一种检测耳聋基因20个突变位点的方法.pdf

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摘要
申请专利号:

CN201510444139.X

申请日:

2015.07.22

公开号:

CN105255999A

公开日:

2016.01.20

当前法律状态:

实审

有效性:

审中

法律详情:

实质审查的生效IPC(主分类):C12Q 1/68申请日:20150722|||公开

IPC分类号:

C12Q1/68

主分类号:

C12Q1/68

申请人:

广州市达瑞生物技术股份有限公司; 广州邦德盛生物科技有限公司

发明人:

李明; 高旭年; 李粉霞; 李尔华; 刘启祥; 何丹; 林紫慧; 曾莉

地址:

510665广东省广州市高新技术产业开发区荔枝山路6号

优先权:

专利代理机构:

代理人:

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内容摘要

本发明涉及临床样品中耳聋GJB2、SLC26A4、GJB3、12S rRNA这四种基因20个热点突变位点的检测,并结合基质辅助激光解吸附/电离飞行时间质谱检测方法,针对四种基因出现的异常的SNP基因位点,设计不同位点的扩增引物和单碱基延伸引物,进行质谱技术分析特异性的SNP位点基因型的一种方法。

权利要求书

1.一种检测耳聋基因20个热点突变位点的方法,其特征在于检测人耳聋基因GJB2、SLC26A4、GJB3、12SrRNA中20个热点突变位点的方法,检测方法如下: (1)合成引物序列:合成耳聋突变基因特异性SNPs位点的PCR扩增引物及单碱基延伸引物序列; (2)多重PCR扩增SNPs位点基因片段:通过多重扩增体系一次扩增覆盖特异性SNPs位点的耳聋突变基因片段; (3)单碱基延伸SNPs位点:通过多重延伸体系一次延伸耳聋突变基因的SNPs位点; (4)上机检测基因型:通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱方法,检测数据并分析各突变位点的基因型。 2.根据权利要求1所述的检测方法,其特征还在于耳聋基因20个热点突变分别为: (1)GJB2基因上的rs80338943(235delC)、176_191del、rs111033204(299_300delAT)、rs80338939(35delG)、rs80338942(167delT)5个SNP突变位点; (2)GJB3基因上的:rs74315318(547G→A)和rs74315319(538C→T)2个SNP突变位点; (3)SLC26A4基因上的2rs111033220(1229C>T)、rs201562855(1174A>T)、rs200455203(1226G>A)、rs192366176(IVS15+5G>A)、rs111033318(2027T>A)、rs200455203(1975G>C)、rs111033380(589G>A)、rs121908363(2162C>T)、SLC26A4_281(281C>T)、rs111033313(IVS7-2A>G)、rs121908362(2168A>G)11个SNP突变位点; (4)12SrRNA基因上的rs267606617(m.1555A>G)和rs267606619(m.1494C>T)2个SNP突变位点。 3.根据权利要求1所述的检测方法,其特征还在于检测方法步骤(1)中所述的引物序列为针对20个耳聋热点突变位点设计,分别为: (1)针对GJB2基因上的rs80338939(35delG)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGGTCCTAGCTAGTGATTCCTG-3’(SEQIDNO:01) 5’-ACGTTGGATGTCTGGGTTTTGATCTCCTCG-3’(SEQIDNO:02) 单碱基延伸引物是: 5’-TGCTAGTGGAGTGTTTGTTCACACCCCC-3’(SEQIDNO:03) (2)针对GJB2基因上的rs80338942(167delT)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGTCTGGGTTTTGATCTCCTCG-3’(SEQIDNO:04) 5’-ACGTTGGATGGTCCTAGCTAGTGATTCCTG-3’(SEQIDNO:05) 单碱基延伸引物是: 5’-CCGACTTTGTCTGCAACACCC-3’(SEQIDNO:06) (3)针对GJB2基因上的176_191del16位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGGTCCTAGCTAGTGATTCCTG-3’(SEQIDNO:07) 5’-ACGTTGGATGTCTGGGTTTTGATCTCCTCG-3’(SEQIDNO:08) 单碱基延伸引物是: 5’-GGAAGTAGTGATCGTAGC-3’(SEQIDNO:09) (4)针对GJB2基因上的rs80338943(235delC)位点,PCR扩增引物是, 5’-ACGTTGGATGGTCCTAGCTAGTGATTCCTG-3’(SEQIDNO:10) 5’-ACGTTGGATGTCTGGGTTTTGATCTCCTCG-3’(SEQIDNO:11) 单碱基延伸引物是: 5’-AAGATCAGCTGCAGG-3’(SEQIDNO:12) (5)针对GJB2基因上的rs111033204(299_300delAT)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGGTCCTAGCTAGTGATTCCTG-3’(SEQIDNO:13) 5’-ACGTTGGATGTCTGGGTTTTGATCTCCTCG-3’(SEQIDNO:14) 单碱基延伸引物是: 5’-ATGAACTTCCTCTTCTTCTC-3’(SEQIDNO:15) (6)针对GJB3基因上的rs74315319(538C>T)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGACAGATGGTGAGTACGATGC-3’(SEQIDNO:16) 5’-ACGTTGGATGTTCCTCTACCTGCTGCACAC-3’(SEQIDNO:17) 单碱基延伸引物是: 5’-TGGACTGCTACATTGCC-3’(SEQIDNO:18) (7)针对GJB3基因上的rs74315318(547G>A)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGTTCCTCTACCTGCTGCACAC-3’(SEQIDNO:19) 5’-ACGTTGGATGACAGATGGTGAGTACGATGC-3’(SEQIDNO:20) 单碱基延伸引物是: 5’-AAGTAGGTGAAGATTTTCTTCT-3’(SEQIDNO:21) (8)针对SLC26A4基因上的SLC26A4_281(281C>T)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGTGACTCTCTCCACTAAGGG-3’(SEQIDNO:22) 5’-ACGTTGGATGTCCCCAAATACCGAGTCAAG-3’(SEQIDNO:23) 单碱基延伸引物是: 5’-CGTCATTTCGGGAGTTAGTA-3’(SEQIDNO:24) (9)针对SLC26A4基因上的rs111033380(589G>A)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGCACTTTCTCGTATCCAGCAG-3’(SEQIDNO:25) 5’-ACGTTGGATGCTTGTAAGTTCATTACCTG-3’(SEQIDNO:26) 单碱基延伸引物是: 5’-GTAAGTTCATTACCTGTATAATTC-3’(SEQIDNO:27) (10)针对SLC26A4基因上的rs201562855(1174A>T)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGCTGTGTCTTTCCTCCAGTGC-3’(SEQIDNO:28) 5’-ACGTTGGATGGTAGGATCGTTGTCATCCAG-3’(SEQIDNO:29) 单碱基延伸引物是: 5’-AGGAATTCATTGCCTTTGGGATCAGC-3’(SEQIDNO:30) (11)针对SLC26A4基因上的rs111033305(1226G>A)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGCTGTGTCTTTCCTCCAGTGC-3’(SEQIDNO:31) 5’-ACGTTGGATGGTAGGATCGTTGTCATCCAG-3’(SEQIDNO:32) 单碱基延伸引物是: 5’-CACCACTGCTCTTTCCC-3’(SEQIDNO:33) (12)针对SLC26A4基因上的rs111033220(1229C>T)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGGTAGGATCGTTGTCATCCAG-3’(SEQIDNO:34) 5’-ACGTTGGATGCTGTGTCTTTCCTCCAGTGC-3’(SEQIDNO:35) 单碱基延伸引物是: 5’-CTTTCCTCCAGTGCTCTCCTGGACGGCC-3’(SEQIDNO:36) (13)针对SLC26A4基因上的rs200455203(1975G>C)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGCAGAAAACCAGAACCTTACC-3’(SEQIDNO:37) 5’-ACGTTGGATGCTGAGCTTCCAGTCAAAGTG-3’(SEQIDNO:38) 单碱基延伸引物是: 5’-GCCAATCCATAGCCTT-3’(SEQIDNO:39) (14)针对SLC26A4基因上的rs111033318(2027T>A)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGCTGAGCTTCCAGTCAAAGTG-3’(SEQIDNO:40) 5’-ACGTTGGATGCAGAAAACCAGAACCTTACC-3’(SEQIDNO:41) 单碱基延伸引物是: 5’-AACCTTACCACCCGC-3’(SEQIDNO:42) (15)针对SLC26A4基因上的rs121908363(2162C>T)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGATGGAACCTTGACCCTCTTG-3’(SEQIDNO:43) 5’-ACGTTGGATGAATGCGGGTTCTTTGACGAC-3’(SEQIDNO:44) 单碱基延伸引物是: 5’-AAGGACACATTCTTTTTGA-3’(SEQIDNO:45) (16)针对SLC26A4基因上的rs121908362(2168A>G)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGAATGCGGGTTCTTTGACGAC-3’(SEQIDNO:46) 5’-ACGTTGGATGATGGAACCTTGACCCTCTTG-3’(SEQIDNO:47) 单碱基延伸引物是: 5’-TTGGTTCTGTAGATAGAGTATAGCATCA-3’(SEQIDNO:48) (17)针对SLC26A4基因上的rs111033313(IVS7-2A>G)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGCCATATGAAATGGCAGTAGC-3’(SEQIDNO:49) 5’-ACGTTGGATGCAAAATCCCAGTCCCTATTC-3’(SEQIDNO:50) 单碱基延伸引物是: 5’-GTTTTTAACATCTTTTGTTTTATTTC-3’(SEQIDNO:51) (18)针对SLC26A4基因上的rs192366176(IVS15+5G>A)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGTTCTATGGCAATGTCGATGG-3’(SEQIDNO:52) 5’-ACGTTGGATGGGCCTATTCCTGATTGGAC-3’(SEQIDNO:53) 单碱基延伸引物是: 5’-AAAACAAATTTCTAGGGATAAAATA-3’(SEQIDNO:54) (19)针对12SrRNArs267606619(1494C>T)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGCACTTTCCAGTACACTTACC-3’(SEQIDNO:55) 5’-ACGTTGGATGCCCAGAAAACTACGATAGCC-3’(SEQIDNO:56) 单碱基延伸引物是: 5’-AGCGCGTACACACCGCCCGTCAC-3’(SEQIDNO:57) (20)针对12SrRNA上的rs267606617(1555A>G)位点,PCR扩增引物是: 5’-ACGTTGGATGCCCAGAAAACTACGATAGCC-3’(SEQIDNO:58) 5’-ACGTTGGATGCACTTTCCAGTACACTTACC-3’(SEQIDNO:59) 单碱基延伸引物是: 5’-CTTACCATGTTACGACTTG-3’(SEQIDNO:60)。 4.根据权利要求1所述的检测方法,其特征还在于所述检测方法步骤(2)中PCR扩增的反应条件为:95℃2min;95℃30s,56℃30s,72℃1min,72℃5min,45个循环;4℃保存。 5.根据权利要求1所述的检测方法,其特征还在于所述检测方法步骤(3)中单碱基延伸反应条件为:

说明书

一种检测耳聋基因20个突变位点的方法

技术领域

本发明涉及检测临床样品中耳聋20个热点突变位点的检测方法,特别是涉及以多重PCR
技术结合基质辅助激光解吸附/电离飞行时间质谱(简称MALDI-TOFMS)技术通过质谱技术
与多引物延伸技术和MassARRAY技术结合使用进行SNP基因型分析的检测方法。

技术背景

耳聋是是临床上最常见的遗传病之一。据2006年第二次全国残疾人抽样调查结果显示,
我国现有听力言语残疾者达2780万人,占全国8296万残疾人的33.5%,其中听力残疾者2004
万,居各类残疾之首,并以每年新增3-10万聋儿的速度在增长。按照目前的增长速度,至2050
年,听力损失患者将增长至3231万人。导致耳聋的原因有环境因素、遗传因素或者环境因素
与遗传因素共同作用。其中遗传因素是主要的部分,据报道,有60%的耳聋是由遗传缺陷引
起的,另外在大量的迟发性听力下降患者中,亦有许多患者也是由于自身的基因缺陷致病,
或由于基因缺陷和多态性造成对致聋环境因素易感性增加而致病。近年来随着对健康的重视
及社会医疗的发展,使环境因素如感染、声损伤及其他疾病导致的耳聋逐渐减少,更加突显
出遗传因素的重要性。

耳聋涉及的致病基因数量多,迄今为止发现了超过100个基因区域和46个致病基因,而每
个基因中又存在数目众多的耳聋突变位点,因而具有较高的基因和位点遗传异质性。最近,
在国内开展的大规模耳聋分子流行病学研究表明,相当一部分非综合征性耳聋仅由为数不多
的几个基因突变引起,如GJB2、SLC26A4、mtDNA12srRNA及GJB3等。这为我们大规模开
展耳聋基因筛查及诊断提供了理论依据。

GJB2基因突变在1997年首次被定位,它在儿童语前聋中占20%,在儿童非综合征耳聋
(NSHI)中占40%。GJB2基因突变在亚洲人遗传性耳聋中有一定的发生比例,中国学语前聋
儿(耳聋在5岁前发病)中26%。33%为GJB2基因突变所致,占常染色体隐性遗传性耳聋的28%。
GJB2基因突变方式复杂多变,具有明显的种族差异性。目前已检出的GJB2基因中的不同
的致病突变中最多见为30delG或35delG突变。而在我国大量流行病学调查显示,GJB2基因
致聋突变频率最高的为235delC,其次为299_300delAT及176del16。在地中海国家和美国遗传
性非综合征耳聋患者中30delG或35delG位点的突变占60-85%,而我国相对较低。在对GJB2基
因突变方式的研究中,发现犹太人中最常见的突变为167delT的突变。戴朴等人对中国18个省
份聋校的1680例非综合征性耳聋病例GJB2基因235delC突变的筛查中,发现235delC等位基因
的携带率最高,其次为299-300delAT,176dell6bp,其它致病突变等位基因的携带率较低。临
床和流行病学研究表明约80%的遗传性非综合征型语前聋为常染色体隐性遗传。SLC26A4是
常染色体隐性遗传性耳聋最常见的致病基因之一,占语前聋患儿的5%~10%,仅次于GJB2
基因。SLC26A4突变是欧美人群Pendred综合征和非综合征型耳聋的常见原因,也是导致中国
大部分遗传性耳聋的常见病凶之一。

GJB3基因于1998年由夏家辉等研究中国2个常染色体显性遗传非综合征耳聋家系时定位
并克隆。GJB3定位于人类染色体1p33-p35,编码有270个氨基酸的连接蛋白31,全长3617bp。
其突变在中国人群中常见,为导致常染色体显性和隐性遗传非综合征耳聋的原因之一。1998
年,夏家辉等最早报道了两个引起显性遗传高频听力下降的GJB3突变,他们对42个遗传性耳
聋的家系进行筛查,在一个浙江的耳聋家系中发现了一个错义突变,GJB3基因编码区的第547
位碱基由G突变成A,使得连接蛋白Cx31的第183号氨基酸由谷氨酸变成赖氨酸183K。同时他
们还在一个湖南怀化家系中发现了一个无义突变。GJB3的第538位碱基由C变成T,导致第180
号氨基酸变为终止密码子(Cx31R180x)。

1993年,Prezant等首次提出线粒体A1555G点突变与氨基糖苷类抗生素致聋的相关性。部
分个体对氨基糖苷类药物具有易感性,即应用正常剂量或微量的药物就可造成听力损失,现
已证实线粒体A1555G突变和氨基糖苷类抗生素导致的药物性聋密切相关。戴朴等在中国不同
省份特教学校的2016例非综合征型耳聋患者线粒体DNAA1555G突变筛查中,发现阳性病例
57例,检出率为2.83%。2004年,有研究又明确了mtDNA1494C>T突变是另一个可以由氨基
糖苷类药物单次剂量应用导致耳聋的线粒体基因突变类型。

基于大量的实验研究,我们最终选择了4个基因(GJB2、GJB3、SLC26A4基因和12SrRNA)
的20个突变位点:GJB2基因上的35delG、167delT、176-191del16、299_300delAT和235delC
突变;GJB3基因上的538C>T和547G>A突变;SLC26A4基因上的281C>T、589G>A、
IVS7-2A>G、1174A>T、1226G>A、1229C>T、1975G>C、2027T>A、2162C>T、2168A>G和
IVS15+5G>A突变;及线粒体DNA的1494C>T和1555A>G突变。

耳聋基因检测可以明确大部分遗传性耳聋的原因,通过耳聋基因检测结果的分析,可以
确定遗传方式,计算耳聋再发风险,对患者及其家庭成员的患病风险、携带者风险、子代的
再发风险作出准确评估与解释。通过客观、准确的指导和干预措施,从根本上预防和阻断遗
传性耳聋,是实现预防耳聋出生缺陷目标的重要步骤和手段。

基质辅助激光解吸电离(matrixassistedlaserdesorption/ionization,MALDI)是一种脉冲
式软电离技术。经电离的样本从离子源转送到质量分析器内进行分析,得到分子量。由于
MALDI离子源产生的离子常用飞行时间(timeofflight,TOF)质量分析器来分析,所以MALDI
常与TOF连在一起使用,称为基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)。由
于质谱技术与多引物延伸技术和MassARRAY技术结合使用,可以在一个反应体系中同时检
测多个突变位点,大大减轻了工作量,提高了检测通量,并降低了检测费用。

本发明人应用基质辅助激光解吸附/电离飞行时间质谱技术,通过设计PCR引物和
单碱基延伸引物而进行SNP基因型分析的一种高准确性,高通量,低成本,快速的检测方法。

发明内容

本发明的目的是提供一种耳聋突变位点的检测方法,该检测方法是以基质辅助激光解吸
附/电离飞行时间质谱技术检测基因组DNA,通过扩增20个耳聋疾病相关的SNP位点,再进行
单碱基延伸,使在SNP位点上延伸1个碱基。由于离子的质量不同,则再根据在真空小管中飞
行的时间长短也不同,借以来判断离子质量的大小,从而判断位点的基因型。

为了实现本发明,采用了一下技术方案:

(1)可特异性的检测基因组DNA中的SNPs位点;

(2)针对一组特异性染色体SNPs位点进行多种PCR扩增的引物序列;

(3)针对一组特异性染色体SNPs位点进行多种PCR延伸的引物序列;

(4)以基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱方法检测一组特异性染色体SNPs位点。

基于以上检测方法又以下四步组成:

(1)合成引物序列:合成耳聋突变基因特异性SNPs位点的PCR扩增引物及单碱基延伸引物
序列;

(2)多重PCR扩增SNPs位点基因片段:通过多重扩增体系一次扩增覆盖特异性SNPs位点
的耳聋突变基因片段;

(3)单碱基延伸SNPs位点:通过多重延伸体系一次延伸耳聋突变基因的SNPs位点;

(4)上机检测基因型:通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱方法,检测数据并分析各
突变位点的基因型。

根据本发明的PCR扩增引物和延伸引物,可一孔等效率的扩增多个SNP位点和延伸多个
SNP位点,针对该20个耳聋疾病相关位点,所使用的PCR扩增引物和单碱基延伸引物分别是:
针对GJB2基因上的rs80338939(35delG)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGGTCCTAGCTAGTGATTCCTG-3’(SEQIDNO:01);

5’-ACGTTGGATGTCTGGGTTTTGATCTCCTCG-3’(SEQIDNO:02);

单碱基延伸引物是:

5’-TGCTAGTGGAGTGTTTGTTCACACCCCC-3’(SEQIDNO:03);

针对GJB2基因上的rs80338942(167delT)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGTCTGGGTTTTGATCTCCTCG-3’(SEQIDNO:04);

5’-ACGTTGGATGGTCCTAGCTAGTGATTCCTG-3’(SEQIDNO:05);

单碱基延伸引物是:

5’-CCGACTTTGTCTGCAACACCC-3’(SEQIDNO:06);

针对GJB2基因上的176_191del16位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGGTCCTAGCTAGTGATTCCTG-3’(SEQIDNO:07);

5’-ACGTTGGATGTCTGGGTTTTGATCTCCTCG-3’(SEQIDNO:08);

单碱基延伸引物是:

5’-GGAAGTAGTGATCGTAGC-3’(SEQIDNO:09);

针对GJB2基因上的rs80338943(235delC)位点,PCR扩增引物是,

5’-ACGTTGGATGGTCCTAGCTAGTGATTCCTG-3’(SEQIDNO:10);

5’-ACGTTGGATGTCTGGGTTTTGATCTCCTCG-3’(SEQIDNO:11);

单碱基延伸引物是:

5’-AAGATCAGCTGCAGG-3’(SEQIDNO:12);

针对GJB2基因上的rs111033204(299_300delAT)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGGTCCTAGCTAGTGATTCCTG-3’(SEQIDNO:13);

5’-ACGTTGGATGTCTGGGTTTTGATCTCCTCG-3’(SEQIDNO:14);

单碱基延伸引物是:

5’-ATGAACTTCCTCTTCTTCTC-3’(SEQIDNO:15);

针对GJB3基因上的rs74315319(538C>T)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGACAGATGGTGAGTACGATGC-3’(SEQIDNO:16);

5’-ACGTTGGATGTTCCTCTACCTGCTGCACAC-3’(SEQIDNO:17);

单碱基延伸引物是:

5’-TGGACTGCTACATTGCC-3’(SEQIDNO:18);

针对GJB3基因上的rs74315318(547G>A)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGTTCCTCTACCTGCTGCACAC-3’(SEQIDNO:19);

5’-ACGTTGGATGACAGATGGTGAGTACGATGC-3’(SEQIDNO:20);

单碱基延伸引物是:

5’-AAGTAGGTGAAGATTTTCTTCT-3’(SEQIDNO:21);

针对SLC26A4基因上的SLC26A4_281(281C>T)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGTGACTCTCTCCACTAAGGG-3’(SEQIDNO:22);

5’-ACGTTGGATGTCCCCAAATACCGAGTCAAG-3’(SEQIDNO:23);

单碱基延伸引物是:

5’-CGTCATTTCGGGAGTTAGTA-3’(SEQIDNO:24);

针对SLC26A4基因上的rs111033380(589G>A)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGCACTTTCTCGTATCCAGCAG-3’(SEQIDNO:25);

5’-ACGTTGGATGCTTGTAAGTTCATTACCTG-3’(SEQIDNO:26);

单碱基延伸引物是:

5’-GTAAGTTCATTACCTGTATAATTC-3’(SEQIDNO:27);

针对SLC26A4基因上的rs201562855(1174A>T)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGCTGTGTCTTTCCTCCAGTGC-3’(SEQIDNO:28);

5’-ACGTTGGATGGTAGGATCGTTGTCATCCAG-3’(SEQIDNO:29);

单碱基延伸引物是:

5’-AGGAATTCATTGCCTTTGGGATCAGC-3’(SEQIDNO:30);

针对SLC26A4基因上的rs111033305(1226G>A)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGCTGTGTCTTTCCTCCAGTGC-3’(SEQIDNO:31);

5’-ACGTTGGATGGTAGGATCGTTGTCATCCAG-3’(SEQIDNO:32);

单碱基延伸引物是:

5’-CACCACTGCTCTTTCCC-3’(SEQIDNO:33);

针对SLC26A4基因上的rs111033220(1229C>T)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGGTAGGATCGTTGTCATCCAG-3’(SEQIDNO:34);

5’-ACGTTGGATGCTGTGTCTTTCCTCCAGTGC-3’(SEQIDNO:35);

单碱基延伸引物是:

5’-CTTTCCTCCAGTGCTCTCCTGGACGGCC-3’(SEQIDNO:36);

针对SLC26A4基因上的rs200455203(1975G>C)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGCAGAAAACCAGAACCTTACC-3’(SEQIDNO:37);

5’-ACGTTGGATGCTGAGCTTCCAGTCAAAGTG-3’(SEQIDNO:38);

单碱基延伸引物是:

5’-GCCAATCCATAGCCTT-3’(SEQIDNO:39);

针对SLC26A4基因上的rs111033318(2027T>A)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGCTGAGCTTCCAGTCAAAGTG-3’(SEQIDNO:40);

5’-ACGTTGGATGCAGAAAACCAGAACCTTACC-3’(SEQIDNO:41);

单碱基延伸引物是:

5’-AACCTTACCACCCGC-3’(SEQIDNO:42);

针对SLC26A4基因上的rs121908363(2162C>T)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGATGGAACCTTGACCCTCTTG-3’(SEQIDNO:43);

5’-ACGTTGGATGAATGCGGGTTCTTTGACGAC-3’(SEQIDNO:44);

单碱基延伸引物是:

5’-AAGGACACATTCTTTTTGA-3’(SEQIDNO:45);

针对SLC26A4基因上的rs121908362(2168A>G)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGAATGCGGGTTCTTTGACGAC-3’(SEQIDNO:46);

5’-ACGTTGGATGATGGAACCTTGACCCTCTTG-3’(SEQIDNO:47);

单碱基延伸引物是:

5’-TTGGTTCTGTAGATAGAGTATAGCATCA-3’(SEQIDNO:48);

针对SLC26A4基因上的rs111033313(IVS7-2A>G)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGCCATATGAAATGGCAGTAGC-3’(SEQIDNO:49);

5’-ACGTTGGATGCAAAATCCCAGTCCCTATTC-3’(SEQIDNO:50);

单碱基延伸引物是:

5’-GTTTTTAACATCTTTTGTTTTATTTC-3’(SEQIDNO:51);

针对SLC26A4基因上的rs192366176(IVS15+5G>A)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGTTCTATGGCAATGTCGATGG-3’(SEQIDNO:52);

5’-ACGTTGGATGGGCCTATTCCTGATTGGAC-3’(SEQIDNO:53);

单碱基延伸引物是:

5’-AAAACAAATTTCTAGGGATAAAATA-3’(SEQIDNO:54);

针对12SrRNArs267606619(1494C>T)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGCACTTTCCAGTACACTTACC-3’(SEQIDNO:55);

5’-ACGTTGGATGCCCAGAAAACTACGATAGCC-3’(SEQIDNO:56);

单碱基延伸引物是:

5’-AGCGCGTACACACCGCCCGTCAC-3’(SEQIDNO:57);

针对12SrRNA上的rs267606617(1555A>G)位点,PCR扩增引物是:

5’-ACGTTGGATGCCCAGAAAACTACGATAGCC-3’(SEQIDNO:58);

5’-ACGTTGGATGCACTTTCCAGTACACTTACC-3’(SEQIDNO:59);

单碱基延伸引物是:

5’-CTTACCATGTTACGACTTG-3’(SEQIDNO:60)

本方法所提到的多重PCR是指:一个混合多种成分在单个孔内的扩增反应体系;来源于
对样本提取的基因组DNA作为模板。其中多重PCR扩增反应条件为:95℃2min;95℃30s,
56℃30s,72℃1min,72℃5min,45个循环;4℃保存。单碱基延伸反应条件为:


本方法根据延伸产物在真空小管中飞行时间的长短来分析染色体特异性的SNP位点的基
因型。本方法选用的SNP位点是存在于人体细胞中的遗传物质,在人群中存在多态性,所延
伸的产物片段在15-30bp之间。应用基质辅助激光解吸附/电离飞行时间质谱技术对SNP位点进
行检测,检测延伸产物在真空小管中的飞行时间,为染色体特异性的SNP位点基因型的分析
提供依据。

本方法所说的GJB2基因上的特异性SNP位点突变,选用大量文献研究结果显示的在GJB2
基因上的和耳聋相关的位点:rs80338943(235delC)、176_191del、rs111033204(299_300delAT)、
rs80338939(35delG)、rs80338942(167delT)这5个SNP位点的突变情况。

本方法所说的GJB3基因上的特异性SNP位点突变,选用大量文献研究结果显示的在GJB3
基因上的和耳聋相关的位点:rs74315318(547G→A)、rs74315319(538C→T)这2个SNP位
点的突变情况。

本方法所述的SLC26A4基因上的特异性SNP位点突变,选用大量文献研究结果显示的在
SLC26A4基因上的和耳聋相关的位点:rs111033220(1229C>T)、rs201562855(1174A>T)、
rs200455203(1226G>A)、rs192366176(IVS15+5G>A)、rs111033318(2027T>A)、rs200455203
(1975G>C)、rs111033380(589G>A)、rs121908363(2162C>T)、SLC26A4_281(281C>T)、
rs111033313(IVS7-2A>G)、rs121908362(2168A>G)这11个SNP位点的突变情况。

本方法所述的12SrRNA基因上的特异性SNP位点突变,选用大量文献研究结果显示的在
12SrRNA基因上的和耳聋相关的位点:rs267606617(m.1555A>G)、rs267606619(m.1494C>T)
这2个SNP位点的突变情况。

简而言之,本方法包括多重PCR扩增引物和延伸引物;选用样本基因组DNA作为模板;
将染色体特异性的SNP位点进行扩增;利用PCR对扩增产物进行单碱基延伸;应用基质辅助
激光解吸附/电离飞行时间质谱技术进行区分飞行时间的长短,并分析数据。

值得特别说明的是,本方法可以同时检测GJB2基因的5个位点、GJB3基因的2个位点、12S
rRNA的2个位点和SLC26A4基因的11个位点。通过对本方法的优化,可以将距离较近的SNP
位点在两个孔中进行扩增和延伸,因此本方法可以对异常样本中可能存在的同一基因中的
SNP位点突变同时进行实验和分析。

附图说明

图1A、图2A、图3A、图4A显示四个正常样本质谱分析图。样本类型为全血。

图1B显示一个GJB2(GJB2_176-191del16)异常的质谱分析图。样本类型为全血。

图2B显示一个GJB3(rs74315318/rs74315319)异常的质谱分析图。样本类型为全血。

图3B显示一个SLC26A4(rs121908362)异常的质谱分析图。样本类型为全血。

图4B显示一个12SrRNA(rs267606617)异常的质谱分析图。样本类型为全血。

具体实施方式

实施例一:检测方法在正常人中的使用

1、该方法中所用到的试剂:OMEGAE.Z.N.A.TMBloodDNAKit、AgenaComplete
GoldGenotypingReagentSet10x384、PrimerP1P2Mix(500uMeach)、PrimeP3
Mix、无水乙醇。

2、标本采集、运送和保存:

(1)标本采集:标本为全血。血液为常规取静脉血5ml,EDTA抗凝处理。

(2)保存:可立即检测,4℃保存一周。

(3)运输:标本运送应采用0℃冰壶。

3、检测步骤和结果分析:

(1)全血提取基因组DNA:

1)转移≤250μL血液到EP管,如血液不足250μL则用ElutionBuffer补足250μL。

2)加入25μLOB蛋白酶和250μLBufferBL,高速漩涡震荡25s混匀。

3)65℃水浴10min,水浴过程中,每5min分钟漩涡混匀一次。

4)加入260μL的无水乙醇,高速漩涡20s混匀,短暂离心后以收集管盖液滴。

5)将上述液体转入套在2mL收集管的HibindDNA柱子,8000rpm离心1min,倒掉废
液,更换收集管。

6)加500μLBufferHB8000rpm离心1min,倒掉废液。

7)加700μLDNAWashBuffer,8000rpm离心1min,倒掉废液。

8)加700μLDNAWashBuffer,8000rpm离心1min,倒掉废液。

9)把柱子装回收集管,12000rpm离心2min。

10)将柱子放入干净的1.5mLEP管中,加入100μLElutionBuffer(65℃),室温下静置
5min后,12000rpm离心2min,保留DNA洗脱液。

(2)PCR扩增:

上PCR仪进行扩增反应,其反应条件如下:



(3)SAP处理:

上PCR仪进行反应,反应条件如下:

37℃for40min

85℃for5min

4℃forever


(4)单碱基延伸:

上PCR仪进行反应,反应条件为:



(5)上质谱仪并数据分析

1、对单碱基延伸产物进行树脂脱盐反应,离心,使树脂沉积在384孔板底部;

2、将脱盐后的384孔板放置在自动点样仪上,芯片放置在相应的位置;

3、每孔取60μL的calibrate加到芯片的相应位置,以用于检测该次实验所用的芯片及点
样的质量;

4、将384孔中处理过的样本一一对应的加到芯片的相应位置;

5、将加样后的芯片放置在质谱仪中,编辑需要检测的孔,点击START,直到全部完成;

6、打开软件MassARRAYTyper4.0,查看实验检测数据并进行数据分析。

根据质谱仪检测到的信号值分析SNP位点的基因型。结果图谱如图1所示。其中图1A、
图2A、图3A、图4A为正常人的特异性的SNP位点的结果分析图谱。

实施例2:应用本方法检测GJB2SNP位点异常

选取1份血液样本,其患者疑似耳聋症状,应用实施例1的试剂盒按照上述标准程序进行
提取DNA,接着进行PCR扩增染色体特异性的SNP位点,利用SAP酶的处理使上步PCR步骤中
的dNTP失去活性,进而进行单碱基延伸反应,最后上质谱仪检测并数据分析。GJB2的该位
点(GJB2_176-191del16)发生了杂合缺失。本方法可实现快速实现检测GJB2SNP位点异常。
其中图1B为GJB2(GJB2_176-191del16)异常的质谱分析图。

实施例3:应用本方法检测GJB3SNP位点异常

选取1份血液样本,其患者疑似耳聋症状,应用实施例1的试剂盒按照上述标准程序进行
提取DNA,接着进行PCR扩增染色体特异性的SNP位点,利用SAP酶的处理使上步PCR步骤中
的dNTP失去活性,进而进行单碱基延伸反应,最后上质谱仪检测并数据分析。GJB3的该位
点(rs74315318)发生了杂合突变。本方法可实现快速实现检测GJB3SNP位点异常。其中图
2A为GJB3(rs74315318)异常的质谱分析图。

实施例4:应用本方法检测SLC26A4SNP位点异常

选取1份血液样本,其患者疑似耳聋症状,应用实施例1的试剂盒按照上述标准程序进行
提取DNA,接着进行PCR扩增染色体特异性的SNP位点,利用SAP酶的处理使上步PCR步骤中
的dNTP失去活性,进而进行单碱基延伸反应,最后上质谱仪检测并数据分析。SLC26A4的该
位点(rs121908362)发生了杂合突变。本方法可实现快速实现检测SLC26A4SNP位点异常。
其中图3B为SLC26A4(rs121908362)异常的质谱分析图。

实施例5:应用本方法检测12SrRNASNP位点异常

选取1份血液样本,其患者疑似耳聋症状,应用实施例1的试剂盒按照上述标准程序进行
提取DNA,接着进行PCR扩增染色体特异性的SNP位点,利用SAP酶的处理使上步PCR步骤中
的dNTP失去活性,进而进行单碱基延伸反应,最后上质谱仪检测并数据分析。12SrRNA的该
位点(rs267606617)发生了杂合突变。本方法可实现快速实现检测12SrRNASNP位点异常。
其中图4B为12SrRNA(rs267606617)异常的质谱分析图。













一种检测耳聋基因20个突变位点的方法.pdf_第1页
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本发明涉及临床样品中耳聋GJB2、SLC26A4、GJB3、12S rRNA这四种基因20个热点突变位点的检测,并结合基质辅助激光解吸附/电离飞行时间质谱检测方法,针对四种基因出现的异常的SNP基因位点,设计不同位点的扩增引物和单碱基延伸引物,进行质谱技术分析特异性的SNP位点基因型的一种方法。。

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