产物的方法，包括在有效产生该产物的条件下培养含有任一上述重组宿主细胞的培养物，其中该宿主细胞是微生物细胞。在一个优选的实施方案中，该宿主细胞中的PKS系统催化三酰甘油的定向生产。

    本发明的另一实施方案涉及含有非细菌多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的微生物，其中该PKS催化重复的和非重复的酶反应，且其中该PUFA PKS系统包括：(a)至少两个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域；(b)至少6个酰基载体蛋白(ACP)结构域；(c)至少两个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域；(d)至少一个酰基转移酶(AT)结构域；(e)至少一个酮还原酶(KR)结构域；(f)至少两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域；(g)至少一个链长因子(CLF)结构域；和(h)至少一个丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)结构域。优选的是，该微生物是非细菌微生物且更优选的是真核微生物。

    本发明还有另一实施方案涉及含有非细菌多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的微生物，其中该PKS催化重复的和非重复的酶反应，且其中该PUFA PKS系统包括：(a)至少一个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域；(b)多个酰基载体蛋白(ACP)结构域(至少4个)；(c)至少两个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域；(d)至少一个酰基转移酶(AT)结构域；(e)至少一个酮还原酶(KR)结构域；(f)至少两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域；(g)至少一个链长因子(CLF)结构域；和(h)至少一个丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)结构域。

    在本发明的一个实施方案中，预期可结合诱变程序与选择性筛选程序以获得目的生物活性分子。它可包括寻找各种生物活性化合物的方法。该寻找不限于产生具有顺式双键的那些分子。该诱变方法可包括，但不限于：化学诱变，基因改组，编码特定酶结构域的基因区域的交换，或局限于这些基因的特定区域的诱变，以及其它方法。

    例如，可使用高通量诱变方法影响或优化目的生物活性分子的生产。一旦形成有效的模型系统，可以高通量方式修饰这些基因。可设想在两种水平上利用这些技术。首先，如果可设计足够的选择性筛选方法用于产生目的产物(例如，ARA)，则可用于尝试改变该系统以产生该产物(例如，代替诸如上文讨论的其它策略，或者与其协同作用)。另外，如果上文列出的该策略导致一组基因不产生该目的产物，那么可使用该高通量技术优化该系统。例如，如果导入的结构域仅在相当低的温度下起作用，则可设计允许去掉该限制的选择方法。在本发明的一个实施方案中，筛选方法可用于鉴定具有与本文所述Schizochytrium的PUFAPKS系统相似的新PKS系统的其它非细菌生物体(参见上文)。在该生物体中鉴定的同源性PKS系统可用于与本文所述用于Schizochytrium，以及用于其它遗传物质来源的方法相似的方法中，其中从该来源产生，进一步修饰和/或突变PKS系统用于在该微生物中，在另一微生物中，或在高等植物中表达以产生各种化合物。

    应认识到可导入天然(内源性，原始的)PKS系统中的随机的或者定向的许多遗传改变会导致酶功能的失活。本发明优选的实施方案包括的系统仅选择不抑制PKS系统产生一种产物的能力的那些修饰。例如，大肠杆菌的FabB-菌株不能合成不饱和脂肪酸且为了生长需要向培养基中补充可代替其正常不饱和脂肪酸的脂肪酸(参见Metz等，2001，出处同上)。然而，当用有功能的PUFA-PKS系统(即，在大肠杆菌宿主中产生PUFA产物的系统，参见(Metz等，2001，出处同上，图2A)转化该菌株时可取消该需要(对培养基的补充需要)。转化的FabB-菌株现在需要有功能的PUFA-PKS系统(以产生该不饱和脂肪酸)用于生长而不需要补充该脂肪酸。该例子中的关键因素在于广泛的不饱和脂肪酸的生产可以满足(即使不饱和脂肪酸代替例如支链脂肪酸)。因此，在本发明的另一优选的实施方案中，可在本文公开的一种或多种PUFAPKS基因中产生大量突变，然后转化适当修饰的FabB-菌株(例如在含有ER结构域的表达构建体中产生突变并转化具有其它必需结构域在独立的质粒中或者整合进染色体中的FabB菌株)并仅选择不需补充培养基就能生长(即，仍然具有产生能补充FabB-缺陷的分子)的那些转化子。可开发其它筛选工具用于寻找在有活性的PKS系统的该选择性亚型中产生的特定的化合物(例如，对于脂肪酸使用GC)。可设想许多相似的选择性筛选工具用于目的生物活性分子。

    如上所述，在本发明的一个实施方案中，遗传修饰的微生物或植物包括合成所需生物活性分子(产物)的能力增强或者新导入了合成特定产物(例如，合成特定抗生素)的能力的微生物或植物。根据本发明，“增强合成产物的能力”是指在与该产物合成相关的途径中使得与在相同条件下培养或生长的野生型微生物或植物相比该微生物或植物产生的产物量(包括任何以前不存在的产物的生产)增加的任何增强或上调。产生该遗传修饰的生物体的方法在上文中已有详细描述。

    本发明的一个实施方案是通过生长或培养本发明的遗传修饰的微生物或植物(在上文中详细描述)产生所需生物活性分子(也称为产物或化合物)的方法。该方法包括分别在发酵培养基中培养或在合适的环境，例如土壤中生长具有按本文前面所述且根据本发明遗传修饰的微生物或植物的步骤。在一个优选的实施方案中，产生本发明的生物活性分子的方法包括在有效产生该生物活性分子的条件下培养表达包含多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个生物活性结构域的PKS系统的遗传修饰的生物体的步骤。在该优选的方面，PUFA PKS系统的至少一个结构域由选自下组的核酸序列编码：(a)编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列；(b)编码来自以本发明的新筛选方法鉴定的微生物(在上文中详细描述)的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列；(c)编码选自由：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，和其生物学活性片段组成的组中的氨基酸序列的核酸序列；(d)编码选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列；(e)编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和，(f)编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQID NO：32的氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。在该方法的这一优选方面中，该生物体被遗传修饰成影响PKS系统的活性(在上文中详细描述)。用于与本发明的PUFA PKS系统相关的遗传修饰的优选宿主细胞在上文中描述。

    在生产本发明的所需生物活性化合物的方法中，在合适的培养基中在有效产生该生物活性化合物的条件下培养或生长遗传修饰的微生物。合适的或有效的培养基是指本发明的遗传修饰的微生物在其中培养时，能够产生所需产物的任何培养基。该培养基一般是含有可同化的碳，氮和磷酸盐来源的含水培养基。该培养基也可包含合适的盐，无机物，金属和其它营养成分。本发明的微生物可在常规发酵生物反应器中培养。可通过包括，但不限于，分批，补料分批，细胞再循环，和连续发酵的任何发酵方法培养该微生物。用于根据本发明的潜在宿主微生物的优选生长条件是本领域熟知的。该遗传修饰的微生物产生的所需生物活性分子可使用常规分离和纯化技术从发酵培养基中回收。例如，可过滤或离心该发酵培养基以去掉微生物，细胞碎片和其它特定物质，并通过例如，离子交换，色谱法，萃取，溶剂萃取，膜分离，电透析，逆向渗透，蒸馏，化学衍生化和结晶的常规方法从无细胞上清中回收该产物。作为选择，可使用产生所需化合物的微生物，或其提取物和各种分级分离成份而不必从该产物中去掉微生物成份。

    在生产本发明的所需生物活性化合物的方法中，在发酵培养基中培养或在诸如土壤的合适培养基中生长遗传修饰的植物。合适的，或有效的发酵培养基在上文中详细讨论。用于高等植物的合适生长培养基包括用于植物的任何生长培养基，包括，但不限于，土壤，沙土，支持根生长的任何其它颗粒培养基(例如，蛭石，perlite，等)或水耕法培养基，以及优化该高等植物生长的合适的光照，水和营养补充物。本发明的遗传修饰的植物可通过按照本发明遗传修饰的PKS系统的活性改造成产生大量所需产物。通过从该植物中提取该化合物的纯化方法可回收该化合物。在一个优选的实施方案中，通过收获该植物回收该化合物。在该实施方案中，可以其天然状态消费该植物或者进一步加工成可消费的产物。

    如上所述，在一个方面，用于本发明的遗传修饰的微生物可内源性含有并表达PUFA PKS系统，且该遗传修饰可以是对内源性PUFA PKS系统的一个或多个功能域的遗传修饰，因此该修饰对PUFA PKS系统的活性具有一些影响。在另一方面，该生物体可内源性含有并表达PUFA PKS系统，且该遗传修饰可以是导入至少一个外源性核酸序列(例如，重组核酸分子)，其中该外源性核酸分子编码第二个PKS系统的至少一个生物活性结构域或蛋白质和/或影响所述PUFA PKS系统的活性的蛋白质(例如，磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(PPTase)，下文讨论)。在还有另一方面，该生物体不必内源性(天然)含有PUFA PKS系统，但是被遗传修饰成导入至少一个编码具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性的氨基酸序列的重组核酸分子。在该方面，通过在该生物体中导入或增加PUFA PKS活性来影响PUFA PKS的活性。分别与这些方面相关的各种实施方案已在上文中详细讨论。

    在产生生物活性化合物的方法的一个实施方案中，与野生型生物体相比，该遗传修饰改变了由内源性PKS系统产生的至少一种产物。

    在另一实施方案中，该生物体内源性表达含有该PUFA PKS系统的至少一种生物学活性结构域的PKS系统，且该遗传修饰包含用选自由：编码来自第二个PKS系统的至少一个生物学活性结构域的重组核酸分子和编码影响PUFA PKS系统的活性的蛋白质的重组核酸分子组成的组中的重组核酸分子转染该生物体。在该实施方案中，与野生型生物体相比，该遗传修饰优选改变由内源性PKS系统产生的至少一种产物。第二个PKS系统可包括另一PUFA PKS系统(细菌或非细菌)，I型PKS系统，II型PKS系统，和/或模块型PKS系统。影响PKS系统的活性的蛋白质的例子已在上文中描述(例如，PPTase)。

    在另一实施方案中，该生物体通过用编码多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的重组核酸分子转染来进行遗传修饰。该重组核酸分子在本文前面进行了详细描述。

    在另一实施方案中，该生物体内源性表达非细菌PUFA PKS系统，且该遗传修饰包括用来自不同PKS系统的结构域取代编码该非细菌PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列。在另一实施方案中，该生物体内源性表达非细菌PUFA PKS系统，且通过用编码调节PUFA PKS系统产生的脂肪酸的链长的蛋白质的重组核酸分子转染该生物体进行了修饰。在一个方面，编码调节脂肪酸链长的蛋白质的重组核酸分子取代编码该非细菌PUFA PKS系统中的链长因子的核酸序列。在另一方面，调节PUFA PKS系统产生的脂肪酸的链长的蛋白质是链长因子。在另一方面，调节PUFA PKS系统产生的脂肪酸的链长的蛋白质是指导C20单位合成的链长因子。

    在另一实施方案中，该生物体表达在选自由编码β-羟酰-ACP脱水酶(DH)的结构域和编码β-酮脂酰-ACP合酶(KS)的结构域组成的组中的一个结构域中包含遗传修饰的非细菌PUFA PKS系统，其中与没有该修饰相比，该修饰改变了由PUFA PKS系统产生的长链脂肪酸的比率。在该实施方案的一个方面，该修饰选自由该结构域的全部或部分缺失，用来自不同生物体的同源性结构域取代该结构域，和该结构域的突变组成的组中。

    在另一实施方案中，该生物体表达在烯酰-ACP还原酶(ER)结构域中含有修饰的非细菌PUFA PKS系统，其中与没有该修饰相比，该修饰导致产生不同化合物。在该实施方案的一个方面，该修饰选自由该ER结构域的全部或部分缺失，用来自不同生物体的ER结构域取代该ER结构域，和该ER结构域的突变组成的组中。

    在产生生物活性分子的方法的一个实施方案中，该生物体产生的多不饱和脂肪酸(PUFA)分布特征不同于没有遗传修饰的天然生物体。

    用于产生生物活性分子的许多其它遗传修饰对于本领域的技术人员而言在本说明书的教导下是显而易见的，且各种其它修饰已在本文前面进行了讨论。本发明包含导致产生所需生物活性分子的与本文所述PUFA PKS系统相关的任何遗传修饰。

    根据本发明的生物活性分子包括具有生物学活性且可由包含具有本文所述非细菌PUFA PKS系统的至少一个功能域的生物学活性的至少一种氨基酸序列的PKS系统产生的任何分子(化合物，产物，等)。该生物活性分子可包括，但不限于：多不饱和脂肪酸(PUFA)，抗炎症配制品，化疗剂，有效赋形剂，骨质疏松症药物，抗抑郁剂，抗惊厥剂，抗幽门螺杆菌(Heliobactorpylori)药物，治疗神经变性疾病的药物，治疗变性肝脏疾病的药物，抗生素，和降胆固醇配制品。本发明的非细菌PUFA PKS系统的一个优势是该系统具有诱导顺式构型的碳-碳双键的能力，且该分子在每第三个碳包含一个双键。该能力可用于产生各种化合物。

    优选的是，目的生物活性化合物由该遗传修饰的微生物以高于约0.05％，且优选高于约0.1％，且更优选高于约0.25％，且更优选高于约0.5％，且更优选高于约0.75％，且更优选高于约1％，且更优选高于约2.5％，且更优选高于约5％，且更优选高于约10％，且更优选高于约15％，且更优选高于约20％的微生物干重的量产生。对于脂类化合物，优选的是，该化合物以高于约5％的微生物干重的量产生。对于其它生物活性化合物，例如抗生素或以更少量合成的化合物，将在微生物干重中具有该化合物的那些菌株鉴定为预期含有上述类型的新PKS系统。在一些实施方案中，特定的生物活性分子(化合物)由该微生物分泌，而不是累积。因此，该生物活性分子一般从培养基中回收且产生的分子浓度随该微生物和培养规模而变化。

    本发明的一个实施方案涉及修饰含有至少一种脂肪酸的终产物的方法，包括向所述终产物中添加一种由重组宿主细胞产生的油类，该重组宿主细胞表达至少一个含有编码PUFA PKS系统的至少一个生物活性结构域的核酸序列的重组核酸分子。该PUFA PKS系统是任一非细菌PUFA PKS系统，且优选选自：(a)编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列；(b)编码来自以本文公开的新筛选方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列；(c)编码选自由：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，和其生物学活性片段组成的组中的氨基酸序列的核酸序列；(d)编码选自：SEQ IDNO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ IDNO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列；(e)编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和(f)编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。上文中已经详细描述了这些核酸序列的变化。

    优选的是，该终产物选自由食品，饮食添加剂，药物配制品，人源化动物乳汁，和婴儿配制品组成的组中。合适的药物配制品包括，但不限于：抗炎症配制品，化疗剂，有效赋形剂，骨质疏松症药物，抗抑郁剂，抗惊厥剂，抗幽门螺杆菌药物，治疗神经变性疾病的药物，治疗变性肝脏疾病的药物，抗生素，和降胆固醇配制品。在一个实施方案中，该终产物用于治疗选自由：慢性炎症，急性炎症，胃肠疾病，癌症，恶病质，心脏再狭窄，神经变性疾病，肝脏变性疾病，血脂疾病，骨质疏松症，骨关节炎，自身免疫疾病，先兆子痫，早产，年老相关性黄斑病，肺病，和过氧化物酶体疾病组成的组中的一种症状。

    合适的食品包括，但不限于，精细面包商品，面包卷(bread and rolls)，早餐谷类食品，加工的和未加工的乳酪，调味品(番茄酱，蛋黄酱，等)，乳制品(奶，酸乳酪)，布丁和胶质甜点，碳酸饮料，茶，粉末状饮料混合物，加工的鱼产物，水果类饮料，口香糖，硬甜食，冷冻乳制品，加工的肉类产物，坚果和坚果饼(nut-based spreads)，意大利面食，加工的家禽产物，肉汁和酱，马铃薯片和其它片状食品或松脆食品，巧克力和其它甜食，汤和汤混合物，大豆类产物(奶，饮料，乳酪，whiteners)，以植物油为基础的饼(spreads)，和蔬菜类饮料。

    本发明的另一实施方案涉及生产人源化的动物乳汁的方法。该方法包括用至少一种含有编码PUFA PKS系统的至少一个生物活性结构域的核酸序列的重组核酸分子遗传修饰产奶动物的产奶细胞的步骤。该PUFA PKS系统是一种非细菌PUFA PKS系统，且优选的是，该PUFA PKS系统的至少一个结构域由选自下组的核酸序列编码：(a)编码来自Thraustochytrid微生物的多不饱和脂肪酸(PUFA)聚酮化合物合酶(PKS)系统的至少一个结构域的核酸序列；(b)编码来自以本文前面描述的新筛选方法鉴定的微生物的PUFA PKS系统的至少一个结构域的核酸序列；(c)编码选自由：SEQ ID NO：2，SEQ IDNO：4，SEQ ID NO：6，和其生物学活性片段组成的组中的氨基酸序列的核酸序列；(d)编码选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ IDNO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，或其生物学活性片段的氨基酸序列的核酸序列；(e)编码与选自：SEQ ID NO：2，SEQ IDNO：4，或SEQ ID NO：6的氨基酸序列的至少500个连续氨基酸有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性；和/或(f)编码与选自：SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ IDNO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，或SEQ ID NO：32的氨基酸序列具有至少约60％相同性的氨基酸序列的核酸序列；其中该氨基酸序列具有PUFA PKS系统的至少一个结构域的生物学活性。

    遗传修饰宿主细胞并产生遗传修饰的非人产奶动物的方法是本领域已知的。可修饰的宿主动物的例子包括牛，绵羊，猪，山羊，牦牛，等，它们易于进行遗传操作和克隆用于迅速扩大表达转基因的群体。对于动物，通过修饰基因调控区可使PKS-样转基因适应于在靶器官，组织和体液中表达。特别所需是在宿主动物乳腺乳汁中生产PUFA。

    提供下面的实施例用于说明的目的而不打算用于限制本发明的范围。

    实施例

    实施例1

    下面的实施例描述了对来自Schizochytrium的PKS相关性序列的进一步分析。

    本发明人使用PCT公开号WO 0042195的实施例8和9和美国申请系列号09/231,899中列出的一般方法测序了包含Schizochytrium PUFA PKS系统中所有三个可读框(Orfs)全长的基因组DNA。Schizochytrium PKS蛋白质中的生物学活性结构域在图1中以图示进行了描述。Schizochytrium PUFA PKS系统的结构域结构更具体地描述如下。

    可读框A(OrfA)：

    OrfA的完整核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：1。OrfA是一个8730个核苷酸的序列(不包括终止密码子)，它编码一个2910个氨基酸的序列，本文表示为SEQ ID NO：2。OrfA内有12个结构域：

    (a)一个β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域；

    (b)一个丙二酰-CoA:ACP酰基转移酶(MAT)结构域；

    (c)9个酰基载体蛋白(ACP)结构域；

    (d)一个酮还原酶(KR)结构域。

    OrfA内包含的结构域根据如下测定：

    (1)Pfam程序分析的结果(Pfam是蛋白质结构域或保守蛋白区域的多个序列对比的数据库)。该序列对比表示了可暗示该蛋白质功能的一些进化保守结构。从Pfam序列对比建立的概形隐藏马尔可夫模型(概形HMMs)对于自动识别属于已有蛋白质家族的新蛋白质非常有用，即使该同源性较弱。不同于标准的逐对序列对比方法(例如BLAST，FASTA)，Pfam HMMs可明智地处理多结构域蛋白质。涉及所用的Pfam版本的参考文献是：Bateman A，Bimey E，Cerruti L，Durbin R，Etwiller L，Eddy SR，Griffiths-Jones S，Howe KL，Marshall M，Sonnhammer EL(2002)Nucleic Acids Research 30(1)：276-280)；和/或

    (2)使用BLAST 2.0 Basic BLAST同源性检索与细菌PUFA-PKS系统(例如，希瓦氏菌属)的同源性比较，使用blastp用标准默认参数进行氨基酸检索，其中，通过默认筛选查询序列的低复杂性区域(在Altschul，S.E.，Madden，T.L.，Schaaffer，A.A.，Zhang，J.，Zhang，Z.，Miller，W.& Lipman，D.J.(1997)，“间隔的BLAST和PSI-BLAST：新产生的蛋白质数据库检索程序”。Nucleic AcidsRes.25：3389-3402中描述，本文引用以其整体作为参考)。

    据信提供的单个结构域的序列含有编码功能域的全长序列，且在Orf内可含有其它侧翼序列。

    ORFA-KS

    OrfA中的第一个结构域是KS结构域，本文也称为ORFA-KS。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：1(OrfA)的约位置1和40之间的起始位点到SEQ ID NO：1的约位置1428和1500之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFA-KS结构域的序列的核苷酸序列在本文中表示为SEQ ID NO：7(SEQ ID NO：1的位置1-1500)。含有KS结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ IDNO：2(ORFA)的约位置1和14之间的起始位点到SEQ ID NO：2的约位置476和500之间的终止位点。含有ORFA-KS结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：8(SEQ ID NO：2的位置1-500)。应注意ORFA-KS结构域含有一个活性位点基序：DXAC*(*酰基结合位点C215)。

    ORFA-MAT

    OrfA的第二个结构域是MAT结构域，本文也称为ORFA MAT。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：1(OrfA)的约位置1723和1798之间的起始位点到SEQ ID NO：1的约位置2805和3000之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFA-MAT结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：9(SEQ ID NO：1的位置1723-3000)。含有MAT结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：2(ORFA)的约位置575和600之间的起始位点到SEQ ID NO：2的约位置935和1000之间的终止位点。含有ORFA-MAT结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：10(SEQ ID NO：2的位置575-1000)。应注意该ORFA-MAT结构域含有一个活性位点基序：GHS*XG(*酰基结合位点S706)，本文表示为SEQ ID NO：11。

    ORFA-ACP#1-9

    OrfA的结构域3-11是9个串连的ACP结构域，本文也称为ORFA-ACP(该序列的第一个结构域是ORFA-ACP1，第二个结构域是ORFA-ACP2，第三个结构域是ORFA-ACP3，等)。第一个ACP结构域，即ORFA-ACP1包含在覆盖从SEQ ID NO：1(OrfA)的约位置3343到约位置3600的核苷酸序列内。含有编码ORFA-ACP1结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：12(SEQ ID NO：1的位置3343-3600)。含有第一个ACP结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：2的约位置1115到约位置1200。含有ORFA-ACP1结构域的氨基酸序列在本文中表示为SEQ ID NO：13(SEQ ID NO：2的位置1115-1200)。应注意该ORFA-ACP1结构域含有一个活性位点基序：LGIDS*(*泛酰巯基乙胺结合基序S1157)，本文以SEQ IDNO：14表示。所有9个ACP结构域的核苷酸和氨基酸序列高度保守且，因此各结构域的序列在本文中没有用单独的序列标识符表示。然而，根据该信息，本领域的技术人员可容易地测定其它8个ACP结构域各自的序列。9个结构域的重复间隔是SEQ ID NO：1的接近约110到约330核苷酸。

    所有9个ACP结构域一起覆盖从SEQ ID NO：1的约位置3283到约位置6288的OrfA区域，它相应于SEQ ID NO：2从约1095到约2096的氨基酸位置。该区域包括各个ACP结构域之间的接头片段。9个ACP结构域中每个含有一个泛酰巯基乙胺结合基序LGIDS*(本文中以SEQ ID NO：14表示)，其中*是泛酰巯基乙胺结合位点S。ACP结构域区域的每个末端和各ACP结构域之间是高度富含脯氨酸(P)和丙氨酸(A)的区域，据信它是接头区域。例如，ACP结构域1和2之间是序列：APAPVKAAAPAAPVASAPAPA，本文表示为SEQ ID NO：15。

    ORFA-KR

    OrfA中的结构域12是KR结构域，本文也称为ORFA-KR。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：1的约位置6598的起始位点到SEQ ID NO：1的约位置8730的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFA-KR结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：17(SEQ ID NO：1的位置6598-8730)。含有KR结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：2(ORFA)的约位置2200的起始位点到SEQ ID NO：2的约位置2910的终止位点。含有ORFA-KR结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：18(SEQ ID NO：2的位置2200-2910)。KR结构域内具有与短链乙醛脱氢酶(KR是该家族的一个成员)同源的核心区。该核心区跨越从SEQ ID NO：1的约位置7198至约位置7500，它相应于SEQ ID NO：2的氨基酸位置2400-2500。

    可读框B(OrfB)：

    OrfB的完整核苷酸序列在本文中表示为SEQ ID NO：3。OrfB是一个6177个核苷酸的序列(不包括终止密码子)，它编码一个2059个氨基酸的序列，本文表示为SEQ ID NO：4。OrfB内有4个结构域：

    (a)β-酮脂酰-ACP合酶(KS)结构域；

    (b)一个链长因子(CLF)结构域；

    (c)一个酰基转移酶(AT)结构域；

    (d)一个烯酰ACP-还原酶(ER)结构域。

    ORFB内包含的结构域根据如下结果确定：(1)上述用Pfam程序分析的结果；和/或(2)也在上文描述的使用BLAST 2.0Basic BLAST同源性检索与细菌PUFA-PKS系统(例如，希瓦氏菌属)的同源性比较。据信提供的单个结构域的序列含有编码功能域的全长序列，且在Orf内可含有其它侧翼序列。

    ORFB-KS

    OrfB中的第一个结构域是KS结构域，本文也称为ORFB-KS。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：3(OrfB)的约位置1和43之间的起始位点到SEQ ID NO：3的约位置1332和1350之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFB-KS结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：19(SEQ ID NO：3的位置1-1350)。含有KS结构域的氨基酸序列覆盖从SEQID NO：4(ORFB)的约位置1和15之间的起始位点到SEQ ID NO：4的约位置444和450之间的终止位点。含有ORFB-KS结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：20(SEQ ID NO：4的位置1-450)。应注意ORFB-KS结构域含有一个活性位点基序：DXAC*(*酰基结合位点C196)。

    ORFB-CLF

    OrfB中的第二个结构域是CLF结构域，本文也称为ORFB-CLF。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：3(OrfB)的约位置1378和1402之间的起始位点到SEQ ID NO：3的约位置2682和2700之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFB-CLF结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：21(SEQ ID NO：3的位置1378-2700)。含有CLF结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：4(ORFB)的约位置460和468之间的起始位点到SEQ ID NO：4的约位置894和900之间的终止位点。含有ORFB-CLF结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：22(SEQ ID NO：4的位置460-900)。应注意ORFB-CLF结构域含有KS活性位点基序但没有结合酰基的半胱氨酸。

    ORFB-AT

    在OrfB中的第三个结构域是AT结构域，本文也称为ORFB-AT。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：3(OrfB)的约位置2701和3598之间的起始位点到SEQ ID NO：3的约位置3975和4200之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFB-AT结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：23(SEQ ID NO：3的位置2701-4200)。含有AT结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：4(ORFB)的约位置901和1200之间的起始位点到SEQ ID NO：4的约位置1325和1400之间的终止位点。含有ORFB-AT结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：24(SEQ ID NO：4的位置901-1400)。应注意该ORFB-AT结构域含有AT活性位点基序GxS*xG(*酰基结合位S1140)。

    ORFB-ER

    OrfB中的第四个结构域是ER结构域，本文也称为ORFB-ER。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：3(OrfB)的约位置4648的起始位点到SEQ IDNO：3的约位置6177的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFB-ER结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：25(SEQ ID NO：3的位置4648-6177)。含有ER结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：4(ORFB)的约位置1550的起始位点到SEQ ID NO：4的约位置2059的终止位点。含有ORFB-ER结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：26(SEQ ID NO：4的位置1550-2059)。

    可读框C(OrfC)：

    OrfC的完整核苷酸序列在本文中表示为SEQ ID NO：5。OrfC是一个4509个核苷酸的序列(不包括终止密码子)，它编码1503个氨基酸的序列，本文表示为SEQ ID NO：6。OrfC内含有3个结构域：

    (a)两个FabA-样β-羟酰-ACP脱水酶(DH)结构域；

    (b)一个烯酰ACP还原酶(ER)结构域。

    ORFC内包含的结构域根据如下结果确定：(1)上述用Pfam程序分析的结果；和/或(2)也在上文描述的使用BLAST 2.0 Basic BLAST同源性检索与细菌PUFA-PKS系统(例如，希瓦氏菌属)的同源性比较。据信提供的单个结构域的序列含有编码功能域的全长序列，且在Orf内可含有其它侧翼序列。

    ORFC-DH1

    OrfC中的第一个结构域是DH结构域，本文也称为ORFC-DH1。它是OrfC中的两个DH结构域之一，因此命名为DH1。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：5(OrfC)的约位置1和778之间的起始位点到SEQ ID NO：5的约位置1233和1350之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFC-DH1结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：27(SEQ ID NO：5的位置1-1350)。含有DH1结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：6(ORFC)的约位置1和260之间的起始位点到SEQ ID NO：6的约位置411和450之间的终止位点。含有ORFC-DH1结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：28(SEQ ID NO：6的位置1-450)。

    ORFC-DH2

    OrfC中的第二个结构域是DH结构域，本文也称为ORFC-DH2。它是OrfC中两个DH结构域的第二个，因此命名为DH2。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：5(OrfC)的约位置1351和2437之间的起始位点到SEQ IDNO：5的约位置2607和2850之间的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFC-DH2结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：29(SEQ IDNO：5的位置1351-2850)。含有DH2结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：6(ORFC)的约位置451和813之间的起始位点到SEQ ID NO：6的约位置869和950之间的终止位点。含有ORFC-DH2结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：30(SEQ ID NO：6的位置451-950)。

    ORFC-ER

    OrfC中的第三个结构域是ER结构域，本文也称为ORFC-ER。该结构域包含在覆盖从SEQ ID NO：5(OrfC)的约位置2998的起始位点到SEQ IDNO：5的约位置4509的终止位点的核苷酸序列内。含有编码ORFC-ER结构域的序列的核苷酸序列本文表示为SEQ ID NO：31(SEQ ID NO：5的位置2998-4509)。含有ER结构域的氨基酸序列覆盖从SEQ ID NO：6(ORFC)的约位置1000的起始位点到SEQ ID NO：6的约位置1502的终止位点。含有ORFC-ER结构域的氨基酸序列本文表示为SEQ ID NO：32(SEQ ID NO：6的位置1000-1502)。

    实施例2

    下面的实施例描述了使用本发明的筛选方法鉴定含有根据本发明的PUFAPKS系统的三个其它的非细菌生物。

    按照美国临时申请系列号60/298,796中所述和本文详细描述的筛选方法培养破囊壶菌23B(ATCC 20892)。

    用于检测含有产生PUFA的PKS系统的微生物而形成的生物学合理的筛选系统(使用摇瓶培养物)按如下进行：

    将待测菌株微生物的2mL培养物放在含有50mL培养基的250mL带挡板的摇瓶中(有氧处理)，并将相同菌株的另一2mL培养物放在含有200mL培养基的250mL无挡板的摇瓶中(缺氧处理)。将两种摇瓶放在200rpm的摇床上。培养48-72小时后，离心收获培养物并通过气相色谱法分析细胞的脂肪酸甲基酯以测定各培养物的下列数据：(1)脂肪酸分布特征；(2)PUFA含量；(3)脂肪含量(评估为脂肪酸总量(TFA))。

    然后分析这些数据并回答下列5个问题：

    选择标准：低氧/缺氧瓶与有氧瓶(是/否)：

    (1)与有氧培养物相比低氧培养物中的DHA(或其它PUFA含量)(以％FAME)是否保持约相同或优选提高？

    (2)缺氧培养物中的C14:0+C16:0+C16:1是否超过约40％的TFA？

    (3)在缺氧培养物中对于常规氧依赖型延长酶/去饱和酶途径是否有极少(FAME＞1％)或者没有前体(C18:3n-3+C18:2n-6+C18:3n-6)？

    (4)与有氧培养相比低氧培养中的脂肪含量(以脂肪酸总量/细胞干重表示)是否提高？

    (5)与有氧培养相比低氧培养中以占细胞干重百分数表示的DHA(或其它PUFA含量)是否增加？

    如果前3个问题的答案为是，则它是该菌株含有形成长链PUFA的PKS遗传系统的良好征兆。答案为是的问题越多(优选前三个问题的答案必须为是)，该菌株含有这种PKS遗传系统的征兆就越强。如果5个问题的答案都为是，那么就是该菌株含有形成长链PUFA的PKS遗传系统的极强征兆。

    在上述方法之后，使用破囊壶菌属种类23B(ATCC 20892)的冷冻小瓶接种含有50mL RCA培养基的250mL摇瓶。25℃下在摇床上摇动(200rpm)培养物72小时。RCA培养基含有如下成份：

    RCA培养基

    去离子水                                      1000mL

    Reef Crystals海盐                          40g/L

    葡萄糖                                        20g/L

    谷氨酸一钠(MSG)                               20g/L

    酵母提取物                                    1g/L

    PII金属*                                     5mL/L

    维生素混合物*                                1mL/L

    pH                                             7.0

    *PII金属混合物和维生素混合物与美国专利号5,130,742所述相同，本文引用以其整体作为参考。

    然后使用25mL 72小时的旧培养物接种含有50mL低氮RCA培养基(10g/L MSG代替20g/L)的另一250mL摇瓶，且使用另一25mL的培养物接种含有175mL低氮RCA培养基的250mL摇瓶。然后将两个摇瓶放在25℃下的摇床(200rpm)上72小时。然后通过离心收获细胞并冷冻干燥。使用标准气相色谱步骤(例如在US 5,130,742中所述)分析干燥细胞的脂肪含量和脂肪酸分布特征和含量。

    破囊壶菌属23B的筛选结果如下：

    以％FAME表示的DHA是否增加？                         是(38→44％)

    C14:0+C16:0+C16:1是否高于约40％TFA？                是(44％)

    是否无C18:3(n-3)或C18:3(n-6)？                      是(0％)

    脂肪含量是否增加？                                  是(增加2倍)

    DHA(或其它HUFA含量)是否增加？                       是(增加2.3-倍)

    该结果，特别是在低氧条件下DHA含量(表示为％FAME)明显增加有力地表明在该破囊壶菌属菌株中存在产生PUFA的PKS系统。

    为了提供证实存在PUFA PKS系统的其它数据，使用来自Schizochytrium菌株20888的PKS探针对破囊壶菌23B进行southern印迹，其中菌株20888已经确定含有产生PUFA的PKS系统(即，上述SEQ ID Nos：1-32)。使用Southern印迹技术检测与来自PKS PUFA合成基因的杂交探针同源的破囊壶菌23B基因组DNA的片段。用ClaI或KpnI限制性核酸内切酶消化破囊壶菌23B基因组DNA，通过琼脂糖凝胶电泳分离(0.7％琼脂糖，在标准Tris-乙酸盐-EDTA缓冲液中)，并通过毛细管转移印迹到Schleicher & SchuellNytran Supercharge膜上。使用两个地高辛配基标记的杂交探针，一个对Schizochytrium PKS OrfB的烯酰还原酶(ER)区域(OrfB的核苷酸5012-5511；SEQ ID NO：3)具有特异性，另一个对在Schizochytrium PKS OrfC的开始处的保守区(OrfC的核苷酸76-549；SEQ ID NO：5)具有特异性。

    OrfB-ER探针在破囊壶菌23B基因组DNA中检测到一个约13kb的ClaI片段和一个约3.6kb的KpnI片段。OrfC探针在破囊壶菌23B基因组DNA中检测到一个约7.5kb的ClaI片段和一个约4.6kb的KpnI片段。

    最后，使用地高辛配基标记的相应于Schizochytrium 20888 PUFA-PKS基因下列片段：OrfA的核苷酸7385-7879(SEQ ID NO：1)，OrfB的核苷酸5012-5511(SEQ IDNO：3)，和OrfC的核苷酸76-549(SEQ IDNO：5)的探针筛选由来自破囊壶菌23B基因组DNA的DNA片段插入载体λFIX II(Stratagene)组成的重组基因组文库。这些探针分别从破囊壶菌23B文库检测到阳性噬斑，表明Schizochytrium PUFA-PKS基因与破囊壶菌23B基因之间具有广泛同源性。

    总之，这些结果证实破囊壶菌23B基因组DNA含有与来自Schizochytrium 20888的PKS基因同源的序列。

    本文包括的该Thraustochytrid微生物作为用于上述实施方案的这些基因的另一来源。

    破囊壶菌23B(ATCC 20892)在其脂肪酸分布特征方面明显不同于Schizochytrium sp.(ATCC 20888)。破囊壶菌23B具有高达14∶1的DHA∶DPA(n-6)比率，相比之下Schizochytrium(ATCC 20888)中仅为2-3∶1。破囊壶菌23B也具有高水平的C20∶5(n-3)。与已知的Schizochytrium PUFA PKS系统相比对破囊壶菌23B的PUFA PKS系统中的结构域的分析给我们提供了关于如何修饰这些结构域以影响使用这些系统产生的PUFA的比率和类型的关键信息。

    使用上述筛选方法可鉴定含有PUFA PKS系统的其它潜在候选菌株。本发明人鉴定的具有PUFA PKS系统的两个其它菌株是Schizochytriumlimacium(SR21)Honda & Yokochi(IFO32693)和Ulkenia(BP-5601)。除了在N2培养基(葡萄糖：60g/L；KH2PO4∶4.0g/l；酵母提取物：1.0g/L；玉米浆：1mL/L；NH4NO3∶1.0g/L；人工海盐(Reef Crystals)：20g/L；所有上述浓度在去离子水中混合)中外按上述筛选两个菌株。对于Schizochytrium和Ulkenia这两个菌株，用于破囊壶菌23B的上述前三个筛选问题的答案均为是，即(Schizochytrium-有氧对缺氧的DHA％FAME为32→41％，58％的14:0/16:0/16:1，0％的前体)和(Ulkenia-有氧对缺氧的DHA％FAME为28→44％，63％的14:0/16:0/16:1，0％的前体)，表明这些菌株是含有PUFA PKS系统的良好候选菌株。各菌株的最后两个问题得到了否定的答案：在S.Limacium中脂肪从61％干重下降到22％干重，且DHA从21％下降到9％干重，Ulkenia中脂肪从59％下降到21％干重且DHA从16％下降到9％干重。这些Thraustochytrid微生物本文也声明作为用于上述实施方案的基因的另外来源。

    实施例3

    下面的实施例证实了Schizochytrium中的DHA和DPA合成不涉及膜结合的去饱和酶或脂肪酸延长酶，与对其它真核生物所述情况一样(Parker-Bames等，2000，出处同上；Shanklin等，1998，出处同上)。

    Schizochytrium积累大量富含DHA和鲱油酸(DPA；22:5ω6)的三酰甘油；例如，占干重30％的DHA+DPA。在通过延长/去饱和化途径合成20-和22-碳的PUFA的真核生物中，18-，20-和22-碳中间体的分子库相当大，因此使用[14C]-乙酸盐的体内标记实验揭示了预测的中间体的清楚前体-产物动力学。另外，给该生物体提供的外源性放射标记的中间体转变成最终的PUFA产物。

    在开始时以单次脉冲给2日龄的培养物补充[1-14C]乙酸盐。然后离心收获细胞样品并提取脂类。另外，通过测量离心之前和之后样品的放射活性估计细胞的[1-14C]乙酸盐吸收。以AgNO3-TLC(溶剂，己烷∶二乙基醚∶乙酸，体积比为70∶30∶2)分离从总细胞脂类衍生的脂肪酸甲酯。以气相色谱法证实脂肪酸带的身份，通过液闪计数测量它们的放射活性。结果表明[1-14C]-乙酸盐被Schizochytrium细胞迅速吸收并掺入脂肪酸中，但是在最短标记时间(1分钟)时，DHA含有在脂肪酸中回收的标记物的31％且在[14C]-乙酸盐掺入的10-15分钟期间和随后24小时的培养物生长中该百分数基本上保持不变(数据未显示)。同样，在整个实验中DPA代表了10％的标记物。没有关于16-或18-碳脂肪酸与22-碳多不饱和脂肪酸之间存在前体-产物关系的证据。这些结果与从包含极小(很可能是酶结合的)中间体分子库的[14C]-乙酸盐迅速合成DHA一致。

    接着，在含有2mM DTT，2mM EDTA，和10％甘油的100mM磷酸盐缓冲液(pH7.2)中通过用玻璃珠搅拌破碎细胞。以100,000g离心无细胞匀浆1小时。在25℃下在补充了20μM乙酰-CoA，100μM[1-14C]丙二酰-CoA(0.9Gbq/mol)，2mM NADH，和2mM NADPH的匀浆缓冲液中培养总匀浆，沉淀(H-S沉淀)，和上清(H-S上清)分级分离成份的相当等分试样60分钟。提取试验物，制备脂肪酸甲酯并在用Instantimager(Packard Instruments，Meriden，CT)检测放射性前按上文所述分离。结果表明来自Schizochytrium培养物的无细胞匀浆将[1-14C]-丙二酰-CoA掺入DHA，DPA，和饱和脂肪酸中(数据未显示)。100,000×g的上清成份保留相同的生物合成活性但在膜沉淀中不存在该活性。将这些数据与细菌酶试验期间获得的数据(参见Metz等，2001，出处同上)相对照且可表明使用了不同的(可溶的)酰基受体分子。因此，Schizochytrium中的DHA和DPA合成不涉及膜结合的去饱和酶或脂肪酸延长酶，与对其它真核生物所述一样。

    尽管已经详细描述了本发明的各种实施方案，但是显而易见的是本领域的技术人员可想到对这些实施方案进行改良和改编。然而应清楚地明白，这些改良和改编在下面权利要求书所述本发明的范围内。

                                   序列表

    <110>马泰克生物科学公司(Metz，James)

    <120>PUFA聚酮化合物合酶系统及其用途

    <130>2997-29-PCT

    <150>60/284,066

    <151>2001-04-16

    <150>60/298,796

    <151>2001-06-15

    <150>60/323,269

    <151>2001-09-18

    <160>37

    <170>PatentIn version 3.1

    <210>1

    <211>8730

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(8730)

    <223>

    <400>1

    atg gcg gcc cgt ctg cag gag caa aag gga ggc gag atg gat acc cgc      48

    Met Ala Ala Arg Leu Gln Glu Gln Lys Gly Gly Glu Met Asp Thr Arg

    1               5                   10                  15

    att gcc atc atc ggc atg tcg gcc atc ctc ccc tgc ggc acg acc gtg      96

    Ile Ala Ile Ile Gly Met Ser Ala Ile Leu Pro Cys Gly Thr Thr Val

                20                  25                  30

    cgc gag tcg tgg gag acc atc cgc gcc ggc atc gac tgc ctg tcg gat      144

    Arg Glu Ser Trp Glu Thr Ile Arg Ala Gly Ile Asp Cys Leu Ser Asp

            35                  40                  45

    ctc ccc gag gac cgc gtc gac gtg acg gcg tac ttt gac ccc gtc aag      192

    Leu Pro Glu Asp Arg Val Asp Val Thr Ala Tyr Phe Asp Pro Val Lys

        50                  55                  60

    acc acc aag gac aag atc tac tgc aag cgc ggt ggc ttc att ccc gag      240

    Thr Thr Lys Asp Lys Ile Tyr Cys bys Arg Gly Gly Phe Ile Pro Glu

    65                  70                  75                  80

    tac gac ttt gac gcc cgc gag ttc gga ctc aac atg ttc cag atg gag      288

    Tyr Asp Phe Asp Ala Arg Glu Phe Gly Leu Asn Met Phe Gln Met Glu

                    85                  90                  95

    gac tcg gac gca aac cag acc atc tcg ctt ctc aag gtc aag gag gcc      336

    Asp Ser Asp Ala Asn Gln Thr Ile Ser Leu Leu Lys Val Lys Glu Ala

                100                 105                 110

    ctc cag gac gcc ggc atc gac gcc ctc ggc aag gaa aag aag aac atc      384

    Leu Gln Asp Ala Gly Ile Asp Ala Leu Gly Lys Glu Lys Lys Asn Ile

            115                 120                 125

    ggc tgc gtg ctc ggc att ggc ggc ggc caa aag tcc agc cac gag ttc      432

    Gly Cys Val Leu Gly Ile Gly Gly Gly Gln Lys Ser Ser His Glu Phe

        130                 135                 140

    tac tcg cgc ctt aat tat gtt gtc gtg gag aag gtc ctc cgc aag atg      480

    Tyr Ser Arg Leu Asn Tyr Val Val Val Glu Lys Val Leu Arg Lys Met

    145                 150                 155                 160

    ggc atg ccc gag gag gac gtc aag gtc gcc gtc gaa aag tac aag gcc      528

    Gly Met Pro Glu Glu Asp Val Lys Val Ala Val Glu Lys Tyr Lys Ala

                    165                 170                     175

    aac ttc ccc gag tgg cgc ctc gac tcc ttc cct ggc ttc ctc ggc aac      576

    Asn Phe Pro Glu Trp Arg Leu Asp Ser Phe Pro Gly Phe Leu G1y Asn

                180                 185                 190

    gtc acc gcc ggt cgc tgc acc aac acc ttc aac ctc gac ggc atg aac      624

    Val Thr Ala Gly Arg Cys Thr Asn Thr Phe Asn Leu Asp Gly Met Asn

            195                 200                 205

    tgc gtt gtc gac gcc gca tgc gcc tcg tcc ctc atc gcc gtc aag gtc      672

    Cys Val Val Asp Ala Ala Cys Ala Ser Ser Leu Ile Ala Val Lys Val

        210                 215                 220

    gcc atc gac gag ctg ctc tac ggt gac tgc gac atg atg gtc acc ggt      720

    Ala Ile Asp Glu Leu Leu Tyr Gly Asp Gys Asp Met Met Val Thr Gly

    225                 230                 235                 240

    gcc acc tgc acg gat aac tcc atc ggc atg tac atg gcc ttc tcc aag      768

    Ala Thr Cys Thr Asp Asn Ser Ile Gly Met Tyr Met Ala Phe Ser Lys

                    245                 250                 255

    acc ccc gtg ttc tcc acg gac ccc agc gtg cgc gcc tac gac gaa aag      816

    Thr Pro Val Phe Ser Thr Asp Pro Ser Val Arg Ala Tyr Asp Glu Lys

                260                 265                 270

    aca aag ggc atg ctc atc ggc gag ggc tcc gcc atg ctc gtc ctc aag      864

    Thr Lys Gly Met Leu Ile Gly Glu Gly Ser Ala Met Leu Val Leu Lys

            275                 280                 285

    cgc tac gcc gac gcc gtc cgc gac ggc gat gag atc cac gct gtt att      912

    Arg Tyr Ala Asp Ala Val Arg Asp Gly Asp Glu Ile His Ala Val Ile

        290                 295                 300

    cgc ggc tgc gcc tcc tcc agt gat ggc aag gcc gcc ggc atc tac acg      960

    Arg Gly Cys Ala Ser Ser Ser Asp Gly Lys Ala Ala Gly Ile Tyr Thr

    305                 310                 315                 320

    ccc acc att tcg ggc cag gag gag gcc ctc cgc cgc gcc tac aac cgc      1008

    Pro Thr Ile Ser Gly Gln Glu Glu Ala Leu Arg Arg Ala Tyr Asn Arg

                    325                 330                 335

    gcc tgt gtc gac ccg gcc acc gtc act ctc gtc gag ggt cac ggc acc      1056

    Ala Cys Val Asp Pro Ala Thr Val Thr Leu Val Glu Gly His Gly Thr

                340                 345                 350

    ggt act ccc gtt ggc gac cgc atc gag ctc acc gcc ttg cgc aac ctc      1104

    Gly Thr Pro Val Gly Asp Arg Ile Glu Leu Thr Ala Leu Arg Asn Leu

            355                 360                 365

    ttt gac aag gcc tac ggc gag ggc aac acc gaa aag gtc gct gtg ggc      1152

    Phe Asp Lys Ala Tyr Gly Glu Gly Asn Thr Glu Lys Val Ala Val Gly

        370                 375                 380

    agc atc aag tcc agc atc ggc cat ctc aag gcc gtc gcc ggt ctc gcc      1200

    Ser Ile Lys Ser Ser Ile Gly His Leu Lys Ala Val Ala Gly Leu Ala

    385                 390                 395                 400

    ggt atg atc aag gtc atc atg gcg ctc aag cac aag act ctc ccg ggc      1248

    Gly Met Ile Lys Val Ile Met Ala Leu Lys His Lys Thr Leu Pro Gly

                    405                 410                 415

    acc atc aac gtc gac aac cca ccc aac ctc tac gac aac acg ccc atc      1296

    Thr Ile Asn Val Asp Asn Pro Pro Asn Leu Tyr Asp Asn Thr Pro Ile

                420                 425                 430

    aac gag tcc tcg ctc tac att aac acc atg aac cgc ccc tgg ttc ccg      1344

    Asn Glu Ser Ser Leu Tyr Ile Asn Thr Met Asn Arg Pro Trp Phe Pro

            435                 440                 445

    ccc cct ggt gtg ccc cgc cgc gcc ggc att tcg agc ttt ggc ttt ggt      1392

    Pro Pro Gly Val Pro Arg Arg Ala Gly Ile Ser Ser Pne Gly Phe Gly

        450                 455                 460

    ggc gcc aac tac cac gcc gtc ctc gag gag gcc gag ccc gag cac acg      1440

    Gly Ala Asn Tyr His Ala Val Leu Glu Glu Ala Glu Pro Glu His Thr

    465                 470                 475                 480

    acc gcg tac cgc ctc aac aag cgc ccg cag ccc gtg ctc atg atg gcc      1488

    Thr Ala Tyr Arg Leu Asn Lys Arg Pro Gln Pro Val Leu Met Met Ala

                    485                 490                 495

    gcc acg ccc gcg gcc ctc cag tcg ctc tgc gag gcc cag ctc aag gag      1536

    Ala Thr Pro Ala Ala Leu Gln Ser Leu Cys Glu Ala Gln Leu Lys Glu

                500                 505                 510

    ttc gag gcc gcc atc aag gag aac gag acc gtc aag aac acc gcc tac      1584

    Phe Glu Ala Ala Ile Lys Glu Asn Glu Thr Val Lys Asn Thr Ala Tyr

            515                 520                 525

    atc aag tgc gtc aag ttc ggc gag cag ttc aaa ttc cct ggc tcc atc      1632

    Ile Lys Cys Val Lys Phe Gly Glu Gln Phe Lys Phe Pro Gly Ser Ile

        530                 535                 540

    ccg gcc aca aac gcg cgc ctc ggc ttc ctc gtc aag gat gct gag gat      1680

    Pro Ala Thr Asn Ala Arg Leu Gly Pne Leu Val Lys Asp Ala Glu Asp

    545                 550                 555                 560

    gcc tgc tcc acc ctc cgt gcc atc tgc gcc caa ttc gcc aag gat gtc      1728

    Ala Cys Ser Thr Leu Arg Ala Ile Cys Ala Gln Phe Ala Lys Asp Val

                    565                 570                 575

    acc aag gag gcc tgg cgc ctc ccc cgc gag ggc gtc agc ttc cgc gcc      1776

    Thr Lys Glu Ala Trp Arg Leu Pro Arg Glu Gly Val Ser Phe Arg Ala

                580                 585                 590

    aag ggc atc gcc acc aac ggc gct gtc gcc gcg ctc ttc tcc ggc cag      1824

    Lys Gly Ile Ala Thr Asn Gly Ala Val Ala Ala Leu Phe Ser Gly Gln

            595                 600                 605

    ggc gcg cag tac acg cac atg ttt agc gag gtg gcc atg aac tgg ccc      1872

    Gly Ala Gln Tyr Thr His Met Phe Ser Glu Val Ala Met Asn Trp Pro

        610                 615                 620

    cag ttc cgc cag agc att gcc gcc atg gac gcc gcc cag tcc aag gtc      1920

    Gln Phe Arg Gln Ser Ile Ala Ala Met Asp Ala Ala Gln Ser Lys Val

    625                 630                 635                 640

    gct gga agc gac aag gac ttt gag cgc gtc tcc cag gtc ctc tac ccg      1968

    Ala Gly Ser Asp Lys Asp Phe Glu Arg Val Ser Gln Val Leu Tyr Pro

                    645                 650                 655

    cgc aag ccg tac gag cgt gag ccc gag cag aac ccc aag aag atc tcc      2016

    Arg Lys Pro Tyr Glu Arg Glu Pro Glu Gln Asn Pro Lys Lys Ile Ser

                660                 665                 670

    ctc acc gcc tac tcg cag ccc tcg acc ctg gcc tgc gct ctc ggt gcc      2064

    Leu Thr Ala Tyr Ser Gln Pro Ser Thr Leu Ala Cys Ala Leu Gly Ala

            675                 680                 685

    ttt gag atc ttc aag gag gcc ggc ttc acc ccg gac ttt gcc gcc ggc      2112

    Phe Glu Ile Phe Lys Glu Ala Gly Phe Thr Pro Asp Phe Ala Ala Gly

        690                 695                 700

    cat tcg ctc ggt gag ttc gcc gcc ctc tac gcc gcg ggc tgc gtc gac      2160

    His Ser Leu Gly Glu Phe Ala Ala Leu Tyr Ala Ala Gly Cys Val Asp

    705                 710                 715                 720

    cgc gac gag ctc ttt gag ctt gtc tgc cgc cgc gcc cgc atc atg ggc      2208

    Arg Asp Glu Leu Phe Glu Leu Val Cys Arg Arg Ala Arg Ile Met Gly

                    725                 730                 735

    ggc aag gac gca ccg gcc acc ccc aag gga tgc atg gcc gcc gtc att      2256

    Gly Lys Asp Ala Pro Ala Thr Pro Lys Gly Cys Met Ala Ala Val Ile

                740                 745                 750

    ggc ccc aac gcc gag aac atc aag gtc cag gcc gcc aac gtc tgg ctc      2304

    Gly Pro Asn Ala Glu Asn Ile Lys Val Gln Ala Ala Asn Val Trp Leu

            755                 760                 765

    ggc aac tcc aac tcg cct tcg cag acc gtc atc acc ggc tcc gtc gaa      2352

    Gly Asn Ser Asn Ser Pro Ser Gln Thr Val Ile Thr Gly Ser Val Glu

        770                 775                 780

    ggt atc cag gcc gag agc gcc cgc ctc cag aag gag ggc ttc cgc gtc      2400

    Gly Ile Gln Ala Glu Ser Ala Arg Leu Gln Lys Glu Gly Phe Arg Val

    785                 790                 795                 800

    gtg cct ctt gcc tgc gag agc gcc ttc cac tcg ccc cag atg gag aac      2448

    Val Pro Leu Ala Cys Glu Ser Ala Phe His Ser Pro Gln Met Glu Asn

                    805                 810                 815

    gcc tcg tcg gcc ttc aag gac gtc atc tcc aag gtc tcc ttc cgc acc      2496

    Ala Ser Ser Ala Phe Lys Asp Val Ile Ser Lys Val Ser Phe Arg Thr

                820                 825                 830

    ccc aag gcc gag acc aag ctc ttc agc aac gtc tct ggc gag acc tac      2544

    Pro Lys Ala Glu Thr Lys Leu Phe Ser Asn Val Ser Gly Glu Thr Tyr

            835                 840                 845

    ccc acg gac gcc cgc gag atg ctt acg cag cac atg acc agc agc gtc      2592

    Pro Thr Asp Ala Arg Glu Met Leu Thr Gln His Met Thr Ser Ser Val

        850                 855                 860

    aag ttc ctc acc cag gtc cgc aac atg cac cag gcc ggt gcg cgc atc      2640

    Lys Phe Leu Thr Gln Val Arg Asn Met His Gln Ala Gly Ala Arg Ile

    865                 870                 875                 880

    ttt gtc gag ttc gga ccc aag cag gtg ctc tcc aag ctt gtc tcc gag      2688

    Phe Val Glu Phe Gly Pro Lys Gln Val Leu Ser Lys Leu Val Ser Glu

                    885                 890                 895

    acc ctc aag gat gac ccc tcg gtt gtc acc gtc tct gtc aac ccg gcc      2736

    Thr Leu Lys Asp Asp Pro Ser Val Val Thr Val Ser Val Asn Pro Ala

                900                 905                 910

    tcg ggc acg gat tcg gac atc cag ctc cgc gac gcg gcc gtc cag ctc      2784

    Ser Gly Thr Asp Ser Asp Ile Gln Leu Arg Asp Ala Ala Val Gln Leu

            915                 920                 925

    gtt gtc gct ggc gtc aac ctt cag ggc ttt gac aag tgg gac gcc ccc      2832

    Val Val Ala Gly Val Asn Leu Gln Gly Phe Asp Lys Trp Asp Ala Pro

        930                 935                 940

    gat gcc acc cgc atg cag gcc atc aag aag aag cgc act acc ctc cgc      2880

    Asp Ala Thr Arg Met Gln Ala Ile Lys Lys Lys Arg Thr Thr Leu Arg

    945                 950                 955                 960

    ctt tcg gcc gcc acc tac gtc tcg gac aag acc aag aag gtc cgc gac      2928

    Leu Ser Ala Ala Thr Tyr Val Ser Asp Lys Thr Lys Lys Val Arg Asp

                    965                 970                 975

    gcc gcc atg aac gat ggc cgc tgc gtc acc tac ctc aag ggc gcc gca      2976

    Ala Ala Met Asn Asp Gly Arg Cys Val Thr Tyr Leu Lys Gly Ala Ala

                980                 985                 990

    ccg ctc atc aag gcc ccg gag ccc gtt gtc gac gag gcc gcc aag cgc      3024

    Pro Leu Ile Lys Ala Pro Glu Pro Val Val Asp Glu Ala Ala Lys Arg

            995                 1000                1005

    gag gcc gag cgt ctc cag aag gag ctt cag gat gcc cag cgc cag          3069

    Glu Ala Glu Arg Leu Gln Lys Glu Leu Gln Asp Ala Gln Arg Gln

        1010                1015                1020

    ctc gac gac gcc aag cgc gcc gcc gcc gag gcc aac tcc aag ctc          3114

    Leu Asp Asp Ala Lys Arg Ala Ala Ala Glu Ala Asn Ser Lys Leu

        1025                1030                1035

    gcc gct gcc aag gag gag gcc aag acc gcc gct gct tcg gcc aag          3159

    Ala Ala Ala Lys Glu Glu Ala Lys Thr Ala Ala Ala Ser Ala Lys

        1040                1045                1050

    ccc gca gtt gac act gct gtt gtc gaa aag cat cgt gcc atc ctc          3204

    Pro Ala Val Asp Thr Ala Val Val Glu Lys His Arg Ala Ile Leu

        1055                1060                1015

    aag tcc atg ctc gcg gag ctc gat ggc tac gga tcg gtc gac gct          3249

    Lys Ser Met Leu Ala Glu Leu Asp Gly Tyr Gly Ser Val Asp Ala

        1070                1075                1080

    tct tcc ctc cag cag cag cag cag cag cag acg gcc ccc gcc ccg          3294

    Ser Ser Leu Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Thr Ala Pro Ala Pro

        1085                1090                1095

    gtc aag  gct gct gcg cct gcc  gcc ccc gtt gcc tcg  gcc cct gcc       3339

    Val Lys  Ala Ala Ala Pro Ala  Ala Pro Val Ala Ser  Ala Pro Ala

        1100                 1105                 1110

    ccg gct  gtc tcg aac gag ctt  ctt gag aag gcc gag  act gtc gtc       3384

    Pro Ala  Val Ser Asn Glu Leu  Leu Glu Lys Ala Glu  Thr Val Val

        1115                 1120                 1125

    atg gag  gtc ctc gcc gcc aag  acc ggc tac gag acc  gac atg atc       3429

    Met Glu  Val Leu Ala Ala Lys  Thr Gly Tyr Glu Thr  Asp Met Ile

        1130                 1135                 1140

    gag gct  gac atg gag ctc gag  acc gag ctc ggc att  gac tcc atc       3474

    Glu Ala  Asp Met Glu Leu Glu  Thr Glu Leu Gly Ile  Asp Ser Ile

        1145                 1150                 1155

    aag cgt  gtc gag atc ctc tcc  gag gtc cag gcc atg  ctc aat gtc       3519

    Lys Arg  Val Glu Ile Leu Ser  Glu Val Gln Ala Met  Leu Asn Val

        1160                 1165                 1170

    gag gcc  aag gat gtc gat gcc  ctc agc cgc act cgc  act gtt ggt       3564

    Glu Ala  Lys Asp Val Asp Ala  Leu Ser Arg Thr Arg  Thr Val Gly

        1175                 1180                 1125

    gag gtt  gtc aac gcc atg aag  gcc gag atc gct ggc  agc tct gcc       3609

    Glu Val  Val Asn Ala Met Lys  Ala Glu Ile Ala Gly  Ser Ser Ala

        1190                 1195                 1200

    ccg gcg  cct gct gcc gct gct  ccg gct ccg gcc aag  gct gcc cct       3654

    Pro Ala  Pro Ala Ala Ala Ala  Pro Ala Pro Ala Lys  Ala Ala Pro

        1205                 1210                 1215

    gcc gcc  gct gcg cct gct gtc  tcg aac gag ctt ctc  gag aag gcc       3699

    Ala Ala  Ala Ala Pro Ala Val  Ser Asn Glu Leu Leu  Glu Lys Ala

        1220                 1225                 1230

    gag acc  gtc gtc atg gag gtc  ctc gcc gcc aag act  ggc tac gag       3744

    Glu Thr  Val Val Met Glu Val  Leu Ala Ala Lys Thr  Gly Tyr Glu

        1235                 1240                 1245

    act gac  atg atc gag tcc gac  atg gag ctc gag act  gag ctc ggc       3789

    Thr Asp  Met Ile Glu Ser Asp  Met Glu Leu Glu Thr  Glu Leu Gly

        1250                 1255                 1260

    att gac  tcc atc aag cgt gtc  gag atc ctc tcc gag  gtt cag gcc       3834

    Ile Asp  Ser Ile Lys Arg Val  Glu Ile Leu Ser Glu  Val Gln Ala

        1265                 1270                 1275

    atg ctc  aac gtc gag gcc aag  gac gtc gac gct ctc  agc cgc act       3879

    Met Leu  Asn Val Glu Ala Lys  Asp Val Asp Ala Leu  Ser Arg Thr

        1280                 1285                 1290

    cgc act  gtg ggt gag gtc gtc  aac gcc atg aag gct  gag atc gct       3924

    Arg Thr  Val Gly Glu Val Val  Asn Ala Met Lys Ala  Glu Ile Ala

        1295                 1300                 1305

    ggt ggc  tct gcc ccg gcg cct  gcc gcc gct gcc cca  ggt ccg gct       3969

    Gly Gly  Ser Ala Pro Ala Pro  Ala Ala Ala Ala Pro  Gly Pro Ala

        1310                 1315                 1320

    gct gcc  gcc cct gcg cct gcc  gcc gcc gcc cct gct  gtc tcg aac       4014

    Ala Ala  Ala Pro Ala Pro Ala  Ala Ala Ala Pro Ala  Val Ser Asn

        1325                 1330                 1335

    gag ctt  ctt gag aag gcc gag  acc gtc gtc atg gag  gtc ctc gcc       4059

    Glu Leu  Leu Glu Lys Ala Glu  Thr Val Val Met Glu  Val Leu Ala

        1340                 1345                 1350

    gcc aag  act ggc tac gag act  gac atg atc gag tcc  gac atg gag       4104

    Ala Lys  Thr Gly Tyr Glu Thr  Asp Met Ile Glu Ser  Asp Met Glu

        1355                 1360                1365

    ctc gag  acc gag ctc ggc att  gac tcc atc aag cgt  gtc gag att       4149

    Leu Glu  Thr Glu Leu Gly Ile  Asp Ser Ile Lys Arg  Val Glu Ile

        1370                 1375                 1380

    ctc tcc  gag gtc cag gcc atg  ctc aac gtc gag gcc  aag gac gtc       4194

    Leu Ser  Glu Val Gln Ala Met  Leu Asn Val Glu Ala  Lys Asp Val

        1385                 1390                 1395

    gac gct  ctc agc cgc acc cgc  act gtt ggc gag gtc  gtc gat gcc       4239

    Asp Ala  Leu Ser Arg Thr Arg  Thr Val Gly Glu Val  Val Asp Ala

        1400                 1405                 1410

    atg aag  gcc gag atc gct ggt  ggc tct gcc ccg gcg  cct gcc gcc       4284

    Met Lys  Ala Glu Ile Ala Gly  Gly Ser Ala Pro Ala  Pro Ala Ala

        1415                 1420                 1425

    gct gct  cct gct ccg gct gct  gcc gcc cct gcg cct  gcc gcc cct       4329

    Ala Ala  Pro Ala Pro Ala Ala  Ala Ala Pro Ala Pro  Ala Ala Pro

        1430                 1435                 1440

    gcg cct  gct gtc tcg agc gag  ctt ctc gag aag gcc  gag act gtc       4374

    Ala Pro  Ala Val Ser Ser Glu  Leu Leu Glu Lys Ala  Glu Thr Val

        1445                 1450                 1455

    gtc atg  gag gtc ctc gcc gcc  aag act ggc tac gag  act gac atg       4419

    Val Met  Glu Val Leu Ala Ala  Lys Thr Gly Tyr Glu  Thr Asp Met

        1460                 1465                 1470

    atc gag  tcc gac atg gag ctc  gag acc gag ctc ggc  att gac tcc       4464

    Ile Glu  Ser Asp Met Glu Leu  Glu Thr Glu Leu Gly  Ile Asp Ser

        1475                 1480                1485

    atc aag  cgt gtc gag att ctc  tcc gag gtc cag gcc  atg ctc aac       4509

    Ile Lys  Arg Val Glu Ile Leu  Ser Glu Val Gln Ala  Met Leu Asn

        1490                 1495                 1500

    gtc gag  gcc aag gac gtc gac  gct ctc agc cgc acc  cgc act gtt       4554

    Val Glu  Ala Lys Asp Val Asp  Ala Leu Ser Arg Thr  Arg Thr Val

        1505                 1510                 1515

    ggc gag  gtc gtc gat gcc atg  aag gcc gag atc gct  ggt ggc tct       4599

    Gly Glu  Val Val Asp Ala Met  Lys Ala Glu Ile Ala  Gly Gly Ser

        1520                 1525                 1530

    gcc ccg  gcg cct gcc gcc gct  gct cct gct ccg gct  gct gcc gcc       4644

    Ala Pro  Ala Pro Ala Ala Ala  Ala Pro Ala Pro Ala  Ala Ala Ala

        1535                 1540                 1545

    cct gcg  cct gcc gcc cct gcg  cct gcc gcc cct gcg  cct gct gtc       4689

    Pro Ala  Pro Ala Ala Pro Ala  Pro Ala Ala Pro Ala  Pro Ala Val

        1550                 1555                 1560

    tcg agc  gag ctt ctc gag aag  gcc gag act gtc gtc  atg gag gtc       4734

    Ser Ser  Glu Leu Leu Glu Lys  Ala Glu Thr Val Val  Met Glu Val

        1565                 1570                 1575

    ctc gcc  gcc aag act ggc tac  gag act gac atg att  gag tcc gac       4779

    Leu Ala  Ala Lys Thr Gly Tyr  Glu Thr Asp Met Ile  Glu Ser Asp

        1580                 1585                 1590

    atg gag  ctc gag acc gag ctc  ggc att gac tcc atc  aag cgt gtc       4824

    Met Glu  Leu Glu Thr Glu Leu  Gly Ile Asp Ser Ile  Lys Arg Val

        1595                 1600                 1605

    gag att  ctc tcc gag gtt cag  gcc atg ctc aac gtc  gag gcc aag       4869

    Glu Ile  Leu Ser Glu Val Gln  Ala Met Leu Asn Val  Glu Ala Lys

        1610                 1615                 1620

    gac gtc  gac gct ctc agc cgc  act cgc act gtt ggt  gag gtc gtc       4914

    Asp Val  Asp Ala Leu Ser Arg  Thr Arg Thr Val Gly  Glu Val Val

        1625                 1630                 1635

    gat gcc  atg aag gct gag atc  gct ggc agc tcc gcc  tcg gcg cct       4959

    Asp Ala  Met Lys Ala Glu Ile  Ala Gly Ser Ser Ala  Ser Ala Pro

        1640                 1645                 1650

    gcc gcc  gct gct cct gct ccg  gct gct gcc gct cct  gcg ccc gct       5004

    Ala Ala  Ala Ala Pro Ala Pro  Ala Ala Ala Ala Pro  Ala Pro Ala

        1655                 1660                 1665

    gcc gcc  gcc cct gct gtc tcg  aac gag ctt ctc gag  aaa gcc gag       5049

    Ala Ala  Ala Pro Ala Val Ser  Asn Glu Leu Leu Glu  Lys Ala Glu

        1670                 1675                 1680

    act gtc  gtc atg gag gtc ctc  gcc gcc aag act ggc  tac gag act       5094

    Thr Val  Val Met Glu Val Leu  Ala Ala Lys Thr Gly  Tyr Glu Thr

        1685                 1690                 1695

    gac atg  atc gag tcc gac atg  gag ctc gag act gag  ctc ggc att       5139

    Asp Met  Ile Glu Ser Asp Met  Glu Leu Glu Thr Glu  Leu Gly Ile

        1700                 1705                 1710

    gac tcc  atc aag cgt gtc gag  atc ctc tcc gag gtt  cag gcc atg       5184

    Asp Ser  Ile Lys Arg Val Glu  Ile Leu Ser Glu Val  Gln Ala Met

        1715                 1720                 1725

    ctc aac  gtc gag gcc aag gac  gtc gat gcc ctc agc  cgc acc cgc       5229

    Leu Asn  Val Glu Ala Lys Asp  Val Asp Ala Leu Ser  Arg Thr Arg

        1730                 1735                 1740

    act gtt  ggc gag gtt gtc gat  gcc atg aag gcc gag  atc gct ggt       5274

    Thr Val  Gly Glu Val Val Asp  Ala Met Lys Ala Glu  Ile Ala Gly

        1745                 1750                 1755

    ggc tct  gcc ccg gcg cct gcc  gcc gct gcc cct gct  ccg gct gcc       5319

    Gly Ser  Ala Pro Ala Pro Ala  Ala Ala Ala Pro Ala  Pro Ala Ala

        1760                 1765                 1770

    gcc gcc  cct gct gtc tcg aac  gag ctt ctc gag aag  gcc gag act       5364

    Ala Ala  Pro Ala Val Ser Asn  Glu Leu Leu Glu Lys  Ala Glu Thr

        1775                 1780                 1785

    gtc gtc  atg gag gtc ctc gcc  gcc aag act ggc tac  gag acc gac       5409

    Val Val  Met Glu Val Leu Ala  Ala Lys Thr Gly Tyr  Glu Thr Asp

        1790                 1795                 1800

    atg atc  gag tcc gac atg gag  ctc gag acc gag ctc  ggc att gac       5454

    Met Ile  Glu Ser Asp Met Glu  Leu Glu Thr Glu Leu  Gly Ile Asp

        1805                 1810                 1815

    tcc atc  aag cgt gtc gag att  ctc tcc gag gtt cag  gcc atg ctc       5499

    Ser Ile  Lys Arg Val Glu Ile  Leu Ser Glu Val Gln  Ala Met Leu

        1820                 1825                 1830

    aac gtc  gag gcc aag gac gtc  gat gct ctc agc cgc  act cgc act       5544

    Asn Val  Glu Ala Lys Asp Val  Asp Ala Leu Ser Arg  Thr Arg Thr

        1835                 1840                 1845

    gtt ggc  gag gtc gtc gat gcc  atg aag gct gag atc  gcc ggc agc       5589

    Val Gly  Glu Val Val Asp Ala  Met Lys Ala Glu Ile  Ala Gly Ser

        1850                 1855                 1860

    tcc gcc  ccg gcg cct gcc gcc  gct gct cct gct ccg  gct gct gcc       5634

    Ser Ala  Pro Ala Pro Ala Ala  Ala Ala Pro Ala Pro  Ala Ala Ala

        1865                 1870                 1875

    gct cct  gcg ccc gct gcc gct  gcc cct gct gtc tcg  agc gag ctt       5679

    Ala Pro  Ala Pro Ala Ala Ala  Ala Pro Ala Val Ser  Ser Glu Leu

        1880                 1885                 1890

    ctc gag  aag gcc gag acc gtc  gtc atg gag gtc ctc  gcc gcc aag       5724

    Leu Glu  Lys Ala Glu Thr Val  Val Met Glu Val Leu  Ala Ala Lys

        1895                 1900                 1905

    act ggc  tac gag act gac atg  att gag tcc gac atg  gag ctc gag       5769

    Thr Gly  Tyr Glu Thr Asp Met  Ile Glu Ser Asp Met  Glu Leu Glu

        1910                 1915                 1920

    act gag  ctc ggc att gac tcc  atc aag cgt gtc gag  atc ctc tcc       5814

    Thr Glu  Leu Gly Ile Asp Ser  Ile Lys Arg Val Glu  Ile Leu Ser

        1925                 1930                 1935

    gag gtt  cag gcc atg ctc aac  gtc gag gcc aag gac  gtc gat gcc       5859

    Glu Val  Gln Ala Met Leu Asn  Val Glu Ala Lys Asp  Val Asp Ala

        1940                 1945                 1950

    ctc agc  cgc acc cgc act gtt  ggc gag gtt gtc gat  gcc atg aag       5904

    Leu Ser  Arg Thr Arg Thr Val  Gly Glu Val Val Asp  Ala Met Lys

        1955                 1960                 1965

    gcc gag  atc gct ggt ggc tct  gcc ccg gcg cct gcc  gcc gct gcc       5949

    Ala Glu  Ile Ala Gly Gly Ser  Ala Pro Ala Pro Ala  Ala Ala Ala

        1970                 1975                 1980

    cct gct  ccg gct gcc gcc gcc  cct gct gtc tcg aac  gag ctt ctt       5994

    Pro Ala  Pro Ala Ala Ala Ala  Pro Ala Val Ser Asn  Glu Leu Leu

        1985                 1990                 1995

    gag aag  gcc gag acc gtc gtc  atg gag gtc ctc gcc  gcc aag act       6039

    Glu Lys  Ala Glu Thr Val Val  Met Glu Val Leu Ala  Ala Lys Thr

        2000                 2005                 2010

    ggc tac  gag acc gac atg atc  gag tcc gac atg gag  ctc gag acc       6084

    Gly Tyr  Glu Thr Asp Met Ile  Glu Ser Asp Met Glu  Leu Glu Thr

        2115                 2020                 2025

    gag ctc  ggc att gac tcc atc  aag cgt gtc gag att  ctc tcc gag       6129

    Glu Leu  Gly Ile Asp Ser Ile  Lys Arg Val Glu Ile  Leu Ser Glu

        2030                 2035                 2040

    gtt cag  gcc atg ctc aac gtc  gag gcc aag gac gtc  gac gct ctc       6174

    Val Gln  Ala Met Leu Asn Val  Glu Ala Lys Asp Val  Asp Ala Leu

        2045                 2050                 2055

    agc cgc  act cgc act gtt ggc  gag gtc gtc gat gcc  atg aag gct       6219

    Ser Arg  Thr Arg Thr Val Gly  Glu Val Val Asp Ala  Met Lys Ala

        2060                 2065                 2070

    gag atc  gct ggt ggc tct gcc  ccg gcg cct gcc gcc  gct gct cct       6264

    Glu Ile  Ala Gly Gly Ser Ala  Pro Ala Pro Ala Ala  Ala Ala Pro

        2075                 2080                 2085

    gcc tcg  gct ggc gcc gcg cct  gcg gtc aag att gac  tcg gtc cac       6309

    Ala Ser  Ala Gly Ala Ala Pro  Ala Val Lys Ile Asp  Ser Val His

        2090                 2095                 2100

    ggc gct  gac tgt gat gat ctt  tcc ctg atg cac gcc  aag gtg gtt       6354

    Gly Ala  Asp Cys Asp Asp Leu  Ser Leu Met His Ala  Lys Val Val

        2105                 2110                 2115

    gac atc  cgc cgc ccg gac gag  ctc atc ctg gag cgc  ccc gag aac       6399

    Asp Ile  Arg Arg Pro Asp Glu  Leu Ile Leu Glu Arg  Pro Glu Asn

        2120                 2125                 2130

    cgc ccc  gtt ctc gtt gtc gat  gac ggc agc gag ctc  acc ctc gcc       6444

    Arg Pro  Val Leu Val Val Asp  Asp Gly Ser Glu Leu  Thr Leu Ala

        2135                 2140                 2145

    ctg gtc  cgc gtc ctc ggc gcc  tgc gcc gtt gtc ctg  acc ttt gag       6489

    Leu Val  Arg Val Leu Gly Ala  Cys Ala Val Val Leu  Thr Phe Glu

        2150                 2155                 2160

    ggt ctc  cag ctc gct cag cgc  gct ggt gcc gct gcc  atc cgc cac       6534

    Gly Leu  Gln Leu Ala Gln Arg  Ala Gly Ala Ala Ala  Ile Arg His

        2165                 2l70                 2175

    gtg ctc  gcc aag gat ctt tcc  gcg gag agc gcc gag  aag gcc atc       6579

    Val Leu  Ala Lys Asp Leu Ser  Ala Glu Ser Ala Glu  Lys Ala Ile

        2180                 2185                 2190

    aag gag  gcc gag cag cgc ttt  ggc gct ctc ggc ggc  ttc atc tcg       6624

    Lys Glu  Ala Glu Gln Arg Phe  Gly Ala Leu Gly Gly  Phe Ile Ser

        2195                 2200                 2205

    cag cag  gcg gag cgc ttc gag  ccc gcc gaa atc ctc  ggc ttc acg       6669

    Gln Gln  Ala Glu Arg Phe Glu  Pro Ala Glu Ile Leu  Gly Phe Thr

        2210                 2215                 2220

    ctc atg  tgc gcc aag ttc gcc  aag gct tcc ctc tgc  acg gct gtg       6714

    Leu Met  Cys Ala Lys Phe Ala  Lys Ala Ser Leu Cys  Thr Ala Val

        2225                 2230                 2235

    gct ggc  ggc cgc ccg gcc ttt  atc ggt gtg gcg cgc  ctt gac ggc       6759

    Ala Gly  Gly Arg Pro Ala Phe  Ile Gly Val Ala Arg  Leu Asp Gly

            2240                 2245                 2250

    cgc ctc  gga ttc act tcg cag  ggc act tct gac gcg  ctc aag cgt       6804

    Arg Leu  Gly Phe Thr Ser Gln  Gly Thr Ser Asp Ala  Leu Lys Arg

        2255                 2260                 2265

    gcc cag  cgt ggt gcc atc ttt  ggc ctc tgc aag acc  atc ggc ctc       6849

    Ala Gln  Arg Gly Ala Ile Phe  Gly Leu Cys Lys Thr  Ile Gly Leu

        2270                 2275                 2280

    gag tgg  tcc gag tct gac gtc  ttt tcc cgc ggc gtg  gac att gct       6894

    Glu Trp  Ser Glu Ser Asp Val  Phe Ser Arg Gly Val  Asp Ile Ala

        2285                 2290                 2295

    cag ggc  atg cac ccc gag gat  gcc gcc gtg gcg att  gtg cgc gag       6939

    Gln Gly  Met His Pro Glu Asp  Ala Ala Val Ala Ile  Val Arg Glu

        2300                 2305                 2310

    atg gcg  tgc gct gac att cgc  att cgc gag gtc ggc  att ggc gca       6984

    Met Ala  Cys Ala Asp Ile Arg  Ile Arg Glu Val Gly  Ile Gly Ala

        2315                 2320                 2325

    aac cag  cag cgc tgc acg atc  cgt gcc gcc aag ctc  gag acc ggc       7029

    Asn Gln  Gln Arg Cys Thr Ile  Arg Ala Ala Lys Leu  Glu Thr Gly

        2330                 2335                 2340

    aac ccg  cag cgc cag atc gcc  aag gac gac gtg ctg  ctc gtt tct       7074

    Asn Pro  Gln Arg Gln Ile Ala  Lys Asp Asp Val Leu  Leu Val Ser

        2345                 2350                 2355

    ggc ggc  gct cgc ggc atc acg  cct ctt tgc atc cgg  gag atc acg       7119

    Gly Gly  Ala Arg Gly Ile Thr  Pro Leu Cys Ile Arg  Glu Ile Thr

        2360                 2365                 2370

    cgc cag  atc gcg ggc ggc aag  tac att ctg ctt ggc  cgc agc aag       7164

    Arg Gln  Ile Ala Gly Gly Lys  Tyr Ile Leu Leu Gly  Arg Ser Lys

        2375                 2380                 2385

    gtc tct  gcg agc gaa ccg gca  tgg tgc gct ggc atc  act gac gag       7209

    Val Ser  Ala Ser Glu Pro Ala  Trp Cys Ala Gly Ile  Thr Asp Glu

        2390                 2395                 2400

    aag gct  gtg caa aag gct gct  acc cag gag ctc aag  cgc gcc ttt       7254

    Lys Ala  Val Gln Lys Ala Ala  Thr Gln Glu Leu Lys  Arg Ala Phe

        2405                 2410                 2415

    agc gct  ggc gag ggc ccc aag  ccc acg ccc cgc gct  gtc act aag       7299

    Ser Ala  Gly Glu Gly Pro LVs  Pro Thr Pro Arg Ala  Val Thr Lys

        2420                 2425                 2430

    ctt gtg  ggc tct gtt ctt ggc  gct cgc gag gtg cgc  agc tct att       7344

    Leu Val  Gly Ser Val Leu Gly  Ala Arg Glu Val Arg  Ser Ser Ile

        2435                 2440                 2445

    gct gcg  att gaa gcg ctc ggc  ggc aag gcc atc tac  tcg tcg tgc       7389

    Ala Ala  Ile Glu Ala Leu Gly  Gly Lys Ala Ile Tyr  Ser Ser Cys

        2450                 2455                 2460

    gac gtg  aac tct gcc gcc gac  gtg gcc aag gcc gtg  cgc gat gcc       7434

    Asp Val  Asn Ser Ala Ala Asp  Val Ala Lys Ala Val  Arg Asp Ala

        2465                 2470                 2475

    gag tcc  cag ctc ggt gcc cgc  gtc tcg ggc atc gtt  cat gcc tcg       7479

    Glu Ser  Gln Leu Gly Ala Arg  Val Ser Gly Ile Val  His Ala Ser

        2480                 2485                 2490

    ggc gtg  ctc cgc gac cgt ctc  atc gag aag aag ctc  ccc gac gag       7524

    Gly Val  Leu Arg Asp Arg Leu  Ile Glu Lys Lys Leu  Pro Asp Glu

        2495                 2500                 2505

    ttc gac  gcc gtc ttt ggc acc  aag gtc acc ggt ctc  gag aac ctc       7569

    Phe Asp  Ala Val Phe Gly Thr  Lys Val Thr Gly Leu  Glu Asn Leu

        2510                 2515                 2520

    ctc gcc  gcc gtc gac cgc gcc  aac ctc aag cac atg  gtc ctc ttc       7614

    Leu Ala  Ala Val Asp Arg Ala  Ash Leu Lys His Met  Val Leu Phe

        2525                 2530                 2535

    agc tcg  ctc gcc ggc ttc cac  ggc aac gtc ggc cag  tct gac tac       7659

    Ser Ser  Leu Ala Gly Phe His  Gly Asn Val Gly Gln  Ser Asp Tyr

        2540                 2545                 2550

    gcc atg  gcc aac gag gcc ctt  aac aag atg ggc ctc  gag ctc gcc       7704

    Ala Met  Ala Asn Glu Ala Leu  Asn Lys Met Gly Leu  Glu Leu Ala

        2555                 2560                 2565

    aag gac  gtc tcg gtc aag tcg  atc tgc ttc ggt ccc  tgg gac ggt       7749

    Lys Asp  Val Ser Val Lys Ser  Ile Cys Phe Gly Pro  Trp Asp Gly

        2570                 2575                 2580

    ggc atg  gtg acg ccg cag ctc  aag aag cag ttc cag  gag atg ggc       7794

    Gly Met  Val Thr Pro Gln Leu  Lys Lys Gln Phe Gln  Glu Met Gly

        2585                 2590                 2595

    gtg cag  atc atc ccc cgc gag  ggc ggc gct gat acc  gtg gcg cgc       7839

    Val Gln  Ile Ile Pro Arg Glu  Gly Gly Ala Asp Thr  Val Ala Arg

        2600                 2605                 2610

    atc gtg  ctc ggc tcc tcg ccg  gct gag atc ctt gtc  ggc aac tgg       7884

    Ile Val  Leu Gly Ser Ser Pro  Ala Glu Ile Leu Val  Gly Asn Trp

        2615                 2620                 2625

    cgc acc  ccg tcc aag aag gtc  ggc tcg gac acc atc  acc ctg cac       7929

    Arg Thr  Pro Ser Lys Lys Val  Gly Ser Asp Thr Ile  Thr Leu His

        2630                 2635                 2640

    cgc aag  att tcc gcc aag tcc  aac ccc ttc ctc gag  gac cac gtc       7974

    Arg Lys  Ile Ser Ala Lys Ser  Asn Pro Phe Leu Glu  Asp His Val

        2645                 2650                 2655

    atc cag  ggc cgc cgc gtg ctg  ccc atg acg ctg gcc  att ggc tcg       8019

    Ile Gln  Gly Arg Arg Val Leu  Pro Met Thr Leu Ala  Ile Gly Ser

        2660                 2665                 2670

    ctc gcg  gag acc tgc ctc ggc  ctc ttc ccc ggc tac  tcg ctc tgg       8064

    Leu Ala  Glu Thr Cys Leu Gly  Leu Phe Pro Gly Tyr  Ser Leu Trp

        2675                 2680                 2685

    gcc att  gac gac gcc cag ctc  ttc aag ggt gtc act  gtc gac ggc       8109

    Ala Ile  Asp Asp Ala Gln Leu  Phe Lys Gly Val Thr  Val Asp Gly

        2690                 2695                 2700

    gac gtc  aac tgc ggg gtg acc  ctc acc ccg tcg acg  gcg ccc tcg       8154

    Asp Val  Asn Cys Glu Val Thr  Leu Thr Pro Ser Thr  Ala Pro Ser

        2705                 2710                 2715

    ggc cgc  gtc aac gtc cag gcc  acg ctc aag acc ttt  tcc agc ggc       8199

    Gly Arg  Val Asn Val Gln Ala  Thr Leu Lys Thr Phe  Ser Ser Gly

        2720                 2725                 2730

    aag ctg  gtc ccg gcc tac cgc  gcc gtc atc gtg ctc  tcc aac cag       8244

    Lys Leu  Val Pro Ala Tyr Arg  Ala Val Ile Val Leu  Ser Asn Gln

        2735                 2740                 2745

    ggc gcg  ccc ccg gcc aac gcc  acc atg cag ccg ccc  tcg ctc gat       8289

    Gly Ala  Pro Pro Ala Asn Ala  Thr Met Gln Pro Pro  Ser Leu Asp

        2750                 2755                 2760

    gcc gat  ccg gcg ctc cag ggc  tcc gtc tac gac ggc  aag acc ctc       8334

    Ala Asp  Pro Ala Leu Gln Gly  Ser Val Tyr Asp Gly  Lys Thr Leu

        2765                 2770                 2775

    ttc cac  ggc ccg gcc ttc cgc  ggc atc gat gac gtg  ctc tcg tgc       8379

    Phe His  Gly Pro Ala Phe Arg  Gly Ile Asp Asp Val  Leu Ser Cys

        2780                 2785                 2790

    acc aag  agc cag ctt gtg gcc  aag tgc agc gct gtc  ccc ggc tcc       8424

    Thr Lys  Ser Gln Leu Val Ala  Lys Cys Ser Ala Val  Pro Gly Ser

        2795                 2800                 2805

    gac gcc  gct cgc ggc gag ttt  gcc acg gac act gac  gcc cat gac       8469

    Asp Ala  Ala Arg Gly Glu Phe  Ala Thr Asp Thr Asp  Ala His Asp

        2810                 2815                 2820

    ccc ttc  gtg aac gac ctg gcc  ttt cag gcc atg ctc  gtc tgg gtg       8514

    Pro Phe  Val Asn Asp Leu Ala  Phe Gln Ala Met Leu  Val Trp Val

        2825                 2830                 2835

    cgc cgc  acg ctc ggc cag gct  gcg ctc ccc aac tcg  atc cag cgc       8559

    Arg Arg  Thr Leu Gly Gln Ala  Ala Leu Pro Asn Ser  Ile Gln Arg

        2840                 2845                 2850

    atc gtc  cag cac cgc ccg gtc  ccg cag gac aag ccc  ttc tac att       8604

    Ile Val  Gln His Arg Pro Val  Pro Gln Asp Lys Pro  Phe Tyr Ile

        2855                 2860                 2865

    acc ctc  cgc tcc aac cag tcg  ggc ggt cac tcc cag  cac aag cac       8649

    Thr Leu  Arg Ser Asn Gln Ser  Gly Gly His Ser Gln  His Lys His

        2870                 2875                 2880

    gcc ctt  cag ttc cac aac gag  cag ggc gat ctc ttc  att gat gtc       8694

    Ala Leu  Gln Phe His Asn Glu  Gln Gly Asp Leu Phe  Ile Asp Val

        2885                 2890                 2895

    cag gct  tcg gtc atc gcc acg  gac agc ctt gcc ttc                    8730

    Gln Ala  Ser Val Ile Ala Thr  Asp Ser Leu Ala Phe

        2900                 2905                 2910

    <210>2

    <211>2910

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>2

    Met Ala Ala Arg Leu Gln Glu Gln Lys Gly Gly Glu Met Asp Thr Arg

    1               5                   10                  15

    Ile Ala Ile Ile Gly Met Ser Ala Ile Leu Pro Cys Gly Thr Thr Val

                20                  25                  30

    Arg Glu Ser Trp Glu Thr Ile Arg Ala Gly Ile Asp Cys Leu Ser Asp

            35                  40                  45

    Leu Pro Glu Asp Arg Val Asp Val Thr Ala Tyr Phe Asp Pro Val Lys

        50                  55                  60

    Thr Thr Lys Asp Lys Ile Tyr Cys Lys Arg Gly Gly Phe Ile Pro Glu

    65                  70                  75                  80

    Tyr Asp Phe Asp Ala Arg Glu Phe Gly Leu Asn Met Phe Gln Met Glu

                    85                  90                  95

    Asp Ser Asp Ala Asn Gln Thr Ile Ser Leu Leu Lys Val Lys Glu Ala

                100                 105                 110

    Leu Gln Asp Ala Gly Ile Asp Ala Leu Gly Lys Glu Lys Lys Asn Ile

            115                 120                 125

    Gly Cys Val Leu Gly Ile Gly Gly Gly Gln Lys Ser Ser His Glu Phe

        130                 135                 140

    Tyr Ser Arg Leu Asn Tyr Val Val Val Glu Lys Val Leu Arg Lys Met

    145                 150                 155                 160

    Gly Met Pro Glu Glu Asp Val Lys Val Ala Val Glu Lys Tyr Lys Ala

                    165                 170                 175

    Asn Phe Pro Glu Trp Arg Leu Asp Ser Phe Pro Gly Phe Leu Gly Asn

                180                 185                 190

    Val Thr Ala Gly Arg Cys Thr Asn Thr Phe Asn Leu Asp Gly Met Asn

            195                 200                 205

    Cys Val Val Asp Ala Ala Cys Ala Ser Ser Leu Ile Ala Val Lys Val

        210                 215                 220

    Ala Ile Asp Glu Leu Leu Tyr Gly Asp Cys Asp Met Met Val Thr Gly

    225                 230                 235                 240

    Ala Thr Cys Thr Asp Asn Ser Ile Gly Met Tyr Met Ala Phe Ser Lys

                    245                 250                 255

    Thr Pro Val Phe Ser Thr Asp Pro Ser Val Arg Ala Tyr Asp Glu Lys

                260                 265                 270

    Thr Lys Gly Met Leu Ile Gly Glu Gly Ser Ala Met Leu Val Leu Lys

            275                 280                 285

    Arg Tyr Ala Asp Ala Val Arg Asp Gly Asp Glu Ile His Ala Val Ile

        290                 295                 300

    Arg Gly Cys Ala Ser Ser Ser Asp Gly Lys Ala Ala Gly Ile Tyr Thr

    305                 310                 315                 320

    Pro Thr Ile Ser Gly Gln Glu Glu Ala Leu Arg Arg Ala Tyr Asn Arg

                    325                 330                 335

    Ala Cys Val Asp Pro Ala Thr Val Thr Leu Val Glu Gly His Gly Thr

                340                 345                 350

    Gly Thr Pro Val Gly Asp Arg Ile Glu Leu Thr Ala Leu Arg Asn Leu

            355                 360                 365

    Phe Asp Lys Ala Tyr Gly Glu Gly Asn Thr Glu Lys Val Ala Val Gly

        370                 375                 380

    Ser Ile Lys Ser Ser Ile Gly His Leu Lys Ala Val Ala Gly Leu Ala

    385                 390                 395                 400

    Gly Met Ile Lys Val Ile Met Ala Leu Lys His Lys Thr Leu Pro Gly

                    405                 410                 415

    Thr Ile Asn Val Asp Asn Pro Pro Asn Leu Tyr Asp Asn Thr Pro Ile

                420                 425                 430

    Asn Glu Ser Ser Leu Tyr Ile Asn Thr Met Asn Arg Pro Trp Phe Pro

            435                 440                 445

    Pro Pro Gly Val Pro Arg Arg Ala Gly Ile Ser Ser Phe Gly Phe Gly

        450                 455                 460

    Gly Ala Asn Tyr His Ala Val Leu Glu Glu Ala Glu Pro Glu His Thr

    465                 470                 475                 480

    Thr Ala Tyr Arg Leu Asn Lys Arg Pro Gln Pro Val Leu Met Met Ala

                    485                 490                 495

    Ala Thr Pro Ala Ala Leu Gln Ser Leu Cys Glu Ala Gln Leu Lys Glu

                500                 505                 510

    Phe Glu Ala Ala Ile Lys Glu Asn Glu Thr Val Lys Asn Thr Ala Tyr

            515                 520                 525

    Ile Lys Cys Val Lys Phe Gly Glu Gln Phe Lys Phe Pro Gly Ser Ile

        530                 535                 540

    Pro Ala Thr Asn Ala Arg Leu Gly Phe Leu Val Lys Asp Ala Glu Asp

    545                 550                 555                 560

    Ala Cys Ser Thr Leu Arg Ala Ile Cys Ala Gln Phe Ala Lys Asp Val

                    565                 570                 575

    Thr Lys Glu Ala Trp Arg Leu Pro Arg Glu Gly Val Ser Phe Arg Ala

                580                 585                 590

    Lys Gly Ile Ala Thr Asn Gly Ala Val Ala Ala Leu Phe Ser Gly Gln

            595                 600                 605

    Gly Ala Gln Tyr Thr His Met Phe Ser Glu Val Ala Met Asn Trp Pro

        610                 615                 620

    Gln Phe Arg Gln Ser Ile Ala Ala Met Asp Ala Ala Gln Ser Lys Val

    625                 630                 635                 640

    Ala Gly Ser Asp Lys Asp Phe Glu Arg Val Ser Gln Val Leu Tyr Pro

                    645                 650                 655

    Arg Lys Pro Tyr Glu Arg Glu Pro Glu Gln Asn Pro Lys Lys Ile Ser

                660                 665                 670

    Leu Thr Ala Tyr Ser Gln Pro Ser Thr Leu Ala Cys Ala Leu Gly Ala

            675                 680                 685

    Phe Glu Ile Phe Lys Glu Ala Gly Phe Thr Pro Asp Phe Ala Ala Gly

        690                 695                 700

    His Ser Leu Gly Glu Phe Ala Ala Leu Tyr Ala Ala Gly Cys Val Asp

    705                 710                 715                 720

    Arg Asp Glu Leu Phe Glu Leu Val Cys Arg Arg Ala Arg Ile Met Gly

                    725                 730                 735

    Gly Lys Asp Ala Pro Ala Thr Pro Lys Gly Cys Met Ala Ala Val Ile

                740                 745                 750

    Gly Pro Asn Ala Glu Asn Ile Lys Val Gln Ala Ala Asn Val Trp Leu

            755                 760                 765

    Gly Asn Ser Asn Ser Pro Ser Gln Thr Val Ile Thr Gly Ser Val Glu

        770                 775                 780

    Gly Ile Gln Ala Glu Ser Ala Arg Leu Gln Lys Glu Gly Phe Arg Val

    785                 790                 795                 800

    Val Pro Leu Ala Cys Glu Ser Ala Phe His Ser Pro Gln Met Glu Asn

                    805                 810                 815

    Ala Ser Ser Ala Phe Lys Asp Val Ile Ser Lys Val Ser Phe Arg Thr

                820                 825                 830

    Pro Lys Ala Glu Thr Lys Leu Phe Ser Asn Val Ser Gly Glu Thr Tyr

            835                 840                 845

    Pro Thr Asp Ala Arg Glu Met Leu Thr Gln His Met Thr Ser Ser Val

        850                 855                 860

    Lys Phe Leu Thr Gln Val Arg Asn Met His Gln Ala Gly Ala Arg Ile

    865                  870                875                 880

    Phe Val Glu Phe Gly Pro Lys Gln Val Leu Ser Lys Leu Val Ser Glu

                    885                 890                 895

    Thr Leu Lys Asp Asp Pro Ser Val Val Thr Val Ser Val Asn Pro Ala

                900                 905                 910

    Ser Gly Thr Asp Ser Asp Ile Gln Leu Arg Asp Ala Ala Val Gln Leu

            915                 920                 925

    Val Val Ala Gly Val Asn Leu Gln Gly Phe Asp Lys Trp Asp Ala Pro

        930                 935                 940

    Asp Ala Thr Arg Met Gln Ala Ile Lys Lys Lys Arg Thr Thr Leu Arg

    945                 950                  955                960

    Leu Ser Ala Ala Thr Tyr Val Ser Asp Lys Thr Lys Lys Val Arg Asp

                    965                     970             975

    Ala Ala Met Asn Asp Gly Arg Cys Val Thr Tyr Leu Lys Gly Ala Ala

                980                 985                 990

    Pro Leu Ile Lys Ala Pro Glu Pro  Val Val Asp Glu Ala  Ala Lys Arg

            995                 1000                 1005

    Glu Ala  Glu Arg Leu Gln Lys  Glu Leu Gln Asp Ala  Gln Arg Gln

        1010                 1015                 1020

    Leu Asp  Asp Ala Lys Arg Ala  Ala Ala Glu Ala Asn  Ser Lys Leu

        1025                 1030                 1035

    Ala Ala  Ala Lys Glu Glu Ala  Lys Thr Ala Ala Ala  Ser Ala Lys

        1040                 1045                 1050

    Pro Ala  Val Asp Thr Ala Val  Val Glu Lys His Arg  Ala Ile Leu

        1055                 1060                 1065

    Lys Ser  Met Leu Ala Glu Leu  Asp Gly Tyr Gly Ser  Val Asp Ala

        1070                 1075                 1080

    Ser Ser  Leu Gln Gln Gln Gln  Gln Gln Gln Thr Ala  Pro Ala Pro

        1085                 1090                 1095

    Val Lys  Ala Ala Ala Pro Ala  Ala Pro Val Ala Ser  Ala Pro Ala

        1100                 1105                 1110

    Pro Ala  Val Ser Asn Glu Leu  Leu Glu Lys Ala Glu  Thr Val Val

        1115                 1120                 1125

    Met Glu  Val Leu Ala Ala Lys  Thr Gly Tyr Glu Thr  Asp Met Ile

        1130                 1135                 1140

    Glu Ala  Asp Met Glu Leu Glu  Thr Glu Leu Gly Ile  Asp Ser Ile

        1145                 1150                 1155

    Lys Arg  Val Glu Ile Leu Ser  Glu Val Gln Ala Met  Leu Asn Val

        1160                 1165                 1170

    Glu Ala  Lys Asp Val Asp Ala  Leu Ser Arg Thr Arg  Thr Val Gly

        1175                 1180                 1185

    Glu Val  Val Asn Ala Met Lys  Ala Glu Ile Ala Gl0  Ser Ser Ala

        1190                 1195                 1200

    Pro Ala  Pro Ala Ala Ala Ala  Pro Ala Pro Ala Lys  Ala Ala Pro

        1205                 1210                 1315

    Ala Ala  Ala Ala Pro Ala Val  Ser Asn Glu Leu Leu  Glu Lys Ala

        1220                 1225                 1230

    Glu Thr  Val Val Met Glu Val  Leu Ala Ala Lys Thr  Gly Tyr Glu

        1235                 1240                 1245

    Thr Asp  Met Ile Glu Ser Asp  Met Glu Leu Glu Thr  Glu Leu Gly

        1250                 1255                 1260

    Ile Asp  Ser Ile Lys Arg Val  Glu Ile Leu Ser Glu  Val Gln Ala

        1265                 1270                 1275

    Met Leu  Asn Val Glu Ala Lys  Asp Val Asp Ala Leu  Ser Arg Thr

        1280                 1285                 1290

    Arg Thr  Val Gly Glu Val Val  Asn Ala Met Lys Ala  Glu Ile Ala

        1295                 1300                 1305

    Gly Gly  Ser Ala Pro Ala Pro  Ala Ala Ala Ala Pro  Gly Pro Ala

        1310                 1315                 1320

    Ala Ala  Ala Pro Ala Pro Ala  Ala Ala Ala Pro Ala  Val Ser Asn

        1325                 1330                 1335

    Glu Leu  Leu Glu Lys Ala Glu  Thr Val Val Met Glu  Val Leu Ala

        1340                 1345                 1350

    Ala Lys  Thr Gly Tyr Glu Thr  Asp Met Ile Glu Ser  Asp Met Glu

        1355                 1360                 1365

    Leu Glu  Thr Glu Leu Gly Ile  Asp Ser Ile Lys Arg  Val Glu Ile

        1370                 1375                 1380

    Leu Ser  Glu Val Gln Ala Met  Leu Asn Val Glu Ala  Lys Asp Val

        1385                 1390                 1395

    Asp Ala  Leu Ser Arg Thr Arg  Thr Val Gly Glu Val  Val Asp Ala

        1400                 1405                 1410

    Met Lys  Ala Glu Ile Ala Gly  Gly Ser Ala Pro Ala  Pro Ala Ala

        1415                 1420                 1425

    Ala Ala  Pro Ala Pro Ala Ala  Ala Ala Pro Ala Pro  Ala Ala Pro

        1430                 1435                 1440

    Ala Pro  Ala Val Ser Ser Glu  Leu Leu Glu Lys Ala  Glu Thr Val

        1445                 1450                 1455

    Val Met  Glu Val Leu Ala Ala  Lys Thr Gly Tyr Glu  Thr Asp Met

        1460                 1465                 1470

    Ile Glu  Ser Asp Met Glu Leu  Glu Thr Glu Leu Gly  Ile Asp Ser

        1475                 1480                 1485

    Ile Lys  Arg Val Glu Ile Leu  Ser Glu Val Gln Ala  Met Leu Asn

        1490                 1495                 1500

    Val Glu  Ala Lys Asp Val Asp  Ala Leu Ser Arg Thr  Arg Thr Val

        1505                 1510                 1515

    Gly Glu  Val Val Asp Ala Met  Lys Ala Glu Ile Ala  Gly Gly Ser

        1520                 1525                 1530

    Ala Pro  Ala Pro Ala Ala Ala  Ala Pro Ala Pro Ala  Ala Ala Ala

        1535                 1540                 1545

    Pro Ala  Pro Ala Ala Pro Ala  Pro Ala Ala Pro Ala  Pro Ala Val

        1550                 1555                 1560

    Ser Ser  Glu Leu Leu Glu Lys  Ala Glu Thr Val Val  Met Glu Val

        1565                 1570                 1575

    Leu Ala  Ala Lys Thr Gly Tyr  Glu Thr Asp Met Ile  Glu Ser Asp

        1580                 1585                 1590

    Met Glu  Leu Glu Thr Glu Leu  Gly Ile Asp Ser Ile  Lys Arg Val

        1595                 1600                 1605

    Glu Ile  Leu Ser Glu Val Gln  Ala Met Leu Asn Val  Glu Ala Lys

        1610                 1615                 1620

    Asp Val  Asp Ala Leu Ser Arg  Thr Arg Thr Val Gly  Glu Val Val

        1625                 1630                 1635

    Asp Ala  Met Lys Ala Glu Ile  Ala Gly Ser Ser Ala  Ser Ala Pro

        1640                 1645                 1650

    Ala Ala  Ala Ala Pro Ala Pro  Ala Ala Ala Ala Pro  Ala Pro Ala

        1655                 1660                 1665

    Ala Ala  Ala Pro Ala Val Ser  Asn Glu Leu Leu Glu  Lys Ala Glu

        1670                 1675                 1680

    Thr Val  Val Met Glu Val Leu  Ala Ala Lys Thr Gly  Tyr Glu Thr

        1685                 1690                 1695

    Asp Met  Ile Glu Ser Asp Met  Glu Leu Glu Thr Glu  Leu Gly Ile

        1700                 1705                 1710

    Asp Ser  Ile Lys Arg Val Glu  Ile Leu Ser Glu Val  Gln Ala Met

        1715                 1720                 1725

    Leu Asn  Val Glu Ala Lys Asp  Val Asp Ala Leu Ser  Arg Thr Arg

        1730                 1735                 1740

    Thr Val  Gly Glu Val Val Asp  Ala Met Lys Ala Glu  Ile Ala Gly

        1745                 1750                 1755

    Gly Ser  Ala Pro Ala Pro Ala  Ala Ala Ala Pro Ala  Pro Ala Ala

        1760                 1765                 1770

    Ala Ala  Pro Ala Val Ser Asn  Glu Leu Leu Glu Lys  Ala Glu Thr

        1775                 1780                 1785

    Val Val  Met Glu Val Leu Ala  Ala Lys Thr Gly Tyr  Glu Thr Asp

        1790                 1795                 l800

    Met Ile  Glu Ser Asp Met Glu  Leu Glu Thr G1u Leu  Gly Ile Asp

        1805                 1810                 1815

    Ser Ile  Lys Arg Val Glu Ile  Leu Ser Glu Val Gln  Ala Met Leu

        1820                 1825                 1830

    Asn Val  Glu Ala Lys Asp Val  Asp Ala Leu Ser Arg  Thr Arg Thr

        1835                  1840                 1845

    Val Gly  Glu Val Val Asp Ala  Met Lys Ala Glu Ile  Ala Gly Ser

        1850                  1855                 1860

    Ser Ala  Pro Ala Pro Ala Ala  Ala Ala Pro Ala Pro  Ala Ala Ala

        1865                 1870                 1875

    Ala Pro  Ala Pro Ala Ala Ala  Ala Pro Ala Val Ser  Ser Glu Leu

        1880                 1885                 1890

    Leu Glu  Lys Ala Glu Thr Val  Val Met Glu Val Leu  Ala Ala Lys

        1895                 1900                 1905

    Thr Gly  Tyr Glu Thr Asp Met  Ile Glu Ser Asp Met  Glu Leu Glu

        1910                 1915                 1920

    Thr Glu  Leu Gly Ile Asp Ser  Ile Lys Arg Val Glu  Ile Leu Ser

        1925                 1930                 1935

    Glu Val  Gln Ala Met Leu Asn  Val Glu Ala Lys Asp  Val Asp Ala

        1940                 1945                 1950

    Leu Ser  Arg Thr Arg Thr Val  Gly Glu Val Val Asp  Ala Met Lys

        1955                 1960                 1965

    Ala Glu  Ile Ala Gly Gly Ser  Ala Pro Ala Pro Ala  Ala Ala Ala

        1970                 1975                 1980

    Pro Ala  Pro Ala Ala Ala Ala  Pro Ala Val Ser Asn  Glu Leu Leu

        1985                 1990                 1995

    Glu Lys  Ala Glu Thr Val Val  Met Glu Val Leu Ala  Ala Lys Thr

        2000                 2005                 2010

    Gly Tyr  Glu Thr Asp Met Ile  Glu Ser Asp Met Glu  Leu Glu Thr

        2015                 2020                 2025

    Glu Leu  Gly Ile Asp Ser Ile  Lys Arg Val Glu Ile  Leu Ser Glu

        2030                 2035                 2040

    Val Gln  Ala Met Leu Asn Val  Glu Ala Lys Asp Val  Asp Ala Leu

        2045                 2050                 2055

    Ser Arg  Thr Arg Thr Val Gly  Glu Val Val Asp Ala  Met Lys Ala

        2060                 2065                 2070

    Glu Ile  Ala Gly Gly Ser Ala  Pro Ala Pro Ala Ala  Ala Ala Pro

        2075                 2080                 2085

    Ala Ser  Ala Gly Ala Ala Pro  Ala Val Lys Ile Asp  Ser Val His

        2090                 2095                 2100

    Gly Ala  Asp Cys Asp Asp Leu  Ser Leu Met His Ala  Lys Val Val

        2105                 2110                 2115

    Asp Ile  Arg Arg Pro Asp Glu  Leu Ile Leu Glu Arg  Pro Glu Asn

        2120                 2125                 2130

    Arg Pro  Val Leu Val Val Asp  Asp Gly Ser Glu Leu  Thr Leu Ala

        2135                 2140                 2145

    Leu Val  Arg Val Leu Gly Ala  Cys Ala Val Val Leu  Thr Phe Glu

        2150                 2155                 2160

    Gly Leu  Gln Leu Ala Gln Arg  Ala Gly Ala Ala Ala  Ile Arg His

        2165                 2170                 2175

    Val Leu  Ala Lys Asp Leu Ser  Ala Glu Ser Ala Glu  Lys Ala Ile

        2180                 2185                 2190

    Lys Glu  Ala Glu Gln Arg Phe  Gly Ala Leu Gly Gly  Phe Ile Ser

        2195                 2200                 2205

    Gln Gln  Ala Glu Arg Phe Glu  Pro Ala Glu Ile Leu  Gly Phe Thr

        2210                 2215                 2220

    Leu Met  Cys Ala Lys Phe Ala  Lys Ala Ser Leu Cys  Thr Ala Val

        2225                 2230                 2235

    Ala Gly  Gly Arg Pro Ala Phe  Ile Gly Val Ala Arg  Leu Asp Gly

        2240                 2245                 2250

    Arg Leu  Gly Phe Thr Ser Gln  Gly Thr Ser Asp Ala  Leu Lys Arg

        2255                 2260                 2265

    Ala Gln  Arg Gly Ala Ile Phe  Gly Leu Cys Lys Thr  Ile Gly Leu

        2270                 2275                 2280

    Glu Trp  Ser Glu Ser Asp Val  Phe Ser Arg Gly Val  Asp Ile Ala

        2285                 2290                 2295

    Gln Gly  Met His Pro Glu Asp  Ala Ala Val Ala Ile  Val Arg Glu

        2300                 2305                 2310

    Met Ala  Cys Ala Asp Ile Arg  Ile Arg Glu Val Gly  Ile Gly Ala

        2315                 2320                 2325

    Asn Gln  Gln Arg Cys Thr Ile  Arg Ala Ala Lys Leu  Glu Thr Gly

        2330                 2335                 2340

    Asn Pro  Gln Arg Gln Ile Ala  Lys Asp Asp Val Leu  Leu Val Ser

        2345                 2350                 2355

    Gly Gly  Ala Arg Gly Ile Thr  Pro Leu Cys Ile Arg  Glu Ile Thr

        2360                 2365                 2370

    Arg Gln  Ile Ala Gly Gly Lys  Tyr Ile Leu Leu Gly  Arg Ser Lys

        2375                 2380                 2385

    Val Ser  Ala Ser Glu Pro Ala  Trp Cys Ala Gly Ile  Thr Asp Glu

        2390                 2395                 2400

    Lys Ala  Val Gln Lys Ala Ala  Thr Gln Glu Leu Lys  Arg Ala Phe

        2405                 2410                 2415

    Ser Ala  Gly Glu Gly Pro Lys  Pro Thr Pro Arg Ala  Val Thr Lys

        2420                 2425                 2430

    Leu Val  Gly Ser Val Leu Gly  Ala Arg Glu Val Arg  Ser Ser Ile

        2435                 2440                 2445

    Ala Ala  Ile Glu Ala Leu Gly  Gly Lys Ala Ile Tyr  Ser Ser Cys

        2450                 2455                 2460

    Asp Val  Asn Ser Ala Ala Asp  Val Ala Lys Ala Val  Arg Asp Ala

        2465                 2470                 2475

    Glu Ser  Gln Leu Gly Ala Arg  Val Ser Gly Ile Val  His Ala Ser

        2480                 2485                 2490

    Gly Val  Leu Arg Asp Arg Leu  Ile Glu Lys Lys Leu  Pro Asp Glu

        2495                 2500                 2505

    Phe Asp  Ala Val Phe Gly Thr  Lys Val Thr Gly Leu  Glu Asn Leu

        2510                 2515                 2520

    Leu Ala  Ala Val Asp Arg Ala  Asn Leu Lys His Met  Val Leu Phe

        2525                 2530                 2535

    Ser Ser  Leu Ala Gly Phe His  Gly Asn Val Gly Gln  Ser Asp Tyr

        2540                 2545                 2550

    Ala Met  Ala Asn Glu Ala Leu  Asn Lys Met Gly Leu  Glu Leu Ala

        2555                 2560                 2565

    Lys Asp  Val Ser Val Lys Ser  Ile Cys Phe Gly Pro  Trp Asp Gly

        2570                 2575                 2580

    Gly Met  Val Thr Pro Gln Leu  Lys Lys Gln Phe Gln  Glu Met Gly

        2585                 2590                 2595

    Val Gln  Ile Ile Pro Arg Glu  Gly Gly Ala Asp Thr  Val Ala Arg

        2600                 2605                 2610

    Ile Val  Leu Gly Ser Ser Pro  Ala Glu Ile Leu Val  Gly Asn Trp

        2615                 2620                 2625

    Arg Thr  Pro Ser Lys Lys Val  Gly Ser Asp Thr Ile  Thr Leu His

        2630                 2635                 2640

    Arg Lys  Ile Ser Ala Lys Ser  Asn Pro Phe Leu Glu  Asp His Val

        2645                 2650                 2655

    Ile Gln  Gly Arg Arg Val Leu  Pro Met Thr Leu Ala  Ile Gly Ser

        2660                 2665                 2670

    Leu Ala  Glu Thr Cys Leu Gly  Leu Phe Pro Gly Tyr  Ser Leu Trp

        2675                 2680                 2685

    Ala Ile  Asp Asp Ala Gln Leu  Phe Lys Gly Val Thr  Val Asp Gly

        2690                 2695                 2700

    Asp Val  Asn Cys Glu Val Thr  Leu Thr Pro Ser Thr  Ala Pro Ser

        2705                 2710                 2715

    Gly Arg  Val Asn Val Gln Ala  Thr Leu Lys Thr Phe  Ser Ser Gly

        2720                 2725                 2730

    Lys Leu  Val Pro Ala Tyr Arg  Ala Val Ile Val Leu  Ser Asn Gln

        2735                 2740                 2745

    Gly Ala  Pro Pro Ala Asn Ala  Thr Met Gln Pro Pro  Ser Leu Asp

        2750                 2755                 2760

    Ala Asp  Pro Ala Leu Gln Gly  Ser Val Tyr Asp Gly  Lys Thr Leu

        2765                 2770                 2775

    Phe His  Gly Pro Ala Phe Arg  Gly Ile Asp Asp Val  Leu Ser Cys

        2780                 2785                 2790

    Thr Lys  Ser Gln Leu Val Ala  Lys Cys Ser Ala Val  Pro Gly Ser

        2795                 2800                 2805

    Asp Ala  Ala Arg Gly Glu Phe  Ala Thr Asp Thr Asp  Ala His Asp

        2810                 2815                 2820

    Pro Phe  Val Asn Asp Leu Ala  Phe Gln Ala Met Leu  Val Trp Val

        2825                 2830                 2835

    Arg Arg  Thr Leu Gly Gln Ala  Ala Leu Pro Asn Ser  Ile Gln Arg

        2840                 2845                 2850

    Ile Val  Gln His Arg Pro Val  Pro Gln Asp Lys Pro  Phe Tyr Ile

        2855                 2860                 2865

    Thr Leu  Arg Ser Asn Gln Ser  Gly Gly His Ser Gln  His Lys His

        2870                 2875                 2880

    Ala Leu  Gln Phe His Asn Glu  Gln Gly Asp Leu Phe  Ile Asp Val

        2885                 2890                 2895

    Gln Ala  Ser Val Ile Ala Thr  Asp Ser Leu Ala Phe

        2900                 2905                 2910

    <210>3

    <211>6177

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(6177)

    <223>

    <400>3

    atg gcc gct cgg aat gtg agc gcc gcg cat gag atg cac gat gaa aag      48

    Met Ala Ala Arg Asn Val Ser Ala Ala His Glu Met His Asp Glu Lys

        1               5                   10                  15

    cgc atc gcc gtc gtc ggc atg gcc gtc cag tac gcc gga tgc aaa acc        96

    Arg Ile Ala Val Val Gly Met Ala Val Gln Tyr Ala Gly Cys Lys Thr

                20                  25                  30

    aag gac gag ttc tgg gag gtg ctc atg aac ggc aag gtc gag tcc aag       144

    Lys Asp Glu Phe Trp Glu Val Leu Met Asn Gly Lys Val Glu Ser Lys

            35                  40                  45

    gtg atc agc gac aaa cga ctc ggc tcc aac tac cgc gcc gag cac tac       192

    Val Ile Ser Asp Lys Arg Leu Gly Ser Asn Tyr Arg Ala Glu His Tyr

        50                  55                  60

    aaa gca gag cgc agc aag tat gcc gac acc ttt tgc aac gaa acg tac       240

    Lys Ala Glu Arg Ser Lys Tyr Ala Asp Thr Phe Cys Asn Glu Thr Tyr

    65                  70                  75                  80

    ggc acc ctt gac gag aac gag atc gac aac gag cac gaa ctc ctc ctc       288

    Gly Thr Leu Asp Glu Asn Glu Ile Asp Asn Glu His Glu Leu Leu Leu

                    85                  90                  95

    aac ctc gcc aag cag gca ctc gca gag aca tcc gtc aaa gac tcg aca       336

    Asn Leu Ala Lys Gln Ala Leu Ala Glu Thr Ser Val Lys Asp Ser Thr

                100                 105                 110

    cgc tgc ggc atc gtc agc ggc tgc ctc tcg ttc ccc atg gac aac ctc       384

    Arg Cys Gly Ile Val Ser Gly Cys Leu Ser Phe Pro Met Asp Asn Leu

            115                 120                 125

    cag ggt gaa ctc ctc aac gtg tac caa aac cat gtc gag aaa aag ctc       432

    Gln Gly Glu Leu Leu Asn Val Tyr Gln Asn His Val Glu Lys Lys Leu

        130                 135                 140

    ggg gcc cgc gtc ttc aag gac gcc tcc cat tgg tcc gaa cgc gag cag       480

    Gly Ala Arg Val Phe Lys Asp Ala Ser His Trp Ser Glu Arg Glu Gln

    145                 150                 155                 160

    tcc aac aaa ccc gag gcc ggt gac cgc cgc atc ttc atg gac ccg gcc       528

    Ser Asn Lys Pro Glu Ala Gly Asp Arg Arg Ile Phe Met Asp Pro Ala

                    165                 170                 175

    tcc ttc gtc gcc gaa gaa ctc aac ctc ggc gcc ctt cac tac tcc gtc       576

    Ser Phe Val Ala Glu Glu Leu Asn Leu Gly Ala Leu His Tyr Ser Val

                180                 185                 190

    gac gca gca tgc gcc acg gcg ctc tac gtg ctc cgc ctc gcg cag gat       624

    Asp Ala Ala Cys Ala Thr Ala Leu Tyr Val Leu Arg Leu Ala Gln Asp

            195                 200                 205

    cat ctc gtc tcc ggc gcc gcc gac gtc atg ctc tgc ggt gcc acc tgc       672

    His Leu Val Ser Gly Ala Ala Asp Val Met Leu Cys Gly Ala Thr Cys

        210                 215                 220

    ctg ccg gag ccc ttt ttc atc ctt tcg ggc ttt tcc acc ttc cag gcc       720

    Leu Pro Glu Pro Phe Phe Ile Leu Ser Gly Phe Ser Thr Phe Gln Ala

    225                 230                 235                 240

    atg ccc gtc ggc acg ggc cag aac gtg tcc atg ccg ctg cac aag gac       768

    Met Pro Val Gly Thr Gly Gln Asn Val Ser Met Pro Leu His Lys Asp

                    245                 250                 255

    agc cag ggc ctc acc ccg ggt gag ggc ggc tcc atc atg gtc ctc aag       816

    Ser Gln Gly Leu Thr Pro Gly Glu Gly Gly Ser Ile Met Val Leu Lys

                260                 265                 270

    cgt ctc gat gat gcc atc cgc gac ggc gac cac att tac ggc acc ctt       864

    Arg Leu Asp Asp Ala Ile Arg Asp Gly Asp His Ile Tyr Gly Thr Leu

            275                 280                 285

    ctc ggc gcc aat gtc agc aac tcc ggc aca ggt ctg ccc ctc aag ccc       912

    Leu Gly Ala Asn Val Ser Asn Ser Gly Thr Gly Leu Pro Leu Lys Pro

        290                 295                 300

    ctt ctc ccc agc gag aaa aag tgc ctc atg gac acc tac acg cgc att       960

    Leu Leu Pro Ser Glu Lys Lys Cys Leu Met Asp Thr Tyr Thr Arg Ile

    305                 310                 315                 320

    aac gtg cac ccg cac aag att cag tac gtc gag tgc cac gcc acc ggc       1008

    Asn Val His Pro His Lys Ile Gln Tyr Val Glu Cys His Ala Thr Gly

                    325                 330                 335

    acg ccc cag ggt gat cgt gtg gaa atc gac gcc gtc aag gcc tgc ttt      1056

    Thr Pro Gln Gly Asp Arg Val Glu Ile Asp Ala Val Lys Ala Cys Phe

                340                 345                 350

    gaa ggc aag gtc ccc cgt ttc ggt acc aca aag ggc aac ttt gga cac      1104

    Glu Gly Lys Val Pro Arg Phe Gly Thr Thr Lys Gly Asn Phe Gly His

            355                 360                 365

    acc cts gyc gca gcc ggc ttt gcc ggt atg tgc aag gtc ctc ctc tcc      1152

    Thr Xaa Xaa Ala Ala Gly Phe Ala Gly Met Cys Lys Val Leu Leu Ser

        370                 375                 380

    atg aag cat ggc atc atc ccg ccc acc ccg ggt atc gat gac gag acc      1200

    Met Lys His Gly Ile Ile Pro Pro Thr Pro Gly Ile Asp Asp Glu Thr

    385                 390                 395                 400

    aag atg gac cct ctc gtc gtc tcc ggt gag gcc atc cca tgg cca gag      1248

    Lys Met Asp Pro Leu Val Val Ser Gly Glu Ala Ile Pro Trp Pro Glu

                    405                 410                 415

    acc aac ggc gag ccc aag cgc gcc ggt ctc tcg gcc ttt ggc ttt ggt      1296

    Thr Asn Gly Glu Pro Lys Arg Ala Gly Leu Ser Ala Phe Gly Phe Gly

                420                 425                 430

    ggc acc aac gcc cat gcc gtc ttt gag gag cat gac ccc tcc aac gcc      1344

    Gly Thr Asn Ala His Ala Val Phe Glu Glu His Asp Pro Ser Asn Ala

            435                 440                 445

    gcc tgc acg ggc cac gac tcc att tct gcg ctc tcg gcc cgc tgc ggc      1392

    Ala Cys Thr Gly His Asp Ser Ile Ser Ala Leu Ser Ala Arg Cys Gly

        430                 455                 460

    ggt gaa agc aac atg cgc atc gcc atc act ggt atg gac gcc acc ttt      1440

    Gly Glu Ser Asn Met Arg Ile Ala Ile Thr Gly Met Asp Ala Thr Phe

    465                 470                 475                 480

    ggc gct ctc aag gga ctc gac gcc ttc gag cgc gcc att tac acc ggc      1488

    Gly Ala Leu Lys Gly Leu Asp Ala Phe Glu Arg Ala Ile Tyr Thr Gly

                    485                 490                 495

    gct cac ggt gcc atc cca ctc cca gaa aag cgc tgg cgc ttt ctc ggc      1536

    Ala His Gly Ala Ile Pro Leu Pro Glu Lys Arg Trp Arg Phe Leu Gly

                500                 505                 510

    aag gac aag gac ttt ctt gac ctc tgc ggc gtc aag gcc acc ccg cac      1584

    Lys Asp Lys Asp Phe Leu Asp Leu Cys Gly Val Lys Ala Thr Pro His

            515                 520                 525

    ggc tgc tac att gaa gat gtt gag gtc gac ttc cag cgc ctc cgc acg      1632

    Gly Cys Tyr Ile Glu Asp Val Glu Val Asp Phe Gln Arg Leu Arg Thr

        530                 535                 540

    ccc atg acc cct gaa gac atg ctc ctc cct cag cag ctt ctg gcc gtc      1680

    Pro Met Thr Pro Glu Asp Met Leu Leu Pro Gln Gln Leu Leu Ala Val

    545                 550                 555                 560

    acc acc att gac cgc gcc atc ctc gac tcg gga atg aaa aag ggt ggc      1728

    Thr Thr Ile Asp Arg Ala Ile Leu Asp Ser Gly Met Lys Lys Gly Gly

                    565                 570                 575

    aat gtc gcc gtc ttt gtc ggc ctc ggc acc gac ctc gag ctc tac cgt      1776

    Asn Val Ala Val Phe Val Gly Leu Gly Thr Asp Leu Glu Leu Tyr Arg

                580                 585                 590

    cac cgt gct cgc gtc gct ctc aag gag cgc gtc cgc cct gaa gcc tcc      1824

    His Arg Ala Arg Val Ala Leu Lys Glu Arg Val Arg Pro Glu Ala Ser

            595                 600                 605

    aag aag ctc aat gac atg atg cag tac att aac gac tgc ggc aca tcc      1872

    Lys Lys Leu Asn Asp Met Met Gln Tyr Ile Asn Asp Cys Gly Thr Ser

        610                 615                 620

    aca tcg tac acc tcg tac att ggc aac ctc gtc gcc acg cgc gtc tcg      1920

    Thr Ser Tyr Thr Ser Tyr Ile Gly Asn Leu Val Ala Thr Arg Val Ser

    625                 630                 635                 640

    tcg cag tgg ggc ttc acg ggc ccc tcc ttt acg atc acc gag ggc aac      1968

    Ser Gln Trp Gly Phe Thr Gly Pro Ser Phe Thr Ile Thr Glu Gly Asn

                    645                 650                 655

    aac tcc gtc tac cgc tgc gcc gag ctc ggc aag tac ctc ctc gag acc      2016

    Asn Ser Val Tyr Arg Cys Ala Glu Leu Gly Lys Tyr Leu Leu Glu Thr

                660                 665                 670

    ggc gag gtc gat ggc gtc gtc gtt gcg ggt gtc gat ctc tgc ggc agt      2064

    Gly Glu Val Asp Gly Val Val Val Ala Gly Val Asp Leu Cys Gly Ser

            675                 680                 685

    gcc gaa aac ctt tac gtc aag tct cgc cgc ttc aag gtg tcc acc tcc      2112

    Ala Glu Asn Leu Tyr Val Lys Ser Arg Arg Phe Lys Val Ser Thr Ser

        690                 695                 700

    gat acc ccg cgc gcc agc ttt gac gcc gcc gcc gat ggc tac ttt gtc      2160

    Asp Thr Pro Arg Ala Ser Phe Asp Ala Ala Ala Asp Gly Tyr Phe Val

    705                 710                 715                 720

    ggc gag ggc tgc ggt gcc ttt gtg ctc aag cgt gag act agc tgc acc      2208

    Gly Glu Gly Cys Gly Ala Phe Val Leu Lys Arg Glu Thr Ser Cys Thr

                    725                 730                 735

    aag gac gac cgt atc tac gct tgc atg gat gcc atc gtc cct ggc aac      2256

    Lys Asp Asp Arg Ile Tyr Ala Cys Met Asp Ala Ile Val Pro Gly Asn

                740                 745                 750

    gtc cct agc gcc tgc ttg cgc gag gcc ctc gac cag gcg cgc gtc aag      2304

    Val Pro Ser Ala Cys Leu Arg Glu Ala Leu Asp Gln Ala Arg Val Lys

            755                 760                 765

    ccg ggc gat atc gag atg ctc gag ctc agc gcc gac tcc gcc cgc cac      2352

    Pro Gly Asp lle Glu Met Leu Glu Leu Ser Ala Asp Ser Ala Arg His

        770                 775                 780

    ctc aag gac ccg tcc gtc ctg ccc aag gag ctc act gcc gag gag gaa      2400

    Leu Lys Asp Pro Ser Val Leu Pro Lys Glu Leu Thr Ala Glu Glu Glu

    785                 790                 795                 800

    atc ggc ggc ctt cag acg atc ctt cgt gac gat gac aag ctc ccg cgc      2448

    Ile Gly Gly Leu Gln Thr Ile Leu Arg Asp Asp Asp Lys Leu Pro Arg

                    805                 810                 815

    aac gtc gca acg ggc agt gtc aag gcc acc gtc ggt gac acc ggt tat      2496

    Asn Val Ala Thr Gly Ser Val Lys Ala Thr Val Gly Asp Thr Gly Tyr

                820                 825                 830

    gcc tct ggt gct gcc agc ctc atc aag gct gcg ctt tgc atc tac aac      2544

    Ala Ser Gly Ala Ala Ser Leu Ile Lys Ala Ala Leu Cys Ile Tyr Asn

            835                 840                 845

    cgc tac ctg ccc agc aac ggc gac gac tgg gat gaa ccc gcc cct gag      2592

    Arg Tyr Leu Pro Ser Asn Gly Asp Asp Trp Asp Glu Pro Ala Pro Glu

        850                 855                 860

    gcg ccc tgg gac agc acc ctc ttt gcg tgc cag acc tcg cgc gct tgg      2640

    Ala Pro Trp Asp Ser Thr Leu Phe Ala Cys Gln Thr Ser Arg Ala Trp

    865                 870                 875                 880

    ctc aag aac cct ggc gag cgt cgc tat gcg gcc gtc tcg ggc gtc tcc      2688

    Leu Lys Asn Pro Gly Glu Arg Arg Tyr Ala Ala Val Ser Gly Val Ser

                    885                 890                 895

    gag acg cgc tcg tgc tat tcc gtg ctc ctc tcc gaa gcc gag ggc cac      2736

    Glu Thr Arg Ser Cys Tyr Ser Val Leu Leu Ser Glu Ala Glu Gly His

                900                 905                 910

    tac gag cgc gag aac cgc atc tcg ctc gac gag gag gcg ccc aag ctc      2784

    Tyr Glu Arg Glu Asn Arg Ile Ser Leu Asp Glu Glu Ala Pro Lys Leu

            915                 920                 925

    att gtg ctt cgc gcc gac tcc cac gag gag atc ctt ggt cgc ctc gac      2832

    Ile Val Leu Arg Ala Asp Ser His Glu Glu Ile Leu Gly Arg Leu Asp

        930                 935                 940

    aag atc cgc gag cgc ttc ttg cag ccc acg ggc gcc gcc ccg cgc gag      2880

    Lys Ile Arg Glu Arg Phe Leu Gln Pro Thr Gly Ala Ala Pro Arg Glu

    945                 950                 955                 960

    tcc gag ctc aag gcg cag gcc cgc cgc atc ttc ctc gag ctc ctc ggc      2928

    Ser Glu Leu Lys Ala Gln Ala Arg Arg Ile Phe Leu Glu Leu Leu Gly

                    965                 970                 975

    gag acc ctt gcc cag gat gcc gct tct tca ggc tcg caa aag ccc ctc      2976

    Glu Thr Leu Ala Gln Asp Ala Ala Ser Ser Gly Ser Gln Lys Pro Leu

                980                 985                 990

    gct ctc agc ctc gtc tcc acg ccc  tcc aag ctc cag cgc  gag gtc gag    3024

    Ala Leu Ser Leu Val Ser Thr Pro  Ser Lys Leu Gln Arg  Glu Val Glu

            995                 1000                 1005

    ctc gcg  gcc aag ggt atc ccg  cgc tgc ctc aag atg  cgc cgc gat       3069

    Leu Ala  Ala Lys Gly Ile Pro  Arg Cys Leu Lys Met  Arg Arg Asp

        1010                 1015                 1020

    tgg agc  tcc cct gct ggc agc  cgc tac gcg cct gag  ccg ctc gcc       3114

    Trp Ser  Ser Pro Ala Gly Ser  Arg Tyr Ala Pro Glu  Pro Leu Ala

        1025                 1030                 1035

    agc gac  cgc gtc gcc ttc atg  tac ggc gaa ggt cgc  agc cct tac       3159

    Ser Asp  Arg Val Ala Phe Met  Tyr Gly Glu Gly Arg  Ser Pro Tyr

        1040                 1045                 1050

    tac ggc  atc acc caa gac att  cac cgc att tgg ccc  gaa ctc cac       3204

    Tyr Gly  Ile Thr Gln Asp Ile  His Arg Ile Trp Pro  Glu Leu His

        1055                 1060                 1065

    gag gtc  atc aac gaa aag acg  aac cgt ctc tgg gcc  gaa ggc gac       3249

    Glu Val  Ile Asn Glu Lys Thr  Asn Arg Leu Trp Ala  Glu Gly Asp

        1070                 1075                 1080

    cgc tgg  gtc atg ccg cgc gcc  agc ttc aag tcg gag  ctc gag agc       3294

    Arg Trp  Val Met Pro Arg Ala  Ser Phe Lys Ser Glu  Leu Glu Ser

        1085                 1090                 1095

    cag cag  caa gag ttt gat cgc  aac atg att gaa atg  ttc cgt ctt       3339

    Gln Gln  Gln Glu Phe Asp Arg  Asn Met Ile Glu Met  Phe Arg Leu

        1100                 1105                 1110

    gga atc  ctc acc tca att gcc  ttc acc aat ctg gcg  cgc gac gtt       3384

    Gly Ile  Leu Thr Ser Ile Ala  Phe Thr Asn Leu Ala  Arg Asp Val

        1115                 1120                 1125

    ctc aac  atc acg ccc aag gcc  gcc ttt ggc ctc agt  ctt ggc gag       3429

    Leu Asn  Ile Thr Pro Lys Ala  Ala Phe Gly Leu Ser  Leu Gly Glu

        1130                 1135                 1140

    att tcc  atg att ttt gcc ttt  tcc aag aag aac ggt  ctc atc tcc       3474

    Ile Ser  Met Ile Phe Ala Phe  Ser Lys Lys Asn Gly  Leu Ile Ser

        1145                 1150                 1155

    gac cag  ctc acc aag gat ctt  cgc gag tcc gac gtg  tgg aac aag       3519

    Asp Gln  Leu Thr Lys Asp Leu  Arg Glu Ser Asp Val  Trp Asn Lys

        1160                 1165                 1170

    gct ctg  gcc gtt gaa ttt aat  gcg ctg cgc gag gcc  tgg ggc att       3564

    Ala Leu  Ala Val Glu Phe Asn  Ala Leu Arg Glu Ala  Trp Gly Ile

        1175                 1180                 1185

    cca cag  agt gtc ccc aag gac  gag ttc tgg caa ggc  tac att gtg       3609

    Pro Gln  Ser Val Pro Lys Asp  Glu Phe Trp Gln Gly  Tyr Ile Val

        1190                 1195                 1200

    cgc ggc  acc aag cag gat atc  gag gcg gcc atc gcc  ccg gac agc       3654

    Arg Gly  Thr Lys Gln Asp Ile  Glu Ala Ala Ile Ala  Pro Asp Ser

        1205                 1210                 1215

    aag tac  gtg cgc ctc acc atc  atc aat gat gcc aac  acc gcc ctc       3699

    Lys Tyr  Val Arg Leu Thr Ile  Ile Asn Asp Ala Asn  Thr Ala Leu

        1220                 1225                 1230

    att agc  ggc aag ccc gac gcc  tgc aag gct gcg atc  gcg cgt ctc       3744

    Ile Ser  Gly Lys Pro Asp Ala  Cys Lys Ala Ala Ile  Ala Arg Leu

        1235                 1240                 1245

    ggt ggc  aac att cct gcg ctt  ccc gtg acc cag ggc  atg tgc ggc       3789

    Gly Gly  Asn Ile Pro Ala Leu  Pro Val Thr Gln Gly  Met Cys Gly

        1250                 1255                 1260

    cac tgc  ccc gag gtg gga cct  tat acc aag gat atc  gcc aag atc       3834

    His Cys  Pro Glu Val Gly Pro  Tyr Thr Lys Asp Ile  Ala Lys Ile

        1265                 1270                 1275

    cat gcc  aac ctt gag ttc ccc  gtt gtc gac ggc ctt  gac ctc tgg       3879

    His Ala  Asn Leu Glu Phe Pro  Val Val Asp Gly Leu  Asp Leu Trp

        1280                 1285                 1290

    acc aca  atc aac cag aag cgc  ctc gtg cca cgc gcc  acg ggc gcc       3924

    Thr Thr  Ile Asn Gln Lys Arg  Leu Val Pro Arg Ala  Thr Gly Ala

        1295                 1300                 1305

    aag gac  gaa tgg gcc cct tct  tcc ttt ggc gag tac  gcc ggc cag       3969

    Lys Asp  Glu Trp Ala Pro Ser  Ser Phe Gly Glu Tyr  Ala Gly Gln

        1310                 1315                 1320

    ctc tac  gag aag cag gct aac  ttc ccc caa atc gtc  gag acc att       4014

    Leu Tyr  Glu Lys Gln Ala Asn  Phe Pro Gln Ile Val  Glu Thr Ile

        1325                 1330                 1335

    tac aag  caa aac tac gac gtc  ttt gtc gag gtt ggg  ccc aac aac       4059

    Tyr Lys  Gln Asn Tyr Asp Val  Phe Val Glu Val Gly  Pro Asn Asn

        1340                 1345                 1350

    cac cgt  agc acc gca gtg cgc  acc acg ctt ggt ccc  cag cgc aac       4104

    His Arg  Ser Thr Ala Val Arg  Thr Thr Leu Gly Pro  Gln Arg Asn

        1355                 1360                 1365

    cac ctt  gct ggc gcc atc gac  aag cag aac gag gat  gct tgg acg       4149

    His Leu  Ala Gly Ala Ile Asp  Lys Gln Asn Glu Asp  Ala Trp Thr

        1370                 1375                 1380

    acc atc  gtc aag ctt gtg gct  tcg ctc aag gcc cac  ctt gtt cct       4194

    Thr Ile  Val Lys Leu Val Ala  Ser Leu Lys Ala His  Leu Val Pro

        1385                 1390                 1395

    ggc gtc  acg atc tcg ccg ctg  tac cac tcc aag ctt  gtg gcg gag       4239

    Gly Val  Thr Ile Ser Pro Leu  Tyr His Ser Lys Leu  Val Ala Glu

        1400                 1405                 1410

    gct cag  gct tgc tac gct gcg  ctc tgc aag ggt gaa  aag ccc aag       4284

    Ala Gln  Ala Cys Tyr Ala Ala  Leu Cys Lys Gly Glu  Lys Pro Lys

        1415                 1420                 1425

    aag aac  aag ttt gtg cgc aag  att cag ctc aac ggt  cgc ttc aac       4329

    Lys Asn  Lys Phe Val Arg Lys  Ile Gln Leu Asn Gly  Arg Phe Asn

        1430                 1435                 1440

    agc aag  gcg gac ccc atc tcc  tcg gcc gat ctt gcc  agc ttt ccg       4374

    Ser Lys  Ala Asp Pro Ile Ser  Ser Ala Asp Leu Ala  Ser Phe Pro

        1445                 1450                 1455

    cct gcg  gac cct gcc att gaa  gcc gcc atc tcg agc  cgc atc atg       4419

    Pro Ala  Asp Pro Ala Ile Glu  Ala Ala Ile Ser Ser  Arg Ile Met

        1460                 1465                 1470

    aag cct  gtc gct ccc aag ttc  tac gcg cgt ctc aac  att gac gag       4464

    Lys Pro  Val Ala Pro Lys Phe  Tyr Ala Arg Leu Asn  Ile Asp Glu

        1475                 1480                 1485

    cag gac  gag acc cga gat ccg  atc ctc aac aag gac  aac gcg ccg       4509

    Gln Asp  Glu Thr Arg Asp Pro  Ile Leu Asn Lys Asp  Asn Ala Pro

        1490                 1495                 1500

    tct tct  tct tct tct tct tct  tct tct tct tct tct  tct tct tct       4554

    Ser Ser  Ser Ser Ser Ser Ser  Ser Ser Ser Ser Ser  Ser Ser Ser

        1505                 1510                 1515

    ccg tcg  cct gct cct tcg gcc  ccc gtg caa aag aag  gct gct ccc       4599

    Pro Ser  Pro Ala Pro Ser Ala  Pro Val Gln Lys Lys  Ala Ala Pro

        1520                 1525                1530

    gcc gcg  gag acc aag gct gtt  gct tcg gct gac gca  ctt cgc agt       4644

    Ala Ala  Glu Thr Lys Ala Val  Ala Ser Ala Asp Ala  Leu Arg Ser

        1535                 1540                 1545

    gcc ctg  ctc gat ctc gac agt  atg ctt gcg ctg agc  tct gcc agt       4689

    Ala Leu  Leu Asp Leu Asp Ser  Met Leu Ala Leu Ser  Ser Ala Ser

        1550                 1555                 1560

    gcc tcc  ggc aac ctt gtt gag  act gcg cct agc gac  gcc tcg gtc       4734

    Ala Ser  Gly Asn Leu Val Glu  Thr Ala Pro Ser Asp  Ala Ser Val

        1565                 1570                 1575

    att gtg  ccg ccc tgc aac att  gcg gat ctc ggc agc  cgc gcc ttc       4779

    Ile Val  Pro Pro Cys Asn Ile  Ala Asp Leu Gly Ser  Arg Ala Phe

        1580                 1585                 1590

    atg aaa  acg tac ggt gtt tcg  gcg cct ctg tac acg  ggc gcc atg       4824

    Met Lys  Thr Tyr Gly Val Ser  Ala Pro Leu Tyr Thr  Gly Ala Met

        1595                 1600                 1605

    gcc aag  ggc att gcc tct gcg  gac ctc gtc att gcc  gcc ggc cgc       4869

    Ala Lys  Gly Ile Ala Ser Ala  Asp Leu Val Ile Ala  Ala Gly Arg

        1610                 1615                 1620

    cag ggc  atc ctt gcg tcc ttt  ggc gcc ggc gga ctt  ccc atg cag       4914

    Gln Gly  Ile Leu Ala Ser Phe  Gly Ala Gly Gly Leu  Pro Met Gln

        1625                 1630                 1635

    gtt gtg  cgt gag tcc atc gaa  aag att cag gcc gcc  ctg ccc aat       4959

    Val Val  Arg Glu Ser Ile Glu  Lys Ile Gln Ala Ala  Leu Pro Asn

        1640                 1645                 1650

    ggc ccg  tac gct gtc aac ctt  atc cat tct ccc ttt  gac agc aac       5004

    Gly Pro  Tyr Ala Val Asn Leu  Ile His Ser Pro Phe  Asp Ser Asn

        1655                 1660                 1665

    ctc gaa  aag ggc aat gtc gat  ctc ttc ctc gag aag  ggt gtc acc       5049

    Leu Glu  Lys Gly Asn Val Asp  Leu Phe Leu Glu Lys  Gly Val Thr

        1670                 1675                 1680

    ttt gtc  gag gcc tcg gcc ttt  atg acg ctc acc ccg  cag gtc gtg       5094

    Phe Val  Glu Ala Ser Ala Phe  Met Thr Leu Thr Pro  Gln Val Val

        1685                 1690                 1695

    cgg tac  cgc gcg gct ggc ctc  acg cgc aac gcc gac  ggc tcg gtc       5139

    Arg Tyr  Arg Ala Ala Gly Leu  Thr Arg Asn Ala Asp  Gly Ser Val

        1700                 1705                 1710

    aac atc  cgc aac cgt atc att  ggc aag gtc tcg cgc  acc gag ctc       5184

    Asn Ile  Arg Asn Arg Ile Ile  Gly Lys Val Ser Arg  Thr Glu Leu

        1715                 1720                 1725

    gcc gag  atg ttc atg cgt cct  gcg ccc gag cac ctt  ctt cag aag       5229

    Ala Glu  Met Phe Met Arg Pro  Ala Pro Glu His Leu  Leu Gln Lys

        1730                 1735                 1740

    ctc att  gct tcc ggc gag atc  aac cag gag cag gcc  gag ctc gcc       5274

    Leu Ile  Ala Ser Gly Glu Ile  Asn Gln Glu Gln Ala  Glu Leu Ala

        1745                 1750                 1755

    cgc cgt  gtt ccc gtc gct gac  gac atc gcg gtc gaa  gct gac tcg       5319

    Arg Arg  Val Pro Val Ala Asp  Asp Ile Ala Val Glu  Ala Asp Ser

        1760                 1765                 1770

    ggt ggc  cac acc gac aac cgc  ccc atc cac gtc att  ctg ccc ctc       5364

    Gly Gly  His Thr Asp Asn Arg  Pro Ile His Val Ile  Leu Pro Leu

        1775                 1780                 1785

    atc atc  aac ctt cgc gac cgc  ctt cac cgc gag tgc  ggc tac ccg       5409

    Ile Ile  Asn Leu Arg Asp Arg  Leu His Arg Glu Cys  Gly Tyr Pro

        1790                 1795                 1800

    gcc aac  ctt cgc gtc cgt gtg  ggc gcc ggc ggt ggc  att ggg tgc       5454

    Ala Asn  Leu Arg Val Arg Val  Gly Ala Gly Gly Gly  Ile Gly Cys

        1805                 1810                 1815

    ccc cag  gcg gcg ctg gcc acc  ttc aac atg ggt gcc  tcc ttt att       5499

    Pro Gln  Ala Ala Leu Ala Thr  Phe Asn Met Gly Ala  Ser Phe Ile

        1820                 1825                 1830

    gtc acc  ggc 8cc gtg aac cag  gtc gcc aag cag tcg  ggc acg tgc       5544

    Val Thr  Gly Thr Val Asn Gln  Val Ala Lys Gln Ser  Gly Thr Cys

        1835                 1840                 1845

    gac aat  gtg cgc aag cag ctc  gcg aag gcc act tac  tcg gac gta       5589

    Asp Asn  Val Arg Lys Gln Leu  Ala Lys Ala Thr Tyr  Ser Asp Val

        1850                 1855                 1860

    tgc atg  gcc ccg gct gcc gac  atg ttc gag gaa ggc  gtc aag ctt       5634

    Cys Met  Ala Pro Ala Ala Asp  Met Phe Glu Glu Gly  Val Lys Leu

        1865                 1870                 1875

    cag gtc  ctc aag aag gga acc  atg ttt ccc tcg cgc  gcc aac aag       5679

    Gln Val  Leu Lys Lys Gly Thr  Met Phe Pro Ser Arg  Ala Asn Lys

        1880                 1885                 1890

    ctc tac  gag ctc ttt tgc aag  tac gac tcg ttc gag  tcc atg ccc       5724

    Leu Tyr  Glu Leu Phe Cys Lys  Tyr Asp Ser Phe Glu  Ser Met Pro

        1895                 1900                 1905

    ccc gca  gag ctt gcg cgc gtc  gag aag cgc atc ttc  agc cgc gcg       5769

    Pro Ala  Glu Leu Ala Arg Val  Glu Lys Arg Ile Phe  Ser Arg Ala

        1910                 1915                 1920

    ctc gaa  gag gtc tgg gac gag  acc aaa aac ttt tac  att aac cgt       5814

    Leu Glu  Glu Val Trp Asp Glu  Thr Lys Asn Phe Tyr  Ile Asn Arg

        1925                 1930                 1935

    ctt cac  aac ccg gag aag atc  cag cgc gcc gag cgc  gac ccc aag       5859

    Leu His  Asn Pro Glu Lys Ile  Gln Arg Ala Glu Arg  Asp Pro Lys

        1940                 1945                 1950

    ctc aag  atg tcg ctg tgc ttt  cgc tgg tac ctg agc  ctg gcg agc       5904

    Leu Lys  Met Ser Leu Cys Phe  Arg Trp Tyr Leu Ser  Leu Ala Ser

        1955                 1960                 1965

    cgc tgg  gcc aac act gga gct  tcc gat cgc gtc atg  gac tac cag       5949

    Arg Trp  Ala Asn Thr Gly Ala  Ser Asp Arg Val Met  Asp Tyr Gln

        1970                 1975                 1980

    gtc tgg  tgc ggt cct gcc att  ggt tcc ttc aac gat  ttc atc aag       5994

    Val Trp  Cys Gly Pro Ala Ile  Gly Ser Phe Asn Asp  Phe Ile Lys

        1985                 1990                 1995

    gga act  tac ctt gat ccg gcc  gtc gca aac gag tac  ccg tgc gtc       6039

    Gly Thr  Tyr Leu Asp Pro Ala  Val Ala Asn Glu Tyr  Pro Cys Val

        2000                 2005                 2010

    gtt cag  att aac aag cag atc  ctt cgt gga gcg tgc  ttc ttg cgc       6084

    Val Gln  Ile Asn Lys Gln Ile  Leu Arg Gly Ala Cys  Phe Leu Arg

        2015                 2020                 2025

    cgt ctc  gaa att ctg cgc aac  gca cgc ctt tcc gat  ggc gct gcc       6129

    Arg Leu  Glu Ile Leu Arg Asn  Ala Arg Leu Ser Asp  Gly Ala Ala

        2030                 2035                 2040

    gct ctt  gtg gcc agc atc gat  gac aca tac gtc ccg  gcc gag aag       6174

    Ala Leu  Val Ala Ser Ile Asp  Asp Thr Tyr Val Pro  Ala Glu Lys

        2045                 2050                 2055

    ctg                                                                  6177

    Leu

    <210>4

    <211>2059

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>misc_feature

    <222>(370)..(370)

    <223>在370位的′Xaa′代表Leu

    <220>

    <221>misc_feature

    <222>(371)..(371)

    <223>在371位的′Xaa′代表Ala或Val.

    <400>4

    Met Ala Ala Arg Asn Val Ser Ala Ala His Glu Met His Asp Glu Lys

    1               5                   10                  15

    Arg Ile Ala Val Val Gly Met Ala Val Gln Tyr Ala Gly Cys Lys Thr

                20                  25                  30

    Lys Asp Glu Phe Trp Glu Val Leu Met Asn Gly Lys Val Glu Ser Lys

            35                  40                  45

    Val Ile Ser Asp Lys Arg Leu Gly Ser Asn Tyr Arg Ala Glu His Tyr

        50                  55                  60

    Lys Ala Glu Arg Ser Lys Tyr Ala Asp Thr Phe Cys Asn Glu Thr Tyr

    65                  70                  75                  80

    Gly Thr Leu Asp Glu Asn Glu Ile Asp Asn Glu His Glu Leu Leu Leu

                    85                  90                  95

    Asn Leu Ala Lys Gln Ala Leu Ala Glu Thr Ser Val Lys Asp Ser Thr

                100                 105                 110

    Arg Cys Gly Ile Val Ser Gly Cys Leu Ser Phe Pro Met Asp Asn Leu

            115                 120                 125

    Gln Gly Glu Leu Leu Asn Val Tyr Gln Asn His Val Glu Lys Lys Leu

        130                 135                 140

    Gly Ala Arg Val Phe Lys Asp Ala Ser His Trp Ser Glu Arg Glu Gln

    145                 150                 155                 160

    Ser Asn Lys Pro Glu Ala Gly Asp Arg Arg Ile Phe Met Asp Pro Ala

                    165                 170                 175

    Ser Phe Val Ala Glu Glu Leu Asn Leu Gly Ala Leu His Tyr Ser Val

                180                 185                 190

    Asp Ala Ala Cys Ala Thr Ala Leu Tyr Val Leu Arg Leu Ala Gln Asp

            195                 200                 205

    His Leu Val Ser Gly Ala Ala Asp Val Met Leu Cys Gly Ala Thr Cys

        210                 215                 220

    Leu Pro Glu Pro Phe Phe Ile Leu Ser Gly Phe Ser Thr Phe Gln Ala

    225                 230                 235                 240

    Met Pro Val Gly Thr Gly Gln Asn Val Ser Met Pro Leu His Lys Asp

                    245                 250                 255

    Ser Gln Gly Leu Thr Pro Gly Glu Gly Gly Ser Ile Met Val Leu Lys

                260                 265                 270

    Arg Leu Asp Asp Ala Ile Arg Asp Gly Asp His Ile Tyr Gly Thr Leu

            275                 280                 285

    Leu Gly Ala Asn Val Ser Asn Ser Gly Thr Gly Leu Pro Leu Lys Pro

        290                 295                 300

    Leu Leu Pro Ser Glu Lys Lys Cys Leu Met Asp Thr Tyr Thr Arg Ile

    305                 310                 315                 320

    Asn Val His Pro His Lys Ile Gln Tyr Val Glu Cys His Ala Thr Gly

                    325                 330                 335

    Thr Pro Gln Gly Asp Arg Val Glu Ile Asp Ala Val Lys Ala Cys Phe

                340                 345                 350

    Glu Gly Lys Val Pro Arg Phe Gly Thr Thr Lys Gly Asn Phe Gly His

            355                 360                 365

    Thr Xaa Xaa Ala Ala Gly Phe Ala Gly Met Cys Lys Val Leu Leu Ser

        370                 375                 380

    Met Lys His Gly Ile Ile Pro Pro Thr Pro Gly Ile Asp Asp Glu Thr

    385                 390                 395                 400

    Lys Met Asp Pro Leu Val Val Ser Gly Glu Ala Ile Pro Trp Pro Glu

                    405                 410                 415

    Thr Asn Gly Glu Pro Lys Arg Ala Gly Leu Ser Ala Phe Gly Phe Gly

                420                 425                 430

    Gly Thr Asn Ala His Ala Val Phe Glu Glu His Asp Pro Ser Asn Ala

            435                 440                 445

    Ala Cys Thr Gly His Asp Ser Ile Ser Ala Leu Ser Ala Arg Cys Gly

        450                 455                 460

    Gly Glu Ser Asn Met Arg Ile Ala Ile Thr Gly Met Asp Ala Thr Phe

    465                 470                 475                 480

    Gly Ala Leu Lys Gly Leu Asp Ala Phe Glu Arg Ala Ile Tyr Thr Gly

                    485                 490                 495

    Ala His Gly Ala Ile Pro Leu Pro Glu Lys Arg Trp Arg Phe Leu Gly

                500                 505                 510

    Lys Asp Lys Asp Phe Leu Asp Leu Cys Gly Val Lys Ala Thr Pro His

            515                 520                 525

    Gly Cys Tyr Ile Glu Asp Val Glu Val Asp Phe Gln Arg Leu Arg Thr

        530                 535                 540

    Pro Met Thr Pro Glu Asp Met Leu Leu Pro Gln Gln Leu Leu Ala Val

    545                 550                 555                 560

    Thr Thr Ile Asp Arg Ala Ile Leu Asp Ser Gly Met Lys Lys Gly Gly

                    565                 570                 575

    Asn Val Ala Val Phe Val Gly Leu Gly Thr Asp Leu Glu Leu Tyr Arg

                580                 585                 590

    His Arg Ala Arg Val Ala Leu Lys Glu Arg Val Arg Pro Glu Ala Ser

            595                 600                 605

    Lys Lys Leu Asn Asp Met Met Gln Tyr Ile Asn Asp Cys Gly Thr Ser

        610                 615                 620

    Thr Ser Tyr Thr Ser Tyr Ile Gly Ash Leu Val Ala Thr Arg Val Ser

    625                 630                 635                 640

    Ser Gln Trp Gly Phe Thr Gly Pro Ser Phe Thr Ile Thr Glu Gly Asn

                    645                 650                 655

    Asn Ser Val Tyr Arg Cys Ala Glu Leu Gly Lys Tyr Leu Leu Glu Thr

                660                 665                 670

    Gly Glu Val Asp Gly Val Val Val Ala Gly Val Asp Leu Cys Gly Ser

            675                 680                 685

    Ala Glu Asn Leu Tyr Val Lys Ser Arg Arg Phe Lys Val Ser Thr Ser

        690                 695                 700

    Asp Thr Pro Arg Ala Ser Phe Asp Ala Ala Ala Asp Gly Tyr Phe Val

    705                 710                 715                 720

    Gly Glu Gly Cys Gly Ala Phe Val Leu Lys Arg Glu Thr Ser Cys Thr

                    725                 730                 735

    Lys Asp Asp Arg Ile Tyr Ala Cys Met Asp Ala Ile Val Pro Gly Asn

                740                 745                 750

    Val Pro Ser Ala Cys Leu Arg Glu Ala Leu Asp Gln Ala Arg Val Lys

            755                 760                 765

    Pro Gly Asp Ile Glu Met Leu Glu Leu Ser Ala Asp Ser Ala Arg His

        770                 775                 780

    Leu Lys Asp Pro Ser Val Leu Pro Lys Glu Leu Thr Ala Glu Glu Glu

    785                 790                 795                 800

    Ile Gly Gly Leu Gln Thr Ile Leu Arg Asp Asp Asp Lys Leu Pro Arg

                    805                 810                 815

    Asn Val Ala Thr Gly Ser Val Lys Ala Thr Val Gly Asp Thr Gly Tyr

                820                 825                 830

    Ala Ser Gly Ala Ala Ser Leu Ile Lys Ala Ala Leu Cys Ile Tyr Asn

            835                 840                 845

    Arg Tyr Leu Pro Ser Asn Gly Asp Asp Trp Asp Glu Pro Ala Pro Glu

        850                 855                 860

    Ala Pro Trp Asp Ser Thr Leu Phe Ala Cys Gln Thr Ser Arg Ala Trp

    865                 870                 875                 880

    Leu Lys Asn Pro Gly Glu Arg Arg Tyr Ala Ala Val Ser Gly Val Ser

                    885                 890                 895

    Glu Thr Arg Ser Cys Tyr Ser Val Leu Leu Ser Glu Ala Glu Gly His

                900                 905                 910

    Tyr Glu Arg Glu Asn Arg Ile Ser Leu Asp Glu Glu Ala Pro Lys Leu

            915                 920                 925

    Ile Val Leu Arg Ala Asp Ser His Glu Glu Ile Leu Gly Arg Leu Asp

        930                 935                 940

    Lys Ile Arg Glu Arg Phe Leu Gln Pro Thr Gly Ala Ala Pro Arg Glu

    945                 950                 955                 960

    Ser Glu Leu Lys Ala Gln Ala Arg Arg Ile Phe Leu Glu Leu Leu Gly

                    965                 970                 975

    Glu Thr Leu Ala Gln Asp Ala Ala Ser Ser Gly Ser Gln Lys Pro Leu

                980                 985                 990

    Ala Leu Ser Leu Val Ser Thr Pro  Ser Lys Leu Gln Arg  Glu Val Glu

            995                 1000                 1005

    Leu Ala  Ala Lys Gly Ile Pro  Arg Cys Leu Lys Met  Arg Arg Asp

    1010                 1015                 1020

    Trp Ser  Ser Pro Ala Gly Ser  Arg Tyr Ala Pro Glu  Pro Leu Ala

        1025                 1030                 1035

    Ser Asp  Arg Val Ala Phe Met  Tyr Gly Glu Gly Arg  Ser Pro Tyr

        1040                 1045                 1050

    Tyr Gly  Ile Thr Gln Asp Ile  His Arg Ile Trp Pro  Glu Leu His

        1055                 1060                 1065

    Glu Val  Ile Asn Glu Lys Thr  Asn Arg Leu Trp Ala  Glu Gly Asp

        1070                 1075                 1080

    Arg Trp  Val Met Pro Arg Ala  Ser Phe Lys Ser Glu  Leu Glu Ser

        1085                 1090                 1095

    Gln Gln  Gln Glu Phe Asp Arg  Asn Met Ile Glu Met  Phe Arg Leu

        1100                 1105                 1110

    Gly Ile  Leu Thr Ser Ile Ala  Phe Thr Asn Leu Ala  Arg Asp Val

        1115                 1120                 1125

    Leu Asn  Ile Thr Pro Lys Ala  Ala Phe Gly Leu Ser  Leu Gly Glu

        1130                 1135                 1140

    Ile Ser  Met Ile Phe Ala Phe  Ser Lys Lys Asn Gly  Leu Ile Ser

        1145                 1150                 1155

    Asp Gln  Leu Thr Lys Asp Leu  Arg Glu Ser Asp Val  Trp Asn Lys

        1160                 1165                 1170

    Ala Leu  Ala Val Glu Phe Asn  Ala Leu Arg Glu Ala  Trp Gly Ile

        1175                 1180                 1185

    Pro Gln  Ser Val Pro Lys Asp  Glu Phe Trp Gln Gly  Tyr Ile Val

        1190                 1195                 1200

    Arg Gly  Thr Lys Gln Asp Ile  Glu Ala Ala Ile Ala  Pro Asp Ser

        1205                 1210                 1215

    Lys Tyr  Val Arg Leu Thr Ile  Ile Asn Asp Ala Asn  Thr Ala Leu

        1220                 1225                 1230

    Ile Ser  Gly Lys Pro Asp Ala  Cys Lys Ala Ala Ile  Ala Arg Leu

        1235                 1240                 1245

    Gly Gly  Asn Ile Pro Ala Leu  Pro Val Thr Gln Gly  Met Cys Gly

        1250                 1255                 1260

    His Cys  Pro Glu Val Gly Pro  Tyr Thr Lys Asp Ile  Ala Lys Ile

        1265                 1270                 1275

    His Ala  Asn Leu Glu Phe Pro Val Val Asp Gly Leu Asp Leu Trp

        1280                 1285                1290

    Thr Thr  Ile Asn Gln Lys Arg  Leu Val Pro Arg Ala  Thr Gly Ala

        1295                 1300                 1305

    Lys Asp  Glu Trp Ala Pro Ser  Ser Phe Gly Glu Tyr  Ala Gly Gln

        1310                 1315                 1320

    Leu Tyr  Glu Lys Gln Ala Asn  Phe Pro Gln Ile Val  Glu Thr Ile

        1325                 1330                 1335

    Tyr Lys  Gln Asn Tyr Asp Val  Phe Val Glu Val Gly  Pro Asn Asn

        1340                 1345                 1350

    His Arg  Ser Thr Ala Val Arg  Thr Thr Leu Gly Pro  Gln Arg Asn

        1355                 1360                 1365

    His Leu  Ala Gly Ala Ile Asp  Lys Gln Asn Glu Asp  Ala Trp Thr

        1370                 1375                 1380

    Thr Ile  Val Lys Leu Val Ala  Ser Leu Lys Ala His  Leu Val Pro

        1385                 1390                 1395

    Gly Val  Thr Ile Ser Pro Leu  Tyr His Ser Lys Leu  Val Ala Glu

        1400                 1405                 1410

    Ala Gln  Ala Cys Tyr Ala Ala  Leu Cys Lys Gly Glu  Lys Pro Lys

        1415                 1420                 1425

    Lys Asn  Lys Phe Val Arg Lys  Ile Gln Leu Asn Gly  Arg Phe Asn

        1430                 1435                 1440

    Ser Lys  Ala Asp Pro Ile Ser  Ser Ala Asp Leu Ala  Ser Phe Pro

        1445                 1450                 1455

    Pro Ala  Asp Pro Ala Ile Glu  Ala Ala Ile Ser Ser  Arg Ile Met

        1460                 1465                 1470

    Lys Pro  Val Ala Pro Lys Phe  Tyr Ala Arg Leu Asn  Ile Asp Glu

        1475                 1480                 1485

    Gln Asp  Glu Thr Arg Asp Pro  Ile Leu Asn Lys Asp Asn Ala Pro

        1490                 1495                 1500

    Ser Ser  Ser Ser Ser Ser Ser  Ser Ser Ser Ser Ser  Ser Ser Ser

        1505                 1510                 1515

    Pro Ser  Pro Ala Pro Ser Ala  Pro Val Gln Lys Lys  Ala Ala Pro

        1520                 1525                 1530

    Ala Ala  Glu Thr Lys Ala Val  Ala Ser Ala Asp Ala  Leu Arg Ser

        1535                 1540                 1545

    Ala Leu  Leu Asp Leu Asp Ser  Met Leu Ala Leu Ser  Ser Ala Ser

        1550                 1555                 1560

    Ala Ser  Gly Asn Leu Val Glu  Thr Ala Pro Ser Asp  Ala Ser Val

        1565                 1570                 1575

    Ile Val  Pro Pro Cys Asn Ile  Ala Asp Leu Gly Ser  Arg Ala Phe

        1580                 1585                 1590

    Met Lys  Thr Tyr Gly Val Ser  Ala Pro Leu Tyr Thr  Gly Ala Met

        1595                 1600                 1605

    Ala Lys  Gly Ile Ala Ser Ala  Asp Leu Val Ile Ala  Ala Gly Arg

        1610                 1615                 1620

    Gln Gly  Ile Leu Ala Ser Phe  Gly Ala Gly Gly Leu  Pro Met Gln

        1625                 1630                 1635

    Val Val  Arg Glu Ser Ile Glu  Lys Ile Gln Ala Ala  Leu Pro Asn

        1640                 1645                 1650

    Gly Pro  Tyr Ala Val Asn Leu  Ile His Ser Pro Phe  Asp Ser Asn

        1655                 1660                 1665

    Leu Glu  Lys Gly Asn Val Asp  Leu Phe Leu Glu Lys  Gly Val Thr

        1670                 1675                 1680

    Phe Val  Glu Ala Ser Ala Phe  Met Thr Leu Thr Pro  Gln Val Val

        1685                 1690                 1695

    Arg Tyr  Arg Ala Ala Gly Leu  Thr Arg Asn Ala Asp  Gly Ser Val

        1700                 1705                 1710

    Asn Ile  Arg Asn Arg Ile Ile  Gly Lys Val Ser Arg  Thr Glu Leu

        1715                 1720                 1725

    Ala Glu  Met Phe Met Arg Pro  Ala Pro Glu His Leu  Leu Gln Lys

        1730                 1735                 1740

    Leu Ile  Ala Ser Gly Glu Ile  Asn Gln Glu Gln Ala  Glu Leu Ala

        1745                 1750                 1755

    Arg Arg  Val Pro Val Ala Asp  Asp Ile Ala Val Glu  Ala Asp Ser

        1760                 1765                 1770

    Gly Gly  His Thr Asp Asn Arg  Pro Ile His Val Ile  Leu Pro Leu

        1775                 1780                 1785

    Ile Ile  Asn Leu Arg Asp Arg  Leu His Arg Glu Cys  Gly Tyr Pro

        1790                 1795                 1800

    Ala Asn  Leu Arg Val Arg Val  Gly Ala Gly Gly Gly  Ile Gly Cys

        1805                 1810                 1815

    Pro Gln  Ala Ala Leu Ala Thr  Phe Asn Met Gly Ala  Ser Phe Ile

        1820                 1825                 1830

    Val Thr  Gly Thr Val Asn Gln  Val Ala Lys Gln Ser  Gly Thr Cys

        1835                 1840                 1845

    Asp Asn  Val Arg Lys Gln Leu  Ala Lys Ala Thr Tyr  Ser Asp Val

        1850                 1855                 1860

    Cys Met  Ala Pro Ala Ala Asp  Met Phe Glu Glu Gly  Val Lys Leu

        1865                 1870                 1875

    Gln Val  Leu Lys Lys Gly Thr  Met Phe Pro Ser Arg  Ala Asn Lys

        1880                 1885                 1890

    Leu Tyr  Glu Leu Phe Cys Lys  Tyr Asp Ser Phe Glu  Ser Met Pro

        1895                 1900                 1905

    Pro Ala  Glu Leu Ala Arg Val  Glu Lys Arg Ile Phe  Ser Arg Ala

        1910                 1915                 1920

    Leu Glu  Glu Val Trp Asp Glu  Thr Lys Asn Phe Tyr  Ile Asn Arg

        1925                 1930                 1935

    Leu His  Asn Pro Glu Lys Ilw  Gln Arg Ala Glu Arg  Asp Pro Lys

        1940                 1945                 1950

    Leu Lys  Met Ser Leu Cys Phe  Arg Trp Tyr Leu Ser  Leu Ala Ser

        1955                 1960                 1965

    Arg Trp  Ala Asn Thr Gly Ala  Ser Asp Arg Val Met  Asp Tyr Gln

        1970                 1975                 1980

    Val Trp  Cys Gly Pro Ala Ile  Gly Ser Phe Asn Asp  Phe Ile Lys

        1985                 1990                 1995

    Gly Thr  Tyr Leu Asp Pro Ala  Val Ala Asn Glu Tyr  Pro Cys Val

        2000                 2005                 2010

    Val Gln  Ile Asn Lys Gln Ile  Leu Arg Gly Ala Cys  Phe Leu Arg

        2015                 2020                 2025

    Arg Leu  Glu Ile Leu Arg Asn  Ala Arg Leu Ser Asp  Gly Ala Ala

        2030                 2035                 2040

    Ala Leu  Val Ala Ser Ile Asp  Asp Thr Tyr Val Pro  Ala Glu Lys

        2045                 2050                 2055

    Leu

    <210>5

    <211>4509

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(4509)

    <223>

    <400>5

    atg gcg ctc cgt gtc aag acg aac aag aag cca tgc tgg gag atg acc       48

    Met Ala Leu Arg Val Lys Thr Asn Lys Lys Pro Cys Trp Glu Met Thr

    1               5                   10                  15

    aag gag gag ctg acc agc ggc aag acc gag gtg ttc aac tat gag gaa       96

    Lys Glu Glu Leu Thr Ser Gly Lys Thr Glu Val Phe Asn Tyr Glu Glu

                20                  25                  30

    ctc ctc gag ttc gca gag ggc gac atc gcc aag gtc ttc gga ccc gag      144

    Leu Leu Glu Phe Ala Glu Gly Asp Ile Ala Lys Val Phe Gly Pro Glu

            35                  40                  45

    ttc gcc gtc atc gac aag tac ccg cgc cgc gtg cgc ctg ccc gcc cgc      192

    Phe Ala Val Ile Asp Lys Tyr Pro Arg Arg Val Arg Leu Pro Ala Arg

        50                  55                  60

    gag tac ctg ctc gtg acc cgc gtc acc ctc atg gac gcc gag gtc aac      240

    Glu Tyr Leu Leu Val Thr Arg Val Thr Leu Met Asp Ala Glu Val Asn

    65                  70                  75                  80

    aac tac cgc gtc ggc gcc cgc atg gtc acc gag tac gat ctc ccc gtc      288

    Asn Tyr Arg Val Gly Ala Arg Met Val Thr Glu Tyr Asp Leu Pro Val

                    85                  90                   95

    aac gga gag ctc tcc gag ggc gga gac tgc ccc tgg gcc gtc ctg gtc      336

    Asn Gly Glu Leu Ser Glu Gly Gly Asp Cys Pro Trp Ala Val Leu Val

                100                 105                 110

    gag agt ggc cag tgc gat ctc atg ctc atc tcc tac atg ggc att gac      384

    Glu Ser Gly Gln Cys Asp Leu Met Leu Ile Ser Tyr Met Gly Ile Asp

            115                 120                 125

    ttc cag aac cag ggc gac cgc gtc taccgc ctg ctc aac acc acg ctc       432

    Phe Gln Asn Gln Gly Asp Arg Val Tyr Arg Leu Leu Asn Thr Thr Leu

        130                 135                 140

    acc ttt tac ggc gtg gcc cac gag ggc gag acc ctc gag tac gac att      480

    Thr Phe Tyr Gly Val Ala His Glu Gly Glu Thr Leu Glu Tyr Asp Ile

    145                 150                 155                 160

    cgc gtc acc ggc ttc gcc aag cgt ctc gac ggc ggc atc tcc atg ttc      528

    Arg Val Thr Gly Phe Ala Lys Arg Leu Asp Gly Gly Ile Ser Met Phe

                    165                 170                 175

    ttc ttc gag tac gac tgc tac gtc aac ggc cgc ctc ctc atc gag atg      576

    Phe Phe Glu Tyr Asp Cys Tyr Val Asn Gly Arg Leu Leu Ile Glu Met

                180                 185                 190

    cgc gat ggc tgc gcc ggc ttc ttc acc aac gag gag ctc gac gcc ggc      624

    Arg Asp Gly Cys Ala Gly Phe Phe Thr Asn Glu Glu Leu Asp Ala Gly

            195                 200                 205

    aag ggc gtc gtc ttc acc cgc ggc gac ctc gcc gcc cgc gcc aag atc      672

    Lys Gly Val Val Phe Thr Arg Gly Asp Leu Ala Ala Arg Ala Lys Ile

        210                 215                 220

    cca aag cag gac gtc tcc ccc tac gcc gtc gcc ccc tgc ctc cac aag      720

    Pro Lys Gln Asp Val Ser Pro Tyr Ala Val Ala Pro Cys Leu His Lys

    225                 230                 235                 240

    acc aag ctc aac gaa aag gag atg cag acc ctc gtc gac aag gac tgg      768

    Thr Lys Leu Asn Glu Lys Glu Met Gln Thr Leu Val Asp Lys Asp Trp

                    245                 250                 255

    gca tcc gtc ttt ggc tcc aag aac ggc atg ccg gaa atc aac tac aaa      816

    Ala Ser Val Phe Gly Ser Lys Asn Gly Met Pro Glu Ile Asn Tyr Lys

                260                 265                 270

    ctc tgc gcg cgt aag atg ctc atg att gac cgc gtc acc agc att gac      864

    Leu Cys Ala Arg Lys Met Leu Met Ile Asp Arg Val Thr Ser Ile Asp

            275                 280                 285

    cac aag ggc ggt gtc tac ggc ctc ggt cag ctc gtc ggt gaa aag atc      912

    His Lys Gly Gly Val Tyr Gly Leu Gly Gln Leu Val Gly Glu Lys Ile

        290                 295                 300

    ctc gag cgc gac cac tgg tac ttt ccc tgc cac ttt gtc aag gat cag      960

    Leu Glu Arg Asp His Trp Tyr Phe Pro Cys His Phe Val Lys Asp Gln

    305                 310                 315                 320

    gtc atg gcc gga tcc ctc gtc tcc gac ggc tgc agc cag atg ctc aag     1008

    Val Met Ala Gly Ser Leu Val Ser Asp Gly Cys Ser Gln Met Leu Lys

                    325                 330                 335

    atg tac atg atc tgg ctc ggc ctc cac ctc acc acc gga ccc ttt gac     1056

    Met Tyr Met Ile Trp Leu Gly Leu His Leu Thr Thr Gly Pro Phe Asp

                340                 345                 350

    ttc cgc ccg gtc aac ggc cac ccc aac aag gtc cgc tgc cgc ggc caa     1104

    Phe Arg Pro Val Asn Gly His Pro Asn Lys Val Arg Cys Arg Gly Gln

            355                 360                 365

    atc tcc ccg cac aag ggc aag ctc gtc tac gtc atg gag atc aag gag     1152

    Ile Ser Pro His Lys Gly Lys Leu Val Tyr Val Met Glu Ile Lys Glu

        370                 375                 380

    atg ggc ttc gac gag gac aac gac ccg tac gcc att gcc gac gtc aac     1200

    Met Gly Phe Asp Glu Asp Asn Asp Pro Tyr Ala Ile Ala Asp Val Asn

    385                 390                 395                 400

    atc att gat gtc gac ttc gaa aag ggc cag gac ttt agc ctc gac cgc     1248

    Ile Ile Asp Val Asp Phe Glu Lys Gly Gln Asp Phe Ser Leu Asp Arg

                    405                 410                 415

    atc agc gac tac ggc aag ggc gac ctc aac aag aag atc gtc gtc gac     1296

    Ile Ser Asp Tyr Gly Lys Gly Asp Leu Asn Lys Lys Ile Val Val Asp

                420                 425                 430

    ttt aag ggc atc gct ctc aag atg cag aag cgc tcc acc aac aag aac     1344

    Phe Lys Gly Ile Ala Leu Lys Met Gln Lys Arg Ser Thr Asn Lys Asn

            435                 440                 445

    ccc tcc aag gtt cag ccc gtc ttt gcc aac ggc gcc gcc act gtc ggc     1392

    Pro Ser Lys Val Gln Pro Val Phe Ala Asn Gly Ala Ala Thr Val Gly

        450                 455                 460

    ccc gag gcc tcc aag gct tcc tcc ggc gcc agc gcc agc gcc agc gcc     1440

    Pro Glu Ala Ser Lys Ala Ser Ser Gly Ala Ser Ala Ser Ala Ser Ala

    465                 470                 475                 480

    gcc ccg gcc aag cct gcc ttc agc gcc gat gtt ctt gcg ccc aag ccc      1488

    Ala Pro Ala Lys Pro Ala Phe Ser Ala Asp Val Leu Ala Pro Lys Pro

                    485                 490                 495

    gtt gcc ctt ccc gag cac atc ctc aag ggc gac gcc ctc gcc ccc aag      1536

    Val Ala Leu Pro Glu His Ile Leu Lys Gly Asp Ala Leu Ala Pro Lys

                500                 505                 510

    gag atg tcc tgg cac ccc atg gcc cgc atc ccg ggc aac ccg acg ccc      1584

    Glu Met Ser Trp His Pro Met Ala Arg Ile Pro Gly Asn Pro Thr Pro

            515                 520                 525

    tct ttt gcg ccc tcg gcc tac aag ccg cgc aac atc gcc ttt acg ccc      1632

    Ser Phe Ala Pro Ser Ala Tyr Lys Pro Arg Asn Ile Ala Phe Thr Pro

        530                 535                 540

    ttc ccc ggc aac ccc aac gat aac gac cac acc ccg ggc aag atg ccg      1680

    Phe Pro Gly Asn Pro Asn Asp Asn Asp His Thr Pro Gly Lys Met Pro

    545                 550                 555                 560

    ctc acc tgg ttc aac atg gcc gag ttc atg gcc ggc aag gtc agc atg      1728

    Leu Thr Trp Phe Asn Met Ala Glu Phe Met Ala Gly Lys Val Ser Met

                    565                 570                 575

    tgc ctc ggc ccc gag ttc gcc aag ttc gac gac tcg aac acc agc cgc      1776

    Cys Leu Gly Pro Glu Phe Ala Lys Phe Asp Asp Ser Asn Thr Ser Arg

                580                 585                 590

    agc ccc gct tgg gac ctc gct ctc gtc acc cgc gcc gtg tct gtg tct      1824

    Ser Pro Ala Trp Asp Leu Ala Leu Val Thr Arg Ala Val Ser Val Ser

            595                 600                 605

    gac ctc aag cac gtc aac tac cgc aac atc gac ctc gac ccc tcc aag      1872

    Asp Leu Lys His Val Asn Tyr Arg Asn Ile Asp Leu Asp Pro Ser Lys

        610                 615                 620

    ggt acc atg gtc ggc gag ttc gac tgc ccc gcg gac gcc tgg ttc tac      1920

    Gly Thr Met Val Gly Glu Phe Asp Cys Pro Ala Asp Ala Trp Phe Tyr

    625                 630                 635                 640

    aag ggc gcc tgc aac gat gcc cac atg ccg tac tcg atc ctc atg gag      1968

    Lys Gly Ala Cys Asn Asp Ala His Met Pro Tyr Ser Ile Leu Met Glu

                    645                 650                 655

    atc gcc ctc cag acc tcg ggt gtg ctc acc tcg gtg ctc aag gcg ccc      2016

    Ile Ala Leu Gln Thr Ser Gly Val Leu Thr Ser Val Leu Lys Ala Pro

                660                 665                 670

    ctg acc atg gag aag gac gac atc ctc ttc cgc aac ctc gac gcc aac      2064

    Leu Thr Met Glu Lys Asp Asp Ile Leu Phe Arg Asn Leu Asp Ala Asn

            675                 680                 685

    gcc gag ttc gtg cgc gcc gac ctc gac tac cgc ggc aag act atc cgc      2112

    Ala Glu Phe Val Arg Ala Asp Leu Asp Tyr Arg Gly Lys Thr Ile Arg

        690                 695                 700

    aac gtc acc aag tgc act ggc tac agc atg ctc ggc gag atg ggc gtc      2160

    Asn Val Thr Lys Cys Thr Gly Tyr Ser Met Leu Gly Glu Met Gly Val

    705                 710                 715                 720

    cac cgc ttc acc ttt gag ctc tac gtc gat gat gtg ctc ttt tac aag      2208

    His Arg Phe Thr Phe Glu Leu Tyr Val Asp Asp VaI Leu Phe Tyr Lys

                    725                 730                 735

    ggc tcg acc tcg ttc ggc tgg ttc gtg ccc gag gtc ttt gcc gcc cag      2256

    Gly Ser Thr Ser Phe Gly Trp Phe Val Pro Glu Val Phe Ala Ala Gln

                740                 745                 750

    gcc ggc ctc gac aac ggc cgc aag tcg gag ccc tgg ttc att gag aac      2304

    Ala Gly Leu Asp Asn Gly Arg Lys Ser Glu Pro Trp Phe Ile Glu Asn

            755                 760                 765

    aag gtt ccg gcc tcg cag gtc tcc tcc ttt gac gtg cgc ccc aac ggc      2352

    Lys Val Pro Ala Ser Gln Val Ser Ser Phe Asp Val Arg Pro Asn Gly

        770                 775                 780

    agc ggc cgc acc gcc atc ttc gcc aac gcc ccc agc ggc gcc cag ctc      2400

    Ser Gly Arg Thr Ala Ile Phe Ala Asn Ala Pro Ser Gly Ala Gln Leu

    785                 790                 795                 800

    aac cgc cgc acg gac cag ggc cag tac ctc gac gcc gtc gac att gtc      2448

    Asn Arg Arg Thr Asp Gln Gly Gln Tyr Leu Asp Ala Val Asp Ile Val

                    805                 810                 815

    tcc ggc agc ggc aag aag agc ctc ggc tac gcc cac ggt tcc aag acg      2496

    Ser Gly Ser Gly Lys Lys Ser Leu Gly Tyr Ala His Gly Ser Lys Thr

                820                 825                 830

    gtc aac ccg aac gac tgg ttc ttc tcg tgc cac ttt tgg ttt gac tcg      2544

    Val Asn Pro Asn Asp Trp Phe Phe Ser Cys His Phe Trp Phe Asp Ser

            835                 840                 845

    gtc atg ccc gga agt ctc ggt gtc gag tcc atg ttc cag ctc gtc gag      2592

    Val Met Pro Gly Ser Leu Gly Val Glu Ser Met Phe Gln Leu Val Glu

        850                 855                 860

    gcc atc gcc gcc cac gag gat ctc gct ggc aaa gca cgg cat tgc caa      2640

    Ala Ile Ala Ala His Glu Asp Leu Ala Gly Lys Ala Arg His Cys Gln

    865                 870                 875                 880

    ccc cac ctt tgt gca cgc ccc cgg gca aga tca agc tgg aag tac cgc      2688

    Pro His Leu Cys Ala Arg Pro Arg Ala Arg Ser Ser Trp Lys Tyr Arg

                    885                 890                 895

    ggc cag ctc acg ccc aag agc aag aag atg gac tcg gag gtc cac atc      2736

    Gly Gln Leu Thr Pro Lys Ser Lys Lys Met Asp Ser Glu Val His Ile

                900                 905                 910

    gtg tcc gtg gac gcc cac gac ggc gtt gtc gac ctc gtc gcc gac ggc      2784

    Val Ser Val Asp Ala His Asp Gly Val Val Asp Leu Val Ala Asp Gly

            915                 920                 925

    ttc ctc tgg gcc gac agc ctc cgc gtc tac tcg gtg agc aac att cgc      2832

    Phe Leu Trp Ala Asp Ser Leu Arg Val Tyr Ser Val Ser Asn Ile Arg

        930                 935                 940

    gtg cgc atc gcc tcc ggt gag gcc cct gcc gcc gcc tcc tcc gcc gcc      2880

    Val Arg Ile Ala Ser Gly Glu Ala Pro Ala Ala Ala Ser Ser Ala Ala

    945                 950                 955                 960

    tct gtg ggc tcc tcg gct tcg tcc gtc gag cgc acg cgc tcg agc ccc      2928

    Ser Val Gly Ser Ser Ala Ser Ser Val Glu Arg Thr Arg Ser Ser Pro

                    965                 970                 975

    gct gtc gcc tcc ggc ccg gcc cag acc atc gac ctc aag cag ctc aag      2976

    Ala Val Ala Ser Gly Pro Ala Gln Thr Ile Asp Leu Lys Gln Leu Lys

                980                 985                 990

    acc gag ctc ctc gag ctc gat gcc  ccg ctc tac ctc tcg  cag gac ccg    3024

    Thr Glu Leu Leu Glu Leu Asp Ala  Pro Leu Tyr Leu Ser  Gln Asp Pro

            995                 1000                 1005

    acc agc  ggc cag ctc aag aag  cac acc gac gtg gcc  tcc ggc cag       3069

    Thr Ser  Gly Gln Leu Lys Lys  His Thr Asp Val Ala  Ser Gly Gln

        1010                 1015                 1020

    gcc acc  atc gtg cag ccc tgc  acg ctc ggc gac ctc  ggt gac cgc       3114

    Ala Thr  Ile Val Gln Pro Cys  Thr Leu Gly Asp Leu  Gly Asp Arg

        1025                 1030                 1035

    tcc ttc  atg gag acc tac ggc  gtc gtc gcc ccg ctg  tac acg ggc       3159

    Ser Phe  Met Glu Thr Tyr Gly  Val Val Ala Pro Leu  Tyr Thr Gly

        1040                 1045                 1050

    gcc atg  gcc aag ggc att gcc  tcg gcg gac ctc gtc  atc gcc gcc       3204

    Ala Met  Ala Lys Gly Ile Ala  Ser Ala Asp Leu Val  Ile Ala Ala

        1055                 1060                 1065

    ggc aag  cgc aag atc ctc ggc  tcc ttt ggc gcc ggc  ggc ctc ccc       3249

    Gly Lys  Arg Lys Ile Leu Gly  Ser Phe Gly Ala Gly  Gly Leu Pro

        1070                 1075                 1080

    atg cac  cac gtg cgc gcc gcc  ctc gag aag atc cag  gcc gcc ctg       3294

    Met His  His Val Arg Ala Ala  Leu Glu Lys Tle Gln  Ala Ala Leu

        1085                 1090                 1095

    cct cag  ggc ccc tac gcc gtc  aac ctc atc cac tcg  cct ttt gac       3339

    Pro Gln  Gly Pro Tyr Ala Val  Asn Leu Ile His Ser  Pro Phe Asp

        1100                 1105                 1110

    agc aac  ctc gag aag ggc aac  gtc gat ctc ttc ctc  gag aag ggc       3384

    Ser Asn  Leu Glu Lys Gly Asn  Val Asp Leu Phe Leu  Glu Lys Gly

        1115                 1120                 1125

    gtc act  gtg gtg gag gcc tcg  gca ttc atg acc ctc  acc ccg cag       3429

    Val Thr  Val Val Glu Ala Ser  Ala Phe Met Thr Leu  Thr Pro Gln

        1130                 1135                 1140

    gtc gtg  cgc tac cgc gcc gcc  ggc ctc tcg cgc aac  gcc gac ggt       3474

    Val Val  Arg Tyr Arg Ala Ala  Gly Leu Ser Arg Asn  Ala Asp Gly

        1145                 1150                 1155

    tcg gtc  aac atc cgc aac cgc  atc atc ggc aag gtc  tcg cgc acc       3519

    Ser Val  Asn Ile Arg Asn Arg  Ile Ile Gly Lys Val  Ser Arg Thr

        1160                 1165                 1170

    gag ctc  gcc gag atg ttc atc  cgc ccg gcc ccg gag  cac ctc ctc       3564

    Glu Leu  Ala Glu Met Phe Ile  Arg Pro Ala Pro Glu  His Leu Leu

        1175                 1180                 1185

    gag aag  ctc atc gcc tcg ggc  gag atc acc cag gag  cag gcc gag       3609

    Glu Lys  Leu Ile Ala Ser Gly  Glu Ile Thr Gln Glu  Gln Ala Glu

        1190                 1195                 1200

    ctc gcg  cgc cgc gtt ccc gtc  gcc gac gat atc gct  gtc gag gct       3654

    Leu Ala  Arg Arg Val Pro Val  Ala Asp Asp Ile Ala  Val Glu Ala

        1205                 1210                 1215

    gac tcg  ggc ggc cac acc gac  aac cgc ccc atc cac  gtc atc ctc       3699

    Asp Ser  Gly Gly His Thr Asp  Asn Arg Pro Ile His  Val Ile Leu

        1220                 1225                 1230

    ccg ctc  atc atc aac ctc cgc  aac cgc ctg cac cgc  gag tgc ggc       3744

    Pro Leu  Ile Ile Asn Leu Arg  Asn Arg Leu His Arg  Glu Cys Gly

        1235                 1240                 1245

    tac ccc  gcg cac ctc cgc gtc  cgc gtt ggc gcc ggc  ggt ggc gtc       3789

    Tyr Pro  Ala His Leu Arg Val  Arg Val Gly Ala Gly  Gly Gly Val

        1250                 1255                 1260

    ggc tgc  ccg cag gcc gcc gcc  gcc gcg ctc acc atg  ggc gcc gcc       3834

    Gly Cys  Pro Gln Ala Ala Ala  Ala Ala Leu Thr Met  Gly Ala Ala

        1265                 1270                 1275

    ttc atc  gtc acc ggc act gtc  aac cag gtc gcc aag  cag tcc ggc       3879

    Phe Ile  Val Thr Gly Thr Val  Asn Gln Val Ala Lys  Gln Ser Gly

        1280                 1285                 1290

    acc tgc  gac aac gtg cgc aag  cag ctc tcg cag gcc  acc tac tcg       3924

    Thr Cys  Asp Asn Val Arg Lys  Gln Leu Ser Gln Ala  Thr Tyr Ser

        1295                 1300                 1305

    gat atc  tgc atg gcc ccg gcc  gcc gac atg ttc gag  gag ggc gtc       3969

    Asp Ile  Cys Met Ala Pro Ala  Ala Asp Met Phe Glu  Glu Gly Val

        1310                 1315                 1320

    aag ctc  cag gtc ctc aag aag  gga acc atg ttc ccc  tcg cgc gcc       4014

    Lys Leu  Gln Val Leu Lys Lys  Gly Thr Met Phe Pro  Ser Arg Ala

        1325                 1330                 1335

    aac aag  ctc tac gag ctc ttt  tgc aag tac gac tcc  ttc gac tcc       4059

    Asn Lys  Leu Tyr Glu Leu Phe  Cys Lys Tyr Asp Ser  Phe Asp Ser

        1340                 1345                 1350

    atg cct  cct gcc gag ctc gag  cgc atc gag aag cgt  atc ttc aag       4104

    Met Pro  Pro Ala Glu Leu Glu  Arg Ile Glu Lys Arg  Ile Phe Lys

        1355                 1360                 1365

    cgc gca  ctc cag gag gtc tgg  gag gag acc aag gac  ttt tac att       4149

    Arg Ala  Leu Gln Glu Val Trp  Glu Glu Thr Lys Asp  Phe Tyr Ile

        1370                 1375                 1380

    aac ggt  ctc aag aac ccg gag  aag atc cag cgc gcc  gag cac gac       4194

    Asn Gly  Leu Lys Asn Pro Glu  Lys Ile Gln Arg Ala  Glu His Asp

        1385                 1390                 1395

    ccc aag  ctc aag atg tcg ctc  tgc ttc cgc tgg tac  ctt ggt ctt       4239

    Pro Lys  Leu Lys Met Ser Leu  Cys Phe Arg Trp Tyr  Leu Gly Leu

        1400                 1405                 1410

    gcc agc  cgc tgg gcc aac atg  ggc gcc ccg gac cgc  gtc atg gac       4284

    Ala Ser  Arg Trp Ala Asn Met  Gly Ala Pro Asp Arg  Val Met Asp

        1415                 1420                 1425

    tac cag  gtc tgg tgt ggc ccg  gcc att ggc gcc ttc  aac gac ttc       4329

    Tyr Gln  Val Trp Cys Gly Pro  Ala Ile Gly Ala Phe  Asn Asp Phe

        1430                 1435                 1440

    atc aag  ggc acc tac ctc gac  ccc gct gtc tcc aac  gag tac ccc       4374

    Ile Lys  Gly Thr Tyr Leu Asp  Pro Ala Val Ser Asn  Glu Tyr Pro

        1445                 1450                 1455

    tgt gtc  gtc cag atc aac ctg  caa atc ctc cgt ggt  gcc tgc tac       4419

    Cys Val  Val Gln Ile Asn Leu  Gln Ile Leu Arg Gly  Ala Cys Tyr

        1460                 1465                 1470

    ctg cgc  cgt ctc aac gcc ctg  cgc aac gac ccg cgc  att gac ctc       4464

    Leu Arg  Arg Leu Asn Ala Leu  Arg Asn Asp Pro Arg  Ile Asp Leu

        1475                 1480                 1485

    gag acc  gag gat gct gcc ttt  gtc tac gag ccc acc  aac gcg ctc       4509

    Glu Thr  Glu Asp Ala Ala Phe  Val Tyr Glu Pro Thr  Asn Ala Leu

        1490                 1495                 1500

    <210>6

    <211>1503

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>6

    Met Ala Leu Arg Val Lys Thr Asn Lys Lys Pro Cys Trp Glu Met Thr

    1               5                   10                  15

    Lys Glu Glu Leu Thr Ser Gly Lys Thr Glu ValPhe Asn Tyr Glu Glu

                20                  25                 30

    Leu Leu Glu Phe Ala Glu Gly Asp Ile Ala Lys Val Phe Gly Pro Glu

            35                  40                  45

    Phe Ala Val Ile Asp Lys Tyr Pro Arg Arg Val Arg Leu Pro Ala Arg

        50                  55                  60

    Glu Tyr Leu Leu Val Thr Arg Val Thr Leu Met Asp Ala Glu Val Asn

    65                  70                  75                  80

    Asn Tyr Arg Val Gly Ala Arg Met Val Thr Glu Tyr Asp Leu Pro Val

                    85                  90                  95

    Asn Gly Glu Leu Ser Glu Gly Gly Asp Cys Pro Trp Ala Val Leu Val

                100                 105                 110

    Glu Ser Gly Gln Cys Asp Leu Met Leu Ile Ser Tyr Met Gly Ile Asp

            115                 120                 125

    Phe Gln Asn Gln Gly Asp Arg Val Tyr Arg Leu Leu Asn Thr Thr Leu

        130                 135                 140

    Thr Phe Tyr Gly Val Ala His Glu Gly Glu Thr Leu Glu Tyr Asp Ile

    145                 150                 155                 160

    Arg Val Thr Gly Phe Ala Lys Arg Leu Asp Gly Gly Ile Ser Met Phe

                    165                 170                 175

    Phe Phe Glu Tyr Asp Cys Tyr Va1 Asn Gly Arg Leu Leu Ile Glu Met

                180                 185                 190

    Arg Asp Gly Cys Ala Gly Phe Phe Thr Asn Glu Glu Leu Asp Ala Gly

            195                 200                 205

    Lys Gly Val Val Phe Thr Arg Gly Asp Leu Ala Ala Arg Ala Lys Ile

        210                 215                 220

    Pro Lys Gln Asp Val Ser Pro Tyr Ala Val Ala Pro Cys Leu His Lys

    225                 230                 235                 240

    Thr Lys Leu Asn Glu Lys Glu Met Gln Thr Leu Val Asp Lys Asp Trp

                    245                 250                 255

    Ala Ser Val Phe Gly Ser Lys Asn Gly Met Pro Glu Ile Asn Tyr Lys

                260                 265                 270

    Leu Cys Ala Arg Lys Met Leu Met Ile Asp Arg Val Thr Ser Ile Asp

            275                 280                 285

    His Lys Gly Gly Val Tyr Gly Leu Gly Gln Leu Val Gly Glu Lys Ile

        290                 295                 300

    Leu Glu Arg Asp His Trp Tyr Phe Pro Cys His Phe Val Lys Asp Gln

    305                 310                 315                 320

    Val Met Ala Gly Ser Leu Val Ser Asp Gly Cys Ser Gln Met Leu Lys

                    325                 330                 335

    Met Tyr Met Ile Trp Leu Gly Leu His Leu Thr Thr Gly Pro Phe Asp

                340                 345                 350

    Phe Arg Pro Val Asn Gly His Pro Asn Lys Val Arg Cys Arg Gly Gln

            355                 360                 365

    Ile Ser Pro His Lys Gly Lys Leu Val Tyr Val Met Glu Ile Lys Glu

        370                 375                 380

    Met Gly Phe Asp Glu Asp Asn Asp Pro Tyr Ala Ile Ala Asp Val Asn

    385                 390                 395                 400

    Ile Ile Asp Val Asp Phe Glu Lys Gly Gln Asp Phe Ser Leu Asp Arg

                    405                 410                 415

    Ile Ser Asp Tyr Gly Lys Gly Asp Leu Asn Lys Lys Ile Val Val Asp

                420                 425                 430

    Phe Lys Gly Ile Ala Leu Lys Met Gln Lys Arg Ser Thr Asn Lys Asn

            435                 440                 445

    Pro Ser Lys Val Gln Pro Val Phe Ala Asn Gly Ala Ala Thr Val Gly

        450                 455                 460

    Pro Glu Ala Ser Lys Ala Ser Ser Gly Ala Ser Ala Ser Ala Ser Ala

    465                 470                 475                 480

    Ala Pro Ala Lys Pro Ala Phe Ser Ala Asp Val Leu Ala Pro Lys Pro

                    485                 490                 495

    Val Ala Leu Pro Glu His Ile Leu Lys Gly Asp Ala Leu Ala Pro Lys

                500                 505                 510

    Glu Met Ser Trp His Pro Met Ala Arg Ile Pro Gly Asn Pro Thr Pro

            515                 520                 525

    Ser Phe Ala Pro Ser Ala Tyr Lys Pro Arg Asn Ile Ala Phe Thr Pro

        530                 535                 540

    Phe Pro Gly Asn Pro Asn Asp Asn Asp His Thr Pro Gly Lys Met Pro

    545                 550                 555                 560

    Leu Thr Trp Phe Ash Met Ala Glu Phe Met Ala Gly Lys Val Ser Met

                    565                 570                 575

    Cys Leu Gly Pro Glu Phe Ala Lys Phe Asp Asp Ser Asn Thr Ser Arg

                580                 585                 590

    Ser Pro Ala Trp Asp Leu Ala Leu Val Thr Arg Ala Val Ser Val Ser

            595                 600                 605

    Asp Leu Lys His Val Asn Tyr Arg Asn Ile Asp Leu Asp Pro Ser Lys

        610                 615                 620

    Gly Thr Met Val Gly Glu Phe Asp Cys Pro Ala Asp Ala Trp Phe Tyr

    625                 630                 635                 640

    Lys Gly Ala Cys Asn Asp Ala His Met Pro Tyr Ser Ile Leu Met Glu

                    645                 650                 655

    Ile Ala Leu Gln Thr Ser Gly Val Leu Thr Ser Val Leu Lys Ala Pro

                660                 665                 670

    Leu Thr Met Glu Lys Asp Asp Ile Leu Phe Arg Asn Leu Asp Ala Asn

            675                 680                 685

    Ala Glu Phe Val Arg Ala Asp Leu Asp Tyr Arg Gly Lys Thr Ile Arg

        690                 695                 700

    Asn Val Thr Lys Cys Thr Gly Tyr Ser Met Leu Gly Glu Met Gly Val

    705                 710                 715                 720

    His Arg Phe Thr Phe Glu Leu Tyr Val Asp Asp Val Leu Phe Tyr Lys

                    725                 730                 735

    Gly Ser Thr Ser Phe Gly Trp Phe Val Pro Glu Val Phe Ala Ala Gln

                740                 745                 750

    Ala Gly Leu Asp Asn Gly Arg Lys Ser Glu Pro Trp Phe Ile Glu Asn

            755                 760                 765

    Lys Val Pro Ala Ser Gln Val Ser Ser Phe Asp Val Arg Pro Asn Gly

        770                 775                 780

    Ser Gly Arg Thr Ala Ile Phe Ala Asn Ala Pro Ser Gly Ala Gln Leu

    785                 790                 795                 800

    Asn Arg Arg Thr Asp Gln Gly Gln Tyr Leu Asp Ala Val Asp Ile Val

                    805                 810                 815

    Ser Gly Ser Gly Lys Lys Ser Leu Gly Tyr Ala His Gly Ser Lys Thr

                820                 825                 830

    Val Asn Pro Asn Asp Trp Phe Phe Ser Cys His Phe Trp Phe Asp Ser

            835                 840                 845

    Val Met Pro Gly Ser Leu Gly Val Glu Ser Met Phe Gln Leu Val Glu

        850                 855                 860

    Ala Ile Ala Ala His Glu Asp Leu Ala Gly Lys Ala Arg His Cys Gln

    865                 870                 875                 880

    Pro His Leu Cys Ala Arg Pro Arg Ala Arg Ser Ser Trp Lys Tyr Arg

                    885                 890                 895

    Gly Gln Leu Thr Pro Lys Ser Lys Lys Met Asp Ser Glu Val His Ile

                900                 905                 910

    Val Ser Val Asp Ala His Asp Gly Val Val Asp Leu Val Ala Asp Gly

            915                 920                 925

    Phe Leu Trp Ala Asp Ser Leu Arg Val Tyr Ser Val Ser Asn Ile Arg

        930                 935                 940

    Val Arg Ile Ala Ser Gly Glu Ala Pro Ala Ala Ala Ser Ser Ala Ala

    945                 950                 955                 960

    Ser Val Gly Ser Ser Ala Ser Ser Val Glu Arg Thr Arg Ser Ser Pro

                    965                 970                 975

    Ala Val Ala Ser Gly Pro Ala Gln Thr Ile Asp Leu Lys Gln Leu Lys

                980                 985                 990

    Thr Glu Leu Leu Glu Leu Asp Ala  Pro Leu Tyr Leu Ser  Gln Asp Pro

            995                 1000                 1005

    Thr Ser  Gly Gln Leu Lys Lys  His Thr Asp Val Ala  8er Gly Gln

        1010                 1015                 1020

    Ala Thr  Ile Val Gln Pro Cys  Thr Leu Gly Asp Leu  Gly Asp Arg

        1025                 1030                 1035

    Ser Phe  Met Glu Thr Tyr Gly  Val Val Ala Pro Leu  Tyr Thr Gly

        1040                 1045                 1050

    Ala Met  Ala Lys Gly Ile Ala  Ser Ala Asp Leu Val  Ile Ala Ala

        1055                 1060                 1065

    Gly Lys  Arg Lys Ile Leu Gly  Ser Phe Gly Ala Gly  Gly Leu Pro

        1070                 1075                 1080

    Met His  His Val Arg Ala Ala  Leu Glu Lys Ile Gln  Ala Ala Leu

        1085                 1090                 1095

    Pro Gln  Gly Pro Tyr Ala Val  Asn Leu Ile His Ser  Pro Phe Asp

        1100                 1105                 1110

    Ser Asn  Leu Glu Lys Gly Asn  Val Asp Leu Phe Leu  Glu Lys Gly

        1115                 1120                 1125

    Val Thr  Val Val Glu Ala Ser  Ala Phe Met Thr Leu  Thr Pro Gln

        1130                 1135                 1140

    Val Val  Arg Tyr Arg Ala Ala  Gly Leu Ser Arg Asn  Ala Asp Gly

        1145                 1150                 1155

    Ser Val  Asn Ile Arg Asn Arg  Ile Ile Gly Lys Val  Ser Arg Thr

        1160                 1165                 1170

    Glu Leu  Ala Glu Met Phe Ile  Arg Pro Ala Pro Glu  His Leu Leu

        1175                 1180                 1185

    Glu Lys  Leu Ile Ala Ser Gly  Glu Ile Thr Gln Glu  Gln Ala Glu

        1190                 1195                 1200

    Leu Ala  Arg Arg Val Pro Val  Ala Asp Asp Ile Ala  Val Glu Ala

        1205                 1210                 1215

    Asp Ser  Gly Gly His Thr Asp  Asn Arg Pro Ile His  Val Ile Leu

        1220                 1225                 1230

    Pro Leu  Ile Ile Asn Leu Arg  Asn Arg Leu His Arg  Glu Cys Gly

        1235                 1240                 1245

    Tyr Pro  Ala His Leu Arg Val  Arg Val Gly Ala Gly  Gly Gly Val

        1250                 1255                 1260

    Gly Cys  Pro Gln Ala Ala Ala  Ala Ala Leu Thr Met  Gly Ala Ala

        1265                 1270                 1275

    Phe Ile  Val Thr Gly Thr Val  Asn Gln Val Ala Lys  Gln Ser Gly

        1280                 1285                 1290

    Thr Cys  Asp Asn Val Arg Lys  Gln Leu Ser Gln Ala  Thr Tyr Ser

        1295                 1300                 1305

    Asp Ile  Cys Met Ala Pro Ala  Ala Asp Met Phe Glu  Glu Gly Val

        1310                 1315                 1320

    Lys Leu  Gln Val Leu Lys Lys  Gly Thr Met Phe Pro  Ser Arg Ala

        1325                 1330                 1335

    Asn Lys  Leu Tyr Glu Leu Phe  Cys Lys Tyr Asp Ser  Phe Asp Ser

        1340                 1345                 1350

    Met Pro  Pro Ala Glu Leu Glu  Arg Ile Glu Lys Arg  Ile Phe Lys

        1355                 1360                 1365

    Arg Ala  Leu Gln Glu Val Trp  Glu Glu Thr Lys Asp  Phe Tyr Ile

        1370                 1375                 1380

    Asn Gly  Leu Lys Asn Pro Glu  Lys Ile Gln Arg Ala  Glu His Asp

        1385                 1390                 1395

    Pro Lys  Leu Lys Met Ser Leu  Cys Phe Arg Trp Tyr  Leu Gly Leu

        1400                 1405                 1410

    Ala Ser  Arg Trp Ala Asn Met  Gly Ala Pro Asp Arg  Val Met Asp

        1415                 1420                 1425

    Tyr Gln  Val Trp Cys Gly Pro  Ala Ile Gly Ala Phe  Asn Asp Phe

        1430                 1435                 1440

    Ile Lys  Gly Thr Tyr Leu Asp  Pro Ala Val Ser Asn  Glu Tyr Pro

        1445                 1450                 1455

    Cys Val  Val Gln Ile Asn Leu  Gln Ile Leu Arg Gly  Ala Cys Tyr

        1460                 1465                 1470

    Leu Arg  Arg Leu Asn Ala Leu  Arg Asn Asp Pro Arg  Ile Asp Leu

        1475                 1480                 1485

    Glu Thr  Glu Asp Ala Ala Phe  Val Tyr Glu Pro Thr  Ash Ala Leu

        1490                 1495                 1500

    <210>7

    <211>600

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(600)

    <223>

    <400>7

    atg gcg gcc cgt ctg cag gag caa aag gga ggc gag atg gat acc cgc       48

    Met Ala Ala Arg Leu Gln Glu Gln Lys Gly Gly Glu Met Asp Thr Arg

    1               5                   10                  15

    att gcc atc atc ggc atg tcg gcc atc ctc ccc tgc ggc acg acc gtg       96

    Ile Ala Ile Ile Gly Met Ser Ala Ile Leu Pro Cys G1y Thr Thr Val

                20                  25                  30

    cgc gag tcg tgg gag acc atc cgc gcc ggc atc gac tgc ctg tcg gat      144

    Arg Glu Ser Trp Glu Thr Ile Arg Ala Gly Ile Asp Cys Leu Ser Asp

            35                  40                  45

    ctc ccc gag gac cgc gtc gac gtg acg gcg tac ttt gac ccc gtc aag      192

    Leu Pro Glu Asp Arg Val Asp Val Thr Ala Tyr Phe Asp Pro Val Lys

        50                  55                  60

    acc acc aag gac aag atc tac tgc aag cgc ggt ggc ttc att ccc gag      240

    Thr Thr Lys Asp Lys Ile Tyr Cys Lys Arg Gly Gly Phe Ile Pro Glu

    65                  70                  75                  80

    tac gac ttt gac gcc cgc gag ttc gga ctc aac atg ttc cag atg gag      288

    Tyr Asp Phe Asp Ala Arg Glu Phe Gly Leu Asn Met Phe Gln Met Glu

                    85                  90                  95

    gac tcg gac gca aac cag acc atc tcg ctt ctc aag gtc aag gag gcc      336

    Asp Ser Asp Ala Asn Gln Thr Ile Ser Leu Leu Lys Val Lys Glu Ala

                100                 105                 110

    ctc cag gac gcc ggc atc gac gcc ctc ggc aag gaa aag aag aac atc      384

    Leu Gln Asp Ala Gly Ile Asp Ala Leu Gly Lys Glu Lys Lys Asn Ile

            115                 120                 125

    ggc tgc gtg ctc ggc att ggc ggc ggc caa aag tcc agc cac gag ttc      432

    Gly Cys Val Leu Gly Ile Gly Gly Gly Gln Lys Ser Ser His Glu Phe

        130                 135                 140

    tac tcg cgc ctt aat tat gtt gtc gtg gag aag gtc ctc cgc aag atg      480

    Tyr Ser Arg Leu Asn Tyr Val Val Val Glu Lys Val Leu Arg Lys Met

    145                 150                 155                 160

    ggc atg ccc gag gag gac gtc aag gtc gcc gtc gaa aag tac aag gcc      528

    Gly Met Pro Glu Glu Asp Val Lys Val Ala Val Glu Lys Tyr Lys Ala

                    165                 170                 175

    aac ttc ccc gag tgg cgc ctc gac tcc ttc cct ggc ttc ctc ggc aac      576

    Asn Phe Pro Glu Trp Arg Leu Asp Ser Phe Pro Gly Phe Leu Gly Asn

                180                 185                 190

    gtc acc gcc ggt cgc tgc acc aac                                      600

    Val Thr Ala Gly Arg Cys Thr Asn

            195                 200

    <210>8

    <211>200

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>8

    Met Ala Ala Arg Leu Gln Glu Gln Lys Gly Gly Glu Met Asp Thr Arg

    1               5                   10                  15

    Ile Ala Ile Ile Gly Met Ser Ala Ile Leu Pro Cys Gly Thr Thr Val

                20                  25                  30

    Arg Glu Ser Trp Glu Thr Ile Arg Ala Gly Ile Asp Cys Leu Ser Asp

            35                  40                  45

    Leu Pro Glu Asp Arg Val Asp Val Thr Ala Tyr Phe Asp Pro Val Lys

        50                  55                  60

    Thr Thr Lys Asp Lys Ile Tyr Cys Lys Arg Gly Gly Phe Ile Pro Glu

    65                 70                  75                  80

    Tyr Asp Phe Asp Ala Arg Glu Phe Gly Leu Asn Met Phe Gln Met Glu

                    85                  90                  95

    Asp Ser Asp Ala Asn Gln Thr Ile Ser Leu Leu Lys Val Lys Glu Ala

                100                 105                 110

    Leu Gln Asp Ala Gly Ile Asp Ala Leu Gly Lys Glu Lys Lys Asn Ile

            115                 120                 125

    Gly Cys Val Leu Gly Ile Gly Gly Gly Gln Lys Ser Ser His Glu Phe

        130                 135                 140

    Tyr Ser Arg Leu Asn Tyr Val Val Val Glu Lys Val Leu Arg Lys Met

    145                 150                 155                 160

    Gly Met Pro Glu Glu Asp Val Lys Val Ala Val Glu Lys Tyr Lys Ala

                    165                 170                 175

    Asn Phe Pro Glu Trp Arg Leu Asp Ser Phe Pro Gly Phe Leu Gly Asn

                180                 185                 190

    Val Thr Ala Gly Arg Cys Thr Asn

            195                 200

    <210>9

    <211>1278

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(1278)

    <223>

    <400>9

    gat gtc acc aag gag gcc tgg cgc ctc ccc cgc gag ggc gtc agc ttc      48

    Asp Val Thr Lys Glu Ala Trp Arg Leu Pro Arg Glu Gly Val Ser Phe

    1               5                   10                  15

    cgc gcc aag ggc atc gcc acc aac ggc gct gtc gcc gcg ctc ttc tcc      96

    Arg Ala Lys Gly Ile Ala Thr Asn Gly Ala Val Ala Ala Leu Phe Ser

                20                  25                  30

    ggc cag ggc gcg cag tac acg cac atg ttt agc gag gtg gcc atg aac      144

    Gly Gln Gly Ala Gln Tyr Thr His Met Phe Ser GIu Val Ala Met Asn

            35                  40                  45

    tgg ccc cag ttc cgc cag agc att gcc gcc atg gac gcc gcc cag tcc      192

    Trp Pro Gln Phe Arg Gln Ser Ile Ala Ala Met Asp Ala Ala Gln Ser

        50                  55                  60

    aag gtc gct gga agc gac aag gac ttt gag cgc gtc tcc cag gtc ctc      240

    Lys Val Ala Gly Ser Asp Lys Asp Phe Glu Arg Val Ser Gln Val Leu

    65                  70                  75                  80

    tac ccg cgc aag ccg tac gag cgt gag ccc gag cag aac ccc aag aag      288

    Tyr Pro Arg Lys Pro Tyr Glu Arg Glu Pro Glu Gln Asn Pro Lys Lys

                    85                  90                  95

    atc tcc ctc acc gcc tac tcg cag ccc tcg acc ctg gcc tgc gct ctc      336

    Ile Ser Leu Thr Ala Tyr Ser Gln Pro Ser Thr Leu Ala Cys Ala Leu

                100                 105                 110

    ggt gcc ttt gag atc ttc aag gag gcc ggc ttc acc ccg gac ttt gcc      384

    Gly Ala Phe Glu Ile Phe Lys Glu Ala Gly Phe Thr Pro Asp Phe Ala

            115                 120                 125

    gcc ggc cat tcg ctc ggt gag ttc gcc gcc ctc tac gcc gcg ggc tgc      432

    Ala Gly His Ser Leu Gly Glu Phe Ala Ala Leu Tyr Ala Ala Gly Cys

        130                 135                 140

    gtc gac cgc gac gag ctc ttt gag ctt gtc tgc cgc cgc gcc cgc atc      480

    Val Asp Arg Asp Glu Leu Phe Glu Leu Val Cys Arg Arg Ala Arg Ile

    145                 150                 155                 160

    atg ggc ggc aag gac gca ccg gcc acc ccc aag gga tgc atg gcc gcc      528

    Met Gly Gly Lys Asp Ala Pro Ala Thr Pro Lys Gly Cys Met Ala Ala

                    165                 170                 175

    gtc att ggc ccc aac gcc gag aac atc aag gtc cag gcc gcc aac gtc      576

    Val Ile Gly Pro Asn Ala Glu Asn Ile Lys Val Gln Ala Ala Asn Val

                180                 185                 190

    tgg ctc ggc aac tcc aac tcg cct tcg cag acc gtc atc acc ggc tcc      624

    Trp Leu Gly Asn Ser Asn Ser Pro Ser Gln Thr Val Ile Thr Gly Ser

            195                 200                 205

    gtc gaa ggt atc cag gcc gag agc gcc cgc ctc cag aag gag ggc ttc      672

    Val Glu Gly Ile Gln Ala Glu Ser Ala Arg Leu Gln Lys Glu Gly Phe

        210                 215                 220

    cgc gtc gtg cct ctt gcc tgc gag agc gcc ttc cac tcg ccc cag atg      720

    Arg VaI Val Pro Leu Ala Cys Glu Ser Ala Phe His Ser Pro Gln Met

    225                 230                 235                 240

    gag aac gcc tcg tcg gcc ttc aag gac gtc atc tcc aag gtc tcc ttc      768

    Glu Asn Ala Ser Ser Ala Phe Lys Asp Val Ile Ser Lys Val Ser Phe

                    245                 250                 255

    cgc acc ccc aag gcc gag acc aag ctc ttc agc aac gtc tct ggc gag      816

    Arg Thr Pro Lys Ala Glu Thr Lys Leu Phe Ser Asn Val Ser Gly Glu

                260                 265                 270

    acc tac ccc acg gac gcc cgc gag atg ctt acg cag cac atg acc agc      864

    Thr Tyr Pro Thr Asp Ala Arg Glu Met Leu Thr Gln His Met Thr Ser

            275                 280                 285

    agc gtc aag ttc ctc acc cag gtc cgc aac atg cac cag gcc ggt gcg      912

    Ser Val Lys Phe Leu Thr Gln Val Arg Asn Met His Gln Ala Gly Ala

        290                 295                 300

    cgc atc ttt gtc gag ttc gga ccc aag cag gtg ctc tcc aag ctt gtc      960

    Arg Ile Phe Val Glu Phe Gly Pro Lys Gln Val Leu Ser Lys Leu Val

    305                 310                 315                 320

    tcc gag acc ctc aag gat gac ccc tcg gtt gtc acc gtc tct gtc aac      1008

    Ser Glu Thr Leu Lys Asp Asp Pro Ser Val Val Thr Val Ser Val Asn

                    325                 330                 335

    ccg gcc tcg ggc acg gat tcg gac atc cag ctc cgc gac gcg gcc gtc      1056

    Pro Ala Ser Gly Thr Asp Ser Asp Ile Gln Leu Arg Asp Ala Ala Val

                340                 345                 350

    cag ctc gtt gtc gct ggc gtc aac ctt cag ggc ttt gac aag tgg gac      1104

    Gln Leu Val Val Ala Gly Val Asn Leu Gln Gly Phe Asp Lys Trp Asp

            355                 360                 365

    gcc ccc gat gcc acc cgc atg cag gcc atc aag aag aag cgc act acc      1152

    Ala Pro Asp Ala Thr Arg Met Gln Ala Ile Lys Lys Lys Arg Thr Thr

        370                 375                 380

    ctc cgc ctt tcg gcc gcc acc tac gtc tcg gac aag acc aag aag gtc      1200

    Leu Arg Leu Ser Ala Ala Thr Tyr Val Ser Asp Lys Thr Lys Lys Val

    385                 390                 395                 400

    cgc gac gcc gcc atg aac gat ggc cgc tgc gtc acc tac ctc aag ggc      1248

    Arg Asp Ala Ala Met Asn Asp Gly Arg Cys Val Thr Tyr Leu Lys Gly

                    405                 410                 415

    gcc gca ccg ctc atc aag gcc ccg gag ccc                              1278

    Ala Ala Pro Leu Ile Lys Ala Pro Glu Pro

                420                 425

    <210>10

    <211>426

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>10

    Asp Val Thr Lys Glu Ala Trp Arg Leu Pro Arg G1u Gly Val Ser Phe

    1               5                   10                  15

    Arg Ala Lys Gly Ile Ala Thr Asn Gly Ala Val Ala Ala Leu Phe Ser

                20                  25                  30

    Gly Gln Gly Ala Gln Tyr Thr His Met Phe Ser Glu Val Ala Met Asn

            35                  40                  45

    Trp Pro Gln Phe Arg Gln Ser Ile Ala Ala Met Asp Ala Ala Gln Ser

        50                  55                  60

    Lys Val Ala Gly Ser Asp Lys Asp Phe Glu Arg Val Ser Gln Val Leu

    65                  70                  75                  80

    Tyr Pro Arg Lys Pro Tyr Glu Arg Glu Pro Glu Gln Asn Pro Lys Lys

                    85                  90                  95

    Ile Ser Leu Thr Ala Tyr Ser Gln Pro Ser Thr Leu Ala Cys Ala Leu

                100                 105                 110

    Gly Ala Phe Glu Ile Phe Lys Glu Ala Gly Phe Thr Pro Asp Phe Ala

            115                 120                 125

    Ala Gly His Ser Leu Gly Glu Phe Ala Ala Leu Tyr Ala Ala Gly Cys

        130                 135                 140

    Val Asp Arg Asp Glu Leu Phe Glu Leu Val Cys Arg Arg Ala Arg Ile

    145                 150                 155                 160

    Met Gly Gly Lys Asp Ala Pro Ala Thr Pro Lys Gly Cys Met Ala Ala

                    165                 170                 175

    Val Ile Gly Pro Asn Ala Glu Asn Ile Lys Val Gln Ala Ala Asn Val

                180                 185                 190

    Trp Leu Gly Asn Ser Asn Ser Pro Ser Gln Thr Val Ile Thr Gly Ser

            195                 200                 205

    Val Glu Gly Ile Gln Ala Glu Ser Ala Arg Leu Gln Lys Glu Gly Phe

        210                 215                 220

    Arg Val Val Pro Leu Ala Cys Glu Ser Ala Phe His Ser Pro Gln Met

    225                 230                 235                 240

    Glu Asn Ala Ser Ser Ala Phe Lys Asp Val Ile Ser Lys Val Ser Phe

                    245                 250                 255

    Arg Thr Pro Lys Ala Glu Thr Lys Leu Phe Ser Asn Val Ser Gly Glu

                260                 265                 270

    Thr Tyr Pro Thr Asp Ala Arg Glu Met Leu Thr Gln His Met Thr Ser

            275                 280                 285

    Ser Val Lys Phe Leu Thr Gln Val Arg Asn Met His Gln Ala Gly Ala

        290                 295                 300

    Arg Ile Phe Val Glu Phe Gly Pro Lys Gln Val Leu Ser Lys Leu Val

    305                 310                 315                 320

    Ser Glu Thr Leu Lys Asp Asp Pro Ser Val Val Thr Val Ser Val Asn

                    325                 330                 335

    Pro Ala Ser Gly Thr Asp Ser Asp Ile Gln Leu Arg Asp Ala Ala Val

                340                 345                 350

    Gln Leu Val Val Ala Gly Val Asn Leu Gln Gly Phe Asp Lys Trp Asp

            355                 360                 365

    Ala Pro Asp Ala Thr Arg Met Gln Ala Ile Lys Lys Lys Arg Thr Thr

        370                 375                 380

    Leu Arg Leu Ser Ala Ala Thr Tyr Val Ser Asp Lys Thr Lys Lys Val

    385                 390                 395                 400

    Arg Asp Ala Ala Met Asn Asp Gly Arg Cys Val Thr Tyr Leu Lys Gly

                    405                 410                 415

    Ala Ala Pro Leu Ile Lys Ala Pro Glu Pro

                420                 425

    <210>11

    <211>5

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>MISC_FEATURE

    <222>(4)..(4)

    <223>X＝任意氨基酸

    <400>11

    Gly His Ser Xaa Gly

    1               5

    <210>12

    <211>258

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(258)

    <223>

    <400>12

    gct gtc tcg aac gag ctt ctt gag aag gcc gag act gtc gtc atg gag      48

    Ala Val Ser Asn Glu Leu Leu Glu Lys Ala Glu Thr Val Val Met Glu

    1               5                   10                  15

    gtc ctc gcc gcc aag acc ggc tac gag acc gac atg atc gag gct gac      96

    Val Leu Ala Ala Lys Thr Gly Tyr Glu Thr Asp Met Ile Glu Ala Asp

                20                  25                  30

    atg gag ctc gag acc gag ctc ggc att gac tcc atc aag cgt gtc gag     144

    Met Glu Leu Glu Thr Glu Leu Gly Ile Asp Ser Ile Lys Arg Val Glu

            35                  40                  45

    atc ctc tcc gag gtc cag gcc atg ctc aat gtc gag gcc aag gat gtc      192

    Ile Leu Ser Glu Val Gln Ala Met Leu Asn Val Glu Ala Lys Asp Val

        50                  55                  60

    gat gcc ctc agc cgc act cgc act gtt ggt gag gtt gtc aac gcc atg      240

    Asp Ala Leu Ser Arg Thr Arg Thr Val Gly Glu Val Val Asn Ala Met

    65                  70                  75                  80

    aag gcc gag atc gct ggc                                              258

    Lys Ala Glu Ile Ala Gly

                    85

    <210>13

    <211>86

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>13

    Ala Val Ser Asn Glu Leu Leu Glu Lys Ala Glu Thr Val Val Met Glu

    1               5                   10                  15

    Val Leu Ala Ala Lys Thr Gly Tyr Glu Thr Asp Met Ile Glu Ala Asp

                20                  25                  30

    Met Glu Leu Glu Thr Glu Leu Gly Ile Asp Ser Ile Lys Arg Val Glu

            35                  40                  45

    Ile Leu Ser Glu Val Gln Ala Met Leu Asn Val Glu Ala Lys Asp Val

        50                  55                  60

    Asp Ala Leu Ser Arg Thr Arg Thr Val Gly Glu Val Val Asn Ala Met

    65                  70                  75                  80

    Lys Ala Glu Ile Ala Gly

                    85

    <210>14

    <211>5

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>14

    Leu Gly Ile Asp Ser

    1               5

    <210>15

    <211>21

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>15

    Ala Pro Ala Pro Val Lys Ala Ala Ala Pro Ala Ala Pro Val Ala Ser

    1               5                   10                  15

    Ala Pro Ala Pro Ala

                20

    <210>16

    <211>3006

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>16

    gcccccgccc cggtcaaggc tgctgcgcct gccgcccccg ttgcctcggc ccctgccccg    60

    gctgtctcga acgagcttct tgagaaggcc gagactgtcg tcatggaggt cctcgccgcc    120

    aagaccggct acgagaccga catgatcgag gctgacatgg agctcgagac cgagctcggc    180

    attgactcca tcaagcgtgt cgagatcctc tccgaggtcc aggccatgct caatgtcgag    240

    gccaaggatg tcgatgccct cagccgcact cgcactgttg gtgaggttgt caacgccatg    300

    aaggccgaga tcgctggcag ctctgccccg gcgcctgctg ccgctgctcc ggctccggcc     360

    aaggctgccc ctgccgccgc tgcgcctgct gtctcgaacg agcttctcga gaaggccgag     420

    accgtcgtca tggaggtcct cgccgccaag actggctacg agactgacat gatcgagtcc     480

    gacatggagc tcgagactga gctcggcatt gactccatca agcgtgtcga gatcctctcc     540

    gaggttcagg ccatgctcaa cgtcgaggcc aaggacgtcg acgctctcag ccgcactcgc     600

    actgtgggtg aggtcgtcaa cgccatgaag gctgagatcg ctggtggctc tgccccggcg     660

    cctgccgccg ctgccccagg tccggctgct gccgcccctg cgcctgccgc cgccgcccct     720

    gctgtctcga acgagcttct tgagaaggcc gagaccgtcg tcatggaggt cctcgccgcc     780

    aagactggct acgagactga catgatcgag tccgacatgg agctcgagac cgagctcggc     840

    attgactcca tcaagcgtgt cgagattctc tccgaggtcc aggccatgct caacgtcgag     900

    gccaaggacg tcgacgctct cagccgcacc cgcactgttg gcgaggtcgt cgatgccatg     960

    aaggccgaga tcgctggtgg ctctgccccg gcgcctgccg ccgctgctcc tgctccggct     1020

    gctgccgccc ctgcgcctgc cgcccctgcg cctgctgtct cgagcgagct tctcgagaag     1080

    gccgagactg tcgtcatgga ggtcctcgcc gccaagactg gctacgagac tgacatgatc     1140

    gagtccgaca tggagctcga gaccgagctc ggcattgact ccatcaagcg tgtcgagatt     1200

    ctctccgagg tccaggccat gctcaacgtc gaggccaagg acgtcgacgc tctcagccgc     1260

    acccgcactg ttggcgaggt cgtcgatgcc atgaaggccg agatcgctgg tggctctgcc     1320

    ccggcgcctg ccgccgctgc tcctgctccg gctgctgccg cccctgcgcc tgccgcccct     1380

    gcgcctgccg cccctgcgcc tgctgtctcg agcgagcttc tcgagaaggc cgagactgtc     1440

    gtcatggagg tcctcgccgc caagactggc tacgagactg acatgattga gtccgacatg     1500

    gagctcgaga ccgagctcgg cattgactcc atcaagcgtg tcgagattct ctccgaggtt     1560

    caggccatgc tcaacgtcga ggccaaggac gtcgacgctc tcagccgcac tcgcactgtt     1620

    ggtgaggtcg tcgatgccat gaaggctgag atcgctggca gctccgcctc ggcgcctgcc     1680

    gccgctgctc ctgctccggc tgctgccgct cctgcgcccg ctgccgccgc ccctgctgtc     1740

    tcgaacgagc ttctcgagaa agccgagact gtcgtcatgg aggtcctcgc cgccaagact     1800

    ggctacgaga ctgacatgat cgagtccgac atggagctcg agactgagct cggcattgac     1860

    tccatcaagc gtgtcgagat cctctccgag gttcaggcca tgctcaacgt cgaggccaag     1920

    gacgtcgatg ccctcagccg cacccgcact gttggcgagg ttgtcgatgc catgaaggcc     1980

    gagatcgctg gtggctctgc cccggcgcct gccgccgctg cccctgctcc ggctgccgcc     2040

    gcccctgctg tctcgaacga gcttctcgag aaggccgaga ctgtcgtcat ggaggtcctc     2100

    gccgccaaga ctggctacga gaccgacatg atcgagtccg acatggagct cgagaccgag     2160

    ctcggcattg actccatcaa gcgtgtcgag attctctccg aggttcaggc catgctcaac     2220

    gtcgaggcca aggacgtcga tgctctcagc cgcactcgca ctgttggcga ggtcgtcgat     2280

    gccatgaagg ctgagatcgc cggcagctcc gccccggcgc ctgccgccgc tgctcctgct     2340

    ccggctgctg ccgctcctgc gcccgctgcc gctgcccctg ctgtctcgag cgagcttctc     2400

    gagaaggccg agaccgtcgt catggaggtc ctcgccgcca agactggcta cgagactgac     2460

    atgattgagt ccgacatgga gctcgagact gagctcggca ttgactccat caagcgtgtc     2520

    gagatcctct ccgaggttca ggccatgctc aacgtcgagg ccaaggacgt cgatgccctc     2580

    agccgcaccc gcactgttgg cgaggttgtc gatgccatga aggccgagat cgctggtggc    2640

    tctgccccgg cgcctgccgc cgctgcccct gctccggctg ccgccgcccc tgctgtctcg    2700

    aacgagcttc ttgagaaggc cgagaccgtc gtcatggagg tcctcgccgc caagactggc    2760

    tacgagaccg acatgatcga gtccgacatg gagctcgaga ccgagctcgg cattgactcc    2820

    atcaagcgtg tcgagattct ctccgaggtt caggccatgc tcaacgtcga ggccaaggac    2880

    gtcgacgctc tcagccgcac tcgcactgtt ggcgaggtcg tcgatgccat gaaggctgag    2940

    atcgctggtg gctctgcccc ggcgcctgcc gccgctgctc ctgcctcggc tggcgccgcg    3000

    cctgcg                                                               3006

    <210>17

    <211>2133

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(2133)

    <223>

    <400>17

    ttt ggc gct ctc ggc ggc ttc atc tcg cag cag gcg gag cgc ttc gag      48

    Phe Gly Ala Leu Gly Gly Phe Ile Ser Gln Gln Ala Glu Arg Phe Glu

    1               5                   10                  15

    ccc gcc gaa atc ctc ggc ttc acg ctc atg tgc gcc aag ttc gcc aag      96

    Pro Ala Glu Ile Leu Gly Phe Thr Leu Met Cys Ala Lys Phe Ala Lys

                20                  25                  30

    gct tcc ctc tgc acg gct gtg gct ggc ggc cgc ccg gcc ttt atc ggt      144

    Ala Ser Leu Cys Thr Ala Val Ala Gly Gly Arg Pro Ala Phe Ile Gly

            35                  40                  45

    gtg gcg cgc ctt gac ggc cgc ctc gga ttc act tcg cag ggc act tct      192

    Val Ala Arg Leu Asp Gly Arg Leu Gly Phe Thr Ser Gln Gly Thr Ser

        50                  55                  60

    gac gcg ctc aag cgt gcc cag cgt ggt gcc atc ttt ggc ctc tgc aag      240

    Asp Ala Leu Lys Arg Ala Gln Arg Gly Ala Ile Phe Gly Leu Cys Lys

    65                  70                  75                  80

    acc atc ggc ctc gag tgg tcc gag tct gac gtc ttt tcc cgc ggc gtg      288

    Thr Ile Gly Leu Glu Trp Ser Glu Ser Asp Val Phe Ser Arg Gly Val

                    85                  90                  95

    gac att gct cag ggc atg cac ccc gag gat gcc gcc gtg gcg att gtg      336

    Asp Ile Ala Gln Gly Met His Pro Glu Asp Ala Ala Val Ala Ile Val

                100                 105                 110

    cgc gag atg gcg tgc gct gac att cgc att cgc gag gtc ggc att ggc      384

    Arg Glu Met Ala Cys Ala Asp Ile Arg Ile Arg Glu Val Gly Ile Gly

            115                 120                 125

    gca aac cag cag cgc tgc acg atc cgt gcc gcc aag ctc gag acc ggc      432

    Ala Asn Gln Gln Arg Cys Thr Ile Arg Ala Ala Lys Leu Glu Thr Gly

        130                 135                 140

    aac ccg cag cgc cag atc gcc aag gac gac gtg ctg ctc gtt tct ggc      480

    Asn Pro Gln Arg Gln Ile Ala Lys Asp Asp Val Leu Leu Val Ser Gly

    145                 150                 155                 160

    ggc gct cgc ggc atc acg cct ctt tgc atc cgg gag atc acg cgc cag      528

    Gly Ala Arg Gly Ile Thr Pro Leu Cys Ile Arg Glu Ile Thr Arg Gln

                    165                 170                 175

    atc gcg ggc ggc aag tac att ctg ctt ggc cgc agc aag gtc tct gcg      576

    Ile Ala Gly Gly Lys Tyr Ile Leu Leu Gly Arg Ser Lys Val Ser Ala

                180                 185                 190

    agc gaa ccg gca tgg tgc gct ggc atc act gac gag aag gct gtg caa      624

    Ser Glu Pro Ala Trp Cys Ala Gly Ile Thr Asp Glu Lys Ala Val Gln

            195                 200                 205

    aag gct gct acc cag gag ctc aag cgc gcc ttt agc gct ggc gag ggc      672

    Lys Ala Ala Thr Gln Glu Leu Lys Arg Ala Phe Ser Ala Gly Glu Gly

        210                 215                 220

    ccc aag ccc acg ccc cgc gct gtc act aag ctt gtg ggc tct gtt ctt      720

    Pro Lys Pro Thr Pro Arg Ala Val Thr Lys Leu Val Gly Ser Val Leu

    225                 230                 235                 240

    ggc gct cgc gag gtg cgc agc tct att gct gcg att gaa gcg ctc ggc      768

    Gly Ala Arg Glu Val Arg Ser Ser Ile Ala Ala Ile Glu Ala Leu Gly

                    245                 250                 255

    ggc aag gcc atc tac tcg tcg tgc gac gtg aac tct gcc gcc gac gtg      816

    Gly Lys Ala Ile Tyr Ser Ser Cys Asp Val Asn Ser Ala Ala Asp Val

                260                 265                 270

    gcc aag gcc gtg cgc gat gcc gag tcc cag ctc ggt gcc cgc gtc tcg      864

    Ala Lys Ala Val Arg Asp Ala Glu Ser Gln Leu Gly Ala Arg Val Ser

            275                 280                 285

    ggc atc gtt cat gcc tcg ggc gtg ctc cgc gac cgt ctc atc gag aag      912

    Gly Ile Val His Ala Ser Gly Val Leu Arg Asp Arg Leu Ile Glu Lys

        290                 295                 300

    aag ctc ccc gac gag ttc gac gcc gtc ttt ggc acc aag gtc acc ggt      960

    Lys Leu Pro Asp Glu Phe Asp Ala Val Phe Gly Thr Lys Val Thr Gly

    305                 310                 315                 320

    ctc gag aac ctc ctc gcc gcc gtc gac cgc gcc aac ctc aag cac atg     1008

    Leu Glu Asn Leu Leu Ala Ala Val Asp Arg Ala Asn Leu Lys His Met

                    325                 330                 335

    gtc ctc ttc agc tcg ctc gcc ggc ttc cac ggc aac gtc ggc cag tct     1056

    Val Leu Phe Ser Ser Leu Ala Gly Phe His Gly Asn Val Gly Gln Ser

                340                 345                 350

    gac tac gcc atg gcc aac gag gcc ctt aac aag atg ggc ctc gag ctc     1104

    Asp Tyr Ala Met Ala Asn Glu Ala Leu Asn Lys Met Gly Leu Glu Leu

            355                 360                 365

    gcc aag gac gtc tcg gtc aag tcg atc tgc ttc ggt ccc tgg gac ggt     1152

    Ala Lys Asp Val Ser Val Lys Ser Ile Cys Phe Gly Pro Trp Asp Gly

        370                 375                 380

    ggc atg gtg acg ccg cag ctc aag aag cag ttc cag gag atg ggc gtg     1200

    Gly Met Val Thr Pro Gln Leu Lys Lys Gln Phe Gln Glu Met Gly Val

    385                 390                 395                 400

    cag atc atc ccc cgc gag ggc ggc gct gat acc gtg gcg cgc atc gtg     1248

    Gln Ile Ile Pro Arg Glu Gly Gly Ala Asp Thr Val Ala Arg Ile Val

                    405                 410                 415

    ctc ggc tcc tcg ccg gct gag atc ctt gtc ggc aac tgg cgc acc ccg     1296

    Leu Gly Ser Ser Pro Ala Glu Ile Leu Val Gly Asn Trp Arg Thr Pro

                420                 425                 430

    tcc aag aag gtc ggc tcg gac acc atc acc ctg cac cgc aag att tcc     1344

    Ser Lys Lys Val Gly Ser Asp Thr Ile Thr Leu His Arg Lys Ile Ser

            435                 440                 445

    gcc aag tcc aac ccc ttc ctc gag gac cac gtc atc cag ggc cgc cgc     1392

    Ala Lys Ser Asn Pro Phe Leu Glu Asp His Val Ile Gln Gly Arg Arg

        450                 455                 460

    gtg ctg ccc atg acg ctg gcc att ggc tcg ctc gcg gag acc tgc ctc     1440

    Val Leu Pro Met Thr Leu Ala Ile Gly Ser Leu Ala Glu Thr Cys Leu

    465                 470                 475                 480

    ggc ctc ttc ccc ggc tac tcg ctc tgg gcc att gac gac gcc cag ctc     1488

    Gly Leu Phe Pro Gly Tyr Ser Leu Trp Ala Ile Asp Asp Ala Gln Leu

                    485                 490                 495

    ttc aag ggt gtc act gtc gac ggc gac gtc aac tgc gag gtg acc ctc     1536

    Phe Lys Gly Val Thr Val Asp Gly Asp Val Asn Cys Glu Val Thr Leu

                500                 505                 510

    acc ccg tcg acg gcg ccc tcg ggc cgc gtc aac gtc cag gcc acg ctc      1584

    Thr Pro Ser Thr Ala Pro Ser Gly Arg Val Asn Val Gln Ala Thr Leu

            515                 520                 525

    aag acc ttt tcc agc ggc aag ctg gtc ccg gcc tac cgc gcc gtc atc      1632

    Lys Thr Phe Ser Ser Gly Lys Leu Val Pro Ala Tyr Arg Ala Val Ile

        530                 535                 540

    gtg ctc tcc aac cag ggc gcg ccc ccg gcc aac gcc acc atg cag ccg      1680

    Val Leu Ser Asn Gln Gly Ala Pro Pro Ala Asn Ala Thr Met Gln Pro

    545                 550                 555                 560

    ccc tcg ctc gat gcc gat ccg gcg ctc cag ggc tcc gtc tac gac ggc      1728

    Pro Ser Leu Asp Ala Asp Pro Ala Leu Gln Gly Ser Val Tyr Asp Gly

                    565                 570                 575

    aa8 acc ctc ttc cac ggc ccg gcc ttc cgc ggc atc gat gac gtg ctc      1776

    Lys Thr Leu Phe His Gly Pro Ala Phe Arg Gly Ile Asp Asp Val Leu

                580                 585                 590

    tcg tgc acc aag agc cag ctt gtg gcc aag tgc agc gct gtc ccc ggc      1824

    Ser Cys Thr Lys Ser Gln Leu Val Ala Lys Cys Ser Ala Val Pro Gly

            595                 600                 605

    tcc gac gcc gct cgc ggc gag ttt gcc acg gac act gac gcc cat gac      1872

    Ser Asp Ala Ala Arg Gly Glu Phe Ala Thr Asp Thr Asp Ala His Asp

        610                 615                 620

    ccc ttc gtg aac gac ctg gcc ttt cag gcc atg ctc gtc tgg gtg cgc      1920

    Pro Phe Val Asn Asp Leu Ala Phe Gln Ala Met Leu Val Trp Val Arg

    625                 630                 635                 640

    cgc acg ctc ggc cag gct gcg ctc ccc aac tcg atc cag cgc atc gtc      1968

    Arg Thr Leu Gly Gln Ala Ala Leu Pro Asn Ser Ile Gln Arg Ile Val

                    645                 650                 655

    cag cac cgc ccg gtc ccg cag gac aag ccc ttc tac att acc ctc cgc      2016

    Gln His Arg Pro Val Pro Gln Asp Lys Pro Phe Tyr Ile Thr Leu Arg

                660                 665                 670

    tcc aac cag tcg ggc ggt cac tcc cag cac aag cac gcc ctt cag ttc      2064

    Ser Asn Gln Ser Gly Gly His Ser Gln His Lys His Ala Leu Gln Phe

            675                 680                 685

    cac aac gag cag ggc gat ctc ttc att gat gtc cag gct tcg gtc atc      2112

    His Asn Glu Gln Gly Asp Leu Phe Ile Asp Val Gln Ala Ser Val Ile

        690                 695                 700

    gcc acg gac agc ctt gcc ttc                                          2133

    Ala Thr Asp Ser Leu Ala Phe

    705                 710

    <210>18

    <211>711

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>18

    Phe Gly Ala Leu Gly Gly Phe Ile Ser Gln Gln Ala Glu Arg Phe Glu

    1               5                   10                  15

    Pro Ala Glu Ile Leu Gly Phe Thr Leu Met Cys Ala Lys Phe Ala Lys

                20                  25                  30

    Ala Ser Leu Cys Thr Ala Val Ala Gly Gly Arg Pro Ala Phe Ile Gly

            35                  40                  45

    Val Ala Arg Leu Asp Gly Arg Leu Gly Phe Thr Ser Gln Gly Thr Ser

        50                  55                  60

    Asp Ala Leu Lys Arg Ala Gln Arg Gly Ala Ile Phe Gly Leu Cys Lys

    65                  70                  75                  80

    Thr Ile Gly Leu Glu Trp Ser Glu Ser Asp Val Phe Ser Arg Gly Val

                    85                  90                  95

    Asp Ile Ala Gln Gly Met His Pro Glu Asp Ala Ala Val Ala Ile Val

                100                 105                 110

    Arg Glu Met Ala Cys Ala Asp Ile Arg Ile Arg Glu Val Gly Ile Gly

            115                 120                 125

    Ala Asn Gln Gln Arg Cys Thr Ile Arg Ala Ala Lys Leu Glu Thr Gly

        130                 135                 140

    Asn Pro Gln Arg Gln Ile Ala Lys Asp Asp Val Leu Leu Val Ser Gly

    145                 150                 155                 160

    Gly Ala Arg Gly Ile Thr Pro Leu Cys Ile Arg Glu Ile Thr Arg Gln

                    165                 170                 175

    Ile Ala Gly Gly Lys Tyr Ile Leu Leu Gly Arg Ser Lys Val Ser Ala

                180                 185                 190

    Ser Glu Pro Ala Trp Cys Ala Gly Ile Thr Asp Glu Lys Ala Val Gln

            195                 200                 205

    Lys Ala Ala Thr Gln Glu Leu Lys Arg Ala Phe Ser Ala Gly Glu Gly

        210                 215                 220

    Pro Lys Pro Thr Pro Arg Ala Val Thr Lys Leu Val Gly Ser Val Leu

    225                 230                 235                 240

    Gly Ala Arg Glu Val Arg Ser Ser Ile Ala Ala Ile Glu Ala Leu Gly

                    245                 250                 255

    Gly Lys Ala Ile Tyr Ser Ser Cys Asp Val Asn Ser Ala Ala Asp Val

                260                 265                 270

    Ala Lys Ala Val Arg Asp Ala Glu Ser Gln Leu Gly Ala Arg Val Ser

            275                 280                 285

    Gly Ile Val His Ala Ser Gly Val Leu Arg Asp Arg Leu Ile Glu Lys

        290                 295                 300

    Lys Leu Pro Asp Glu Phe Asp Ala Val Phe Gly Thr Lys Val Thr Gly

    305                 310                 315                 320

    Leu Glu Asn Leu Leu Ala Ala Val Asp Arg Ala Asn Leu Lys His Met

                    325                 330                 335

    Val Leu Phe Ser Ser Leu Ala Gly Phe His Gly Asn Val Gly Gln Ser

                340                 345                 350

    Asp Tyr Ala Met Ala Asn Glu Ala Leu Asn Lys Met Gly Leu Glu Leu

            355                 360                 365

    Ala Lys Asp Val Ser Val Lys Ser Ile Cys Phe Gly Pro Trp Asp Gly

        370                 375                 380

    Gly Met Val Thr Pro Gln Leu Lys Lys Gln Phe Gln Glu Met Gly Val

    385                 390                 395                 400

    Gln Ile Ile Pro Arg Glu Gly Gly Ala Asp Thr Val Ala Arg Ile Val

                    405                 410                 415

    Leu Gly Ser Ser Pro Ala Glu Ile Leu Val Gly Asn Trp Arg Thr Pro

                420                 425                 430

    Ser Lys Lys Val Gly Ser Asp Thr Ile Thr Leu His Arg Lys Ile Ser

            435                 440                 445

    Ala Lys Ser Asn Pro Phe Leu Glu Asp His Val Ile Gln Gly Arg Arg

        450                 455                 460

    Val Leu Pro Met Thr Leu Ala Ile Gly Ser Leu Ala Glu Thr Cys Leu

    465                 470                 475                 480

    Gly Leu Phe Pro Gly Tyr Ser Leu Trp Ala Ile Asp Asp Ala Gln Leu

                    485                 490                 495

    Phe Lys Gly Val Thr Val Asp Gly Asp Val Asn Cys Glu Val Thr Leu

                500                 505                 510

    Thr Pro Ser Thr Ala Pro Ser Gly Arg Val Asn Val Gln Ala Thr Leu

            515                 520                 525

    Lys Thr Phe Ser Ser Gly Lys Leu Val Pro Ala Tyr Arg Ala Val Ile

        530                 535                 540

    Val Leu Ser Asn Gln Gly Ala Pro Pro Ala Asn Ala Thr Met Gln Pro

    545                 550                 555                 560

    Pro Ser Leu Asp Ala Asp Pro Ala Leu Gln Gly Ser Val Tyr Asp Gly

                    565                 570                 575

    Lys Thr Leu Phe His Gly Pro Ala Phe Arg Gly Ile Asp Asp Val Leu

                580                 585                 590

    Ser Cys Thr Lys Ser Gln Leu Val Ala Lys Cys Ser Ala Val Pro Gly

            595                 600                 605

    Ser Asp Ala Ala Arg Gly Glu Phe Ala Thr Asp Thr Asp Ala His Asp

        610                 615                 620

    Pro Phe Val Asn Asp Leu Ala Phe Gln Ala Met Leu Val Trp Val Arg

    625                 630                 635                 640

    Arg Thr Leu Gly Gln Ala Ala Leu Pro Asn Ser Ile Gln Arg Ile Val

                    645                 650                 655

    Gln His Arg Pro Val Pro Gln Asp Lys Pro Phe Tyr Ile Thr Leu Arg

                660                 665                 670

    Ser Asn Gln Ser Gly Gly His Ser Gln His Lys His Ala Leu Gln Phe

            675                 680                 685

    His Asn Glu Gln Gly Asp Leu Phe Ile Asp Val Gln Ala Ser Val Ile

        690                 695                 700

    Ala Thr Asp Ser Leu Ala Phe

    705                 710

    <210>19

    <211>1350

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(1350)

    <223>

    <400>19

    atg gcc gct cgg aat gtg agc gcc gcg cat gag atg cac gat gaa aag       48

    Met Ala Ala Arg Asn Val Ser Ala Ala His Glu Met His Asp Glu Lys

    1               5                   10                  15

    cgc atc gcc gtc gtc ggc atg gcc gtc cag tac gcc gga tgc aaa acc       96

    Arg Ile Ala Val Val Gly Met Ala Val Gln Tyr Ala Gly Cys Lys Thr

                20                  25                  30

    aag gac gag ttc tgg gag gtg ctc atg aac ggc aag gtc gag tcc aag      144

    Lys Asp Glu Phe Trp Glu Val Leu Met Asn Gly Lys Val Glu Ser Lys

            35                  40                  45

    gtg atc agc gac aaa cga ctc ggc tcc aac tac cgc gcc gag cac tac      192

    Val Ile Ser Asp Lys Arg Leu Gly Ser Asn Tyr Arg Ala Glu His Tyr

        50                  55                  60

    aaa gca gag cgc agc aag tat gcc gac acc ttt tgc aac gaa acg tac      240

    Lys Ala Glu Arg Ser Lys Tyr Ala Asp Thr Phe Cys Asn Glu Thr Tyr

    65                  70                  75                  80

    ggc acc ctt gac gag aac gag atc gac aac gag cac gaa ctc ctc ctc      288

    Gly Thr Leu Asp Glu Asn Glu Ile Asp Asn Glu His Glu Leu Leu Leu

                    85                  90                  95

    aac ctc gcc aag cag gca ctc gca gag aca tcc gtc aaa gac tcg aca      336

    Asn Leu Ala Lys Gln Ala Leu Ala Glu Thr Ser Val Lys Asp Ser Thr

                100                 105                 110

    cgc tgc ggc atc gtc agc ggc tgc ctc tcg ttc ccc atg gac aac ctc      384

    Arg Cys Gly Ile Val Ser Gly Cys Leu Ser Phe Pro Met Asp Asn Leu

            115                 120                 125

    cag ggt gaa ctc ctc aac gtg tac caa aac cat gtc gag aaa aag ctc      432

    Gln Gly Glu Leu Leu Asn Val Tyr Gln Asn His Val Glu Lys Lys Leu

        130                 135                 140

    ggg gcc cgc gtc ttc aag gac gcc tcc cat tgg tcc gaa cgc gag cag      480

    Gly Ala Arg Val Phe Lys Asp Ala Ser His Trp Ser Glu Arg Glu Gln

    145                 150                 155                 160

    tcc aac aaa ccc gag gcc ggt gac cgc cgc atc ttc atg gac ccg ggc      528

    Ser Asn Lys Pro Glu Ala Gly Asp Arg Arg Ile Phe Met Asp Pro Ala

                    165                 170                 175

    tcc ttc gtc gcc gaa gaa ctc aac ctc ggc gcc ctt cac tac tcc gtc      576

    Ser Phe Val Ala Glu Glu Leu Asn Leu Gly Ala Leu His Tyr Ser Val

                180                 185                 190

    gac gca gca tgc gcc acg gcg ctc tac gtg ctc cgc ctc gcg cag gat      624

    Asp Ala Ala Cys Ala Thr Ala Leu Tyr Val Leu Arg Leu Ala Gln Asp

            195                 200                 205

    cat ctc gtc tcc ggc gcc gcc gac gtc atg ctc tgc ggt gcc acc tgc      672

    His Leu Val ser Gly Ala Ala Asp Val Met Leu Cys Gly Ala Thr Cys

        210                 215                 220

    ctg ccg gag ccc ttt ttc atc ctt tcg ggc ttt tcc acc ttc cag gcc      720

    Leu Pro Glu Pro Phe Phe Ile Leu Ser Gly Phe Ser Thr Phe Gln Ala

    225                 230                 235                 240

    atg ccc gtc ggc acg ggc cag aac gtg tcc atg ccg ctg cac aag gac      768

    Met Pro Val Gly Thr Gly Gln Asn Val 5er Met Pro Leu His Lys Asp

                    245                 250                 255

    agc cag ggc ctc acc ccg ggt gag ggc ggc tcc atc atg gtc ctc aag      816

    Ser Gln Gly Leu Thr Pro Gly Glu Gly Gly Ser Ile Met Val Leu Lys

                260                 265                 270

    cgt ctc gat gat gcc atc cgc gac ggc gac cac att tac ggc acc ctt      864

    Arg Leu Asp Asp Ala Ile Arg Asp Gly Asp His Ile Tyr Gly Thr Leu

            275                 280                 285

    ctc ggc gcc aat gtc agc aac tcc ggc aca ggt ctg ccc ctc aag ccc      912

    Leu Gly Ala Asn Val Ser Asn Ser Gly Thr Gly Leu Pro Leu Lys Pro

        290                 295                 300

    ctt ctc ccc agc gag aaa aag tgc ctc atg gac acc tac acg cgc att      960

    Leu Leu Pro Ser Glu Lys Lys Cys Leu Met Asp Thr Tyr Thr Arg Ile

    305                 310                 315                 320

    aac gtg cac ccg cac aag att cag tac gtc gag tgc cac gcc acc ggc      1008

    Asn Val His Pro His Lys Ile Gln Tyr Val Glu Cys His Ala Thr Gly

                    325                 330                 335

    acg ccc cag ggt gat cgt gtg gaa atc gac gcc gtc aag gcc tgc ttt      1056

    Thr Pro Gln Gly Asp Arg Val Glu Ile Asp Ala Val Lys Ala Cys Phe

                340                 345                 350

    gaa ggc aag gtc ccc cgt ttc ggt acc aca aag ggc aac ttt gga cac      1104

    Glu Gly Lys Val Pro Arg Phe Gly Thr Thr Lys Gly Asn Phe Gly His

            355                 360                 365

    acc cts gyc gca gcc ggc ttt gcc ggt atg tgc aag gtc ctc ctc tcc      1152

    Thr Xaa Xaa Ala Ala Gly Phe Ala Gly Met Cys Lys Val Leu Leu Ser

        370                 375                 380

    atg aag cat ggc atc atc ccg ccc acc ccg ggt atc gat gac gag acc      1200

    Met Lys His Gly Ile Ile Pro Pro Thr Pro Gly Ile Asp Asp Glu Thr

    385                 390                 395                 400

    aag atg gac cct ctc gtc gtc tcc ggt gag gcc atc cca tgg cca gag      1248

    Lys Met Asp Pro Leu Val Val Ser Gly Glu Ala Ile Pro Trp Pro Glu

                    405                 410                 415

    acc aac ggc gag ccc aag cgc gcc ggt ctc tcg gcc ttt ggc ttt ggt      1296

    Thr Asn Gly Glu Pro Lys Arg Ala Gly Leu Ser Ala Phe Gly Phe Gly

                420                 425                 430

    ggc acc aac gcc cat gcc gtc ttt gag gag cat gac ccc tcc aac gcc      1344

    Gly Thr Asn Ala His Ala Val Phe Glu Glu His Asp Pro Ser Asn Ala

            435                 440                 445

    gcc tgc                                                              1350

    Ala Cys

        450

    <210>20

    <211>450

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>misc_feature

    <222>(370)..(370)

    <223>在370位的′Xaa′代表eu.

    <220>

    <221>misc_feature

    <222>(371)..(371)

    <223>在371位的′Xaa′代表Ala或Val.

    <400>20

    Met Ala Ala Arg Asn Val Ser Ala Ala His Glu Met His Asp Glu Lys

    1               5                   10                  15

    Arg Ile Ala Val Val Gly Met Ala Val Gln Tyr Ala Gly Cys Lys Thr

                20                  25                  30

    Lys Asp Glu Phe Trp Glu Val Leu Met Asn Gly Lys Val Glu Ser Lys

            35                  40                  45

    Val Ile Ser Asp Lys Arg Leu Gly Ser Asn Tyr Arg Ala Glu His Tyr

        50                  55                  60

    Lys Ala Glu Arg Ser Lys Tyr Ala Asp Thr Phe Cys Asn Glu Thr Tyr

    65                  70                  75                  80

    Gly Thr Leu Asp Glu Asn Glu Ile Asp Asn Glu His Glu Leu Leu Leu

                    85                  90                  95

    Asn Leu Ala Lys Gln Ala Leu Ala Glu Thr Ser Val Lys Asp Ser Thr

                100                 105                 110

    Arg Cys Gly Ile Val Ser Gly Cys Leu Ser Phe Pro Met Asp Asn Leu

            115                 120                 125

    Gln Gly Glu Leu Leu Asn Val Tyr Gln Asn His Val Glu Lys Lys Leu

        130                 135                 140

    Gly Ala Arg Val Phe Lys Asp Ala Ser His Trp Ser Glu Arg Glu Gln

    145                 130                 155                 160

    Ser Asn Lys Pro Glu Ala Gly Asp Arg Arg Ile Phe Met Asp Pro Ala

                    165                 170                 175

    Ser Phe Val Ala Glu Glu Leu Asn Leu Gly Ala Leu His Tyr Ser Val

                180                 185                 190

    Asp Ala Ala Cys Ala Thr Ala Leu Tyr Val Leu Arg Leu Ala Gln Asp

            195                 200                 205

    His Leu Val Ser Gly Ala Ala Asp Val Met Leu Cys Gly Ala Thr Cys

        210                 215                 220

    Leu Pro Glu Pro Phe Phe Ile Leu Ser Gly Phe Ser Thr Phe Gln Ala

    225                 230                 235                 240

    Met Pro Val Gly Thr Gly Gln Asn Val Ser Met Pro Leu His Lys Asp

                    245                 250                 255

    Ser Gln Gly Leu Thr Pro Gly Glu Gly Gly Ser Ile Met Val Leu Lys

                260                 265                 270

    Arg Leu Asp Asp Ala Ile Arg Asp Gly Asp His Ile Tyr Gly Thr Leu

            275                 280                 285

    Leu Gly Ala Asn Val Ser Asn Ser Gly Thr Gly Leu Pro Leu Lys Pro

        290                 295                 300

    Leu Leu Pro Ser Glu Lys Lys Cys Leu Met Asp Thr Tyr Thr Arg Ile

    305                 310                 315                 320

    Asn Val His Pro His Lys Ile Gln Tyr Val Glu Cys His Ala Thr Gly

                    325                 330                 335

    Thr Pro Gln Gly Asp Arg Val Glu Ile Asp Ala Val Lys Ala Cys Phe

                340                 345                 350

    Glu Gly Lys Val Pro Arg Phe Gly Thr Thr Lys Gly Asn Phe Gly His

            355                 360                 365

    Thr Xaa Xaa Ala Ala Gly Phe Ala Gly Met Cys Lys Val Leu Leu Ser

        370                 375                 380

    Met Lys His Gly Ile Ile Pro Pro Thr Pro Gly Ile Asp Asp Glu Thr

    385                 390                 395                 400

    Lys Met Asp Pro Leu Val Val Ser Gly Glu Ala Ile Pro Trp Pro Glu

                    405                 410                 415

    Thr Asn Gly Glu Pro Lys Arg Ala Gly Leu Ser Ala Phe Gly Phe Gly

                420                 425                 430

    Gly Thr Asn Ala His Ala Val Phe Glu Glu His Asp Pro Ser Asn Ala

            435                 440                 445

    Ala Cys

        450

    <210>21

    <211>1323

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(1323)

    <223>

    <400>21

    tcg gcc cgc tgc ggc ggt gaa agc aac atg cgc atc gcc atc act ggt      48

    Ser Ala Arg Cys Gly Gly Glu Ser Asn Met Arg Ile Ala Ile Thr Gly

    1               5                   10                  15

    atg gac gcc acc ttt ggc gct ctc aag gga ctc gac gcc ttc gag cgc      96

    Met Asp Ala Thr Phe Gly Ala Leu Lys Gly Leu Asp Ala Phe Glu Arg

                20                  25                  30

    gcc att tac acc ggc gct cac ggt gcc atc cca ctc cca gaa aag cgc      144

    Ala Ile Tyr Thr Gly Ala His Gly Ala Ile Pro Leu Pro Glu Lys Arg

            35                  40                  45

    tgg cgc ttt ctc ggc aag gac aag gac ttt ctt gac ctc tgc ggc gtc      192

    Trp Arg Phe Leu Gly Lys Asp Lys Asp Phe Leu Asp Leu Cys Gly Val

        50                  55                  60

    aag gcc acc ccg cac ggc tgc tac att gaa gat gtt gag gtc gac ttc      240

    Lys Ala Thr Pro His Gly Cys Tyr Ile Glu Asp Val Glu Val Asp Phe

    65                  70                  75                  80

    cag cgc ctc cgc acg ccc atg acc cct gaa gac atg ctc ctc cct cag      288

    Gln Arg Leu Arg Thr Pro Met Thr Pro Glu Asp Met Leu Leu Pro Gln

                    85                  90                  95

    cag ctt ctg gcc gtc acc acc att gac cgc gcc atc ctc gac tcg gga      336

    Gln Leu Leu Ala Val Thr Thr Ile Asp Arg Ala Ile Leu Asp Ser Gly

                100                 105                 110

    atg aaa aag ggt ggc aat gtc gcc gtc ttt gtc ggc ctc ggc acc gac      384

    Met Lys Lys Gly Gly Asn Val Ala Val Phe Val Gly Leu Gly Thr Asp

            115                 120                 125

    ctc gag ctc tac cgt cac cgt gct cgc gtc gct ctc aag gag cgc gtc      432

    Leu Glu Leu Tyr Arg His Arg Ala Arg Val Ala Leu Lys Glu Arg Val

        130                 135                 140

    cgc cct gaa gcc tcc aag aag ctc aat gac atg atg cag tac att aac      480

    Arg Pro Glu Ala Ser Lys Lys Leu Asn Asp Met Met Gln Tyr Ile Asn

    145                 150                 155                 160

    gac tgc ggc aca tcc aca tcg tac acc tcg tac att ggc aac ctc gtc      528

    Asp Cys Gly Thr Ser Thr Ser Tyr Thr Ser Tyr Ile Gly Asn Leu Val

                    165                 170                 175

    gcc acg cgc gtc tcg tcg cag tgg ggc ttc acg ggc ccc tcc ttt acg      576

    Ala Thr Arg Val Ser Ser Gln Trp Gly Phe Thr Gly Pro Ser Phe Thr

                180                 185                 190

    atc acc gag ggc aac aac tcc gtc tac cgc tgc gcc gag ctc ggc aag      624

    Ile Thr Glu Gly Asn Asn Ser Val Tyr Arg Cys Ala Glu Leu Gly Lys

            195                 200                 205

    tac ctc ctc gag acc ggc gag gtc gat ggc gtc gtc gtt gcg ggt gtc      672

    Tyr Leu Leu Glu Thr Gly Glu Val Asp Gly Val Val Val Ala Gly Val

        210                 215                 220

    gat ctc tgc ggc agt gcc gaa aac ctt tac gtc aag tct cgc cgc ttc      720

    Asp Leu Cys Gly Ser Ala Glu Asn Leu Tyr Val Lys Ser Arg Arg Phe

    225                 230                 235                 240

    aag gtg tcc acc tcc gat acc ccg cgc gcc agc ttt gac gcc gcc gcc      768

    Lys Val Ser Thr Ser Asp Thr Pro Arg Ala Ser Phe Asp Ala Ala Ala

                    245                 250                 255

    gat ggc tac ttt gtc ggc gag ggc tgc ggt gcc ttt gtg ctc aag cgt      816

    Asp Gly Tyr Phe Val Gly Glu Gly Cys Gly Ala Phe Val Leu Lys Arg

                260                 265                 270

    gag act agc tgc acc aag gac gac cgt atc tac gct tgc atg gat gcc      864

    Glu Thr Ser Cys Thr Lys Asp Asp Arg Ile Tyr Ala Cys Met Asp Ala

            275                 280                 285

    atc gtc cct ggc aac gtc cct agc gcc tgc ttg cgc gag gcc ctc gac      912

    Ile Val Pro Gly Asn Val Pro Ser Ala Cys Leu Arg Glu Ala Leu Asp

        290                 295                 300

    cag gcg cgc gtc aag ccg ggc gat atc gag atg ctc gag ctc agc gcc      960

    Gln Ala Arg Val Lys Pro Gly Asp Ile Glu Met Leu Glu Leu Ser Ala

    305                 310                 315                 320

    gac tcc gcc cgc cac ctc aag gac ccg tcc gtc ctg ccc aag gag ctc     1008

    Asp Ser Ala Arg His Leu Lys Asp Pro Ser Val Leu Pro Lys Glu Leu

                    325                 330                 335

    act gcc gag gag gaa atc ggc ggc ctt cag acg atc ctt cgt gac gat     1056

    Thr Ala Glu Glu Glu Ile Gly Gly Leu Gln Thr Ile Leu Arg Asp Asp

                340                 345                 350

    gac aag ctc ccg cgc aac gtc gca acg ggc agt gtc aag gcc acc gtc     1104

    Asp Lys Leu Pro Arg Asn Val Ala Thr Gly Ser Val Lys Ala Thr Val

            355                 360                 365

    ggt gac acc ggt tat gcc tct ggt gct gcc agc ctc atc aag gct gcg     1152

    Gly Asp Thr Gly Tyr Ala Ser Gly Ala Ala Ser Leu Ile Lys Ala Ala

        370                 375                 380

    ctt tgc atc tac aac cgc tac ctg ccc agc aac ggc gac gac tgg gat      1200

    Leu Cys Ile Tyr Asn Arg Tyr Leu Pro Ser Asn Gly Asp Asp Trp Asp

    385                 390                 395                 400

    gaa ccc gcc cct gag gcg ccc tgg gac agc acc ctc ttt gcg tgc cag      1248

    Glu Pro Ala Pro Glu Ala Pro Trp Asp Ser Thr Leu Phe Ala Cys Gln

                    405                 410                 415

    acc tcg cgc gct tgg ctc aag aac cct ggc gag cgt cgc tat gcg gcc      1296

    Thr Ser Arg Ala Trp Leu Lys Asn Pro Gly Glu Arg Arg Tyr Ala Ala

                420                 425                 430

    gtc tcg ggc gtc tcc gag acg cgc tcg                                  1323

    Val Ser Gly Val Ser Glu Thr Arg Ser

            435                 440

    <210>22

    <211>441

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>22

    Ser Ala Arg Cys Gly Gly Glu Ser Asn Met Arg Ile Ala Ile Thr Gly

    1               5                   10                  15

    Met Asp Ala Thr Phe Gly Ala Leu Lys Gly Leu Asp Ala Phe Glu Arg

                20                  25                  30

    Ala Ile Tyr Thr Gly Ala His Gly Ala Ile Pro Leu Pro Glu Lys Arg

            35                  40                  45

    Trp Arg Phe Leu Gly Lys Asp Lys Asp Phe Leu Asp Leu Cys Gly Val

        50                  55                  60

    Lys Ala Thr Pro His Gly Cys Tyr Ile Glu Asp Val Glu Val Asp Phe

    65                  70                  75                  80

    Gln Arg Leu Arg Thr Pro Met Thr Pro Glu Asp Met Leu Leu Pro Gln

                    85                  90                  95

    Gln Leu Leu Ala Val Thr Thr Ile Asp Arg Ala Ile Leu Asp Ser Gly

                100                 105                 110

    Met Lys Lys Gly Gly Asn Val Ala Val Phe Val Gly Leu Gly Thr Asp

            115                 120                 125

    Leu Glu Leu Tyr Arg His Arg Ala Arg Val Ala Leu Lys Glu Arg Val

        130                 135                 140

    Arg Pro Glu Ala Ser Lys Lys Leu Asn Asp Met Met Gln Tyr Ile Asn

    145                 150                 155                 160

    Asp Cys Gly Thr Ser Thr Ser Tyr Thr Ser Tyr Ile Gly Asn Leu Val

                    165                 170                 175

    Ala Thr Arg Val Ser Ser Gln Trp Gly Phe Thr Gly Pro Ser Phe Thr

                180                 185                 190

    Ile Thr Glu Gly Asn Asn Ser Val Tyr Arg Cys Ala Glu Leu Gly Lys

            195                 200                 205

    Tyr Leu Leu Glu Thr Gly Glu Val Asp Gly Val Val Val Ala Gly Val

        210                 215                 220

    Asp Leu Cys Gly Ser Ala Glu Asn Leu Tyr Val Lys Ser Arg Arg Phe

    225                 230                 235                 240

    Lys Val Ser Thr Ser Asp Thr Pro Arg Ala Ser Phe Asp Ala Ala Ala

                    245                 250                 255

    Asp Gly Tyr Phe Val Gly Glu Gly Cys Gly Ala Phe Val Leu Lys Arg

                260                 265                 270

    Glu Thr Ser Cys Thr Lys Asp Asp Arg Ile Tyr Ala Cys Met Asp Ala

            275                 280                 285

    Ile Val Pro Gly Asn Val Pro Ser Ala Cys Leu Arg Glu Ala Leu Asp

        290                 295                 300

    Gln Ala Arg Val Lys Pro Gly Asp Ile Glu Met Leu Glu Leu Ser Ala

    305                 310                 315                 320

    Asp Ser Ala Arg His Leu Lys Asp Pro Ser Val Leu Pro Lys Glu Leu

                    325                 330                 335

    Thr Ala Glu Glu Glu Ile Gly Gly Leu Gln Thr Ile Leu Arg Asp Asp

                340                 345                 350

    Asp Lys Leu Pro Arg Asn Val Ala Thr Gly Ser Val Lys Ala Thr Val

            355                 360                 365

    Gly Asp Thr Gly Tyr Ala Ser Gly Ala Ala Ser Leu Ile Lys Ala Ala

        370                 375                 380

    Leu Cys Ile Tyr Asn Arg Tyr Leu Pro Ser Asn Gly Asp Asp Trp Asp

    385                 390                 395                 400

    Glu Pro Ala Pro Glu Ala Pro Trp Asp Ser Thr Leu Phe Ala Cys Gln

                    405                 410                 415

    Thr Ser Arg Ala Trp Leu Lys Asn Pro Gly Glu Arg Arg Tyr Ala Ala

                420                 425                 430

    Val Ser Gly Val Ser Glu Thr Arg Ser

            435                 440

    <210>23

    <211>1500

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(1500)

    <223>

    <400>23

    tgc tat tcc gtg ctc ctc tcc gaa gcc gag ggc cac tac gag cgc gag       48

    Cys Tyr Ser Val Leu Leu Ser Glu Ala Glu Gly His Tyr Glu Arg Glu

    1               5                   10                  15

    aac cgc atc tcg ctc gac gag gag gcg ccc aag ctc att gtg ctt cgc       96

    Asn Arg Ile Ser Leu Asp Glu Glu Ala Pro Lys Leu Ile Val Leu Arg

                20                  25                  30

    gcc gac tcc cac gag gag atc ctt ggt cgc ctc gac aag atc cgc gag      144

    Ala Asp Ser His Glu Glu Ile Leu Gly Arg Leu Asp Lys Ile Arg Glu

            35                  40                  45

    cgc ttc ttg cag ccc acg ggc gcc gcc ccg cgc gag tcc gag ctc aag      192

    Arg Phe Leu Gln Pro Thr Gly Ala Ala Pro Arg Glu Ser Glu Leu Lys

        50                  55                  60

    gcg cag gcc cgc cgc atc ttc ctc gag ctc ctc ggc gag acc ctt gcc      240

    Ala Gln Ala Arg Arg Ile Phe Leu Glu Leu Leu Gly Glu Thr Leu Ala

    65                  70                  75                  80

    cag gat gcc gct tct tca ggc tcg caa aag ccc ctc gct ctc agc ctc      288

    Gln Asp Ala Ala Ser Ser Gly Ser Gln Lys Pro Leu Ala Leu Ser Leu

                    85                  90                  95

    gtc tcc acg ccc tcc aag ctc cag cgc gag gtc gag ctc gcg gcc aag      336

    Val Ser Thr Pro Ser Lys Leu Gln Arg Glu Val Glu Leu Ala Ala Lys

                100                 105                 110

    ggt atc ccg cgc tgc ctc aag atg cgc cgc gat tgg agc tcc cct gct      384

    Gly Ile Pro Arg Cys Leu Lys Met Arg Arg Asp Trp Ser Ser Pro Ala

            115                 120                 125

    ggc agc cgc tac gcg cct gag ccg ctc gcc agc gac cgc gtc gcc ttc      432

    Gly Ser Arg Tyr Ala Pro Glu Pro Leu Ala Ser Asp Arg Val Ala Phe

        130                 135                 140

    atg tac ggc gaa ggt cgc agc cct tac tac ggc atc acc caa gac att      480

    Met Tyr Gly Glu Gly Arg Ser Pro Tyr Tyr Gly Ile Thr Gln Asp Ile

    145                 150                 155                 160

    cac cgc att tgg ccc gaa ctc cac gag gtc atc aac gaa aag acg aac      528

    His Arg Ile Trp Pro Glu Leu His Glu Val Ile Asn Glu Lys Thr Asn

                    165                 170                 175

    cgt ctc tgg gcc gaa ggc gac cgc tgg gtc atg ccg cgc gcc agc ttc      576

    Arg Leu Trp Ala Glu Gly Asp Arg Trp Val Met Pro Arg Ala Ser Phe

                180                 185                 190

    aag tcg gag ctc gag agc cag cag caa gag ttt gat cgc aac atg att      624

    Lys Ser Glu Leu Glu Ser Gln Gln Gln Glu Phe Asp Arg Asn Met Ile

            195                 200                 205

    gaa atg ttc cgt ctt gga atc ctc acc tca att gcc ttc acc aat ctg      672

    Glu Met Phe Arg Leu Gly Ile Leu Thr Ser Ile Ala Phe Thr Asn Leu

        210                 215                 220

    gcg cgc gac gtt ctc aac atc acg ccc aag gcc gcc ttt ggc ctc agt      720

    Ala Arg Asp Val Leu Asn Ile Thr Pro Lys Ala Ala Phe Gly Leu Ser

    225                 230                 235                 240

    ctt ggc gag att tcc atg att ttt gcc ttt tcc aag aag aac ggt ctc      768

    Leu Gly Glu Ile Ser Met Ile Phe Ala Phe Ser Lys Lys Asn Gly Leu

                    245                 250                 255

    atc tcc gac cag ctc acc aag gat ctt cgc gag tcc gac gtg tgg aac      816

    Ile Ser Asp Gln Leu Thr Lys Asp Leu Arg Glu Ser Asp Val Trp Asn

                260                 265                 270

    aag gct ctg gcc gtt gaa ttt aat gcg ctg cgc gag gcc tgg ggc att      864

    Lys Ala Leu Ala Val Glu Phe Asn Ala Leu Arg Glu Ala Trp Gly Ile

            275                 280                 285

    cca cag agt gtc ccc aag gac gag ttc tgg caa ggc tac att gtg cgc      912

    Pro Gln Ser Val Pro Lys Asp Glu Phe Trp Gln Gly Tyr Ile Val Arg

        290                 295                 300

    ggc acc aag cag gat atc gag gcg gcc atc gcc ccg gac agc aag tac      960

    Gly Thr Lys Gln Asp Ile Glu Ala Ala Ile Ala Pro Asp Ser Lys Tyr

    305                 310                 315                 320

    gtg cgc ctc acc atc atc aat gat gcc aac acc gcc ctc att agc ggc     1008

    Val Arg Leu Thr Ile Ile Asn Asp Ala Asn Thr Ala Leu Ile Ser Gly

                    325                 330                 335

    aag ccc gac gcc tgc aag gct gcg atc gcg cgt ctc ggt ggc aac att     1056

    Lys Pro Asp Ala Cys Lys Ala Ala Ile Ala Arg Leu Gly Gly Asn Ile

                340                 345                 350

    cct gcg ctt ccc gtg acc cag ggc atg tgc ggc cac tgc ccc gag gtg     1104

    Pro Ala Leu Pro Val Thr Gln Gly Met Cys Gly His Cys Pro Glu Val

            355                 360                 365

    gga cct tat acc aag gat atc gcc aag atc cat gcc aac ctt gag ttc     1152

    Gly Pro Tyr Thr Lys Asp Ile Ala Lys Ile His Ala Asn Leu Glu Phe

        370                 375                 380

    ccc gtt gtc gac ggc ctt gac ctc tgg acc aca atc aac cag aag cgc     1200

    Pro Val Val Asp Gly Leu Asp Leu Trp Thr Thr Ile Asn Gln Lys Arg

    385                 390                 395                 400

    ctc gtg cca cgc gcc acg ggc gcc aag gac gaa tgg gcc cct tct tcc     1248

    Leu Val Pro Arg Ala Thr Gly Ala Lys Asp Glu Trp Ala Pro Ser Ser

                    405                 410                 415

    ttt ggc gag tac gcc ggc cag ctc tac gag aag cag gct aac ttc ccc     1296

    Phe Gly Glu Tyr Ala Gly Gln Leu Tyr Glu Lys Gln Ala Asn Phe Pro

                420                 425                 430

    caa atc gtc gag acc att tac aag caa aac tac gac gtc ttt gtc gag     1344

    Gln Ile Val Glu Thr Ile Tyr Lys Gln Asn Tyr Asp Val Phe Val Glu

            435                 440                 445

    gtt ggg ccc aac aac cac cgt agc acc gca gtg cgc acc acg ctt ggt      1392

    Val Gly Pro Asn Asn His Arg Ser Thr Ala Val Arg Thr Thr Leu Gly

        450                 455                 460

    ccc cag cgc aac cac ctt gct ggc gcc atc gac aag cag aac gag gat      1440

    Pro Gln Arg Asn His Leu Ala Gly Ala Ile Asp Lys Gln Asn Glu Asp

    465                 470                 475                 480

    gct tgg acg acc atc gtc aag ctt gtg gct tcg ctc aag gcc cac ctt      1488

    Ala Trp Thr Thr Ile Val Lys Leu Val Ala Ser Leu Lys Ala His Leu

                    485                 490                 495

    gtt cct ggc gtc                                                      1500

    Val Pro Gly Val

                500

    <210>24

    <211>500

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>24

    Cys Tyr Ser Val Leu Leu Ser Glu Ala Glu Gly His Tyr Glu Arg Glu

    1               5                   10                  15

    Asn Arg Ile Ser Leu Asp Glu Glu Ala Pro Lys Leu Ile Val Leu Arg

                20                  25                  30

    Ala Asp Ser His Glu Glu Ile Leu Gly Arg Leu Asp Lys Ile Arg Glu

            35                  40                  45

    Arg Phe Leu Gln Pro Thr Gly Ala Ala Pro Arg Glu Ser Glu Leu Lys

        50                  55                  60

    Ala Gln Ala Arg Arg Ile Phe Leu Glu Leu Leu Gly Glu Thr Leu Ala

    65                  70                  75                  80

    Gln Asp Ala Ala Ser Ser Gly Ser Gln Lys Pro Leu Ala Leu Ser Leu

                    85                  90                  95

    Val Ser Thr Pro Ser Lys Leu Gln Arg Glu Val Glu Leu Ala Ala Lys

                100                 105                 110

    Gly Ile Pro Arg Cys Leu Lys Met Arg Arg Asp Trp Ser Ser Pro Ala

            115                 120                 125

    Gly Ser Arg Tyr Ala Pro Glu Pro Leu Ala Ser Asp Arg Val Ala Phe

        130                 135                 140

    Met Tyr Gly Glu Gly Arg Ser Pro Tyr Tyr Gly Ile Thr Gln Asp Ile

    145                 150                 155                 160

    His Arg Ile Trp Pro Glu Leu His Glu Val Ile Asn Glu Lys Thr Asn

                    165                 170                 175

    Arg Leu Trp Ala Glu Gly Asp Arg Trp Val Met Pro Arg Ala Ser Phe

                180                 185                 190

    Lys Ser Glu Leu Glu Ser Gln Gln Gln Glu Phe Asp Arg Asn Met Ile

            195                 200                 205

    Glu Met Phe Arg Leu Gly Ile Leu Thr Ser Ile Ala Phe Thr Asn Leu

        210                 215                 220

    Ala Arg Asp Val Leu Asn Ile Thr Pro Lys Ala Ala Phe Gly Leu Ser

    225                 230                 235                 240

    Leu Gly Glu Ile Ser Met Ile Phe Ala Phe Ser Lys Lys Asn Gly Leu

                    245                 250                 255

    Ile Ser Asp Gln Leu Thr Lys Asp Leu Arg Glu Ser Asp Val Trp Asn

                260                 265                 270

    Lys Ala Leu Ala Val Glu Phe Asn Ala Leu Arg Glu Ala Trp Gly Ile

            275                 280                 285

    Pro Gln Ser Val Pro Lys Asp Glu Phe Trp Gln Gly Tyr Ile Val Arg

        290                 295                 300

    Gly Thr Lys Gln Asp Ile Glu Ala Ala Ile Ala Pro Asp Ser Lys Tyr

    305                 310                 315                 320

    Val Arg Leu Thr Ile Ile Asn Asp Ala Asn Thr Ala Leu Ile Ser Gly

                    325                 330                 335

    Lys Pro Asp Ala Cys Lys Ala Ala Ile Ala Arg Leu Gly Gly Asn Ile

                340                 345                 350

    Pro Ala Leu Pro Val Thr Gln Gly Met Cys Gly His Cys Pro Glu Val

            355                 360                 365

    Gly Pro Tyr Thr Lys Asp Ile Ala Lys Ile His Ala Asn Leu Glu Phe

        370                 375                 380

    Pro Val Val Asp Gly Leu Asp Leu Trp Thr Thr Ile Asn Gln Lys Arg

    385                 390                 395                 400

    Leu Val Pro Arg Ala Thr Gly Ala Lys Asp Glu Trp Ala Pro Ser Ser

                    405                 410                 415

    Phe Gly Glu Tyr Ala Gly Gln Leu Tyr Glu Lys Gln Ala Asn Phe Pro

                420                 425                 430

    Gln Ile Val Glu Thr Ile Tyr Lys Gln Asn Tyr Asp Val Phe Val Glu

            435                 440                 445

    Val Gly Pro Asn Asn His Arg Ser Thr Ala Val Arg Thr Thr Leu Gly

        450                 455                 460

    Pro Gln Arg Asn His Leu Ala Gly Ala Ile Asp Lys Gln Asn Glu Asp

    465                 470                 475                 480

    Ala Trp Thr Thr Ile Val Lys Leu Val Ala Ser Leu Lys Ala His Leu

                    485                 490                 495

    Val Pro Gly Val

                500

    <210>25

    <211>1530

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(1530)

    <223>

    <400>25

    ctg ctc gat ctc gac agt atg ctt gcg ctg agc tct gcc agt gcc tcc       48

    Leu Leu Asp Leu Asp Ser Met Leu Ala Leu Ser Ser Ala Ser Ala Ser

    1               5                   10                  15

    ggc aac ctt gtt gag act gcg cct agc gac gcc tcg gtc att gtg ccg       96

    Gly Asn Leu Val Glu Thr Ala Pro Ser Asp Ala Ser Val Ile Val Pro

                20                  25                  30

    ccc tgc aac att gcg gat ctc ggc agc cgc gcc ttc atg aaa acg tac      144

    Pro Cys Asn Ile Ala Asp Leu Gly Ser Arg Ala Phe Met Lys Thr Tyr

            35                  40                  45

    ggt gtt tcg gcg cct ctg tac acg ggc gcc atg gcc aag ggc att gcc      192

    Gly Val Ser Ala Pro Leu Tyr Thr Gly Ala Met Ala Lys Gly Ile Ala

        50                  55                  60

    tct gcg gac ctc gtc att gcc gcc ggc cgc cag ggc atc ctt gcg tcc      240

    Ser Ala Asp Leu Val Ile Ala Ala Gly Arg Gln Gly Ile Leu Ala Ser

    65                  70                  75                  80

    ttt ggc gcc ggc gga ctt ccc atg cag gtt gtg cgt gag tcc atc gaa      288

    Phe Gly Ala Gly Gly Leu Pro Met Gln Val Val Arg Glu Ser Ile Glu

                    85                  90                  95

    aag att cag gcc gcc ctg ccc aat ggc ccg tac gct gtc aac ctt atc      336

    Lys Ile Gln Ala Ala Leu Pro Asn Gly Pro Tyr Ala Val Asn Leu Ile

                100                 105                 110

    cat tct ccc ttt gac agc aac ctc gaa aag ggc aat gtc gat ctc ttc      384

    His Ser Pro Phe Asp Ser Asn Leu Glu Lys Gly Asn Val Asp Leu Phe

            115                 120                 125

    ctc gag aag ggt gtc acc ttt gtc gag gcc tcg gcc ttt atg acg ctc      432

    Leu Glu Lys Gly Val Thr Phe Val Glu Ala Ser Ala Phe Met Thr Leu

        130                 135                 140

    acc ccg cag gtc gtg cgg tac cgc gcg gct ggc ctc acg cgc aac gcc      480

    Thr Pro Gln Val Val Arg Tyr Arg Ala Ala Gly Leu Thr Arg Asn Ala

    145                 150                 155                 160

    gac ggc tcg gtc aac atc cgc aac cgt atc att ggc aag gtc tcg cgc      528

    Asp Gly Ser Val Asn Ile Arg Asn Arg Ile Ile Gly Lys Val Ser Arg

                    165                 170                 175

    acc gag ctc gcc gag atg ttc atg cgt cct gcg ccc gag cac ctt ctt      576

    Thr Glu Leu Ala Glu Met Phe Met Arg Pro Ala Pro Glu His Leu Leu

                180                 185                 190

    cag aag ctc att gct tcc ggc gag atc aac cag gag cag gcc gag ctc      624

    Gln Lys Leu Ile Ala Ser Gly Glu Ile Asn Gln Glu Gln Ala Glu Leu

            195                 200                 205

    gcc cgc cgt gtt ccc gtc gct gac gac atc gcg gtc gaa gct gac tcg      672

    Ala Arg Arg Val Pro Val Ala Asp Asp Ile Ala Val Glu Ala Asp Ser

        210                 215                 220

    ggt ggc cac acc gac aac cgc ccc atc cac gtc att ctg ccc ctc atc      720

    Gly Gly His Thr Asp Asn Arg Pro Ile His Val Ile Leu Pro Leu Ile

    225                 230                 235                 240

    atc aac ctt cgc gac cgc ctt cac cgc gag tgc ggc tac ccg gcc aac      768

    Ile Asn Leu Arg Asp Arg Leu His Arg Glu Cys Gly Tyr Pro Ala Asn

                    245                 250                 255

    ctt cgc gtc cgt gtg ggc gcc ggc ggt ggc att ggg tgc ccc cag gcg      816

    Leu Arg Val Arg Val Gly Ala Gly Gly Gly Ile Gly Cys Pro Gln Ala

                260                 265                 270

    gcg ctg gcc acc ttc aac atg ggt gcc tcc ttt att gtc acc ggc acc      864

    Ala Leu Ala Thr Phe Asn Met Gly Ala Ser Phe Ile Val Thr Gly Thr

            275                 280                 285

    gtg aac cag gtc gcc aag cag tcg ggc acg tgc gac aat gtg cgc aag      912

    Val Asn Gln Val Ala Lys Gln Ser Gly Thr Cys Asp Asn Val Arg Lys

        290                 295                 300

    cag ctc gcg aag gcc act tac tcg gac gta tgc atg gcc ccg gct gcc      960

    Gln Leu Ala Lys Ala Thr Tyr Ser Asp Val Cys Met Ala Pro Ala Ala

    305                 310                 315                 320

    gac atg ttc gag gaa ggc gtc aag ctt cag gtc ctc aag aag gga acc     1008

    Asp Met Phe Glu Glu Gly Val Lys Leu Gln Val Leu Lys Lys Gly Thr

                    325                 330                 335

    atg ttt ccc tcg cgc gcc aac aag ctc tac gag ctc ttt tgc aag tac     1056

    Met Phe Pro Ser Arg Ala Asn Lys Leu Tyr Glu Leu Phe Cys Lys Tyr

                340                 345                 350

    gac tcg ttc gag tcc atg ccc ccc gca gag ctt gcg cgc gtc gag aag     1104

    Asp Ser Phe Glu Ser Met Pro Pro Ala Glu Leu Ala Arg Val Glu Lys

            355                 360                 365

    cgc atc ttc agc cgc gcg ctc gaa gag gtc tgg gac gag acc aaa aac     1152

    Arg Ile Phe Ser Arg Ala Leu Glu Glu Val Trp Asp Glu Thr Lys Asn

        370                 375                 380

    ttt tac att aac cgt ctt cac aac ccg gag aag atc cag cgc gcc gag     1200

    Phe Tyr Ile Asn Arg Leu His Asn Pro Glu Lys Ile Gln Arg Ala Glu

    385                 390                 395                 400

    cgc gac ccc aag ctc aag atg tcg ctg tgc ttt cgc tgg tac ctg agc      1248

    Arg Asp Pro Lys Leu Lys Met Ser Leu Cys Phe Arg Trp Tyr Leu Ser

                    405                 410                 415

    ctg gcg agc cgc tgg gcc aac act gga gct tcc gat cgc gtc atg gac      1296

    Leu Ala Ser Arg Trp Ala Asn Thr Gly Ala Ser Asp Arg Val Met Asp

                420                 425                 430

    tac cag gtc tgg tgc ggt cct gcc att ggt tcc ttc aac gat ttc atc      1344

    Tyr Gln Val Trp Cys Gly Pro Ala Ile Gly Ser Phe Asn Asp Phe Ile

            435                 440                 445

    aag gga act tac ctt gat ccg gcc gtc gca aac gag tac ccg tgc gtc      1392

    Lys Gly Thr Tyr Leu Asp Pro Ala Val Ala Asn Glu Tyr Pro Cys Val

        450                 455                 460

    gtt cag att aac aag cag atc ctt cgt gga gcg tgc ttc ttg cgc cgt      1440

    Val Gln Ile Asn Lys Gln Ile Leu Arg Gly Ala Cys Phe Leu Arg Arg

    465                 470                 475                 480

    ctc gaa att ctg cgc aac gca cgc ctt tcc gat ggc gct gcc gct ctt      1488

    Leu Glu Ile Leu Arg Asn Ala Arg Leu Ser Asp Gly Ala Ala Ala Leu

                    485                 490                 495

    gtg gcc agc atc gat gac aca tac gtc ccg gcc gag aag ctg              1530

    Val Ala Ser Ile Asp Asp Thr Tyr Val Pro Ala Glu Lys Leu

                500                 505                 510

    <210>26

    <211>510

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>26

    Leu Leu Asp Leu Asp Ser Met Leu Ala Leu Ser Ser Ala Ser Ala Ser

    1               5                   10                  15

    Gly Asn Leu Val Glu Thr Ala Pro Ser Asp Ala Ser Val Ile Val Pro

                20                  25                  30

    Pro Cys Asn Ile Ala Asp Leu Gly Ser Arg Ala Phe Met Lys Thr Tyr

            35                  40                  45

    Gly Val Ser Ala Pro Leu Tyr Thr Gly Ala Met Ala Lys Gly Ile Ala

        50                  55                  60

    Ser Ala Asp Leu Val Ile Ala Ala Gly Arg Gln Gly Ile Leu Ala Ser

    65                  70                  75                  80

    Phe Gly Ala Gly Gly Leu Pro Met Gln Val Val Arg Glu Ser Ile Glu

                    85                  90                  95

    Lys Ile Gln Ala Ala Leu Pro Asn Gly Pro Tyr Ala Val Asn Leu Ile

                100                 105                 110

    His Ser Pro Phe Asp Ser Asn Leu Glu Lys Gly Asn Val Asp Leu Phe

            115                 120                 125

    Leu Glu Lys Gly Val Thr Phe Val Glu Ala Ser Ala Phe Met Thr Leu

        130                 135                 140

    Thr Pro Gln Val Val Arg Tyr Arg Ala Ala Gly Leu Thr Arg Asn Ala

    145                 150                 155                 160

    Asp Gly Ser Val Asn Ile Arg Asn Arg Ile Ile Gly Lys Val Ser Arg

                    165                 170                 175

    Thr Glu Leu Ala Glu Met Phe Met Arg Pro Ala Pro Glu His Leu Leu

                180                 185                 190

    Gln Lys Leu Ile Ala Ser Gly Glu Ile Asn Gln Glu Gln Ala Glu Leu

            195                 200                 205

    Ala Arg Arg Val Pro Val Ala Asp Asp Ile Ala Val Glu Als Asp Ser

        210                 215                 220

    Gly Gly His Thr Asp Asn Arg Pro Ile His Val Ile Leu Pro Leu Ile

    225                 230                 235                 240

    Ile Asn Leu Arg Asp Arg Leu His Arg Glu Cys Gly Tyr Pro Ala Asn

                    245                 250                 255

    Leu Arg Val Arg Val Gly Ala Gly Gly Gly Ile Gly Cys Pro Gln Ala

                260                 265                 270

    Ala Leu Ala Thr Phe Asn Met Gly Ala Ser Phe Ile Val Thr Gly Thr

            275                 280                 285

    Val Asn Gln Val Ala Lys Gln Ser Gly Thr Cys Asp Asn Val Arg Lys

        290                 295                 300

    Gln Leu Ala Lys Ala Thr Tyr Ser Asp Val Cys Met Ala Pro Ala Ala

    305                 310                 315                 320

    Asp Met Phe Glu Glu Gly Val Lys Leu Gln Val Leu Lys Lys Gly Thr

                    325                 330                 335

    Met Phe Pro Ser Arg Ala Asn Lys Leu Tyr Glu Leu Phe Cys Lys Tyr

                340                 345                 350

    Asp Ser Phe Glu Ser Met Pro Pro Ala Glu Leu Ala Arg Val Glu Lys

            355                 360                 365

    Arg Ile Phe Ser Arg Ala Leu Glu Glu Val Trp Asp Glu Thr Lys Asn

        370                 375                 380

    Phe Tyr Ile Asn Arg Leu His Asn Pro Glu Lys Ile Gln Arg Ala Glu

    385                 390                 395                 400

    Arg Asp Pro Lys Leu Lys Met Ser Leu Cys Phe Arg Trp Tyr Leu Ser

                    405                 410                 415

    Leu Ala Ser Arg Trp Ala Asn Thr Gly Ala Ser Asp Arg Val Met Asp

                420                 425                 430

    Tyr Gln Val Trp Cys Gly Pro Ala Ile Gly Ser Phe Asn Asp Phe Ile

            435                 440                 445

    Lys Gly Thr Tyr Leu Asp Pro Ala Val Ala Asn Glu Tyr Pro Cys Val

        450                 455                 460

    Val Gln Ile Asn Lys Gln Ile Leu Arg Gly Ala Cys Phe Leu Arg Arg

    465                 470                 475                 480

    Leu Glu Ile Leu Arg Asn Ala Arg Leu Ser Asp Gly Ala Ala Ala Leu

                    485                 490                 495

    Val Ala Ser Ile Asp Asp Thr Tyr Val Pro Ala Glu Lys Leu

                500                 505                 510

    <210>27

    <211>4512

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(4512)

    <223>

    <400>27

    atg gcg ctc cgt gtc aag acg aac aag aag cca tgc tgg gag atg acc      48

    Met Ala Leu Arg Val Lys Thr Asn Lys Lys Pro Cys Trp Glu Met Thr

    1               5                   10                  15

    aag gag gag ctg acc agc ggc aag acc gag gtg ttc aac tat gag gaa      96

    Lys Glu Glu Leu Thr Ser Gly Lys Thr Glu Val Phe Asn Tyr Glu Glu

                20                  25                  30

    ctc ctc gag ttc gca gag ggc gac atc gcc aag gtc ttc gga ccc gag      144

    Leu Leu Glu Phe Ala Glu Gly Asp Ile Ala Lys Val Phe Gly Pro Glu

            35                  40                  45

    ttc gcc gtc atc gac aag tac ccg cgc cgc gtg cgc ctg ccc gcc cgc      192

    Phe Ala Val Ile Asp Lys Tyr Pro Arg Arg Val Arg Leu Pro Ala Arg

        50                  55                  60

    gag tac ctg ctc gtg acc cgc gtc acc ctc atg gac gcc gag gtc aac      240

    Glu Tyr Leu Leu Val Thr Arg Val Thr Leu Met Asp Ala Glu Val Asn

    65                  70                  75                  80

    aac tac cgc gtc ggc gcc cgc atg gtc acc gag tac gat ctc ccc gtc      288

    Asn Tyr Arg Val Gly Ala Arg Met Val Thr Glu Tyr Asp Leu Pro Val

                    85                  90                  95

    aac gga gag ctc tcc gag ggc gga gac tgc ccc tgg gcc gtc ctg gtc      336

    Asn Gly Glu Leu Ser Glu Gly Gly Asp Cys Pro Trp Ala Val Leu Val

                100                 105                 110

    gag agt ggc cag tgc gat ctc atg ctc atc tcc tac atg ggc att gac      384

    Glu Ser Gly Gln Cys Asp Leu Met Leu Ile Ser Tyr Met Gly Ile Asp

            115                 120                 125

    ttc cag aac cag ggc gac cgc gtc tac cgc ctg ctc aac acc acg ctc      432

    Phe Gln Asn Gln Gly Asp Arg Val Tyr Arg Leu Leu Asn Thr Thr Leu

        130                 135                 140

    acc ttt tac ggc gtg gcc cac gag ggc gag acc ctc gag tac gac att      480

    Thr Phe Tyr Gly Val Ala His Glu Gly Glu Thr Leu Glu Tyr Asp Ile

    145                 150                 155                 160

    cgc gtc acc ggc ttc gcc aag cgt ctc gac ggc ggc atc tcc atg ttc      528

    Arg Val Thr Gly Phe Ala Lys Arg Leu Asp Gly Gly Ile Ser Met Phe

                    165                 170                 175

    ttc ttc gag tac gac tgc tac gtc aac ggc cgc ctc ctc atc gag atg      576

    Phe Phe Glu Tyr Asp Cys Tyr Val Asn Gly Arg Leu Leu Ile Glu Met

                180                 185                 190

    cgc gat ggc tgc gcc ggc ttc ttc acc aac gag gag ctc gac gcc ggc      624

    Arg Asp Gly Cys Ala Gly Phe Phe Thr Asn Glu Glu Leu Asp Ala Gly

            195                 200                 205

    aag ggc gtc gtc ttc acc cgc ggc gac ctc gcc gcc cgc gcc aag atc      672

    Lys Gly Val Val Phe Thr Arg Gly Asp Leu Ala Ala Arg Ala Lys Ile

        210                 215                 220

    cca aag cag gac gtc tcc ccc tac gcc gtc gcc ccc tgc ctc cac aag      720

    Pro Lys Gln Asp Val Ser Pro Tyr Ala Val Ala Pro Cys Leu His Lys

    225                 230                 235                 240

    acc aag ctc aac gaa aag gag atg cag acc ctc gtc gac aag gac tgg      768

    Thr Lys Leu Asn Glu Lys Glu Met Gln Thr Leu Val Asp Lys Asp Trp

                    245                 250                 255

    gca tcc gtc ttt ggc tcc aag aac ggc atg ccg gaa atc aac tac aaa      816

    Ala Ser Val Phe Gly Ser Lys Asn Gly Met Pro Glu Ile Asn Tyr Lys

                260                 265                 270

    ctc tgc gcg cgt aag atg ctc atg att gac cgc gtc acc agc att gac      864

    Leu Cys Ala Arg Lys Met Leu Met Ile Asp Arg Val Thr Ser Ile Asp

            275                 280                 285

    cac aag ggc ggt gtc tac ggc ctc ggt cag ctc gtc ggt gaa aag atc      912

    His Lys Gly Gly Val Tyr Gly Leu GIy Gln Leu Val Gly Glu Lys Ile

        290                 295                 300

    ctc gag cgc gac cac tgg tac ttt ccc tgc cac ttt gtc aag gat cag      960

    Leu Glu Arg Asp His Trp Tyr Phe Pro Cys His Phe Val Lys Asp Gln

    305                 310                 315                 320

    gtc atg gcc gga tcc ctc gtc tcc gac ggc tgc agc cag atg ctc aag     1008

    Val Met Ala Gly Ser Leu Val Ser Asp Gly Cys Ser Gln Met Leu Lys

                    325                 330                 335

    atg tac atg atc tgg ctc ggc ctc cac ctc acc acc gga ccc ttt gac      1056

    Met Tyr Met Ile Trp Leu Gly Leu His Leu Thr Thr Gly Pro Phe Asp

                    340                 345                 350

    ttc cgc ccg gtc aac ggc cac ccc aac aag gtc cgc tgc cgc ggc caa      1104

    Phe Arg Pro Val Asn Gly His Pro Asn Lys Val Arg Cys Arg Gly Gln

                355                 360                 365

    atc tcc ccg cac aag ggc aag ctc gtc tac gtc atg gag atc aag gag      1152

    Ile Ser Pro His Lys Gly Lys Leu Val Tyr Val Met Glu Ile Lys Glu

        370                 375                 380

    atg ggc ttc gac gag gac aac gac ccg tac gcc att gcc gac gtc aac      1200

    Met Gly Phe Asp Glu Asp Asn Asp Pro Tyr Ala Ile Ala Asp Val Asn

    385                 390                 395                 400

    atc att gat gtc gac ttc gaa aag ggc cag gac ttt agc ctc gac cgc      1248

    Ile Ile Asp Val Asp Phe Glu Lys Gly Gln Asp Phe Ser Leu Asp Arg

                    405                 410                 415

    atc agc gac tac ggc aag ggc gac ctc aac aag aag atc gtc gtc gac      1296

    Ile Ser Asp Tyr Gly Lys Gly Asp Leu Asn Lys Lys Ile Val Val Asp

                420                 425                 430

    ttt aag ggc atc gct ctc aag atg cag aag cgc tcc acc aac aag aac      1344

    Phe Lys Gly Ile Ala Leu Lys Met Gln Lys Arg Ser Thr Asn Lys Asn

            435                 440                 445

    ccc tcc aag gtt cag ccc gtc ttt gcc aac ggc gcc gcc act gtc ggc      1392

    Pro Ser Lys Val Gln Pro Val Phe Ala Asn Gly Ala Ala Thr Val Gly

        450                 455                 460

    ccc gag gcc tcc aag gct tcc tcc ggc gcc agc gcc agc gcc agc gcc      1440

    Pro Glu Ala Ser Lys Ala Ser Ser Gly Ala Ser Ala Ser Ala Ser Ala

    465                 470                 475                 480

    gcc ccg gcc aag cct gcc ttc agc gcc gat gtt ctt gcg ccc aag ccc      1488

    Ala Pro Ala Lys Pro Ala Phe Ser Ala Asp Val Leu Ala Pro Lys Pro

                    485                 490                 495

    gtt gcc ctt ccc gag cac atc ctc aag ggc gac gcc ctc gcc ccc aag      1536

    Val Ala Leu Pro Glu His Ile Leu Lys Gly Asp Ala Leu Ala Pro Lys

                500                 505                 510

    gag atg tcc tgg cac ccc atg gcc cgc atc ccg ggc aac ccg acg ccc      1584

    Glu Met Ser Trp His Pro Met Ala Arg Ile Pro Gly Asn Pro Thr Pro

            515                 520                 525

    tct ttt gcg ccc tcg gcc tac aag ccg cgc aac atc gcc ttt acg ccc      1632

    Ser Phe Ala Pro Ser Ala Tyr Lys Pro Arg Asn Ile Ala Phe Thr Pro

        530                 535                 540

    ttc ccc ggc aac ccc aac gat aac gac cac acc ccg ggc aag atg ccg      1680

    Phe Pro Gly Asn Pro Asn Asp Asn Asp His Thr Pro Gly Lys Met Pro

    545                 550                 555                 560

    ctc acc tgg ttc aac atg gcc gag ttc atg gcc ggc aag gtc agc atg      1728

    Leu Thr Trp Phe Asn Met Ala Glu Phe Met Ala Gly Lys Val Ser Met

                    565                 570                 575

    tgc ctc ggc ccc gag ttc gcc aag ttc gac gac tcg aac acc agc cgc      1776

    Cys Leu Gly Pro Glu Phe Ala Lys Phe Asp Asp Ser Asn Thr Ser Arg

                580                 585                 590

    agc ccc gct tgg gac ctc gct ctc gtc acc cgc gcc gtg tct gtg tct      1824

    Ser Pro Ala Trp Asp Leu Ala Leu Val Thr Arg Ala Val Ser Val Ser

            595                 600                 605

    gac ctc aag cac gtc aac tac cgc aac atc gac ctc gac ccc tcc aag      1872

    Asp Leu Lys His Val Asn Tyr Arg Asn Ile Asp Leu Asp Pro Ser Lys

        610                 615                 620

    ggt acc atg gtc ggc gag ttc gac tgc ccc gcg gac gcc tgg ttc tac      1920

    Gly Thr Met Val Gly Glu Phe Asp Cys Pro Ala Asp Ala Trp Phe Tyr

    625                 630                 635                 640

    aag ggc gcc tgc aac gat gcc cac atg ccg tac tcg atc ctc atg gag      1968

    Lys Gly Ala Cys Asn Asp Ala His Met Pro Tyr Ser Ile Leu Met Glu

                    645                650                 655

    atc gcc ctc cag acc tcg ggt gtg ctc acc tcg gtg ctc aag gcg ccc      2016

    Ile Ala Leu Gln Thr Ser Gly Val Leu Thr Ser Val Leu Lys Ala Pro

                660                 665                 670

    ctg acc atg gag aag gac gac atc ctc ttc cgc aac ctc gac gcc aac      2064

    Leu Thr Met Glu Lys Asp Asp Ile Leu Phe Arg Asn Leu Asp Ala Asn

            675                 680                 685

    gcc gag ttc gtg cgc gcc gac ctc gac tac cgc ggc aag act atc cgc      2112

    Ala Glu Phe Val Arg Ala Asp Leu Asp Tyr Arg Gly Lys Thr Ile Arg

        690                 695                 700

    aac gtc acc aag tgc act ggc tac agc atg ctc ggc gag atg ggc gtc      2160

    Asn Val Thr Lys Cys Thr Gly Tyr Ser Met Leu Gly Glu Met Gly Val

    705                 710                 715                 720

    cac cgc ttc acc ttt gag ctc tac gtc gat gat gtg ctc ttt tac aag      2208

    His Arg Phe Thr Phe Glu Leu Tyr Val Asp Asp Val Leu Phe Tyr Lys

                    725                 730                 735

    ggc tcg acc tcg ttc ggc tgg ttc gtg ccc gag gtc ttt gcc gcc cag      2256

    Gly Ser Thr Ser Phe Gly Trp Phe Val Pro Glu Val Phe Ala Ala Gln

                740                 745                 750

    gcc ggc ctc gac aac ggc cgc aag tcg gag ccc tgg ttc att gag aac      2304

    Ala Gly Leu Asp Asn Gly Arg Lys Ser Glu Pro Trp Phe Ile Glu Asn

            755                 760                 765

    aag gtt ccg gcc tcg cag gtc tcc tcc ttt gac gtg cgc ccc aac ggc      2352

    Lys Val Pro Ala Ser Gln Val Ser Ser Phe Asp Val Arg Pro Asn Gly

        770                 775                 780

    agc ggc cgc acc gcc atc ttc gcc aac gcc ccc agc ggc gcc cag ctc      2400

    Ser Gly Arg Thr Ala Ile Phe Ala Asn Ala Pro Ser Gly Ala Gln Leu

    785                 790                 795                 800

    aac cgc cgc acg gac cag ggc cag tac ctc gac gcc gtc gac att gtc      2448

    Asn Arg Arg Thr Asp Gln Gly Gln Tyr Leu Asp Ala Val Asp Ile Val

                    805                 810                 815

    tcc ggc agc ggc aag aag agc ctc ggc tac gcc cac ggt tcc aag acg      2496

    Ser Gly Ser Gly Lys Lys Ser Leu Gly Tyr Ala His Gly Ser Lys Thr

                820                 825                 830

    gtc aac ccg aac gac tgg ttc ttc tcg tgc cac ttt tgg ttt gac tcg      2544

    Val Asn Pro Asn Asp Trp Phe Phe Ser Cys His Phe Trp Phe Asp Ser

            835                 840                 845

    gtc atg ccc gga agt ctc ggt gtc gag tcc atg ttc cag ctc gtc gag      2592

    Val Met Pro Gly Ser Leu Gly Val Glu Ser Met Phe Gln Leu Val Glu

        850                 855                 860

    gcc atc gcc gcc cac gag gat ctc gct ggc aaa gca cgg cat tgc caa      2640

    Ala Ile Ala Ala His Glu Asp Leu Ala Gly Lys Ala Arg His Cys Gln

    865                 870                 875                 880

    ccc cac ctt tgt gca cgc ccc cgg gca aga tca agc tgg aag tac cgc      2688

    Pro His Leu Cys Ala Arg Pro Arg Ala Arg Ser Ser Trp Lys Tyr Arg

                    885                 890                 895

    ggc cag ctc acg ccc aag agc aag aag atg gac tcg gag gtc cac atc      2736

    Gly Gln Leu Thr Pro Lys Ser Lys Lys Met Asp Ser Glu Val His Ile

                900                 905                 910

    gtg tcc gtg gac gcc cac gac ggc gtt gtc gac ctc gtc gcc gac ggc      2784

    Val Ser Val Asp Ala His Asp Gly Val Val Asp Leu Val Ala Asp Gly

            915                 920                 925

    ttc ctc tgg gcc gac agc ctc cgc gtc tac tcg gtg agc aac att cgc      2832

    Phe Leu Trp Ala Asp Ser Leu Arg Val Tyr Ser Val Ser Asn Ile Arg

        930                 935                 940

    gtg cgc atc gcc tcc ggt gag gcc cct gcc gcc gcc tcc tcc gcc gcc      2880

    Val Arg Ile Ala Ser Gly Glu Ala Pro Ala Ala Ala Ser Ser Ala Ala

    945                 950                 955                 960

    tct gtg ggc tcc tcg gct tcg tcc gtc gag cgc acg cgc tcg agc ccc      2928

    Ser Val Gly Ser Ser Ala Ser Ser Val Glu Arg Thr Arg Ser Ser Pro

                    965                 970                 975

    gct gtc gcc tcc ggc ccg gcc cag acc atc gac ctc aag cag ctc aag      2976

    Ala Val Ala Ser Gly Pro Ala Gln Thr Ile Asp Leu Lys Gln Leu Lys

                980                 985                 990

    acc gag ctc ctc gag ctc gat gcc  ccg ctc tac ctc tcg  cag gac ccg    3024

    Thr Glu Leu Leu Glu Leu Asp Ala  Pro Leu Tyr Leu Ser  Gln Asp Pro

            995                 1000                 1005

    acc agc  ggc cag ctc aag aag  cac acc gac gtg gcc  tcc ggc cag       3069

    Thr Ser  Gly Gln Leu Lys Lys  His Thr Asp Val Ala  Ser Gly Gln

        1010                 1015                 1020

    gcc acc  atc gtg cag ccc tgc  acg ctc ggc gac ctc  ggt gac cgc       3114

    Ala Thr  Ile Val Gln Pro Cys  Thr Leu Gly Asp Leu  Gly Asp Arg

        1025                 1030                 1035

    tcc ttc  atg gag acc tac ggc  gtc gtc gcc ccg ctg  tac acg ggc       3159

    Ser Phe  Met Glu Thr Tyr Gly  Val Val Ala Pro Leu  Tyr Thr Gly

        1040                 1045                 1050

    gcc atg  gcc aag ggc att gcc  tcg gcg gac ctc gtc  atc gcc gcc       3204

    Ala Met  Ala Lys Gly Ile Ala  Ser Ala Asp Leu Val  Ile Ala Ala

        1055                 1060                 1065

    ggc aag  cgc aag atc ctc ggc  tcc ttt ggc gcc ggc  ggc ctc ccc       3249

    Gly Lys  Arg Lys Ile Leu Gly  Ser Phe Gly Ala Gly  Gly Leu Pro

        1070                 1075                 1080

    atg cac  cac gtg cgc gcc gcc  ctc gag aag atc cag  gcc gcc ctg       3294

    Met His  His Val Arg Ala Ala  Leu Glu Lys Ile Gln  Ala Ala Leu

        1085                 1090                 1095

    cct cag  ggc ccc tac gcc gtc  aac ctc atc cac tcg  cct ttt gac       3339

    Pro Gln  Gly Pro Tyr Ala Val  Asn Leu Ile His Ser  Pro Phe Asp

        1100                 1105                 1110

    agc aac  ctc gag aag ggc aac  gtc gat ctc ttc ctc  gag aag ggc       3384

    Ser Asn  Leu Glu Lys Gly Asn  Val Asp Leu Phe Leu  Glu Lys Gly

        1115                 1120                 1125

    gtc act  gtg gtg gag gcc tcg  gca ttc atg acc ctc  acc ccg cag       3429

    Val Thr  Val Val Glu Ala Ser  Ala Phe Met Thr Leu  Thr Pro Gln

        1130                 1135                 1140

    gtc gtg  cgc tac cgc gcc gcc  ggc ctc tcg cgc aac  gcc gac ggt       3474

    Val Val  Arg Tyr Arg Ala Ala  Gly Leu Ser Arg Asn  Ala Asp Gly

        1145                 1150                 1155

    tcg gtc  aac atc cgc aac cgc  gtc atc ggc aag gtc  tcg cgc acc       3519

    Ser Val  Asn Ile Arg Asn Arg  Ile Ile Gly Lys Val  Ser Arg Thr

        1160                 1165                 1170

    gag ctc  gcc gag atg ttc atc  cgc ccg gcc ccg gag  cac ctc ctc       3564

    Glu Leu  Ala Glu Met Phe Ile  Arg Pro Ala Pro Glu  His Leu Leu

        1175                 1180                 1185

    gag aag  ctc atc gcc tcg ggc  gag atc acc cag gag  cag gcc gag       3609

    Glu Lys  Leu Ile Ala Ser Gly  Glu lle Thr Gln Glu  Gln Ala Glu

        1190                 1195                 1200

    ctc gcg  cgc cgc gtt ccc gtc  gcc gac gat atc gct  gtc gag gct       3654

    Leu Ala  Arg Arg Val Pro Val  Ala Asp Asp Ile Ala  Val Glu Ala

        1205                 1210                 1215

    gac tcg  ggc ggc cac acc gac  aac cgc ccc atc cac  gtc atc ctc       3699

    Asp Ser  Gly Gly His Thr Asp  Asn Arg Pro Ile His  Val Ile Leu

        1220                 1225                 1230

    ccg ctc  atc atc aac ctc cgc  aac cgc ctg cac cgc  gag tgc ggc       3744

    Pro Leu  lle Ile Asn Leu Arg  Asn Arg Leu His Arg  Glu Cys Gly

        1235                 1240                 1245

    tac ccc  gcg cac ctc cgc gtc  cgc gtt ggc gcc ggc  ggt ggc gtc       3789

    Tyr Pro  Ala His Leu Arg Val  Arg Val Gly Ala Gly  Gly Gly Val

        1250                 1255                 1260

    ggc tgc  ccg cag gcc gcc gcc  gcc gcg ctc acc atg  ggc gcc gcc       3834

    Gly Cys  Pro Gln Ala Ala Ala  Ala Ala Leu Thr Met  Gly Ala Ala

        1265                 1270                 1275

    ttc atc  gtc acc ggc act gtc  aac cag gtc gcc aag  cag tcc ggc       3879

    Phe Ile  Val Thr Gly Thr Val  Asn Gln Val Ala Lys  Gln Ser Gly

        1280                 1285                 1290

    acc tgc  gac aac gtg cgc aag  cag ctc tcg cag gcc  acc tac tcg       3924

    Thr Cys  Asp Asn Val Arg Lys  Gln Leu Ser Gln Ala  Thr Tyr Ser

        1295                 1300                 1305

    gat atc  tgc atg gcc ccg gcc  gcc gac atg ttc gag  gag ggc gtc       3969

    Asp Ile  Cys Met Ala Pro Ala  Ala Asp Met Phe Glu  Glu Gly Val

        1310                 1315                 1320

    aag ctc  cag gtc ctc aag aag  gga acc atg ttc ccc  tcg cgc gcc       4014

    Lys Leu  Gln Val Leu Lys Lys  Gly Thr Met Phe Pro  Ser Arg Ala

        1325                 1330                 1335

    aac aag  ctc tac gag ctc ttt  tgc aag tac gac tcc  ttc gac tcc       4059

    Asn Lys  Leu Tyr Glu Leu Phe  Cys Lys Tyr Asp Ser  Phe Asp Ser

        1340                 1345                 1350

    atg cct  cct gcc gag ctc gag  cgc atc gag aag cgt  atc ttc aag       4104

    Met Pro  Pro Ala Glu Leu Glu  Arg Ile Glu Lys Arg  Ile Phe Lys

        1355                 1360                 1365

    cgc gca  ctc cag gag gtc tgg  gag gag acc aag gac  ttt tac att       4149

    Arg Ala  Leu Gln Glu Val Trp  Glu Glu Thr Lys Asp  Phe Tyr Ile

        1370                 1375                 1380

    aac ggt  ctc aag aac ccg gag  aag atc cag cgc gcc  gag cac gac       4194

    Asn Gly  Leu Lys Asn Pro Glu  Lys Ile Gln Arg Ala  Glu His Asp

        1385                 1390                 1395

    ccc aag  ctc aag atg tcg ctc  tgc ttc cgc tgg tac  ctt ggt ctt       4239

    Pro Lys  Leu Lys Met Ser Leu  Cys Phe Arg Trp Tyr  Leu Gly Leu

        1400                 1405                 1410

    gcc agc  cgc tgg gcc aac atg  ggc gcc ccg gac cgc  gtc atg gac       4284

    Ala Ser  Arg Trp Ala Asn Met  Gly Ala Pro Asp Arg  Val Met Asp

        1415                 1420                 1425

    tac cag  gtc tgg tgt ggc ccg  gcc att ggc gcc ttc  aac gac ttc       4329

    Tyr Gln  Val Trp Cys Gly Pro  Ala Ile Gly Ala Phe  Asn Asp Phe

        1430                 1435                 1440

    atc aag  ggc acc tac ctc gac  ccc gct gtc tcc aac  gag tac ccc       4374

    Ile Lys  Gly Thr Tyr Leu Asp  Pro Ala Val Ser Asn  Glu Tyr Pro

        1445                 1450                 1455

    tgt gtc  gtc cag atc aac ctg  caa atc ctc cgt ggt  gcc tgc tac       4419

    Cys Val  Val Gln Ile Asn Leu  Gln Ile Leu Arg Gly  Ala Cys Tyr

        1460                 1465                 1470

    ctg cgc  cgt ctc aac gcc ctg  cgc aac gac ccg cgc  att gac ctc       4464

    Leu Arg  Arg Leu Asn Ala Leu  Arg Asn Asp Pro Arg  Ile Asp Leu

        1475                 1480                 1485

    gag acc  gag gat gct gcc ttt  gtc tac gag ccc acc  aac gcg ctc       4509

    Glu Thr  Glu Asp Ala Ala Phe  Val Tyr Glu Pro Thr  Asn Ala Leu

        1490                 1495                 1500

    taa                                                                  4512

    <210>28

    <211>1503

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>28

    Met Ala Leu Arg Val Lys Thr Asn Lys Lys Pro Cys Trp Glu Met Thr

    1               5                   10                  15

    Lys Glu Glu Leu Thr Ser Gly Lys Thr Glu Val Phe Asn Tyr Glu Glu

                20                  25                  30

    Leu Leu Glu Phe Ala Glu Gly Asp Ile Ala Lys Val Phe Gly Pro Glu

            35                  40                  45

    Phe Ala Val Ile Asp Lys Tyr Pro Arg Arg Val Arg Leu Pro Ala Arg

        50                  55                  60

    Glu Tyr Leu Leu Val Thr Arg Val Thr Leu Met Asp Ala Glu Val Asn

    65                  70                  75                  80

    Asn Tyr Arg Val Gly Ala Arg Met Val Thr Glu Tyr Asp Leu Pro Val

                    85                  90                  95

    Asn Gly Glu Leu Ser Glu Gly Gly Asp Cys Pro Trp Ala Val Leu Val

                100                 105                 110

    Glu Ser Gly Gln Cys Asp Leu Met Leu Ile Ser Tyr Met Gly Ile Asp

            115                 120                 125

    Phe Gln Asn Gln Gly Asp Arg Val Tyr Arg Leu Leu Asn Thr Thr Leu

        130                 135                 140

    Thr Phe Tyr Gly Val Ala His Glu Gly Glu Thr Leu Glu Tyr Asp Ile

    145                 150                 155                 160

    Arg Val Thr Gly Phe Ala Lys Arg Leu Asp Gly Gly Ile Ser Met Phe

                    165                 170                 175

    Phe Phe Glu Tyr Asp Cys Tyr Val Asn Gly Arg Leu Leu Ile Glu Met

                180                 185                 190

    Arg Asp Gly Cys Ala Gly Phe Phe Thr Asn Glu Glu Leu Asp Ala Gly

            195                 200                 205

    Lys Gly Val Val Phe Thr Arg Gly Asp Leu Ala Ala Arg Ala Lys Ile

        210                 215                 220

    Pro Lys Gln Asp Val Ser Pro Tyr Ala Val Ala Pro Cys Leu His Lys

    225                 230                 235                 240

    Thr Lys Leu Asn Glu Lys Glu Met Gln Thr Leu Val Asp Lys Asp Trp

                    245                 250                 255

    Ala Ser Val Phe Gly Ser Lys Asn Gly Met Pro Glu Ile Asn Tyr Lys

                260                 265                 270

    Leu Cys Ala Arg Lys Met Leu Met Ile Asp Arg Val Thr Ser Ile Asp

            275                 280                 285

    His Lys Gly Gly Val Tyr Gly Leu Gly Gln Leu Val Gly Glu Lys Ile

        290                 295                 300

    Leu Glu Arg Asp His Trp Tyr Phe Pro Cys His Phe Val Lys Asp Gln

    305                 310                 315                 320

    Val Met Ala Gly Ser Leu Val Ser Asp Gly Cys Ser Gln Met Leu Lys

                    325                 330                 335

    Met Tyr Met Ile Trp Leu Gly Leu His Leu Thr Thr Gly Pro Phe Asp

                340                 345                 350

    Phe Arg Pro Val Asn Gly His Pro Asn Lys Val Arg Cys Arg Gly Gln

            355                 360                 365

    Ile Ser Pro His Lys Gly Lys Leu Val Tyr Val Met Glu Ile Lys Glu

        370                 375                 380

    Met Gly Phe Asp Glu Asg Asn Asp Pro Tyr Ala Ile Ala Asp Val Asn

    385                 390                 395                 400

    Ile Ile Asp Val Asp Phe Glu Lys Gly Gln Asp Phe Ser Leu Asp Arg

                    405                 410                 415

    Ile Ser Asp Tyr Gly Lys Gly Asp Leu Asn Lys Lys Ile Val Val AsP

                420                 425                 430

    Phe Lys Gly Ile Ala Leu Lys Met Gln Lys Arg Ser Thr Asn Lys Asn

            435                 440                 445

    Pro Ser Lys Val Gln Pro Val Phe Ala Asn Gly Ala Ala Thr Val Gly

        450                 455                 460

    Pro Glu Ala Ser Lys Ala Ser Ser Gly Ala Ser Ala Ser Ala Ser Ala

    465                 470                 475                 480

    Ala Pro Ala Lys Pro Ala Phe Ser Ala Asp Val Leu Ala Pro Lys Pro

                    485                 490                 495

    Val Ala Leu Pro Glu His Ile Leu Lys Gly Asp Ala Leu Ala Pro Lys

                500                 505                 510

    Glu Met Ser Trp His Pro Met Ala Arg Ile Pro Gly Asn Pro Thr Pro

            515                 520                 525

    Ser Phe Ala Pro Ser Ala Tyr Lys Pro Arg Asn Ile Ala Phe Thr Pro

        530                 535                 540

    Phe Pro Gly Asn Pro Asn Asp Asn Asp His Thr Pro Gly Lys Met Pro

    545                 550                 555                 560

    Leu Thr Trp Phe Asn Met Ala Glu Phe Met Ala Gly Lys Val Ser Met

                    565                 570                 575

    Cys Leu Gly Pro Glu Phe Ala Lys Phe Asp Asp Ser Asn Thr Ser Arg

                580                 585                 590

    Ser Pro Ala Trp Asp Leu Ala Leu Val Thr Arg Ala Val Ser Val Ser

            595                 600                 605

    Asp Leu Lys His Val Asn Tyr Arg Asn Ile Asp Leu Asp Pro Ser Lys

        610                 615                 620

    Gly Thr Met Val Gly Glu Phe Asp Cys Pro Ala Asp Ala Trp Phe Tyr

    625                 630                 635                 640

    Lys Gly Ala Cys Asn Asp Ala His Met Pro Tyr Ser Ile Leu Met Glu

                    645                 650                 655

    Ile Ala Leu Gln Thr Ser Gly Val Leu Thr Ser Val Leu Lys Ala Pro

                660                 665                 670

    Leu Thr Met Glu Lys Asp Asp Ile Leu Phe Arg Asn Leu Asp Ala Asn

            675                 680                 685

    Ala Glu Phe Val Arg Ala Asp Leu Asp Tyr Arg Gly Lys Thr Ile Arg

        690                 695                 700

    Asn Val Thr Lys Cys Thr Gly Tyr Ser Met Leu Gly Glu Met Gly Val

    705                 710                 715                 720

    His Arg Phe Thr Phe Glu Leu Tyr Val Asp Asp Val Leu Phe Tyr Lys

                    725                 730                 735

    Gly Ser Thr Ser Phe Gly Trp Phe Val Pro Glu Val Phe Ala Ala Gln

                740                 745                 750

    Ala Gly Leu Asp Asn Gly Arg Lys Ser Glu Pro Trp Phe Ile Glu Asn

            755                 760                 765

    Lys Val Pro Ala Ser Gln Val Ser Ser Phe Asp Val Arg Pro Asn Gly

        770                 775                 780

    Ser Gly Arg Thr Ala Ile Phe Ala Asn Ala Pro Ser Gly Ala Gln Leu

    785                 790                 795                 800

    Asn Arg Arg Thr Asp Gln Gly Gln Tyr Leu Asp Ala Val Asp Ile Val

                    805                 810                 815

    Ser Gly Ser Gly Lys Lys Ser Leu Gly Tyr Ala His Gly Ser Lys Thr

                820                 825                 830

    Val Asn Pro Asn Asp Trp Phe Phe Ser Cys His Phe Trp Phe Asp Ser

            835                 840                 845

    Val Met Pro Gly Ser Leu Gly Val Glu Ser Met Phe Gln Leu Val Glu

        850                 855                 860

    Ala Ile Ala Ala His Glu Asp Leu Ala Gly Lys Ala Arg His Cys Gln

    865                 870                 875                 880

    Pro His Leu Cys Ala Arg Pro Arg Ala Arg Ser Ser Trp Lys Tyr Arg

                    885                 890                 895

    Gly Gln Leu Thr Pro Lys Ser Lys Lys Met Asp Ser Glu Val His Ile

                900                 905                 910

    Val Ser Val Asp Ala His Asp Gly Val Val Asp Leu Val Ala Asp Gly

            915                 920                 925

    Phe Leu Trp Ala Asp Ser Leu Arg Val Tyr Ser Val Ser Asn Ile Arg

        930                 935                 940

    Val Arg Ile Ala Ser Gly Glu Ala Pro Ala Ala Ala Ser Ser Ala Ala

    945                 950                 955                 960

    Ser Val Gly Ser Ser Ala Ser Ser Val Glu Arg Thr Arg Ser Ser Pro

                    965                 970                 975

    Ala Val Ala Ser Gly Pro Ala Gln Thr Ile Asp Leu Lys Gln Leu Lys

                980                 985                 990

    Thr Glu Leu Leu Glu Leu Asp Ala  Pro Leu Tyr Leu Ser  Gln Asp Pro

            995                 1000                 1005

    Thr Ser  Gly Gln Leu Lys Lys  His Thr Asp Val Ala  Ser Gly Gln

        1010                 1015                 1020

    Ala Thr  Ile Val Gln Pro Cys  Thr Leu Gly Asp Leu  Gly Asp Arg

        1025                 1030                 1035

    Ser Phe  Met Glu Thr Tyr Gly  Val Val Ala Pro Leu  Tyr Thr Gly

        1040                 1045                 1050

    Ala Met  Ala Lys Gly Ile Ala  Ser Ala Asp Leu Val  Ile Ala Ala

        1055                 1060                 1065

    Gly Lys  Arg Lys Ile Leu Gly  Ser Phe Gly Ala Gly  Gly Leu Pro

        1070                 1075                 1080

    Met His  His Val Arg Ala Ala  Leu Glu Lys Ile Gln  Ala Ala Leu

        1085                 1090                 1095

    Pro Gln  Gly Pro Tyr Ala Val  Asn Leu Ile His Ser  Pro Phe Asp

        1100                 1105                 1110

    Ser Asn  Leu Glu Lys Gly Asn  Val Asp Leu Phe Leu  Glu Lys Gly

        1115                 1120                 1125

    Val Thr  Val Val Glu Ala Ser  Ala Phe Met Thr Leu  Thr Pro Gln

        1130                 1135                 1140

    Val Val  Arg Tyr Arg Ala Ala  Gly Leu Ser Arg Asn  Ala Asp Gly

        1145                 1150                 1155

    Ser Val  Asn Ile Arg Asn Arg  Ile Ile Gly Lys Val  Ser Arg Thr

        1160                 1165                 1170

    Glu Leu  Ala Glu Met Phe Ile  Arg Pro Ala Pro Glu  His Leu Leu

        1175                 1180                 1185

    Glu Lys  Leu Ile Ala Ser Gly  Glu Ile Thr Gln Glu  Gln Ala Glu

        1190                 1195                 1200

    Leu Ala  Arg Arg Val Pro Val  Ala Asp Asp Ile Ala  Val Glu Ala

        1205                 1210                 1215

    Asp Ser  Gly Gly His Thr Asp  Asn Arg Pro Ile His  Val Ile Leu

        1220                 1225                 1230

    Pro Leu  Ile Ile Asn Leu Arg  Asn Arg Leu His Arg  Glu Cys Gly

        1235                 1240                 1245

    Tyr Pro  Ala His Leu Arg Val  Arg Val Gly Ala Gly  Gly Gly Val

        1250                 1255                 1260

    Gly Cys  Pro Gln Ala Ala Ala  Ala Ala Leu Thr Met  Gly Ala Ala

        1265                 1270                 1275

    Phe Ile  Val Thr Gly Thr Val  Asn Gln Val Ala Lys  Gln Ser Gly

        1280                 1285                 1290

    Thr Cys  Asp Asn Val Arg Lys  Gln Leu Ser Gln Ala  Thr Tyr Ser

        1295                 1300                 1305

    Asp Ile  Cys Met Ala Pro Ala  Ala Asp Met Phe Glu  Glu Gly Val

        1310                 1315                 1320

    Lys Leu  Gln Val Leu Lys Lys  Gly Thr Met Phe Pro  Ser Arg Ala

        1325                 1330                 1335

    Asn Lys  Leu Tyr Glu Leu Phe  Cys Lys Tyr Asp Ser  Phe Asp Ser

        1340                 1345                 1350

    Met Pro  Pro Ala Glu Leu Glu  Arg Ile Glu Lys Arg  Ile Phe Lys

        1355                 1360                 1365

    Arg Ala  Leu Gln Glu Val Trp  Glu Glu Thr Lys Asp  Phe Tyr Ile

        1370                 1375                 1380

    Asn Gly  Leu Lys Asn Pro Glu  Lys Ile Gln Arg Ala  Glu His Asp

        1385                 1390                 1395

    Pro Lys  Leu Lys Met Ser Leu  Cys Phe Arg Trp Tyr  Leu Gly Leu

        1400                 1405                 1410

    Ala Ser  Arg Trp Ala Asn Met  Gly Ala Pro Asp Arg  Val Met Asp

        1415                 1420                 1425

    Tyr Gln  Val Trp Cys Gly Pro  Ala Ile Gly Ala Phe  Asn Asp Phe

        1430                 1435                 1440

    Ile Lys  Gly Thr Tyr Leu Asp  Pro Ala Val Ser Asn  Glu Tyr Pro

        1445                 1450                 1455

    Cys Val  Val Gln Ile Asn Leu  Gln Ile Leu Arg Gly  Ala Cys Tyr

        1460                 1465                 1470

    Leu Arg  Arg Leu Asn Ala Leu  Arg Asn Asp Pro Arg  Ile Asp Leu

        1475                 1480                 1485

    Glu Thr  Glu Asp Ala Ala Phe  Val Tyr Glu Pro Thr  Asn Ala Leu

        1490                 1495                 1500

    <210>29

    <211>1500

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(1500)

    <223>

    <400>29

    aag gtt cag ccc gtc ttt gcc aac ggc gcc gcc act gtc ggc ccc gag      48

    Lys Val Gln Pro Val Phe Ala Asn Gly Ala Ala Thr Val Gly Pro Glu

    1               5                   10                  15

    gcc tcc aag gct tcc tcc ggc gcc agc gcc agc gcc agc gcc gcc ccg      96

    Ala Ser Lys Ala Ser Ser Gly Ala Ser Ala Ser Ala Ser Ala Ala Pro

                20                  25                  30

    gcc aag cct gcc ttc agc gcc gat gtt ctt gcg ccc aag ccc gtt gcc      144

    Ala Lys Pro Ala Phe Ser Ala Asp Val Leu Ala Pro Lys Pro Val Ala

            35                  40                  45

    ctt ccc gag cac atc ctc aag ggc gac gcc ctc gcc ccc aag gag atg      192

    Leu Pro Glu His Ile Leu Lys Gly Asp Ala Leu Ala Pro Lys Glu Met

        50                  55                  60

    tcc tgg cac ccc atg gcc cgc atc ccg ggc aac ccg acg ccc tct ttt      240

    Ser Trp His Pro Met Ala Arg Ile Pro Gly Asn Pro Thr Pro Ser Phe

    65                  70                  75                  80

    gcg ccc tcg gcc tac aag ccg cgc aac atc gcc ttt acg ccc ttc ccc      288

    Ala Pro Ser Ala Tyr Lys Pro Arg Asn Ile Ala Phe Thr Pro Phe Pro

                    85                  90                  95

    ggc aac ccc aac gat aac gac cac acc ccg ggc aag atg ccg ctc acc      336

    Gly Asn Pro Asn Asp Asn Asp His Thr Pro Gly Lys Met Pro Leu Thr

                100                 105                 110

    tgg ttc aac atg gcc gag ttc atg gcc ggc aag gtc agc atg tgc ctc      384

    Trp Phe Asn Met Ala Glu Phe Met Ala Gly Lys Val Ser Met Cys Leu

            115                 120                 125

    ggc ccc gag ttc gcc aag ttc gac gac tcg aac acc agc cgc agc ccc      432

    Gly Pro Glu Phe Ala Lys Phe Asp Asp Ser Asn Thr Ser Arg Ser Pro

        130                 135                 140

    gct tgg gac ctc gct ctc gtc acc cgc gcc gtg tct gtg tct gac ctc      480

    Ala Trp Asp Leu Ala Leu Val Thr Arg Ala Val Ser Val Ser Asp Leu

    145                 150                 155                 160

    aag cac gtc aac tac cgc aac atc gac ctc gac ccc tcc aag ggt acc      528

    Lys His Val Asn Tyr Arg Asn Ile Asp Leu Asp Pro Ser Lys Gly Thr

                    165                 170                 175

    atg gtc ggc gag ttc gac tgc ccc gcg gac gcc tgg ttc tac aag ggc      576

    Met Val Gly Glu Phe Asp Cys Pro Ala Asp Ala Trp Phe Tyr Lys Gly

                180                 185                 190

    gcc tgc aac gat gcc cac atg ccg tac tcg atc ctc atg gag atc gcc      624

    Ala Cys Asn Asp Ala His Met Pro Tyr Ser Ile Leu Met Glu Ile Ala

            195                 200                 205

    ctc cag acc tcg ggt gtg ctc acc tcg gtg ctc aag gcg ccc ctg acc      672

    Leu Gln Thr Ser Gly Val Leu Thr Ser Val Leu Lys Ala Pro Leu Thr

        210                 215                 220

    atg gag aag gac gac atc ctc ttc cgc aac ctc gac gcc aac gcc gag      720

    Met Glu Lys Asp Asp Ile Leu Phe Arg Asn Leu Asp Ala Asn Ala Glu

    225                 230                 235                 240

    ttc gtg cgc gcc gac ctc gac tac cgc ggc aag act atc cgc aac gtc      768

    Phe Val Arg Ala Asp Leu Asp Tyr Arg Gly Lys Thr Ile Arg Asn Val

                    245                 250                 255

    acc aag tgc act ggc tac agc atg ctc ggc gag atg ggc gtc cac cgc      816

    Thr Lys Cys Thr Gly Tyr Ser Met Leu Gly Glu Met Gly Val His Arg

                260                 265                 270

    ttc acc ttt gag ctc tac gtc gat gat gtg ctc ttt tac aag ggc tcg      864

    Phe Thr Phe Glu Leu Tyr Val Asp Asp Val Leu Phe Tyr Lys Gly Ser

            275                 280                 285

    acc tcg ttc ggc tgg ttc gtg ccc gag gtc ttt gcc gcc cag gcc ggc      912

    Thr Ser Phe Gly Trp Phe Val Pro Glu Val Phe Ala Ala Gln Ala Gly

        290                 295                 300

    ctc gac aac ggc cgc aag tcg gag ccc tgg ttc att gag aac aag gtt      960

    Leu Asp Asn Gly Arg Lys Ser Glu Pro Trp Phe Ile Glu Asn Lys Val

    305                 310                 315                 320

    ccg gcc tcg cag gtc tcc tcc ttt gac gtg cgc ccc aac ggc agc ggc      1008

    Pro Ala Ser Gln Val Ser Ser Phe Asp Val Arg Pro Asn Gly Ser Gly

                    325                 330                 335

    cgc acc gcc atc ttc gcc aac gcc ccc agc ggc gcc cag ctc aac cgc      1056

    Arg Thr Ala Ile Phe Ala Asn Ala Pro Ser Gly Ala Gln Leu Asn Arg

                340                 345                 350

    cgc acg gac cag ggc cag tac ctc gac gcc gtc gac att gtc tcc ggc      1104

    Arg Thr Asp Gln Gly Gln Tyr Leu Asp Ala Val Asp Ile Val Ser Gly

            355                 360                 365

    agc ggc aag aag agc ctc ggc tac gcc cac ggt tcc aag acg gtc aac      1152

    Ser Gly Lys Lys Ser Leu Gly Tyr Ala His Gly Ser Lys Thr Val Asn

        370                 375                 380

    ccg aac gac tgg ttc ttc tcg tgc cac ttt tgg ttt gac tcg gtc atg      1200

    Pro Asn Asp Trp Phe Phe Ser Cys His Phe Trp Phe Asp Ser Val Met

    385                 390                 395                 400

    ccc gga agt ctc ggt gtc gag tcc atg ttc cag ctc gtc gag gcc atc      1248

    Pro Gly Ser Leu Gly Val Glu Ser Met Phe Gln Leu Val Glu Ala Ile

                    405                 410                 415

    gcc gcc cac gag gat ctc gct ggc aaa gca cgg cat tgc caa ccc cac      1296

    Ala Ala His Glu Asp Leu Ala Gly Lys Ala Arg His Cys Gln Pro His

                420                 425                 430

    ctt tgt gca cgc ccc cgg gca aga tca agc tgg aag tac cgc ggc cag      1344

    Leu Cys Ala Arg Pro Arg Ala Arg Ser Ser Trp Lys Tyr Arg Gly Gln

            435                 440                 445

    ctc acg ccc aag agc aag aag atg gac tcg gag gtc cac atc gtg tcc      1392

    Leu Thr Pro Lys Ser Lys Lys Met Asp Ser Glu Val His Ile Val Ser

        450                 455                 460

    gtg gac gcc cac gac ggc gtt gtc gac ctc gtc gcc gac ggc ttc ctc      1440

    Val Asp Ala His Asp Gly Val Val Asp Leu Val Ala Asp Gly Phe Leu

    465                 470                 475                 480

    tgg gcc gac agc ctc cgc gtc tac tcg gtg agc aac att cgc gtg cgc      1488

    Trp Ala Asp Ser Leu Arg Val Tyr Ser Val Ser Asn Ile Arg Val Arg

                    485                 490                 495

    atc gcc tcc ggt                                                      1500

    Ile Ala Ser Gly

                500

    <210>30

    <211>500

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>30

    Lys Val Gln Pro Val Phe Ala Asn Gly Ala Ala Thr Val G1y Pro G1u

    1               5                   10                  15

    Ala Ser Lys Ala Ser Ser Gly Ala Ser Ala Ser Ala Ser Ala Ala Pro

                20                  25                  30

    Ala Lys Pro Ala Phe Ser Ala Asp Val Leu Ala Pro Lys Pro Val Ala

            35                  40                  45

    Leu Pro Glu His Ile Leu Lys Gly Asp Ala Leu Ala Pro Lys Glu Met

        50                  55                  60

    Ser Trp His Pro Met Ala Arg Ile Pro Gly Asn Pro Thr Pro Ser Phe

    65                  70                  75                  80

    Ala Pro Ser Ala Tyr Lys Pro Arg Asn Ile Ala Phe Thr Pro Phe Pro

                    85                  90                  95

    Gly Asn Pro Asn Asp Asn Asp His Thr Pro Gly Lys Met Pro Leu Thr

                100                 105                 110

    Trp Phe Asn Met Ala Glu Phe Met Ala Gly Lys Val Ser Met Cys Leu

            115                 120                 125

    Gly Pro Glu Phe Ala Lys Phe Asp Asp Ser Asn Thr Ser Arg Ser Pro

        130                 135                 140

    Ala Trp Asp Leu Ala Leu Val Thr Arg Ala Val Ser Val Ser Asp Leu

    145                 150                 155                 160

    Lys His Val Asn Tyr Arg Asn Ile Asp Leu Asp Pro Ser Lys Gly Thr

                    165                 170                 175

    Met Val Gly Glu Phe Asp Cys Pro Ala Asp Ala Trp Phe Tyr Lys Gly

                180                 185                 190

    Ala Cys Asn Asp Ala His Met Pro Tyr Ser Ile Leu Met Glu Ile Ala

            195                 200                 205

    Leu Gln Thr Ser Gly Val Leu Thr Ser Val Leu Lys Ala Pro Leu Thr

        210                 215                 220

    Met Glu Lys Asp Asp Ile Leu Phe Arg Asn Leu Asp Ala Asn Ala Glu

    225                 230                 235                 240

    Phe Val Arg Ala Asp Leu Asp Tyr Arg Gly Lys Thr Ile Arg Asn Val

                    245                 250                 255

    Thr Lys Cys Thr Gly Tyr Ser Met Leu Gly Glu Met Gly Val His Arg

                260                 265                 270

    Phe Thr Phe Glu Leu Tyr Val Asp Asp Val Leu Phe Tyr Lys Gly Ser

            275                 280                 285

    Thr Ser Phe Gly Trp Phe Val Pro Glu Val Phe Ala Ala Gln Ala Gly

        290                 295                 300

    Leu Asp Asn Gly Arg Lys Ser Glu Pro Trp Phe Ile Glu Asn Lys Val

    305                 310                 315                 320

    Pro Ala Ser Gln Val Ser Ser Phe Asp Val Arg Pro Asn Gly Ser Gly

                    325                 330                 335

    Arg Thr Ala Ile Phe Ala Asn Ala Pro Ser Gly Ala Gln Leu Asn Arg

                340                 345                 350

    Arg Thr Asp Gln Gly Gln Tyr Leu Asp Ala Val Asp Ile Val Ser Gly

            355                 360                 365

    Ser Gly Lys Lys Ser Leu Gly Tyr Ala His Gly Ser Lys Thr Val Asn

        370                 375                 380

    Pro Asn Asp Trp Phe Phe Ser Cys His Phe Trp Phe Asp Ser Val Met

    385                 390                 395                 400

    Pro Gly Ser Leu Gly Val Glu Ser Met Phe Gln Leu Val Glu Ala Ile

                    405                 410                 415

    Ala Ala His Glu Asp Leu Ala Gly Lys Ala Arg His Cys Gln Pro His

                420                 425                 430

    Leu Cys Ala Arg Pro Arg Ala Arg Ser Ser Trp Lys Tyr Arg Gly Gln

            435                 440                 445

    Leu Thr Pro Lys Ser Lys Lys Met Asp Ser Glu Val His Ile Val Ser

        450                 455                 460

    Val Asp Ala His Asp Gly Val Val Asp Leu Val Ala Asp Gly Phe Leu

    465                 470                 475                 480

    Trp Ala Asp Ser Leu Arg Val Tyr Ser Val Ser Asn Ile Arg Val Arg

                    485                 490                 495

    Ile Ala Ser Gly

            500

    <210>31

    <211>1512

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>CDS

    <222>(1)..(1512)

    <223>

    <400>31

    gcc ccg ctc tac ctc tcg cag gac ccg acc agc ggc cag ctc aag aag       48

    Ala Pro Leu Tyr Leu Ser Gln Asp Pro Thr Ser Gly Gln Leu Lys Lys

    1               5                   10                  15

    cac acc gac gtg gcc tcc ggc cag gcc acc atc gtg cag ccc tgc acg       96

    His Thr Asp Val Ala Ser Gly Gln Ala Thr Ile Val Gln Pro Cys Thr

                20                  25                  30

    ctc ggc gac ctc ggt gac cgc tcc ttc atg gag acc tac ggc gtc gtc      144

    Leu Gly Asp Leu Gly Asp Arg Ser Phe Met Glu Thr Tyr Gly Val Val

            35                  40                  45

    gcc ccg ctg tac acg ggc gcc atg gcc aag ggc att gcc tcg gcg gac      192

    Ala Pro Leu Tyr Thr Gly Ala Met Ala Lys Gly Ile Ala Ser Ala Asp

        50                  55                  60

    ctc gtc atc gcc gcc ggc aag cgc aag atc ctc ggc tcc ttt ggc gcc      240

    Leu Val Ile Ala Ala Gly Lys Arg Lys Ile Leu Gly Ser Phe Gly Ala

    65                  70                  75                  80

    ggc ggc ctc ccc atg cac cac gtg cgc gcc gcc ctc gag aag atc cag      288

    Gly Gly Leu Pro Met His His Val Arg Ala Ala Leu Glu Lys Ile Gln

                    85                  90                  95

    gcc gcc ctg cct cag ggc ccc tac gcc gtc aac ctc atc cac tcg cct      336

    Ala Ala Leu Pro Gln Gly Pro Tyr Ala Val Asn Leu Ile His Ser Pro

                100                 105                 110

    ttt gac agc aac ctc gag aag ggc aac gtc gat ctc ttc ctc gag aag      384

    Phe Asp Ser Asn Leu Glu Lys Gly Asn Val Asp Leu Phe Leu Glu Lys

            115                 120                 125

    ggc gtc act gtg gtg gag gcc tcg gca ttc atg acc ctc acc ccg cag      432

    Gly Val Thr Val Val Glu Ala Ser Ala Phe Met Thr Leu Thr Pro Gln

        130                 135                 140

    gtc gtg cgc tac cgc gcc gcc ggc ctc tcg cgc aac gcc gac ggt tcg      480

    Val Val Arg Tyr Arg Ala Ala Gly Leu Ser Arg Asn Ala Asp Gly Ser

    145                 150                 155                 160

    gtc aac atc cgc aac cgc atc atc ggc aag gtc tcg cgc acc gag ctc      528

    Val Asn Ile Arg Asn Arg Ile Ile Gly Lys Val Ser Arg Thr Glu Leu

                    165                 170                 175

    gcc gag atg ttc atc cgc ccg gcc ccg gag cac ctc ctc gag aag ctc      576

    Ala Glu Met Phe Ile Arg Pro Ala Pro Glu His Leu Leu Glu Lys Leu

                180                 185                 190

    atc gcc tcg ggc gag atc acc cag gag cag gcc gag ctc gcg cgc cgc      624

    Ile Ala Ser Gly Glu Ile Thr Gln Glu Gln Ala Glu Leu Ala Arg Arg

            195                 200                 205

    gtt ccc gtc gcc gac gat atc gct gtc gag gct gac tcg ggc ggc cac      672

    Val Pro Val Ala Asp Asp Ile Ala Val Glu Ala Asp Ser Gly Gly His

        210                 215                 220

    acc gac aac cgc ccc atc cac gtc atc ctc ccg ctc atc atc aac ctc      720

    Thr Asp Asn Arg Pro Ile His Val Ile Leu Pro Leu Ile Ile Asn Leu

    225                 230                 235                 240

    cgc aac cgc ctg cac cgc gag tgc ggc tac ccc gcg cac ctc cgc gtc      768

    Arg Asn Arg Leu His Arg Glu Cys Gly Tyr Pro Ala His Leu Arg Val

                    245                 250                 255

    cgc gtt ggc gcc ggc ggt ggc gtc ggc tgc ccg cag gcc gcc gcc gcc      816

    Arg Val Gly Ala Gly Gly Gly Val Gly Cys Pro Gln Ala Ala Ala Ala

                260                 265                 270

    gcg ctc acc atg ggc gcc gcc ttc atc gtc acc ggc act gtc aac cag      864

    Ala Leu Thr Met Gly Ala Ala Phe Ile Val Thr Gly Thr Val Asn Gln

            275                 280                 285

    gtc gcc aag cag tcc ggc acc tgc gac aac gtg cgc aag cag ctc tcg       912

    Val Ala Lys Gln Ser Gly Thr Cys Asp Asn Val Arg Lys Gln Leu Ser

        290                 295                 300

    cag gcc acc tac tcg gat atc tgc atg gcc ccg gcc gcc gac atg ttc       960

    Gln Ala Thr Tyr Ser Asp Ile Cys Met Ala Pro Ala Ala Asp Met Phe

    305                 310                 315                 320

    gag gag ggc gtc aag ctc caggtc ctc aag aag gga acc atg ttc ccc       1008

    Glu Glu GIy Val Lys Leu Gln Val Leu Lys Lys Gly Thr Met Phe Pro

                    325                 330                 335

    tcg cgc gcc aac aag ctc tac gag ctc ttt tgc aag tac gac tcc ttc      1056

    Ser Arg Ala Asn Lys Leu Tyr Glu Leu Phe Cys Lys Tyr Asp Ser Phe

                340                 345                 350

    gac tcc atg cct cct gcc gag ctc gag cgc atc gag aag cgt atc ttc      1104

    Asp Ser Met Pro Pro Ala Glu Leu Glu Arg Ile Glu Lys Arg Ile Phe

            355                 360                 365

    aag cgc gca ctc cag gag gtc tgg gag gag acc aag gac ttt tac att      1152

    Lys Arg Ala Leu Gln Glu Val Trp Glu Glu Thr Lys Asp Phe Tyr Ile

        370                 375                 380

    aac ggt ctc aag aac ccg gag aag atc cag cgc gcc gag cac gac ccc      1200

    Asn Gly Leu Lys Asn Pro Glu Lys Ile Gln Arg Ala Glu His Asp Pro

    385                 390                 395                 400

    aag ctc aag atg tcg ctc tgc ttc cgc tgg tac ctt ggt ctt gcc agc      1248

    Lys Leu Lys Met Ser Leu Cys Phe Arg Trp Tyr Leu Gly Leu Ala Ser

                    405                 410                 415

    cgc tgg gcc aac atg ggc gcc ccg gac cgc gtc atg gac tac cag gtc      1296

    Arg Trp Ala Asn Met Gly Ala Pro Asp Arg Val Met Asp Tyr Gln Val

                420                 425                 430

    tgg tgt ggc ccg gcc att ggc gcc ttc aac gac ttc atc aag ggc acc      1344

    Trp Cys Gly Pro Ala Ile Gly Ala Phe Asn Asp Phe Ile Lys Gly Thr

            435                 440                 445

    tac ctc gac ccc gct gtc tcc aac gag tac ccc tgt gtc gtc cag atc      1392

    Tyr Leu Asp Pro Ala Val Ser Asn Glu Tyr Pro Cys Val Val Gln Ile

        450                 455                 460

    aac ctg caa atc ctc cgt ggt gcc tgc tac ctg cgc cgt ctc aac gcc      1440

    Asn Leu Gln Ile Leu Arg Gly Ala Cys Tyr Leu Arg Arg Leu Asn Ala

    465                 470                 475                 480

    ctg cgc aac gac ccg cgc att gac ctc gag acc gag gat gct gcc ttt      1488

    Leu Arg Asn Asp Pro Arg Ile Asp Leu Glu Thr Glu Asp Ala Ala Phe

                    485                 490                 495

    gtc tac gag ccc acc aac gcg ctc                                      1512

    Val Tyr Glu Pro Thr Asn Ala Leu

                500

    <210>32

    <211>504

    <212>PRT

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>32

    Ala Pro Leu Tyr Leu Ser Gln Asp Pro Thr Set Gly Gln Leu Lys Lys

    1               5                   10                  15

    His Thr Asp Val Ala Ser Gly Gln Ala Thr Ile Val Gln Pro Cys Thr

                20                  25                  30

    Leu Gly Asp Leu Gly Asp Arg Set Phe Met Glu Thr Tyr Gly Val Val

            35                  40                  45

    Ala Pro Leu Tyr Thr Gly Ala Met Ala Lys Gly Ile Ala Set Ala Asp

        50                  55                  60

    Leu Val Ile Ala Ala Gly Lys Arg Lys Ile Leu Gly Ser Phe Gly Ala

    65                  70                  75                  80

    Gly Gly Leu Pro Met His His Val Arg Ala Ala Leu Glu Lys Ile Gln

                    85                  90                  95

    Ala Ala Leu Pro Gln Gly Pro Tyr Ala Val Asn Leu Ile His Ser Pro

                100                 105                 110

    Phe Asp Ser Asn Leu Glu Lys Gly Asn Val Asp Leu Phe Leu Glu Lys

            115                 120                 125

    Gly Val Thr Val Val Glu Ala Ser Ala Phe Met Thr Leu Thr Pro Gln

        130                 135                 140

    Val Val Arg Tyr Arg Ala Ala Gly Leu Ser Arg Asn Ala Asp Gly Ser

    145                 150                 155                 160

    Val Asn Ile Arg Asn Arg Ile Ile Gly Lys Val Ser Arg Thr Glu Leu

                    165                 170                 175

    Ala Glu Met Phe Ile Arg Pro Ala Pro Glu His Leu Leu Glu Lys Leu

                180                 185                 190

    Ile Ala Ser Gly Glu Ile Thr Gln Glu Gln Ala Glu Leu Ala Arg Arg

            195                 200                 205

    Val Pro Val Ala Asp Asp Ile Ala Val Glu Ala Asp Ser Gly Gly His

        210                 215                 220

    Thr Asp Asn Arg Pro Ile His Val Ile Leu Pro Leu Ile Ile Asn Leu

    225                 230                 235                 240

    Arg Asn Arg Leu His Arg Glu Cys Gly Tyr Pro Ala His Leu Arg Val

                    245                 250                 255

    Arg Val Gly Ala Gly Gly Gly Val Gly Cys Pro Gln Ala Ala Ala Ala

                260                 265                 270

    Ala Leu Thr Met Gly Ala Ala Phe Ile Val Thr Gly Thr Val Asn Gln

            275                 280                 285

    Val Ala Lys Gln Ser Gly Thr Cys Asp Asn Val Arg Lys Gln Leu Ser

        290                 295                 300

    Gln Ala Thr Tyr Ser Asp Ile Cys Met Ala Pro Ala Ala Asp Met Phe

    305                 310                 315                 320

    Glu Glu Gly Val Lys Leu Gln Val Leu Lys Lys Gly Thr Met Phe Pro

                    325                 330                 335

    Ser Arg Ala Asn Lys Leu Tyr Glu Leu Phe Cys Lys Tyr Asp Ser Phe

                340                 345                 350

    Asp Ser Met Pro Pro Ala Glu Leu Glu Arg Ile Glu Lys Arg Ile Phe

            355                 360                 365

    Lys Arg Ala Leu Gln Glu Val Trp Glu Glu Thr Lys Asp Phe Tyr Ile

        370                 375                 380

    Asn Gly Leu Lys Asn Pro Glu Lys Ile Gln Arg Ala Glu His Asp Pro

    385                 390                 395                 400

    Lys Leu Lys Met Ser Leu Cys Phe Arg Trp Tyr Leu Gly Leu Ala Ser

                    405                 410                 415

    Arg Trp Ala Asn Met Gly Ala Pro Asp Arg Val Met Asp Tyr Gln Val

                420                 425                 430

    Trp Cys Gly Pro Ala Ile Gly Ala Phe Asn Asp Phe Ile Lys Gly Thr

            435                 440                 445

    Tyr Leu Asp Pro Ala Val Ser Asn Glu Tyr Pro Cys Val Val Gln Ile

        450                 455                 460

    Asn Leu Gln Ile Leu Arg Gly Ala Cys Tyr Leu Arg Arg Leu Asn Ala

    465                 470                 475                 480

    Leu Arg Asn Asp Pro Arg Ile Asp Leu Glu Thr Glu Asp Ala Ala Phe

                    485                 490                 495

    Val Tyr Glu Pro Thr Asn Ala Leu

                500

    <210>33

    <211>9

    <212>PRT

    <213>人工序列

    <220>

    <223>motif

    <220>

    <221>MISC_FEATURE

    <222>(2)..(3)

    <223>x＝任意氨基酸

    <220>

    <221>MISC_FEATURE

    <222>(6)..(6)

    <223>x＝A或S

    <220>

    <221>MTSC_FEATURE

    <222>(7)..(8)

    <223>x＝任意氨基酸

    <400>33

    Trp Xaa Xaa Lys Glu Xaa Xaa Xaa Lys

    1               5

    <210>34

    <211>6

    <212>PRT

    <2l3>人工序列

    <220>

    <223>motif

    <220>

    <221>MISC_FEATURE

    <222>(3)..(3)

    <223>x＝I或L或V

    <400>34

    Phe Asn Xaa Ser His Ser

    1               5

    <210>35

    <211>5

    <212>PRT

    <213>人工序列

    <220>

    <223>motif

    <220>

    <221>MISC_FEATURE

    <222>(1)..(5)

    <223>x＝I或L或V

    <400>35

    Xaa Gly Xaa Asp Xaa

    1               5

    <210>36

    <211>4244

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <400>36

    tttctctctc tcgagctgtt gctgctgctg ctgctgctgc tgcttccttg ctggttctca    60

    cgtccgttcg atcaagcgct cgctcgctcg accgatcggt gcgtgcgtgc gtgcgtgagt     120

    cttgttgcca ggcagccgca ggctgtctgt ctgtttgtgt agttttaccc tcggggttcg     180

    gggtctgcct gcctcccgct cccgcccgcc gccgcccgta tccaccccgc tcgcctccgc     240

    ccatcgggcc tcgcctcctc gcgccgcacg catcgcgcgc atcgcatgca tcatgctgcc     300

    acgcacgggg ggacgcgcgc cccgcgtccc ccgccgccgc cgtcgtcgtc tggcgatgcc     360

    gtcgccgccc tccttccttc cctcgcctcc tcttcctccc gagcccccct gtcttccttc     420

    gcccccgcag cggcgcgcag gaagcgagga gagcggggag gagagaagaa aagaaaagaa     480

    aagaaaagaa aataacagcg ccgtctcgcg cagacgcgcg cggccgcgtg cgaggcggcg     540

    tgatggggct tctcgtggcg cggctgcggc ctggcccggc ctcgcctttg aggtgcaggc     600

    tttgggagag aagagtggga cgcggagaag ataagatggt gccatggcgc aggacggaga     660

    ggttgctgaa acttcttcga gcggcacagg cgatggcgag agaccgacag ctgccggcgc     720

    ggaggggatg gatacctccc gaggctggca tggacgagct ggccgcgcgg atctggctgg     780

    ccgcgcggcg gtgggtccgg aggcgcgagg ttggttttct tcatacctga taccatacgg     840

    tattcattct tcctctccag gaaggaagca agtcacatag agtatcacta gcctaatgat     900

    ggactctatg ttttagggca cgtcggagca gaaggcgcga gcgattcgaa tgcgagcgat     960

    agatacagca cagagacctt gccggcgacg cggatgcagg cgagcacgca cgcaccgcac     1020

    gcacggcagc ggtgcacgcg ctcctcggca gatgcacggt tctgcgccgc gcctttacat     1080

    tttttgattt taggtggtgt gcctgccact ttgaacatca tccacaagtc aacgcagcat     1140

    caagaggcaa gcaagtacat acatccattc gaattcaagt tcaagagacg cagcaacagc     1200

    cgccgctccg ctcaagctgc agctagctgg ctgacagggc tcgctggctg tagtggaaaa     1260

    ttccattcac ttttctgcat ccgcggccag caggcccgta cgcacgttct ctcgtttgtt     1320

    tgttcgttcg tgcgtgcgtg cgtgcgtccc agctgcctgt ctaatctgcc gcgcgatcca     1380

    acgaccctcg gtcgtcgccg caagcgaaac ccgacgccga cctggccaat gccgcaagaa     1440

    tgctaagcgc gcagcaatgc tgagagtaat cttcagccca ccaagtcatt atcgctgccc     1500

    aagtctccat cgcagccaca ttcaggcttt ctctctctct ccctccctct ctttctgccg     1560

    ggagagaagg aaagacccgc cgccgccgcc tctgcgcctg tgacgggctg tccgttgtaa     1620

    gccctcttag acagttccta ggtgccgggc gccgccgcgc ctccgtcgca ggcacacgta     1680

    ggcggccacg ggttcccccc gcaccttcca caccttcttc ccccgcagcc ggaccgcgcg     1740

    ccgtctgctt acgcacttcg cgcggccgcc gcccgcgaac ccgagcgcgt gctgtgggcg     1800

    ccgtcttccg gccgcgtcgg aggtcgtccc cgcgccgcgc tactccgggt cctgtgcggt     1860

    acgtacttaa tattaacagt gggacctcgc acaggacctg acggcagcac agacgtcgcc     1920

    gcctcgcatc gctggggacg caggcgaggc atcccggcgc ggccccgcac cggggaggct     1980

    gcggggcggc ctcttccggc cggcggccgc atcaggcgga tgacgcaaga gccctcgcag     2040

    tcgctcgctc gcgggagcgc agcgcggcgc cagcgtggcc aagctcccgc cccttctggc     2100

    tggctgcatg cctgcctgcc tgcctgcctg cgtgcgtgcg tgcgtgcgtg ccttcgtgcg     2160

    tgcctgcctt cgtgcgtgcg tgcgtgagtg cggcggaaga gggatcatgc gaggatcaat     2220

    cacccgccgc acctcgactt ttgaagaagc cgcgatgcga tgcgatgcga tgcgatgcga     2280

    cgcgataccg tgcgaggcta cgaagcgagt ctggccggcc gtcatacaac gcacgttttc     2340

    gagaaggagg gctggcggag gcgtgcatgc cggcgaccat tgcgaacgcg gcgtctcgtg     2400

    gctggcgaag gtgcctggag gatctaacga tcgctgctat gatgctatag ctgtgctgat    2460

    ccccggtcca ttccaccacg tctgtgcctg ccgcctgacc tgcgcttggc tttccttcaa    2520

    gttctcctcc gccgggcctt caggaccgag acgagacctg cagctgcagc tagactcgcg    2580

    ctcgctcgcg gaggattcgc cggccgccgg gccggacggg actcgcgagg tcacacggcc    2640

    gccggcgatc gcgatggctg tgctgacgta ctcgtgcgtg gcagccgtac gtcagcgacg    2700

    ccgcctccgt attgtggatt cgttagttgg ttgttggttg atttgttgat taattttttt    2760

    gttcgtaggc ttggttatag ctaatagttt agtttatact ggtgctcttc ggtgctgatt    2820

    tagctcgact tgggtccaca ccactgcccc tctactgtga atggatcaat ggacgcacga    2880

    cgggccgacg aaagtgcgcg agtgaggtaa cctaagcaac ggcggtcttc agaggggacg    2940

    cacgccctcc gtcgcagtca gtccagacag gcagaaaagc gtcttaggga ccacgcacgc    3000

    acgcacgcac gcacgcacgc ccgcacgcac gctccctccc tcgcgtgcct atttttttag    3060

    gcttccttcc gcacgggcct acctctcgct ccctcgcctc gccgcaccag gcggcagcag    3120

    cgatacctgc cggtgccgcc tccgtcacgc gctcagccgc agctcagccc agccgcgagc    3180

    tagggtttgt tcgtcctgaa ttgtttgatt tgatttgatt tgatttgatc cgatccgatc    3240

    cgatctgatc tgatttgctt tgctttgctt tgtctccctc ccggcgcgga ccaagcgtcc    3300

    gtctgcgcgc cgcagcttcc cttcttctcc cagccctcct tctgctcccg cctctcgcgc    3360

    aagcacgcag cttcgccgcc gcatccggtc ggtcggtcgg tcgatcgacc cgcctgccgc    3420

    tgctgctgtg gccgggcttt tctccatcgg cgactctttc ttctccatac gtcctactac    3480

    gtacatacat actgccggct tcctcctctt ccagcgcggc gacggcggca ggctgcgacg    3540

    tcgtcgccgc cgcgggcgcc gcgcgcgccg ccgccgccgc ccgcgtcgca gggcctcgtc    3600

    gccgccgccg ctccgctccg ctccgaggcc gcgagagggc cgcggcggcg cgatggatgg    3660

    atggatggat ggatggatgg atggattttg ttgatcgatg gcggcgcatg ggcggagatg    3720

    agcgaggacg agcgcgcgag cgcggcagcc ggattcgcag ggcctcgctc gcctcgcgcc    3780

    cgctgccgcg cccgccttgc gagcctgcgc cgcgagcgag cgagcgagcg agcggggctt    3840

    tctttgtctc gcgcgccgct tggcctcgtg tgtcttgtgc ttgcgtagcg ggcgccgcgg    3900

    tggaagatgg ctcattcaat cgacccattc acgcacgcac tccggcgcgc agagaaggcc    3960

    gaggaggagc agcaagcaaa ccaaaagctc tcgcgctcgc ggtctcgggc tcgagcggtc    4020

    tcggagagag agtcttgcgg cgaccaccgg cagcagcagc agcagcagca gcgctgtcga    4080

    gcacgagcac gagcacgagc acgagcacga gcattcgagc aagaggacag acacggttgt    4140

    cagcgcctag ctcgctcgat acagaaagag gcgggttggg cgtaaaaaaa aaggagcacg    4200

    caagccgcca gccagccagc tagctagcca gcctgcctgc caaa                     4244

    <210>37

    <211>3886

    <212>DNA

    <213>Schizochytrium sp.

    <220>

    <221>misc_feature

    <222>(2115)..(2115)

    <223>n＝a，c，g，或t

    <400>37

    gatcttgatt gccaagctct ggattgtcga ttccgatgaa tcgagctctt tgttgtcgag    60

    ctctggcttg ccgagctttc agaaatagac aaaattgccg agttcctgat tgcggggctc     120

    tcgattgcca aggtctggtg gattctcgaa ctctcgattg tcaaaatctt ggtcgtctcg     180

    tcggattctt tcctgatttg ttttgtcaag accttgagat tgtgcaaaac cttgatcgtt     240

    gacaaaccct tgatcgacag cagcctttca tcacgctcag ctcttgtcat tgattatatt     300

    ccccctgaca gccaacacct tgatgcaggg tctcaacctt gatttttgga ggccatcatc     360

    agcatcacgc cccggcactc accctcaaca ttcgacagcc aacgcttttt tttcttcgac     420

    taggatctga gaataaaagc aggtcaccac gaccgtaggc caacgcgaca accatggaaa     480

    taaagtgaca acgaacgact tgcaagttta aatgtaaaga gcagcaattg cccgcccaca     540

    gacaaatgaa agcaggcgcc gagtcttatt tgaggaggtg ggcctgtggc aatgggcgaa     600

    agaaaatcaa ggacaaggag agcaggttac gtaccggtat actggtatac gtacatggat     660

    ggttcttggc aagttgacgg gatgtgtgcg agtgaccgtg gtagttaacg aaagagccgc     720

    aagggcaagg aaagcaagag aatgcagact tttccacagg atggatgggt ccgcagcttg     780

    ccgcatgatg aaacgctgta tttcacctgg cacgtggtgg cgcacgcgcc cacatatgat     840

    cgcggcggcg ggtgtattat acattttccc cctcaggtct actgccatcc ctccatgcgt     900

    cgctcgtgcg aacgacgcaa gcctttcgca tcgtgcagcc tctttctggt aaggcaagag     960

    ctaaacccaa acctaaacga aagaacattt ttacctctct ctctctccca ttggtcgcgt     1020

    gcgctccgcc gctcgctcct cctcctgcca gtgtcgcgcc ctaacttccc ccctccctcc     1080

    ctccctccct ccctccctct ctcctgccac cgcccctctc tccgcgctgc gtgcggtgct     1140

    gccctggacc aatggcatgc tgctgcacgc tcggcggatg acgcaagccg cttcgcaatt     1200

    tccggatcag atctcggcgg ggcgtgcgcc gcggggtcac tgcggacctg ccgcggcccc     1260

    tgcttctttc acatccatca tgtcctccaa acctccgcct cctccacgca cgtacgcacg     1320

    cccgctcgca cgcgcgcact gccgctgcga aagcaagcgc ccgcccgccg cccggcgacg     1380

    ggaaggcggc cgcggtctcc ctccgcggtt gcctcgctcc cgcgcggggc tgggcgggca     1440

    gcagaaggcg ggtggcggcg gcggcttccg tcttcgtcag cggcctacgt cggcggcggc     1500

    gcgcgagact acgcatgccc ttgcgtcatg cgctcgcagg tagccgccgc gggcctagcg     1560

    tttccgctgg cgccgcgcct aagcccccgg cgcgcacggt attgccgcga taccgtacgg     1620

    ccaagaccgc cgcagacgtc ggccctctcg cggccagcca gccagcagcg cagcggagga     1680

    agagcgcgca ggcgcggcgg gagggcggcc gcggagcagc gcagagcggg gcggagcagc     1740

    gcggagcaga acgggcagac tcggagcggg cagggcgggc agagctttgg ggtttaagga     1800

    ccgggttacc ggcgaagtga gcggctgcgg ggagcggctg tgggaggggt gagtacgcaa     1860

    gcacgatgcg agcgagagag agacgctgcc gcgaatcaag aaggtaggcg cgctgcgagg     1920

    cgcggcggcg gagcggagcg agggagaggg agagggagag agagggaggg agacgtcgcc     1980

    gcggcggggc ctggcctggc ctggtttggc ttggtcagcg cggccttgtc cgagcgtgca     2040

    gctggagttg ggtggattca tttggatttt cttttgtttt tgtttttctc tctttcccgg     2100

    aaagtgttgg ccggncggtg ttctttgttt tgatttcttc aaaagttttg gtggttggtt     2160

    ctctctcttg gctctctgtc aggcggtccg gtccacgccc cggcctctcc tctcctctcc     2220

    tctcctctcc tctccgtgcg tatacgtacg tacgtttgta tacgtacata catcccgccc     2280

    gccgtgccgg cgagggtttg ctcagcctgg agcaatgcga tgcgatgcga tgcgatgcga     2340

    cgcgacgcga cgcgagtcac tggttcgcgc tgtggctgtg gcttgcttgc ttacttgctt     2400

    tcgagctctc ccgctttctt ctttccttct cacgccacca ccaacgaaag aagatcggcc   2460

    ccggcacgcc gctgagaagg gctggcggcg atgacggcac gcgcgcccgc tgccacgttg   2520

    gcgctcgctg ctgctgctgc tgctgctgct gctgctgctg ctgctgctgc tgctgcttct   2580

    gcgcgcaggc tttgccacga ggccggcgtg ctggccgctg ccgcttccag tccgcgtgga   2640

    gagatcgaat gagagataaa ctggatggat tcatcgaggg atgaatgaac gatggttgga   2700

    tgcctttttc ctttttcagg tccacagcgg gaagcaggag cgcgtgaatc tgccgccatc   2760

    cgcatacgtc tgcatcgcat cgcatcgcat gcacgcatcg ctcgccggga gccacagacg   2820

    ggcgacaggg cggccagcca gccaggcagc cagccaggca ggcaccagag ggccagagag   2880

    cgcgcctcac gcacgcgccg cagtgcgcgc atcgctcgca gtgcagacct tgattccccg   2940

    cgcggatctc cgcgagcccg aaacgaagag cgccgtacgg gcccatccta gcgtcgcctc   3000

    gcaccgcatc gcatcgcatc gcgttcccta gagagtagta ctcgacgaag gcaccatttc   3060

    cgcgctcctc ttcggcgcga tcgaggcccc cggcgccgcg acgatcgcgg cggccgcggc   3120

    gctggcggcg gccctggcgc tcgcgctggc ggccgccgcg ggcgtctggc cctggcgcgc   3180

    gcgggcgccg caggaggagc ggcagcggct gctcgccgcc agagaagagc gcgccgggcc   3240

    cggggaggga cggggaggag aaggagaagg cgcgcaaggc ggccccgaaa gagaagaccc   3300

    tggacttgaa cgcgaagaag aagaagaagg agaagaagtt gaagaagaag aagaagaagg   3360

    agaggaagtt gaagaagacg aggagcaggc gcgttccaag gcgcgttctc ttccggaggc   3420

    gcgttccagc tgcggcggcg gggcgggctg cggggcgggc gcgggcgcgg gtgcgggcag   3480

    aggggacgcg cgcgcggagg cggagggggc cgagcgggag cccctgctgc tgcggggcgc   3540

    ccgggccgca ggtgtggcgc gcgcgacgac ggaggcgacg acgccagcgg ccgcgacgac   3600

    aaggccggcg gcgtcggcgg gcggaaggcc ccgcgcggag caggggcggg agcaggacaa   3660

    ggcgcaggag caggagcagg gccgggagcg ggagcgggag cgggcggcgg agcccgaggc   3720

    agaacccaat cgagatccag agcgagcaga ggccggccgc gagcccgagc ccgcgccgca   3780

    gatcactagt accgctgcgg aatcacagca gcagcagcag cagcagcagc agcagcagca   3840

    gcagcagcag ccacgagagg gagataaaga aaaagcggca gagacg                  3886