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本发明属于海藻加工技术领域,具体涉及一种通过微生物降解从海藻中提取海藻中间体的方法。本发明的方法包括下述的步骤:在海藻浸泡液中加入发酵液,搅拌,加热,再加入硫酸铜与鳌合剂的混合溶液,加热,搅拌,冷却,打浆,得海藻中间体。本发明采用微生物发酵过程中自身产生的有机酸、多肽、复合酶系对海藻进行降解,同时海藻中丰富的营养物质及生物活性物质又完整保留在海藻中间体中。本发明所选择的发酵菌种基本来自于土壤微生物。