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本发明公开了一种互营脂肪酸氧化菌与产电菌优势菌群的构建方法,互营脂肪酸氧化菌利用挥发性有机脂肪酸为底物进行代谢,其发酵末端产物乙酸在外加电压的催化下被产电菌进一步利用,实现了有机物的梯级降解,提高了高浓度有机废水的处理效能和系统的稳定性,同时提高了氢气的产率,达到治污与产能的统一。构建方法包括以下步骤:互营脂肪酸氧化菌的富集,产电菌的富集,两种富集成功菌群加入到MEC反应器中去除挥发性有机脂肪酸等。