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本发明涉及生物技术领域中的蛋白深度酶解的方法,具体是指一种具有抑制腐败作用的低值鱼蛋白深度酶解的方法。该方法在整个酶解过程中不断通入净化空气或氧气,保持酶解罐内的净压力在0.10.3MPa,可抑制和杀灭引致水解物腐败变质的厌氧菌;酶解过程中保持内切和外切蛋白酶的协同作用,内切蛋白酶用量为按低值鱼重量计0.022.0,外切蛋白酶用量为按低值鱼重量计0.22.0。本发明的方法可避免用化学杀菌剂所导致的。