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本发明提供了一种从黄芩中制备高纯度黄芩苷的方法,采用大孔树脂与HSCCC联用的技术,以黄芩干燥根为原料,经乙醇回流提取,HPD100大孔树脂、HSCCC分离纯化得到高纯度的黄芩苷。本发明方法设计合理,操作简单,生产流程安全易操作,生产周期短;HSCCC技术无固态载体,在样品纯化过程中无吸附、损失,纯化产物回收率高,纯度高;相比于传统制备方法如酸沉等方法,避免产生大量酸水,对环境友好,安全性好。本发。