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本发明涉及玉米杂交领域,特别涉及一种利用玉米单倍体诱导培育核质互作雄性不育系的方法,包括以下步骤:以核质互作雄性不育细胞质基因S、细胞核基因带有不定配子体基因ig以及筛选标记基因的诱导系为母本,以细胞质基因为N、细胞核育性恢复基因为rfrf的自交系或双单倍体或优异低世代材料为父本,进行杂交,筛选得到细胞质基因为S、细胞核育性恢复基因为rf单倍体的后代;将后代与父本回交,得到细胞质基因为S、细胞核育。